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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-08 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
|
研究论文 | 使用单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及发育途径 | 首次揭示了小鼠MAIT17和MAIT1亚群不仅在转录组上差异显著，其代谢状态也截然不同，并比较了人类与小鼠MAIT细胞的组织特异性转录组和代谢特性 | 结果主要基于动物模型和人体样本，环境因素（如宠物店小鼠）的影响需进一步验证，且人类MAIT细胞的代谢特征与小鼠存在差异，机制尚未完全阐明 | 阐明MAIT细胞在不同器官中的群体组成、发育途径以及跨物种的转录组和代谢差异 | 小鼠和人类的MAIT细胞群体，包括胸腺、肺、血液等器官的细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠多个器官（胸腺、肺等）及人类肺和血液样本中的MAIT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-05-02 |
MTHFD2 ablation in T cells protects against heart transplant rejection by perturbing IRF4/PD-1 pathway through the metabolic-epigenetic nexus
2023-11, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2023.07.009
PMID:37495036
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研究论文 | 揭示MTHFD2在T细胞中通过代谢-表观遗传学影响IRF4/PD-1通路从而保护心脏移植免受排斥的机制 | 首次发现一碳代谢酶MTHFD2作为同种反应T细胞的代谢检查点，通过H3K4me3介导的代谢-表观遗传学机制影响IRF4/PD-1通路，并提出其作为心脏移植排斥治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型，且未深入探讨MTHFD2在其他免疫细胞中的作用或其长期治疗效果 | 研究一碳代谢酶MTHFD2在心脏移植排斥中的作用及其机制，评估其作为治疗靶点的可能性 | 人类和鼠类心脏移植受体的心脏组织、T细胞特异性Mthfd2基因敲除小鼠、人源化皮肤移植模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、酶联免疫斑点法、切割靶点与标记法 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞转录组数据 | 人类和鼠类心脏移植受体心脏组织，小鼠T细胞特异性Mthfd2基因敲除模型，人源化皮肤移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-04-29 |
GPCR signaling contributes to immune characteristics of microenvironment and process of EBV-induced lymphomagenesis
2023-11-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2023.09.029
PMID:37798178
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研究论文 | 本篇论文首次对自然杀伤/T细胞淋巴瘤进行了全面的蛋白质基因组学表征，并结合基因组、转录组和蛋白质组数据，揭示了EB病毒基因模式与免疫相关致癌信号通路的关系 | 首次揭示GPCR信号通路在EB病毒诱导的淋巴瘤发生和肿瘤微环境免疫特征中的作用，并发现靶向CCR1能有效清除EB病毒、激活T细胞并杀死淋巴瘤细胞 | 信息不足 | 探究EB病毒诱导的淋巴瘤发生过程中病毒与癌症免疫相互作用的潜在机制 | 自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL） | 机器学习 | 淋巴瘤 | 蛋白质组学、转录组学、基因组学、单细胞转录组 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 信息不足 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-04-24 |
A robust platform for integrative spatial multi-omics analysis to map immune responses to SARS-CoV-2 infection in lung tissues
2023-11, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13679
PMID:37605469
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研究论文 | 开发了一个稳健的空间多组学整合平台，用于分析SARS-CoV-2感染肺组织中的免疫反应 | 通过创新的计算映射方法，首次整合五种组织分析技术（空间转录组学Visium、GeoMx、RNAScope和蛋白质组学CODEX、PhenoImager HT），全面比较病毒感染的肺组织在不同细胞分辨率下的转录组和靶向蛋白质组 | 未在摘要中明确提及 | 理解SARS-CoV-2病毒在肺组织中的分子和细胞反应，尤其是巨噬细胞浸润及其微环境 | COVID-19感染的肺组织样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 感染和未感染的肺组织样本，具体数量未说明 | 10x Genomics, NanoString, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 10x Visium, GeoMx, RNAScope, CODEX, PhenoImager HT | 10x Visium用于空间转录组，GeoMx用于数字空间分析，RNAScope用于原位杂交，CODEX用于多重蛋白质成像，PhenoImager HT用于高通量成像 |
