单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-05 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
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研究论文 | 本文提出了一种多实例图神经网络模型MIGGRI，用于从果蝇的空间表达图像推断基因调控网络 | 提出了一种两阶段的方法，结合对比学习和半监督学习来解析基因调控模式 | 图像集合的复杂性和规模对基因调控网络推断提出了重大挑战 | 探索如何从空间转录组数据中推断基因调控网络 | 主要研究果蝇的胚胎空间基因表达图像 | 数字病理学 | NA | 对比学习和半监督学习 | 图神经网络 | 图像 | 大量果蝇胚胎空间基因表达图像 |
| 362 | 2024-08-05 |
Aging-related genes revealed Neuroinflammatory mechanisms in ischemic stroke by bioinformatics
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e21071
PMID:37954339
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研究论文 | 本研究探讨了与衰老相关的基因在缺血性中风中的免疫微环境机制。 | 通过生物信息学揭示了与衰老相关基因在缺血性中风免疫反应中的作用，识别了潜在的干预策略和未来研究的指导。 | 该研究的样本主要来源于微阵列数据集，可能存在选择偏差。 | 研究衰老相关基因与缺血性中风的免疫微环境之间的关系。 | 分析与衰老相关的基因及其在缺血性中风中的不同表达。 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 生物信息学 | 机器学习算法 | 微阵列数据 | 分析了两个来自人类血样的缺血性中风微阵列数据集，涉及502个与衰老相关的基因 |
| 363 | 2024-08-07 |
BHLHE40 Mediates Cross-Talk between Pathogenic TH17 Cells and Myeloid Cells during Experimental Autoimmune Encephalomyelitis
2023-11-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2300042
PMID:37934060
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子BHLHE40在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中调节病理性TH17细胞与骨髓细胞之间相互作用的作用 | 首次揭示了BHLHE40在TH17细胞中的表达对EAE病程及骨髓细胞反应的影响 | NA | 研究BHLHE40在EAE中对TH17细胞致病性和骨髓细胞反应的影响 | TH17细胞和骨髓细胞在EAE中的相互作用 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 364 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a novel signature based on T cell marker genes to predict prognosis, immunotherapy response and chemotherapy sensitivity in head and neck squamous carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e21381
PMID:37954266
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种基于T细胞标记基因的新型签名，用于预测头颈鳞状细胞癌患者的预后、免疫治疗反应和化疗敏感性 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种基于T细胞标记基因的签名，用于预测头颈鳞状细胞癌的预后和治疗反应 | NA | 开发一种可靠的基于T细胞标记基因的签名，用于预测头颈鳞状细胞癌患者的预后和治疗反应 | 头颈鳞状细胞癌患者的预后、免疫治疗反应和化疗敏感性 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | LASSO分析 | RNA测序数据 | TCGA头颈鳞状细胞癌队列和GSE65858队列 |
| 365 | 2024-08-05 |
NRTPredictor: identifying rice root cell state in single-cell RNA-seq via ensemble learning
2023-Nov-04, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-023-01092-0
PMID:37925413
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研究论文 | 本研究提出了一种名为NRTPredictor的系统，用于通过集成学习预测水稻根系细胞状态。 | NRTPredictor利用集成学习为水稻根系细胞分期提供自动化预测，并具备完整的模型可解释性。 | 文章未提及具体样本的多样性和样本选择的局限性。 | 研究的目的是提高水稻根细胞在单细胞RNA测序中的状态识别准确性。 | 研究对象为水稻根部细胞，重点分析其基因表达和细胞异质性。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 集成学习模型 | 基因表达数据 | 测试数据集的样本数量未明确提及 |
| 366 | 2024-08-05 |
Integrated machine learning identifies epithelial cell marker genes for improving outcomes and immunotherapy in prostate cancer
2023-11-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04633-2
PMID:37925432
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研究论文 | 本研究旨在全面探讨与前列腺癌相关的上皮细胞标记基因的作用和临床价值 | 创新性地通过机器学习算法识别出上皮细胞标记基因，并建立了预后指标ECMGPS，提高了前列腺癌的预后和免疫治疗效果 | 本研究可能存在样本量和病人个体差异的影响，限制了研究结果的普适性 | 该研究的目的是改善前列腺癌患者的预后并探索免疫治疗的潜在价值 | 研究对象为前列腺癌中的上皮细胞及其相关基因 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | 多种机器学习算法 | 基因组数据 | 分析了来自五个独立队列的101个模型的数据 |
| 367 | 2024-08-07 |
SAA suppresses α-PD-1 induced anti-tumor immunity by driving TH2 polarization in lung adenocarcinoma
2023-11-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06198-w
PMID:37925492
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析肺腺癌干细胞的特征，并探讨其与免疫微环境的相互作用 | 首次揭示了肺腺癌干细胞通过分泌急性期蛋白SAA重塑肿瘤微环境，并通过P2X7受体驱动类型2免疫极化，从而促进治疗抵抗和肿瘤纤维化 | NA | 探究肺腺癌干细胞与免疫微环境的相互作用及其对肿瘤发展的影响 | 肺腺癌干细胞及其分泌的SAA对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用公开数据集进行分析 |
| 368 | 2024-08-05 |
Annotation of cell types (ACT): a convenient web server for cell type annotation
2023-11-03, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01249-5
PMID:37924118
|
研究论文 | 本研究开发了一个便利的网络服务器ACT，用于细胞类型标注。 | 提出了一种基于分层组织标记图和加权整合基因集富集方法WISE的新策略，显著提升了细胞类型标注的准确性和速度 | 目前的研究主要依赖于输入简单的上调基因列表，对于其他类型的数据可能不适用 | 旨在提高单细胞数据集的分析和解释能力，改进细胞类型标注流程 | 从7000多篇文献中手动整理的26000个细胞标记条目 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | NA |
| 369 | 2024-08-07 |
Combining single-cell RNA sequencing and population-based studies reveals hand osteoarthritis-associated chondrocyte subpopulations and pathways
2023-11-02, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00292-7
PMID:37914703
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和人群研究相结合的方法，揭示了手骨关节炎相关的软骨细胞亚群及其通路 | 发现了新的具有炎症调节潜力的亚群——炎症软骨细胞，并揭示了铁死亡途径在手骨关节炎中的重要作用 | NA | 揭示手骨关节炎的分子机制及潜在治疗靶点 | 手骨关节炎患者的指间关节软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 105,142个细胞，5个骨关节炎软骨样本和5个非骨关节炎软骨样本，以及UK Biobank中的332,668名参与者和湘雅骨关节炎研究中的1,241名参与者 |
| 370 | 2024-08-07 |
KMD clustering: robust general-purpose clustering of biological data
2023-11-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05480-z
PMID:37919399
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为k最小距离（KMD）聚类的通用生物数据聚类方法 | KMD聚类基于单链接和平均链接层次聚类的泛化，引入了一种广义的类似轮廓函数来消除隐秘的超参数k，并使用采样技术应用于百万对象数据集 | NA | 开发一种适用于各种生物数据类型的通用且稳健的聚类方法 | 生物数据，包括模拟数据、质谱流式细胞术数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 聚类算法 | KMD聚类 | 生物数据 | 百万对象数据集 |
| 371 | 2024-08-05 |
Deficiency of Complement C3a and C5a receptors Does Not Prevent Angiotensin II-Induced Hypertension and Hypertensive End-Organ Damage
2023-Nov-01, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 该文章探讨了补体C3a和C5a受体在高血压及其导致的肾脏损伤中的作用 | 文章提出C3aR/C5aR1轴在Ang II诱导的高血压中并没有发挥作用，从而挑战了治疗高血压疾病时针对过敏源受体的概念 | 研究主要集中在小鼠模型中，可能无法完全模拟人类高血压的复杂性 | 深入理解针对C3aR和C5aR1受体在高血压治疗中的潜力 | 研究对象为接受手术的高血压患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 高血压 | 单细胞测序和免疫组化 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 涉及人类患者和多个小鼠模型的组织样本 |
| 372 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals Novel Cellular Factors for Response to Immunosuppressive Therapy in Aplastic Anemia
2023-Nov, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1097/HS9.0000000000000977
PMID:37908861
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了健康对照组和再生障碍性贫血（AA）患者骨髓中的细胞因子，揭示了免疫抑制治疗（IST）反应的潜在细胞标志物。 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究AA患者骨髓细胞，发现了与IST反应相关的CD8 T细胞和T细胞激活的细胞间相互作用。 | 研究仅限于诊断时的骨髓样本，未涉及治疗过程中的动态变化。 | 探究再生障碍性贫血的发病机制及免疫抑制治疗的抵抗机制。 | 健康对照组和再生障碍性贫血患者的骨髓细胞。 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 健康对照组和AA患者的骨髓样本 |
| 373 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing revealed potential targets for immunotherapy studies in hepatocellular carcinoma
2023-11-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46132-w
PMID:37914817
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据构建了肝细胞癌的单细胞全景图谱，并分析了不同细胞在肝细胞癌中的信号通路富集情况和细胞亚群的发展轨迹 | 本研究发现了新的肝细胞癌细胞簇和表达HP的粒细胞簇，这些新发现的细胞簇可能对免疫治疗研究具有潜在意义 | NA | 旨在揭示肝细胞癌的单细胞异质性，并发现新的细胞簇及其在免疫治疗研究中的潜在应用 | 肝细胞癌的肿瘤组织和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 27个肝细胞癌肿瘤组织和4个邻近非肿瘤组织，以及374个TCGA-肝细胞癌样本 |
| 374 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of peripheral blood immunoinflammatory landscapes in patients with acute cholangitis and its secondary septic shock using single-cell RNA sequencing
2023-11-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149121
PMID:37864923
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术比较分析了急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中的免疫炎症反应 | 首次分析了急性胆管炎与继发性脓毒性休克之间免疫反应的差异，并揭示了免疫细胞在细胞数量、基因表达、功能、分化轨迹和细胞间相互作用等方面的显著差异 | NA | 探讨急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中免疫细胞的差异 | 急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | 急性胆管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括急性胆管炎（A1, A2, A3）和继发性脓毒性休克（B1, B2, B3）患者的样本 |
| 375 | 2024-08-05 |
Cell atlas of trabecular meshwork in glaucomatous non-human primates and DEGs related to tissue contract based on single-cell transcriptomics
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108024
PMID:37867950
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研究论文 | 本研究构建了青光眼非人灵长类动物的网状小梁细胞图谱并探索与组织收缩相关的差异表达基因 | 首次识别与网状小梁收缩相关的多个基因，并确定其在青光眼与健康组中的差异表达 | 研究仅限于非人灵长类动物，结果可能不完全适用于人类 | 探讨与青光眼相关的网状小梁细胞异质性和功能缺陷 | 青光眼非人灵长类动物（猕猴）和健康猕猴 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种细胞类型，共识别14种不同的细胞类型 |
| 376 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals the immune heterogeneity and interactions in lungs undergoing hepatic ischemia-reperfusion
2023-Nov, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111043
PMID:37844464
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肝脏缺血再灌注后肺部免疫细胞的异质性和相互作用 | 发现了两种新的细胞亚型（TspoEndothelial细胞和Vcan单核细胞），并描述了肺细胞簇的独特转录谱 | NA | 探究肝脏缺血再灌注后急性肺损伤的机制 | 肝脏缺血再灌注后肺部的免疫细胞 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 使用肝脏缺血再灌注诱导的小鼠肺部样本 |
| 377 | 2024-08-07 |
CD146 promotes malignant progression of breast phyllodes tumor through suppressing DCBLD2 degradation and activating the AKT pathway
2023-11, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12495
PMID:37856423
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研究论文 | 本研究旨在阐明CD146在促进乳腺恶性叶状肿瘤（PTs）恶性进展中的作用和机制，并确定其作为新的预后标志物和治疗靶点的潜力。 | 研究揭示了CD146通过抑制DCBLD2降解并激活AKT途径促进PTs恶性进展的新机制，并验证了抗CD146单克隆抗体AA98在恶性PTs中的疗效。 | NA | 阐明CD146在乳腺恶性叶状肿瘤恶性进展中的作用和机制，并确定其作为新的预后标志物和治疗靶点。 | 乳腺恶性叶状肿瘤（PTs） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 免疫染色, 实时PCR, 转录组测序, 蛋白质组分析 | NA | RNA | NA |
| 378 | 2024-08-07 |
The cellular states and fates of shed intestinal cells
2023-Nov, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00905-9
PMID:37857731
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研究论文 | 本文研究了脱落的小肠细胞的细胞状态和命运 | 首次展示了脱落的上皮细胞在脱落时保持活力并上调特定的抗微生物程序 | NA | 探讨脱落的小肠细胞的功能及其在肠道腔中的潜在作用 | 小肠上皮细胞和免疫细胞 | NA | NA | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雄性小鼠的肠道粪便洗脱物 |
| 379 | 2024-08-07 |
Single-cell landscape of immune cells in human livers affected by HBV-related cirrhosis
2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100883
PMID:37860052
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HBV相关肝硬化患者肝脏中免疫细胞的转录组 | 首次揭示了HBV相关肝硬化患者肝脏中独特的免疫生态系统，包括特定免疫细胞群的积累和减少，以及细胞间通信的增强 | NA | 探究HBV相关肝硬化患者肝脏中免疫细胞的微环境 | HBV相关肝硬化患者的肝脏免疫细胞 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 76,210个免疫细胞，来自6名健康个体和5名HBV肝硬化患者 |
| 380 | 2024-08-07 |
DELFOS-drug efficacy leveraging forked and specialized networks-benchmarking scRNA-seq data in multi-omics-based prediction of cancer sensitivity
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad645
PMID:37862234
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DELFOS的新型药物反应预测算法，该算法利用分叉和专业化网络从多组学数据中预测癌症敏感性 | DELFOS算法结合了多组学数据和单细胞表达数据，用于预测药物反应，并在多个相关性和误差指标上实现了高预测性能 | NA | 开发一种新的策略，用于识别治疗每种肿瘤的最佳化合物组合 | 癌症细胞对不同化合物的敏感性 | 机器学习 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 多组学数据 | 超过65种癌症细胞系和200种化合物的结构数据 |