单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-10-14 |
Single-cell transcriptomics refuels the exploration of spiralian biology
2023-11-17, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad038
PMID:37609674
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在螺旋动物生物学研究中的应用 | 介绍了单细胞转录组学这一新兴技术在螺旋动物分类和基因表达特征分析中的创新应用 | 讨论了将该技术应用于海洋生物的方法学挑战和需求 | 探讨单细胞转录组学在螺旋动物生物学和进化研究中的潜力 | 螺旋动物的细胞类型分类和基因表达特征 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及多个螺旋动物分类群的样本 |
| 102 | 2024-10-14 |
Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
2023-Nov-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89338
PMID:37975797
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼幼体脊髓运动回路的分子基础 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了运动神经元类型在游泳行为中的功能差异的分子基础 | NA | 识别控制特定行为的专业化回路中的神经元类型 | 斑马鱼幼体的脊髓运动回路 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 103 | 2024-10-14 |
Rabies virus-based barcoded neuroanatomy resolved by single-cell RNA and in situ sequencing
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532873
PMID:36993334
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研究论文 | 本文结合条形码狂犬病毒与单细胞和原位测序技术，在鼠脑中进行逆行标记和跨突触标记，以解析神经解剖结构 | 本文首次将条形码狂犬病毒与单细胞RNA测序和原位测序结合，用于鼠脑中的逆行标记和跨突触标记，提供了大规模映射神经元类型突触连接的潜在途径 | 本文仅在鼠脑中进行了实验，尚未在其他物种或更大规模上验证其方法的有效性 | 本文旨在通过结合条形码狂犬病毒与单细胞和原位测序技术，解析神经解剖结构，以理解神经回路的结构和功能 | 本文的研究对象是鼠脑中的神经元类型及其连接 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和原位测序 | NA | RNA | 96个逆行标记细胞和295个跨突触标记细胞使用单细胞RNA测序，4130个逆行标记细胞和2914个跨突触标记细胞使用原位测序 |
| 104 | 2024-10-14 |
Proximal immune-epithelial progenitor interactions drive chronic tissue sequelae post COVID-19
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.13.557622
PMID:37745354
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研究论文 | 研究探讨了COVID-19后慢性组织后遗症的机制，特别是免疫细胞与上皮祖细胞之间的异常相互作用 | 首次揭示了肺驻留CD8 T细胞与巨噬细胞相互作用在维持异常上皮祖细胞和驱动纤维化后遗症中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探究COVID-19后慢性组织后遗症的细胞和分子机制 | COVID-19后遗症患者和相关小鼠模型 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 空间转录组学和成像技术 | NA | 转录组数据和图像 | 三个独立临床队列的PASC患者和相关小鼠模型 |
| 105 | 2024-10-13 |
A statistical framework for differential pseudotime analysis with multiple single-cell RNA-seq samples
2023-11-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42841-y
PMID:37949861
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研究论文 | 介绍了一种用于多单细胞RNA测序样本差异伪时间分析的统计框架Lamian | Lamian考虑了跨样本变异性，减少了样本特定的假发现，提高了结果的可推广性 | NA | 开发一种能够比较不同实验条件下多个样本伪时间模式的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的伪时间轨迹 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 包括COVID-19患者在内的真实和模拟数据 |
| 106 | 2024-10-13 |
Evaluation of deep learning-based feature selection for single-cell RNA sequencing data analysis
2023-11-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03100-x
PMID:37950331
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研究论文 | 本文评估了基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 本文探讨了基于深度学习的特征选择方法与传统基于差异分布的方法相比的优势 | NA | 评估基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 深度学习 | 基因表达数据 | 从Tabula Muris和Tabula Sapiens图谱中抽取的样本 |
| 107 | 2024-10-13 |
FICTURE: Scalable segmentation-free analysis of submicron resolution spatial transcriptomics
2023-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.04.565621
PMID:37961699
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FICTURE的无分割空间分解方法，用于处理亚微米分辨率的空间转录组数据 | FICTURE方法比现有方法效率高几个数量级，并且适用于基于测序和成像的空间转录组数据 | NA | 开发一种可扩展的无分割分析方法，用于处理高分辨率空间转录组数据 | 亚微米分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分解 | NA | 空间转录组数据 | 数十亿个亚微米分辨率的空间坐标数据点 |
| 108 | 2024-10-13 |
High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01697-9
PMID:36879008
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研究论文 | 介绍了一种名为CytoSPACE的优化方法，用于将单细胞RNA测序图谱中的单个细胞映射到空间表达谱 | CytoSPACE在噪声容忍度和准确性方面优于先前的方法，能够以单细胞分辨率进行组织图谱绘制 | NA | 提高空间转录组学的基因恢复和空间分辨率 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 优化方法 | 转录组数据 | 多种平台和组织类型的数据 |
| 109 | 2024-10-12 |
Defining spatiotemporal gene modules in liver regeneration using Analytical Dynamic Visual Spatial Omics Representation (ADViSOR)
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000289
PMID:37889540
|
研究论文 | 本文使用ADViSOR计算管道分析空间转录组数据，揭示了肝脏再生过程中基因表达的时空变化 | 提出了ADViSOR计算管道，结合时间间隔主成分分析和滑动动态超图，用于分析空间转录组数据，揭示肝脏再生过程中的时空分子机制 | NA | 研究肝脏再生过程中基因表达的时空变化 | 肝脏再生过程中的基因表达 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 100个基因在肝脏再生过程中的连续检测 |
| 110 | 2024-10-09 |
A review of the current state of single-cell proteomics and future perspective
2023-Nov, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-023-04759-8
PMID:37285026
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综述 | 本文综述了单细胞蛋白质组学的当前状态，包括工作流程、样本制备技术、仪器和生物应用，并展望了其未来发展 | 单细胞蛋白质组学作为单细胞转录组学的补充，为生物研究提供了新的视角 | 目前存在样本体积小和数据解释需要稳健统计方法的挑战 | 评估单细胞蛋白质组学的当前技术状态，并展望其在生物研究中的未来应用 | 单细胞蛋白质组学的工作流程、样本制备技术、仪器和生物应用 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 111 | 2024-10-08 |
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02035-2
PMID:37813989
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scPoli的开源学习器，用于整合异质性单细胞数据集，并应用于肺和外周血单核细胞的群体水平图谱分析 | scPoli通过生成模型学习样本和细胞表示，实现了数据整合、标签传递和参考映射，并展示了其在解释样本层面生物和技术变异方面的能力 | NA | 开发一种工具，用于整合群体水平的单细胞数据集，促进多尺度分析 | 肺和外周血单核细胞的单细胞数据集 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | 生成模型 | 单细胞数据 | 2,375个样本，共780万个细胞 |
| 112 | 2024-10-08 |
Inference of differential key regulatory networks and mechanistic drug repurposing candidates from scRNA-seq data with SCANet
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad644
PMID:37862243
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCANet的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断差异关键调控网络和机制性药物再利用候选者 | 开发了SCANet，一个集成的单细胞分析工具，涵盖了从基因共表达模块推断、驱动基因检测、转录调控网络重建到机制性药物再利用候选者预测的整个流程 | NA | 解决从单细胞RNA测序数据中重建细胞（亚）类型发育差异的关键调控网络的计算问题 | 急性呼吸疾病患者中的细胞因子风暴机制和肥胖小鼠肠道干细胞中的细胞驱动机制 | 生物信息学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及两个研究的数据，包括急性呼吸疾病患者和肥胖小鼠的肠道干细胞 |
| 113 | 2024-10-06 |
Isolation of planarian viable cells using fluorescence-activated cell sorting for advancing single-cell transcriptome analysis
2023-Nov, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms
IF:1.3Q4
DOI:10.1111/gtc.13068
PMID:37723830
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研究论文 | 本文开发了一种使用荧光激活细胞分选（FACS）从成体涡虫体内分离活细胞的方法，以推进单细胞转录组分析 | 本文创新性地使用紫外激光替代紫外激光来激发Hoechst 33342，减少了细胞损伤，并开发了一种无需染色的FACS策略，提高了单细胞RNA测序的质量 | 尽管成功获得了高质量的RNA测序数据，但非aPSCs细胞的RNA读取质量较低 | 开发一种有效的方法来分离活细胞，以进行高质量的单细胞RNA测序 | 成体涡虫的活细胞，包括成体多能干细胞（aPSCs）和分化/分化细胞 | 单细胞测序 | NA | 荧光激活细胞分选（FACS） | NA | RNA | 成体涡虫的多种细胞类型 |
| 114 | 2024-10-05 |
Cellular Heterogeneity of Activated Primary Human Macrophages and Associated Drug-Gene Networks: From Biology to Precision Therapeutics
2023-11-07, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 研究了干扰素-γ激活的人类原代巨噬细胞的细胞异质性及其相关的药物-基因网络，旨在从生物学到精准治疗 | 通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，鉴定了两种主要的巨噬细胞亚群，并结合细胞签名药物库识别了一种新型化合物，该化合物能够靶向治疗动脉粥样硬化 | NA | 探索巨噬细胞亚群在动脉粥样硬化中的作用，并开发新的免疫治疗方法 | 干扰素-γ激活的人类原代巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢物消耗分析、免疫测定、功能测试 | NA | RNA序列数据 | 人类原代巨噬细胞、人类颈动脉粥样硬化斑块、小鼠动脉粥样硬化模型 |
| 115 | 2024-10-05 |
Adrenomedullin has a pivotal role in trophoblast differentiation: A promising nanotechnology-based therapeutic target for early-onset preeclampsia
2023-11-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi4777
PMID:37922358
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研究论文 | 研究探讨了肾上腺髓质素（ADM）在滋养层细胞分化中的关键作用，并提出了一种基于纳米技术的早期子痫前期的潜在治疗靶点 | 首次揭示了ADM在滋养层细胞分化中的重要作用，并提出了一种基于纳米技术的治疗策略 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨ADM在早期子痫前期中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 滋养层细胞、早期子痫前期患者、妊娠小鼠 | 生物医学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类绒毛膜滋养层细胞、滋养层干细胞、滋养层类器官、妊娠小鼠 |
| 116 | 2024-10-05 |
Multi-scale characterisation of homologous recombination deficiency in breast cancer
2023-11-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01239-7
PMID:37919776
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌中同源重组缺陷的多尺度特征，开发了基于插入缺失事件的分类方法和转录组特征，以提高同源重组缺陷的分类准确性 | 本文创新性地利用插入缺失事件和转录组特征来提高同源重组缺陷的分类准确性，并展示了其在单细胞转录组数据中的应用 | 本文未详细讨论所开发方法在其他癌症类型中的适用性 | 研究乳腺癌中同源重组缺陷的多尺度特征，并开发新的分类方法 | 乳腺癌中的同源重组缺陷及其与BRCA1/2缺陷状态的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 外显子测序、单细胞RNA测序 | 多重弹性网络回归模型 | 基因表达数据 | 涉及多个乳腺癌样本，包括单细胞RNA测序数据 |
| 117 | 2024-10-04 |
Population-level single-cell genomics reveals conserved gene programs in systemic juvenile idiopathic arthritis
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166741
PMID:37733441
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研究论文 | 研究通过单细胞基因组学揭示了系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序 | 引入了两个新的计算框架UDON和SATAY-UDON，用于定义患者亚型及其相关生物标志物或临床特征，并发现了新的补体和干扰素激活程序 | NA | 揭示系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序 | 系统性幼年特发性关节炎患者的外周血单核细胞 | 基因组学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过1,000名健康捐赠者和系统性幼年特发性关节炎患者的样本 |
| 118 | 2024-10-02 |
A telencephalon cell type atlas for goldfish reveals diversity in the evolution of spatial structure and cell types
2023-11-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh7693
PMID:37910612
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统比较了金鱼端脑的细胞类型，揭示了其分子神经解剖学的分区 | 首次构建了金鱼端脑的细胞类型图谱，发现了神经元基因表达的多样性和模块化特征，并提出了金鱼端脑中存在海马结构的可能性 | NA | 研究金鱼端脑的细胞类型多样性及其在进化中的空间结构变化 | 金鱼端脑的细胞类型及其分子特征 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 金鱼端脑的多个细胞样本 |
| 119 | 2024-09-28 |
Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2023-11-10, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad002
PMID:37119295
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研究论文 | 本文研究了使用单细胞RNA测序数据在胶质母细胞瘤中应用机器学习算法来分析肿瘤内异质性 | 本文提出了多种机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的比较，以分类不同的细胞群，并展示了最佳模型的生物标志物候选 | 本文未详细讨论所使用算法的具体局限性或可能的改进方法 | 研究机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的应用，以理解肿瘤内异质性并寻找有效的治疗方法 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤核心、肿瘤边缘和正常边缘细胞群 | 机器学习 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 120 | 2024-09-28 |
Multiscale integrative analyses unveil immune-related diagnostic signature for the progression of MASLD
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000298
PMID:37851406
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研究论文 | 本研究通过多尺度综合分析揭示了与MASLD进展相关的免疫相关诊断标志物 | 本研究首次系统整合了66种免疫细胞类型，通过多种分析方法识别出C-X-C motif chemokine receptor 4和dedicator of cytokinesis 8作为MASLD进展的潜在诊断生物标志物，并揭示了其在单细胞水平上的细胞通讯机制 | 本研究主要基于bulk和单细胞RNA-Seq数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对MASLD进展机制的全面理解 | 研究MASLD进展的免疫相关诊断标志物及其分子机制 | MASLD进展中的免疫细胞类型和基因表达变化 | 数字病理学 | 肝病 | RNA-Seq | 机器学习算法 | RNA-Seq数据和临床数据 | 66种免疫细胞类型 |