单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05202-2
PMID:37535162
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序数据构建了一个干细胞相关特征模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合WGCNA和CytoTRACE分析方法，构建了包含10个基因的干细胞相关预后特征模型 | 研究使用的生物信息学分析方法存在一定局限性，需要进一步实验验证 | 开发肝细胞癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, CytoTRACE, LASSO, Cox回归分析 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | 四个数据集的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05208-w
PMID:37535163
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和bulk RNA测序分析坏死性凋亡在肝细胞癌中的作用，并构建预后预测模型 | 首次在肝细胞癌中鉴定出两种不同的坏死性凋亡亚型，并发现特定巨噬细胞亚群对坏死性凋亡高度敏感 | 研究主要基于TCGA数据库数据，需要进一步实验验证 | 研究坏死性凋亡在肝细胞癌发生发展中的作用并构建预后预测模型 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | 5基因预后模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of anoikis-related genes in prognosis and immune infiltration of gastric cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05157-4
PMID:37474682
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研究论文 | 基于批量和单细胞RNA测序数据，构建胃癌失巢凋亡相关基因的预后风险模型并分析其与免疫浸润的关系 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据系统分析失巢凋亡相关基因在胃癌预后和免疫浸润中的作用 | 研究基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证 | 建立胃癌预后预测模型并指导临床治疗 | 胃癌患者和胃癌相关细胞 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | Cox回归风险模型 | 基因表达数据 | 多个数据集的胃癌样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Single cell spatial transcriptomic profiling of childhood-onset lupus nephritis reveals complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.09.566503
PMID:38014158
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研究论文 | 通过单细胞空间转录组技术分析儿童发病狼疮性肾炎肾脏组织，揭示基质细胞与浸润免疫细胞间的复杂相互作用 | 首次在单细胞分辨率下构建儿童狼疮性肾炎的空间转录组图谱，揭示免疫细胞定位与组织位置相关的基因表达变化 | 组织学疾病活动评分与肾小球细胞转录特征相关性较弱，样本量有限（8例患者+2例对照） | 解析儿童狼疮性肾炎的免疫发病机制和分子异质性 | 儿童狼疮性肾炎患者和对照者的肾脏组织 | 空间转录组学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 8例儿童狼疮性肾炎患者和2例对照，超过400,000个细胞 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Development of a cell-free strategy to recover aged skeletal muscle after disuse
2023-11, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP282867
PMID:35318675
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研究论文 | 开发了一种基于过氧化氢预处理周细胞来源的小细胞外囊泡的无细胞策略，用于恢复老年小鼠废用性骨骼肌萎缩 | 首次发现周细胞在废用和恢复期间丧失抗氧化能力，并利用健康供体周细胞经H2O2刺激产生具有修复功能的小细胞外囊泡 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证；sEVs中具体起作用的蛋白质机制需进一步确认 | 开发针对老年废用性骨骼肌萎缩的新型治疗策略 | 小鼠骨骼肌周细胞和骨骼肌纤维 | 肌肉生物学 | 肌肉萎缩 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学分析，功能实验 | NA | 基因表达数据，蛋白质数据 | 年轻成年和老年小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568285
PMID:38045409
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研究论文 | 开发了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞测序数据中准确识别信息性线粒体突变并进行谱系重建 | 首次提供自动识别信息性线粒体突变的计算工具，在灵敏度和特异性方面优于现有方法 | NA | 开发用于单细胞谱系重建的计算工具 | 线粒体突变、单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 计算算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Development of a Nanoparticle-Based Tendon-Targeting Drug Delivery System to Pharmacologically Modulate Tendon Healing
2023-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.29.569204
PMID:38076889
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研究论文 | 开发了一种基于纳米颗粒的肌腱靶向药物递送系统，用于药理调节肌腱愈合 | 利用空间转录组学数据发现愈合肌腱中TRAP高表达区域，并首次将TRAP结合肽功能化纳米颗粒应用于肌腱靶向药物递送 | 研究仅针对急性肌腱损伤模型，未验证在慢性肌腱病变或其他类型软组织损伤中的效果 | 开发靶向肌腱的药物递送系统以改善肌腱愈合过程 | 肌腱愈合过程、TRAP表达、纳米颗粒药物递送系统 | 组织工程与再生医学 | 肌腱损伤 | 空间转录组学、纳米颗粒药物递送、功能评估 | NA | 基因表达数据、功能评估数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Solute carrier (SLC) expression reveals skeletogenic cell diversity
2023-11, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2023.08.004
PMID:37611888
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析海胆胚胎发育中转运蛋白表达模式，揭示细胞功能多样性 | 采用基于转运蛋白表达的细胞聚类策略，发现传统基因调控状态分类中被忽略的细胞功能亚群 | 研究仅针对紫球海胆特定发育阶段，结论在其他物种或发育阶段的普适性需进一步验证 | 探究胚胎发育过程中不同细胞类型转运蛋白表达模式的多样性 | 紫球海胆晚期原肠胚阶段的各类细胞，特别是中胚层细胞（色素细胞、胚腔细胞和骨骼形成细胞） | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞基因表达数据 | 紫球海胆晚期原肠胚阶段单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568217
PMID:38045285
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研究论文 | 本研究应用单细胞空间转录组学技术分析小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性微环境和细胞间相互作用 | 首次使用空间转录组学技术揭示肾脏损伤中空间依赖的基因表达模式和持续损伤的近端小管细胞与成纤维细胞间的分子相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索肾脏损伤和修复过程中的分子通路和细胞相互作用 | 成年小鼠肾脏组织 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus
2023-11, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008
PMID:37673202
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析比较了抗蠕虫感染的Santa Ines羊和易感Ile de France羊皱胃组织的转录组差异 | 首次在哺乳羔羊中结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据揭示抗蠕虫感染的黏膜特异性免疫机制 | 样本量较小（每组4只），仅针对特定品种和年龄段的羔羊 | 探索羊对Haemonchus contortus蠕虫感染的抗性分子机制 | Santa Ines和Ile de France品种的哺乳羔羊 | 转录组学 | 寄生虫感染 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 差异表达分析 | RNA测序数据 | 8只羔羊（SI和IF各4只） | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
An atlas of immune cell transcriptomes in human immunodeficiency virus-infected immunological non-responders identified marker genes that control viral replication
2023-Nov-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002918
PMID:37914674
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了HIV感染免疫应答者和非应答者的免疫细胞特征，识别出与病毒复制相关的标志基因 | 首次在单细胞水平构建HIV感染免疫非应答者的免疫细胞转录组图谱，识别出181个与HIV复制相关的标志基因 | 样本量相对有限，仅分析了外周血单个核细胞 | 研究HIV感染免疫非应答者特定免疫细胞亚型的特征 | HIV感染免疫应答者(CD4+T细胞计数>500)和免疫非应答者(CD4+T细胞计数<300) | 单细胞转录组学 | 艾滋病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 免疫应答者和免疫非应答者外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Human brain single nucleus cell type enrichments in neurodegenerative diseases
2023-Nov-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3390225/v1
PMID:38014237
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研究论文 | 通过整合基因组关联研究、单细胞测序数据和批量表达研究，识别神经退行性疾病中重要的脑细胞类型和基因 | 首次在三种主要神经退行性疾病中系统识别免疫相关脑细胞类型，并精细定位30个基因座涉及7个基因在多种疾病中的作用 | 研究依赖于现有数据库和样本，可能未覆盖所有相关细胞类型和基因 | 识别神经退行性疾病谱系中治疗靶点开发相关的重要细胞类型和基因 | 人类脑组织样本，重点关注阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化和帕金森病 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 批量表达分析 | NA | 基因表达数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Wound-healing plasticity enables clonal expansion of founder progenitor cells in colitis
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.011
PMID:37652012
|
研究论文 | 本研究揭示了急性结肠炎中通过伤口愈合可塑性实现克隆扩张的新机制 | 发现了伤口修复过程中结构约束丧失形成迷宫状通道，以及少量但高度增殖的创始祖细胞(FPCs)驱动大规模中性克隆扩张的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类结肠炎中的适用性需要进一步验证 | 探索结肠炎中克隆扩张的细胞机制及其与癌前病变的潜在联系 | 小鼠结肠上皮细胞 | 数字病理学 | 结肠炎 | 单细胞转录组学, 三维成像, 定量命运图谱 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH
2023-Nov-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1
PMID:37961666
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研究论文 | 本研究揭示肝脏脂质相关巨噬细胞通过TREM2介导减重手术对MASH的改善作用 | 发现垂直袖状胃切除术通过TREM2依赖的免疫调节机制改善MASH，且不依赖于体重减轻 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究减重手术改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的免疫调节机制 | 肥胖和代谢综合征患者及小鼠模型 | 单细胞生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves
2023-Nov, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010777
PMID:38011284
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示人类胚胎动脉瓣膜重塑过程中的新基因 | 首次在人类胚胎中应用空间转录组学研究动脉瓣膜发育，发现了四个小鼠基因组中不存在且与瓣膜发育相关的新基因 | 研究样本量有限，仅分析了CS16和CS19两个胚胎阶段 | 探索人类胚胎动脉瓣膜形成和重塑的分子机制 | 人类胚胎动脉瓣膜组织 | 空间转录组学 | 先天性心脏病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | CS16和CS19两个胚胎阶段的动脉瓣膜样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Unique activities of two overlapping PAX6 retinal enhancers
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302126
PMID:37643867
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研究论文 | 本研究通过活体成像和单细胞RNA测序技术揭示了两个重叠PAX6视网膜增强子HS5和NRE的独特细胞类型特异性活性 | 首次在双增强子报告斑马鱼胚胎中结合活体成像和单细胞RNA测序技术，在体内高分辨率水平揭示重叠增强子的独特功能差异 | 研究仅针对两个特定增强子，可能无法完全代表所有PAX6增强子的功能特性 | 探究PAX6基因调控景观中两个重叠视网膜增强子的功能特性和细胞类型特异性活性 | 斑马鱼胚胎中的PAX6视网膜增强子HS5和NRE | 发育生物学 | NA | 活体成像, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
A gain-of-function variation in PLCG1 causes a new immune dysregulation disease
2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.06.020
PMID:37422272
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研究论文 | 本研究首次报道了人类PLCγ1功能获得性变异导致的新型免疫失调疾病 | 首次发现并证实PLCγ1基因功能获得性变异(p.S1021F)可导致人类免疫失调疾病 | 仅研究单个病例，需要更大样本验证 | 探究PLCG1激活变异在免疫失调中的分子发病机制 | 患者PBMCs和T细胞、COS-7和Jurkat细胞系 | 免疫学 | 免疫失调疾病 | 全外显子测序,单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫印迹,荧光素酶检测,ELISA,钙流检测 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质数据 | 1例患者样本及细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Alpha-1 adrenergic signaling drives cardiac regeneration via extracellular matrix remodeling transcriptional program in zebrafish macrophages
2023-11-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.011
PMID:37875117
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研究论文 | 本研究揭示了α-1肾上腺素能信号通过调控巨噬细胞表型分化激活细胞外基质重塑转录程序，从而驱动斑马鱼心脏再生的机制 | 首次发现α-1肾上腺素能受体通过调控巨噬细胞表型分化激活细胞外基质重塑程序，并阐明其通过midkine介导的旁分泌信号激活胶原-12表达成纤维细胞的分子机制 | 研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物系统中验证 | 探究肾上腺素能信号在心脏修复过程中调控免疫反应和再生能力的分子机制 | 斑马鱼心脏再生模型中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，药理学干预，遗传操作 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection
2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.15.567132
PMID:38014096
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研究论文 | 本研究探讨SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2共感染的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响 | 首次在受控环境中直接研究慢性SIV感染导致的免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响 | 样本量较小（仅2只猪尾猕猴），属于初步研究 | 评估免疫缺陷状态下SARS-CoV-2共感染的临床和病毒学特征 | 慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴 | 传染病学 | HIV/AIDS, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床观察数据 | 2只SIV感染的猪尾猕猴，与先前发表的SIV未感染队列比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-07 |
SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures
2023-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43220-3
PMID:37990022
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研究论文 | 介绍基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析多个空间转录组切片数据 | 开发了首个集成细胞类型反卷积、空间域识别和3D对齐的深度学习工具包 | 未明确说明在特定组织类型或技术平台上的性能限制 | 解决多个空间转录组切片的联合分析和3D组织架构重建的挑战 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 多层感知机, 图卷积网络, 对抗学习 | mRNA表达数据, 空间坐标数据 | 模拟和真实空间转录组数据集，涉及多种组织和ST技术 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |