单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-09	Single-cell epigenomics and spatiotemporal transcriptomics reveal human cerebellar development 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43568-6 PMID:37993461	研究论文	通过单细胞表观基因组学和时空转录组学揭示人类小脑发育的分子调控网络	结合单细胞转录组学、空间转录组学和单细胞染色质可及性状态，系统描绘了人类胎儿小脑发育的时空景观	研究主要关注人类胎儿小脑发育，可能不适用于其他物种或成体小脑	揭示人类小脑发育的分子调控机制及其与神经精神疾病的关联	人类胎儿小脑	基因组学	神经精神疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞染色质可及性分析	NA	单细胞RNA-seq数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	人类胎儿小脑样本
22	2025-05-08	PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43381-1 PMID:38030622	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了接受atezo/bev治疗的晚期肝细胞癌患者的肿瘤内和周围免疫环境，揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	首次在单细胞水平上揭示了atezo/bev治疗反应的免疫机制，发现了PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性	样本量有限，需要更大规模的验证研究	探索atezo/bev在晚期肝细胞癌中产生持久治疗反应的免疫机制	晚期肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（晚期肝细胞癌患者）
23	2025-05-08	Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43629-w PMID:38030617	research paper	提出了一种名为SpatialScope的深度生成模型方法，用于整合空间转录组学和单细胞转录组学数据	通过创新的模型和算法设计，SpatialScope能够将基于测序的空间转录组数据提升至单细胞分辨率，并为基于图像的空间转录组数据准确推断全转录组表达水平	未明确提及具体局限性	解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性	空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据	digital pathology	NA	next-generation sequencing, fluorescence in situ hybridization, scRNA-seq	deep generative models	spatial transcriptomics data, single-cell transcriptomics data	NA
24	2025-05-08	Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease 2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.548027 PMID:38076913	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞基础	首次在全脑水平上揭示了细胞类型组成与tau病理选择性易损性的关系，并发现其与风险基因的贡献不同	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞机制	小鼠大脑中的神经元和非神经元细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)分析流程	基因表达数据	12种不同的PS19转基因小鼠模型中的5项研究数据
25	2025-04-27	DeMixSC: a deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for improved analysis of cell-type ratios in complex tissue samples 2023-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561733 PMID:37873318	研究论文	介绍了一个名为DeMixSC的去卷积框架，该框架利用单细胞测序数据和一个小型基准数据集来提高复杂组织样本中细胞类型比例的分析准确性	提出了一个新颖的加权非负最小二乘框架，能够识别和调整具有高技术差异的基因，并将基准数据与大量患者队列对齐，用于大规模去卷积	NA	解决跨测序平台的技术差异对去卷积准确性的限制	复杂生物样本中的细胞类型比例	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	加权非负最小二乘框架	RNA测序数据	453名患者
26	2025-04-18	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.31.565031 PMID:37961519	研究论文	通过分析染色质可及性和转录动态，定义乳腺癌亚型及其谱系	应用单细胞、单核多组学技术及空间转录组学，揭示了乳腺癌亚型与起源细胞之间的基因表达和染色质可及性特征联系	样本量相对较小（61个样本来自37名患者），可能影响结果的广泛适用性	探究乳腺癌亚型的起源细胞及其转录网络	乳腺癌患者样本（包括肿瘤和正常组织）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC）、空间转录组学、多重成像	PAM50亚型分析算法	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	61个样本来自37名乳腺癌患者
