单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-05	Hypoxia-sensitive cells trigger NK cell activation via the KLF4-ASH1L-ICAM-1 axis, contributing to impairment in the rat epididymis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113442 PMID:37952156	研究论文	该研究探讨了缺氧对大鼠附睾细胞的影响及其在不孕症中的作用	首次识别了缺氧敏感的附睾细胞，并阐明了通过KLF4-ASH1L-ICAM-1轴激活自然杀伤细胞的机制	研究主要在大鼠模型中进行，未必能完全适用于人类	探讨缺氧环境对附睾功能和不孕症的影响	大鼠附睾细胞在不同氧气条件下的变化	数字病理学	不孕症	单细胞转录组学	NA	细胞数据	NA
222	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of human traumatic brain injury reveals activation of endogenous retroviruses in oligodendroglia 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113395 PMID:37967557	研究论文	本研究揭示了创伤性脑损伤中寡突胶质细胞内源性逆转录病毒的激活。	本研究首次展示了在创伤性脑损伤后寡突胶质细胞在神经炎症中的重要作用和内源性逆转录病毒的转录上调。	该研究的限制包括其结果基于急性样本，可能无法完全代表长期的神经反应。	本研究旨在探讨创伤性脑损伤后神经炎症反应的启动事件。	研究对象为人类脑组织中不同细胞群体的转录组变化。	数字病理学	NA	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	基因表达数据	人类脑组织样本，具体数量未提及
223	2024-08-05	Single-cell transcriptomics identifies a WNT7A-FZD5 signaling axis that maintains fallopian tube stem cells in patient-derived organoids 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113354 PMID:37917586	研究论文	该研究揭示了WNT7A-FZD5信号轴在患者衍生的类器官中维持输卵管干细胞的作用	研究首次通过优化的类器官培养条件深入表征了输卵管干细胞及其自我更新的分子要求	研究中对输卵管干细胞的知识仍有限，且模型可能无法完全模拟生理状态	揭示输卵管干细胞的功能及其在健康和疾病中的作用	输卵管干细胞及其在类器官中的表现	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
224	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing-guided fate-mapping toolkit delineates the contribution of yolk sac erythro-myeloid progenitors 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113364 PMID:37922312	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了卵黄囊中的红系髓系前体细胞（EMPs）的异质性，并建立了多种命运图谱工具来追踪不同EMP亚群的贡献	首次详细描述了卵黄囊EMPs的异质性，并利用单细胞RNA测序技术建立了命运图谱工具来追踪其贡献	NA	阐明卵黄囊EMPs在胚胎发育至成年阶段的贡献	卵黄囊中的红系髓系前体细胞（EMPs）及其亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个卵黄囊EMP亚群
225	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of the ocular anterior segment: a comprehensive review 2023-11, Eye (London, England) DOI:10.1038/s41433-023-02539-3 PMID:37138096	综述	本文全面回顾了眼前节的单细胞转录组学，探讨了相关技术和应用	提供了眼前节相关的单细胞RNA测序数据集的概述，并强调了其在靶向治疗中的重要性	技术限制及目前大部分研究集中在视网膜组织上	阐明眼组织的细胞和遗传组成，以揭示眼病的病理生理机制	主要研究眼前节相关的单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
226	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human epidermis identifies Lunatic fringe as a novel regulator of the stem cell compartment 2023-11-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.09.007 PMID:37832539	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康成人表皮数据集，确认了基底层细胞的异质性，并识别出三个非分裂细胞亚群	发现Lunatic fringe（LFNG）作为干细胞区室的新调控因子，并展示了其在培养的角质形成细胞中的过表达效应	NA	验证体外实验模型的观察结果，并提出可测试的新假设	人类表皮细胞及其分子调控机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康成人表皮细胞数据集
227	2024-08-07	Identification of glioblastoma stem cell-associated lncRNAs using single-cell RNA sequencing datasets 2023-11-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.004 PMID:37922916	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据集，识别与胶质母细胞瘤干细胞相关的长非编码RNA（lncRNA）	首次进行了全面的单细胞分析，以识别胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）中高度表达的lncRNA，并揭示了特定lncRNA在GSCs中的功能	NA	识别与胶质母细胞瘤干细胞相关的lncRNA，并探讨其在胶质母细胞瘤病理中的作用及作为生物标志物或治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞及其相关的lncRNA	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	包括成人胶质母细胞瘤肿瘤、胶质母细胞瘤类器官、GSC富集的胶质母细胞瘤肿瘤和发育中的人脑样本
