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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-09 |
TRIBAL: Tree Inference of B cell Clonal Lineages
2023-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.27.568874
PMID:38076836
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研究论文 | 介绍了一种新方法TRIBAL，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆谱系树，并整合同种型数据以提高系统发育推断准确性。 | 将同种型数据纳入B细胞谱系推断，减少仅考虑受体序列时的系统发育不确定性，并共同捕获体细胞突变和类别转换。 | 未明确提及局限性。 | 开发新方法TRIBAL，从scRNA-seq数据中推断B细胞克隆谱系树，以增强对B细胞进化机制和类别转换动力学的理解。 | B细胞克隆谱系及其同种型转换。 | 免疫学与单细胞生物信息学 | 不适用 | 单细胞RNA测序、B细胞受体序列分析、系统发育推断 | 系统发育树模型 | 单细胞RNA测序数据及B细胞受体序列 | 实验数据集及真实scRNA-seq数据集（具体规模未提及） | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 2 | 2026-09-09 |
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568285
PMID:38045409
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞测序数据中准确鉴定信息性线粒体突变，并推断细胞谱系 | MitoTracer能够自动识别克隆信息性线粒体突变，并具有较高的灵敏度和特异性，优于现有方法，且兼容多种单细胞测序平台 | 未在摘要中明确提及，可能需要对更多数据类型或平台进行验证 | 开发一种工具，以准确捕捉线粒体突变并追踪细胞谱系，应用于癌症进化研究 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）样本，包括BRAF突变癌细胞和实验谱系测序数据 | 生物信息学, 机器学习 | 癌症（BRAF突变相关） | 单细胞测序分析，线粒体突变检测 | 计算算法（未指定具体模型类型） | 单细胞测序数据（scRNA-seq, scATAC-seq） | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 未明确提及具体平台 | 未明确提及，但提及与多个单细胞测序平台兼容 |
| 3 | 2026-09-09 |
Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.28.529615
PMID:36909548
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研究论文 | 介绍SIMS，一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具，能够高效准确地进行细胞类型分类 | 提出SIMS，一种端到端的数据高效机器学习流程，具有可扩展性和可解释性，在复杂数据集（如大脑）中达到或超越现有最先进算法的性能 | 摘要中未明确提及局限性 | 开发并验证SIMS工具，用于单细胞数据的离散分类，并应用于多种大脑组织场景 | 成人大脑皮层、海马体、发育中大脑及皮层类器官的单细胞数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型（具体类型未详述） | 单细胞基因表达数据 | 涉及多个单细胞数据集，包括成人和发育中大脑及皮层类器官样本，具体数量未在摘要中说明 | NA | NA | NA | NA |
| 4 | 2026-09-04 |
Inflammatory Activity of Epithelial Stem Cell Variants from Cystic Fibrosis Lungs Is Not Resolved by CFTR Modulators
2023-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202305-0818OC
PMID:37695863
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研究论文 | 本研究探讨囊性纤维化肺部上皮干细胞变异体的炎症活性，并评估CFTR调节剂对其影响 | 首次在囊性纤维化肺中发现多种炎症性干细胞变异体，并证明CFTR功能恢复不能解决其炎症活性 | 研究基于终末期肺移植样本，样本量有限，可能无法代表早期疾病阶段 | 确定CF肺部是否存在致病性干细胞变异体，并评估CFTR调节剂对这些变异体的影响 | 来自囊性纤维化患者的终末期肺组织中的上皮干细胞 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4例囊性纤维化患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-08-23 |
BHLHE40 drives protective polyfunctional CD4 T cell differentiation in the female reproductive tract against Chlamydia
2023-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.02.565369
PMID:37961221
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子BHLHE40在女性生殖道针对衣原体感染的保护性CD4 T细胞分化中的作用，发现其缺陷导致细菌控制能力下降和多功能T细胞减少 | 首次揭示BHLHE40作为驱动女性生殖道中CD4 T细胞分化和多功能反应的关键分子，并通过单细胞RNA测序结合TCR分析发现其调控干细胞样T细胞特征 | 未提及具体局限，摘要中不包含相关信息 | 阐明BHLHE40在女性生殖道针对衣原体感染的T细胞免疫应答中的作用机制 | BHLHE40缺陷小鼠和野生型小鼠的CD4 T细胞 | 免疫学 | 衣原体感染 | 单细胞RNA测序，TCR分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠样本，具体数量未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-08-20 |
Trem2 promotes foamy macrophage lipid uptake and survival in atherosclerosis
2023-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00354-3
