单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-11-08	Wound-healing plasticity enables clonal expansion of founder progenitor cells in colitis 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.011 PMID:37652012	研究论文	研究揭示了急性小鼠结肠炎中，伤口愈合过程中的克隆扩展机制	首次通过三维成像、定量命运图谱和单细胞转录组学揭示了伤口愈合过程中上皮细胞的非增殖可塑状态及其对克隆扩展的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨慢性结肠损伤和炎症中克隆扩展的机制	急性小鼠结肠炎中的上皮细胞和创始前体细胞	NA	NA	三维成像、定量命运图谱、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	小鼠模型
82	2024-11-08	Reconstructing human brown fat developmental trajectory in vitro 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.001 PMID:37647896	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肩胛间棕色脂肪的发育过程，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棕色脂肪细胞分化过程中GATA6转录因子的表达，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化	研究主要集中在小鼠模型上，人类棕色脂肪细胞的分化过程可能存在差异	揭示棕色脂肪细胞的发育轨迹，并探索在体外重现人类棕色脂肪细胞分化的方法	小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞的单细胞样本
83	2024-11-08	Combined inactivation of RB and Hippo converts differentiating Drosophila photoreceptors into eye progenitor cells through derepression of homothorax 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.003 PMID:37848027	研究论文	研究了RB和Hippo通路在果蝇光感受器细胞分化中的相互作用	揭示了RB和Hippo通路通过抑制homothorax表达来维持光感受器细胞分化的机制	NA	探讨RB和Hippo通路在细胞增殖和分化中的相互作用机制	果蝇光感受器细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
84	2024-11-06	STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440 PMID:37738898	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks	首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别	NA	开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率	空间转录组数据中的细胞类型识别	机器学习	NA	图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类	图卷积网络	转录组数据	六个10x Genomics Visium数据集
85	2024-11-06	Microdissection of cancer-associated fibroblast infiltration subtypes unveils the secreted SERPINE2 contributing to immunosuppressive microenvironment and immuotherapeutic resistance in gastric cancer: A large-scale study integrating bulk and single-cell transcriptome profiling 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107406 PMID:37729702	研究论文	本研究通过大规模整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用	首次通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了CAFs在胃癌中的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的关键作用	研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证SERPINE2的具体作用机制	探讨CAFs及其分泌因子在胃癌免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用，寻找新的免疫治疗靶点	胃癌患者样本及其肿瘤微环境中的CAFs和免疫细胞	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	2148名胃癌患者样本，涵盖11个独立数据集
86	2024-11-06	Identification of urinary extracellular vesicles differentially expressed RNAs in diabetic nephropathy via whole-transcriptome integrated analysis 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107480 PMID:37738894	研究论文	本研究通过全转录组整合分析，识别了糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA	首次报道了糖尿病肾病患者尿液外泌体中的全转录组遗传资源	NA	研究糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA及其作为潜在诊断生物标志物的可能性	糖尿病肾病患者的尿液外泌体	数字病理学	糖尿病	微阵列分析、下一代测序	机器学习模型	RNA	24名参与者，包括12名糖尿病肾病患者和12名2型糖尿病患者
87	2024-11-06	Identification of cell-type-specific genes in multimodal single-cell data using deep neural network algorithm 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107498 PMID:37738895	研究论文	本文利用深度神经网络算法在多模态单细胞数据中识别细胞类型特异性基因	本文创新性地使用深度神经网络模型分析CITE-seq数据，成功识别出红细胞祖细胞中的细胞类型特异性基因	本文仅使用了Kaggle数据库中的一个CITE-seq数据集，样本量和细胞类型有限	旨在通过多模态单细胞数据识别细胞类型特异性基因	骨髓干细胞分化过程中的七种细胞类型的CITE-seq数据	机器学习	血液相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度神经网络（DNN）	RNA和表面蛋白表达数据	七种细胞类型的CITE-seq数据集
88	2024-10-30	Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer 2023-Nov-02, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad159 PMID:37897495	研究论文	本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性	本研究首次开发了两种长期雌激素剥夺的细胞系，并结合全基因组测序和单细胞RNA测序，揭示了HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的分子机制和代谢重塑	本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现	识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的潜在治疗靶点	HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其内分泌治疗耐药变异体	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	两种HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺变异体
89	2024-10-28	Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States 2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000217 PMID:37639336	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，比较了18种小鼠肾脏疾病模型与人类糖尿病肾病患者的基因表达差异，揭示了疾病状态下基因表达的共性和差异	首次系统性地分析和比较了多种小鼠肾脏疾病模型的单细胞基因表达数据，并将其与人类糖尿病肾病患者的单细胞数据进行对比	小鼠模型与人类患者之间的单细胞基因表达变化重叠较少，表明动物模型与人类疾病之间存在差异	研究小鼠肾脏疾病模型与人类疾病状态下基因表达的共性和差异	18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	36个单细胞RNA测序样本和42个批量基因表达数据样本
90	2024-10-25	The C-type lectin COLEC10 is predominantly produced by hepatic stellate cells and involved in the pathogenesis of liver fibrosis 2023-11-30, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-06324-8 PMID:38036508	研究论文	研究了C型凝集素COLEC10在肝星状细胞中的表达及其在肝纤维化发病机制中的作用	首次发现COLEC10主要由肝星状细胞产生，并在肝纤维化过程中表达下调，揭示了其在肝纤维化发病机制中的新作用	研究主要基于小鼠和人类肝脏样本，缺乏更广泛的物种验证；体外实验结果需要体内实验进一步验证	探讨COLEC10在肝纤维化发病机制中的作用	肝星状细胞、肝纤维化患者和健康捐赠者的血清	NA	肝病	单细胞RNA测序、RNA测序	NA	RNA	小鼠肝脏样本、人类肝脏样本、慢性肝病患者和健康捐赠者的血清
91	2024-10-21	INVADEseq to identify cell-adherent or invasive bacteria and the associated host transcriptome at single-cell-level resolution 2023-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-023-00888-7 PMID:37789194	研究论文	本文介绍了一种名为INVADEseq的新方法，用于在单细胞水平分辨率下识别细胞粘附或侵袭性细菌及其相关宿主转录组	INVADEseq方法通过引入针对细菌16S rRNA基因的引物，克服了传统scRNAseq技术无法捕获细菌RNA的局限性	NA	开发一种能够在单细胞水平上同时分析宿主和细菌转录组的新技术	人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本中的细菌及其相关宿主转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本
92	2024-10-16	A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS 2023-Nov-23, ArXiv PMID:38045476	综述	本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展	本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因	NA	探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性	空间变异基因（SVG）	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
93	2024-10-15	STmut: a framework for visualizing somatic alterations in spatial transcriptomics data of cancer 2023-11-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03121-6 PMID:38037084	研究论文	本文介绍了一种名为STmut的新软件，用于在Visium空间转录组数据中可视化体细胞点突变、等位基因不平衡和拷贝数变异	STmut软件的创新之处在于它能够在空间转录组数据中可视化体细胞突变和拷贝数变异	FFPE平台的化学性质不允许分析单核苷酸变异	本文旨在为空间转录组数据添加遗传维度，并描述不同数据类型的局限性	本文研究了新鲜冷冻Visium数据、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	涉及新鲜冷冻Visium数据、FFPE Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤样本
94	2024-10-15	Lobular Carcinoma of the Breast: A Comprehensive Review with Translational Insights 2023-Nov-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15225491 PMID:38001750	综述	本文综述了乳腺浸润性小叶癌的多个病理方面及其转化特征	探讨了空间转录组学和其他高复杂度技术在肿瘤微环境特征和最新研究成果中的应用	NA	深入理解乳腺浸润性小叶癌的独特实体及其在个性化治疗时代的新治疗选择	乳腺浸润性小叶癌的病理特征、遗传途径、生物学特性及治疗策略	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
95	2024-10-15	Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina 2023-Nov-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3471275/v1 PMID:38014002	研究论文	本文构建了一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱	本文首次整合了人类视网膜的转录组和染色质可及性数据，揭示了超过110种细胞类型，并细化了细胞本体论，识别了特异性标记基因和基因调控网络	NA	构建一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱，以促进对视网膜功能和病理的理解	人类视网膜的单细胞转录组和染色质可及性	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据和染色质可及性数据	来自55名捐赠者的约240万细胞，其中包括140万未发表的数据点
96	2024-10-15	What Links Chronic Kidney Disease and Ischemic Cardiomyopathy? A Comprehensive Bioinformatic Analysis Utilizing Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data with Machine Learning 2023-Nov-16, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life13112215 PMID:38004354	研究论文	本研究通过整合公开的bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制	本研究首次整合bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法识别出13个候选基因，并构建了诊断模型用于CKD相关ICM的诊断	本研究主要依赖公开数据，未涉及体内实验验证候选基因的功能	揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制	慢性肾病和缺血性心肌病	生物信息学	心血管疾病	RNA测序	高斯朴素贝叶斯模型	RNA测序数据	两个ICM心脏组织数据集和一个CKD外周血单核细胞数据集
97	2024-10-15	Human brain single nucleus cell type enrichments in neurodegenerative diseases 2023-Nov-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3390225/v1 PMID:38014237	研究论文	本文研究了神经退行性疾病中人脑单核细胞类型的富集情况	利用全基因组关联研究、单细胞测序数据和批量表达研究，识别了神经退行性疾病中重要的细胞类型和基因	NA	识别神经退行性疾病中重要的细胞类型和基因，以促进治疗靶点的开发	阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症和帕金森病的脑组织	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个脑区组织的多样本
98	2024-10-15	Identification of Cellular Compositions in Different Microenvironments and Their Potential Impacts on Hematopoietic Stem Cells HSCs Using Single-Cell RNA Sequencing with Systematical Confirmation 2023-Nov-02, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life13112157 PMID:38004297	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地确认了不同微环境中细胞组成的识别及其对造血干细胞（HSCs）的潜在影响	首次系统地研究了不同微环境中细胞组成对HSCs的影响，并结合多种技术验证了研究结果	研究主要集中在小鼠模型上，结果的普适性可能有限	探讨不同微环境中细胞组成对造血干细胞的影响及其调控机制	造血干细胞（HSCs）及其微环境中的单核细胞（MNCs）	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括小鼠胎儿肝脏单核细胞（FL-MNCs）、骨髓单核细胞（BM-MNCs）和培养的胎儿肝脏基质细胞
99	2024-10-14	Exploration of the molecular mechanism of intercellular communication in paediatric neuroblastoma by single-cell sequencing 2023-11-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-47796-0 PMID:37990103	研究论文	本研究通过单细胞测序和转录组测序构建了一个与神经母细胞瘤患者预后相关的细胞间通讯相关基因模型，以实现精准管理	开发了一个基于21个基因的预测模型，用于神经母细胞瘤的预后评估	需要进一步的外部验证和临床试验来确认模型的有效性和适用性	构建和验证一个基于细胞间通讯相关基因的预后模型，以预测神经母细胞瘤患者的预后	神经母细胞瘤患者的单细胞数据和转录组数据	数字病理学	儿童疾病	单细胞测序	Lasso回归	基因表达数据	来自基因表达综合数据库的神经母细胞瘤患者单细胞数据
100	2024-10-14	Functional genomics in Spiralia 2023-11-17, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad036 PMID:37981859	综述	本文综述了螺旋动物基因表达调控的五个方面，旨在揭示动物基因组功能中的祖先和衍生特征	本文填补了螺旋动物基因组功能研究的知识空白，特别是染色质可及性、DNA甲基化、组蛋白翻译后修饰和基因组结构方面的研究	目前对螺旋动物基因表达调控的研究仍处于初级阶段，尤其是染色质可及性、DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰等方面的研究	揭示动物基因组功能中的祖先和衍生特征，并探讨其对社会的潜在影响	螺旋动物的基因表达调控机制	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因组数据	NA