单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-06 |
Integrative multiomics analysis of neointima proliferation in human saphenous vein: implications for bypass graft disease
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.14.567053
PMID:38014255
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，探讨了人类隐静脉在冠状动脉搭桥手术中因新内膜增生导致的移植失败机制 | 首次在人类隐静脉体外组织培养模型中整合RNA测序、蛋白质组学和空间转录组学，揭示了新内膜增生过程中的基因和蛋白质动态变化，并识别了新的细胞亚群 | 研究基于体外组织培养模型，可能无法完全模拟体内生理环境；样本量相对有限（73例患者），且未涉及长期临床随访数据 | 探究人类隐静脉新内膜增生的分子和细胞机制，以改善冠状动脉搭桥手术的移植成功率 | 人类隐静脉组织样本，取自冠状动脉搭桥手术患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序, 蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 空间转录组数据 | 73例患者的人类隐静脉组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2026-02-05 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域（如正常外观肺实质、过渡区和致密纤维化区）在基因表达上的空间特异性分子模式 | 首次在IPF中应用空间转录组学平台（GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling）对FFPE组织进行高分辨率空间分析，比较了不同病理区域的转录组差异，并发现了组织学正常外观区域已存在显著的转录组改变 | 研究样本量相对有限（32例IPF和12例对照），且为横断面研究，无法确定观察到的转录组变化与疾病进展的因果关系 | 阐明IPF肺部不同病理区域之间的转录组差异，以理解纤维化肺病的分布和程度，并识别潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 32例IPF患者和12例对照者，共鉴定出231个感兴趣区域（ROIs） | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling平台，用于FFPE组织的空间转录组分析 |
| 3 | 2026-01-09 |
The murine meninges acquire lymphoid tissue properties and harbour autoreactive B cells during chronic Trypanosoma brucei infection
2023-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002389
PMID:37983289
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和质谱流式细胞术，揭示了慢性布氏锥虫感染如何诱导小鼠脑膜形成异位淋巴聚集体，并产生自身反应性B细胞和自身抗体 | 首次发现慢性布氏锥虫感染可诱导脑膜获得淋巴组织特性，形成包含成纤维网状细胞、滤泡树突状细胞、滤泡辅助T样细胞和GC样B细胞的异位淋巴聚集体，并产生识别脑抗原的高亲和力自身抗体 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；自身抗体在疾病进展中的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究慢性布氏锥虫感染对脑膜免疫景观的影响，特别是异位淋巴聚集体形成和自身免疫反应的机制 | 小鼠脑膜组织、人类脑脊液样本、布氏锥虫寄生虫 | 数字病理学 | 非洲锥虫病（昏睡病） | 单细胞转录组学、质谱流式细胞术（CyTOF）、中通量筛选、体内干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据、蛋白质筛选数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-01-09 |
The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes
2023-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002015
PMID:37983263
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研究论文 | 本研究探讨了miR-221/222簇在调控造血干细胞静息状态和多能性中的作用，通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化 | 首次揭示miR-221/222通过抑制Fos/AP-1/IEG通路和应激样粒细胞分化来维持造血干细胞静息与多能性，为改善骨髓移植提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类HSC中miR-221/222的具体调控机制需进一步验证 | 探究miR-221/222在应激条件下对造血干细胞功能调控的分子机制 | 小鼠造血干细胞和多能祖细胞 | 分子生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序，条件性基因敲除 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠的造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-12-30 |
Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves
2023-11, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010777
PMID:38011284
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了人类胚胎动脉瓣在重塑过程中的新基因表达模式 | 首次应用空间转录组学于人类胚胎动脉瓣研究，克服了微小结构解剖难题，并识别出四个小鼠基因组中不存在且与瓣膜发育相关的新基因 | 研究仅基于CS16和CS19两个胚胎阶段，样本量有限，且未涵盖整个胚胎发育周期 | 探究人类胚胎动脉瓣在形态和遗传水平上的形成与重塑机制 | 人类胚胎动脉瓣组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类胚胎CS16和CS19阶段的动脉瓣样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2025-12-30 |
Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011641
PMID:37948464
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研究论文 | 本文提出了一种名为AttentionAE-sc的新型注意力融合自编码器方法，用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类和细胞类型识别 | 通过注意力机制融合了基于零膨胀负二项分布和基于图自编码器的两种聚类策略，能够处理数据稀疏性和高维性，无需指定聚类数量 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率，也未讨论对批次效应的处理能力 | 开发一种综合性的深度学习方法，以改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 注意力机制融合的自编码器 | 基因表达数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-12-30 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
|
研究论文 | 本文提出了一种名为MIGGRI的两阶段方法，利用多实例图神经网络从果蝇空间表达图像中推断基因调控网络 | 创新点包括采用多实例图神经网络模型，结合对比学习从空间表达图像中提取调控特征，并应用于半监督学习，以处理图像集合的复杂性和多实例特性 | NA | 研究目的是从空间表达图像中推断基因调控网络，以更精细地描述转录因子与靶基因之间的相互作用 | 研究对象是果蝇胚胎的空间基因表达图像 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-12-10 |
Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2023-11, Iranian journal of kidney diseases
IF:0.8Q4
DOI:10.52547/ijkd.7858
PMID:38043109
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研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞测序数据分析，鉴定出PHACTR4作为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示了其与肾小球内皮功能障碍和免疫浸润的关联 | 首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病中与肾小球内皮细胞功能障碍相关的关键生物标志物，并利用单细胞测序数据揭示了其在炎症反应中的调控作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏动物模型或临床样本的体内验证 | 鉴定与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据、人肾小球内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 微阵列测序, 单细胞RNA-seq, RT-PCR | LASSO逻辑回归, WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据 | GSE30528和GSE131882数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 9 | 2025-12-06 |
CellNeighborEX: deciphering neighbor-dependent gene expression from spatial transcriptomics data
2023-11-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202311670
PMID:37815040
|
研究论文 | 提出一种名为CellNeighborEX的新方法，用于从空间转录组学数据中解析细胞邻居依赖的基因表达 | 开发了一种能有效捕获不同微环境影响的新方法，通过直接细胞定位或多细胞转录组混合来分类细胞，识别与伙伴细胞类型相关的多样化基因集 | NA | 研究细胞邻居依赖的基因表达，以理解细胞间相互作用 | 小鼠胚胎、大脑和肝癌组织中的细胞 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-12-06 |
Imprinted genes and the manipulation of parenting in mammals
2023-11, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00644-3
PMID:37714957
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综述 | 本文探讨了基因组印记在哺乳动物亲代抚育行为中的角色及其进化意义 | 利用单细胞RNA测序数据，揭示了印记基因与亲代抚育质量之间的双向、迭代关系 | NA | 研究基因组印记如何影响哺乳动物的亲代抚育行为及其进化背景 | 哺乳动物中的印记基因及其在亲代抚育中的作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-12-04 |
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02035-2
PMID:37813989
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研究论文 | 本文介绍了scPoli，一种用于整合单细胞数据集以支持跨样本多尺度分析的开源学习方法 | 提出了一种开放世界学习框架，能够整合异构队列数据，学习样本和细胞的表示，适用于数据整合、标签转移和参考映射 | 未明确说明方法在处理极大规模数据集时的计算效率或特定技术限制 | 开发一种工具以整合人群水平的单细胞图谱数据，实现样本与细胞数据的关联分析 | 肺和外周血单核细胞的单细胞图谱数据，包括约780万个细胞和2375个样本 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成模型 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 约780万个细胞，来自2375个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-12-04 |
Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2023-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01455-9
PMID:37845544
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了小鼠前额叶皮层在细胞类型组成和基因表达模式上的独特性，并识别了调节慢性疼痛的特定神经元亚型和环路 | 首次通过空间分辨单细胞转录组分析，系统描绘了成年小鼠前额叶皮层的细胞与环路组织，并发现了其与邻近皮层区域的差异，以及神经元亚型在慢性疼痛中的特异性作用 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；空间转录组学技术可能受分辨率限制，影响细胞亚型精细识别 | 解码前额叶皮层在认知、情感、执行功能和疼痛处理等多样功能中的细胞与环路组织机制 | 成年小鼠的前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 慢性疼痛 | 空间分辨单细胞转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，基于成年小鼠前额叶皮层组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-12-04 |
DNA-binding protein PfAP2-P regulates parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages
2023-11, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01497-6
PMID:37884813
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了恶性疟原虫中一个关键的AP2转录因子PfAP2-P，揭示了其在疟原虫血液阶段发育、致病性和有性阶段转换中的调控作用 | 首次系统性地揭示了PfAP2-P作为上游转录调控因子，在疟原虫血液阶段发育周期中两个不同时间点的表达高峰及其对多种致病相关基因的调控机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据，体内功能验证和具体调控通路的分子机制仍需进一步探索 | 探究疟原虫血液阶段发育中转录因子对致病性的调控机制 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）及其AP2转录因子PfAP2-P | 分子生物学与寄生虫学 | 疟疾 | 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-12-04 |
