单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics uncover sucrose post-phloem transport during maize kernel development
2023-11-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43006-7
PMID:37938556
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了玉米籽粒发育过程中蔗糖的后韧运输 | 首次利用空间转录组学分析玉米籽粒发育阶段，识别了11个细胞群体和332个分子标记基因 | 本研究主要集中于玉米籽粒的特定时段，可能无法概括其他发育阶段 | 揭示玉米籽粒中各细胞群体的基因表达及其功能 | 玉米籽粒的母体组织、后代胚胎和后代胚乳 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-08-05 |
Human neural stem cells restore spatial memory in a transgenic Alzheimer's disease mouse model by an immunomodulating mechanism
2023-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.01.565161
PMID:37961246
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研究论文 | 这篇文章研究了人类神经干细胞在转基因阿尔茨海默病小鼠模型中恢复空间记忆的作用机制 | 首次使用空间转录组学阐明人类神经干细胞在阿尔茨海默病中的治疗机制 | 未能观察到淀粉样斑块负担的变化，可能影响结果的解读 | 探讨人类神经干细胞在阿尔茨海默病治疗中的作用及其机制 | 人类神经干细胞和5XFAD小鼠模型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 5XFAD小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-08-05 |
MiR-26a-5p exerts its influence by targeting EP300, a molecule known for its role in activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway in CD8+tumor-infiltrating lymphocytes of colorectal cancer
2023-Nov-30, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France)
DOI:10.14715/cmb/2023.69.12.37
PMID:38063089
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研究论文 | 本文探讨了miR-26a-5p通过靶向EP300在结直肠癌CD8+肿瘤浸润淋巴细胞中的影响 | 本研究首次阐明了miR-26a-5p在调节肿瘤浸润T淋巴细胞功能中的作用，并识别EP300为其靶基因 | 关于miR-26a-5p在肿瘤浸润T淋巴细胞中的作用研究有限，且本研究未提供临床数据支持 | 旨在了解miR-26a-5p对结直肠癌肿瘤浸润淋巴细胞的影响及其机制 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤浸润T淋巴细胞及正常T淋巴细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 生物信息学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-08-07 |
High-dimensional single-cell proteomics analysis of esophageal squamous cell carcinoma reveals dynamic alterations of the tumor immune microenvironment after neoadjuvant therapy
2023-11-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007847
PMID:38016720
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研究论文 | 本研究通过高维单细胞蛋白质组学分析食管鳞状细胞癌（ESCC）在接受新辅助治疗后的肿瘤免疫微环境动态变化 | 发现了与新辅助化疗反应相关的CCR4+CCR6+巨噬细胞亚群，并建立了一个基于CCR4/CCR6趋化因子的模型，用于预测ESCC患者对新辅助放化疗联合免疫治疗的反应 | NA | 揭示新辅助治疗对ESCC肿瘤免疫微环境细胞组成的调节作用，并提出预测治疗反应的模型 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的正常食管黏膜和肿瘤样本 | 数字病理学 | 食管癌 | 质谱流式细胞术，单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组化，免疫荧光分析 | NA | 单细胞数据，RNA序列数据 | 6个正常食管黏膜样本和26个肿瘤样本（12个未经治疗，14个接受新辅助治疗） | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing atlas reveals an FABP1-dependent immunosuppressive environment in hepatocellular carcinoma
2023-11-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007030
PMID:38007237
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同阶段的肝细胞癌组织，揭示了FABP1依赖的免疫抑制环境，并探索了新的治疗策略。 | 首次对不同阶段的肝细胞癌进行单细胞RNA测序分析，发现FABP1在肿瘤相关巨噬细胞中的过表达及其对肝细胞癌进展的影响，并提出了新的治疗策略。 | 研究样本量较小，且仅限于特定阶段的肝细胞癌病例，需要进一步扩大样本量和涵盖更多阶段以验证结果的普遍性。 | 深入理解肝细胞癌的肿瘤微环境，并探索新的治疗靶点和策略。 | 肝细胞癌的不同阶段组织及其周围的正常组织和免疫细胞。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15个样本，包括3个II期和4个III期肝细胞癌病例的免疫细胞。 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-08-05 |
A Spatial Transcriptome Reveals Changes in Tumor and Tumor Microenvironment in Oral Cancer with Acquired Resistance to Immunotherapy
2023-11-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13121685
PMID:38136558
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研究论文 | 这项研究揭示了在口腔癌患者获得免疫治疗耐药后，肿瘤及其微环境的动态变化 | 本研究采用空间转录组技术揭示了获得免疫治疗耐药后的表观遗传修饰相关通路的激活 | 本研究仅基于一个患者的案例，样本量较小，缺乏广泛适用性 | 研究免疫治疗对口腔癌及其微环境的影响 | 77岁男性口腔鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 口腔癌 | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 1个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-08-05 |
Good Cop, Bad Cop: Profiling the Immune Landscape in Multiple Myeloma
2023-11-07, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13111629
