单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 460 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-12-04 |
A new Bayesian factor analysis method improves detection of genes and biological processes affected by perturbations in single-cell CRISPR screening
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02017-4
PMID:37770710
|
研究论文 | 本文提出了一种名为引导稀疏因子分析（GSFA）的新统计方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，以提高检测受遗传扰动影响的基因和生物过程的效率 | GSFA通过推断代表共调控基因或基因模块的潜在因子，并借用这些因子的信息来推断遗传扰动对单个基因的影响，从而在检测扰动效应方面比现有方法具有更高的统计功效 | NA | 开发一种统计方法以更有效地分析单细胞CRISPR筛选数据，检测受遗传扰动影响的基因和生物过程 | 单细胞CRISPR筛选数据，具体来自人类CD8 T细胞和神经祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | 贝叶斯因子分析，引导稀疏因子分析（GSFA） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-12-04 |
The cellular states and fates of shed intestinal cells
2023-11, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00905-9
PMID:37857731
|
研究论文 | 本研究通过批量及单细胞RNA测序分析雄性小鼠肠道粪便洗涤物，揭示了脱落肠上皮细胞在肠道腔内的存活状态及功能 | 首次证明脱落肠上皮细胞在肠道腔内保持活性，并上调独特的抗菌程序，同时识别了免疫细胞的脱落现象及其在结肠炎中的增加 | 技术限制先前阻碍了对脱落肠细胞状态和命运的研究，本研究可能受限于小鼠模型和粪便样本的复杂性 | 探究脱落肠细胞的细胞状态、命运及其在肠道腔内的潜在功能 | 雄性小鼠的肠道粪便洗涤物中的脱落肠上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性小鼠肠道粪便洗涤物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-12-04 |
Learning single-cell perturbation responses using neural optimal transport
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01969-x
PMID:37770709
|
研究论文 | 本文提出CellOT框架，利用最优传输理论和输入凸神经网络架构，从非配对分布中学习单个细胞对扰动的响应 | 结合最优传输理论与输入凸神经网络，首次实现从非配对单细胞数据中学习异质性扰动响应 | 方法依赖于单细胞测量需破坏细胞的限制，仅能处理非配对分布数据 | 预测单细胞在化学、遗传或机械扰动下的分子响应 | 单个细胞 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多重蛋白质成像技术 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质成像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-11-27 |
Fasting-Mimicking Diet Drives Antitumor Immunity against Colorectal Cancer by Reducing IgA-Producing Cells
2023-11-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0323
PMID:37602826
|
研究论文 | 本研究揭示模拟禁食饮食通过抑制IgA+B细胞激活抗肿瘤免疫从而抑制结直肠癌的机制 | 首次发现模拟禁食饮食通过促进脂肪酸氧化诱导RUNX3乙酰化，进而抑制IgA类型转换和CD8+T细胞抑制 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限 | 阐明模拟禁食饮食在结直肠癌中激活抗肿瘤免疫的具体分子机制 | 结直肠癌小鼠模型和患者样本 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-11-18 |
Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
2023-11-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89338
PMID:37975797
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析斑马鱼幼体脊髓运动神经元的分子特征及其在游泳行为中的功能差异 | 首次在斑马鱼脊髓运动神经元中发现特定电压依赖性离子通道和突触蛋白组合形成的功能'盒'，并揭示其与高速游泳行为的关系 | 研究主要聚焦于斑马鱼模型，结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 探究脊髓运动神经元在游泳行为中的功能差异的分子基础 | 斑马鱼幼体脊髓神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体脊髓神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-11-18 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-11-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了人类前交叉韧带退变的细胞图谱 | 首次在单细胞和空间水平揭示了韧带退变过程中新的成纤维细胞亚群及其动态轨迹 | 样本量相对有限，需要进一步验证关键发现 | 系统识别人类韧带细胞类型，研究韧带退变过程中的细胞身份、功能和相互作用 | 人类前交叉韧带健康与退变组织 | 空间转录组学 | 韧带退行性疾病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,免疫组织化学染色,免疫荧光染色 | 计算分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 约49,356个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Lrg1在脑缺血再灌注损伤中通过调节多种细胞功能状态的作用机制 | 首次在单细胞水平上系统阐明Lrg1通过调控多种细胞类型功能状态参与脑缺血再灌注损伤的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究Lrg1在脑缺血再灌注损伤中的具体作用机制 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 单细胞组学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 微血管白蛋白渗漏检测 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 野生型和Lrg1敲除小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas identified a novel fibroblast subpopulation activated to guide oral barrier immunity in periodontitis
2023-11-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88183
PMID:38015204
|
研究论文 | 通过小鼠牙龈单细胞转录组图谱发现新型成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群及其与中性粒细胞、ILC3细胞形成的免疫轴机制 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明牙周炎中口腔屏障免疫异常启动机制 | 小鼠牙周炎模型的牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型牙龈组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing unravels the transcriptional network underlying zebrafish retina regeneration
2023-11-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86507
PMID:37988404
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中穆勒胶质细胞的转录网络和命运决定机制 | 发现了损伤诱导的穆勒胶质细胞分化轨迹，识别出具有穆勒胶质细胞和祖细胞混合身份特征的细胞群体 | 研究仅限于斑马鱼模型，未直接验证在人类视网膜疾病中的适用性 | 研究穆勒胶质细胞反应性与祖细胞产生和神经元分化的分子机制 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞、祖细胞和再生后代细胞 | 单细胞基因组学 | 视网膜营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未损伤和光损伤视网膜样本中的穆勒胶质细胞、祖细胞及再生后代 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-11-15 |
Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01685-z
PMID:36879006
|
研究论文 | 开发了一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法——PIP-seq，通过模板乳化技术实现单细胞封装和条形码标记 | 首次提出基于粒子模板乳化的单细胞测序方法，无需专用微流控设备、专业技术或硬件，仅需涡旋混合器即可完成 | NA | 开发更简单、灵活和可扩展的单细胞测序工作流程 | 小鼠-人类混合细胞、人类乳腺组织细胞、混合表型急性白血病细胞 | 单细胞基因组学 | 乳腺癌、急性白血病 | 单细胞RNA测序、多组学测量 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 数千个样品或数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞多组学 | PIP-seq | 粒子模板即时分区测序，支持微孔板和大体积锥形管等多种乳化格式 |
| 31 | 2025-11-15 |
High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01697-9
PMID:36879008
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CytoSPACE的优化方法，用于将单细胞RNA测序图谱中的单个细胞映射到空间表达谱 | 开发了能够以单细胞分辨率进行组织图谱绘制的新方法，在噪声容忍度和准确性方面优于先前方法 | NA | 解决空间转录组学中基因恢复有限和空间分辨率低的问题 | 单细胞RNA测序图谱和空间表达谱 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 优化方法 | 基因表达数据，空间表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2025-11-15 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
|
研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，开发了一种使用逻辑门识别CAR开关组合靶抗原的方法 | 首次在单细胞水平构建整合140万细胞的表达图谱，并应用随机森林和卷积神经网络筛选最优基因对，开发AND、OR和NOT逻辑门评估肿瘤覆盖率和特异性 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证靶抗原的蛋白表达和功能有效性 | 解决CAR细胞疗法中区分癌细胞与正常组织细胞的最佳靶抗原识别难题 | 412个肿瘤和12个正常器官的肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌,结直肠癌 | 单细胞RNA测序,表位分析 | 随机森林,卷积神经网络 | 单细胞转录组数据 | 约140万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-11-15 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
|
研究论文 | 提出一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同类别生物信号 | 使用拓扑先验知识解耦单细胞数据中交叉干扰的生物学信号，能够推断拓扑信息基因并推广到多样化的模板和系统 | NA | 开发能够分离和增强单细胞数据中特定生物信号的计算方法 | HeLa细胞、肝脏小叶、衣藻、视交叉上核 | 单细胞数据分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2025-11-14 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
|
研究论文 | 开发了scDiffCom工具和scAgeCom图谱，用于分析细胞间通讯的年龄相关变化 | 提供了首个覆盖23个小鼠组织的细胞间通讯衰老变化图谱，基于约5000个配体-受体相互作用 | 仅基于小鼠单细胞转录组数据，尚未在人类数据中验证 | 量化并探索细胞间通讯在衰老过程中的变化 | 小鼠23个组织的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-11-14 |
Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
PMID:37946043
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学结合单细胞多组学技术揭示了小鼠肝脏中不同区域细胞随年龄变化的代谢、表观遗传和转录组特征 | 首次整合空间转录组学、单细胞ATAC-seq和RNA-seq、脂质组学及功能分析，揭示肝脏微环境对细胞衰老轨迹的空间依赖性影响 | 研究仅针对雄性小鼠肝脏，未涉及雌性个体或其他组织类型 | 探究组织微环境变化如何影响不同空间位置细胞的表观遗传、代谢和表型特征随年龄的变化 | 雄性小鼠肝脏中的肝细胞 | 空间生物学,单细胞多组学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学,功能分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞表观基因组数据,单细胞转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学 | NA | NA |
| 37 | 2025-11-14 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学鉴定出CD133+骨髓源性内皮样细胞，证明其能恢复衰老小鼠的新血管形成并延长寿命 | 首次鉴定CD133+内皮样干细胞作为潜在内皮祖细胞，并发现法尼基二磷酸合酶(FDPS)在衰老过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需验证 | 探索干细胞衰老机制及治疗早衰症和年龄相关疾病的策略 | 早衰模型小鼠和自然衰老小鼠 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早衰和自然衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-05 |
Rapid and signal crowdedness-robust in situ sequencing through hybrid block coding
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309227120
PMID:37963245
|
研究论文 | 介绍一种名为SPRINTseq的新型原位测序方法，通过混合块编码和分子稀释策略实现快速、高分辨率的空间转录组分析 | 结合混合块编码和分子稀释策略，解决了现有方法在分辨率、灵敏度或速度方面的限制 | NA | 开发改进的空间转录组技术以探索复杂生物过程和疾病机制 | 小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 原位测序 | NA | 空间转录组数据 | 4个小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞，恢复超过1.42亿个转录本 | NA | 空间转录组学,原位测序 | SPRINTseq | 使用108个基因panel的混合块编码和分子稀释策略 |
| 39 | 2025-10-05 |
NMDAR antagonists suppress tumor progression by regulating tumor-associated macrophages
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302126120
PMID:37967215
|
研究论文 | 本研究揭示了NMDAR在肿瘤相关巨噬细胞中的免疫抑制作用及其拮抗剂的抗肿瘤潜力 | 首次发现NMDAR激活通过钙内流和活性氧生成驱动肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能，并证明NMDAR拮抗剂可逆转此过程 | 研究主要聚焦于肝细胞肉瘤和纤维肉瘤模型，尚未验证其他肿瘤类型 | 探究NMDAR在肿瘤微环境中对巨噬细胞的调控机制及治疗潜力 | 肿瘤相关巨噬细胞、T细胞、NK细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞肉瘤、纤维肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-05 |
Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering
2023-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302089120
PMID:37931105
|
研究论文 | 通过微环境工程控制供体和新生神经元在眼中的迁移与成熟 | 建立了'计算模拟-体外实验-体内验证'框架，首次利用单细胞转录组数据筛选出SDF1作为引导分子，在视网膜中构建人工梯度显著促进神经元迁移 | 研究仅聚焦于视网膜神经节细胞，未验证该方法在其他神经元类型或脑区的普适性 | 开发控制移植后供体细胞行为的精准方法，促进神经元整合 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 青光眼 | 单细胞转录组测序，计算机模拟分析，体外功能实验 | NA | 基因表达数据，细胞迁移数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |