单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-08-05	DeMixSC: a deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for improved analysis of cell-type ratios in complex tissue samples 2023-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561733 PMID:37873318	研究论文	提出了一种新的去卷积框架DeMixSC，用于改进复杂组织样本中细胞类型比率的分析	开发了基于加权非负最小二乘法的新方法，针对技术差异识别并调整基因	技术上的差距可能影响结果的准确性	改善复杂生物样本中细胞类型比率的去卷积准确性	年龄相关性黄斑变性患者的样本和健康视网膜的基准数据集	数字病理学	老年性疾病	RNA-seq	加权非负最小二乘法	基因表达数据	453名年龄相关性黄斑变性患者
362	2024-08-07	Comparative analysis of peripheral blood immunoinflammatory landscapes in patients with acute cholangitis and its secondary septic shock using single-cell RNA sequencing 2023-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149121 PMID:37864923	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较分析了急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中的免疫炎症反应	首次分析了急性胆管炎与继发性脓毒性休克之间免疫反应的差异，并揭示了免疫细胞在细胞数量、基因表达、功能、分化轨迹和细胞间相互作用等方面的显著差异	NA	探讨急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中免疫细胞的差异	急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者的外周血免疫细胞	数字病理学	急性胆管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括急性胆管炎（A1, A2, A3）和继发性脓毒性休克（B1, B2, B3）患者的样本
363	2024-08-05	Cell atlas of trabecular meshwork in glaucomatous non-human primates and DEGs related to tissue contract based on single-cell transcriptomics 2023-Nov-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108024 PMID:37867950	研究论文	本研究构建了青光眼非人灵长类动物的网状小梁细胞图谱并探索与组织收缩相关的差异表达基因	首次识别与网状小梁收缩相关的多个基因，并确定其在青光眼与健康组中的差异表达	研究仅限于非人灵长类动物，结果可能不完全适用于人类	探讨与青光眼相关的网状小梁细胞异质性和功能缺陷	青光眼非人灵长类动物（猕猴）和健康猕猴	数字病理学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种细胞类型，共识别14种不同的细胞类型
364	2024-08-05	Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2023-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01455-9 PMID:37845544	研究论文	本研究揭示了小鼠前额叶皮层的不同细胞类型和基因表达模式与相邻皮层区域的区别	首次使用空间转录组学技术绘制了小鼠前额叶皮层的细胞和电路组织图谱，特别是与慢性疼痛相关的神经元亚型	该研究主要集中在小鼠模型上，结果的外推性可能有限	解码前额叶皮层和调控慢性疼痛的神经元亚型的细胞及电路组织	成年小鼠的前额叶皮层及其相关神经元亚型	数字病理学	慢性疼痛	空间转录组学	NA	转录组数据	成年小鼠
365	2024-08-07	Single-cell analysis reveals the immune heterogeneity and interactions in lungs undergoing hepatic ischemia-reperfusion 2023-Nov, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111043 PMID:37844464	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肝脏缺血再灌注后肺部免疫细胞的异质性和相互作用	发现了两种新的细胞亚型（TspoEndothelial细胞和Vcan单核细胞），并描述了肺细胞簇的独特转录谱	NA	探究肝脏缺血再灌注后急性肺损伤的机制	肝脏缺血再灌注后肺部的免疫细胞	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用肝脏缺血再灌注诱导的小鼠肺部样本
366	2024-08-07	CD146 promotes malignant progression of breast phyllodes tumor through suppressing DCBLD2 degradation and activating the AKT pathway 2023-11, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12495 PMID:37856423	研究论文	本研究旨在阐明CD146在促进乳腺恶性叶状肿瘤（PTs）恶性进展中的作用和机制，并确定其作为新的预后标志物和治疗靶点的潜力。	研究揭示了CD146通过抑制DCBLD2降解并激活AKT途径促进PTs恶性进展的新机制，并验证了抗CD146单克隆抗体AA98在恶性PTs中的疗效。	NA	阐明CD146在乳腺恶性叶状肿瘤恶性进展中的作用和机制，并确定其作为新的预后标志物和治疗靶点。	乳腺恶性叶状肿瘤（PTs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 免疫染色, 实时PCR, 转录组测序, 蛋白质组分析	NA	RNA	NA
367	2024-08-07	The cellular states and fates of shed intestinal cells 2023-Nov, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00905-9 PMID:37857731	研究论文	本文研究了脱落的小肠细胞的细胞状态和命运	首次展示了脱落的上皮细胞在脱落时保持活力并上调特定的抗微生物程序	NA	探讨脱落的小肠细胞的功能及其在肠道腔中的潜在作用	小肠上皮细胞和免疫细胞	NA	NA	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	雄性小鼠的肠道粪便洗脱物
368	2024-08-07	Single-cell landscape of immune cells in human livers affected by HBV-related cirrhosis 2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100883 PMID:37860052	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HBV相关肝硬化患者肝脏中免疫细胞的转录组	首次揭示了HBV相关肝硬化患者肝脏中独特的免疫生态系统，包括特定免疫细胞群的积累和减少，以及细胞间通信的增强	NA	探究HBV相关肝硬化患者肝脏中免疫细胞的微环境	HBV相关肝硬化患者的肝脏免疫细胞	数字病理学	肝硬化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	76,210个免疫细胞，来自6名健康个体和5名HBV肝硬化患者
369	2024-08-07	DELFOS-drug efficacy leveraging forked and specialized networks-benchmarking scRNA-seq data in multi-omics-based prediction of cancer sensitivity 2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad645 PMID:37862234	研究论文	本文介绍了一种名为DELFOS的新型药物反应预测算法，该算法利用分叉和专业化网络从多组学数据中预测癌症敏感性	DELFOS算法结合了多组学数据和单细胞表达数据，用于预测药物反应，并在多个相关性和误差指标上实现了高预测性能	NA	开发一种新的策略，用于识别治疗每种肿瘤的最佳化合物组合	癌症细胞对不同化合物的敏感性	机器学习	癌症	scRNA-seq	NA	多组学数据	超过65种癌症细胞系和200种化合物的结构数据
370	2024-08-07	The change of Siglec-9 expression in peripheral blood NK cells of SFTS patients can affect the function of NK cells 2023-11, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2023.10.004 PMID:37865296	研究论文	研究SFTS患者外周血NK细胞上Siglec-9表达的变化及其对NK细胞功能的影响	发现Siglec-9在SFTS患者NK细胞上的表达减少，可能作为SFTS患者功能性NK细胞亚群的潜在标志	NA	探讨SFTS患者外周血NK细胞上Siglec-9的变化及其机制	SFTS患者外周血NK细胞上的Siglec-9表达	NA	SFTS	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据	SFTS患者和健康对照组的外周血单个核细胞(PBMCs)
371	2024-08-07	Single cell RNA-sequencing analysis reveals that N-acetylcysteine partially reverses hepatic immune dysfunction in biliary atresia 2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100908 PMID:37869073	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，评估了N-乙酰半胱氨酸（NAC）治疗在胆道闭锁（BA）中的临床疗效，并揭示了NAC对肝脏免疫细胞的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了NAC治疗对胆道闭锁患者肝脏免疫细胞的影响，并揭示了其对免疫功能的部分逆转作用	研究样本量较小，需要进一步的大规模临床研究来验证NAC治疗的效果	评估NAC治疗在胆道闭锁中的临床疗效，并通过单细胞RNA测序分析其对肝脏免疫细胞的影响	胆道闭锁患者的肝脏免疫细胞	数字病理学	胆道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	控制组4例，胆道闭锁组6例，胆道闭锁+NAC治疗组6例
372	2024-08-05	STAMarker: determining spatial domain-specific variable genes with saliency maps in deep learning 2023-11-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad801 PMID:37811885	研究论文	STAMarker是一个用于确定空间领域特异性可变基因的分析工具	提出了一种三阶段集成框架，通过关注图自编码器、全连接分类器和反向传播梯度计算显著性图来识别空间可变基因	现有方法仅关注单个基因，没有建模基因之间的相互依赖性	通过空间转录组学分析空间可变基因以了解细胞系统	不同平台生成的各种空间转录组数据中的空间领域特异性可变基因	数字病理学	NA	深度学习	图注意力自编码器，MLP分类器	空间转录组数据	多种平台生成的多个空间转录组数据
373	2024-08-05	Phenotype predictions of two-person mixture using single cell analysis 2023-11, Forensic science international. Genetics DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102938 PMID:37832204	研究论文	本研究探讨了利用单细胞分析进行两人DNA混合物的表型预测	提出了使用单细胞测序作为可靠的表型预测工具，特别是在DNA混合物中	在日常工作中的实施仍然面临障碍，尚需进一步方法开发	开发一种可靠的技术，以从DNA混合物中进行表型预测	分析两种不同外貌的贡献者在DNA混合物中的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	两个模拟混合物，包含各两名贡献者
374	2024-08-07	Early Progression of Abdominal Aortic Aneurysm is Decelerated by Improved Endothelial Barrier Function via ALDH2-LIN28B-ELK3 Signaling 2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202302231 PMID:37822152	研究论文	本研究探讨了腹主动脉瘤（AAA）中内皮屏障功能及其上游调控因子的作用，发现ALDH2通过LIN28B-ELK3信号通路改善内皮屏障功能，从而减缓AAA的早期进展	首次揭示了ALDH2通过LIN28B-ELK3信号通路调控内皮屏障功能，对早期AAA的进展有抑制作用	NA	研究腹主动脉瘤中内皮屏障功能及其上游调控因子的作用	腹主动脉瘤（AAA）的内皮细胞及其相关基因和信号通路	心血管疾病	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类主动脉夹层组织样本及AAA样本
375	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of the germ cells and somatic cells during mitotic quiescence stage in goats 2023-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202301278 PMID:37823602	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了山羊在有丝分裂静止阶段生殖细胞和体细胞的转录特征	首次在山羊中揭示了有丝分裂静止阶段生殖细胞和体细胞的转录特征，并分析了细胞类型间的共同和特异的基因本体类别、转录因子调控网络及细胞间相互作用	NA	探究山羊有丝分裂静止阶段生殖细胞和体细胞的调控机制及其功能重要性	山羊在E85、E105和E125时期的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	山羊在E85、E105和E125时期的生殖细胞和体细胞样本
376	2024-08-07	Butylparaben weakens female fertility via causing oocyte meiotic arrest and fertilization failure in mice 2023-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2023.115561 PMID:37837697	研究论文	本研究探讨了丁基对羟基苯甲酸酯（butylparaben）对雌性小鼠生殖能力的影响，特别是对卵母细胞质量和受精能力的影响	首次报道了丁基对羟基苯甲酸酯通过影响卵母细胞的减数分裂能力和受精潜力来削弱雌性小鼠的生育能力	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探究丁基对羟基苯甲酸酯对雌性小鼠生殖能力的影响	雌性小鼠的卵母细胞质量和受精能力	NA	生殖疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
377	2024-08-05	Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth 2023-Nov-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2023114032 PMID:37781951	研究论文	研究发现低氧通过高尔基体解聚激活SREBP2，从而促进骨髓来源单核细胞的肿瘤生长	首次揭示了低氧状态下高尔基体解聚与SREBP2激活之间的关系，显示这一过程是特定于细胞谱系的	研究主要集中在骨髓来源细胞的特定亚群，可能不适用于其他类型的免疫细胞	探讨低氧对骨髓来源细胞中SREBP2激活及其在肿瘤进展中的作用机制	骨髓来源细胞（BMDCs）及其分化为成熟巨噬细胞的过程	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
378	2024-08-07	GPCR signaling contributes to immune characteristics of microenvironment and process of EBV-induced lymphomagenesis 2023-11-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2023.09.029 PMID:37798178	研究论文	本研究首次全面分析了自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）的蛋白质组学特征，揭示了EB病毒（EBV）基因模式与免疫相关致癌信号的关系，并探讨了GPCR信号在EBV诱导的淋巴瘤发生中的作用。	本研究首次揭示了GPCR介导的恶性进展，并将病毒分子传感器转化为EBV特异性抗癌疗法。	NA	探讨EB病毒与癌症免疫相互作用的机制及其在疾病发病过程中的作用。	自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）	数字病理学	淋巴瘤	蛋白质组学	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
379	2024-08-07	Detection of cell-type-enriched long noncoding RNAs in atherosclerosis using single-cell techniques: A brief review 2023-Nov-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2023.122138 PMID:37805167	综述	本文综述了利用单细胞技术在动脉粥样硬化中检测细胞类型特异性长非编码RNA（LncRNAs）的研究进展	强调了四种在单细胞RNA测序数据中检测到的新型LncRNAs（lncRNA CARMN, LINC00607, PCAT19, LINC01235）及其在动脉粥样硬化中的功能	NA	探讨动脉粥样硬化中细胞类型特异性LncRNAs的功能及其在临床治疗和诊断中的潜在应用	动脉粥样硬化中的细胞类型特异性长非编码RNA	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
380	2024-08-05	Single-cell RNA-seq of maize meiocytes and pollen grains 2023-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-023-00889-6 PMID:37783945	研究论文	本文介绍了一种分离单个玉米配子母细胞和花粉粒进行RNA-seq的协议	创新点在于能够有效分离稀有植物生殖细胞并进行单细胞RNA测序，从而解析细胞间异质性	未提及研究的局限性	探讨植物生殖细胞的发育途径及突变表型的影响	单个玉米配子母细胞和花粉粒	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	RNA数据	最多可采集200个细胞