单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-11-25 |
Spatial transcriptomics reveals distinct tissue niches linked with steroid responsiveness in acute gastrointestinal GVHD
2023-11-23, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020644
PMID:37699201
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研究论文 | 研究利用空间转录组技术揭示了急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的不同组织微环境 | 首次利用空间转录组技术分析了急性胃肠道GVHD患者的组织微环境，并发现了与类固醇反应性相关的独特基因表达特征 | 样本量较小，仅包括32名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的组织微环境，并识别潜在的预后生物标志物 | 急性胃肠道GVHD患者的组织样本 | 数字病理学 | 造血系统疾病 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 32名急性胃肠道GVHD患者 |
| 22 | 2024-11-24 |
Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages
2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.31.565031
PMID:37961519
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌亚型及其谱系的染色质可及性和转录动力学的差异 | 首次应用多组学技术结合空间转录组学和多重成像技术，揭示了乳腺癌亚型与其潜在起源细胞之间的基因表达和染色质可及性的特征联系 | 研究样本量相对较小，且仅限于乳腺癌患者 | 探讨乳腺癌亚型及其谱系的起源细胞和转录网络 | 乳腺癌亚型及其谱系的起源细胞和转录网络 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学、多重成像 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 61个样本，来自37名乳腺癌患者 |
| 23 | 2024-11-23 |
An Anterior Second Heart Field Enhancer Regulates the Gene Regulatory Network of the Cardiac Outflow Tract
2023-11-21, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究通过CRISPR-Cas9基因编辑技术删除心脏增强子，探讨其在心脏流出道基因调控网络中的作用 | 揭示了前第二心场增强子在连接GATA6与NKX2-5依赖的旋转和隔膜基因程序中的关键作用 | NA | 探讨心脏流出道发育异常的基因调控网络 | 心脏流出道、前第二心场增强子、GATA6、NKX2-5 | NA | 心血管疾病 | CRISPR-Cas9基因编辑、RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、转座酶可及染色质测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 小鼠模型、人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 |
| 24 | 2024-11-21 |
Dissecting mammalian reproduction with spatial transcriptomics
2023-11-02, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmad017
PMID:37353907
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的应用，重点介绍了其在配子发生、胚胎发生和生殖病理学方面的生物学新见解 | 空间转录组学技术通过保留细胞在原生组织环境中的空间背景，揭示了细胞状态如何通过与邻近体细胞的相互作用进行调控 | 当前的空间转录组学技术在应用于生殖研究时仍面临实验和计算上的挑战 | 综述空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的最新进展，并讨论其在未来的应用前景 | 哺乳动物生殖系统中的配子发生、胚胎发生和生殖病理学 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25 | 2024-11-17 |
Ezh2-dependent methylation in oral epithelia promotes secondary palatogenesis
2023-11-15, Birth defects research
IF:1.6Q4
DOI:10.1002/bdr2.2216
PMID:37435868
|
研究论文 | 研究Ezh2依赖的甲基化在口腔上皮中对次级腭发育的影响 | 首次揭示了Ezh2在口腔上皮中的甲基化对次级腭发育的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨Ezh2依赖的甲基化在次级腭发育中的上皮作用 | 小鼠胚胎的口腔上皮 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、RT-qPCR | NA | RNA | 小鼠胚胎的口腔上皮样本 |
| 26 | 2024-11-17 |
ScRNAPip: A systematic and dynamic pipeline for single-cell RNA sequencing analysis
2023-Nov, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.132
PMID:38868218
|
研究论文 | 本文开发了一个可重复的计算工作流程，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了一个系统化和动态的单细胞RNA测序分析管道ScRNAPip | NA | 为研究人员提供一个全面的教程，帮助他们构建和优化自己的分析管道 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用公开数据集进行演示 |
| 27 | 2024-11-12 |
Myeloid Cell Derived IL1β Contributes to Pulmonary Hypertension in HFpEF
2023-11-10, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323119
PMID:37929582
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研究论文 | 研究探讨了骨髓细胞衍生的IL-1β在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的肺动脉高压（PH）中的作用 | 提出了一个新的HFpEF相关PH和右心重塑的研究模型，并识别出骨髓细胞衍生的IL-1β是HFpEF中PH的重要贡献者 | NA | 确定HFpEF小鼠模型是否也表现出PH特征，并识别可能驱动HFpEF早期肺血管重塑的通路 | C57BL/6J小鼠和db/db小鼠模型，以及PH-HFpEF患者的肺组织 | NA | 心血管疾病 | RNA测序、免疫染色、ELISA | NA | RNA | C57BL/6J小鼠（8周龄，雄性和雌性）和db/db小鼠，以及PH-HFpEF患者的肺组织和血浆 |
| 28 | 2024-11-08 |
Wound-healing plasticity enables clonal expansion of founder progenitor cells in colitis
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.011
PMID:37652012
|
研究论文 | 研究揭示了急性小鼠结肠炎中，伤口愈合过程中的克隆扩展机制 | 首次通过三维成像、定量命运图谱和单细胞转录组学揭示了伤口愈合过程中上皮细胞的非增殖可塑状态及其对克隆扩展的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨慢性结肠损伤和炎症中克隆扩展的机制 | 急性小鼠结肠炎中的上皮细胞和创始前体细胞 | NA | NA | 三维成像、定量命运图谱、单细胞转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 小鼠模型 |
| 29 | 2024-11-08 |
Reconstructing human brown fat developmental trajectory in vitro
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.001
PMID:37647896
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肩胛间棕色脂肪的发育过程，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棕色脂肪细胞分化过程中GATA6转录因子的表达，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，人类棕色脂肪细胞的分化过程可能存在差异 | 揭示棕色脂肪细胞的发育轨迹，并探索在体外重现人类棕色脂肪细胞分化的方法 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞的单细胞样本 |
| 30 | 2024-11-08 |
Combined inactivation of RB and Hippo converts differentiating Drosophila photoreceptors into eye progenitor cells through derepression of homothorax
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.003
PMID:37848027
|
研究论文 | 研究了RB和Hippo通路在果蝇光感受器细胞分化中的相互作用 | 揭示了RB和Hippo通路通过抑制homothorax表达来维持光感受器细胞分化的机制 | NA | 探讨RB和Hippo通路在细胞增殖和分化中的相互作用机制 | 果蝇光感受器细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 31 | 2024-11-06 |
STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440
PMID:37738898
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks | 首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别 | NA | 开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率 | 空间转录组数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类 | 图卷积网络 | 转录组数据 | 六个10x Genomics Visium数据集 |
| 32 | 2024-11-06 |
Microdissection of cancer-associated fibroblast infiltration subtypes unveils the secreted SERPINE2 contributing to immunosuppressive microenvironment and immuotherapeutic resistance in gastric cancer: A large-scale study integrating bulk and single-cell transcriptome profiling
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107406
PMID:37729702
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研究论文 | 本研究通过大规模整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了CAFs在胃癌中的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证SERPINE2的具体作用机制 | 探讨CAFs及其分泌因子在胃癌免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用，寻找新的免疫治疗靶点 | 胃癌患者样本及其肿瘤微环境中的CAFs和免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2148名胃癌患者样本，涵盖11个独立数据集 |
| 33 | 2024-11-06 |
Identification of urinary extracellular vesicles differentially expressed RNAs in diabetic nephropathy via whole-transcriptome integrated analysis
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107480
PMID:37738894
|
研究论文 | 本研究通过全转录组整合分析，识别了糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA | 首次报道了糖尿病肾病患者尿液外泌体中的全转录组遗传资源 | NA | 研究糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA及其作为潜在诊断生物标志物的可能性 | 糖尿病肾病患者的尿液外泌体 | 数字病理学 | 糖尿病 | 微阵列分析、下一代测序 | 机器学习模型 | RNA | 24名参与者，包括12名糖尿病肾病患者和12名2型糖尿病患者 |
| 34 | 2024-11-06 |
Identification of cell-type-specific genes in multimodal single-cell data using deep neural network algorithm
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107498
PMID:37738895
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研究论文 | 本文利用深度神经网络算法在多模态单细胞数据中识别细胞类型特异性基因 | 本文创新性地使用深度神经网络模型分析CITE-seq数据，成功识别出红细胞祖细胞中的细胞类型特异性基因 | 本文仅使用了Kaggle数据库中的一个CITE-seq数据集，样本量和细胞类型有限 | 旨在通过多模态单细胞数据识别细胞类型特异性基因 | 骨髓干细胞分化过程中的七种细胞类型的CITE-seq数据 | 机器学习 | 血液相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度神经网络（DNN） | RNA和表面蛋白表达数据 | 七种细胞类型的CITE-seq数据集 |
| 35 | 2024-10-30 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-Nov-02, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad159
PMID:37897495
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研究论文 | 本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性 | 本研究首次开发了两种长期雌激素剥夺的细胞系，并结合全基因组测序和单细胞RNA测序，揭示了HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的分子机制和代谢重塑 | 本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现 | 识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的潜在治疗靶点 | HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其内分泌治疗耐药变异体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 两种HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺变异体 |
| 36 | 2024-10-28 |
Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States
2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000217
PMID:37639336
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了18种小鼠肾脏疾病模型与人类糖尿病肾病患者的基因表达差异，揭示了疾病状态下基因表达的共性和差异 | 首次系统性地分析和比较了多种小鼠肾脏疾病模型的单细胞基因表达数据，并将其与人类糖尿病肾病患者的单细胞数据进行对比 | 小鼠模型与人类患者之间的单细胞基因表达变化重叠较少，表明动物模型与人类疾病之间存在差异 | 研究小鼠肾脏疾病模型与人类疾病状态下基因表达的共性和差异 | 18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36个单细胞RNA测序样本和42个批量基因表达数据样本 |
| 37 | 2024-10-25 |
The C-type lectin COLEC10 is predominantly produced by hepatic stellate cells and involved in the pathogenesis of liver fibrosis
2023-11-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06324-8
PMID:38036508
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研究论文 | 研究了C型凝集素COLEC10在肝星状细胞中的表达及其在肝纤维化发病机制中的作用 | 首次发现COLEC10主要由肝星状细胞产生，并在肝纤维化过程中表达下调，揭示了其在肝纤维化发病机制中的新作用 | 研究主要基于小鼠和人类肝脏样本，缺乏更广泛的物种验证；体外实验结果需要体内实验进一步验证 | 探讨COLEC10在肝纤维化发病机制中的作用 | 肝星状细胞、肝纤维化患者和健康捐赠者的血清 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | RNA | 小鼠肝脏样本、人类肝脏样本、慢性肝病患者和健康捐赠者的血清 |
| 38 | 2024-10-25 |
Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2023-Nov, Iranian journal of kidney diseases
IF:0.8Q4
PMID:38043109
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研究论文 | 本研究通过结合微阵列和单细胞测序数据分析，识别出PHACTR4作为糖尿病肾病的新生物标志物，并探讨其与肾小球内皮细胞功能障碍和免疫浸润的相关性 | 本研究首次将PHACTR4识别为糖尿病肾病的关键生物标志物，并揭示了其与肾小球内皮细胞功能障碍和免疫浸润的关联 | 本研究主要依赖于微阵列和单细胞测序数据，未进行大规模临床验证 | 识别与糖尿病肾病相关的生物标志物，并探讨其与肾小球内皮细胞功能障碍和免疫浸润的关系 | 糖尿病肾病患者的肾小球内皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 微阵列分析、单细胞测序、RT-PCR | NA | 基因表达数据 | 微阵列数据集GSE30528和单细胞测序数据集GSE131882 |
| 39 | 2024-10-21 |
INVADEseq to identify cell-adherent or invasive bacteria and the associated host transcriptome at single-cell-level resolution
2023-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00888-7
PMID:37789194
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INVADEseq的新方法，用于在单细胞水平分辨率下识别细胞粘附或侵袭性细菌及其相关宿主转录组 | INVADEseq方法通过引入针对细菌16S rRNA基因的引物，克服了传统scRNAseq技术无法捕获细菌RNA的局限性 | NA | 开发一种能够在单细胞水平上同时分析宿主和细菌转录组的新技术 | 人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本中的细菌及其相关宿主转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本 |
| 40 | 2024-10-16 |
A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Nov-23, ArXiv
PMID:38045476
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综述 | 本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展 | 本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性 | 空间变异基因（SVG） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |