单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-07	Single-cell and spatial architecture of primary liver cancer 2023-11-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05455-0 PMID:37985711	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和批量多组学技术，详细阐述了三种原发性肝癌（肝细胞癌、肝内胆管癌和混合型肝细胞-胆管癌）的分子结构	揭示了混合型肝细胞-胆管癌细胞内部不一致的表型，以及肝内胆管癌和肝细胞癌的特定肿瘤特征，并发现了肿瘤-肿瘤周围交界区存在的多种中间状态细胞	NA	探索原发性肝癌的同质性和异质性，并揭示其分子特征	原发性肝癌的三种类型：肝细胞癌、肝内胆管癌和混合型肝细胞-胆管癌	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学	NA	转录组数据	三种原发性肝癌类型的样本
202	2024-08-05	Spatial Transcriptomics Reveals Signatures of Histopathological Changes in Muscular Sarcoidosis 2023-11-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12232747 PMID:38067175	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了肌肉肉芽肿病的组织病理学变化特征	首次探索了肉芽肿与骨骼肌之间的相互作用，提供了有关免疫细胞对肌肉影响的新见解	研究对象仅包括两名患者，样本量较小，结果的普适性有待验证	揭示肉芽肿免疫细胞对骨骼肌的影响及其病理机制	研究对象为两名肌肉肉芽肿病患者	数字病理学	肌肉肉芽肿病	空间转录组学	NA	转录组数据	2名肌肉肉芽肿病患者
203	2024-08-05	Sex and Age Impact CD4+ T Cell Susceptibility to HIV In Vitro through Cell Activation Dynamics 2023-11-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12232689 PMID:38067117	研究论文	本研究探讨了性别和年龄如何通过细胞激活动态影响CD4+ T细胞对HIV的易感性	首次在体外验证了性别和年龄对CD4+ T细胞对HIV易感性的影响，并进行了深入的表面标记物表达评估	研究中未观察到根据性别区分的细胞亚型富集	研究细胞级别的因素如何影响HIV复制，特别是与性别和年龄相关的因素	从二十名供体提取的初级CD4+ T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	20名供体的CD4+ T细胞
204	2024-08-05	CellTICS: an explainable neural network for cell-type identification and interpretation based on single-cell RNA-seq data 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad449 PMID:38061196	研究论文	CellTICS是一个用于基于单细胞RNA-seq数据的细胞类型识别和解释的可解释神经网络	CellTICS通过优先考虑细胞特异性表达的标记基因和生物路径层次结构，提供了一种生物学上可解释的方法，并能揭示定义细胞类型的通路	目前尚未提及该方法的具体局限性	旨在理解细胞类型的功能单位及其共享功能的生物学基础	研究对象是细胞类型及相关的生物路径	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	神经网络	RNA-seq数据	NA
205	2024-08-07	Tick extracellular vesicles impair epidermal homeostasis through immune-epithelial networks during hematophagy 2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.10.566612 PMID:37986907	研究论文	研究通过结合单细胞RNA测序、流式细胞术、小鼠遗传学和活体显微镜等方法，探讨了蜱虫外泌体如何通过干扰组织修复相关网络来破坏表皮稳态。	首次揭示了蜱虫外泌体通过影响表皮γδ T细胞频率和共受体表达，进而影响角质形成细胞功能，从而干扰组织修复过程。	研究主要集中在小鼠模型和特定的蜱虫种类，可能不完全适用于所有蜱虫种类或人类。	探讨蜱虫外泌体如何影响表皮稳态和组织修复过程。	蜱虫外泌体、表皮稳态、组织修复过程、γδ T细胞、角质形成细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术、活体显微镜	NA	RNA	涉及三种具有医学重要性的蜱虫种类和野生型动物的皮肤表皮样本
206	2024-08-05	A rat liver cell atlas reveals intrahepatic myeloid heterogeneity 2023-Nov-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108213 PMID:38026201	研究论文	这项研究使用单细胞转录组学来了解大鼠肝脏的复杂细胞网络	该文章揭示了不同大鼠品系之间的肝脏转录组差异	没有提及关于样本的长期跟踪研究和功能验证的局限性	的本研究旨在解开大鼠肝脏中细胞和分子来源的变异	该研究对象为健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系的肝脏样本
207	2024-08-07	Late fetal hematopoietic failure results from ZBTB11 deficiency despite abundant HSC specification 2023-11-14, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022009580 PMID:37567157	研究论文	本文研究了锌指和宽域、tramtrak、bric-a-brac结构域包含11（ZBTB11）转录因子在哺乳动物造血中的作用，发现Zbtb11基因缺失导致胚胎在胚胎日18.5时出现造血失败。	首次揭示了ZBTB11在维持造血干细胞和前体细胞成熟能力中的细胞内在需求，以及其在细胞周期调控和增殖中的作用。	研究主要集中在小鼠模型上，尚未探讨ZBTB11在人类造血系统中的具体作用。	探讨ZBTB11转录因子在哺乳动物造血系统中的作用及其对造血干细胞的影响。	ZBTB11基因缺失的小鼠造血干细胞（HSCs）及其在胚胎发育中的表现。	血液学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Zbtb11基因缺失的小鼠胚胎及对照组
208	2024-08-05	Hypoxia-sensitive cells trigger NK cell activation via the KLF4-ASH1L-ICAM-1 axis, contributing to impairment in the rat epididymis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113442 PMID:37952156	研究论文	该研究探讨了缺氧对大鼠附睾细胞的影响及其在不孕症中的作用	首次识别了缺氧敏感的附睾细胞，并阐明了通过KLF4-ASH1L-ICAM-1轴激活自然杀伤细胞的机制	研究主要在大鼠模型中进行，未必能完全适用于人类	探讨缺氧环境对附睾功能和不孕症的影响	大鼠附睾细胞在不同氧气条件下的变化	数字病理学	不孕症	单细胞转录组学	NA	细胞数据	NA
209	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of human traumatic brain injury reveals activation of endogenous retroviruses in oligodendroglia 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113395 PMID:37967557	研究论文	本研究揭示了创伤性脑损伤中寡突胶质细胞内源性逆转录病毒的激活。	本研究首次展示了在创伤性脑损伤后寡突胶质细胞在神经炎症中的重要作用和内源性逆转录病毒的转录上调。	该研究的限制包括其结果基于急性样本，可能无法完全代表长期的神经反应。	本研究旨在探讨创伤性脑损伤后神经炎症反应的启动事件。	研究对象为人类脑组织中不同细胞群体的转录组变化。	数字病理学	NA	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	基因表达数据	人类脑组织样本，具体数量未提及
210	2024-08-05	Single-cell transcriptomics identifies a WNT7A-FZD5 signaling axis that maintains fallopian tube stem cells in patient-derived organoids 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113354 PMID:37917586	研究论文	该研究揭示了WNT7A-FZD5信号轴在患者衍生的类器官中维持输卵管干细胞的作用	研究首次通过优化的类器官培养条件深入表征了输卵管干细胞及其自我更新的分子要求	研究中对输卵管干细胞的知识仍有限，且模型可能无法完全模拟生理状态	揭示输卵管干细胞的功能及其在健康和疾病中的作用	输卵管干细胞及其在类器官中的表现	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
211	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing-guided fate-mapping toolkit delineates the contribution of yolk sac erythro-myeloid progenitors 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113364 PMID:37922312	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了卵黄囊中的红系髓系前体细胞（EMPs）的异质性，并建立了多种命运图谱工具来追踪不同EMP亚群的贡献	首次详细描述了卵黄囊EMPs的异质性，并利用单细胞RNA测序技术建立了命运图谱工具来追踪其贡献	NA	阐明卵黄囊EMPs在胚胎发育至成年阶段的贡献	卵黄囊中的红系髓系前体细胞（EMPs）及其亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个卵黄囊EMP亚群
212	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of the ocular anterior segment: a comprehensive review 2023-11, Eye (London, England) DOI:10.1038/s41433-023-02539-3 PMID:37138096	综述	本文全面回顾了眼前节的单细胞转录组学，探讨了相关技术和应用	提供了眼前节相关的单细胞RNA测序数据集的概述，并强调了其在靶向治疗中的重要性	技术限制及目前大部分研究集中在视网膜组织上	阐明眼组织的细胞和遗传组成，以揭示眼病的病理生理机制	主要研究眼前节相关的单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
213	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human epidermis identifies Lunatic fringe as a novel regulator of the stem cell compartment 2023-11-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.09.007 PMID:37832539	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康成人表皮数据集，确认了基底层细胞的异质性，并识别出三个非分裂细胞亚群	发现Lunatic fringe（LFNG）作为干细胞区室的新调控因子，并展示了其在培养的角质形成细胞中的过表达效应	NA	验证体外实验模型的观察结果，并提出可测试的新假设	人类表皮细胞及其分子调控机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康成人表皮细胞数据集
214	2024-08-07	Identification of glioblastoma stem cell-associated lncRNAs using single-cell RNA sequencing datasets 2023-11-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.004 PMID:37922916	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据集，识别与胶质母细胞瘤干细胞相关的长非编码RNA（lncRNA）	首次进行了全面的单细胞分析，以识别胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）中高度表达的lncRNA，并揭示了特定lncRNA在GSCs中的功能	NA	识别与胶质母细胞瘤干细胞相关的lncRNA，并探讨其在胶质母细胞瘤病理中的作用及作为生物标志物或治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞及其相关的lncRNA	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	包括成人胶质母细胞瘤肿瘤、胶质母细胞瘤类器官、GSC富集的胶质母细胞瘤肿瘤和发育中的人脑样本
215	2024-08-05	THItoGene: a deep learning method for predicting spatial transcriptomics from histological images 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad464 PMID:38145948	研究论文	THItoGene是一种深度学习方法，用于从组织学图像预测空间转录组信息	该文章创新性地引入了动态卷积和胶囊网络的混合神经网络，以适应性地感知组织学图像中的潜在分子信号	当前方法在提取病理图像的深层信息方面存在不足	研究旨在通过人工智能提供一种经济实惠的方式预测空间基因表达	研究对象为人类乳腺癌和鳞状细胞癌的数据集	数字病理学	乳腺癌	人工智能，深度学习	混合神经网络	图像	NA
216	2024-08-05	Advancing single-cell RNA-seq data analysis through the fusion of multi-layer perceptron and graph neural network 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad481 PMID:38171931	研究论文	本文提出了一种名为scMPN的新方法，结合多层感知器和图神经网络来分析单细胞RNA测序数据。	该方法通过整合多层感知器和图神经网络，包括注意力网络，提升了基因插补和细胞聚类的任务效果	尚未提及该方法在不同类型单细胞数据中的通用性和适应性	提升单细胞RNA测序数据的分析效率和准确性	单细胞RNA测序数据以及其在基因插补和细胞聚类中的应用	数字病理学	NA	深度学习	多层感知器和图神经网络	基因表达数据	四个具有金标准细胞标签的数据集
217	2024-08-07	Identifying phenotype-associated subpopulations through LP_SGL 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad424 PMID:38008419	研究论文	本文提出了一种名为LP_SGL的方法，通过整合单细胞RNA测序、批量表达和批量表型数据，结合细胞群结构来识别与表型相关的亚群	LP_SGL方法考虑了细胞间相互作用导致的分组效应，提高了模型鲁棒性，并能更有效地识别癌症细胞、T细胞和肿瘤相关细胞	NA	开发一种新的工具来识别与疾病相关的细胞亚群	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及肺癌、黑色素瘤和肝癌的数据集，具体样本数量未详述
218	2024-08-07	Clustering malignant cell states using universally variable genes 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad460 PMID:38084922	研究论文	本文介绍了一种通过识别普遍变异基因（UVGs）来减少样本特异性聚类，从而在恶性细胞中识别潜在分子特征的新方法	提出了一种新的方法，通过标准化基因表达变异来识别普遍变异基因（UVGs），以减少样本特异性聚类的形成，并更好地检测与不同恶性细胞状态相对应的聚类	NA	旨在解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中样本特异性基因组改变导致的患者特异性聚类难以解释的问题	恶性细胞的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
219	2024-08-07	Model-based evaluation of spatiotemporal data reduction methods with unknown ground truth through optimal visualization and interpretability metrics 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad455 PMID:38113074	研究论文	本文提出了一种名为MIBCOVIS的框架，用于评估和优化时空数据缩减方法，通过集成多种鲁棒性指标来增强高维数据的视觉呈现和可解释性，无需依赖真实数据。	MIBCOVIS框架通过集成五种鲁棒性指标，包括一种新的基于时间顺序的马尔可夫结构指标，以及采用半监督层次贝叶斯模型，不依赖真实数据来评估方法的准确性。	文章未明确提及现有研究的局限性。	优化和基准测试动态或空间可视化和解释（DSVI）的数据缩减方法。	研究对象包括四种不同的动态和空间生物过程，通过三种单细胞数据模式（CyTOF、scRNA-seq和CODEX）捕获。	计算机视觉	NA	单细胞数据分析	半监督层次贝叶斯模型	单细胞数据	涉及三种单细胞数据模式，具体样本数量未明确提及。
220	2024-08-07	CAKE: a flexible self-supervised framework for enhancing cell visualization, clustering and rare cell identification 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad475 PMID:38145950	研究论文	本研究开发了一种名为CAKE的新型自监督聚类方法，用于增强细胞可视化、聚类和稀有细胞识别	CAKE方法包括一个对比学习模型和一个混合邻域增强技术，用于细胞表示学习，以及一个自知识蒸馏模型，用于聚类结果的细化，提供了更浓缩和聚类友好的细胞表示	NA	提高细胞异质性分析中的聚类性能和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习模型	RNA测序数据	多个真实单细胞RNA测序数据集