PMID:38646596
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序轨迹分析和全基因组CRISPR筛选，发现Trem2促进泡沫巨噬细胞脂质摄取和存活，从而驱动动脉粥样硬化斑块进展 | 首次将Trem2与泡沫巨噬细胞分化联系起来，并利用全基因组CRISPR筛选和轨迹分析揭示其机制 | 未提及具体局限性 | 研究Trem2在动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞分化和存活中的作用 | 泡沫巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块 | 基因组学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序，全基因组CRISPR筛选 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'转录组, Illumina NovaSeq测序 |
| 7 | 2026-08-13 |
Connecting single-cell transcriptomes to projectomes in mouse visual cortex
2023-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.25.568393
PMID:38168270
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研究论文 | 本研究通过结合Patch-seq和全脑形态学数据，建立了小鼠视觉皮层兴奋性神经元的整合分类，并揭示了转录组、形态和电生理特性与投射目标之间的关系 | 首次将单细胞转录组与长程投射特征相关联，通过多步骤分类器统一Patch-seq和全脑形态学数据，建立了整合的形态-电生理-转录组（MET）类型分类，并可预测单个神经元的投射目标 | 研究仅局限于小鼠视觉皮层，且分类器可能依赖于特定数据集，扩展至全脑或其他物种时可能需要调整 | 建立整合的兴奋性神经元分类，连接转录组身份与长程投射，并预测神经元投射目标 | 小鼠视觉皮层的兴奋性神经元 | 单细胞转录组学、神经科学 | NA | Patch-seq、全脑形态学重建、单细胞RNA测序 | 多步骤分类器 | 单细胞转录组数据、形态学数据、电生理数据 | 300个神经元的全脑形态重建和相应的Patch-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-08-02 |
Stricturing Crohn's Disease Single-Cell RNA Sequencing Reveals Fibroblast Heterogeneity and Intercellular Interactions
2023-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.07.014
PMID:37507073
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建克罗恩病狭窄肠壁的全层细胞图谱，揭示成纤维细胞异质性和细胞间相互作用，并验证CDH11作为潜在治疗靶点 | 首次生成狭窄肠道的单细胞RNA测序图谱，发现狭窄选择性变化主要发生在黏膜/黏膜下层，揭示CXCL14+和MMP/WNT5A+成纤维细胞的中心信号作用，并验证CDH11为潜在治疗靶点 | 未明确提及局限性，但研究基于有限样本量（13例克罗恩病和7例正常）及特定技术平台，可能存在批次效应或样本代表性不足 | 通过系统级分析表征克罗恩病狭窄形成中的成纤维细胞异质性及功能，为治疗靶点验证提供原理证明 | 克罗恩病患者的全层肠壁组织（包含非受累、炎症非狭窄和狭窄段）及正常非克罗恩病肠段 | 单细胞转录组学, 计算生物学 | 克罗恩病, 肠纤维化 | 单细胞RNA测序, NanoString nCounter, 下一代测序, 蛋白质组学, 动物模型 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 组织图像 | 13例克罗恩病全层切除标本（每例分为黏膜/黏膜下层和肌层，共99个组织样本，409,001个细胞）及7例正常非克罗恩病肠段 | 10x Genomics, NanoString, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 10x Chromium, NanoString nCounter, Illumina NovaSeq | 10x Chromium 单细胞3'端的单细胞RNA测序，NanoString nCounter 基因表达分析，Illumina NovaSeq 测序平台 |
| 9 | 2026-07-29 |
Single cell RNA-seq in phytohormone signaling: a promising future
2023-11, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2023.07.010
PMID:37550122
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在植物激素信号传导研究中的应用前景 | 强调了scRNA-seq在解析激素介导的时空基因调控网络中的新机遇，并以Nolan等人的研究为例展示了时间序列scRNA-seq在识别油菜素内酯信号关键位点和细胞期转化网络中的创新应用 | NA | 探讨scRNA-seq技术在植物激素信号传导研究中的潜力和未来发展 | 植物激素信号传导中的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2026-06-18 |
Coordinated immune dysregulation in Juvenile Dermatomyositis revealed by single-cell genomics
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.07.566033
PMID:37986917
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研究论文 | 利用单细胞基因组学揭示青少年皮肌炎中协调的免疫失调 | 首次通过单细胞转录组学与表面蛋白表达结合的方法，系统分析了JDM患者不同疾病活动阶段的血液免疫细胞状态，发现B细胞向未成熟幼稚状态的偏移是JDM的标志，并揭示I型干扰素反应在免疫群体中的过度激活与蛋白质加工和细胞死亡调控的功能障碍相协调 | 未提及明显的局限性，但可能受限于样本量或仅基于血液样本的分析，未涉及组织层面 | 阐明青少年皮肌炎（JDM）从免疫系统失调中出现的机制，以提供恢复免疫平衡的策略 | 青少年皮肌炎（JDM）患者的外周血单核细胞（PBMCs） | 单细胞基因组学 | 青少年皮肌炎 | 单细胞转录组学、表面蛋白表达分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、表面蛋白表达数据 | JDM患者处于不同疾病活动阶段的血液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞转录组学与表面蛋白表达（CITE-seq） |
| 11 | 2026-06-01 |
Plasma cells in human pancreatic ductal adenocarcinoma secrete antibodies against self-antigens
2023-11-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172449
PMID:37751306
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和免疫球蛋白测序，研究了人类胰腺导管腺癌中浆细胞分泌的自身抗体及其靶向抗原 | 首次鉴定了胰腺导管腺癌中浆细胞分泌的抗体靶向的三种细胞内自身抗原（F-肌动蛋白、RUVBL2和HSPD1），并发现这些自身抗体在患者血浆中显著升高 | 样本量较小（仅7个原发性胰腺导管腺癌样本），且自身抗体在胰腺导管腺癌发生发展中的具体作用机制尚不明确 | 探究胰腺导管腺癌中驱动B细胞反应的抗原，并研究浆细胞分泌的抗体反应性 | 人类胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞，特别是浆细胞和B细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫球蛋白测序 | NA | 基因表达数据, 免疫球蛋白序列数据 | 7个原发性胰腺导管腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-23 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP
2023-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43256-5
PMID:37963892
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研究论文 | 提出一种名为BSP的非参数模型，用于从二维或三维空间转录组数据中快速稳健地识别空间可变基因 | BSP方法能处理三维空间转录组数据，具有快速、稳健的优点，且是非参数模型，能比较两个空间粒度的基因表达模式 | 未提及主要局限性 | 开发一种维度无关且基于粒度的空间可变基因识别方法 | 空间可变基因 | 机器学习 | 癌症、类风湿性关节炎、肾脏疾病 | 空间转录组学 | 非参数模型（BSP） | 空间转录组数据 | 模拟数据及来自癌症、神经科学、类风湿性关节炎和肾脏研究的多种空间转录组技术数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-08 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及发育途径 | 首次揭示了小鼠MAIT17和MAIT1亚群不仅在转录组上差异显著，其代谢状态也截然不同，并比较了人类与小鼠MAIT细胞的组织特异性转录组和代谢特性 | 结果主要基于动物模型和人体样本，环境因素（如宠物店小鼠）的影响需进一步验证，且人类MAIT细胞的代谢特征与小鼠存在差异，机制尚未完全阐明 | 阐明MAIT细胞在不同器官中的群体组成、发育途径以及跨物种的转录组和代谢差异 | 小鼠和人类的MAIT细胞群体，包括胸腺、肺、血液等器官的细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠多个器官（胸腺、肺等）及人类肺和血液样本中的MAIT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-05-02 |
MTHFD2 ablation in T cells protects against heart transplant rejection by perturbing IRF4/PD-1 pathway through the metabolic-epigenetic nexus
2023-11, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2023.07.009
PMID:37495036
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研究论文 | 揭示MTHFD2在T细胞中通过代谢-表观遗传学影响IRF4/PD-1通路从而保护心脏移植免受排斥的机制 | 首次发现一碳代谢酶MTHFD2作为同种反应T细胞的代谢检查点，通过H3K4me3介导的代谢-表观遗传学机制影响IRF4/PD-1通路，并提出其作为心脏移植排斥治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型，且未深入探讨MTHFD2在其他免疫细胞中的作用或其长期治疗效果 | 研究一碳代谢酶MTHFD2在心脏移植排斥中的作用及其机制，评估其作为治疗靶点的可能性 | 人类和鼠类心脏移植受体的心脏组织、T细胞特异性Mthfd2基因敲除小鼠、人源化皮肤移植模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、酶联免疫斑点法、切割靶点与标记法 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞转录组数据 | 人类和鼠类心脏移植受体心脏组织，小鼠T细胞特异性Mthfd2基因敲除模型，人源化皮肤移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-04-29 |
GPCR signaling contributes to immune characteristics of microenvironment and process of EBV-induced lymphomagenesis
2023-11-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2023.09.029
PMID:37798178
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研究论文 | 本篇论文首次对自然杀伤/T细胞淋巴瘤进行了全面的蛋白质基因组学表征，并结合基因组、转录组和蛋白质组数据，揭示了EB病毒基因模式与免疫相关致癌信号通路的关系 | 首次揭示GPCR信号通路在EB病毒诱导的淋巴瘤发生和肿瘤微环境免疫特征中的作用，并发现靶向CCR1能有效清除EB病毒、激活T细胞并杀死淋巴瘤细胞 | 信息不足 | 探究EB病毒诱导的淋巴瘤发生过程中病毒与癌症免疫相互作用的潜在机制 | 自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL） | 机器学习 | 淋巴瘤 | 蛋白质组学、转录组学、基因组学、单细胞转录组 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 信息不足 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-04-24 |
