单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-07	A critical assessment of clustering algorithms to improve cell clustering and identification in single-cell transcriptome study 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad497 PMID:38168839	研究论文	本文对七种先进的细胞聚类算法进行了关键评估，以提高单细胞转录组研究中的细胞聚类和识别	首次系统评估了多种单细胞RNA测序数据的聚类算法，并比较了它们在细胞类型识别和捕获细胞异质性方面的性能	研究中提到的某些算法在不同数据集上的性能表现不一，表明其对特定数据集特征的敏感性	评估和比较不同聚类算法在单细胞转录组数据分析中的性能	七种先进的聚类算法，包括四种基于深度学习的算法和常用的Seurat、CosTaL及SC3	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	转录组数据	涉及10个不同的scRNA-seq基准数据集
222	2024-08-07	Prostaglandin E2 Induces Long-Lasting Inhibition of Noradrenergic Neurons in the Locus Coeruleus and Moderates the Behavioral Response to Stressors 2023-11-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0353-23.2023 PMID:37734949	研究论文	本文通过脑切片中的细胞内钙成像技术，筛选并鉴定了影响蓝斑去甲肾上腺素神经元活性的五种新型生物活性物质，并重点研究了前列腺素E通过EP受体引起的长期钙变化及其对行为反应的影响。	建立了无偏见的筛选方法，用于鉴定影响特定神经元群体活性的物质，并发现了前列腺素E在调节应激行为反应中的新作用。	仅限于筛选了53种生物活性物质，可能还有其他未被识别的物质影响神经元活性。	研究生物活性物质如何调节蓝斑去甲肾上腺素神经元的活性及其在生理功能中的作用。	蓝斑去甲肾上腺素神经元及其在睡眠/觉醒和应激反应中的作用。	神经科学	NA	细胞内钙成像	NA	钙信号	使用了雌雄两性的小鼠样本
223	2024-08-05	Targeting neuropilin-1 abolishes anti-PD-1-upregulated regulatory T cells and synergizes with 4-1BB agonist for liver cancer treatment 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000320 PMID:36811396	研究论文	本研究探讨了神经元细胞膜蛋白-1对抗PD-1上调的调节性T细胞的影响，并与4-1BB激动剂协同用于肝癌治疗	揭示了抗PD-1治疗通过神经元细胞膜蛋白-1调节肝细胞癌中的调节性T细胞积累的潜在机制	研究可能未对所有肝癌模型进行广泛验证，可能限制了结果的普遍性	探讨调节性T细胞在肝细胞癌治疗中的作用及其与抗PD-1和4-1BB激动剂的协同效果	主要研究肝细胞癌（HCC）中的调节性T细胞及其与抗PD-1治疗的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	人源化肝细胞癌模型	基因组数据	NA
224	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of liver fine-needle aspirates captures immune diversity in the blood and liver in chronic hepatitis B patients 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000438 PMID:37158243	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，通过肝细针穿刺获取慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本，比较了两种单细胞RNA测序技术（Seq-Well S3和10× Chromium）在捕捉肝脏细胞多样性方面的效果，并分析了不同细胞类型在血液和肝脏中的转录组差异。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，系统比较了慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性，并发现Seq-Well S3技术能有效捕捉到10× Chromium技术未能捕捉到的中性粒细胞。	研究主要依赖于两种特定的单细胞RNA测序技术，可能存在技术偏倚；此外，样本量未在摘要中明确提及，可能影响研究结果的普遍性。	克服肝脏采样的实际障碍，通过细针穿刺和单细胞RNA测序技术，全面比较慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性。	慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本。	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本量未在摘要中提及
225	2024-08-05	Integration of clinical characteristics and molecular signatures of the tumor microenvironment to predict the prognosis of neuroblastoma 2023-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-023-02372-x PMID:37712965	研究论文	本研究旨在分析神经母细胞瘤的临床特征、细胞类型和肿瘤微环境的分子特征，以更好地预测预后	建立了基于基因特征和临床特征的多变量Cox模型，有助于更准确地预测神经母细胞瘤的预后	研究可能受到样本量和所用数据来源的限制	改善神经母细胞瘤的预后预测	分析498例神经母细胞瘤患者的基因表达数据和临床信息	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox模型	基因表达数据	498例神经母细胞瘤患者
226	2024-08-07	De novo hematopoiesis from the fetal lung 2023-11-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022008347 PMID:37729429	研究论文	本文首次证明胎儿肺是HECs的潜在来源，这些HECs具有进行EHT以产生新生HSPCs及其后代的功能能力	首次描述胎儿肺中的HECs，并证明其能进行EHT产生新生HSPCs，为非骨髓造血提供新视角	NA	探索胎儿肺中HECs的存在及其进行EHT的能力	胎儿肺中的HECs及其进行EHT的能力	生物医学	NA	scRNA-seq, 流式细胞术, 小分子调制	NA	细胞	小鼠和人类胎儿肺的组织培养
227	2024-08-05	Spatial transcriptomics uncover sucrose post-phloem transport during maize kernel development 2023-11-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43006-7 PMID:37938556	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了玉米籽粒发育过程中蔗糖的后韧运输	首次利用空间转录组学分析玉米籽粒发育阶段，识别了11个细胞群体和332个分子标记基因	本研究主要集中于玉米籽粒的特定时段，可能无法概括其他发育阶段	揭示玉米籽粒中各细胞群体的基因表达及其功能	玉米籽粒的母体组织、后代胚胎和后代胚乳	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
228	2024-08-05	Human neural stem cells restore spatial memory in a transgenic Alzheimer's disease mouse model by an immunomodulating mechanism 2023-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.01.565161 PMID:37961246	研究论文	这篇文章研究了人类神经干细胞在转基因阿尔茨海默病小鼠模型中恢复空间记忆的作用机制	首次使用空间转录组学阐明人类神经干细胞在阿尔茨海默病中的治疗机制	未能观察到淀粉样斑块负担的变化，可能影响结果的解读	探讨人类神经干细胞在阿尔茨海默病治疗中的作用及其机制	人类神经干细胞和5XFAD小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	基因表达数据	5XFAD小鼠模型
229	2024-08-05	MiR-26a-5p exerts its influence by targeting EP300, a molecule known for its role in activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway in CD8+tumor-infiltrating lymphocytes of colorectal cancer 2023-Nov-30, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France) DOI:10.14715/cmb/2023.69.12.37 PMID:38063089	研究论文	本文探讨了miR-26a-5p通过靶向EP300在结直肠癌CD8+肿瘤浸润淋巴细胞中的影响	本研究首次阐明了miR-26a-5p在调节肿瘤浸润T淋巴细胞功能中的作用，并识别EP300为其靶基因	关于miR-26a-5p在肿瘤浸润T淋巴细胞中的作用研究有限，且本研究未提供临床数据支持	旨在了解miR-26a-5p对结直肠癌肿瘤浸润淋巴细胞的影响及其机制	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤浸润T淋巴细胞及正常T淋巴细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	生物信息学数据	NA
230	2024-08-07	High-dimensional single-cell proteomics analysis of esophageal squamous cell carcinoma reveals dynamic alterations of the tumor immune microenvironment after neoadjuvant therapy 2023-11-28, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007847 PMID:38016720	研究论文	本研究通过高维单细胞蛋白质组学分析食管鳞状细胞癌（ESCC）在接受新辅助治疗后的肿瘤免疫微环境动态变化	发现了与新辅助化疗反应相关的CCR4+CCR6+巨噬细胞亚群，并建立了一个基于CCR4/CCR6趋化因子的模型，用于预测ESCC患者对新辅助放化疗联合免疫治疗的反应	NA	揭示新辅助治疗对ESCC肿瘤免疫微环境细胞组成的调节作用，并提出预测治疗反应的模型	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的正常食管黏膜和肿瘤样本	数字病理学	食管癌	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组化，免疫荧光分析	NA	单细胞数据，RNA序列数据	6个正常食管黏膜样本和26个肿瘤样本（12个未经治疗，14个接受新辅助治疗）
231	2024-08-07	Single-cell RNA-sequencing atlas reveals an FABP1-dependent immunosuppressive environment in hepatocellular carcinoma 2023-11-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007030 PMID:38007237	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同阶段的肝细胞癌组织，揭示了FABP1依赖的免疫抑制环境，并探索了新的治疗策略。	首次对不同阶段的肝细胞癌进行单细胞RNA测序分析，发现FABP1在肿瘤相关巨噬细胞中的过表达及其对肝细胞癌进展的影响，并提出了新的治疗策略。	研究样本量较小，且仅限于特定阶段的肝细胞癌病例，需要进一步扩大样本量和涵盖更多阶段以验证结果的普遍性。	深入理解肝细胞癌的肿瘤微环境，并探索新的治疗靶点和策略。	肝细胞癌的不同阶段组织及其周围的正常组织和免疫细胞。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	15个样本，包括3个II期和4个III期肝细胞癌病例的免疫细胞。
232	2024-08-05	A Spatial Transcriptome Reveals Changes in Tumor and Tumor Microenvironment in Oral Cancer with Acquired Resistance to Immunotherapy 2023-11-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13121685 PMID:38136558	研究论文	这项研究揭示了在口腔癌患者获得免疫治疗耐药后，肿瘤及其微环境的动态变化	本研究采用空间转录组技术揭示了获得免疫治疗耐药后的表观遗传修饰相关通路的激活	本研究仅基于一个患者的案例，样本量较小，缺乏广泛适用性	研究免疫治疗对口腔癌及其微环境的影响	77岁男性口腔鳞状细胞癌患者	数字病理学	口腔癌	空间转录组技术	NA	转录组数据	1个样本
233	2024-08-05	Good Cop, Bad Cop: Profiling the Immune Landscape in Multiple Myeloma 2023-11-07, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13111629 PMID:38002311	综述	本文描述了多发性骨髓瘤中骨髓微环境各成分的作用以及免疫治疗的临床试验。	结合经典免疫表型分析与单细胞测序技术的先进免疫特征分析，揭示了特定免疫细胞在多发性骨髓瘤中的作用。	未提供具体的临床试验数据和结果，可能限制对免疫治疗效果的全面理解	探讨多发性骨髓瘤中骨髓微环境对疾病发展的影响。	主要研究多发性骨髓瘤及其相关的免疫细胞和骨髓微环境。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞测序技术	NA	NA	采用外周血和骨髓中的特定免疫细胞进行分析，但样本数量未提供
234	2024-08-05	Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver 2023-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00513-y PMID:37946043	研究论文	这篇文章探讨了小鼠肝脏中细胞如何受到与年龄相关的微环境变化的影响	本研究首次通过空间转录组学结合单细胞ATAC-seq和RNA-seq等技术，揭示了脂质组学和功能测定在不同空间区域细胞衰老过程中的作用	该研究仅在男性小鼠的肝脏中进行，可能不适用于所有物种或性别	探究组织内细胞类型在不同空间位置受衰老影响的情况	研究对象为小鼠肝脏的不同细胞类型	数字病理学	NA	空间转录组学, 单细胞ATAC-seq, RNA-seq, 脂质组学	NA	NA	男性小鼠肝脏的多个细胞类型
235	2024-08-05	CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice 2023-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00512-z PMID:37946040	研究论文	这篇文章研究了CD133+内皮样干细胞如何恢复新生血管形成并促进前老化和自然衰老小鼠的寿命	首次识别出CD133骨髓源性内皮样细胞作为潜在内皮祖细胞，并阐明其在衰老小鼠中新生血管形成和寿命延长的机制	缺乏在人体研究中的验证，或对临床应用的直接影响未进行评估	探讨干细胞在衰老和组织退化中的作用，并提出基于干细胞的治疗策略	使用前老化和自然衰老的小鼠作为研究对象	数字病理学	老年病	单细胞转录组学	NA	生物样本	包含前老化和自然衰老小鼠
236	2024-08-07	Smooth muscle-derived adventitial progenitor cells direct atherosclerotic plaque composition complexity in a Klf4-dependent manner 2023-Nov-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174639 PMID:37991018	研究论文	研究探讨了血管平滑肌来源的间质前体细胞在Klf4依赖性方式下对动脉粥样硬化斑块组成复杂性的影响	首次明确了血管平滑肌来源的间质前体细胞在慢性动脉粥样硬化中的作用，并揭示了Klf4敲除对这些细胞及其衍生细胞表型的影响	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中进行验证	探讨血管平滑肌来源的间质前体细胞在动脉粥样硬化中的作用及其调控机制	血管平滑肌来源的间质前体细胞及其在动脉粥样硬化斑块中的分化和功能	心血管疾病	动脉粥样硬化	scRNA-Seq, 流式细胞术, 组织学方法	NA	细胞	使用AdvSca1-SM细胞系追踪模型进行研究
237	2024-08-05	Cella: 3D data visualization for plant single-cell transcriptomics in Blender 2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum IF:5.4Q1 DOI:10.1111/ppl.14068 PMID:38148248	研究论文	本文介绍了一种名为Cella的工具，它利用开源3D软件Blender进行植物单细胞转录组数据的可视化	创新点在于使用Blender设计了一个可视化工具，将复杂数据转换为可理解的3D热图	该工具主要针对阿拉伯芥的根尖组织，其他组织的适用性需进一步验证	研究复杂生物过程的可视化方法，特别是植物发育研究	阿拉伯芥根尖的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	图像	映射了21,489个基因的42,978张图像
238	2024-08-07	Single-cell transcriptome analyses reveal cellular and molecular responses to low nitrogen in burley tobacco leaves 2023 Nov-Dec, Physiologia plantarum IF:5.4Q1 DOI:10.1111/ppl.14118 PMID:38148214	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了在正常和低氮条件下生长的烟草叶片中的细胞和分子响应	首次构建了烟草叶片的单细胞图谱，并揭示了低氮胁迫下细胞类型的特异性基因表达模式	NA	研究烟草在低氮条件下的细胞和分子响应机制	烟草叶片的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	10种细胞类型，17个转录上不同的细胞集群
239	2024-08-05	An End-to-End Deep Hybrid Autoencoder Based Method for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3328029 PMID:37889828	研究论文	本文提出了一种基于深度混合自编码器的单细胞RNA测序数据分析方法 dhaSCA	dhaSCA结合了图卷积神经网络（GCN）特征学习与下游任务，为单细胞转录组数据提供更准确的细胞特征学习	NA	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	RNA-seq	GCN-MLP深度自编码器	RNA-Seq数据	八个真实RNA-Seq数据集
240	2024-08-07	Multi-View Clustering With Graph Learning for scRNA-Seq Data 2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3298334 PMID:37486829	研究论文	本文提出了一种基于图学习的多视角聚类算法（MCGL），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析	MCGL算法通过构建多个特征空间并利用多视角学习，从不同角度全面表征scRNA-seq数据，同时自适应学习细胞的相似性图，克服了对固定相似性的依赖	NA	研究细胞类型分布	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多视角聚类算法	基因表达数据	十个不同规模的scRNA-seq数据集