A new Bayesian factor analysis method improves detection of genes and biological processes affected by perturbations in single-cell CRISPR screening
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02017-4
PMID:37770710
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研究论文 | 本文提出了一种名为引导稀疏因子分析（GSFA）的新统计方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，以提高检测受遗传扰动影响的基因和生物过程的效率 | GSFA通过推断代表共调控基因或基因模块的潜在因子，并借用这些因子的信息来推断遗传扰动对单个基因的影响，从而在检测扰动效应方面比现有方法具有更高的统计功效 | NA | 开发一种统计方法以更有效地分析单细胞CRISPR筛选数据，检测受遗传扰动影响的基因和生物过程 | 单细胞CRISPR筛选数据，具体来自人类CD8 T细胞和神经祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | 贝叶斯因子分析，引导稀疏因子分析（GSFA） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-12-04 |
The cellular states and fates of shed intestinal cells
2023-11, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00905-9
PMID:37857731
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研究论文 | 本研究通过批量及单细胞RNA测序分析雄性小鼠肠道粪便洗涤物，揭示了脱落肠上皮细胞在肠道腔内的存活状态及功能 | 首次证明脱落肠上皮细胞在肠道腔内保持活性，并上调独特的抗菌程序，同时识别了免疫细胞的脱落现象及其在结肠炎中的增加 | 技术限制先前阻碍了对脱落肠细胞状态和命运的研究，本研究可能受限于小鼠模型和粪便样本的复杂性 | 探究脱落肠细胞的细胞状态、命运及其在肠道腔内的潜在功能 | 雄性小鼠的肠道粪便洗涤物中的脱落肠上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性小鼠肠道粪便洗涤物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-12-04 |
Learning single-cell perturbation responses using neural optimal transport
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01969-x
PMID:37770709
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研究论文 | 本文提出CellOT框架，利用最优传输理论和输入凸神经网络架构，从非配对分布中学习单个细胞对扰动的响应 | 结合最优传输理论与输入凸神经网络，首次实现从非配对单细胞数据中学习异质性扰动响应 | 方法依赖于单细胞测量需破坏细胞的限制，仅能处理非配对分布数据 | 预测单细胞在化学、遗传或机械扰动下的分子响应 | 单个细胞 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多重蛋白质成像技术 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质成像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-11-27 |
Fasting-Mimicking Diet Drives Antitumor Immunity against Colorectal Cancer by Reducing IgA-Producing Cells
2023-11-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0323
PMID:37602826
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研究论文 | 本研究揭示模拟禁食饮食通过抑制IgA+B细胞激活抗肿瘤免疫从而抑制结直肠癌的机制 | 首次发现模拟禁食饮食通过促进脂肪酸氧化诱导RUNX3乙酰化，进而抑制IgA类型转换和CD8+T细胞抑制 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限 | 阐明模拟禁食饮食在结直肠癌中激活抗肿瘤免疫的具体分子机制 | 结直肠癌小鼠模型和患者样本 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-11-18 |
Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
2023-11-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89338
PMID:37975797
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析斑马鱼幼体脊髓运动神经元的分子特征及其在游泳行为中的功能差异 | 首次在斑马鱼脊髓运动神经元中发现特定电压依赖性离子通道和突触蛋白组合形成的功能'盒'，并揭示其与高速游泳行为的关系 | 研究主要聚焦于斑马鱼模型，结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 探究脊髓运动神经元在游泳行为中的功能差异的分子基础 | 斑马鱼幼体脊髓神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体脊髓神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-11-18 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-11-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了人类前交叉韧带退变的细胞图谱 | 首次在单细胞和空间水平揭示了韧带退变过程中新的成纤维细胞亚群及其动态轨迹 | 样本量相对有限，需要进一步验证关键发现 | 系统识别人类韧带细胞类型，研究韧带退变过程中的细胞身份、功能和相互作用 | 人类前交叉韧带健康与退变组织 | 空间转录组学 | 韧带退行性疾病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,免疫组织化学染色,免疫荧光染色 | 计算分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 约49,356个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Lrg1在脑缺血再灌注损伤中通过调节多种细胞功能状态的作用机制 | 首次在单细胞水平上系统阐明Lrg1通过调控多种细胞类型功能状态参与脑缺血再灌注损伤的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究Lrg1在脑缺血再灌注损伤中的具体作用机制 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 单细胞组学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 微血管白蛋白渗漏检测 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 野生型和Lrg1敲除小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |