单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-20	Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model 2023-11, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.06.021 PMID:37369340	研究论文	本研究验证了一种神经精神性狼疮小鼠模型，并发现外周1型干扰素特征升高与神经精神性狼疮症状相关	通过空间转录组学技术揭示了1型干扰素特征在小鼠脑实质中的空间富集模式	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探究1型干扰素在中枢神经系统中的作用及其与神经精神性狼疮症状的关系	神经精神性狼疮小鼠模型	神经科学	系统性红斑狼疮	单核测序, 空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据, 空间转录组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
22	2025-07-20	Machine learning and single-cell sequencing reveal the potential regulatory factors of mitochondrial autophagy in the progression of gastric cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05287-9 PMID:37648811	研究论文	本研究通过机器学习和单细胞测序技术，揭示了线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的潜在调控因素	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了胃癌中线粒体自噬的关键基因和调控网络	研究样本量有限，仅包含13个胃癌样本的28,836个细胞	全面分析线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌（GC）	机器学习	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq	SVM-RVF, 随机森林	基因表达数据	13个胃癌样本的28,836个细胞
23	2025-07-20	A novel coiled-coil domain containing-related gene signature for predicting prognosis and treatment effect of breast cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05222-y PMID:37558766	研究论文	本文开发了一个包含卷曲螺旋结构域相关基因的特征，用于预测乳腺癌的预后和治疗效果	首次建立了卷曲螺旋结构域包含蛋白家族在乳腺癌中的预后特征，并通过多数据库验证其预测价值	研究结果需要进一步通过实验验证，且样本来源仅限于公开数据库	开发乳腺癌预后预测模型并评估其治疗效果预测能力	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	LASSO Cox回归模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA、METABRIC和GEO数据库的乳腺癌患者数据
24	2025-07-20	The role of KPNA2 as a monotonically changing differentially expressed gene in the diagnosis, risk stratification, and chemotherapy sensitivity of chronic hepatitis B-liver cirrhosis-hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05213-z PMID:37526663	研究论文	本研究探讨了KPNA2基因在慢性乙型肝炎-肝硬化-肝细胞癌（CLH）诊断、风险分层和化疗敏感性中的作用	首次将KPNA2作为血清生物标志物用于CLH不同阶段的诊断和动态监测，并发现其与化疗药物敏感性的相关性	研究样本量未明确说明，且未进行多中心验证	探索CLH演变过程中的早期诊断生物标志物和治疗靶点	慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	ELISA、单细胞RNA-seq、批量RNA-seq	列线图模型	基因表达数据	NA
25	2025-07-20	Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05075-5 PMID:37458803	研究论文	本研究首次探讨了Cx基因在泛癌中的表达差异和预后意义，并聚焦于LUAD，旨在全面分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	首次在泛癌中探讨Cx基因的表达差异和预后意义，并针对LUAD开发了一个结合风险评分和临床特征的综合预后模型	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	Connexin基因家族在LUAD中的表达和功能	生物信息学	肺癌	单细胞测序	综合预后模型	基因表达数据	NA
26	2025-07-20	Integrated single-cell and bulk sequencing analyses with experimental validation identify the prognostic and immunological implications of CD226 in pan-cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05268-y PMID:37580402	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序分析，结合实验验证，探讨了CD226在泛癌中的预后和免疫学意义	首次全面分析了CD226在泛癌中的表达谱及其与免疫治疗反应的关系，并验证了其在肿瘤浸润免疫细胞中的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠B16F10黑色素瘤模型	探究CD226的生物学功能、在肿瘤免疫中的作用及其预测预后和免疫治疗反应的潜力	泛癌样本和小鼠B16F10黑色素瘤模型	肿瘤免疫学	泛癌	单细胞测序、批量测序、基因集富集分析(GSEA)、流式细胞术	小鼠B16F10黑色素瘤模型	测序数据、流式细胞数据	多种癌症类型的样本和小鼠模型
27	2025-07-20	Selenium metabolism heterogeneity in pan-cancer: insights from bulk and single-cell RNA sequencing 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05333-6 PMID:37648807	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示了硒代谢在泛癌中的异质性及其与免疫反应和癌症生物学的关联	首次系统描绘了硒代谢在泛癌中的景观，并揭示了其与免疫反应、癌症标志物的相关性，以及通过机器学习预测免疫检查点抑制剂治疗反应的潜力	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验验证	探索硒代谢在癌症发生发展和免疫反应中的作用	多种癌症类型（泛癌）	生物信息学	泛癌	RNA测序（批量RNA测序和单细胞RNA测序），GSEA，机器学习	机器学习模型（具体类型未说明）	RNA测序数据	TCGA、GTEx、CCLE数据库及整合的泛癌单细胞数据集
28	2025-07-20	Identification an innovative classification and nomogram for predicting the prognosis of thyroid carcinoma patients and providing therapeutic schedules 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05252-6 PMID:37596371	研究论文	本研究探讨了程序性细胞死亡（PCD）模式与甲状腺癌预后的关联，并开发了基于PCD基因的预后指数	利用六种机器学习算法创建了程序性细胞死亡特征（PCDS），并通过SVM模型确定了最佳模型，同时发现了两种具有不同生物学过程和药物敏感性的THCA分子亚型	研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探究PCD与甲状腺癌预后的关系，并开发预后预测模型	甲状腺癌患者	机器学习	甲状腺癌	机器学习算法（SVM等），非负矩阵分解（NMF）	SVM	基因表达数据，临床数据	568名甲状腺癌患者
29	2025-07-20	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05202-2 PMID:37535162	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，构建了一个与干性相关的特征模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应	首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建干性相关特征模型，并通过多种算法验证其在预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应中的有效性	研究仅基于现有数据集，需要进一步实验验证	开发一个能够预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的干性相关特征模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, CytoTRACE, LASSO	预后预测模型	RNA-seq数据	四个数据集中的肝细胞癌患者样本
30	2025-07-20	A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05208-w PMID:37535163	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面分析了坏死性凋亡在肝细胞癌（HCC）中的潜在作用，并构建了一个基于坏死性凋亡相关基因（NAGs）的预后预测模型	构建了一个5基因预后模型，揭示了HCC中两种不同的坏死性凋亡亚型，并发现CD5L、CETP和MARCO表达的巨噬细胞亚群对坏死性凋亡高度敏感	研究主要基于TCGA数据库的数据，可能需要更多独立队列验证模型的普适性	探究坏死性凋亡在HCC发展和进展中的作用，并构建预后预测模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CIBERSORT算法	预后预测模型	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HCC患者数据
31	2025-07-20	Comprehensive analysis of anoikis-related genes in prognosis and immune infiltration of gastric cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05157-4 PMID:37474682	研究论文	基于批量及单细胞RNA测序数据，全面分析失巢凋亡相关基因在胃癌预后及免疫浸润中的作用	首次构建基于失巢凋亡相关基因的胃癌预后风险模型，并探索其在免疫浸润及治疗反应中的预测价值	研究结果需要进一步实验验证，且样本量可能限制模型的泛化能力	探索失巢凋亡相关基因在胃癌预后评估及治疗指导中的潜在应用	胃癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胃癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序	Cox回归风险模型	RNA测序数据	多个数据集中的胃癌样本
32	2025-07-03	Single cell spatial transcriptomic profiling of childhood-onset lupus nephritis reveals complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.09.566503 PMID:38014158	research paper	利用单细胞空间转录组技术研究儿童发病型狼疮肾炎中肾脏基质与浸润免疫细胞间的复杂相互作用	首次在儿童发病型狼疮肾炎中应用高分辨率的单细胞空间转录组技术，揭示了免疫细胞在肾脏中的特定区域定位及与基质细胞的基因表达变化	组织学评分与肾小球细胞转录特征在单个肾小球水平上相关性较低，样本量相对较小（8例患者和2例对照）	探索儿童发病型狼疮肾炎的免疫发病机制	儿童发病型狼疮肾炎患者的肾脏组织和浸润免疫细胞	digital pathology	lupus nephritis	单细胞空间转录组技术	NA	单细胞转录组数据	8例儿童发病型狼疮肾炎患者和2例对照的肾脏组织，超过40万个细胞
33	2025-07-03	Development of a cell-free strategy to recover aged skeletal muscle after disuse 2023-11, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP282867 PMID:35318675	研究论文	本研究开发了一种无细胞策略，用于恢复老年人在长期卧床或肢体固定后的骨骼肌萎缩	利用健康供体的周细胞经H2O2刺激产生的小细胞外囊泡（sEVs），有效恢复成年和老年小鼠在废用后的肌纤维大小	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索一种无细胞方法以改善老年人骨骼肌在废用后的恢复	小鼠骨骼肌中的周细胞及其分泌的小细胞外囊泡（sEVs）	肌肉生物学	肌肉萎缩	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	年轻成年和老年小鼠
34	2025-07-02	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568285 PMID:38045409	研究论文	本文介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于准确识别克隆信息性线粒体突变并从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中推断进化谱系	MitoTracer算法能够自动化识别信息性线粒体突变，并在多种单细胞测序平台上表现出优于现有方法的性能	NA	开发一种工具以捕获真实的线粒体突变信息并追踪细胞间的谱系关系	单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变	生物信息学	癌症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
35	2025-07-02	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2023-Nov-13, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.13.23298409 PMID:38014221	research paper	该研究通过空间蛋白质组学和空间转录组学的整合，揭示了卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）及其转移的分子演化过程	首次结合空间蛋白质组学和空间转录组学技术，系统解析了SBT向LGSC转化的分子机制，并识别了关键的分子标记物如NOVA2	研究样本可能有限，且未涉及其他类型的卵巢肿瘤	阐明卵巢交界性肿瘤向侵袭性癌转化的分子机制	卵巢交界性肿瘤（SBT）及其进展为低级别浆液性癌（LGSC）的样本	digital pathology	ovarian cancer	spatial proteomics, spatial transcriptomics	NA	proteomic data, transcriptomic data	未明确提及具体样本数量，但涉及SBT、SBT-MP、LGSC及其转移样本
36	2025-06-27	Solute carrier (SLC) expression reveals skeletogenic cell diversity 2023-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2023.08.004 PMID:37611888	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示海胆胚胎发育过程中细胞类型的多样性，特别是通过转运蛋白表达模式识别细胞功能差异	利用转运蛋白表达模式进行细胞聚类，揭示了传统基因调控状态分类方法未能发现的细胞功能多样性	研究仅针对紫色海胆晚期原肠胚阶段，结果可能不适用于其他发育阶段或物种	探索胚胎发育过程中细胞功能多样性的分子基础	紫色海胆（Strongylocentrotus purpuratus）晚期原肠胚阶段的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
37	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568217 PMID:38045285	研究论文	应用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖性基因表达模式	首次在肾脏损伤研究中应用空间转录组学技术，揭示了损伤特异性微环境及细胞间相互作用	研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	解析肾脏损伤后修复和疾病的分子机制	成年小鼠肾脏	空间转录组学	肾脏疾病	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
38	2025-06-13	Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus 2023-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008 PMID:37673202	研究论文	通过RNA测序分析比较了抗性和易感性羊羔对Haemonchus contortus感染的黏膜转录组差异	首次利用单细胞RNA测序数据注释差异表达基因，揭示了抗性羊羔中内皮细胞和簇细胞的显著表达增加及其在抗性机制中的作用	样本量较小（每种羊羔各4只），且研究仅针对特定年龄段的羊羔	探索羊羔对Haemonchus contortus感染的抗性机制	Santa Ines和Ile de France羊羔的皱胃组织	转录组学	寄生虫感染	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA序列数据	8只羊羔（SI和IF各4只）
39	2025-06-04	An atlas of immune cell transcriptomes in human immunodeficiency virus-infected immunological non-responders identified marker genes that control viral replication 2023-Nov-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000002918 PMID:37914674	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了HIV感染免疫无应答者的免疫细胞亚型特征，并鉴定了与病毒复制相关的标志基因	首次在单细胞水平上比较了HIV感染免疫应答者和无应答者的免疫细胞转录组差异，并发现了一组与HIV复制相关的单核细胞标志基因	样本量相对较小，仅分析了外周血单个核细胞，未涉及其他组织中的免疫细胞	探究HIV感染免疫无应答者特定免疫细胞亚型的特征	HIV感染免疫应答者和无应答者的外周血单个核细胞	免疫学	HIV感染/艾滋病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	免疫应答者(CD4+T细胞计数>500)和免疫无应答者(CD4+T细胞计数<300)的外周血单个核细胞
40	2025-05-20	Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2023-Nov-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1 PMID:37961666	研究论文	该研究揭示了减重手术通过肝脏脂质相关巨噬细胞（LAMs）改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	发现减重手术（VSG）以不依赖体重减轻的方式改善MASH，并明确了TREM2在巨噬细胞修复功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者的肝脏脂质相关巨噬细胞	医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（小鼠实验）