单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-04 |
scDrugPrio: A framework for the analysis of single-cell transcriptomics to address multiple problems in precision medicine in immune-mediated inflammatory diseases
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.08.566249
PMID:38014022
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研究论文 | 提出了一种名为scDrugPrio的计算框架，旨在基于单细胞转录组学分析免疫介导的炎症性疾病中的药物优先顺序 | scDrugPrio通过构建网络模型，整合细胞类型特异性表达变化、细胞间相互作用和药理特性，提供了一种系统的药物优先级和重定位的解决方案 | 相较于小鼠模型，患者在相同诊断下的细胞和基因表达存在显著差异，这可能影响药物反应的预测 | 研究免疫介导的炎症性疾病中的药物优先级和个性化治疗 | 研究对象包括小鼠抗原诱导性关节炎模型及多名克罗恩病患者 | 数字病理学 | 免疫介导的炎症性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 网络模型 | 基因表达数据 | 研究涉及多个小鼠样本以及十一名克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据 |
| 102 | 2024-08-05 |
Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer
2023-11-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006
PMID:37922910
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研究论文 | 这项研究探讨了抗PD-1免疫疗法与雄激素剥夺治疗（ADT）联合使用对转移性去势敏感前列腺癌的免疫浸润影响 | 本研究通过单细胞RNA测序全面评估转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境，并发现治疗反应与临床结果之间的相关性 | 关于研究的影响因素和样本的多样性缺乏深度讨论 | 评估治疗方法对转移性去势敏感前列腺癌中免疫微环境的影响 | 转移性去势敏感前列腺癌患者的转移部位 | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 参与者来自第二阶段临床试验，具体样本量NA |
| 103 | 2024-08-04 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
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研究论文 | 本文开发了一种可重复的准确的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | Cytomulate在捕捉CyTOF数据特性和学习数据分布上优于现有方法 | 缺乏对现有分析工具的客观评估 | 为CyTOF数据的未来方法开发和评估提供基础 | CyTOF数据及其分析方法 | 数字病理学 | NA | CyTOF | NA | 数据分布 | NA |
| 104 | 2024-08-05 |
Development of a Nanoparticle-Based Tendon-Targeting Drug Delivery System to Pharmacologically Modulate Tendon Healing
2023-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.29.569204
PMID:38076889
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研究论文 | 该文章讨论了一种基于纳米颗粒的药物递送系统，旨在靶向促进腱的愈合 | 创新地利用TRAP结合肽功能化纳米颗粒，实现了对腱的靶向药物递送 | 目前仅在小鼠模型中测试，临床应用的可行性尚未确定 | 研究旨在提高腱愈合过程中的药物递送效率 | 研究对象为腱损伤后的愈合过程 | 数字病理学 | NA | 纳米颗粒药物递送系统 | NA | 实验数据 | 小鼠模型 |
| 105 | 2024-08-04 |
Coordinated immune dysregulation in Juvenile Dermatomyositis revealed by single-cell genomics
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.07.566033
PMID:37986917
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研究论文 | 该文章探讨了青少年皮肌炎的免疫失调特征 | 首次通过单细胞基因组学揭示了青少年皮肌炎中免疫系统的协调失调 | 对疾病机制的理解仍然不完全，治疗选择有限 | 旨在理解青少年皮肌炎的免疫失调及其与疾病活动的关系 | 研究对象为不同疾病活动阶段的青少年皮肌炎患者的外周血 | 数字病理学 | 青少年皮肌炎 | 单细胞转录组学 | NA | 外周血单核细胞的转录组数据 | NA |
| 106 | 2024-08-04 |
Proteostasis governs differential temperature sensitivity across embryonic cell types
2023-11-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.10.013
PMID:37949057
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研究论文 | 本文研究了不同胚胎细胞类型对温度敏感性的差异 | 首次使用全动物单细胞RNA测序识别驱动表型变异的细胞类型和分子程序 | 目前未探讨其他环境压力对胚胎发育的影响 | 探究温度压力对胚胎细胞类型的影响及其敏感性的基础 | 研究斑马鱼胚胎在温度压力下的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达 | 数百个斑马鱼胚胎 |
| 107 | 2024-08-04 |
SGCAST: symmetric graph convolutional auto-encoder for scalable and accurate study of spatial transcriptomics
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad490
PMID:38171928
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研究论文 | 本文开发了SGCAST，一个高效的自编码器框架，用于识别空间域 | SGCAST采用对称图卷积自编码器，通过整合基因表达相似性和空间点接近性来学习聚合的潜在嵌入 | NA | 研究空间转录组学中的空间域识别与分析 | 空间转录组学数据与图卷积自编码器模型 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 对称图卷积自编码器 | 转录组学数据 | 多个平台的不同比例的ST数据集 |
| 108 | 2024-08-05 |
scFed: federated learning for cell type classification with scRNA-seq
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad507
PMID:38221903
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统一联邦学习框架scFed，以实现细胞类型分类 | 提出scFed框架，允许在不违反数据隐私的情况下基准四种分类算法 | Transformer模型在scFed框架中的性能稍逊于专门的单细胞模型，并且存在显著的时间复杂性问题 | 探讨如何在保护数据隐私的情况下进行高效的细胞识别 | 使用不同大小、物种和技术的八个公开可用的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | Transformer, 单细胞特定模型 | 数据集 | 八个公开可用的scRNA-seq数据集 |
| 109 | 2024-08-05 |
GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad469
PMID:38127088
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研究论文 | 提出GTAD方法，通过图注意力网络从整合的scRNA-seq和ST-seq数据中推断细胞空间组成 | GTAD利用图结构和图注意力网络改善细胞空间关系和形态结构的捕捉 | 未提及具体的限制 | 旨在通过联合分析scRNA-seq和ST-seq数据，精确识别组织中的细胞空间组成 | 研究对象为小鼠大脑皮层、小脑、人类发育心脏和胰腺导管癌中的细胞 | 数字病理学 | 胰腺导管癌 | scRNA-seq和ST-seq | 图注意力网络 | 整合的基因表达数据 | 未提及具体的样本数量 |
| 110 | 2024-08-05 |
Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.28.529615
PMID:36909548
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具SIMS | 提出了一种高效的数据驱动的机器学习管道SIMS，用于单细胞数据的离散分类，并在复杂数据集中展现出更好的性能 | 未提及具体的局限性 | 开发一种新方法来准确注释复杂的单细胞RNA数据集 | 主要研究成人大脑皮层、海马以及发育中的大脑细胞的分类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | 涉及不同多能干细胞系来源的人类皮层类器官及复杂脑组织的单细胞数据集 |
| 111 | 2024-08-05 |
Inferring therapeutic vulnerability within tumors through integration of pan-cancer cell line and single-cell transcriptomic profiles
2023-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564598
PMID:37961545
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研究论文 | 该文章提出了一种计算框架scIDUC，用于通过整合单细胞转录组数据和全癌种细胞系筛选数据来预测肿瘤内的治疗脆弱性 | 文章创新性地结合了单细胞转录组数据和丰富的细胞系筛选数据，以单细胞为基础预测治疗效果 | 该研究的局限性在于可能未涵盖所有肿瘤亚型和微环境影响的复杂性 | 研究旨在提升对肿瘤异质性的理解，进而改善针对性治疗策略 | 研究对象为不同肿瘤类型的单细胞和细胞系，包括横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含多个细胞亚群，以及特定疾病的细胞系 |
| 112 | 2024-08-05 |
Non-classical circulating monocytes expressing high levels of microsomal prostaglandin E2 synthase-1 tag an aberrant IFN-response in systemic sclerosis
2023-Nov, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2023.103097
PMID:37633117
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研究论文 | 该研究探讨了在系统性硬化症中，外周血单核细胞的组成和活化异变 | 首次揭示了非经典单核细胞在系统性硬化症患者中的过度表达及其异常IFN反应 | 样本数量较小，仅包括8名系统性硬化症患者和8名对照组 | 了解CD14外周血单核细胞在系统性硬化症中的作用 | 系统性硬化症患者与健康对照患者的外周血单核细胞 | 数字病理 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组分析 (scRNA-seq) | NA | 血液样本 | 共16个样本，8名系统性硬化症患者和8名对照组 |
| 113 | 2024-08-04 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-11, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 该研究显示近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声联合可检测易损的动脉粥样硬化斑块 | 创新点在于首次将近红外自发光声成像与超声成像结合，用于区分稳定与易损斑块 | 研究的局限性在于仅在25名患者的切除斑块上进行的体外研究 | 研究旨在通过成像技术有效管理动脉粥样硬化疾病 | 研究对象为25例患者的切除动脉粥样硬化斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声成像 | NA | 图像 | 25个切除的动脉粥样硬化斑块样本 |
| 114 | 2024-08-05 |
Stricturing Crohn's Disease Single-Cell RNA Sequencing Reveals Fibroblast Heterogeneity and Intercellular Interactions
2023-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.07.014
PMID:37507073
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研究论文 | 这篇文章通过单细胞RNA测序揭示了克罗恩病狭窄中的成纤维细胞异质性和细胞间相互作用 | 首次生成了狭窄肠道的单细胞RNA测序图谱，揭示了成纤维细胞异质性和相互作用 | 该研究可能未涵盖所有克罗恩病狭窄的生物学特征，且主要集中于成纤维细胞 | 探索克罗恩病中狭窄形成的机制并识别新的治疗靶点 | 克罗恩病的全厚度组织样本，特别是成纤维细胞的异质性和功能 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本和细胞数据 | 99个组织样本和409,001个细胞 |
| 115 | 2024-08-05 |
Spatial-temporal proliferation of hepatocytes during pregnancy revealed by genetic lineage tracing
2023-11-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.09.002
PMID:37794588
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研究论文 | 本研究揭示了妊娠期间肝细胞的时空增殖模式及其来源 | 发现妊娠期肝细胞增殖的独特时空模式，主要来源于zone 2的Ccnd1肝细胞 | 研究主要集中在小鼠模型，临床应用效果尚未测试 | 研究妊娠期间母体肝脏细胞来源和增殖机制 | 妊娠过程中肝细胞的增殖及其来源 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，双重重组酶介导的遗传谱系追踪 | NA | NA | NA |
| 116 | 2024-08-05 |
Anatomical Diversity of the Adult Corticospinal Tract Revealed by Single-Cell Transcriptional Profiling
2023-11-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0811-22.2023
PMID:37748862
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研究论文 | 文章通过单细胞转录组分析揭示了成人皮质脊髓束的解剖多样性 | 首次通过结合脊髓逆行追踪与单细胞RNA测序的方式，详细索引了不同类型的皮质脊髓神经元 | 当前对皮质脊髓束的修复策略仍不理想，部分原因是对分子异质性了解不够全面 | 研究皮质脊髓神经元的亚型及其在运动皮层中的分布模式 | 成年小鼠的皮质脊髓神经元亚型 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 成年小鼠（男女各一） |
| 117 | 2024-08-05 |
tauFisher accurately predicts circadian time from a single sample of bulk and single-cell transcriptomic data
2023-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.04.535473
PMID:37066246
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研究论文 | 本文介绍了tauFisher，这是一种能从单个转录组样本中准确预测生物钟时间的计算管道 | tauFisher通过寻找样本中节律基因之间的相关性，提供了一种新的方法来预测生物钟时间 | 未提及具体的局限性 | 本研究旨在提高对生物钟时间的预测，以促进生物钟医学和研究 | 研究对象是来自多个组织类型和实验设置的转录组数据 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了来自多个组织类型的单个样本 |
| 118 | 2024-08-05 |
Disruption of cholangiocyte-B cell crosstalk by blocking the CXCL12-CXCR4 axis alleviates liver fibrosis
2023-Nov-27, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05032-y
PMID:38010435
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研究论文 | 本研究探讨了阻断CXCL12-CXCR4轴如何通过破坏胆管细胞与B细胞的相互作用来减轻肝纤维化 | 提出了通过干扰胆管细胞和B细胞之间的通讯来减轻肝纤维化的新机制 | 未评估其他潜在的机制或临床应用环境 | 研究B细胞在肝纤维化中的作用及干预策略 | 以小鼠模型为基础，分析了B细胞和胆管细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA序列 | 使用小鼠模型进行实验 |
| 119 | 2024-08-05 |
NMDAR antagonists suppress tumor progression by regulating tumor-associated macrophages
2023-Nov-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302126120
PMID:37967215
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研究论文 | 这篇文章探讨了NMDAR在肿瘤微环境中对巨噬细胞的调节作用 | 揭示了NMDAR在肝细胞肉瘤和纤维肉瘤微环境中调节肿瘤相关巨噬细胞的全新作用 | 未明确提及研究的具体局限性 | 研究NMDAR在抗肿瘤免疫中对肿瘤相关巨噬细胞的影响 | 肝细胞肉瘤和纤维肉瘤中的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 主要涉及肝细胞肉瘤和纤维肉瘤的预临床肿瘤 |
| 120 | 2024-08-04 |
IFNɣ but not IFNα increases recognition of insulin defective ribosomal product-derived antigen to amplify islet autoimmunity
2023-11, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-05991-8
PMID:37581620
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研究论文 | 本文研究了IFNγ在胰岛自免疫中对胰岛素缺陷核糖体产物衍生抗原识别的影响 | 揭示了IFNγ通过诱导PSMB10转录本的表达在胰岛β细胞中发挥关键作用 | 未提及具体的临床样本数据或长期效果 | 探索早期先天细胞因子和晚期免疫适应事件在2型糖尿病免疫过程中扮演的角色 | 人类胰腺胰岛的单细胞转录组数据及其在自身免疫中的作用 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类胰腺胰岛样本 |