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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
A novel coiled-coil domain containing-related gene signature for predicting prognosis and treatment effect of breast cancer
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05222-y
PMID:37558766
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研究论文 | 开发了一个基于卷曲螺旋结构域相关基因的预后特征模型,用于预测乳腺癌患者的预后和治疗效果 | 首次系统研究CCDC蛋白家族在乳腺癌中的预后价值,并构建了包含5个基因的风险预测模型 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证 | 建立乳腺癌预后预测模型并评估其治疗指导价值 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序,基因表达分析,药物敏感性分析 | Cox回归,LASSO回归,风险评分模型 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA、METABRIC和GEO数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
The role of KPNA2 as a monotonically changing differentially expressed gene in the diagnosis, risk stratification, and chemotherapy sensitivity of chronic hepatitis B-liver cirrhosis-hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05213-z
PMID:37526663
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研究论文 | 本研究探讨KPNA2基因在慢性乙型肝炎-肝硬化-肝细胞癌演变过程中的诊断、风险分层和化疗敏感性价值 | 首次发现KPNA2作为单调变化差异表达基因在CLH演变过程中的动态表达规律,并构建了预测HCC发生风险的列线图模型 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证KPNA2的临床应用价值 | 探索KPNA2在慢性乙型肝炎-肝硬化-肝细胞癌演变过程中的诊断和预后价值 | 慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | ELISA, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 | 列线图模型, Cox回归模型 | 基因表达数据, 临床病理数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05075-5
PMID:37458803
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了连接蛋白家族在肺腺癌中的表达谱和预后价值 | 首次在泛癌和肺腺癌中系统分析连接蛋白家族的表达差异和预后意义,并构建了结合风险评分和临床特征的预后模型 | NA | 全面分析连接蛋白基因家族在肺腺癌中的表达谱、预后意义、遗传改变、潜在生物学功能和药物敏感性 | 连接蛋白基因家族,特别是GJB2-5基因 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞测序,多组学分析 | 预后风险模型,列线图 | 基因表达数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and bulk sequencing analyses with experimental validation identify the prognostic and immunological implications of CD226 in pan-cancer
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05268-y
PMID:37580402
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量测序分析结合实验验证,研究CD226在泛癌中的预后和免疫学意义 | 首次在泛癌水平系统研究CD226的表达特征、预后价值和免疫调控功能,并验证其作为免疫治疗生物标志物的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于小鼠黑色素瘤模型,需要更多临床样本验证 | 探究CD226在泛癌中的生物学功能、肿瘤免疫作用及其预测预后和免疫治疗反应的潜力 | 多种癌症类型、肿瘤浸润免疫细胞(CD8+T细胞、NK细胞) | 生物信息学 | 泛癌 | 单细胞测序, 批量测序, 基因集富集分析, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床预后数据 | 多种癌症类型的批量测序数据和单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Selenium metabolism heterogeneity in pan-cancer: insights from bulk and single-cell RNA sequencing
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05333-6
PMID:37648807
|
研究论文 | 通过批量和单细胞RNA测序分析泛癌中硒代谢异质性及其与免疫反应和癌症生物学的关联 | 首次在泛癌水平系统描绘硒代谢景观,结合单细胞分辨率揭示细胞间通讯机制 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证硒代谢的具体分子机制 | 探究硒代谢在癌症发生发展和免疫调节中的作用 | 多种癌症类型和细胞类型(包括上皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞) | 生物信息学 | 泛癌 | RNA测序, 基因集富集分析(GSEA), 机器学习, 细胞间通讯分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | TCGA、GTEx、CCLE和单细胞数据集整合分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
Identification an innovative classification and nomogram for predicting the prognosis of thyroid carcinoma patients and providing therapeutic schedules
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05252-6
PMID:37596371
