单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-07 |
The cellular trajectories of tumor-associated macrophages decipher the heterogeneity of pancreatic cancer
2023-Nov-22, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01266-y
PMID:37991591
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序数据，通过Seurat和Monocle算法分析肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在胰腺癌中的细胞轨迹，揭示其异质性并探索潜在的治疗策略。 | 首次详细分析了胰腺癌中TAMs的进化轨迹，并根据其分子分类和免疫景观预测了治疗敏感性。 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的体外和体内实验验证。 | 揭示胰腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并探索针对性的治疗策略。 | 胰腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用。 | digital pathology | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非负矩阵分解(NMF) | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 282 | 2024-08-05 |
Temporal and spatial analysis of astrocytes following stroke identifies novel drivers of reactivity
2023-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.12.566710
PMID:38014211
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研究论文 | 本研究探讨了中风后星形胶质细胞的时间和空间变化 | 识别出了一些独特的星形胶质细胞亚群体及其反应性的驱动因素 | 研究中使用的是小鼠模型，可能无法完全代表人类情况 | 了解中风后星形胶质细胞的反应机制及其异质性 | 约138,000个小鼠前脑星形胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约138,000个小鼠前脑星形胶质细胞 |
| 283 | 2024-08-07 |
Investigating EGF and PAG1 as necroptosis-related biomarkers for diabetic nephropathy: an in silico and in vitro validation study
2023-11-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205233
PMID:37988198
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研究论文 | 本研究旨在通过生物信息学和实验验证，探讨糖尿病肾病中调控细胞死亡（RCD）的机制并识别相关生物标志物 | 本研究通过基因集变异分析（GSVA）和加权基因共表达网络分析（WGCNA），结合实验验证，首次识别出EGF和PAG1作为糖尿病肾病中与坏死性凋亡相关的生物标志物 | NA | 理解糖尿病肾病中调控细胞死亡的机制并识别相关生物标志物 | 糖尿病肾病中的调控细胞死亡机制及相关生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 基因集变异分析（GSVA），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | RNA测序数据 | 独立队列和HK-2细胞 |
| 284 | 2024-08-07 |
Prognostic hub gene CBX2 drives a cancer stem cell-like phenotype in HCC revealed by multi-omics and multi-cohorts
2023-11-17, Aging
DOI:10.18632/aging.205173
PMID:37980163
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研究论文 | 本研究通过多组学和多队列数据，揭示了CBX2基因在肝细胞癌（HCC）中作为癌症干细胞样表型的驱动因子 | 首次详细探讨了CBX2在HCC中的作用及其与癌症干细胞样表型的关联，并揭示了其在免疫治疗中的潜在应用 | NA | 探讨CBX2基因在肝细胞癌中的作用及其对癌症干细胞样表型的影响 | CBX2基因及其在肝细胞癌中的表达和功能 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 使用了TCGA-LIHC和GSE140845两个数据集 |
| 285 | 2024-08-05 |
Deciphering the Functional Roles of Individual Cancer Alleles Across Comprehensive Cancer Genomic Studies
2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.14.567106
PMID:38014215
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研究论文 | 本论文介绍了一种新数学公式的REVEALER 2.0算法，用于解析个别癌症等位基因的功能角色 | REVEALER 2.0算法在速度和效率上提升了约150倍，适用于更大规模的数据集 | 未提及具体的限制 | 解析个别癌症等位基因在复杂癌症基因组数据中的功能角色 | 癌症基因组中的个体基因组病变 | 数字病理学 | 癌症 | 下一代测序技术 | REVEALER 2.0 | 基因组数据 | NA |
| 286 | 2024-08-05 |
Transcriptome-based identification of tumor-reactive and bystander CD8+ T cell receptor clonotypes in human pancreatic cancer
2023-11-15, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adh9562
PMID:37967201
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体功能测试，识别了胰腺癌中肿瘤反应性和旁观者CD8+ T细胞受体克隆类型 | 本研究结合了单细胞转录组技术与功能测试，为胰腺癌提供了新颖的T细胞亚群区分标准 | 研究样本数量有限，可能无法完全代表所有胰腺癌病例 | 旨在通过识别CD8+ T细胞受体克隆类型，为个性化免疫疗法提供依据 | 研究对象为胰腺导管腺癌患者的肿瘤浸润性T细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 93个肿瘤反应性TCR克隆类型和65个旁观者TCR克隆类型 |
| 287 | 2024-08-07 |
PCDH1, a poor prognostic biomarker and potential target for pancreatic adenocarcinoma metastatic therapy
2023-Nov-13, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11474-1
PMID:37957639
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研究论文 | 本研究探讨了PCDH1作为胰腺腺癌（PAAD）的预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 发现PCDH1在PAAD细胞中的表达显著高于正常胰腺导管细胞，并且其上调促进了胰腺癌细胞的转移 | NA | 识别PAAD的新潜在治疗靶点和预后生物标志物 | PCDH1在PAAD中的表达及其作为治疗靶点的潜力 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（IHC），实时定量聚合酶链反应（qPCR），蛋白质印迹（western blotting） | NA | RNA，蛋白质 | 来自患者的蜡块切片，PAAD细胞系Panc-0813 |
| 288 | 2024-08-07 |
Identification of Cellular Interactions in the Tumor Immune Microenvironment Underlying CD8 T Cell Exhaustion
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.09.566384
PMID:38014233
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研究论文 | 本研究构建了一个分析框架，用于识别与CD8 T细胞耗竭相关的免疫细胞类型特异性基因调控网络模式，并分析了单细胞RNA测序数据，以比较肿瘤和慢性病毒感染样本中T细胞耗竭过程的差异 | 本研究开发了一个新的分析框架，不仅可以应用于肿瘤免疫微环境，还可以扩展到任何涉及细胞间通信的系统，有助于深入理解支持癌症和其他复杂疾病有效治疗的关键生物学过程 | 由于过程的复杂性，无法简单推断其他细胞类型对单一细胞类型过程的贡献 | 研究CD8 T细胞耗竭过程及其在免疫治疗中的作用 | 肿瘤浸润性CD8 T细胞的耗竭程度及免疫细胞类型特异性基因调控网络模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 人类皮肤肿瘤样本及慢性病毒感染样本 |
| 289 | 2024-08-05 |
An integrated study to decipher immunosuppressive cellular communication in the PDAC environment
2023-Nov-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00320-6
PMID:37945567
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研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）环境中的免疫抑制细胞通信。 | 探索了TAMs在PDAC微环境中的关键作用，并揭示了LGALS9基因的上调及其与其他细胞的相互作用。 | NA | 揭示PDAC肿瘤微环境中的细胞通信机制。 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本中的细胞。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学，scRNA-seq，和bulk RNA-seq | NA | RNA数据 | PDAC样本和健康样本对比 |
| 290 | 2024-08-07 |
Dynamic scRNA-seq of live human pancreatic slices reveals functional endocrine cell neogenesis through an intermediate ducto-acinar stage
2023-11-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.10.001
PMID:37898119
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研究论文 | 本研究通过动态单细胞RNA测序技术，分析了人胰腺切片在不同时间点和再生刺激下的细胞变化，揭示了内分泌细胞通过中间导管腺泡阶段的新生过程。 | 首次对整个人类胰腺组织进行纵向单细胞RNA测序分析，动态展示了胰腺的可塑性。 | 研究主要基于同一供体的胰腺切片，可能限制了结果的普遍性。 | 探究人类胰腺的可塑性及其内分泌细胞的生成过程。 | 人胰腺切片及其在不同时间点和再生刺激下的细胞变化。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自同一供体的多个时间点的胰腺切片样本 |
| 291 | 2024-08-07 |
Kidney single-cell transcriptomes uncover SGLT2i-induced metabolic reprogramming via restoring glycolysis and fatty acid oxidation
2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.31.564836
PMID:37961186
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研究论文 | 本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了SGLT2抑制剂对db/db小鼠肾脏代谢的影响 | 首次揭示了SGLT2抑制剂通过恢复糖酵解和脂肪酸氧化来保护肾脏代谢的新机制 | 研究仅基于db/db小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨SGLT2抑制剂对糖尿病肾病肾脏代谢的保护作用及其机制 | db/db小鼠的肾脏单细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | db/db小鼠及对照组 |
| 292 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals characteristics in tumor microenvironment of PDAC with MSI-H following neoadjuvant chemotherapy with anti-PD-1 therapy
2023-11-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216421
PMID:37778681
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受新辅助化疗和免疫治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的肿瘤微环境特征 | 首次揭示了新辅助治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌残余病变的特征以及肿瘤微环境的变化 | 研究只基于单个病例，样本量较小，结果可能不具广泛适用性 | 探讨高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌的肿瘤微环境在化疗与免疫治疗联合治疗后的变化 | 一例接受新辅助治疗后进行根治性手术的高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的残余病变 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 1例 |
| 293 | 2024-08-05 |
Landscape and the immune patterns of cuproptosis in oral squamous cell carcinoma
2023-Nov, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1111/jop.13489
PMID:37828627
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研究论文 | 本研究旨在探讨与口腔鳞状细胞癌相关的cuproptosis基因及其预后价值 | 首次将cuproptosis相关基因与口腔鳞状细胞癌的免疫微环境和预后相结合进行分析 | 仅分析了特定的基因和数据集，可能不适用于所有类型的口腔鳞状细胞癌 | 研究cuproptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌中的作用及其预后意义 | 分析了13个与cuproptosis相关的基因 | 数字病理学 | 口腔癌 | RNA-seq | 随机森林算法 | 基因组数据和RNA-seq数据 | NA |
| 294 | 2024-08-07 |
Interactions of Indoleamine 2,3-dioxygenase-expressing LAMP3+ dendritic cells with CD4+ regulatory T cells and CD8+ exhausted T cells: synergistically remodeling of the immunosuppressive microenvironment in cervical cancer and therapeutic implications
2023-11, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12486
PMID:37794698
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研究论文 | 本研究探讨了表达吲哚胺2,3-双加氧酶的LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的相互作用，以及这些相互作用在宫颈癌免疫抑制微环境重塑中的作用及其治疗意义。 | 研究揭示了LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的协同作用，形成了一个恶性的免疫抑制循环，并介导了宫颈癌的免疫逃逸。 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本的单细胞RNA测序，需要进一步的临床试验来验证这些发现。 | 旨在探讨宫颈癌免疫重塑的机制并探索潜在的治疗靶点。 | 研究对象包括正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变和宫颈癌组织。 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 17个临床样本 |
| 295 | 2024-08-07 |
Integrating imaging-based classification and transcriptomics for quality assessment of human oocytes according to their reproductive efficiency
2023-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-023-02911-y
PMID:37610606
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研究论文 | 本文通过结合基于影像的分类和转录组学，评估人类卵母细胞的生殖效率 | 开发了一种使用影像数据和单细胞RNA测序的排名工具，用于预测卵母细胞的受精、发育和植入率 | 排名工具的特异性有限，需要进一步的多中心研究验证 | 利用非侵入性影像参数评估人类卵母细胞的受精、发育和植入，并研究其对转录组学的影响 | 人类卵母细胞的影像数据和转录组学 | 数字病理学 | NA | Hoffman调制对比显微镜，单细胞RNA测序 | 二元逻辑回归 | 影像，转录组 | 957个中期II阶段卵母细胞，23个成熟卵母细胞 |
| 296 | 2024-08-07 |
Range of chromatin accessibility configurations are permissive of GABAergic fate acquisition in developing mouse brain
2023-Nov-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09836-x
PMID:38036964
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了发育中的小鼠大脑中GABA能神经元的染色质可及性和mRNA表达，以理解不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 本文首次定义了开放染色质区域的参考集，并整合了scATAC-seq和scRNA-seq数据，形成了一个统一的转录组和染色质可及性图谱资源 | NA | 研究不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 发育中的小鼠大脑中的GABA能神经元 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | E14.5小鼠胚胎的端脑、中脑和前后脑的细胞类型 |
| 297 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其对多种细胞类型的调节机制 | 首次揭示了Lrg1通过调节多种细胞类型在脑缺血-再灌注损伤中的病理过程 | NA | 探索Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其机制，以寻找新的预防和治疗策略 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型和Lrg1敲除小鼠 |
| 298 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis unveils activation of mast cells in colorectal cancer microenvironment
2023-Nov-29, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01144-x
PMID:38031173
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研究论文 | 本研究揭示了结肠直肠癌微环境中肥大细胞的激活情况 | 首次进行了对结肠直肠癌中肥大细胞的综合单细胞研究，发现肥大细胞表型的转变及其在肿瘤微环境中的作用 | 尚未明确肥大细胞在结肠直肠癌中的具体作用机制 | 探讨肥大细胞在结肠直肠癌中的异质性和影响 | 结肠直肠癌中的肥大细胞及其特征 | 数字病理学 | 结肠直肠癌 | 单细胞测序，空间转录组学，整体组织测序 | NA | NA | CRC和正常组织样本的比较，但具体样本数量未提及 |
| 299 | 2024-08-07 |
FastCAR: fast correction for ambient RNA to facilitate differential gene expression analysis in single-cell RNA-sequencing datasets
2023-Nov-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09822-3
PMID:38030970
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FastCAR的计算方法，用于校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染，以促进细胞类型特异性差异基因表达分析 | FastCAR是专门为单细胞差异基因表达分析设计的，能够更有效地校正环境RNA带来的信号，减少假阳性结果 | NA | 开发和验证一种新的方法来校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 300 | 2024-08-05 |
Comprehensive Transcriptomic Investigation of Rett Syndrome Reveals Increasing Complexity Trends from Induced Pluripotent Stem Cells to Neurons with Implications for Enriched Pathways
2023-Nov-21, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.3c06448
PMID:38027357
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研究论文 | 本研究对Rett综合症进行了全面的转录组调查，揭示了从诱导多能干细胞到神经元的复杂性趋势及其与富集通路的影响 | 该文章创新性地使用不同样本类型的转录组数据，揭示了基因表达的特定趋势和相关基因的差异表达 | 本研究的限制在于获取足够的患者数据的挑战 | 研究Rett综合症患者样本中基因表达的变化及其潜在的治疗策略 | 研究对象包括Rett综合症患者的四种不同样本类型，如诱导多能干细胞、分化神经祖细胞、分化神经元和死后脑组织 | 数字病理学 | Rett综合症 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 四种不同样本类型 |