单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-09-23 |
A new Bayesian factor analysis method improves detection of genes and biological processes affected by perturbations in single-cell CRISPR screening
2023-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02017-4
PMID:37770710
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研究论文 | 本文介绍了一种新的贝叶斯因子分析方法，用于改进单细胞CRISPR筛选中受扰动影响的基因和生物过程的检测 | 开发了一种名为引导稀疏因子分析（GSFA）的新统计方法，通过推断潜在因子来检测基因扰动效应，显著提高了检测能力 | NA | 改进单细胞CRISPR筛选数据的分析方法，提高基因扰动效应的检测能力 | 单细胞CRISPR筛选数据，特别是受扰动影响的基因和生物过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | 贝叶斯因子分析 | 基因表达数据 | 人类CD8 T细胞和神经前体细胞的单细胞CRISPR数据 |
| 82 | 2024-09-20 |
Neuroepithelial organoid patterning is mediated by a neighborhood watch mechanism
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113334
PMID:38511989
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研究论文 | 本文研究了神经上皮类器官的图案化机制，提出了一种基于“邻里观察”（NW）机制的细胞命运决定模型 | 开发了一种计算方法来定义图案化的条件，并通过实验验证了模型的预测 | NA | 揭示神经上皮类器官图案化的机制 | 人类神经管类器官 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 计算模型 | 基因表达数据 | NA |
| 83 | 2024-09-20 |
scCURE identifies cell types responding to immunotherapy and enables outcome prediction
2023-11-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100643
PMID:37989083
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研究论文 | 开发了一种名为scCURE的方法，用于识别免疫治疗响应和非响应的细胞类型，并预测治疗结果 | 提出了基于单细胞RNA测序数据的新方法scCURE，能够区分免疫治疗干预下受影响和未受影响的细胞 | NA | 深入理解免疫治疗响应和抵抗机制，并开发高度可靠的治疗响应预测模型 | 黑色素瘤和乳腺癌免疫治疗中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及黑色素瘤和乳腺癌的免疫治疗单细胞RNA测序数据 |
| 84 | 2024-09-19 |
Stemness signature and targeted therapeutic drugs identification for Triple Negative Breast Cancer
2023-11-20, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02709-8
PMID:37985782
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研究论文 | 本研究旨在分析三阴性乳腺癌（TNBC）的癌症干细胞相关基因特征，以确定患者的危险分层和预后特征 | 本研究应用一类别逻辑回归（OCLR）算法计算TNBC患者的干细胞指数，并建立了基于16个基因的预后特征，通过分子对接筛选出针对预测基因的小分子化合物 | NA | 分析TNBC的癌症干细胞相关基因特征，确定患者的危险分层和预后特征 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 一类别逻辑回归（OCLR）算法、Cox回归分析、LASSO回归分析、分子对接 | NA | 基因表达数据、scRNA-seq数据 | TCGA和METABRIC合并数据集、GSE176078数据集 |
| 85 | 2024-09-17 |
The heterogeneity of tumour immune microenvironment revealing the CRABP2/CD69 signature discriminates distinct clinical outcomes in breast cancer
2023-11, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02432-6
PMID:37715025
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研究论文 | 研究揭示了肿瘤免疫微环境异质性，并通过CRABP2/CD69特征区分乳腺癌的不同临床结局 | 首次建立了基于CRABP2和CD69表达的CRABP2/CD69特征，并验证了其在预测临床结局和辅助化疗反应中的价值 | NA | 识别肿瘤免疫微环境特征，指导乳腺癌的治疗和预后评估 | 乳腺癌的肿瘤免疫微环境及其与临床结局的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个队列的乳腺癌样本 |
| 86 | 2024-09-14 |
TRIBAL: Tree Inference of B cell Clonal Lineages
2023-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.27.568874
PMID:38076836
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研究论文 | 介绍了一种名为TRIBAL的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆谱系的进化历史 | TRIBAL方法通过结合同种型数据来减少仅考虑受体序列时的系统发育不确定性，从而更准确地推断B细胞谱系树 | NA | 推断B细胞克隆谱系的进化历史，以更好地理解疫苗反应、疾病进展和治疗性抗体的识别 | B细胞克隆谱系的进化历史 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 87 | 2024-09-13 |
Gestational ozone inhalation elicits maternal cardiac dysfunction and transcriptional changes to placental pericytes and endothelial cells
2023-11-28, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfad092
PMID:37695302
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研究论文 | 研究了孕期臭氧吸入对母体心脏功能和胎盘细胞转录变化的影响 | 首次揭示了孕期臭氧暴露对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的显著影响 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨孕期臭氧暴露对母体心血管功能和胎盘发育的影响 | 孕期吸入臭氧对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 孕期第10.5天暴露于1PPM臭氧或过滤空气的小鼠样本 |
| 88 | 2024-09-11 |
Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568217
PMID:38045285
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研究论文 | 研究应用单细胞空间转录组学技术分析小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示了损伤特异性和空间依赖的基因表达模式 | 首次应用单细胞空间转录组学技术解析小鼠肾脏损伤后的细胞微环境及其分子相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 揭示肾脏损伤后的分子途径和细胞相互作用，以增强对损伤、修复和疾病的理解 | 小鼠肾脏缺血再灌注损伤后的细胞微环境和分子相互作用 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肾脏样本 |
| 89 | 2024-09-08 |
Single-cell transcriptomics supports presence of cryptic species and reveals low levels of population genetic diversity in two testate amoebae morphospecies with large population sizes
2023-11-02, Evolution; international journal of organic evolution
DOI:10.1093/evolut/qpad158
PMID:37672006
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研究论文 | 研究分析了两种形态种的单细胞转录组数据，评估了其种群遗传多样性 | 首次使用单细胞转录组数据研究不可培养的异养原生生物的种群遗传学，揭示了隐秘物种的存在 | 研究样本仅来自新英格兰沼泽，可能无法代表所有种群 | 评估两种形态种的种群遗传多样性，揭示隐秘物种的存在 | 两种形态种的单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 72个单细胞转录组数据，来自两种形态种 |
| 90 | 2024-08-25 |
Loss of ATOH1 in Pit Cell Drives Stemness and Progression of Gastric Adenocarcinoma by Activating AKT/mTOR Signaling through GAS1
2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202301977
PMID:37824217
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研究论文 | 研究探讨了ATOH1在胃癌干细胞维持中的作用及其通过GAS1激活AKT/mTOR信号通路促进胃腺癌进展的机制 | 首次揭示了ATOH1通过调控GAS1和RET/AKT/mTOR信号通路影响胃癌干细胞的维持和化疗耐药性 | 研究主要基于小鼠模型和组织样本，需要进一步的人体临床试验验证 | 阐明ATOH1在胃癌干细胞维持中的作用及其分子机制 | 胃癌干细胞及胃腺癌样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包括小鼠模型和胃腺癌组织样本 |
| 91 | 2024-08-21 |
Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567715
PMID:38014078
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，分析了来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物中的α细胞和β细胞的异质性和命运转换 | 首次揭示了人体胰岛中α细胞和β细胞的亚型及其在α-β细胞转换中的具体作用，并发现了多个新的α细胞亚群及其转录组特征 | 研究主要集中在非糖尿病捐赠者的胰岛和胰岛移植物，未涵盖更多样化的样本，如其他疾病状态下的胰岛 | 探究人体胰岛中α细胞和β细胞的异质性及其在α-β细胞转换中的具体作用 | 人体胰岛中的α细胞和β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物 |
| 92 | 2024-08-12 |
Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad
2023-Nov-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad096
PMID:37561446
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研究论文 | 本文利用转基因报告基因和单细胞测序分析技术，研究了斑马鱼幼体性腺中不同关键细胞类型的到达情况，揭示了性腺发育过程中的细胞复杂交互作用。 | 首次详细描述了斑马鱼性腺发育过程中血管和淋巴管的并发发展，以及卵巢中pdgfrb+周细胞在血管生成中的作用，并发现了卵巢周细胞特有的基因表达特征。 | NA | 旨在深入理解斑马鱼性腺早期双潜能发育过程中的基本步骤和细胞交互作用。 | 斑马鱼性腺发育过程中的血管内皮细胞、周细胞和巨噬细胞的到达及其在性腺生长和分化中的作用。 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 215个特异表达基因 |
| 93 | 2024-08-04 |
IL-33 Expression Is Lower in Current Smokers at both Transcriptomic and Protein Levels
2023-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202210-1881OC
PMID:37708400
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研究论文 | 这项研究探讨吸烟状态对IL-33表达的影响。 | 本研究首次显示吸烟会导致IL-33在转录组和蛋白水平上的减少，特别是在当前吸烟者中。 | 研究主要集中在COPD患者身上，可能不适用于其他疾病。 | 了解吸烟状态如何影响IL-33的表达情况。 | 研究对象为肺气道中的IL-33表达水平和吸烟状态。 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | RNA-seq, 西方印迹分析, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 生物组织样本 | 涉及八个独立的转录组研究和来自COPD患者的肺组织样本 |
| 94 | 2024-08-05 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection
2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.15.567132
PMID:38014096
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研究论文 | 该研究探讨了慢性HIV感染引起的免疫缺陷对COVID-19的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响 | 首次在受控环境中直接研究了慢性HIV感染在COVID-19和病毒持续性感染中的影响 | 样本数量较少，只使用了两只猕猴进行实验，结果的普适性有限 | 研究SIV诱导的免疫缺陷如何影响SARS-CoV-2的临床表现和病毒动态 | 两只慢性SIV感染的豚尾猕猴与之前未感染SIV的猕猴进行比较 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 2只SIV感染的猕猴 |
| 95 | 2024-08-05 |
Coexpression enhances cross-species integration of scRNA-seq across diverse plant species
2023-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.28.569145
PMID:38076991
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研究论文 | 本文展示了共表达如何增强不同植物物种之间单细胞RNA测序的整合 | 提出使用共表达来识别具有代理表达谱的非正交基因对，从而改善传统整合方法的性能 | 未提及具体的实验限制或样本限制 | 研究植物物种之间基因表达和细胞类型组成的跨物种差异 | 不同植物物种的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 96 | 2024-08-05 |
Machine learning and single-cell sequencing reveal the potential regulatory factors of mitochondrial autophagy in the progression of gastric cancer
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05287-9
PMID:37648811
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序全面分析线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用 | 通过机器学习算法识别出关键基因和特定的转录因子，为线粒体自噬在胃癌中的机制提供新见解 | 本研究的局限性在于样本数量和多样性可能影响结果的适用性 | 旨在分析线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用 | 研究对象为与胃癌相关的线粒体自噬基因及相关细胞类型 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 支持向量机递归特征消除, 随机森林算法 | 基因表达数据 | 13个胃癌样本中的28,836个细胞 |
| 97 | 2024-08-05 |
Selenium metabolism heterogeneity in pan-cancer: insights from bulk and single-cell RNA sequencing
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05333-6
PMID:37648807
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研究论文 | 本研究探讨了硒代谢在肿瘤发生和免疫反应中的异质性 | 首次系统性探讨了硒代谢的预后意义及其与免疫反应的关系 | 研究主要依赖于公共数据库，可能存在样本选择偏倚 | 探究硒代谢对免疫反应和癌症生物学的影响 | 关注不同癌症类型中硒代谢的异质性及其相关的免疫调节模式 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 基于86个基因的分析，涉及多个癌症类型的数据 |
| 98 | 2024-08-05 |
Inflammatory Activity of Epithelial Stem Cell Variants from Cystic Fibrosis Lungs Is Not Resolved by CFTR Modulators
2023-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202305-0818OC
PMID:37695863
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研究论文 | 这篇文章探讨了囊性纤维化(CF)肺部上皮干细胞变体的炎症活性，并评估了CFTR调节剂的影响 | 首次识别了CF肺部的三种促炎干细胞变体，并证明CFTR调节剂未能抑制其促炎功能 | 研究仅限于终末期CF患者的样本，结果可能不适用于早期CF患者 | 确定CF肺部是否存在与正常肺干细胞不同的促病干细胞变体 | 研究CF患者的终末期肺部干细胞，重点关注促炎性变体 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序、RNA测序、异种移植 | NA | 组织样本 | 四名接受治疗的囊性纤维化患者 |
| 99 | 2024-08-04 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Human Skin Delineates Intercellular Communication and Pathogenic Cells
2023-11, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.02.040
PMID:37142187
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研究论文 | 这篇文章探讨了人类皮肤的单细胞转录组和空间转录组分析，揭示了细胞间的通信和致病细胞 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，改善了人类皮肤细胞类型分类，并识别了独特的人类角质形成细胞亚群体 | 本研究主要集中于人类与小鼠之间的比较，可能未能涵盖所有物种的机制差异 | 旨在揭示皮肤细胞之间的相互作用及其在皮肤疾病中的作用机制 | 人类皮肤和小鼠皮肤的细胞类型及其功能 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序，空间转录组 | NA | 转录组数据 | 人类皮肤和小鼠皮肤的细胞样本 |
| 100 | 2024-08-04 |
Loss of p53-DREAM-mediated repression of cell cycle genes as a driver of lymph node metastasis in head and neck cancer
2023-11-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01236-w
PMID:37978395
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研究论文 | 本研究探索了p53-DREAM介导的细胞周期基因抑制的丧失如何驱动头颈癌的淋巴结转移 | 本文揭示了淋巴结转移相关基因与癌细胞的上皮去分化及细胞周期调节之间的新的联系 | 未具体讨论治疗选项或干预措施的有效性 | 识别驱动头颈癌转移及进展的分子通路 | 2074个头颈癌组织活检样本及其基因表达数据 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序和整体RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2074个头颈癌活检样本 |