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研究论文 | 本研究基于程序性细胞死亡模式开发甲状腺癌预后预测模型和分子分型 | 首次系统分析程序性细胞死亡模式与甲状腺癌预后的关联,开发了基于机器学习的预后特征和分子分型 | 研究数据主要来自公共数据库,需要进一步实验验证 | 探讨程序性细胞死亡模式与甲状腺癌预后的关系并开发预后预测模型 | 甲状腺癌患者 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 机器学习算法,非负矩阵分解,单细胞转录组分析 | SVM,多变量Cox回归,逻辑回归 | 基因表达谱,临床数据,单细胞转录组数据 | 568名甲状腺癌患者(来自TCGA数据库)和GSE184362单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05202-2
PMID:37535162
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序数据构建了一个干细胞相关特征模型,用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,结合WGCNA和CytoTRACE分析方法,构建了包含10个基因的干细胞相关预后特征模型 | 研究使用的生物信息学分析方法存在一定局限性,需要进一步实验验证 | 开发肝细胞癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, CytoTRACE, LASSO, Cox回归分析 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | 四个数据集的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05208-w
PMID:37535163
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和bulk RNA测序分析坏死性凋亡在肝细胞癌中的作用,并构建预后预测模型 | 首次在肝细胞癌中鉴定出两种不同的坏死性凋亡亚型,并发现特定巨噬细胞亚群对坏死性凋亡高度敏感 | 研究主要基于TCGA数据库数据,需要进一步实验验证 | 研究坏死性凋亡在肝细胞癌发生发展中的作用并构建预后预测模型 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | 5基因预后模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of anoikis-related genes in prognosis and immune infiltration of gastric cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05157-4
PMID:37474682
|
研究论文 | 基于批量和单细胞RNA测序数据,构建胃癌失巢凋亡相关基因的预后风险模型并分析其与免疫浸润的关系 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据系统分析失巢凋亡相关基因在胃癌预后和免疫浸润中的作用 | 研究基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证 | 建立胃癌预后预测模型并指导临床治疗 | 胃癌患者和胃癌相关细胞 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | Cox回归风险模型 | 基因表达数据 | 多个数据集的胃癌样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Single cell spatial transcriptomic profiling of childhood-onset lupus nephritis reveals complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.09.566503
PMID:38014158
|
研究论文 | 通过单细胞空间转录组技术分析儿童发病狼疮性肾炎肾脏组织,揭示基质细胞与浸润免疫细胞间的复杂相互作用 | 首次在单细胞分辨率下构建儿童狼疮性肾炎的空间转录组图谱,揭示免疫细胞定位与组织位置相关的基因表达变化 | 组织学疾病活动评分与肾小球细胞转录特征相关性较弱,样本量有限(8例患者+2例对照) | 解析儿童狼疮性肾炎的免疫发病机制和分子异质性 | 儿童狼疮性肾炎患者和对照者的肾脏组织 | 空间转录组学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 8例儿童狼疮性肾炎患者和2例对照,超过400,000个细胞 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Development of a cell-free strategy to recover aged skeletal muscle after disuse
2023-11, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP282867
PMID:35318675
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研究论文 | 开发了一种基于过氧化氢预处理周细胞来源的小细胞外囊泡的无细胞策略,用于恢复老年小鼠废用性骨骼肌萎缩 | 首次发现周细胞在废用和恢复期间丧失抗氧化能力,并利用健康供体周细胞经H2O2刺激产生具有修复功能的小细胞外囊泡 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;sEVs中具体起作用的蛋白质机制需进一步确认 | 开发针对老年废用性骨骼肌萎缩的新型治疗策略 | 小鼠骨骼肌周细胞和骨骼肌纤维 | 肌肉生物学 | 肌肉萎缩 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学分析,功能实验 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | 年轻成年和老年小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568285
PMID:38045409
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研究论文 | 开发了一种名为MitoTracer的开源计算算法,用于从单细胞测序数据中准确识别信息性线粒体突变并进行谱系重建 | 首次提供自动识别信息性线粒体突变的计算工具,在灵敏度和特异性方面优于现有方法 | NA | 开发用于单细胞谱系重建的计算工具 | 线粒体突变、单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 计算算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Development of a Nanoparticle-Based Tendon-Targeting Drug Delivery System to Pharmacologically Modulate Tendon Healing
2023-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.29.569204
PMID:38076889
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研究论文 | 开发了一种基于纳米颗粒的肌腱靶向药物递送系统,用于药理调节肌腱愈合 | 利用空间转录组学数据发现愈合肌腱中TRAP高表达区域,并首次将TRAP结合肽功能化纳米颗粒应用于肌腱靶向药物递送 | 研究仅针对急性肌腱损伤模型,未验证在慢性肌腱病变或其他类型软组织损伤中的效果 | 开发靶向肌腱的药物递送系统以改善肌腱愈合过程 | 肌腱愈合过程、TRAP表达、纳米颗粒药物递送系统 | 组织工程与再生医学 | 肌腱损伤 | 空间转录组学、纳米颗粒药物递送、功能评估 | NA | 基因表达数据、功能评估数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Solute carrier (SLC) expression reveals skeletogenic cell diversity
2023-11, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2023.08.004
PMID:37611888
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析海胆胚胎发育中转运蛋白表达模式,揭示细胞功能多样性 | 采用基于转运蛋白表达的细胞聚类策略,发现传统基因调控状态分类中被忽略的细胞功能亚群 | 研究仅针对紫球海胆特定发育阶段,结论在其他物种或发育阶段的普适性需进一步验证 | 探究胚胎发育过程中不同细胞类型转运蛋白表达模式的多样性 | 紫球海胆晚期原肠胚阶段的各类细胞,特别是中胚层细胞(色素细胞、胚腔细胞和骨骼形成细胞) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞基因表达数据 | 紫球海胆晚期原肠胚阶段单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568217
PMID:38045285
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研究论文 | 本研究应用单细胞空间转录组学技术分析小鼠肾脏缺血再灌注损伤,揭示损伤特异性微环境和细胞间相互作用 | 首次使用空间转录组学技术揭示肾脏损伤中空间依赖的基因表达模式和持续损伤的近端小管细胞与成纤维细胞间的分子相互作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探索肾脏损伤和修复过程中的分子通路和细胞相互作用 | 成年小鼠肾脏组织 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus
2023-11, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008
PMID:37673202
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析比较了抗蠕虫感染的Santa Ines羊和易感Ile de France羊皱胃组织的转录组差异 | 首次在哺乳羔羊中结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据揭示抗蠕虫感染的黏膜特异性免疫机制 | 样本量较小(每组4只),仅针对特定品种和年龄段的羔羊 | 探索羊对Haemonchus contortus蠕虫感染的抗性分子机制 | Santa Ines和Ile de France品种的哺乳羔羊 | 转录组学 | 寄生虫感染 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 差异表达分析 | RNA测序数据 | 8只羔羊(SI和IF各4只) | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
An atlas of immune cell transcriptomes in human immunodeficiency virus-infected immunological non-responders identified marker genes that control viral replication
2023-Nov-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002918
PMID:37914674
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了HIV感染免疫应答者和非应答者的免疫细胞特征,识别出与病毒复制相关的标志基因 | 首次在单细胞水平构建HIV感染免疫非应答者的免疫细胞转录组图谱,识别出181个与HIV复制相关的标志基因 | 样本量相对有限,仅分析了外周血单个核细胞 | 研究HIV感染免疫非应答者特定免疫细胞亚型的特征 | HIV感染免疫应答者(CD4+T细胞计数>500)和免疫非应答者(CD4+T细胞计数<300) | 单细胞转录组学 | 艾滋病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 免疫应答者和免疫非应答者外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Human brain single nucleus cell type enrichments in neurodegenerative diseases
2023-Nov-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3390225/v1
PMID:38014237
|
研究论文 | 通过整合基因组关联研究、单细胞测序数据和批量表达研究,识别神经退行性疾病中重要的脑细胞类型和基因 | 首次在三种主要神经退行性疾病中系统识别免疫相关脑细胞类型,并精细定位30个基因座涉及7个基因在多种疾病中的作用 | 研究依赖于现有数据库和样本,可能未覆盖所有相关细胞类型和基因 | 识别神经退行性疾病谱系中治疗靶点开发相关的重要细胞类型和基因 | 人类脑组织样本,重点关注阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化和帕金森病 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 批量表达分析 | NA | 基因表达数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Wound-healing plasticity enables clonal expansion of founder progenitor cells in colitis
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.011
PMID:37652012
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研究论文 | 本研究揭示了急性结肠炎中通过伤口愈合可塑性实现克隆扩张的新机制 | 发现了伤口修复过程中结构约束丧失形成迷宫状通道,以及少量但高度增殖的创始祖细胞(FPCs)驱动大规模中性克隆扩张的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类结肠炎中的适用性需要进一步验证 | 探索结肠炎中克隆扩张的细胞机制及其与癌前病变的潜在联系 | 小鼠结肠上皮细胞 | 数字病理学 | 结肠炎 | 单细胞转录组学, 三维成像, 定量命运图谱 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH
2023-Nov-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1
PMID:37961666
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研究论文 | 本研究揭示肝脏脂质相关巨噬细胞通过TREM2介导减重手术对MASH的改善作用 | 发现垂直袖状胃切除术通过TREM2依赖的免疫调节机制改善MASH,且不依赖于体重减轻 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究减重手术改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的免疫调节机制 | 肥胖和代谢综合征患者及小鼠模型 | 单细胞生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |