单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals distinct fibroblast plasticity during tenocyte regeneration in zebrafish
2023-11-17, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi5771
PMID:37967180
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼中不同类型的纤维母细胞，并探讨了它们在肌腱再生中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和激光诱导肌腱损伤模型，揭示了斑马鱼中纤维母细胞的多样性和可塑性，并证实了Hedgehog信号通路在纤维母细胞增殖和肌腱再生中的关键作用 | NA | 研究纤维母细胞在肌腱再生中的多样性和可塑性 | 斑马鱼中的纤维母细胞及其在肌腱再生中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 322 | 2024-08-07 |
CellDialog: A Computational Framework for Ligand-receptor-mediated Cell-cell Communication Analysis III
2023-Nov-17, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3333828
PMID:37976192
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研究论文 | 本文开发了一个名为CellDialog的计算框架，用于重建基于发送和接收细胞中配体和受体组合表达的细胞间连接网络，并通过三点位估计方法测量配体-受体介导的细胞间通信强度 | CellDialog通过配体-受体相互作用特征提取、选择和分类来捕获高置信度的配体-受体相互作用，并结合配体-受体过滤和单细胞RNA测序数据来测量细胞间通信强度 | NA | 开发一种新的计算框架，用于分析配体-受体介导的细胞间通信 | 配体-受体相互作用及其介导的细胞间通信 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 323 | 2024-08-05 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-Nov-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
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研究论文 | 本文系统性识别了人类韧带的细胞类型，并探讨了其在韧带退化过程中的作用 | 本文识别了新的成纤维细胞亚群，揭示了韧带退化过程中的空间分布和动态轨迹 | NA | 研究韧带细胞身份、功能和相互作用如何参与韧带退化过程 | 大约49,356个健康和退化人类前交叉韧带细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和空间RNA测序 | NA | 细胞 | 大约49,356个细胞 |
| 324 | 2024-08-07 |
Integrating scRNA-seq to explore novel macrophage infiltration-associated biomarkers for diagnosis of heart failure
2023-11-16, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-023-03593-1
PMID:37974098
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索与心力衰竭相关的巨噬细胞浸润标志物，以期为心力衰竭的诊断和治疗提供新视角 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出与心力衰竭相关的五种不同分化状态的巨噬细胞亚群，并鉴定出四种有效的诊断标志物 | NA | 探索心力衰竭中与免疫细胞相关的诊断标志物，以深入了解其分子机制 | 心力衰竭患者与正常个体的免疫细胞差异 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 40名正常对照和40名心力衰竭患者 |
| 325 | 2024-08-07 |
The molecular landscape of neurological disorders: insights from single-cell RNA sequencing in neurology and neurosurgery
2023-Nov-16, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-023-01504-w
PMID:37974227
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在神经学和神经外科研究中的应用，特别是在脑肿瘤、神经退行性疾病、癫痫和脊髓疾病等领域的分子层面发现 | scRNA-seq技术揭示了神经系统和神经外科疾病中的细胞异质性、肿瘤微环境、治疗抵抗性和侵袭模式，以及神经退行性疾病和癫痫中的分子亚型和失调通路 | 数据分析、标准化、样本获取、可扩展性和成本效益等方面的挑战需要解决 | 探讨scRNA-seq在神经学和神经外科研究中的应用，以指导精准医学方法、识别临床生物标志物和促进治疗发现 | 脑肿瘤、神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病和肌萎缩侧索硬化症）、癫痫和脊髓疾病 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 326 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals the reproductive variations between primiparous and multiparous Hu ewes
2023-Nov-14, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-023-00941-1
PMID:37964337
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研究论文 | 本研究揭示了在单胎和多胎胡羊之间的生殖差异的分子机制 | 研究识别并分析了高产和低产组胡羊卵巢颗粒细胞的基因表达差异 | 样本量较小，仅为3只羊，可能影响结果的广泛适用性 | 研究胡羊生殖性能的遗传机制，以促进高产量羊的选择和育种 | 研究对象为高产和低产的胡羊，及其卵巢颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | 10× Genomics单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6只羊(每组3只) |
| 327 | 2024-08-07 |
Similarity-assisted variational autoencoder for nonlinear dimension reduction with application to single-cell RNA sequencing data
2023-Nov-14, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05552-1
PMID:37964243
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，将相似性信息引入变分自编码器（VAE）框架中，用于非线性降维，特别是在单细胞RNA测序数据中的应用 | 本文的创新点在于将相似性信息融入VAE框架，并扩展到条件VAE以考虑协变量效应，从而在降维步骤中产生更清晰的聚类结构 | VAE在没有额外注释信息的情况下，通常不能清晰地显示聚类模式 | 研究目的是开发一种新的非线性降维方法，以更好地可视化和分析大规模数据集，如单细胞RNA测序数据 | 研究对象是单细胞RNA测序数据，旨在揭示潜在的聚类模式或识别异常值 | 机器学习 | NA | RNA-seq | VAE | 数据 | NA |
| 328 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the heterogeneity of cancer-associated fibroblasts in TNBC
2023-11-13, Aging
DOI:10.18632/aging.205205
PMID:37963845
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研究论文 | 本研究分析了三阴性乳腺癌（TNBC）中癌相关成纤维细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序和散装RNA测序的整合分析揭示TNBC中CAFs的亚群及其功能特征 | 样本数量相对较少，仅包括6个TNBC患者和3个正常乳腺组织，有待进一步验证 | 探讨三阴性乳腺癌中的异质性及其潜在来源 | TNBC患者的单细胞RNA数据和正常乳腺样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 无 | 基因表达数据 | 9个样本（6个TNBC患者和3个正常乳腺组织） |
| 329 | 2024-08-05 |
Single-Nucleus RNA-Sequencing in Brain Tissue
2023-Nov, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.919
PMID:37987152
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研究论文 | 本研究提供了一种用于脑组织单核RNA测序的实验协议 | 提出了单核RNA测序的方法，以克服单细胞悬液准备中的技术挑战 | 文中没有详细讨论样本规模的限制 | 研究脑组织细胞类型特异性转录分析 | 脑组织中的单核 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 330 | 2024-08-07 |
Integrative single-cell transcriptome analysis provides new insights into post-COVID-19 pulmonary fibrosis and potential therapeutic targets
2023-11, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29201
PMID:37966390
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了COVID-19患者、特发性肺纤维化（IPF）患者及接受抗纤维化药物治疗的转化生长因子β1诱导的纤维化模型大鼠的肺组织，旨在发现PCPF的新治疗靶点 | 研究揭示了巨噬细胞在IPF和COVID-19发展及进展中的关键作用，并发现纤维化和炎症相关基因在两种情况下均上调 | NA | 识别PCPF的新治疗靶点 | COVID-19患者、IPF患者及大鼠纤维化模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | COVID-19患者、IPF患者及大鼠纤维化模型的肺组织样本 |
| 331 | 2024-08-07 |
[What if the origin of FAPs was contributing to their heterogeneity in muscle?]
2023-Nov, Medecine sciences : M/S
DOI:10.1051/medsci/2023129
PMID:37975765
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研究论文 | 本文探讨了纤维脂肪原细胞（FAPs）在肌肉中的异质性及其潜在的肌肉外来源 | 利用单细胞RNA测序技术，揭示了FAPs在不同条件下的亚群及其功能，并探讨了脂肪组织中的间充质干细胞可能对FAP异质性的贡献 | NA | 研究FAPs在肌肉中的异质性及其潜在的肌肉外来源 | 纤维脂肪原细胞（FAPs）及其在肌肉中的亚群和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 332 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics and neurofilament light chain reveal changes in lesion patterns in murine autoimmune neuroinflammation
2023-Nov-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02947-y
PMID:37957728
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研究论文 | 这项研究探讨了小鼠自身免疫性神经炎中的损伤模式变化。 | 本文揭示了急性复发和慢性阶段中神经轴突损伤的时空分布及其病理机制。 | 研究主要基于小鼠模型，可能会限制对人类疾病的直接应用。 | 研究神经轴突损伤在多发性硬化不同阶段的变化及机制。 | 实验性自免疫性脑脊髓炎（EAE）模型的神经轴突损伤。 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 免疫组化、单分子阵列、空间转录组学、微胶质细胞/轴突共同培养 | NA | NA | 使用了EAE模型的神经元和神经胶质细胞样本 |
| 333 | 2024-08-07 |
Comparative immunological landscape between pre- and early-stage LUAD manifested as ground-glass nodules revealed by scRNA and scTCR integrated analysis
2023-11-13, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-023-01322-x
PMID:37957625
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序的整合分析，揭示了早期肺腺癌（LUAD）表现为磨玻璃结节（GGN）的免疫学特征 | 发现了五个关键模块驱动早期LUAD的恶性进展，并揭示了早期LUAD的肿瘤微环境特征，包括调节性T细胞的积累和CD8+ T细胞的功能丧失 | NA | 探究早期肺腺癌（LUAD）表现为磨玻璃结节（GGN）的恶性进展机制及其免疫学特征 | 正常肺组织、癌前病变和早期LUAD表现为肺磨玻璃结节（GGN）的样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA）和T细胞受体（TCR）测序 | NA | 单细胞数据 | 5个正常肺组织，3个癌前病变和4个早期LUAD表现为肺磨玻璃结节（GGN）的样本 |
| 334 | 2024-08-05 |
Implications of single-cell immune landscape of tumor microenvironment for the colorectal cancer diagnostics and therapy
2023-Nov-11, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-023-02226-z
PMID:37950801
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综述 | 这篇文章提供了对结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中免疫景观的单细胞研究的综合概述 | 重点探讨了肿瘤相关巨噬细胞等关键免疫因子如何调节CRC的肿瘤微环境 | 没有提及具体的实验数据或样本分析 | 旨在揭示结直肠癌微环境中的免疫细胞相互作用及其对治疗响应的影响 | 主要研究结直肠癌中的免疫细胞以及它们与肿瘤的相互作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-08-07 |
Infiltrating myeloid cell-derived properdin markedly promotes microglia-mediated neuroinflammation after ischemic stroke
2023-Nov-11, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02946-z
PMID:37951917
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研究论文 | 本文研究了渗入的髓系细胞来源的properdin在缺血性中风后通过微胶质细胞介导的神经炎症中的作用 | 发现properdin作为渗入的外周髓系细胞与微胶质细胞之间的新媒介，进一步激活微胶质细胞并加剧缺血性脑损伤 | NA | 探讨properdin在调节中风后微胶质细胞介导的神经炎症中的作用 | 髓系细胞来源的properdin及其在缺血性中风中的作用 | 神经科学 | 中风 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，转录组测序 | NA | RNA | 使用全局和条件性（髓系特异性）properdin敲除小鼠进行实验 |
| 336 | 2024-08-05 |
Mediating oxidative stress through the Palbociclib/miR-141-3p/STAT4 axis in osteoporosis: a bioinformatics and experimental validation study
2023-11-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46813-6
PMID:37949959
|
研究论文 | 本研究探索了Palbociclib/miR-141-3p/STAT4轴在骨质疏松症中介导氧化应激的作用 | 首次提出了Palbociclib/miR-141-3p/STAT4轴，并提供了氧化应激在骨质疏松症机制中的新见解 | 该研究的局限性在于仅利用了特定的基因组数据集，缺乏更广泛的人体样本验证 | 研究氧化应激在骨质疏松症中作用的分子机制 | 探讨与氧化应激相关的基因及其与炎症因子的关系 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | RT-qPCR, Elisa, 加权相关网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 人类血液样本 |
| 337 | 2024-08-07 |
Subtyping of COVID-19 samples based on cell-cell interaction in single cell transcriptomes
2023-11-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46350-2
PMID:37949890
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研究论文 | 本研究利用细胞间相互作用评分对单细胞转录组数据进行样本级聚类，以探索COVID-19患者的异质性并发现新的亚型 | 首次采用细胞间相互作用评分进行样本级聚类，揭示了COVID-19患者在同一严重程度级别下的免疫异质性 | NA | 探索COVID-19患者的异质性并发现新的亚型 | COVID-19患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 338 | 2024-08-05 |
CamoTSS: analysis of alternative transcription start sites for cellular phenotypes and regulatory patterns from 5' scRNA-seq data
2023-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42636-1
PMID:37945584
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研究论文 | 本研究介绍了一种计算方法套件CamoTSS，用于准确识别转录起始位点（TSS）并量化其表达 | CamoTSS通过利用cDNA在读取1中的信息，有效检测替代TSS的使用，这是其创新之处 | 该研究未提及具体的局限性 | 研究旨在开发一种有效的方法来分析细胞转录组数据中的转录起始位点 | 研究对象包括来自不同生物过程的人类细胞类型、胸腺的发展以及癌症状态 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 包含多种实验数据集 |
| 339 | 2024-08-05 |
Leveraging a disulfidptosis/ferroptosis-based signature to predict the prognosis of lung adenocarcinoma
2023-Nov-09, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-03125-z
PMID:37946181
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研究论文 | 本研究利用基于二硫酯死亡和铁死亡的特征预测肺腺癌的预后 | 首次识别出四个与肺腺癌预后相关的最佳二硫酯死亡/铁死亡相关基因 | 尚需更多临床样本以验证模型的普适性 | 探讨二硫酯死亡和铁死亡在肺腺癌发展中的关系并建立预后模型 | 肺腺癌患者及其相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序、单细胞测序、SNP数据分析 | LASSO COX预后模型 | 基因组数据、临床数据 | NA |
| 340 | 2024-08-05 |
The integrative multi-omics approach identifies the novel competing endogenous RNA (ceRNA) network in colorectal cancer
2023-11-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46620-z
PMID:37945594
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研究论文 | 本研究识别了结直肠癌中的新竞争性内源RNA（ceRNA）网络 | 揭示了hsa_circ_000240作为ceRNA在结直肠癌中的作用，以及与其相关的关键基因和表观遗传学机制 | 研究未能阐明hsa_circ_000240在结直肠癌中的具体致病机制 | 探讨hsa_circ_000240在结直肠癌中的功能及其相关的基因网络 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤和正常组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | qRT-PCR, 微阵列, RNA测序, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 包括匹配的结直肠癌肿瘤和相邻正常组织样本 |