单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-14 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
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研究论文 | 开发了scDiffCom工具和scAgeCom图谱，用于分析细胞间通讯的年龄相关变化 | 提供了首个覆盖23个小鼠组织的细胞间通讯衰老变化图谱，基于约5000个配体-受体相互作用 | 仅基于小鼠单细胞转录组数据，尚未在人类数据中验证 | 量化并探索细胞间通讯在衰老过程中的变化 | 小鼠23个组织的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-11-14 |
Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
PMID:37946043
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学结合单细胞多组学技术揭示了小鼠肝脏中不同区域细胞随年龄变化的代谢、表观遗传和转录组特征 | 首次整合空间转录组学、单细胞ATAC-seq和RNA-seq、脂质组学及功能分析，揭示肝脏微环境对细胞衰老轨迹的空间依赖性影响 | 研究仅针对雄性小鼠肝脏，未涉及雌性个体或其他组织类型 | 探究组织微环境变化如何影响不同空间位置细胞的表观遗传、代谢和表型特征随年龄的变化 | 雄性小鼠肝脏中的肝细胞 | 空间生物学,单细胞多组学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学,功能分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞表观基因组数据,单细胞转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学 | NA | NA |
| 23 | 2025-11-14 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学鉴定出CD133+骨髓源性内皮样细胞，证明其能恢复衰老小鼠的新血管形成并延长寿命 | 首次鉴定CD133+内皮样干细胞作为潜在内皮祖细胞，并发现法尼基二磷酸合酶(FDPS)在衰老过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需验证 | 探索干细胞衰老机制及治疗早衰症和年龄相关疾病的策略 | 早衰模型小鼠和自然衰老小鼠 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早衰和自然衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-05 |
Rapid and signal crowdedness-robust in situ sequencing through hybrid block coding
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309227120
PMID:37963245
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研究论文 | 介绍一种名为SPRINTseq的新型原位测序方法，通过混合块编码和分子稀释策略实现快速、高分辨率的空间转录组分析 | 结合混合块编码和分子稀释策略，解决了现有方法在分辨率、灵敏度或速度方面的限制 | NA | 开发改进的空间转录组技术以探索复杂生物过程和疾病机制 | 小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 原位测序 | NA | 空间转录组数据 | 4个小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞，恢复超过1.42亿个转录本 | NA | 空间转录组学,原位测序 | SPRINTseq | 使用108个基因panel的混合块编码和分子稀释策略 |
| 25 | 2025-10-05 |
NMDAR antagonists suppress tumor progression by regulating tumor-associated macrophages
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302126120
PMID:37967215
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研究论文 | 本研究揭示了NMDAR在肿瘤相关巨噬细胞中的免疫抑制作用及其拮抗剂的抗肿瘤潜力 | 首次发现NMDAR激活通过钙内流和活性氧生成驱动肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能，并证明NMDAR拮抗剂可逆转此过程 | 研究主要聚焦于肝细胞肉瘤和纤维肉瘤模型，尚未验证其他肿瘤类型 | 探究NMDAR在肿瘤微环境中对巨噬细胞的调控机制及治疗潜力 | 肿瘤相关巨噬细胞、T细胞、NK细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞肉瘤、纤维肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-05 |
Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering
2023-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302089120
PMID:37931105
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研究论文 | 通过微环境工程控制供体和新生神经元在眼中的迁移与成熟 | 建立了'计算模拟-体外实验-体内验证'框架，首次利用单细胞转录组数据筛选出SDF1作为引导分子，在视网膜中构建人工梯度显著促进神经元迁移 | 研究仅聚焦于视网膜神经节细胞，未验证该方法在其他神经元类型或脑区的普适性 | 开发控制移植后供体细胞行为的精准方法，促进神经元整合 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 青光眼 | 单细胞转录组测序，计算机模拟分析，体外功能实验 | NA | 基因表达数据，细胞迁移数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-10-05 |
Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer
2023-11-08, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00486-4
PMID:37941075
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综述 | 探讨单细胞分析在嵌合抗原受体T细胞免疫疗法中的应用与进展 | 系统总结单细胞测序技术如何优化CAR-T细胞疗法的受体设计、基因修饰和制造条件 | NA | 分析CAR-T免疫疗法在临床实践中失败的原因及单细胞测序技术带来的突破 | 嵌合抗原受体T细胞免疫疗法 | 单细胞分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-05 |
Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells
2023-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06704-2
PMID:37938768
