单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-03	Single cell spatial transcriptomic profiling of childhood-onset lupus nephritis reveals complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.09.566503 PMID:38014158	research paper	利用单细胞空间转录组技术研究儿童发病型狼疮肾炎中肾脏基质与浸润免疫细胞间的复杂相互作用	首次在儿童发病型狼疮肾炎中应用高分辨率的单细胞空间转录组技术，揭示了免疫细胞在肾脏中的特定区域定位及与基质细胞的基因表达变化	组织学评分与肾小球细胞转录特征在单个肾小球水平上相关性较低，样本量相对较小（8例患者和2例对照）	探索儿童发病型狼疮肾炎的免疫发病机制	儿童发病型狼疮肾炎患者的肾脏组织和浸润免疫细胞	digital pathology	lupus nephritis	单细胞空间转录组技术	NA	单细胞转录组数据	8例儿童发病型狼疮肾炎患者和2例对照的肾脏组织，超过40万个细胞
2	2025-07-03	Development of a cell-free strategy to recover aged skeletal muscle after disuse 2023-11, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP282867 PMID:35318675	研究论文	本研究开发了一种无细胞策略，用于恢复老年人在长期卧床或肢体固定后的骨骼肌萎缩	利用健康供体的周细胞经H2O2刺激产生的小细胞外囊泡（sEVs），有效恢复成年和老年小鼠在废用后的肌纤维大小	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索一种无细胞方法以改善老年人骨骼肌在废用后的恢复	小鼠骨骼肌中的周细胞及其分泌的小细胞外囊泡（sEVs）	肌肉生物学	肌肉萎缩	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	年轻成年和老年小鼠
3	2025-07-02	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568285 PMID:38045409	研究论文	本文介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于准确识别克隆信息性线粒体突变并从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中推断进化谱系	MitoTracer算法能够自动化识别信息性线粒体突变，并在多种单细胞测序平台上表现出优于现有方法的性能	NA	开发一种工具以捕获真实的线粒体突变信息并追踪细胞间的谱系关系	单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变	生物信息学	癌症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
4	2025-07-02	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2023-Nov-13, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.13.23298409 PMID:38014221	research paper	该研究通过空间蛋白质组学和空间转录组学的整合，揭示了卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）及其转移的分子演化过程	首次结合空间蛋白质组学和空间转录组学技术，系统解析了SBT向LGSC转化的分子机制，并识别了关键的分子标记物如NOVA2	研究样本可能有限，且未涉及其他类型的卵巢肿瘤	阐明卵巢交界性肿瘤向侵袭性癌转化的分子机制	卵巢交界性肿瘤（SBT）及其进展为低级别浆液性癌（LGSC）的样本	digital pathology	ovarian cancer	spatial proteomics, spatial transcriptomics	NA	proteomic data, transcriptomic data	未明确提及具体样本数量，但涉及SBT、SBT-MP、LGSC及其转移样本
5	2025-06-27	Solute carrier (SLC) expression reveals skeletogenic cell diversity 2023-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2023.08.004 PMID:37611888	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示海胆胚胎发育过程中细胞类型的多样性，特别是通过转运蛋白表达模式识别细胞功能差异	利用转运蛋白表达模式进行细胞聚类，揭示了传统基因调控状态分类方法未能发现的细胞功能多样性	研究仅针对紫色海胆晚期原肠胚阶段，结果可能不适用于其他发育阶段或物种	探索胚胎发育过程中细胞功能多样性的分子基础	紫色海胆（Strongylocentrotus purpuratus）晚期原肠胚阶段的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
6	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568217 PMID:38045285	研究论文	应用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖性基因表达模式	首次在肾脏损伤研究中应用空间转录组学技术，揭示了损伤特异性微环境及细胞间相互作用	研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	解析肾脏损伤后修复和疾病的分子机制	成年小鼠肾脏	空间转录组学	肾脏疾病	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
7	2025-06-13	Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus 2023-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008 PMID:37673202	研究论文	通过RNA测序分析比较了抗性和易感性羊羔对Haemonchus contortus感染的黏膜转录组差异	首次利用单细胞RNA测序数据注释差异表达基因，揭示了抗性羊羔中内皮细胞和簇细胞的显著表达增加及其在抗性机制中的作用	样本量较小（每种羊羔各4只），且研究仅针对特定年龄段的羊羔	探索羊羔对Haemonchus contortus感染的抗性机制	Santa Ines和Ile de France羊羔的皱胃组织	转录组学	寄生虫感染	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA序列数据	8只羊羔（SI和IF各4只）
8	2025-06-04	An atlas of immune cell transcriptomes in human immunodeficiency virus-infected immunological non-responders identified marker genes that control viral replication 2023-Nov-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000002918 PMID:37914674	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了HIV感染免疫无应答者的免疫细胞亚型特征，并鉴定了与病毒复制相关的标志基因	首次在单细胞水平上比较了HIV感染免疫应答者和无应答者的免疫细胞转录组差异，并发现了一组与HIV复制相关的单核细胞标志基因	样本量相对较小，仅分析了外周血单个核细胞，未涉及其他组织中的免疫细胞	探究HIV感染免疫无应答者特定免疫细胞亚型的特征	HIV感染免疫应答者和无应答者的外周血单个核细胞	免疫学	HIV感染/艾滋病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	免疫应答者(CD4+T细胞计数>500)和免疫无应答者(CD4+T细胞计数<300)的外周血单个核细胞
9	2025-05-20	Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2023-Nov-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1 PMID:37961666	研究论文	该研究揭示了减重手术通过肝脏脂质相关巨噬细胞（LAMs）改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	发现减重手术（VSG）以不依赖体重减轻的方式改善MASH，并明确了TREM2在巨噬细胞修复功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者的肝脏脂质相关巨噬细胞	医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（小鼠实验）
10	2025-05-16	Alpha-1 adrenergic signaling drives cardiac regeneration via extracellular matrix remodeling transcriptional program in zebrafish macrophages 2023-11-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.011 PMID:37875117	research paper	本文研究了α-1肾上腺素能信号通过调节斑马鱼巨噬细胞的细胞外基质重塑转录程序驱动心脏再生的机制	揭示了肾上腺素能信号通过巨噬细胞表型多样化和细胞外基质重塑转录程序调控心脏再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探究肾上腺素能信号在心脏修复中的作用机制	斑马鱼心脏巨噬细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞转录组学	斑马鱼模型	转录组数据	NA
11	2025-05-16	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection 2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.15.567132 PMID:38014096	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2共感染的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响	首次在控制环境下直接评估慢性HIV感染相关的免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），且未观察到临床疾病迹象	评估免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	两只长期感染SIVmac239的猪尾猕猴（PTM）	免疫学	HIV感染和COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	临床数据、病毒动力学数据和免疫反应数据	两只猪尾猕猴
12	2025-05-10	SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43220-3 PMID:37990022	研究论文	介绍了一种基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析空间转录组数据	SPACEL结合了多层感知机、图卷积网络和对抗学习算法，能够对多个ST切片进行联合分析并构建组织的3D架构	未提及具体的技术限制或应用范围限制	解决空间转录组数据中多个切片的联合分析和3D堆叠构建的挑战	空间转录组(ST)数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	多层感知机(MLP)、图卷积网络(GCN)、对抗学习算法	空间转录组数据	模拟和真实ST数据集，来自多种组织和ST技术
13	2025-05-10	Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease 2023-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43224-z PMID:37981650	研究论文	该研究通过小鼠模型揭示了帕金森病中α-突触核蛋白从大脑到肠道的运输机制	首次证明了CD11c+细胞在α-突触核蛋白从大脑到肠道运输中的作用，并发现肠道CD11c+细胞具有类似小胶质细胞的特性	研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性个体	探索帕金森病中α-突触核蛋白聚集体的传播机制	帕金森病小鼠模型中的α-突触核蛋白和CD11c+细胞	神经科学	帕金森病	免疫组织化学、单细胞RNA测序、光转换蛋白标记	PD小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
14	2025-05-10	Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment 2023-11-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43038-z PMID:37978291	research paper	介绍了一种名为INSPIRE-seq的新方法，用于在复杂环境中筛选纳米抗体	提出INSPIRE-seq技术，能够并行富集穿透肿瘤微环境的免疫细胞结合纳米抗体	未明确提及具体样本量或实验规模的限制	开发用于发现治疗性生物制剂靶向分子的技术	肿瘤微环境中的免疫细胞	synthetic biology	肿瘤	next-generation sequencing, single-cell RNA sequencing, immunofluorescence, structural modeling and docking	NA	sequencing data, imaging data	NA
15	2025-05-09	scDREAMER for atlas-level integration of single-cell datasets using deep generative model paired with adversarial classifier 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43590-8 PMID:38012145	研究论文	介绍了一种名为scDREAMER的数据集成框架，用于整合异质性单细胞测序数据集	结合深度生成模型和对抗训练，支持无监督和有监督的数据集成，能够处理批次效应、细胞类型分布不均等问题	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	开发一个高效的框架来整合跨组织、时间和条件的单细胞测序数据集	单细胞测序数据集	生物信息学	NA	单细胞测序	深度生成模型与对抗分类器	单细胞测序数据	六个真实基准数据集和一个包含100万细胞的数据集
16	2025-05-09	Detection of isoforms and genomic alterations by high-throughput full-length single-cell RNA sequencing in ovarian cancer 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43387-9 PMID:38012143	研究论文	通过高通量全长单细胞RNA测序在卵巢癌中检测异构体和基因组改变	使用长读长单细胞RNA测序技术，提高了PacBio测序深度至每个细胞12,000读长，捕获了152,000个异构体，其中52,000个是先前未报道的	研究样本仅来自三名卵巢癌患者，样本量较小	理解癌症的复杂背景，提供单细胞分辨率的基因型-表型信息	卵巢癌患者的临床样本	数字病理学	卵巢癌	长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq），PacBio测序	NA	RNA测序数据	三名卵巢癌患者的临床样本
17	2025-05-09	Robust mapping of spatiotemporal trajectories and cell-cell interactions in healthy and diseased tissues 2023-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43120-6 PMID:38007580	研究论文	开发了三种计算统计算法，整合空间转录组学的多种数据类型，以增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	提出了基于空间图的方法PSTS、空间约束的两级置换测试SCTP以及基于神经网络的插补方法stSME，用于建模细胞间相互作用和纠正技术噪声	NA	增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	细胞过程、细胞间相互作用	空间转录组学	癌症、脑损伤	空间转录组学	神经网络、基于图的方法	基因表达数据、物理距离数据、组织形态数据	NA
18	2025-05-09	The extrafollicular B cell response is a hallmark of childhood idiopathic nephrotic syndrome 2023-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43504-8 PMID:37996443	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了儿童特发性肾病综合征（INS）中B细胞的异常反应特征	首次在儿童INS中发现了以非滤泡性B细胞反应为主的免疫扰动，并识别了特定的B细胞亚群扩增	样本量较小（13名INS患儿和24名健康对照），且仅分析了血液样本	探究儿童特发性肾病综合征的免疫发病机制	儿童特发性肾病综合征患者和健康对照的B细胞	免疫学	肾病综合征	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	13名INS患儿和24名健康对照的血液样本
19	2025-05-09	Mouse models of pediatric high-grade gliomas with MYCN amplification reveal intratumoral heterogeneity and lineage signatures 2023-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43564-w PMID:38001143	research paper	该研究通过构建基因工程小鼠模型，模拟人类MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤，揭示了肿瘤的分子特征和潜在治疗选项	首次构建了模拟人类HGG-MYCN的小鼠模型，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤内异质性和谱系特征	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤的肿瘤发生机制和分子特征，寻找潜在治疗选项	基因工程小鼠模型和人类肿瘤细胞	肿瘤生物学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序，高通量药物筛选	基因工程小鼠模型	基因表达数据，药物反应数据	未明确说明小鼠数量，但使用了小鼠和人类肿瘤细胞进行实验
20	2025-05-09	Vector-borne Trypanosoma brucei parasites develop in artificial human skin and persist as skin tissue forms 2023-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43437-2 PMID:37996412	研究论文	该研究通过人工人类皮肤模型和采采蝇自然感染，详细描述了布氏锥虫在皮肤中的发育过程及其进入可逆静止状态的特性	首次使用先进的人工人类皮肤模型和单细胞RNA测序技术，揭示了布氏锥虫在皮肤中的发育时序及其可逆静止状态	研究依赖于人工皮肤模型，可能无法完全模拟自然感染环境	探究布氏锥虫在人类皮肤中的发育过程及其持久感染机制	布氏锥虫及其在人工人类皮肤中的发育	寄生虫学	锥虫病	单细胞RNA测序	人工人类皮肤模型	RNA序列数据	NA