| 5 | 2026-04-08 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-11-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序构建了一个胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱，涵盖多种疾病状态 | 首次整合了来自65名供体的192,203个细胞的单细胞RNA测序数据，创建了一个易于查询和用于生物信息学流程的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖其他组学层面（如蛋白质组学或表观遗传学）的信息，且样本来源和数量可能限制某些罕见细胞类型的全面表征 | 构建一个全面的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱，以促进胰岛生物学研究和糖尿病相关疾病的理解 | 来自无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病供体的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 192,203个细胞，来自65名供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-04-03 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-11, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究结合近红外自发光声成像与超声成像，用于检测动脉粥样硬化斑块的脆弱性 | 首次将NIRAPA成像与超声结合，以区分稳定与脆弱斑块，并通过空间转录组学和蛋白质组学验证信号来源 | 研究为离体实验，样本量较小（25例患者），临床适用性需进一步验证 | 开发一种成像方法以检测动脉粥样硬化斑块的脆弱性 | 动脉粥样硬化斑块，特别是脆弱斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外自发光声成像，超声成像，免疫组化，空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | 图像，分子数据 | 25例患者的切除斑块样本 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-03-14 |
Single cell RNA-seq in phytohormone signaling: a promising future
2023-Nov, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2023.07.010
PMID:37550122
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序在植物激素信号传导研究中的应用前景 | 强调了scRNA-seq在解析激素介导的时空基因调控网络方面的独特潜力，并引用Nolan等人的研究作为案例 | NA | 探索单细胞RNA测序技术如何促进对植物激素信号传导机制的理解 | 植物激素信号传导及其在植物生长和发育中的作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-03-13 |
Understanding cervical cancer at single-cell resolution
2023-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216408
PMID:37769795
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综述 | 本文综述了利用单细胞测序技术解析宫颈癌生态系统异质性的最新进展 | 通过单细胞测序技术高分辨率地解析宫颈癌生态系统的演变，为靶向治疗和个性化医疗提供新视角 | NA | 深入理解宫颈癌生态系统以改善患者预后 | 宫颈癌 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-13 |
Multi-omics analysis defines a cuproptosis-related prognostic model for ovarian cancer: Implication of WASF2 in cuproptosis resistance
2023-Nov-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.122081
PMID:37717621
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研究论文 | 本研究通过多组学分析构建了一个与铜死亡相关的卵巢癌预后模型，并验证了WASF2基因在铜死亡抵抗中的作用 | 首次将单细胞测序与批量转录组数据结合，构建了基于铜死亡相关基因的卵巢癌预后模型，并实验验证了WASF2在铜死亡抵抗和铂类耐药中的功能 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分可能样本量有限，需要进一步扩大临床样本验证 | 探索铜死亡相关特征在卵巢癌中的作用，构建预后预测模型 | 卵巢癌患者样本（包括单细胞和批量转录组数据） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，基因集富集分析，随机森林建模 | 随机森林 | 单细胞测序数据，批量转录组数据，临床数据 | 单细胞数据来自GSE154600，批量数据包括TCGA的378例，GSE140082的379例和GSE53963的173例卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-13 |
Single-cell profiling reveals the heterogeneity of NK cells during anti-PD-1 therapy in non-small-cell lung cancer
2023-Nov, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110743
PMID:37657247
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了非小细胞肺癌抗PD-1治疗期间NK细胞的异质性及其与治疗反应的关联 | 首次在NSCLC抗PD-1治疗背景下，通过单细胞测序识别出6个不同的NK细胞亚群，并发现未成熟NK细胞在应答组中的富集及其与免疫调节过程的关联 | 研究基于患者活检样本的单细胞数据，样本量可能有限，且机制验证主要在转录组层面进行 | 探索NK细胞在非小细胞肺癌抗PD-1治疗疗效中的作用及机制 | 接受抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-03-06 |
Inflammatory Activity of Epithelial Stem Cell Variants from Cystic Fibrosis Lungs Is Not Resolved by CFTR Modulators
2023-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202305-0818OC
PMID:37695863
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研究论文 | 本研究揭示了囊性纤维化（CF）晚期肺中存在三种促炎性干细胞变异体，且这些变异体的促炎功能无法通过CFTR基因补偿或CFTR调节剂药物恢复CFTR活性而缓解 | 首次在CF晚期肺中鉴定出三种促炎性干细胞变异体，并证明其促炎功能不受CFTR功能恢复的影响，这为解释CF患者在接受CFTR调节剂治疗后肺部炎症持续存在提供了新机制 | 研究样本量较小（仅4例终末期CF患者），且均为晚期疾病患者，可能无法完全代表早期或轻度CF患者的干细胞异质性 | 确定CF肺中是否存在类似COPD的致病性干细胞变异体，识别可能促进CF肺部炎症状态的特定变异体，并评估CFTR基因补偿或CFTR调节剂对这些炎症变异体的影响 | 终末期囊性纤维化（CF）患者的肺组织 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、干细胞克隆技术、异种移植、RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、基因表达数据 | 4例终末期CF患者（3例CFTR:F508D纯合子，1例CFTR F508D/L1254X杂合子）的肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-03-02 |
Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear cell renal cell carcinoma tumor microenvironment
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.16.567457
PMID:38014063
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，分析了免疫治疗（IO）敏感与耐药性透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中整合素与胶原蛋白IV的空间耦合变化 | 首次在细胞分辨率水平上，通过空间转录组学揭示了IO耐药性ccRCC肿瘤微环境中COL4A1-ITGAV配体-受体对的空间自相关性增强 | 样本量相对较小（21例），且主要依赖相关性分析，需要进一步的功能性实验验证 | 探究透明细胞肾细胞癌对免疫治疗产生耐药性的肿瘤微环境机制 | 免疫治疗初治（IO naïve）与经治（IO exposed）的原发性透明细胞肾细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 空间分子成像（SMI）、空间基因集富集分析（GSEA）、多重免疫荧光（mIF）、数据库分析（TCGA、CPTAC） | NA | 空间转录组数据、图像数据、批量RNA表达数据、蛋白质组数据 | 21例患者样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-02-14 |
Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina
2023-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3471275/v1
PMID:38014002
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研究论文 | 本文构建了一个综合多模态的人类视网膜细胞图谱，整合了转录组和染色质可及性数据 | 首次整合了大规模多模态单细胞数据，揭示了超过110种细胞类型，并精细映射了GWAS和eQTL变异 | NA | 创建全面的人类视网膜细胞图谱以促进对视网膜功能和病理的理解 | 人类视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和染色质可及性数据 | 约240万个细胞，来自55名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-02-06 |
Integrative multiomics analysis of neointima proliferation in human saphenous vein: implications for bypass graft disease
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.14.567053
PMID:38014255
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，探讨了人类隐静脉在冠状动脉搭桥手术中因新内膜增生导致的移植失败机制 | 首次在人类隐静脉体外组织培养模型中整合RNA测序、蛋白质组学和空间转录组学，揭示了新内膜增生过程中的基因和蛋白质动态变化，并识别了新的细胞亚群 | 研究基于体外组织培养模型，可能无法完全模拟体内生理环境；样本量相对有限（73例患者），且未涉及长期临床随访数据 | 探究人类隐静脉新内膜增生的分子和细胞机制，以改善冠状动脉搭桥手术的移植成功率 | 人类隐静脉组织样本，取自冠状动脉搭桥手术患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序, 蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 空间转录组数据 | 73例患者的人类隐静脉组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-02-05 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域（如正常外观肺实质、过渡区和致密纤维化区）在基因表达上的空间特异性分子模式 | 首次在IPF中应用空间转录组学平台（GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling）对FFPE组织进行高分辨率空间分析，比较了不同病理区域的转录组差异，并发现了组织学正常外观区域已存在显著的转录组改变 | 研究样本量相对有限（32例IPF和12例对照），且为横断面研究，无法确定观察到的转录组变化与疾病进展的因果关系 | 阐明IPF肺部不同病理区域之间的转录组差异，以理解纤维化肺病的分布和程度，并识别潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 32例IPF患者和12例对照者，共鉴定出231个感兴趣区域（ROIs） | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling平台，用于FFPE组织的空间转录组分析 |
| 16 | 2026-01-09 |
The murine meninges acquire lymphoid tissue properties and harbour autoreactive B cells during chronic Trypanosoma brucei infection
2023-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002389
PMID:37983289
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和质谱流式细胞术，揭示了慢性布氏锥虫感染如何诱导小鼠脑膜形成异位淋巴聚集体，并产生自身反应性B细胞和自身抗体 | 首次发现慢性布氏锥虫感染可诱导脑膜获得淋巴组织特性，形成包含成纤维网状细胞、滤泡树突状细胞、滤泡辅助T样细胞和GC样B细胞的异位淋巴聚集体，并产生识别脑抗原的高亲和力自身抗体 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；自身抗体在疾病进展中的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究慢性布氏锥虫感染对脑膜免疫景观的影响，特别是异位淋巴聚集体形成和自身免疫反应的机制 | 小鼠脑膜组织、人类脑脊液样本、布氏锥虫寄生虫 | 数字病理学 | 非洲锥虫病（昏睡病） | 单细胞转录组学、质谱流式细胞术（CyTOF）、中通量筛选、体内干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据、蛋白质筛选数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-01-09 |
The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes
2023-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002015
PMID:37983263
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研究论文 | 本研究探讨了miR-221/222簇在调控造血干细胞静息状态和多能性中的作用，通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化 | 首次揭示miR-221/222通过抑制Fos/AP-1/IEG通路和应激样粒细胞分化来维持造血干细胞静息与多能性，为改善骨髓移植提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类HSC中miR-221/222的具体调控机制需进一步验证 | 探究miR-221/222在应激条件下对造血干细胞功能调控的分子机制 | 小鼠造血干细胞和多能祖细胞 | 分子生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序，条件性基因敲除 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠的造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-12-30 |
Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves
2023-11, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010777
PMID:38011284
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了人类胚胎动脉瓣在重塑过程中的新基因表达模式 | 首次应用空间转录组学于人类胚胎动脉瓣研究，克服了微小结构解剖难题，并识别出四个小鼠基因组中不存在且与瓣膜发育相关的新基因 | 研究仅基于CS16和CS19两个胚胎阶段，样本量有限，且未涵盖整个胚胎发育周期 | 探究人类胚胎动脉瓣在形态和遗传水平上的形成与重塑机制 | 人类胚胎动脉瓣组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类胚胎CS16和CS19阶段的动脉瓣样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-12-30 |
Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011641
PMID:37948464
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研究论文 | 本文提出了一种名为AttentionAE-sc的新型注意力融合自编码器方法，用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类和细胞类型识别 | 通过注意力机制融合了基于零膨胀负二项分布和基于图自编码器的两种聚类策略，能够处理数据稀疏性和高维性，无需指定聚类数量 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率，也未讨论对批次效应的处理能力 | 开发一种综合性的深度学习方法，以改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 注意力机制融合的自编码器 | 基因表达数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-12-30 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
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研究论文 | 本文提出了一种名为MIGGRI的两阶段方法，利用多实例图神经网络从果蝇空间表达图像中推断基因调控网络 | 创新点包括采用多实例图神经网络模型，结合对比学习从空间表达图像中提取调控特征，并应用于半监督学习，以处理图像集合的复杂性和多实例特性 | NA | 研究目的是从空间表达图像中推断基因调控网络，以更精细地描述转录因子与靶基因之间的相互作用 | 研究对象是果蝇胚胎的空间基因表达图像 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |