单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-08-05 |
Preneoplastic liver colonization by 11p15.5 altered mosaic cells in young children with hepatoblastoma
2023-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42418-9
PMID:37932266
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研究论文 | 本研究揭示了在没有Beckwith-Wiedemann综合症临床诊断的肝母细胞瘤患者中11p15.5位点的马赛克遗传改变 | 首次在没有Beckwith-Wiedemann综合症的肝母细胞瘤患者中发现11p15.5位点的马赛克遗传改变及其功能影响 | 未能在其他类型的儿科肝肿瘤患者中检索到这些改变 | 研究马赛克11p15.5改变在肝母细胞瘤发生早期的作用 | 肝母细胞瘤患者的肝脏样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 342 | 2024-08-05 |
METTL3-mediated m6A methylation regulates ovarian cancer progression by recruiting myeloid-derived suppressor cells
2023-Nov-06, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01149-6
PMID:37932814
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研究论文 | 本研究探讨了METTL3介导的m6A甲基化如何通过招募骨髓来源的抑制细胞来调节卵巢癌进展 | 研究揭示了METTL3在调节卵巢癌中的宿主免疫细胞反应方面的重要性 | 未详细说明其他可能影响免疫反应的因素 | 研究METTL3在卵巢癌中的作用及其对宿主免疫细胞反应的调控 | 使用Mettl3基因敲除小鼠作为研究对象来分析免疫细胞的变化 | 数字病理 | 卵巢癌 | ELISA, 单细胞测序, 流式细胞术 | Cre-LoxP系统 | 细胞, 血清 | 使用了Mettl3基因敲除小鼠和ID8细胞作为模型 |
| 343 | 2024-08-07 |
Integration of risk variants from GWAS with SARS-CoV-2 RNA interactome prioritizes FUBP1 and RAB2A as risk genes for COVID-19
2023-11-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-44705-3
PMID:37932299
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研究论文 | 本文通过整合GWAS中的风险变异与SARS-CoV-2 RNA相互作用组，优先识别FUBP1和RAB2A作为COVID-19的风险基因 | 本文首次将人类遗传学与RNA结合蛋白的表达水平关联，识别出FUBP1和RAB2A作为COVID-19的风险基因，并揭示了FUBP1的抗病毒作用和RAB2A的促病毒作用 | NA | 研究宿主遗传因素在COVID-19结果中的作用 | COVID-19的风险基因及其在SARS-CoV-2感染中的作用 | 遗传学 | COVID-19 | GWAS, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, RNA相互作用数据 | 503个RNA结合蛋白 |
| 344 | 2024-08-07 |
Collaborating single-cell and bulk RNA sequencing for comprehensive characterization of the intratumor heterogeneity and prognostic model development for bladder cancer
2023-11-06, Aging
DOI:10.18632/aging.205166
PMID:37950728
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和批量RNA测序技术，全面分析了膀胱癌的肿瘤内异质性，并开发了一个预测模型 | 本文首次结合单细胞和批量RNA测序技术，深入分析了膀胱癌的肿瘤内异质性，并开发了一个有效的预测模型 | NA | 深入理解膀胱癌的单细胞RNA测序结果，揭示其致癌的分子机制，并开发一个预测模型 | 膀胱癌的肿瘤内异质性和预测模型的开发 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | RNA数据 | 四个不同类型的膀胱癌细胞，包括免疫细胞、内皮细胞、上皮细胞和成纤维细胞 |
| 345 | 2024-08-07 |
An Activated Dendritic-Cell-Related Gene Signature Indicative of Disease Prognosis and Chemotherapy and Immunotherapy Response in Colon Cancer Patients
2023-Nov-03, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242115959
PMID:37958942
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研究论文 | 本研究基于公开的转录组数据和临床数据，开发并验证了一种激活的树突状细胞相关基因签名（aDCRS），用于预测结肠癌患者的生存结果和对化疗及免疫治疗的反应 | 首次提出并验证了激活的树突状细胞相关基因签名（aDCRS），用于预测结肠癌患者的生存和治疗反应 | 本研究为回顾性研究，需要进一步的前瞻性研究来验证结果 | 开发和验证一种新的基因签名，用于预测结肠癌患者的预后和治疗反应 | 结肠癌患者的生存结果和对化疗及免疫治疗的反应 | 数字病理学 | 结肠癌 | CIBERSORT, 单细胞RNA测序 | LASSO回归, Cox比例风险回归 | 转录组数据 | 使用了Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库中的公开转录组数据和临床数据 |
| 346 | 2024-08-05 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
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研究论文 | 本文提出了一种多实例图神经网络模型MIGGRI，用于从果蝇的空间表达图像推断基因调控网络 | 提出了一种两阶段的方法，结合对比学习和半监督学习来解析基因调控模式 | 图像集合的复杂性和规模对基因调控网络推断提出了重大挑战 | 探索如何从空间转录组数据中推断基因调控网络 | 主要研究果蝇的胚胎空间基因表达图像 | 数字病理学 | NA | 对比学习和半监督学习 | 图神经网络 | 图像 | 大量果蝇胚胎空间基因表达图像 |
| 347 | 2024-08-05 |
Aging-related genes revealed Neuroinflammatory mechanisms in ischemic stroke by bioinformatics
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e21071
PMID:37954339
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研究论文 | 本研究探讨了与衰老相关的基因在缺血性中风中的免疫微环境机制。 | 通过生物信息学揭示了与衰老相关基因在缺血性中风免疫反应中的作用，识别了潜在的干预策略和未来研究的指导。 | 该研究的样本主要来源于微阵列数据集，可能存在选择偏差。 | 研究衰老相关基因与缺血性中风的免疫微环境之间的关系。 | 分析与衰老相关的基因及其在缺血性中风中的不同表达。 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 生物信息学 | 机器学习算法 | 微阵列数据 | 分析了两个来自人类血样的缺血性中风微阵列数据集，涉及502个与衰老相关的基因 |
| 348 | 2024-08-07 |
BHLHE40 Mediates Cross-Talk between Pathogenic TH17 Cells and Myeloid Cells during Experimental Autoimmune Encephalomyelitis
2023-11-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2300042
PMID:37934060
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子BHLHE40在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中调节病理性TH17细胞与骨髓细胞之间相互作用的作用 | 首次揭示了BHLHE40在TH17细胞中的表达对EAE病程及骨髓细胞反应的影响 | NA | 研究BHLHE40在EAE中对TH17细胞致病性和骨髓细胞反应的影响 | TH17细胞和骨髓细胞在EAE中的相互作用 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 349 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a novel signature based on T cell marker genes to predict prognosis, immunotherapy response and chemotherapy sensitivity in head and neck squamous carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e21381
PMID:37954266
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种基于T细胞标记基因的新型签名，用于预测头颈鳞状细胞癌患者的预后、免疫治疗反应和化疗敏感性 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种基于T细胞标记基因的签名，用于预测头颈鳞状细胞癌的预后和治疗反应 | NA | 开发一种可靠的基于T细胞标记基因的签名，用于预测头颈鳞状细胞癌患者的预后和治疗反应 | 头颈鳞状细胞癌患者的预后、免疫治疗反应和化疗敏感性 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | LASSO分析 | RNA测序数据 | TCGA头颈鳞状细胞癌队列和GSE65858队列 |
| 350 | 2024-08-07 |
An atlas of immune cell transcriptomes in human immunodeficiency virus-infected immunological non-responders identified marker genes that control viral replication
2023-Nov-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002918
PMID:37914674
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫应答者和非应答者的外周血单核细胞，旨在揭示获得性免疫缺陷综合征患者中免疫非应答特征的特定免疫细胞亚型。 | 本研究首次生成了HIV感染的免疫应答者和非应答者的免疫细胞转录组图谱，并鉴定了与HIV复制相关的主机基因作为不同类型免疫细胞的标记。 | NA | 研究获得性免疫缺陷综合征患者中免疫非应答特征的特定免疫细胞亚型。 | 外周血单核细胞的单细胞转录组。 | 数字病理学 | 获得性免疫缺陷综合征 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组 | 免疫应答者（CD4+ T细胞计数>500）和免疫非应答者（CD4+ T细胞计数<300）的外周血单核细胞。 |