27	2025-03-11	Early clinical outcomes and molecular smooth muscle cell phenotyping using a prophylactic aortic arch replacement strategy in Loeys-Dietz syndrome 2023-11, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jtcvs.2023.07.023 PMID:37500053	研究论文	本研究评估了在Loeys-Dietz综合征患者中预防性主动脉弓置换策略的临床风险和血流动力学后果，并表征了Loeys-Dietz综合征动脉瘤和正常大小下游主动脉的平滑肌细胞表型	首次在Loeys-Dietz综合征患者中结合预防性主动脉弓置换和保留瓣膜的主动脉根部置换手术，并通过单细胞RNA测序和四维磁共振成像技术详细分析了平滑肌细胞表型和血流动力学变化	样本量较小（Loeys-Dietz综合征患者n=8），且随访时间较短（中位随访时间为2年）	评估预防性主动脉弓置换策略在Loeys-Dietz综合征中的临床效果和血流动力学影响，并研究平滑肌细胞表型的变化	Loeys-Dietz综合征患者（n=8）、Marfan综合征患者（n=5）和无主动脉病变的对照组患者（n=5）	心血管疾病	Loeys-Dietz综合征	四维磁共振成像、单细胞RNA测序	NA	影像数据、RNA测序数据	Loeys-Dietz综合征患者8人，Marfan综合征患者5人，无主动脉病变的对照组5人
28	2025-03-04	A framework for defining mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567528 PMID:38014179	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，定义了与小鼠骨膜和骨内膜相关的间充质细胞类型，并创建了一个小鼠骨相关细胞的图谱	首次比较了骨膜细胞与骨内膜和骨小梁细胞的差异，并揭示了11个主要的细胞簇，包括新定义的Osteo-X细胞类型	现有数据集包含的成熟成骨细胞和骨细胞数量相对较少，且研究仅限于小鼠模型	增加成骨细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据量，比较骨膜细胞与骨内细胞的差异，明确与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨膜和骨内膜的间充质细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
29	2025-02-23	Steatosis drives monocyte-derived macrophage accumulation in human metabolic dysfunction-associated fatty liver disease 2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100877 PMID:37869071	研究论文	本文研究了代谢功能障碍相关脂肪肝病（MAFLD）中脂肪变性如何驱动单核细胞来源的巨噬细胞在人类肝脏中的积累	揭示了人类MAFLD早期阶段巨噬细胞亚群的异质性，并发现这些变化与小鼠模型中的变化相似，建立了小鼠与人类疾病模型之间的转化联系	样本量较小（n=21），且单细胞RNA测序仅在3个样本中进行，可能限制了结果的普遍性	探讨MAFLD中肝脏巨噬细胞异质性与肝脏脂肪变性之间的关系	人类肝脏组织和小鼠模型	数字病理学	脂肪肝病	流式细胞术、免疫荧光、H&E显微镜、单细胞RNA测序、MRI	NA	组织样本、图像、RNA测序数据	21名参与者的肝脏组织，其中3个样本进行了单细胞RNA测序
30	2025-02-20	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	研究论文	本文通过整合22个单细胞RNA测序库的数据，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物	首次整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化细胞图谱，并揭示了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用	研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	揭示人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	118,578个细胞
31	2025-02-19	Gut Isolation from Zebrafish Larvae for Single-cell RNA Sequencing 2023-11-10, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65876 PMID:38009742	研究论文	本文介绍了一种从斑马鱼幼虫中分离肠道细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析	提出了一种新的斑马鱼幼虫肠道细胞分离方法，适用于单细胞RNA测序	NA	研究斑马鱼肠道发育和功能障碍的分子机制	斑马鱼幼虫的肠道细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	斑马鱼幼虫的肠道细胞
32	2025-02-01	Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06704-2 PMID:37938768	研究论文	本文通过大规模病毒基因组挖掘，研究了人类潜在病毒再激活的景观，并证明了HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中被再激活	发现了HHV-6 '超级表达者'这一罕见细胞群体，并证实了其在接受细胞治疗的患者体内存在	研究主要基于实验室培养的细胞和临床数据，未涉及大规模临床试验	探讨细胞治疗产品中潜在病毒再激活的机制及其对临床的影响	人类CD4 T细胞和CAR T细胞	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	研究级异体CAR T细胞和接受细胞治疗的患者
33	2024-08-07	The role of T cells and shared genes in psoriasis and inflammatory bowel disease based on single-cell RNA and comprehensive analysis 2023-11, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2023.152754 PMID:37806279	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和综合分析，探讨了银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用	本文通过单细胞RNA分析和免疫浸润分析，发现了在疾病中显著升高的CD4 T和γδ T细胞，并确定了具有优异诊断特性的共享基因	NA	研究银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用及其在疾病机制中的重要性	银屑病和炎症性肠病中的T细胞和共享基因	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
34	2024-08-07	Single-cell transcriptional gene signature analysis identifies IL-17 signaling pathway as the key pathway in sepsis 2023-11, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2023.152763 PMID:38039751	研究论文	本研究通过单细胞转录组基因特征分析，识别出IL-17信号通路在脓毒症中的关键作用	首次通过单细胞转录组分析揭示了IL-17信号通路在脓毒症中的重要作用，并验证了该通路相关基因在脓毒症患者中的上调表达	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	旨在识别与脓毒症临床严重程度和预后相关的关键通路，为脓毒症的诊断和治疗提供潜在的生物标志物和治疗靶点	健康对照人群和脓毒症患者的单细胞转录组数据	数字病理学	脓毒症	单细胞转录组测序	t-SNE和UMAP降维分析	转录组数据	使用了来自脓毒症数据库GSE167363、GSE100159和GSE133822的血液样本数据
35	2025-01-22	Proximal immune-epithelial progenitor interactions drive chronic tissue sequelae post COVID-19 2023-Nov-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3587418/v1 PMID:38077031	研究论文	本文研究了COVID-19后急性后遗症（PASC）的长期生理后果，特别是呼吸系统PASC的病理生理机制	通过空间转录组学和成像技术，发现了免疫细胞与上皮祖细胞之间的失调近端相互作用，这在呼吸系统PASC中独特存在，而在急性COVID-19或特发性肺纤维化（IPF）中不存在	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨COVID-19后急性后遗症（PASC）的病理生理机制，特别是呼吸系统PASC的驱动因素	PASC患者的肺功能异常和/或病毒感染介导的肺纤维化	病理生理学	COVID-19后遗症	空间转录组学、成像技术	小鼠模型	转录组数据、图像数据	三个独立的PASC患者临床队列
36	2025-01-04	Unique activities of two overlapping PAX6 retinal enhancers 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302126 PMID:37643867	研究论文	本文研究了两个重叠的PAX6视网膜增强子HS5和NRE的精确细胞类型和调控活性	通过活体成像和单细胞RNA测序的独特组合，揭示了这些增强子在时空活动上的差异	研究仅限于斑马鱼胚胎，未涉及其他模型或人类样本	探讨PAX6视网膜增强子的功能差异及其在眼发育中的作用	斑马鱼胚胎中的HS5和NRE增强子	发育生物学	NA	活体成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	斑马鱼胚胎
37	2024-12-24	High-quality single-cell transcriptomics from ovarian histological sections during folliculogenesis 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202301929 PMID:37722727	研究论文	本文开发了一种名为DRaqL的新方法，用于从卵巢组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，揭示了卵泡发生过程中的转录组异质性	DRaqL方法实现了从酒精固定组织切片中进行高效的单细胞RNA测序，其效率与新鲜分离细胞的测序相当，并能有效进行外显子-外显子连接分析	NA	开发一种高效的方法，用于从组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，以研究卵泡发生过程中的转录组异质性	小鼠卵巢组织切片中的卵母细胞和颗粒细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠卵巢组织切片
38	2024-12-24	A targeted sequencing extension for transcript genotyping in single-cell transcriptomics 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202301971 PMID:37696578	研究论文	本文评估了一种直接的靶向测序方法，作为高吞吐量液滴单细胞RNA测序的扩展，用于转录基因分型	本文提出了一种新的靶向测序扩展方法，结合了特定基因座分型与高吞吐量单细胞RNA测序，填补了现有方法的空白	本文未详细讨论该方法在不同细胞类型或复杂组织中的适用性	研究如何通过靶向测序扩展方法，结合基因型信息与基因表达数据，来研究遗传变异的影响	单细胞RNA测序中的转录基因分型	基因组学	NA	靶向测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
39	2024-12-24	c-JUN is a barrier in hESC to cardiomyocyte transition 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302121 PMID:37604584	研究论文	本文研究了c-JUN在人胚胎干细胞向心肌细胞转化中的作用	首次揭示了c-JUN通过调节H3K4me3修饰和染色质可及性来调控心肌细胞命运	NA	探讨c-JUN在人心肌细胞分化中的调控作用	人胚胎干细胞及其向心肌细胞的分化	NA	NA	ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
40	2024-12-15	Transitional cell states sculpt tissue topology during lung regeneration 2023-11-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.10.001 PMID:37922879	研究论文	研究探讨了肺再生过程中过渡细胞状态在组织重塑和重组中的作用	发现了SFRP1和RUNX1标记的过渡状态在组织重塑和重组中的关键作用，并揭示了RUNX1是纤维母细胞状态的关键驱动因子	NA	揭示肺再生过程中过渡细胞状态的作用及其在组织重塑中的机制	肺组织中的过渡细胞状态及其在再生过程中的作用	数字病理学	肺疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个损伤模型的样本