PMID:38002311
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综述 | 本文描述了多发性骨髓瘤中骨髓微环境各成分的作用以及免疫治疗的临床试验。 | 结合经典免疫表型分析与单细胞测序技术的先进免疫特征分析，揭示了特定免疫细胞在多发性骨髓瘤中的作用。 | 未提供具体的临床试验数据和结果，可能限制对免疫治疗效果的全面理解 | 探讨多发性骨髓瘤中骨髓微环境对疾病发展的影响。 | 主要研究多发性骨髓瘤及其相关的免疫细胞和骨髓微环境。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序技术 | NA | NA | 采用外周血和骨髓中的特定免疫细胞进行分析，但样本数量未提供 | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-08-05 |
Cella: 3D data visualization for plant single-cell transcriptomics in Blender
2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.14068
PMID:38148248
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Cella的工具，它利用开源3D软件Blender进行植物单细胞转录组数据的可视化 | 创新点在于使用Blender设计了一个可视化工具，将复杂数据转换为可理解的3D热图 | 该工具主要针对阿拉伯芥的根尖组织，其他组织的适用性需进一步验证 | 研究复杂生物过程的可视化方法，特别是植物发育研究 | 阿拉伯芥根尖的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 图像 | 映射了21,489个基因的42,978张图像 | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analyses reveal cellular and molecular responses to low nitrogen in burley tobacco leaves
2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.14118
PMID:38148214
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了在正常和低氮条件下生长的烟草叶片中的细胞和分子响应 | 首次构建了烟草叶片的单细胞图谱，并揭示了低氮胁迫下细胞类型的特异性基因表达模式 | NA | 研究烟草在低氮条件下的细胞和分子响应机制 | 烟草叶片的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 10种细胞类型，17个转录上不同的细胞集群 | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-08-05 |
An End-to-End Deep Hybrid Autoencoder Based Method for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3328029
PMID:37889828
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度混合自编码器的单细胞RNA测序数据分析方法 dhaSCA | dhaSCA结合了图卷积神经网络（GCN）特征学习与下游任务，为单细胞转录组数据提供更准确的细胞特征学习 | NA | 提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | GCN-MLP深度自编码器 | RNA-Seq数据 | 八个真实RNA-Seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-08-07 |
Multi-View Clustering With Graph Learning for scRNA-Seq Data
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3298334
PMID:37486829
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研究论文 | 本文提出了一种基于图学习的多视角聚类算法（MCGL），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | MCGL算法通过构建多个特征空间并利用多视角学习，从不同角度全面表征scRNA-seq数据，同时自适应学习细胞的相似性图，克服了对固定相似性的依赖 | NA | 研究细胞类型分布 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 多视角聚类算法 | 基因表达数据 | 十个不同规模的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-08-07 |
Non-Negative Low-Rank Representation With Similarity Correction for Cell Type Identification in scRNA-Seq Data
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3319375
PMID:37751340
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研究论文 | 本文提出了一种新的非负低秩相似性校正模型（NLRSIM），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别，该模型通过子空间聚类保留细胞间的全局结构 | 引入了一种新的流形学习过程来解决细胞间邻域空间密度不平衡的问题，并使用位置敏感哈希算法构建数据图结构 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负低秩相似性校正模型（NLRSIM） | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-08-07 |
Investigation of a UPR-Related Gene Signature Identifies the Pro-Fibrotic Effects of Thrombospondin-1 by Activating CD47/ROS/Endoplasmic Reticulum Stress Pathway in Lung Fibroblasts
2023-Nov-21, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox12122024
PMID:38136144
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了未折叠蛋白反应（UPR）状态与特发性肺纤维化（IPF）患者肺功能之间的关系，并发现血小板反应蛋白-1（TSP-1）通过激活CD47/ROS/内质网应激途径在肺成纤维细胞中发挥促纤维化作用。 | 本研究首次揭示了TSP-1在肺纤维化中的病理作用，并证明了TSP-1通过CD47依赖的ROS产生促进内质网应激和成纤维细胞活化。 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，未来需要进一步的临床试验和体内实验来验证这些发现。 | 探讨UPR状态与IPF患者肺功能及预后的关系，并研究TSP-1在肺纤维化中的作用机制。 | 特发性肺纤维化患者，肺成纤维细胞。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 基因集富集分析（GSEA） | NA | RNA测序数据 | 使用了大量的RNA测序和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-08-07 |
Temporal genomic analysis of melanoma rejection identifies regulators of tumor immune evasion
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.29.569032
PMID:38077050
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研究论文 | 研究探讨了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠类肿瘤免疫逃逸机制，通过单细胞RNA测序和免疫表型分析比较了被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆的时间生长情况。 | 通过比较分析拒绝相关基因表达程序和CRISPR敲除筛选候选介质，确定了巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）作为免疫排斥的调节因子。 | 研究主要集中在鼠类肿瘤模型，需要在更多种类的肿瘤和更广泛的患者数据中验证结果。 | 研究肿瘤免疫逃逸的机制及其与肿瘤内异质性的关系。 | 低肿瘤内异质性的鼠类肿瘤及其免疫逃逸机制。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | CRISPR | 基因表达数据 | 涉及被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-08-07 |
Molecular basis of retinal remodeling in a zebrafish model of retinitis pigmentosa
2023-Nov-18, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05021-1
PMID:37979052
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研究论文 | 本文通过分析成年斑马鱼视网膜的单细胞转录组数据，研究了视网膜色素变性（RP）模型中视网膜重塑的分子基础 | 提供了斑马鱼视网膜细胞类型转录组的基准图谱，并深入探讨了P23H模型中每种视网膜细胞类型的影响 | NA | 理解视网膜重塑的分子基础 | 斑马鱼视网膜的结构和功能重塑 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括野生型AB株（WT）和P23H突变视紫红质转基因RP模型的成年斑马鱼视网膜，数据来自雌性和雄性鱼类 | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-08-07 |
Machine Learning-Based Integration Develops a Macrophage-Related Index for Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2023-11, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102897
PMID:37865004
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法整合多个数据集，构建了一个与巨噬细胞相关的指数（MRI），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 首次使用10种机器学习算法构建了肺腺癌的共识MRI，该指数有助于风险分层、预后评估和治疗方案选择 | NA | 开发一个基于机器学习的巨噬细胞相关指数，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 肺腺癌中的巨噬细胞相关标志物及其在免疫微环境中的作用 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso算法和plsRCox | RNA序列数据 | 使用了来自TCGA、GSE30219、GSE31210和GSE72094数据集的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals diversity of tumor-associated macrophages and their interactions with T lymphocytes in glioblastoma
2023-11-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48116-2
PMID:38012322
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞的多样性和相互作用 | 本研究超越了传统的M1/M2巨噬细胞极化模型，探索了TAMs在胶质母细胞瘤中的连续状态及其与T细胞的相互作用 | NA | 旨在解析胶质母细胞瘤微环境中7种TAM亚型与T细胞的细胞间相互作用 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 成年IDH野生型胶质母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-08-05 |
Human Plaque Myofibroblasts to Study Mechanisms of Atherosclerosis
2023-11-07, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.123.030243
PMID:37889192
|
研究论文 | 本研究提出了一种分离和培养斑块肌成纤维细胞的方法，以研究动脉粥样硬化的机制 | 创新性地展示了从斑块中分离和培养肌成纤维细胞的方法，这些细胞保持了增殖能力和特征表达 | 本研究样本主要来源于颈动脉和股动脉，可能限制了研究结果的广泛适用性 | 旨在提供一种合适的体外模型以研究动脉粥样硬化的特定机制 | 研究对象为来自27名供体的斑块肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，染色质免疫沉淀测序 | NA | 细胞 | 27个供体的斑块细胞（24个颈动脉和3个股动脉） | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-08-05 |
Leveraging diverse cell-death patterns to predict the prognosis, immunotherapy and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma
2023-11-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46577-z
PMID:37985807
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研究论文 | 本文提出了一种新的程序性细胞死亡相关特征（PRS）用于评估透明细胞肾癌的预后和药物敏感性 | 研究推出了一种结合多种细胞死亡模式的PCD模型，用于准确预测临床结果和免疫特征 | NA | 探讨透明细胞肾癌的预后、免疫疗法和药物敏感性 | 透明细胞肾癌患者和相关样本 | 数字病理学 | 肾癌 | qRT-PCR, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自E-MTAB-1980数据集和其他公共数据库的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-08-07 |
The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes
2023-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002015
PMID:37983263
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研究论文 | 本文研究了miR-221/222簇通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化来调节造血干细胞（HSC）静止和多能性的机制。 | 首次揭示了miR-221/222簇在应激条件下对HSC和多能前体细胞（MPP）的调控作用，及其对粒细胞分化的影响。 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类HSC中进行直接验证。 | 探讨miR-221/222簇在造血干细胞静止和多能性维持中的作用及其分子机制。 | 造血干细胞（HSC）和多能前体细胞（MPP）。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 使用了C57BL/6J小鼠模型，具体样本数量未详细说明。 | NA | NA | NA | NA |