单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-11-25 |
Spatial transcriptomics reveals distinct tissue niches linked with steroid responsiveness in acute gastrointestinal GVHD
2023-11-23, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020644
PMID:37699201
|
研究论文 | 研究利用空间转录组技术揭示了急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的不同组织微环境 | 首次利用空间转录组技术分析了急性胃肠道GVHD患者的组织微环境，并发现了与类固醇反应性相关的独特基因表达特征 | 样本量较小，仅包括32名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的组织微环境，并识别潜在的预后生物标志物 | 急性胃肠道GVHD患者的组织样本 | 数字病理学 | 造血系统疾病 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 32名急性胃肠道GVHD患者 | NA | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-11-23 |
An Anterior Second Heart Field Enhancer Regulates the Gene Regulatory Network of the Cardiac Outflow Tract
2023-11-21, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 研究通过CRISPR-Cas9基因编辑技术删除心脏增强子，探讨其在心脏流出道基因调控网络中的作用 | 揭示了前第二心场增强子在连接GATA6与NKX2-5依赖的旋转和隔膜基因程序中的关键作用 | NA | 探讨心脏流出道发育异常的基因调控网络 | 心脏流出道、前第二心场增强子、GATA6、NKX2-5 | NA | 心血管疾病 | CRISPR-Cas9基因编辑、RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、转座酶可及染色质测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 小鼠模型、人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 123 | 2024-11-21 |
Dissecting mammalian reproduction with spatial transcriptomics
2023-11-02, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmad017
PMID:37353907
|
综述 | 本文综述了空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的应用，重点介绍了其在配子发生、胚胎发生和生殖病理学方面的生物学新见解 | 空间转录组学技术通过保留细胞在原生组织环境中的空间背景，揭示了细胞状态如何通过与邻近体细胞的相互作用进行调控 | 当前的空间转录组学技术在应用于生殖研究时仍面临实验和计算上的挑战 | 综述空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的最新进展，并讨论其在未来的应用前景 | 哺乳动物生殖系统中的配子发生、胚胎发生和生殖病理学 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 124 | 2024-11-17 |
Ezh2-dependent methylation in oral epithelia promotes secondary palatogenesis
2023-11-15, Birth defects research
IF:1.6Q4
DOI:10.1002/bdr2.2216
PMID:37435868
|
研究论文 | 研究Ezh2依赖的甲基化在口腔上皮中对次级腭发育的影响 | 首次揭示了Ezh2在口腔上皮中的甲基化对次级腭发育的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨Ezh2依赖的甲基化在次级腭发育中的上皮作用 | 小鼠胚胎的口腔上皮 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、RT-qPCR | NA | RNA | 小鼠胚胎的口腔上皮样本 | NA | NA | NA | NA |
| 125 | 2024-11-17 |
ScRNAPip: A systematic and dynamic pipeline for single-cell RNA sequencing analysis
2023-Nov, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.132
PMID:38868218
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研究论文 | 本文开发了一个可重复的计算工作流程，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了一个系统化和动态的单细胞RNA测序分析管道ScRNAPip | NA | 为研究人员提供一个全面的教程，帮助他们构建和优化自己的分析管道 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用公开数据集进行演示 | NA | NA | NA | NA |
| 126 | 2024-11-12 |
Myeloid Cell Derived IL1β Contributes to Pulmonary Hypertension in HFpEF
2023-11-10, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323119
PMID:37929582
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研究论文 | 研究探讨了骨髓细胞衍生的IL-1β在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的肺动脉高压（PH）中的作用 | 提出了一个新的HFpEF相关PH和右心重塑的研究模型，并识别出骨髓细胞衍生的IL-1β是HFpEF中PH的重要贡献者 | NA | 确定HFpEF小鼠模型是否也表现出PH特征，并识别可能驱动HFpEF早期肺血管重塑的通路 | C57BL/6J小鼠和db/db小鼠模型，以及PH-HFpEF患者的肺组织 | NA | 心血管疾病 | RNA测序、免疫染色、ELISA | NA | RNA | C57BL/6J小鼠（8周龄，雄性和雌性）和db/db小鼠，以及PH-HFpEF患者的肺组织和血浆 | NA | NA | NA | NA |
| 127 | 2024-11-08 |
Reconstructing human brown fat developmental trajectory in vitro
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.001
PMID:37647896
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肩胛间棕色脂肪的发育过程，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棕色脂肪细胞分化过程中GATA6转录因子的表达，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，人类棕色脂肪细胞的分化过程可能存在差异 | 揭示棕色脂肪细胞的发育轨迹，并探索在体外重现人类棕色脂肪细胞分化的方法 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 128 | 2024-11-08 |
Combined inactivation of RB and Hippo converts differentiating Drosophila photoreceptors into eye progenitor cells through derepression of homothorax
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.003
PMID:37848027
|
研究论文 | 研究了RB和Hippo通路在果蝇光感受器细胞分化中的相互作用 | 揭示了RB和Hippo通路通过抑制homothorax表达来维持光感受器细胞分化的机制 | NA | 探讨RB和Hippo通路在细胞增殖和分化中的相互作用机制 | 果蝇光感受器细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 129 | 2024-11-06 |
STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440
PMID:37738898
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks | 首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别 | NA | 开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率 | 空间转录组数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类 | 图卷积网络 | 转录组数据 | 六个10x Genomics Visium数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2024-11-06 |
Microdissection of cancer-associated fibroblast infiltration subtypes unveils the secreted SERPINE2 contributing to immunosuppressive microenvironment and immuotherapeutic resistance in gastric cancer: A large-scale study integrating bulk and single-cell transcriptome profiling
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107406
PMID:37729702
|
研究论文 | 本研究通过大规模整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了CAFs在胃癌中的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证SERPINE2的具体作用机制 | 探讨CAFs及其分泌因子在胃癌免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用，寻找新的免疫治疗靶点 | 胃癌患者样本及其肿瘤微环境中的CAFs和免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2148名胃癌患者样本，涵盖11个独立数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2024-11-06 |
Identification of urinary extracellular vesicles differentially expressed RNAs in diabetic nephropathy via whole-transcriptome integrated analysis
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107480
PMID:37738894
|
研究论文 | 本研究通过全转录组整合分析，识别了糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA | 首次报道了糖尿病肾病患者尿液外泌体中的全转录组遗传资源 | NA | 研究糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA及其作为潜在诊断生物标志物的可能性 | 糖尿病肾病患者的尿液外泌体 | 数字病理学 | 糖尿病 | 微阵列分析、下一代测序 | 机器学习模型 | RNA | 24名参与者，包括12名糖尿病肾病患者和12名2型糖尿病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2024-11-06 |
Identification of cell-type-specific genes in multimodal single-cell data using deep neural network algorithm
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107498
PMID:37738895
|
研究论文 | 本文利用深度神经网络算法在多模态单细胞数据中识别细胞类型特异性基因 | 本文创新性地使用深度神经网络模型分析CITE-seq数据，成功识别出红细胞祖细胞中的细胞类型特异性基因 | 本文仅使用了Kaggle数据库中的一个CITE-seq数据集，样本量和细胞类型有限 | 旨在通过多模态单细胞数据识别细胞类型特异性基因 | 骨髓干细胞分化过程中的七种细胞类型的CITE-seq数据 | 机器学习 | 血液相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度神经网络（DNN） | RNA和表面蛋白表达数据 | 七种细胞类型的CITE-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2024-10-25 |
The C-type lectin COLEC10 is predominantly produced by hepatic stellate cells and involved in the pathogenesis of liver fibrosis
2023-11-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06324-8
PMID:38036508
|
研究论文 | 研究了C型凝集素COLEC10在肝星状细胞中的表达及其在肝纤维化发病机制中的作用 | 首次发现COLEC10主要由肝星状细胞产生，并在肝纤维化过程中表达下调，揭示了其在肝纤维化发病机制中的新作用 | 研究主要基于小鼠和人类肝脏样本，缺乏更广泛的物种验证；体外实验结果需要体内实验进一步验证 | 探讨COLEC10在肝纤维化发病机制中的作用 | 肝星状细胞、肝纤维化患者和健康捐赠者的血清 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | RNA | 小鼠肝脏样本、人类肝脏样本、慢性肝病患者和健康捐赠者的血清 | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-10-21 |
INVADEseq to identify cell-adherent or invasive bacteria and the associated host transcriptome at single-cell-level resolution
2023-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00888-7
PMID:37789194
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为INVADEseq的新方法，用于在单细胞水平分辨率下识别细胞粘附或侵袭性细菌及其相关宿主转录组 | INVADEseq方法通过引入针对细菌16S rRNA基因的引物，克服了传统scRNAseq技术无法捕获细菌RNA的局限性 | NA | 开发一种能够在单细胞水平上同时分析宿主和细菌转录组的新技术 | 人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本中的细菌及其相关宿主转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2024-10-16 |
A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Nov-23, ArXiv
PMID:38045476
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综述 | 本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展 | 本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性 | 空间变异基因（SVG） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 136 | 2024-10-15 |
STmut: a framework for visualizing somatic alterations in spatial transcriptomics data of cancer
2023-11-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03121-6
PMID:38037084
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STmut的新软件，用于在Visium空间转录组数据中可视化体细胞点突变、等位基因不平衡和拷贝数变异 | STmut软件的创新之处在于它能够在空间转录组数据中可视化体细胞突变和拷贝数变异 | FFPE平台的化学性质不允许分析单核苷酸变异 | 本文旨在为空间转录组数据添加遗传维度，并描述不同数据类型的局限性 | 本文研究了新鲜冷冻Visium数据、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 涉及新鲜冷冻Visium数据、FFPE Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2024-10-15 |
Lobular Carcinoma of the Breast: A Comprehensive Review with Translational Insights
2023-Nov-20, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15225491
PMID:38001750
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综述 | 本文综述了乳腺浸润性小叶癌的多个病理方面及其转化特征 | 探讨了空间转录组学和其他高复杂度技术在肿瘤微环境特征和最新研究成果中的应用 | NA | 深入理解乳腺浸润性小叶癌的独特实体及其在个性化治疗时代的新治疗选择 | 乳腺浸润性小叶癌的病理特征、遗传途径、生物学特性及治疗策略 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 138 | 2024-10-15 |
Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina
2023-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3471275/v1
PMID:38014002
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研究论文 | 本文构建了一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱 | 本文首次整合了人类视网膜的转录组和染色质可及性数据，揭示了超过110种细胞类型，并细化了细胞本体论，识别了特异性标记基因和基因调控网络 | NA | 构建一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱，以促进对视网膜功能和病理的理解 | 人类视网膜的单细胞转录组和染色质可及性 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据和染色质可及性数据 | 来自55名捐赠者的约240万细胞，其中包括140万未发表的数据点 | NA | NA | NA | NA |
| 139 | 2024-10-15 |
What Links Chronic Kidney Disease and Ischemic Cardiomyopathy? A Comprehensive Bioinformatic Analysis Utilizing Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data with Machine Learning
2023-Nov-16, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13112215
PMID:38004354
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研究论文 | 本研究通过整合公开的bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制 | 本研究首次整合bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法识别出13个候选基因，并构建了诊断模型用于CKD相关ICM的诊断 | 本研究主要依赖公开数据，未涉及体内实验验证候选基因的功能 | 揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制 | 慢性肾病和缺血性心肌病 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序 | 高斯朴素贝叶斯模型 | RNA测序数据 | 两个ICM心脏组织数据集和一个CKD外周血单核细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 140 | 2024-10-15 |
Identification of Cellular Compositions in Different Microenvironments and Their Potential Impacts on Hematopoietic Stem Cells HSCs Using Single-Cell RNA Sequencing with Systematical Confirmation
2023-Nov-02, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13112157
PMID:38004297
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地确认了不同微环境中细胞组成的识别及其对造血干细胞（HSCs）的潜在影响 | 首次系统地研究了不同微环境中细胞组成对HSCs的影响，并结合多种技术验证了研究结果 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果的普适性可能有限 | 探讨不同微环境中细胞组成对造血干细胞的影响及其调控机制 | 造血干细胞（HSCs）及其微环境中的单核细胞（MNCs） | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 包括小鼠胎儿肝脏单核细胞（FL-MNCs）、骨髓单核细胞（BM-MNCs）和培养的胎儿肝脏基质细胞 | NA | NA | NA | NA |