A robust platform for integrative spatial multi-omics analysis to map immune responses to SARS-CoV-2 infection in lung tissues
2023-11, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13679
PMID:37605469
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研究论文 | 开发了一个稳健的空间多组学整合平台，用于分析SARS-CoV-2感染肺组织中的免疫反应 | 通过创新的计算映射方法，首次整合五种组织分析技术（空间转录组学Visium、GeoMx、RNAScope和蛋白质组学CODEX、PhenoImager HT），全面比较病毒感染的肺组织在不同细胞分辨率下的转录组和靶向蛋白质组 | 未在摘要中明确提及 | 理解SARS-CoV-2病毒在肺组织中的分子和细胞反应，尤其是巨噬细胞浸润及其微环境 | COVID-19感染的肺组织样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 感染和未感染的肺组织样本，具体数量未说明 | 10x Genomics, NanoString, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 10x Visium, GeoMx, RNAScope, CODEX, PhenoImager HT | 10x Visium用于空间转录组，GeoMx用于数字空间分析，RNAScope用于原位杂交，CODEX用于多重蛋白质成像，PhenoImager HT用于高通量成像 |
| 17 | 2026-04-08 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-11-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序构建了一个胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱，涵盖多种疾病状态 | 首次整合了来自65名供体的192,203个细胞的单细胞RNA测序数据，创建了一个易于查询和用于生物信息学流程的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖其他组学层面（如蛋白质组学或表观遗传学）的信息，且样本来源和数量可能限制某些罕见细胞类型的全面表征 | 构建一个全面的胰岛细胞类型特异性基因表达参考图谱，以促进胰岛生物学研究和糖尿病相关疾病的理解 | 来自无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病供体的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 192,203个细胞，来自65名供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-04-03 |
Combined near infrared photoacoustic imaging and ultrasound detects vulnerable atherosclerotic plaque
2023-11, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究结合近红外自发光声成像与超声成像，用于检测动脉粥样硬化斑块的脆弱性 | 首次将NIRAPA成像与超声结合，以区分稳定与脆弱斑块，并通过空间转录组学和蛋白质组学验证信号来源 | 研究为离体实验，样本量较小（25例患者），临床适用性需进一步验证 | 开发一种成像方法以检测动脉粥样硬化斑块的脆弱性 | 动脉粥样硬化斑块，特别是脆弱斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 近红外自发光声成像，超声成像，免疫组化，空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | 图像，分子数据 | 25例患者的切除斑块样本 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 19 | 2026-03-13 |
Understanding cervical cancer at single-cell resolution
2023-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216408
PMID:37769795
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综述 | 本文综述了利用单细胞测序技术解析宫颈癌生态系统异质性的最新进展 | 通过单细胞测序技术高分辨率地解析宫颈癌生态系统的演变，为靶向治疗和个性化医疗提供新视角 | NA | 深入理解宫颈癌生态系统以改善患者预后 | 宫颈癌 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-03-13 |
Multi-omics analysis defines a cuproptosis-related prognostic model for ovarian cancer: Implication of WASF2 in cuproptosis resistance
2023-Nov-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.122081
PMID:37717621
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研究论文 | 本研究通过多组学分析构建了一个与铜死亡相关的卵巢癌预后模型，并验证了WASF2基因在铜死亡抵抗中的作用 | 首次将单细胞测序与批量转录组数据结合，构建了基于铜死亡相关基因的卵巢癌预后模型，并实验验证了WASF2在铜死亡抵抗和铂类耐药中的功能 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分可能样本量有限，需要进一步扩大临床样本验证 | 探索铜死亡相关特征在卵巢癌中的作用，构建预后预测模型 | 卵巢癌患者样本（包括单细胞和批量转录组数据） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，基因集富集分析，随机森林建模 | 随机森林 | 单细胞测序数据，批量转录组数据，临床数据 | 单细胞数据来自GSE154600，批量数据包括TCGA的378例，GSE140082的379例和GSE53963的173例卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |