单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
Single cell spatial transcriptomic profiling of childhood-onset lupus nephritis reveals complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.09.566503
PMID:38014158
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研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学揭示了儿童起病狼疮性肾炎中肾间质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用 | 该研究利用空间转录组学技术获得了儿童起病狼疮性肾炎患者肾脏组织的单细胞分辨率图谱，提供了新的免疫病理机制见解 | 肾小管细胞转录特征与组织学评分之间几乎没有相关性，说明在个别肾小管级别上仍存在信息缺口 | 探索儿童起病狼疮性肾炎（cLN）中肾脏细胞与免疫细胞之间的互动 | 来自八名儿童起病狼疮性肾炎患者和两名对照者的肾脏组织样本 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自八名儿童起病狼疮性肾炎患者和两名对照者的超过40万细胞样本 |
| 262 | 2024-08-07 |
PCDH1, a poor prognostic biomarker and potential target for pancreatic adenocarcinoma metastatic therapy
2023-Nov-13, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11474-1
PMID:37957639
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研究论文 | 本研究探讨了PCDH1作为胰腺腺癌（PAAD）的预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 发现PCDH1在PAAD细胞中的表达显著高于正常胰腺导管细胞，并且其上调促进了胰腺癌细胞的转移 | NA | 识别PAAD的新潜在治疗靶点和预后生物标志物 | PCDH1在PAAD中的表达及其作为治疗靶点的潜力 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（IHC），实时定量聚合酶链反应（qPCR），蛋白质印迹（western blotting） | NA | RNA，蛋白质 | 来自患者的蜡块切片，PAAD细胞系Panc-0813 |
| 263 | 2024-08-07 |
Identification of Cellular Interactions in the Tumor Immune Microenvironment Underlying CD8 T Cell Exhaustion
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.09.566384
PMID:38014233
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研究论文 | 本研究构建了一个分析框架，用于识别与CD8 T细胞耗竭相关的免疫细胞类型特异性基因调控网络模式，并分析了单细胞RNA测序数据，以比较肿瘤和慢性病毒感染样本中T细胞耗竭过程的差异 | 本研究开发了一个新的分析框架，不仅可以应用于肿瘤免疫微环境，还可以扩展到任何涉及细胞间通信的系统，有助于深入理解支持癌症和其他复杂疾病有效治疗的关键生物学过程 | 由于过程的复杂性，无法简单推断其他细胞类型对单一细胞类型过程的贡献 | 研究CD8 T细胞耗竭过程及其在免疫治疗中的作用 | 肿瘤浸润性CD8 T细胞的耗竭程度及免疫细胞类型特异性基因调控网络模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 人类皮肤肿瘤样本及慢性病毒感染样本 |
| 264 | 2024-08-05 |
An integrated study to decipher immunosuppressive cellular communication in the PDAC environment
2023-Nov-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00320-6
PMID:37945567
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研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）环境中的免疫抑制细胞通信。 | 探索了TAMs在PDAC微环境中的关键作用，并揭示了LGALS9基因的上调及其与其他细胞的相互作用。 | NA | 揭示PDAC肿瘤微环境中的细胞通信机制。 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本中的细胞。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学，scRNA-seq，和bulk RNA-seq | NA | RNA数据 | PDAC样本和健康样本对比 |
| 265 | 2024-08-07 |
Dynamic scRNA-seq of live human pancreatic slices reveals functional endocrine cell neogenesis through an intermediate ducto-acinar stage
2023-11-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.10.001
PMID:37898119
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研究论文 | 本研究通过动态单细胞RNA测序技术，分析了人胰腺切片在不同时间点和再生刺激下的细胞变化，揭示了内分泌细胞通过中间导管腺泡阶段的新生过程。 | 首次对整个人类胰腺组织进行纵向单细胞RNA测序分析，动态展示了胰腺的可塑性。 | 研究主要基于同一供体的胰腺切片，可能限制了结果的普遍性。 | 探究人类胰腺的可塑性及其内分泌细胞的生成过程。 | 人胰腺切片及其在不同时间点和再生刺激下的细胞变化。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自同一供体的多个时间点的胰腺切片样本 |
| 266 | 2024-08-07 |
Kidney single-cell transcriptomes uncover SGLT2i-induced metabolic reprogramming via restoring glycolysis and fatty acid oxidation
2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.31.564836
PMID:37961186
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研究论文 | 本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了SGLT2抑制剂对db/db小鼠肾脏代谢的影响 | 首次揭示了SGLT2抑制剂通过恢复糖酵解和脂肪酸氧化来保护肾脏代谢的新机制 | 研究仅基于db/db小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨SGLT2抑制剂对糖尿病肾病肾脏代谢的保护作用及其机制 | db/db小鼠的肾脏单细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | db/db小鼠及对照组 |
| 267 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals characteristics in tumor microenvironment of PDAC with MSI-H following neoadjuvant chemotherapy with anti-PD-1 therapy
2023-11-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216421
PMID:37778681
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受新辅助化疗和免疫治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的肿瘤微环境特征 | 首次揭示了新辅助治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌残余病变的特征以及肿瘤微环境的变化 | 研究只基于单个病例，样本量较小，结果可能不具广泛适用性 | 探讨高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌的肿瘤微环境在化疗与免疫治疗联合治疗后的变化 | 一例接受新辅助治疗后进行根治性手术的高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的残余病变 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 1例 |
| 268 | 2024-08-05 |
Landscape and the immune patterns of cuproptosis in oral squamous cell carcinoma
2023-Nov, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1111/jop.13489
PMID:37828627
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研究论文 | 本研究旨在探讨与口腔鳞状细胞癌相关的cuproptosis基因及其预后价值 | 首次将cuproptosis相关基因与口腔鳞状细胞癌的免疫微环境和预后相结合进行分析 | 仅分析了特定的基因和数据集，可能不适用于所有类型的口腔鳞状细胞癌 | 研究cuproptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌中的作用及其预后意义 | 分析了13个与cuproptosis相关的基因 | 数字病理学 | 口腔癌 | RNA-seq | 随机森林算法 | 基因组数据和RNA-seq数据 | NA |
| 269 | 2024-08-07 |
Interactions of Indoleamine 2,3-dioxygenase-expressing LAMP3+ dendritic cells with CD4+ regulatory T cells and CD8+ exhausted T cells: synergistically remodeling of the immunosuppressive microenvironment in cervical cancer and therapeutic implications
2023-11, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12486
PMID:37794698
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研究论文 | 本研究探讨了表达吲哚胺2,3-双加氧酶的LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的相互作用，以及这些相互作用在宫颈癌免疫抑制微环境重塑中的作用及其治疗意义。 | 研究揭示了LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的协同作用，形成了一个恶性的免疫抑制循环，并介导了宫颈癌的免疫逃逸。 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本的单细胞RNA测序，需要进一步的临床试验来验证这些发现。 | 旨在探讨宫颈癌免疫重塑的机制并探索潜在的治疗靶点。 | 研究对象包括正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变和宫颈癌组织。 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 17个临床样本 |
| 270 | 2024-08-05 |
Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study
2023-Nov, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3535
PMID:37338187
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研究论文 | 本研究旨在识别与类风湿性关节炎（RA）发病机制相关的中心铜死亡基因。 | 首次将铜死亡基因与类风湿性关节炎的免疫细胞浸润关联起来，并识别了中心基因DLAT。 | 样本规模和实验条件可能限制了结果的普遍适用性。 | 识别与类风湿性关节炎相关的铜死亡基因。 | 针对类风湿性关节炎患者的基因表达和免疫细胞浸润进行分析。 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 类风湿性关节炎患者样本和细胞实验样本 |
| 271 | 2024-08-07 |
Integrating imaging-based classification and transcriptomics for quality assessment of human oocytes according to their reproductive efficiency
2023-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-023-02911-y
PMID:37610606
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研究论文 | 本文通过结合基于影像的分类和转录组学，评估人类卵母细胞的生殖效率 | 开发了一种使用影像数据和单细胞RNA测序的排名工具，用于预测卵母细胞的受精、发育和植入率 | 排名工具的特异性有限，需要进一步的多中心研究验证 | 利用非侵入性影像参数评估人类卵母细胞的受精、发育和植入，并研究其对转录组学的影响 | 人类卵母细胞的影像数据和转录组学 | 数字病理学 | NA | Hoffman调制对比显微镜，单细胞RNA测序 | 二元逻辑回归 | 影像，转录组 | 957个中期II阶段卵母细胞，23个成熟卵母细胞 |
| 272 | 2024-08-07 |
Range of chromatin accessibility configurations are permissive of GABAergic fate acquisition in developing mouse brain
2023-Nov-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09836-x
PMID:38036964
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了发育中的小鼠大脑中GABA能神经元的染色质可及性和mRNA表达，以理解不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 本文首次定义了开放染色质区域的参考集，并整合了scATAC-seq和scRNA-seq数据，形成了一个统一的转录组和染色质可及性图谱资源 | NA | 研究不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 发育中的小鼠大脑中的GABA能神经元 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | E14.5小鼠胚胎的端脑、中脑和前后脑的细胞类型 |
| 273 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其对多种细胞类型的调节机制 | 首次揭示了Lrg1通过调节多种细胞类型在脑缺血-再灌注损伤中的病理过程 | NA | 探索Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其机制，以寻找新的预防和治疗策略 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型和Lrg1敲除小鼠 |
| 274 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis unveils activation of mast cells in colorectal cancer microenvironment
2023-Nov-29, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01144-x
PMID:38031173
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研究论文 | 本研究揭示了结肠直肠癌微环境中肥大细胞的激活情况 | 首次进行了对结肠直肠癌中肥大细胞的综合单细胞研究，发现肥大细胞表型的转变及其在肿瘤微环境中的作用 | 尚未明确肥大细胞在结肠直肠癌中的具体作用机制 | 探讨肥大细胞在结肠直肠癌中的异质性和影响 | 结肠直肠癌中的肥大细胞及其特征 | 数字病理学 | 结肠直肠癌 | 单细胞测序，空间转录组学，整体组织测序 | NA | NA | CRC和正常组织样本的比较，但具体样本数量未提及 |
| 275 | 2024-08-07 |
FastCAR: fast correction for ambient RNA to facilitate differential gene expression analysis in single-cell RNA-sequencing datasets
2023-Nov-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09822-3
PMID:38030970
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FastCAR的计算方法，用于校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染，以促进细胞类型特异性差异基因表达分析 | FastCAR是专门为单细胞差异基因表达分析设计的，能够更有效地校正环境RNA带来的信号，减少假阳性结果 | NA | 开发和验证一种新的方法来校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 276 | 2024-08-05 |
Comprehensive Transcriptomic Investigation of Rett Syndrome Reveals Increasing Complexity Trends from Induced Pluripotent Stem Cells to Neurons with Implications for Enriched Pathways
2023-Nov-21, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.3c06448
PMID:38027357
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研究论文 | 本研究对Rett综合症进行了全面的转录组调查，揭示了从诱导多能干细胞到神经元的复杂性趋势及其与富集通路的影响 | 该文章创新性地使用不同样本类型的转录组数据，揭示了基因表达的特定趋势和相关基因的差异表达 | 本研究的限制在于获取足够的患者数据的挑战 | 研究Rett综合症患者样本中基因表达的变化及其潜在的治疗策略 | 研究对象包括Rett综合症患者的四种不同样本类型，如诱导多能干细胞、分化神经祖细胞、分化神经元和死后脑组织 | 数字病理学 | Rett综合症 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 四种不同样本类型 |
| 277 | 2024-08-07 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data to establish necroptosis-related lncRNA risk model and analyze the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22083
PMID:38034714
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，建立了与坏死性凋亡相关的长非编码RNA（lncRNA）风险模型，并分析了肝细胞癌中的免疫微环境 | 构建了一个基于8个坏死性凋亡相关lncRNA的预后标志物，该模型显示出良好的预测准确性 | NA | 探讨坏死性凋亡相关lncRNA作为肝细胞癌预后生物标志物的潜力 | 肝细胞癌中的坏死性凋亡相关lncRNA及免疫微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | LASSO算法和多元Cox回归分析 | RNA测序数据 | 使用了TCGA数据库中的肝细胞癌lncRNA表达谱数据及单细胞RNA测序数据 |
| 278 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk RNA-sequencing analysis to predict the role and clinical value of CD36 in lung squamous cell carcinoma
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22201
PMID:38034730
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，探讨CD36在肺鳞状细胞癌中的作用及其临床价值 | 首次验证CD36在肺鳞状细胞癌检测中的作用，并发现其在癌症检测中具有高特异性和敏感性 | NA | 揭示CD36在肺鳞状细胞癌中的作用及其作为早期诊断标志物的潜力 | CD36在肺鳞状细胞癌中的表达及其与肿瘤预后、免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）、基因表达综合图谱（GEO）、人类蛋白质图谱（HPA）等资源的数据 |
| 279 | 2024-08-07 |
Genome resequencing reveals the evolutionary history of garlic reproduction traits
2023-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhad208
PMID:38046855
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研究论文 | 本研究通过基因组重测序分析了134个具有广泛多样性的大蒜样本，探讨了大蒜两个主要与繁殖相关的性状——抽薹和花分化——的进化历史 | 研究发现了2.728亿个基因组变异，其中1.98亿个是新变异，并识别出与繁殖转变和花发育相关的多个候选基因，这些基因显示出明显的选择特征 | NA | 旨在深入了解通过无性繁殖的大蒜中繁殖性状的进化变化 | 大蒜的抽薹和花分化两个繁殖相关性状 | NA | NA | 基因组重测序 | NA | 基因组数据 | 134个大蒜样本 |
| 280 | 2024-08-07 |
Identification of potential diagnostic biomarkers for tenosynovial giant cell tumour by integrating microarray and single-cell RNA sequencing data
2023-Nov-29, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-023-04279-2
PMID:38017559
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研究论文 | 本文通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据，识别了腱鞘巨细胞瘤的潜在诊断生物标志物 | 本文首次通过单细胞RNA测序和微阵列数据的整合分析，识别了腱鞘巨细胞瘤中的骨吸收细胞特异性上调基因 | 研究依赖于已有的公开数据集，未进行体内外实验验证 | 旨在识别高灵敏度和特异性的生物标志物，以辅助诊断腱鞘巨细胞瘤 | 腱鞘巨细胞瘤的诊断生物标志物 | 数字病理学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | 基因表达数据 | 两个单细胞RNA测序数据集和两个微阵列数据集 |