单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 461 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-05 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
|
研究论文 | 这篇文章研究了CD133+内皮样干细胞如何恢复新生血管形成并促进前老化和自然衰老小鼠的寿命 | 首次识别出CD133骨髓源性内皮样细胞作为潜在内皮祖细胞，并阐明其在衰老小鼠中新生血管形成和寿命延长的机制 | 缺乏在人体研究中的验证，或对临床应用的直接影响未进行评估 | 探讨干细胞在衰老和组织退化中的作用，并提出基于干细胞的治疗策略 | 使用前老化和自然衰老的小鼠作为研究对象 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞转录组学 | NA | 生物样本 | 包含前老化和自然衰老小鼠 |
| 222 | 2024-08-07 |
Smooth muscle-derived adventitial progenitor cells direct atherosclerotic plaque composition complexity in a Klf4-dependent manner
2023-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174639
PMID:37991018
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研究论文 | 研究探讨了血管平滑肌来源的间质前体细胞在Klf4依赖性方式下对动脉粥样硬化斑块组成复杂性的影响 | 首次明确了血管平滑肌来源的间质前体细胞在慢性动脉粥样硬化中的作用，并揭示了Klf4敲除对这些细胞及其衍生细胞表型的影响 | 研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中进行验证 | 探讨血管平滑肌来源的间质前体细胞在动脉粥样硬化中的作用及其调控机制 | 血管平滑肌来源的间质前体细胞及其在动脉粥样硬化斑块中的分化和功能 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-Seq, 流式细胞术, 组织学方法 | NA | 细胞 | 使用AdvSca1-SM细胞系追踪模型进行研究 |
| 223 | 2024-08-05 |
Cella: 3D data visualization for plant single-cell transcriptomics in Blender
2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.14068
PMID:38148248
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cella的工具，它利用开源3D软件Blender进行植物单细胞转录组数据的可视化 | 创新点在于使用Blender设计了一个可视化工具，将复杂数据转换为可理解的3D热图 | 该工具主要针对阿拉伯芥的根尖组织，其他组织的适用性需进一步验证 | 研究复杂生物过程的可视化方法，特别是植物发育研究 | 阿拉伯芥根尖的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 图像 | 映射了21,489个基因的42,978张图像 |
| 224 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analyses reveal cellular and molecular responses to low nitrogen in burley tobacco leaves
2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.14118
PMID:38148214
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了在正常和低氮条件下生长的烟草叶片中的细胞和分子响应 | 首次构建了烟草叶片的单细胞图谱，并揭示了低氮胁迫下细胞类型的特异性基因表达模式 | NA | 研究烟草在低氮条件下的细胞和分子响应机制 | 烟草叶片的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 10种细胞类型，17个转录上不同的细胞集群 |
| 225 | 2024-08-05 |
An End-to-End Deep Hybrid Autoencoder Based Method for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3328029
PMID:37889828
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度混合自编码器的单细胞RNA测序数据分析方法 dhaSCA | dhaSCA结合了图卷积神经网络（GCN）特征学习与下游任务，为单细胞转录组数据提供更准确的细胞特征学习 | NA | 提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | GCN-MLP深度自编码器 | RNA-Seq数据 | 八个真实RNA-Seq数据集 |
| 226 | 2024-08-07 |
Multi-View Clustering With Graph Learning for scRNA-Seq Data
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3298334
PMID:37486829
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研究论文 | 本文提出了一种基于图学习的多视角聚类算法（MCGL），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | MCGL算法通过构建多个特征空间并利用多视角学习，从不同角度全面表征scRNA-seq数据，同时自适应学习细胞的相似性图，克服了对固定相似性的依赖 | NA | 研究细胞类型分布 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 多视角聚类算法 | 基因表达数据 | 十个不同规模的scRNA-seq数据集 |
| 227 | 2024-08-07 |
Non-Negative Low-Rank Representation With Similarity Correction for Cell Type Identification in scRNA-Seq Data
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3319375
PMID:37751340
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研究论文 | 本文提出了一种新的非负低秩相似性校正模型（NLRSIM），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别，该模型通过子空间聚类保留细胞间的全局结构 | 引入了一种新的流形学习过程来解决细胞间邻域空间密度不平衡的问题，并使用位置敏感哈希算法构建数据图结构 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负低秩相似性校正模型（NLRSIM） | 基因表达数据 | NA |
| 228 | 2024-08-07 |
Investigation of a UPR-Related Gene Signature Identifies the Pro-Fibrotic Effects of Thrombospondin-1 by Activating CD47/ROS/Endoplasmic Reticulum Stress Pathway in Lung Fibroblasts
2023-Nov-21, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox12122024
PMID:38136144
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了未折叠蛋白反应（UPR）状态与特发性肺纤维化（IPF）患者肺功能之间的关系，并发现血小板反应蛋白-1（TSP-1）通过激活CD47/ROS/内质网应激途径在肺成纤维细胞中发挥促纤维化作用。 | 本研究首次揭示了TSP-1在肺纤维化中的病理作用，并证明了TSP-1通过CD47依赖的ROS产生促进内质网应激和成纤维细胞活化。 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，未来需要进一步的临床试验和体内实验来验证这些发现。 | 探讨UPR状态与IPF患者肺功能及预后的关系，并研究TSP-1在肺纤维化中的作用机制。 | 特发性肺纤维化患者，肺成纤维细胞。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 基因集富集分析（GSEA） | NA | RNA测序数据 | 使用了大量的RNA测序和单细胞RNA测序数据 |
| 229 | 2024-08-07 |
Temporal genomic analysis of melanoma rejection identifies regulators of tumor immune evasion
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.29.569032
PMID:38077050
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研究论文 | 研究探讨了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠类肿瘤免疫逃逸机制，通过单细胞RNA测序和免疫表型分析比较了被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆的时间生长情况。 | 通过比较分析拒绝相关基因表达程序和CRISPR敲除筛选候选介质，确定了巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）作为免疫排斥的调节因子。 | 研究主要集中在鼠类肿瘤模型，需要在更多种类的肿瘤和更广泛的患者数据中验证结果。 | 研究肿瘤免疫逃逸的机制及其与肿瘤内异质性的关系。 | 低肿瘤内异质性的鼠类肿瘤及其免疫逃逸机制。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | CRISPR | 基因表达数据 | 涉及被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆 |
| 230 | 2024-08-07 |
Molecular basis of retinal remodeling in a zebrafish model of retinitis pigmentosa
2023-Nov-18, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05021-1
PMID:37979052
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研究论文 | 本文通过分析成年斑马鱼视网膜的单细胞转录组数据，研究了视网膜色素变性（RP）模型中视网膜重塑的分子基础 | 提供了斑马鱼视网膜细胞类型转录组的基准图谱，并深入探讨了P23H模型中每种视网膜细胞类型的影响 | NA | 理解视网膜重塑的分子基础 | 斑马鱼视网膜的结构和功能重塑 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括野生型AB株（WT）和P23H突变视紫红质转基因RP模型的成年斑马鱼视网膜，数据来自雌性和雄性鱼类 |
| 231 | 2024-08-07 |
Machine Learning-Based Integration Develops a Macrophage-Related Index for Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2023-11, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102897
PMID:37865004
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法整合多个数据集，构建了一个与巨噬细胞相关的指数（MRI），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 首次使用10种机器学习算法构建了肺腺癌的共识MRI，该指数有助于风险分层、预后评估和治疗方案选择 | NA | 开发一个基于机器学习的巨噬细胞相关指数，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 肺腺癌中的巨噬细胞相关标志物及其在免疫微环境中的作用 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso算法和plsRCox | RNA序列数据 | 使用了来自TCGA、GSE30219、GSE31210和GSE72094数据集的样本 |
| 232 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals diversity of tumor-associated macrophages and their interactions with T lymphocytes in glioblastoma
2023-11-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48116-2
PMID:38012322
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞的多样性和相互作用 | 本研究超越了传统的M1/M2巨噬细胞极化模型，探索了TAMs在胶质母细胞瘤中的连续状态及其与T细胞的相互作用 | NA | 旨在解析胶质母细胞瘤微环境中7种TAM亚型与T细胞的细胞间相互作用 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 成年IDH野生型胶质母细胞瘤样本 |
| 233 | 2024-08-05 |
Human Plaque Myofibroblasts to Study Mechanisms of Atherosclerosis
2023-11-07, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.123.030243
PMID:37889192
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研究论文 | 本研究提出了一种分离和培养斑块肌成纤维细胞的方法，以研究动脉粥样硬化的机制 | 创新性地展示了从斑块中分离和培养肌成纤维细胞的方法，这些细胞保持了增殖能力和特征表达 | 本研究样本主要来源于颈动脉和股动脉，可能限制了研究结果的广泛适用性 | 旨在提供一种合适的体外模型以研究动脉粥样硬化的特定机制 | 研究对象为来自27名供体的斑块肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，染色质免疫沉淀测序 | NA | 细胞 | 27个供体的斑块细胞（24个颈动脉和3个股动脉） |
| 234 | 2024-08-05 |
Leveraging diverse cell-death patterns to predict the prognosis, immunotherapy and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma
2023-11-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46577-z
PMID:37985807
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研究论文 | 本文提出了一种新的程序性细胞死亡相关特征（PRS）用于评估透明细胞肾癌的预后和药物敏感性 | 研究推出了一种结合多种细胞死亡模式的PCD模型，用于准确预测临床结果和免疫特征 | NA | 探讨透明细胞肾癌的预后、免疫疗法和药物敏感性 | 透明细胞肾癌患者和相关样本 | 数字病理学 | 肾癌 | qRT-PCR, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自E-MTAB-1980数据集和其他公共数据库的多个样本 |
| 235 | 2024-08-05 |
CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair
2023-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06725-x
PMID:37968392
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研究论文 | 本文识别了标记为CD201的多能成纤维细胞前体，调控损伤修复。 | 发现CD201前体在伤口愈合中的多种特化细胞类型生成及其调控机制。 | 研究主要基于小鼠模型，临床应用尚需进一步验证。 | 探索损伤修复过程中成纤维细胞的不同分化状态及其调控机制。 | 标记为CD201的成纤维细胞前体及其在损伤修复中的作用。 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞数据 | 小鼠模型 |
| 236 | 2024-08-07 |
The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes
2023-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002015
PMID:37983263
|
研究论文 | 本文研究了miR-221/222簇通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化来调节造血干细胞（HSC）静止和多能性的机制。 | 首次揭示了miR-221/222簇在应激条件下对HSC和多能前体细胞（MPP）的调控作用，及其对粒细胞分化的影响。 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类HSC中进行直接验证。 | 探讨miR-221/222簇在造血干细胞静止和多能性维持中的作用及其分子机制。 | 造血干细胞（HSC）和多能前体细胞（MPP）。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 使用了C57BL/6J小鼠模型，具体样本数量未详细说明。 |
| 237 | 2024-08-05 |
Isolation, Purification, and Application of Protoplasts and Transient Expression Systems in Plants
2023-Nov-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242316892
PMID:38069215
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综述 | 本文提供了原生质体的分离、纯化及其瞬时表达系统在植物中的应用的全面概述 | 文章创新性地总结了原生质体在多种植物物种中的应用及其分离和瞬时表达系统的建立 | 文章未具体涉及不同植物物种在原生质体应用中的具体差异 | 旨在为植物科学社区提供关于原生质体分离和瞬时表达系统建立的有效资源 | 研究原生质体及其在植物中的应用 | 植物生物技术 | NA | 原生质体分离和瞬时表达系统 | NA | NA | NA |
| 238 | 2024-08-07 |
Integrative Analysis of Machine Learning and Molecule Docking Simulations for Ischemic Stroke Diagnosis and Therapy
2023-Nov-22, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules28237704
PMID:38067435
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研究论文 | 本研究利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）和maSigPro R包确定与中风相关的基因模块和时间依赖性基因，结合三种机器学习算法识别中风特征基因，并构建诺模图模型评估中风患者。通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中风中的小胶质细胞亚群，利用RNA速度、伪时间和基因集富集分析（GSEA）研究小胶质细胞亚群的关系，并通过连接图（CMap）分析和分子对接筛选中风的治疗药物。 | 本研究首次结合机器学习算法和分子对接模拟，构建了用于中风诊断的诺模图模型，并筛选出潜在的治疗分子AZ_628。 | NA | 研究中风的诊断和治疗方法 | 中风及其相关基因和小胶质细胞亚群 | 机器学习 | 中风 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接 | 诺模图模型 | 基因数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 239 | 2024-08-05 |
Multiplex Immunohistochemistry Staining for Paraffin-embedded Lung Cancer Tissue
2023-Nov-21, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65850
PMID:38078595
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研究论文 | 该文章介绍了多重免疫组化染色技术在肺癌组织样本中的应用 | 提出了一种优化的实验方案，通过多重免疫组化染色解决了肺组织中的自发荧光和通道串扰问题 | NA | 研究肿瘤微环境中细胞间关系的有效方法以帮助临床诊断 | 临床来源的肺鳞癌石蜡包埋组织切片 | 数字病理学 | 肺癌 | 多重免疫组化（mIHC） | NA | 组织样本 | 临床来源的肺鳞癌组织切片 |
| 240 | 2024-08-05 |
The murine meninges acquire lymphoid tissue properties and harbour autoreactive B cells during chronic Trypanosoma brucei infection
2023-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002389
PMID:37983289
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研究论文 | 这篇文章探讨了慢性锥虫感染对小鼠脑膜免疫环境的影响。 | 文章首次揭示了慢性Trypanosoma brucei感染导致小鼠脑膜内异位淋巴聚合体的形成。 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床相关性需要进一步验证。 | 研究慢性感染中脑膜免疫反应的动态变化。 | 小鼠模型和第二阶段人类非洲锥虫病患者的脑脊液样本。 | 数字病理学 | 锥虫病 | 单细胞转录组学和时间飞行质谱细胞术（CyTOF） | NA | 细胞样本和脑脊液样本 | 小鼠样本和人类患者脑脊液样本 |