单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-05 |
Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
2023-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011641
PMID:37948464
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研究论文 | 提出了一种基于注意力机制的scRNA-seq数据聚类方法AttentionAE-sc | 结合了ZINB和GAE两种聚类策略，通过注意力机制进行融合，改善了传统聚类方法的不足 | 未具体提及传统聚类方法的局限性细节 | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法，以应对高维和稀疏数据的挑战 | 研究对象为单细胞RNA测序数据，特别是在乳腺癌单细胞图谱数据集中的应用 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 基于注意力的自动编码器 | 数据集 | 16个真实的scRNA-seq数据集 |
| 242 | 2024-08-05 |
Functional Pdgfra fibroblast heterogeneity in normal and fibrotic mouse lung
2023-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.164380
PMID:37824216
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研究论文 | 本研究探讨了正常与纤维化小鼠肺中Pdgfra+成纤维细胞的功能异质性 | 首次通过单细胞RNA测序和PdgfraGFP谱系追踪描绘了在小鼠肺损伤后的Pdgfra+成纤维细胞的转录组谱 | 尚不清楚肺损伤对LipoFB功能的具体影响 | 揭示肺损伤对Pdgfra+成纤维细胞功能和转录组变化的影响 | 正常与受损小鼠肺中的Pdgfra+成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 3D器官模型 | 转录组数据 | 包含正常和受损小鼠的Pdgfra+成纤维细胞 |
| 243 | 2024-08-05 |
Altered Sox9 and FGF signaling gene expression in Aga2 OI mice negatively affects linear growth
2023-Nov-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171984
PMID:37796615
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研究论文 | 本研究探讨了Osteogenesis imperfecta (OI)小鼠中Sox9和FGF信号基因表达的改变对线性生长的负面影响 | 揭示了OI中突变型I胶原蛋白对软骨生长板的影响，以及FGF和MAPK信号通路的激活与细胞分化加速之间的关系 | 研究局限于Aga2+/-小鼠模型，可能无法完全外推至其他类型的OI或人类病例 | 探讨OI对软骨生长板的影响及其对线性生长的生物学机制 | 使用Aga2+/-小鼠模型分析生长板细胞类型的转录后果 | 数字病理学 | 骨生成不全症 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | Aga2+/-小鼠的胫骨和股骨生长板组织 |
| 244 | 2024-08-07 |
Virus-specific TRM cells of both donor and recipient origin reside in human kidney transplants
2023-Nov-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172681
PMID:37751288
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研究论文 | 本研究旨在描述人类肾移植中的组织驻留淋巴细胞（TRLs）并探讨其在抗病毒免疫中的潜在作用 | 首次揭示了肾移植中存在供体和受体来源的组织驻留记忆T细胞（TRM），并展示了它们在抗病毒免疫中的作用 | NA | 研究肾移植中的组织驻留淋巴细胞及其在抗病毒免疫中的作用 | 人类肾移植中的组织驻留淋巴细胞 | NA | NA | 单细胞转录组和T细胞受体（TCR）测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 43%的肾移植样本 |
| 245 | 2024-08-07 |
Islet-autoreactive CD4+ T cells are linked with response to alefacept in type 1 diabetes
2023-Nov-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.167881
PMID:37751304
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研究论文 | 本文研究了胰岛自身反应性CD4+ T细胞与alefacept治疗在1型糖尿病中的反应之间的关系 | 首次发现具有特定转录组特征的胰岛抗原反应性CD4+ T细胞（集群3）的频率与alefacept治疗后的C肽保留呈负相关 | 研究仅限于T1DAL试验中的样本，需要进一步研究以验证这些发现 | 探索胰岛自身反应性CD4+ T细胞作为预测1型糖尿病治疗反应的潜在生物标志物 | 胰岛抗原反应性CD4+ T细胞的表型和转录组特征 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 外周血单个核细胞样本 | 来自alefacept和安慰剂治疗个体的样本 |
| 246 | 2024-08-07 |
Mutant RB1 enhances therapeutic efficacy of PARPis in lung adenocarcinoma by triggering the cGAS/STING pathway
2023-Nov-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165268
PMID:37937640
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研究论文 | 研究探讨了突变型RB1基因如何通过激活cGAS/STING途径增强PARPi在肺腺癌中的治疗效果 | 首次揭示了RB1突变通过激活cGAS/STING途径和上调免疫浸润，介导肺腺癌对PARPi的敏感性 | NA | 探索RB1突变对肺腺癌中PARPi敏感性的影响 | 肺腺癌细胞系及RB1突变的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了多种LUAD细胞系和RB1-KO小鼠模型 |
| 247 | 2024-08-07 |
A deep lung cell atlas reveals cytokine-mediated lineage switching of a rare cell progenitor of the human airway epithelium
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.28.569028
PMID:38076853
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研究论文 | 本研究通过构建深度肺细胞图谱，分析了311,748个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了人类气道中罕见的细胞前体及其在成熟tuft细胞分化中的作用 | 发现了罕见的双能前体细胞，即tuft-ionocyte前体细胞（TIP细胞），并揭示了其在哮喘和囊性纤维化中的免疫信号通路对细胞分化的影响 | 研究样本来自无法用于器官移植的捐赠肺，可能存在一定的局限性 | 识别人类气道中的罕见细胞前体并定义其与成熟tuft细胞的谱系关系 | 人类气道中的罕见上皮细胞及其在呼吸疾病中的作用 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 311,748个单细胞RNA测序数据 |
| 248 | 2024-08-07 |
Spatial Distribution of Non-Immune Cells Expressing Glycoprotein A Repetitions Predominant in Human and Murine Metastatic Lymph Nodes
2023-Nov-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15235621
PMID:38067325
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研究论文 | 本文研究了人及小鼠转移性淋巴结中表达糖蛋白A重复序列主要成分（GARP）的非免疫细胞的空间分布 | 首次提供了人及小鼠淋巴结中GARP的分布图 | NA | 探讨GARP在非免疫细胞中的表达及其在转移性淋巴结中的分布 | 人及小鼠转移性淋巴结中的非免疫细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人及小鼠的转移性淋巴结样本 |
| 249 | 2024-08-05 |
Exploring the Prognostic Significance and Immunotherapeutic Potential of Single-Cell Sequencing-Identified Long Noncoding RNA (LncRNA) in Patients With Non-small Cell Lung Cancer
2023-Nov, Cureus
DOI:10.7759/cureus.48436
PMID:38074028
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研究论文 | 本研究分析了非小细胞肺癌患者的长非编码RNA与免疫治疗之间的关系 | 本研究首次识别出28个具有预后风险特征的lncRNA，并探讨了它们在非小细胞肺癌中的免疫逃逸与免疫治疗的潜在作用 | 研究中未观察到干细胞指数mRNAsi与总体生存之间的强相关性 | 探索单细胞测序识别的长非编码RNA在非小细胞肺癌患者中的预后意义及免疫治疗潜力 | 研究对象为非小细胞肺癌患者，分析其lncRNA与预后风险的关系 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 数据来自癌症基因组图谱（TCGA），具体样本数量未明确说明 |
| 250 | 2024-08-07 |
Resident regulatory T cells reflect the immune history of individual lymph nodes
2023-11-24, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj5789
PMID:37874251
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研究论文 | 本文通过使用稳定的光可转换蛋白进行原位标记，揭示了淋巴结中调节性T细胞的转换率，并发现其中一部分具有记忆样特性的驻留细胞 | 首次揭示了淋巴结中调节性T细胞的驻留记忆样群体，并展示了这些细胞在局部慢性炎症治疗中的潜在应用 | 文章未明确提及研究的具体限制 | 研究淋巴结中调节性T细胞的动态及其在免疫反应中的作用 | 淋巴结中的调节性T细胞及其亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10至20%的淋巴结中的调节性T细胞为记忆样驻留细胞 |
| 251 | 2024-08-07 |
Combining single-cell RNA sequencing data and transcriptomic data to unravel potential mechanisms and signature genes of the progression of idiopathic pulmonary fibrosis to lung adenocarcinoma and predict therapeutic agents
2023-Nov-24, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01274-y
PMID:37996625
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序数据和转录组数据，揭示特发性肺纤维化向肺腺癌进展的潜在机制和特征基因，并预测治疗药物 | 本研究首次通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，识别了特发性肺纤维化和肺腺癌共有的特征基因，并构建了TF-基因-miRNA调控网络，预测了潜在的治疗药物 | 本研究主要基于公共数据库的数据，需要进一步的实验验证 | 揭示特发性肺纤维化向肺腺癌进展的潜在机制和特征基因，并预测治疗药物 | 特发性肺纤维化和肺腺癌的特征基因及治疗药物 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 涉及650个差异表达基因和1773个模块特征基因 |
| 252 | 2024-08-07 |
Intestinal Paneth cell differentiation relies on asymmetric regulation of Wnt signaling by Daam1/2
2023-11-24, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9673
PMID:38000028
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研究论文 | 本文研究了肠道Paneth细胞分化依赖于Daam1/2不对称调控Wnt信号通路 | 首次报道Daam1和Daam2不对称调节Wnt信号通路的机制，并揭示其对Paneth细胞分化的影响 | NA | 探究Daam1/2在肠道Paneth细胞分化中的作用及其对Wnt信号通路的调控机制 | 肠道Paneth细胞的分化及Wnt信号通路的调控 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 253 | 2024-08-07 |
Neurodevelopmental defects in human cortical organoids with N-acetylneuraminic acid synthase mutation
2023-11-24, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf2772
PMID:38000033
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研究论文 | 本文研究了N-乙酰神经氨酸合酶（NANS）突变对人类皮质类器官神经发育缺陷的影响。 | 首次揭示了NANS介导的内源性唾液酸生物合成在调节人类皮质发育中的关键作用，并将其与临床相关的神经发育障碍联系起来。 | NA | 探讨NANS突变对神经发育的影响及其机制。 | 人类皮质类器官和NANS突变。 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 254 | 2024-08-07 |
The cellular trajectories of tumor-associated macrophages decipher the heterogeneity of pancreatic cancer
2023-Nov-22, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01266-y
PMID:37991591
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序数据，通过Seurat和Monocle算法分析肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)在胰腺癌中的细胞轨迹，揭示其异质性并探索潜在的治疗策略。 | 首次详细分析了胰腺癌中TAMs的进化轨迹，并根据其分子分类和免疫景观预测了治疗敏感性。 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的体外和体内实验验证。 | 揭示胰腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并探索针对性的治疗策略。 | 胰腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用。 | digital pathology | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非负矩阵分解(NMF) | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 255 | 2024-08-07 |
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568285
PMID:38045409
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research paper | 本文介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞测序数据中准确识别克隆性线粒体突变并推断进化谱系 | MitoTracer算法在识别克隆性线粒体突变方面表现出高灵敏度和特异性，优于现有方法 | NA | 开发一种能够自动识别有信息量的线粒体突变并推断细胞谱系的计算算法 | 线粒体突变和单细胞测序数据 | machine learning | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | single cell sequencing data | 未具体说明样本数量 |
| 256 | 2024-08-05 |
Temporal and spatial analysis of astrocytes following stroke identifies novel drivers of reactivity
2023-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.12.566710
PMID:38014211
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研究论文 | 本研究探讨了中风后星形胶质细胞的时间和空间变化 | 识别出了一些独特的星形胶质细胞亚群体及其反应性的驱动因素 | 研究中使用的是小鼠模型，可能无法完全代表人类情况 | 了解中风后星形胶质细胞的反应机制及其异质性 | 约138,000个小鼠前脑星形胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约138,000个小鼠前脑星形胶质细胞 |
| 257 | 2024-08-07 |
Investigating EGF and PAG1 as necroptosis-related biomarkers for diabetic nephropathy: an in silico and in vitro validation study
2023-11-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205233
PMID:37988198
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研究论文 | 本研究旨在通过生物信息学和实验验证，探讨糖尿病肾病中调控细胞死亡（RCD）的机制并识别相关生物标志物 | 本研究通过基因集变异分析（GSVA）和加权基因共表达网络分析（WGCNA），结合实验验证，首次识别出EGF和PAG1作为糖尿病肾病中与坏死性凋亡相关的生物标志物 | NA | 理解糖尿病肾病中调控细胞死亡的机制并识别相关生物标志物 | 糖尿病肾病中的调控细胞死亡机制及相关生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 基因集变异分析（GSVA），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | RNA测序数据 | 独立队列和HK-2细胞 |
| 258 | 2024-08-07 |
Prognostic hub gene CBX2 drives a cancer stem cell-like phenotype in HCC revealed by multi-omics and multi-cohorts
2023-11-17, Aging
DOI:10.18632/aging.205173
PMID:37980163
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研究论文 | 本研究通过多组学和多队列数据，揭示了CBX2基因在肝细胞癌（HCC）中作为癌症干细胞样表型的驱动因子 | 首次详细探讨了CBX2在HCC中的作用及其与癌症干细胞样表型的关联，并揭示了其在免疫治疗中的潜在应用 | NA | 探讨CBX2基因在肝细胞癌中的作用及其对癌症干细胞样表型的影响 | CBX2基因及其在肝细胞癌中的表达和功能 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 使用了TCGA-LIHC和GSE140845两个数据集 |
| 259 | 2024-08-05 |
Deciphering the Functional Roles of Individual Cancer Alleles Across Comprehensive Cancer Genomic Studies
2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.14.567106
PMID:38014215
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研究论文 | 本论文介绍了一种新数学公式的REVEALER 2.0算法，用于解析个别癌症等位基因的功能角色 | REVEALER 2.0算法在速度和效率上提升了约150倍，适用于更大规模的数据集 | 未提及具体的限制 | 解析个别癌症等位基因在复杂癌症基因组数据中的功能角色 | 癌症基因组中的个体基因组病变 | 数字病理学 | 癌症 | 下一代测序技术 | REVEALER 2.0 | 基因组数据 | NA |
| 260 | 2024-08-05 |
Transcriptome-based identification of tumor-reactive and bystander CD8+ T cell receptor clonotypes in human pancreatic cancer
2023-11-15, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adh9562
PMID:37967201
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体功能测试，识别了胰腺癌中肿瘤反应性和旁观者CD8+ T细胞受体克隆类型 | 本研究结合了单细胞转录组技术与功能测试，为胰腺癌提供了新颖的T细胞亚群区分标准 | 研究样本数量有限，可能无法完全代表所有胰腺癌病例 | 旨在通过识别CD8+ T细胞受体克隆类型，为个性化免疫疗法提供依据 | 研究对象为胰腺导管腺癌患者的肿瘤浸润性T细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 93个肿瘤反应性TCR克隆类型和65个旁观者TCR克隆类型 |