| 351 | 2024-08-05 |
NRTPredictor: identifying rice root cell state in single-cell RNA-seq via ensemble learning
2023-Nov-04, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-023-01092-0
PMID:37925413
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研究论文 | 本研究提出了一种名为NRTPredictor的系统，用于通过集成学习预测水稻根系细胞状态。 | NRTPredictor利用集成学习为水稻根系细胞分期提供自动化预测，并具备完整的模型可解释性。 | 文章未提及具体样本的多样性和样本选择的局限性。 | 研究的目的是提高水稻根细胞在单细胞RNA测序中的状态识别准确性。 | 研究对象为水稻根部细胞，重点分析其基因表达和细胞异质性。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 集成学习模型 | 基因表达数据 | 测试数据集的样本数量未明确提及 |
| 352 | 2024-08-05 |
Integrated machine learning identifies epithelial cell marker genes for improving outcomes and immunotherapy in prostate cancer
2023-11-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04633-2
PMID:37925432
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研究论文 | 本研究旨在全面探讨与前列腺癌相关的上皮细胞标记基因的作用和临床价值 | 创新性地通过机器学习算法识别出上皮细胞标记基因，并建立了预后指标ECMGPS，提高了前列腺癌的预后和免疫治疗效果 | 本研究可能存在样本量和病人个体差异的影响，限制了研究结果的普适性 | 该研究的目的是改善前列腺癌患者的预后并探索免疫治疗的潜在价值 | 研究对象为前列腺癌中的上皮细胞及其相关基因 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | 多种机器学习算法 | 基因组数据 | 分析了来自五个独立队列的101个模型的数据 |
| 353 | 2024-08-07 |
SAA suppresses α-PD-1 induced anti-tumor immunity by driving TH2 polarization in lung adenocarcinoma
2023-11-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06198-w
PMID:37925492
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析肺腺癌干细胞的特征，并探讨其与免疫微环境的相互作用 | 首次揭示了肺腺癌干细胞通过分泌急性期蛋白SAA重塑肿瘤微环境，并通过P2X7受体驱动类型2免疫极化，从而促进治疗抵抗和肿瘤纤维化 | NA | 探究肺腺癌干细胞与免疫微环境的相互作用及其对肿瘤发展的影响 | 肺腺癌干细胞及其分泌的SAA对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用公开数据集进行分析 |
| 354 | 2024-08-05 |
Annotation of cell types (ACT): a convenient web server for cell type annotation
2023-11-03, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01249-5
PMID:37924118
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研究论文 | 本研究开发了一个便利的网络服务器ACT，用于细胞类型标注。 | 提出了一种基于分层组织标记图和加权整合基因集富集方法WISE的新策略，显著提升了细胞类型标注的准确性和速度 | 目前的研究主要依赖于输入简单的上调基因列表，对于其他类型的数据可能不适用 | 旨在提高单细胞数据集的分析和解释能力，改进细胞类型标注流程 | 从7000多篇文献中手动整理的26000个细胞标记条目 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | NA |
| 355 | 2024-08-07 |
Combining single-cell RNA sequencing and population-based studies reveals hand osteoarthritis-associated chondrocyte subpopulations and pathways
2023-11-02, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00292-7
PMID:37914703
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和人群研究相结合的方法，揭示了手骨关节炎相关的软骨细胞亚群及其通路 | 发现了新的具有炎症调节潜力的亚群——炎症软骨细胞，并揭示了铁死亡途径在手骨关节炎中的重要作用 | NA | 揭示手骨关节炎的分子机制及潜在治疗靶点 | 手骨关节炎患者的指间关节软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 105,142个细胞，5个骨关节炎软骨样本和5个非骨关节炎软骨样本，以及UK Biobank中的332,668名参与者和湘雅骨关节炎研究中的1,241名参与者 |
| 356 | 2024-08-07 |
KMD clustering: robust general-purpose clustering of biological data
2023-11-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05480-z
PMID:37919399
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研究论文 | 本文介绍了一种名为k最小距离（KMD）聚类的通用生物数据聚类方法 | KMD聚类基于单链接和平均链接层次聚类的泛化，引入了一种广义的类似轮廓函数来消除隐秘的超参数k，并使用采样技术应用于百万对象数据集 | NA | 开发一种适用于各种生物数据类型的通用且稳健的聚类方法 | 生物数据，包括模拟数据、质谱流式细胞术数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 聚类算法 | KMD聚类 | 生物数据 | 百万对象数据集 |
| 357 | 2024-08-05 |
Deficiency of Complement C3a and C5a receptors Does Not Prevent Angiotensin II-Induced Hypertension and Hypertensive End-Organ Damage
2023-Nov-01, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 该文章探讨了补体C3a和C5a受体在高血压及其导致的肾脏损伤中的作用 | 文章提出C3aR/C5aR1轴在Ang II诱导的高血压中并没有发挥作用，从而挑战了治疗高血压疾病时针对过敏源受体的概念 | 研究主要集中在小鼠模型中，可能无法完全模拟人类高血压的复杂性 | 深入理解针对C3aR和C5aR1受体在高血压治疗中的潜力 | 研究对象为接受手术的高血压患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 高血压 | 单细胞测序和免疫组化 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 涉及人类患者和多个小鼠模型的组织样本 |
| 358 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals Novel Cellular Factors for Response to Immunosuppressive Therapy in Aplastic Anemia
2023-Nov, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1097/HS9.0000000000000977
PMID:37908861
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了健康对照组和再生障碍性贫血（AA）患者骨髓中的细胞因子，揭示了免疫抑制治疗（IST）反应的潜在细胞标志物。 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究AA患者骨髓细胞，发现了与IST反应相关的CD8 T细胞和T细胞激活的细胞间相互作用。 | 研究仅限于诊断时的骨髓样本，未涉及治疗过程中的动态变化。 | 探究再生障碍性贫血的发病机制及免疫抑制治疗的抵抗机制。 | 健康对照组和再生障碍性贫血患者的骨髓细胞。 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 健康对照组和AA患者的骨髓样本 |
| 359 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing revealed potential targets for immunotherapy studies in hepatocellular carcinoma
2023-11-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46132-w
PMID:37914817
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据构建了肝细胞癌的单细胞全景图谱，并分析了不同细胞在肝细胞癌中的信号通路富集情况和细胞亚群的发展轨迹 | 本研究发现了新的肝细胞癌细胞簇和表达HP的粒细胞簇，这些新发现的细胞簇可能对免疫治疗研究具有潜在意义 | NA | 旨在揭示肝细胞癌的单细胞异质性，并发现新的细胞簇及其在免疫治疗研究中的潜在应用 | 肝细胞癌的肿瘤组织和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 27个肝细胞癌肿瘤组织和4个邻近非肿瘤组织，以及374个TCGA-肝细胞癌样本 |
| 360 | 2024-08-05 |
Alpha-1 adrenergic signaling drives cardiac regeneration via extracellular matrix remodeling transcriptional program in zebrafish macrophages
2023-Nov-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.011
PMID:37875117
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研究论文 | 本文探讨了α-1肾上腺素信号在斑马鱼巨噬细胞中的心脏再生和细胞外基质重塑转录程序的机制 | 发现α-1肾上腺素受体在心脏损伤后调节巨噬细胞表型多样化，推动细胞外基质重塑 | 尚未探究不同条件下神经调节对再生过程的影响 | 揭示自律神经系统在心脏修复中的作用机制 | 斑马鱼的巨噬细胞及其在心脏损伤后的反应 | 数字病理学 | NA | 药理学方法，基因操控，单细胞转录组测序 | NA | NA | NA |