228	2024-08-05	THItoGene: a deep learning method for predicting spatial transcriptomics from histological images 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad464 PMID:38145948	研究论文	THItoGene是一种深度学习方法，用于从组织学图像预测空间转录组信息	该文章创新性地引入了动态卷积和胶囊网络的混合神经网络，以适应性地感知组织学图像中的潜在分子信号	当前方法在提取病理图像的深层信息方面存在不足	研究旨在通过人工智能提供一种经济实惠的方式预测空间基因表达	研究对象为人类乳腺癌和鳞状细胞癌的数据集	数字病理学	乳腺癌	人工智能，深度学习	混合神经网络	图像	NA
229	2024-08-05	Advancing single-cell RNA-seq data analysis through the fusion of multi-layer perceptron and graph neural network 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad481 PMID:38171931	研究论文	本文提出了一种名为scMPN的新方法，结合多层感知器和图神经网络来分析单细胞RNA测序数据。	该方法通过整合多层感知器和图神经网络，包括注意力网络，提升了基因插补和细胞聚类的任务效果	尚未提及该方法在不同类型单细胞数据中的通用性和适应性	提升单细胞RNA测序数据的分析效率和准确性	单细胞RNA测序数据以及其在基因插补和细胞聚类中的应用	数字病理学	NA	深度学习	多层感知器和图神经网络	基因表达数据	四个具有金标准细胞标签的数据集
230	2024-08-07	Identifying phenotype-associated subpopulations through LP_SGL 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad424 PMID:38008419	研究论文	本文提出了一种名为LP_SGL的方法，通过整合单细胞RNA测序、批量表达和批量表型数据，结合细胞群结构来识别与表型相关的亚群	LP_SGL方法考虑了细胞间相互作用导致的分组效应，提高了模型鲁棒性，并能更有效地识别癌症细胞、T细胞和肿瘤相关细胞	NA	开发一种新的工具来识别与疾病相关的细胞亚群	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及肺癌、黑色素瘤和肝癌的数据集，具体样本数量未详述
231	2024-08-07	Clustering malignant cell states using universally variable genes 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad460 PMID:38084922	研究论文	本文介绍了一种通过识别普遍变异基因（UVGs）来减少样本特异性聚类，从而在恶性细胞中识别潜在分子特征的新方法	提出了一种新的方法，通过标准化基因表达变异来识别普遍变异基因（UVGs），以减少样本特异性聚类的形成，并更好地检测与不同恶性细胞状态相对应的聚类	NA	旨在解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中样本特异性基因组改变导致的患者特异性聚类难以解释的问题	恶性细胞的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
232	2024-08-07	Model-based evaluation of spatiotemporal data reduction methods with unknown ground truth through optimal visualization and interpretability metrics 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad455 PMID:38113074	研究论文	本文提出了一种名为MIBCOVIS的框架，用于评估和优化时空数据缩减方法，通过集成多种鲁棒性指标来增强高维数据的视觉呈现和可解释性，无需依赖真实数据。	MIBCOVIS框架通过集成五种鲁棒性指标，包括一种新的基于时间顺序的马尔可夫结构指标，以及采用半监督层次贝叶斯模型，不依赖真实数据来评估方法的准确性。	文章未明确提及现有研究的局限性。	优化和基准测试动态或空间可视化和解释（DSVI）的数据缩减方法。	研究对象包括四种不同的动态和空间生物过程，通过三种单细胞数据模式（CyTOF、scRNA-seq和CODEX）捕获。	计算机视觉	NA	单细胞数据分析	半监督层次贝叶斯模型	单细胞数据	涉及三种单细胞数据模式，具体样本数量未明确提及。
233	2024-08-07	CAKE: a flexible self-supervised framework for enhancing cell visualization, clustering and rare cell identification 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad475 PMID:38145950	研究论文	本研究开发了一种名为CAKE的新型自监督聚类方法，用于增强细胞可视化、聚类和稀有细胞识别	CAKE方法包括一个对比学习模型和一个混合邻域增强技术，用于细胞表示学习，以及一个自知识蒸馏模型，用于聚类结果的细化，提供了更浓缩和聚类友好的细胞表示	NA	提高细胞异质性分析中的聚类性能和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习模型	RNA测序数据	多个真实单细胞RNA测序数据集
234	2024-08-07	A critical assessment of clustering algorithms to improve cell clustering and identification in single-cell transcriptome study 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad497 PMID:38168839	研究论文	本文对七种先进的细胞聚类算法进行了关键评估，以提高单细胞转录组研究中的细胞聚类和识别	首次系统评估了多种单细胞RNA测序数据的聚类算法，并比较了它们在细胞类型识别和捕获细胞异质性方面的性能	研究中提到的某些算法在不同数据集上的性能表现不一，表明其对特定数据集特征的敏感性	评估和比较不同聚类算法在单细胞转录组数据分析中的性能	七种先进的聚类算法，包括四种基于深度学习的算法和常用的Seurat、CosTaL及SC3	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	转录组数据	涉及10个不同的scRNA-seq基准数据集
235	2024-08-07	Prostaglandin E2 Induces Long-Lasting Inhibition of Noradrenergic Neurons in the Locus Coeruleus and Moderates the Behavioral Response to Stressors 2023-11-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0353-23.2023 PMID:37734949	研究论文	本文通过脑切片中的细胞内钙成像技术，筛选并鉴定了影响蓝斑去甲肾上腺素神经元活性的五种新型生物活性物质，并重点研究了前列腺素E通过EP受体引起的长期钙变化及其对行为反应的影响。	建立了无偏见的筛选方法，用于鉴定影响特定神经元群体活性的物质，并发现了前列腺素E在调节应激行为反应中的新作用。	仅限于筛选了53种生物活性物质，可能还有其他未被识别的物质影响神经元活性。	研究生物活性物质如何调节蓝斑去甲肾上腺素神经元的活性及其在生理功能中的作用。	蓝斑去甲肾上腺素神经元及其在睡眠/觉醒和应激反应中的作用。	神经科学	NA	细胞内钙成像	NA	钙信号	使用了雌雄两性的小鼠样本
236	2024-08-05	Targeting neuropilin-1 abolishes anti-PD-1-upregulated regulatory T cells and synergizes with 4-1BB agonist for liver cancer treatment 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000320 PMID:36811396	研究论文	本研究探讨了神经元细胞膜蛋白-1对抗PD-1上调的调节性T细胞的影响，并与4-1BB激动剂协同用于肝癌治疗	揭示了抗PD-1治疗通过神经元细胞膜蛋白-1调节肝细胞癌中的调节性T细胞积累的潜在机制	研究可能未对所有肝癌模型进行广泛验证，可能限制了结果的普遍性	探讨调节性T细胞在肝细胞癌治疗中的作用及其与抗PD-1和4-1BB激动剂的协同效果	主要研究肝细胞癌（HCC）中的调节性T细胞及其与抗PD-1治疗的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	人源化肝细胞癌模型	基因组数据	NA
237	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of liver fine-needle aspirates captures immune diversity in the blood and liver in chronic hepatitis B patients 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000438 PMID:37158243	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，通过肝细针穿刺获取慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本，比较了两种单细胞RNA测序技术（Seq-Well S3和10× Chromium）在捕捉肝脏细胞多样性方面的效果，并分析了不同细胞类型在血液和肝脏中的转录组差异。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，系统比较了慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性，并发现Seq-Well S3技术能有效捕捉到10× Chromium技术未能捕捉到的中性粒细胞。	研究主要依赖于两种特定的单细胞RNA测序技术，可能存在技术偏倚；此外，样本量未在摘要中明确提及，可能影响研究结果的普遍性。	克服肝脏采样的实际障碍，通过细针穿刺和单细胞RNA测序技术，全面比较慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性。	慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本。	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本量未在摘要中提及
238	2024-08-05	Integration of clinical characteristics and molecular signatures of the tumor microenvironment to predict the prognosis of neuroblastoma 2023-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-023-02372-x PMID:37712965	研究论文	本研究旨在分析神经母细胞瘤的临床特征、细胞类型和肿瘤微环境的分子特征，以更好地预测预后	建立了基于基因特征和临床特征的多变量Cox模型，有助于更准确地预测神经母细胞瘤的预后	研究可能受到样本量和所用数据来源的限制	改善神经母细胞瘤的预后预测	分析498例神经母细胞瘤患者的基因表达数据和临床信息	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox模型	基因表达数据	498例神经母细胞瘤患者
239	2024-08-07	De novo hematopoiesis from the fetal lung 2023-11-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022008347 PMID:37729429	研究论文	本文首次证明胎儿肺是HECs的潜在来源，这些HECs具有进行EHT以产生新生HSPCs及其后代的功能能力	首次描述胎儿肺中的HECs，并证明其能进行EHT产生新生HSPCs，为非骨髓造血提供新视角	NA	探索胎儿肺中HECs的存在及其进行EHT的能力	胎儿肺中的HECs及其进行EHT的能力	生物医学	NA	scRNA-seq, 流式细胞术, 小分子调制	NA	细胞	小鼠和人类胎儿肺的组织培养
240	2024-08-05	Spatial transcriptomics uncover sucrose post-phloem transport during maize kernel development 2023-11-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43006-7 PMID:37938556	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了玉米籽粒发育过程中蔗糖的后韧运输	首次利用空间转录组学分析玉米籽粒发育阶段，识别了11个细胞群体和332个分子标记基因	本研究主要集中于玉米籽粒的特定时段，可能无法概括其他发育阶段	揭示玉米籽粒中各细胞群体的基因表达及其功能	玉米籽粒的母体组织、后代胚胎和后代胚乳	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA