单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-04 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Human Skin Delineates Intercellular Communication and Pathogenic Cells
2023-11, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.02.040
PMID:37142187
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研究论文 | 这篇文章探讨了人类皮肤的单细胞转录组和空间转录组分析，揭示了细胞间的通信和致病细胞 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，改善了人类皮肤细胞类型分类，并识别了独特的人类角质形成细胞亚群体 | 本研究主要集中于人类与小鼠之间的比较，可能未能涵盖所有物种的机制差异 | 旨在揭示皮肤细胞之间的相互作用及其在皮肤疾病中的作用机制 | 人类皮肤和小鼠皮肤的细胞类型及其功能 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序，空间转录组 | NA | 转录组数据 | 人类皮肤和小鼠皮肤的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-04 |
Loss of p53-DREAM-mediated repression of cell cycle genes as a driver of lymph node metastasis in head and neck cancer
2023-11-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01236-w
PMID:37978395
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研究论文 | 本研究探索了p53-DREAM介导的细胞周期基因抑制的丧失如何驱动头颈癌的淋巴结转移 | 本文揭示了淋巴结转移相关基因与癌细胞的上皮去分化及细胞周期调节之间的新的联系 | 未具体讨论治疗选项或干预措施的有效性 | 识别驱动头颈癌转移及进展的分子通路 | 2074个头颈癌组织活检样本及其基因表达数据 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序和整体RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2074个头颈癌活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-04 |
scDrugPrio: A framework for the analysis of single-cell transcriptomics to address multiple problems in precision medicine in immune-mediated inflammatory diseases
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.08.566249
PMID:38014022
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研究论文 | 提出了一种名为scDrugPrio的计算框架，旨在基于单细胞转录组学分析免疫介导的炎症性疾病中的药物优先顺序 | scDrugPrio通过构建网络模型，整合细胞类型特异性表达变化、细胞间相互作用和药理特性，提供了一种系统的药物优先级和重定位的解决方案 | 相较于小鼠模型，患者在相同诊断下的细胞和基因表达存在显著差异，这可能影响药物反应的预测 | 研究免疫介导的炎症性疾病中的药物优先级和个性化治疗 | 研究对象包括小鼠抗原诱导性关节炎模型及多名克罗恩病患者 | 数字病理学 | 免疫介导的炎症性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 网络模型 | 基因表达数据 | 研究涉及多个小鼠样本以及十一名克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-04 |
SGCAST: symmetric graph convolutional auto-encoder for scalable and accurate study of spatial transcriptomics
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad490
PMID:38171928
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研究论文 | 本文开发了SGCAST，一个高效的自编码器框架，用于识别空间域 | SGCAST采用对称图卷积自编码器，通过整合基因表达相似性和空间点接近性来学习聚合的潜在嵌入 | NA | 研究空间转录组学中的空间域识别与分析 | 空间转录组学数据与图卷积自编码器模型 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 对称图卷积自编码器 | 转录组学数据 | 多个平台的不同比例的ST数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-05 |
scFed: federated learning for cell type classification with scRNA-seq
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad507
PMID:38221903
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统一联邦学习框架scFed，以实现细胞类型分类 | 提出scFed框架，允许在不违反数据隐私的情况下基准四种分类算法 | Transformer模型在scFed框架中的性能稍逊于专门的单细胞模型，并且存在显著的时间复杂性问题 | 探讨如何在保护数据隐私的情况下进行高效的细胞识别 | 使用不同大小、物种和技术的八个公开可用的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | Transformer, 单细胞特定模型 | 数据集 | 八个公开可用的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-05 |
GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad469
PMID:38127088
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研究论文 | 提出GTAD方法，通过图注意力网络从整合的scRNA-seq和ST-seq数据中推断细胞空间组成 | GTAD利用图结构和图注意力网络改善细胞空间关系和形态结构的捕捉 | 未提及具体的限制 | 旨在通过联合分析scRNA-seq和ST-seq数据，精确识别组织中的细胞空间组成 | 研究对象为小鼠大脑皮层、小脑、人类发育心脏和胰腺导管癌中的细胞 | 数字病理学 | 胰腺导管癌 | scRNA-seq和ST-seq | 图注意力网络 | 整合的基因表达数据 | 未提及具体的样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-05 |
Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.28.529615
PMID:36909548
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具SIMS | 提出了一种高效的数据驱动的机器学习管道SIMS，用于单细胞数据的离散分类，并在复杂数据集中展现出更好的性能 | 未提及具体的局限性 | 开发一种新方法来准确注释复杂的单细胞RNA数据集 | 主要研究成人大脑皮层、海马以及发育中的大脑细胞的分类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | 涉及不同多能干细胞系来源的人类皮层类器官及复杂脑组织的单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-05 |
Inferring therapeutic vulnerability within tumors through integration of pan-cancer cell line and single-cell transcriptomic profiles
2023-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564598
PMID:37961545
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研究论文 | 该文章提出了一种计算框架scIDUC，用于通过整合单细胞转录组数据和全癌种细胞系筛选数据来预测肿瘤内的治疗脆弱性 | 文章创新性地结合了单细胞转录组数据和丰富的细胞系筛选数据，以单细胞为基础预测治疗效果 | 该研究的局限性在于可能未涵盖所有肿瘤亚型和微环境影响的复杂性 | 研究旨在提升对肿瘤异质性的理解，进而改善针对性治疗策略 | 研究对象为不同肿瘤类型的单细胞和细胞系，包括横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含多个细胞亚群，以及特定疾病的细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-05 |
Non-classical circulating monocytes expressing high levels of microsomal prostaglandin E2 synthase-1 tag an aberrant IFN-response in systemic sclerosis
2023-Nov, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2023.103097
PMID:37633117
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研究论文 | 该研究探讨了在系统性硬化症中，外周血单核细胞的组成和活化异变 | 首次揭示了非经典单核细胞在系统性硬化症患者中的过度表达及其异常IFN反应 | 样本数量较小，仅包括8名系统性硬化症患者和8名对照组 | 了解CD14外周血单核细胞在系统性硬化症中的作用 | 系统性硬化症患者与健康对照患者的外周血单核细胞 | 数字病理 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组分析 (scRNA-seq) | NA | 血液样本 | 共16个样本，8名系统性硬化症患者和8名对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-04 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-11, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 该研究显示近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声联合可检测易损的动脉粥样硬化斑块 | 创新点在于首次将近红外自发光声成像与超声成像结合，用于区分稳定与易损斑块 | 研究的局限性在于仅在25名患者的切除斑块上进行的体外研究 | 研究旨在通过成像技术有效管理动脉粥样硬化疾病 | 研究对象为25例患者的切除动脉粥样硬化斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外自发光声成像(NIRAPA)与超声成像 | NA | 图像 | 25个切除的动脉粥样硬化斑块样本 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-05 |
Stricturing Crohn's Disease Single-Cell RNA Sequencing Reveals Fibroblast Heterogeneity and Intercellular Interactions
2023-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.07.014
PMID:37507073
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研究论文 | 这篇文章通过单细胞RNA测序揭示了克罗恩病狭窄中的成纤维细胞异质性和细胞间相互作用 | 首次生成了狭窄肠道的单细胞RNA测序图谱，揭示了成纤维细胞异质性和相互作用 | 该研究可能未涵盖所有克罗恩病狭窄的生物学特征，且主要集中于成纤维细胞 | 探索克罗恩病中狭窄形成的机制并识别新的治疗靶点 | 克罗恩病的全厚度组织样本，特别是成纤维细胞的异质性和功能 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本和细胞数据 | 99个组织样本和409,001个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-05 |
Spatial-temporal proliferation of hepatocytes during pregnancy revealed by genetic lineage tracing
2023-11-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.09.002
PMID:37794588
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研究论文 | 本研究揭示了妊娠期间肝细胞的时空增殖模式及其来源 | 发现妊娠期肝细胞增殖的独特时空模式，主要来源于zone 2的Ccnd1肝细胞 | 研究主要集中在小鼠模型，临床应用效果尚未测试 | 研究妊娠期间母体肝脏细胞来源和增殖机制 | 妊娠过程中肝细胞的增殖及其来源 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，双重重组酶介导的遗传谱系追踪 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-05 |
Anatomical Diversity of the Adult Corticospinal Tract Revealed by Single-Cell Transcriptional Profiling
2023-11-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0811-22.2023
PMID:37748862
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研究论文 | 文章通过单细胞转录组分析揭示了成人皮质脊髓束的解剖多样性 | 首次通过结合脊髓逆行追踪与单细胞RNA测序的方式，详细索引了不同类型的皮质脊髓神经元 | 当前对皮质脊髓束的修复策略仍不理想，部分原因是对分子异质性了解不够全面 | 研究皮质脊髓神经元的亚型及其在运动皮层中的分布模式 | 成年小鼠的皮质脊髓神经元亚型 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 成年小鼠（男女各一） | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-05 |
tauFisher accurately predicts circadian time from a single sample of bulk and single-cell transcriptomic data
2023-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.04.535473
PMID:37066246
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研究论文 | 本文介绍了tauFisher，这是一种能从单个转录组样本中准确预测生物钟时间的计算管道 | tauFisher通过寻找样本中节律基因之间的相关性，提供了一种新的方法来预测生物钟时间 | 未提及具体的局限性 | 本研究旨在提高对生物钟时间的预测，以促进生物钟医学和研究 | 研究对象是来自多个组织类型和实验设置的转录组数据 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了来自多个组织类型的单个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-05 |
Disruption of cholangiocyte-B cell crosstalk by blocking the CXCL12-CXCR4 axis alleviates liver fibrosis
2023-Nov-27, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05032-y
PMID:38010435
|
研究论文 | 本研究探讨了阻断CXCL12-CXCR4轴如何通过破坏胆管细胞与B细胞的相互作用来减轻肝纤维化 | 提出了通过干扰胆管细胞和B细胞之间的通讯来减轻肝纤维化的新机制 | 未评估其他潜在的机制或临床应用环境 | 研究B细胞在肝纤维化中的作用及干预策略 | 以小鼠模型为基础，分析了B细胞和胆管细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA序列 | 使用小鼠模型进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-05 |
Macrophage activation drives ovarian failure and masculinization in zebrafish
2023-11-24, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg7488
PMID:37992158
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研究论文 | 该文章探讨了巨噬细胞活化如何驱动斑马鱼的卵巢衰退和男性化 | 通过建立巨噬细胞活化与卵巢衰退之间的因果关系，确定了促进卵巢衰退和性别逆转的生殖细胞-体细胞信号轴 | 对人类卵巢衰退机制的适用性可能受到限制，因为研究是在斑马鱼模型中进行的 | 研究BMP15突变引起的卵巢衰退和免疫因素的细胞机制 | 主要研究对象为斑马鱼，特别是涉及到巨噬细胞和卵巢细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-04 |
Single cell and spatial transcriptomics analysis of kidney double negative T lymphocytes in normal and ischemic mouse kidneys
2023-11-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48213-2
PMID:38017015
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研究论文 | 本文探讨了小鼠正常和缺血性肾脏中双阴性T淋巴细胞的单细胞与空间转录组学分析 | 研究首次揭示了相比传统CD4和CD8T细胞，DN T细胞在急性肾损伤中的分子特征和空间动态 | 对于DN T细胞的研究信息仍然非常有限，与CD4和CD8细胞的比较尚需进一步研究 | 阐明急性肾损伤期间DN T细胞的分子特征和空间动态 | 小鼠的DN、CD4和CD8 T细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | RNA数据 | 排序的小鼠DN、CD4和CD8细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-05 |
Trem2 promotes foamy macrophage lipid uptake and survival in atherosclerosis
2023-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00354-3
PMID:38646596
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研究论文 | 本研究揭示了Trem2在动脉粥样硬化中对泡沫巨噬细胞分化和生存的调节作用 | 首次确定Trem2作为泡沫巨噬细胞特性的调节因子，并揭示其作为动脉粥样硬化潜在治疗靶点的可能性 | 本研究可能未能充分考虑动脉粥样硬化中其他潜在调节因子的影响 | 探讨Trem2在动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞的角色 | 泡沫巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，基因组范围的CRISPR筛选 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-05 |
Cell-type specific molecular architecture for mu opioid receptor function in pain and addiction circuits
2023-11-01, Neuropharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.neuropharm.2023.109597
PMID:37271281
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研究论文 | 该文章描述了在疼痛和成瘾电路中，特定细胞类型的μ阿片受体功能的分子结构。 | 研究中使用单细胞RNA测序技术识别了整个神经系统中表达μ阿片受体的细胞类型，提供了将阿片类药物影响映射到新发现细胞类型的新机会。 | 该研究可能在细胞特征与阿片类药物作用之间的因果关系上存在探索的局限性 | 阐明与阿片类药物相关的细胞类型和神经电路，以促进安全的疼痛管理和阿片使用障碍的治疗。 | 研究对象为表达μ阿片受体的神经元细胞类型。 | 数字病理学 | 阿片类药物使用障碍 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-04 |
Crosstalk between alternative splicing and inflammatory bowel disease: Basic mechanisms, biotechnological progresses and future perspectives
2023-11, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1479
PMID:37983927
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综述 | 这篇文章总结了替代剪接与炎症性肠病之间的关系，以及相关的生物技术进展和未来的前景 | 这是首个评估替代剪接事件在炎症性肠病中潜在调控机制的综述 | 文章未详细讨论所有潜在的异常剪接基因及其机制 | 探讨替代剪接在炎症性肠病发病机制中的作用 | 涉及炎症性肠病中的异常替代剪接事件及其相关分子 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 下一代测序（NGS）、微阵列、第三代测序（TGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 数据 | NA | NA | NA | NA | NA |