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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-05 |
Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer
2023-11-08, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00486-4
PMID:37941075
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综述 | 探讨单细胞分析在嵌合抗原受体T细胞免疫疗法中的应用与进展 | 系统总结单细胞测序技术如何优化CAR-T细胞疗法的受体设计、基因修饰和制造条件 | NA | 分析CAR-T免疫疗法在临床实践中失败的原因及单细胞测序技术带来的突破 | 嵌合抗原受体T细胞免疫疗法 | 单细胞分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-05 |
Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells
2023-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06704-2
PMID:37938768
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研究论文 | 本研究通过病毒基因组学分析发现人类疱疹病毒6型可在CAR T细胞中被重新激活 | 首次通过大规模病毒基因组挖掘识别出CAR T细胞中HHV-6病毒重新激活现象,并发现病毒'超级表达'细胞亚群 | 研究样本量有限,需要进一步验证病毒重新激活的临床影响 | 探究细胞治疗产品中潜伏病毒重新激活的机制和风险 | 人类CD4 T细胞、CAR T细胞治疗产品 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞测序、病毒基因组挖掘 | NA | 基因组数据、单细胞测序数据 | 研究级异体CAR T细胞、临床试验患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-05 |
CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair
2023-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06725-x
PMID:37968392
|
研究论文 | 本研究通过识别小鼠筋膜中的CD201+成纤维细胞祖细胞,揭示了其在伤口愈合过程中协调炎症反应和瘢痕形成的新机制 | 首次发现筋膜中CD201标记的多能成纤维细胞祖细胞,并阐明其通过视黄酸和缺氧信号通路调控促炎性成纤维细胞和肌成纤维细胞分化的时空序列 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织中的验证尚需进一步研究 | 探究伤口愈合过程中成纤维细胞祖细胞的分化调控机制 | 小鼠皮肤伤口模型和筋膜组织 | 单细胞转录组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞转录组测序,遗传谱系追踪,基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 小鼠皮肤损伤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-10-05 |
Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders
2023-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06548-w
PMID:37968388
|
研究论文 | 本研究建立了基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台,用于系统表征小鼠发育障碍模型 | 首次将组合索引单细胞RNA测序应用于全胚胎水平,实现了对哺乳动物发育障碍的系统性分子和细胞表型分析 | 研究仅针对胚胎期13.5天的小鼠胚胎,未覆盖其他发育阶段 | 建立可扩展的小鼠遗传模型系统表型分析平台 | 101个小鼠胚胎,包括22种突变型和4种野生型基因型 | 单细胞组学 | 发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 101个小鼠胚胎,超过160万个细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 组合索引单细胞RNA测序 |
| 45 | 2025-10-05 |
An integrated study to decipher immunosuppressive cellular communication in the PDAC environment
2023-11-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00320-6
PMID:37945567
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研究论文 | 通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示胰腺导管腺癌免疫抑制微环境中肿瘤相关巨噬细胞通过LGALS9基因介导的细胞通讯机制 | 首次整合多种转录组学技术系统解析PDAC免疫抑制微环境中的细胞通讯网络,发现TAMs通过LGALS9-P4HB相互作用轴在免疫抑制中的核心作用 | 研究样本量有限,机制验证实验不足,需要进一步功能实验确认LGALS9-P4HB相互作用的生物学意义 | 解析胰腺导管腺癌免疫抑制微环境中的细胞通讯机制 | 胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的各类细胞,特别是肿瘤相关巨噬细胞 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-10-05 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-11-02, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad159
PMID:37897495
|
研究论文 | 本研究通过建立内分泌治疗耐药HER2+/ER+乳腺癌体外模型,揭示了脂质代谢改变和铁死亡重塑是该类型乳腺癌的治疗脆弱点 | 首次建立了两种不同表型的内分泌治疗耐药HER2+/ER+乳腺癌体外模型,并发现GPX4抑制剂与抗HER2药物联合可显著诱导细胞死亡 | 研究仅基于体外细胞模型,尚未进行体内动物实验验证 | 识别内分泌治疗耐药HER2+/ER+乳腺癌的治疗脆弱点 | BT-474和MDA-MB-361乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺耐药变体 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 全基因组测序,单细胞RNA测序 | 体外细胞模型 | 基因组数据,转录组数据 | 2种乳腺癌细胞系及其耐药变体 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-05 |
Modelling the distinct roles of epithelial and stromal androgen receptor in the regulation of prostate epithelial dynamics
2023-11, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.16900
PMID:37424435
|
研究论文 | 本文提出了一个描述前列腺上皮动态的雄激素依赖性调控概念框架,并建立了相应的数学模型 | 区分了上皮和基质雄激素受体的不同功能,提出IGF1作为关键生长因子协调基质-上皮旁分泌通讯,并开发了能够定量拟合实验数据的数学模型 | 模型相对简单,可能需要更全面的建模来完全描述健康和患病前列腺的复杂性 | 阐明雄激素依赖性调控前列腺上皮动态的细胞和分子机制 | 前列腺上皮细胞和基质细胞 | 计算生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,数学建模 | 数学模型 | 基因表达数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-10-05 |
Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth
2023-11-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023114032
PMID:37781951
|
研究论文 | 本研究揭示了缺氧通过诱导高尔基体解体和内质网融合激活SREBP2,促进骨髓来源单核细胞胆固醇合成,从而增强肿瘤生长的机制 | 首次发现缺氧通过高尔基体-内质网融合以SCAP非依赖方式激活SREBP2,并在骨髓来源细胞特定谱系中调控胆固醇生物合成 | 研究主要聚焦于骨髓来源单核细胞,其他免疫细胞类型的作用尚未完全阐明 | 探索缺氧环境下骨髓来源细胞中SREBP2激活的分子机制及其在肿瘤进展中的作用 | 骨髓来源细胞(BMDCs)、造血干细胞(HSCs)、单核细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2025-10-05 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP
2023-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43256-5
PMID:37963892
|
研究论文 | 提出了一种名为BSP的空间可变基因识别方法,能够处理二维和三维空间转录组数据 | 开发了非参数模型BSP,通过比较两个空间粒度的基因表达模式来识别空间可变基因,支持三维数据分析 | NA | 开发能够有效识别空间可变基因的计算方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | 癌症, 神经科学, 类风湿关节炎, 肾脏疾病 | 空间转录组技术 | 非参数模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-05 |
Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567715
PMID:38014078
|
研究论文 | 通过整合单细胞和单核RNA测序技术研究人类胰腺α细胞异质性及其与β细胞的相互转化轨迹 | 首次发现人类胰腺α细胞存在五个不同亚群,并揭示了α-β细胞双向转化的潜在轨迹和特征基因 | 研究主要基于体外胰岛和胰岛移植物,未完全模拟体内自然环境 | 探索人类胰腺α细胞异质性及其在2型糖尿病中与β细胞的相互转化机制 | 人类胰岛细胞(来自非糖尿病供体和2型糖尿病患者)及人类胰岛移植物 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 轨迹推断分析, RNA速率分析 | 轨迹推断模型, PAGA分析 | 单细胞转录组数据, 单核转录组数据 | 人类胰岛样本(来自非糖尿病供体和2型糖尿病患者)及人类胰岛移植物样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-05 |
Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study
2023-11, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3535
PMID:37338187
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,鉴定出与类风湿关节炎相关的铜死亡关键基因DLAT | 首次在类风湿关节炎中系统研究铜死亡相关基因,发现DLAT作为关键生物标志物与滤泡辅助性T细胞密切相关 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索铜死亡相关基因在类风湿关节炎发病机制中的作用 | 类风湿关节炎患者样本和永生化人软骨细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 生物信息学分析,qRT-PCR,单细胞测序,细胞实验 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-05 |
Exploration of s new biomarker in osteosarcoma and association with clinical outcomes: TOP2A+ cancer associated fibroblasts
2023-11, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3528
PMID:37246449
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析识别骨肉瘤中致癌性癌症相关成纤维细胞亚群TOP2A+ CAFs,并构建预后预测模型 | 首次系统研究骨肉瘤中CAFs的作用,识别出TOP2A+ CAFs这一致癌亚群,并基于其差异表达基因构建高精度预后预测模型 | 样本量较小(仅6例单细胞数据),需要更大规模研究验证 | 探索骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的作用并开发预后预测工具 | 骨肉瘤患者样本和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析,LASSO回归,ROC分析 | LASSO回归,列线图模型 | 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据 | 6例单细胞RNA测序样本,88例预后分析样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-10-05 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-11-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
|
研究论文 | 本研究构建了胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱 | 首次创建了包含192,203个细胞的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱,并提供了可视化工具和开放分析流程 | 研究样本主要来自人类供体,可能无法完全代表所有人群特征 | 建立胰岛细胞类型特异性基因表达的标准化参考资源 | 人类胰岛细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 192,203个细胞,来自65名供体(包括无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病患者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2025-10-05 |
A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567732
PMID:38014320
|
研究论文 | 本研究通过建立ZTTK综合征小鼠模型,揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用 | 首次建立SON单倍体不足小鼠模型,成功模拟人类ZTTK综合征症状,并通过单细胞转录组分析揭示了造血发育异常机制 | 未明确说明样本量大小,且为动物模型研究,结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能,探索ZTTK综合征的发病机制 | SON单倍体不足小鼠模型及其造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学 | ZTTK综合征 | 单细胞转录组测序,表面标志物分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
|
研究论文 | 开发了一种准确高效的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | 能够捕捉CyTOF数据的多种特征,在整体数据分布学习上优于scDesign2、Splatter等单细胞RNA-seq导向方法和LAMBDA等生成模型 | NA | 为流式飞行时间质谱数据分析方法的开发和评估提供基础 | CyTOF数据 | 机器学习 | NA | 流式飞行时间质谱 | 生成模型 | 质谱数据 | NA | NA | 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States
2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000217
PMID:37639336
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研究论文 | 本研究构建了统一的小鼠和人类肾脏单细胞表达图谱,揭示了疾病状态的共性和差异 | 首次系统性地比较了18种不同小鼠肾脏疾病模型的单细胞和批量基因表达数据,并直接对比了小鼠糖尿病肾病模型与人类患者的单细胞表达特征 | 小鼠糖尿病肾病模型与人类患者在单细胞水平的基因表达变化重叠较小 | 系统分析小鼠肾脏疾病模型的基因表达特征,并与人类疾病状态进行比较 | 18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者的肾脏组织 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量基因表达分析 | 张量分解分析 | 基因表达数据 | 36个单细胞RNA测序样本, 42个批量基因表达样本, 近300,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380
PMID:37950869
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研究论文 | 通过整合22个单细胞RNA测序库的元分析,构建了包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱 | 首次通过大规模单细胞元分析揭示血管细胞状态与动脉粥样硬化的关联,并发现LTBP1和CRTAC1作为疾病进展标志物 | 基于已有数据集的元分析,可能受原始研究技术差异的限制 | 解析人类动脉粥样硬化中血管细胞状态与疾病关联机制 | 人类动脉粥样硬化组织中的血管和免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 全基因组关联研究, 空间成像分析 | 整合元分析 | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 空间成像数据 | 118,578个细胞来自22个scRNA-seq文库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-06 |
Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression
2023-Nov-13, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.11.13.23298409
PMID:38014221
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学和空间转录组学整合分析,揭示了卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭进展的分子机制 | 首次整合空间蛋白质组学和空间转录组学技术,在分子水平上解析了卵巢交界性肿瘤向侵袭性癌转化的全过程 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭进展的分子机制 | 卵巢交界性肿瘤(SBT)和低级别浆液性癌(LGSC)患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学, 基因敲低, 药物抑制 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network
2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566642
PMID:38014057
|
研究论文 | 提出基于图神经网络的细胞间通讯推断框架CGCom,利用空间转录组数据预测细胞间通讯 | 首次将图神经网络与空间转录组数据结合,利用细胞邻近信息和配体-受体信号下游分子调控信息来推断细胞间通讯 | 仅在小鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证,尚未在其他生物系统或技术平台上测试 | 开发能够准确推断细胞间通讯的计算方法 | 小鼠胚胎细胞 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组测序 | 图神经网络(GNN) | 空间转录组数据,单细胞基因表达数据 | 小鼠胚胎seqFISH数据集 | NA | 空间转录组学,seqFISH | seqFISH | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
Proteostasis governs differential temperature sensitivity across embryonic cell types
2023-11-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.10.013
PMID:37949057
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研究论文 | 本研究通过全动物单细胞RNA测序揭示了不同胚胎细胞类型对温度敏感性的差异机制 | 首次使用全动物单细胞RNA测序技术系统分析温度胁迫下斑马鱼胚胎发育,发现脊索鞘细胞因蛋白质稳态失衡导致发育缺陷 | 研究仅针对斑马鱼胚胎,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究胚胎发育过程中不同细胞类型对温度敏感性的分子基础 | 斑马鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数百个斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 全动物单细胞RNA测序 |