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研究论文 | 本研究通过病毒基因组学分析发现人类疱疹病毒6型可在CAR T细胞中被重新激活 | 首次通过大规模病毒基因组挖掘识别出CAR T细胞中HHV-6病毒重新激活现象，并发现病毒'超级表达'细胞亚群 | 研究样本量有限，需要进一步验证病毒重新激活的临床影响 | 探究细胞治疗产品中潜伏病毒重新激活的机制和风险 | 人类CD4 T细胞、CAR T细胞治疗产品 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞测序、病毒基因组挖掘 | NA | 基因组数据、单细胞测序数据 | 研究级异体CAR T细胞、临床试验患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-05 |
CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair
2023-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06725-x
PMID:37968392
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研究论文 | 本研究通过识别小鼠筋膜中的CD201+成纤维细胞祖细胞，揭示了其在伤口愈合过程中协调炎症反应和瘢痕形成的新机制 | 首次发现筋膜中CD201标记的多能成纤维细胞祖细胞，并阐明其通过视黄酸和缺氧信号通路调控促炎性成纤维细胞和肌成纤维细胞分化的时空序列 | 研究主要基于小鼠模型，人类组织中的验证尚需进一步研究 | 探究伤口愈合过程中成纤维细胞祖细胞的分化调控机制 | 小鼠皮肤伤口模型和筋膜组织 | 单细胞转录组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞转录组测序，遗传谱系追踪，基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | 小鼠皮肤损伤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-10-05 |
Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders
2023-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06548-w
PMID:37968388
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研究论文 | 本研究建立了基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统表征小鼠发育障碍模型 | 首次将组合索引单细胞RNA测序应用于全胚胎水平，实现了对哺乳动物发育障碍的系统性分子和细胞表型分析 | 研究仅针对胚胎期13.5天的小鼠胚胎，未覆盖其他发育阶段 | 建立可扩展的小鼠遗传模型系统表型分析平台 | 101个小鼠胚胎，包括22种突变型和4种野生型基因型 | 单细胞组学 | 发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 101个小鼠胚胎，超过160万个细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 组合索引单细胞RNA测序 |
| 31 | 2025-10-05 |
An integrated study to decipher immunosuppressive cellular communication in the PDAC environment
2023-11-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00320-6
PMID:37945567
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研究论文 | 通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示胰腺导管腺癌免疫抑制微环境中肿瘤相关巨噬细胞通过LGALS9基因介导的细胞通讯机制 | 首次整合多种转录组学技术系统解析PDAC免疫抑制微环境中的细胞通讯网络，发现TAMs通过LGALS9-P4HB相互作用轴在免疫抑制中的核心作用 | 研究样本量有限，机制验证实验不足，需要进一步功能实验确认LGALS9-P4HB相互作用的生物学意义 | 解析胰腺导管腺癌免疫抑制微环境中的细胞通讯机制 | 胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的各类细胞，特别是肿瘤相关巨噬细胞 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-10-05 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-11-02, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad159
PMID:37897495
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研究论文 | 本研究通过建立内分泌治疗耐药HER2+/ER+乳腺癌体外模型，揭示了脂质代谢改变和铁死亡重塑是该类型乳腺癌的治疗脆弱点 | 首次建立了两种不同表型的内分泌治疗耐药HER2+/ER+乳腺癌体外模型，并发现GPX4抑制剂与抗HER2药物联合可显著诱导细胞死亡 | 研究仅基于体外细胞模型，尚未进行体内动物实验验证 | 识别内分泌治疗耐药HER2+/ER+乳腺癌的治疗脆弱点 | BT-474和MDA-MB-361乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺耐药变体 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 全基因组测序,单细胞RNA测序 | 体外细胞模型 | 基因组数据,转录组数据 | 2种乳腺癌细胞系及其耐药变体 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
| 33 | 2025-10-05 |
Modelling the distinct roles of epithelial and stromal androgen receptor in the regulation of prostate epithelial dynamics
2023-11, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.16900
PMID:37424435
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研究论文 | 本文提出了一个描述前列腺上皮动态的雄激素依赖性调控概念框架，并建立了相应的数学模型 | 区分了上皮和基质雄激素受体的不同功能，提出IGF1作为关键生长因子协调基质-上皮旁分泌通讯，并开发了能够定量拟合实验数据的数学模型 | 模型相对简单，可能需要更全面的建模来完全描述健康和患病前列腺的复杂性 | 阐明雄激素依赖性调控前列腺上皮动态的细胞和分子机制 | 前列腺上皮细胞和基质细胞 | 计算生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，数学建模 | 数学模型 | 基因表达数据，实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-10-05 |
Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth
2023-11-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023114032
PMID:37781951
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧通过诱导高尔基体解体和内质网融合激活SREBP2，促进骨髓来源单核细胞胆固醇合成，从而增强肿瘤生长的机制 | 首次发现缺氧通过高尔基体-内质网融合以SCAP非依赖方式激活SREBP2，并在骨髓来源细胞特定谱系中调控胆固醇生物合成 | 研究主要聚焦于骨髓来源单核细胞，其他免疫细胞类型的作用尚未完全阐明 | 探索缺氧环境下骨髓来源细胞中SREBP2激活的分子机制及其在肿瘤进展中的作用 | 骨髓来源细胞（BMDCs）、造血干细胞（HSCs）、单核细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-10-05 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP
2023-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43256-5
PMID:37963892
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研究论文 | 提出了一种名为BSP的空间可变基因识别方法，能够处理二维和三维空间转录组数据 | 开发了非参数模型BSP，通过比较两个空间粒度的基因表达模式来识别空间可变基因，支持三维数据分析 | NA | 开发能够有效识别空间可变基因的计算方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | 癌症, 神经科学, 类风湿关节炎, 肾脏疾病 | 空间转录组技术 | 非参数模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-05 |
Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567715
PMID:38014078
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研究论文 | 通过整合单细胞和单核RNA测序技术研究人类胰腺α细胞异质性及其与β细胞的相互转化轨迹 | 首次发现人类胰腺α细胞存在五个不同亚群，并揭示了α-β细胞双向转化的潜在轨迹和特征基因 | 研究主要基于体外胰岛和胰岛移植物，未完全模拟体内自然环境 | 探索人类胰腺α细胞异质性及其在2型糖尿病中与β细胞的相互转化机制 | 人类胰岛细胞（来自非糖尿病供体和2型糖尿病患者）及人类胰岛移植物 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 轨迹推断分析, RNA速率分析 | 轨迹推断模型, PAGA分析 | 单细胞转录组数据, 单核转录组数据 | 人类胰岛样本（来自非糖尿病供体和2型糖尿病患者）及人类胰岛移植物样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-10-05 |
Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study
2023-11, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3535
PMID:37338187
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，鉴定出与类风湿关节炎相关的铜死亡关键基因DLAT | 首次在类风湿关节炎中系统研究铜死亡相关基因，发现DLAT作为关键生物标志物与滤泡辅助性T细胞密切相关 | 研究样本量有限，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索铜死亡相关基因在类风湿关节炎发病机制中的作用 | 类风湿关节炎患者样本和永生化人软骨细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 生物信息学分析，qRT-PCR，单细胞测序，细胞实验 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-10-05 |
Exploration of s new biomarker in osteosarcoma and association with clinical outcomes: TOP2A+ cancer associated fibroblasts
2023-11, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3528
PMID:37246449
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析识别骨肉瘤中致癌性癌症相关成纤维细胞亚群TOP2A+ CAFs，并构建预后预测模型 | 首次系统研究骨肉瘤中CAFs的作用，识别出TOP2A+ CAFs这一致癌亚群，并基于其差异表达基因构建高精度预后预测模型 | 样本量较小（仅6例单细胞数据），需要更大规模研究验证 | 探索骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的作用并开发预后预测工具 | 骨肉瘤患者样本和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，基因集富集分析，LASSO回归，ROC分析 | LASSO回归，列线图模型 | 单细胞RNA测序数据，批量转录组数据 | 6例单细胞RNA测序样本，88例预后分析样本 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2025-10-05 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织中不同病理区域的基因表达模式 | 首次在IPF肺组织中应用空间转录组学技术，揭示了组织学正常区域与纤维化区域的转录组差异 | 样本量相对有限(32例IPF患者和12例对照)，且仅使用福尔马林固定石蜡包埋组织 | 理解IPF肺组织不同病理区域的转录组差异及其分子机制 | 特发性肺纤维化患者和对照者的肺组织样本 | 空间转录组学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学，数字空间分析，免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据，组织图像数据 | 32例IPF患者和12例对照者，共231个感兴趣区域 | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling on FFPE tissue |
| 40 | 2025-10-05 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-11-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
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研究论文 | 本研究构建了胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱 | 首次创建了包含192,203个细胞的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱，并提供了可视化工具和开放分析流程 | 研究样本主要来自人类供体，可能无法完全代表所有人群特征 | 建立胰岛细胞类型特异性基因表达的标准化参考资源 | 人类胰岛细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 192,203个细胞，来自65名供体（包括无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病患者） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |