单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-10 |
Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2023-11, Iranian journal of kidney diseases
IF:0.8Q4
DOI:10.52547/ijkd.7858
PMID:38043109
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研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞测序数据分析，鉴定出PHACTR4作为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示了其与肾小球内皮功能障碍和免疫浸润的关联 | 首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病中与肾小球内皮细胞功能障碍相关的关键生物标志物，并利用单细胞测序数据揭示了其在炎症反应中的调控作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏动物模型或临床样本的体内验证 | 鉴定与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据、人肾小球内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 微阵列测序, 单细胞RNA-seq, RT-PCR | LASSO逻辑回归, WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据 | GSE30528和GSE131882数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-06 |
CellNeighborEX: deciphering neighbor-dependent gene expression from spatial transcriptomics data
2023-11-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202311670
PMID:37815040
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研究论文 | 提出一种名为CellNeighborEX的新方法，用于从空间转录组学数据中解析细胞邻居依赖的基因表达 | 开发了一种能有效捕获不同微环境影响的新方法，通过直接细胞定位或多细胞转录组混合来分类细胞，识别与伙伴细胞类型相关的多样化基因集 | NA | 研究细胞邻居依赖的基因表达，以理解细胞间相互作用 | 小鼠胚胎、大脑和肝癌组织中的细胞 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2025-12-06 |
Imprinted genes and the manipulation of parenting in mammals
2023-11, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00644-3
PMID:37714957
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综述 | 本文探讨了基因组印记在哺乳动物亲代抚育行为中的角色及其进化意义 | 利用单细胞RNA测序数据，揭示了印记基因与亲代抚育质量之间的双向、迭代关系 | NA | 研究基因组印记如何影响哺乳动物的亲代抚育行为及其进化背景 | 哺乳动物中的印记基因及其在亲代抚育中的作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-12-04 |
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02035-2
PMID:37813989
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研究论文 | 本文介绍了scPoli，一种用于整合单细胞数据集以支持跨样本多尺度分析的开源学习方法 | 提出了一种开放世界学习框架，能够整合异构队列数据，学习样本和细胞的表示，适用于数据整合、标签转移和参考映射 | 未明确说明方法在处理极大规模数据集时的计算效率或特定技术限制 | 开发一种工具以整合人群水平的单细胞图谱数据，实现样本与细胞数据的关联分析 | 肺和外周血单核细胞的单细胞图谱数据，包括约780万个细胞和2375个样本 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成模型 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 约780万个细胞，来自2375个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-12-04 |
Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2023-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01455-9
PMID:37845544
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了小鼠前额叶皮层在细胞类型组成和基因表达模式上的独特性，并识别了调节慢性疼痛的特定神经元亚型和环路 | 首次通过空间分辨单细胞转录组分析，系统描绘了成年小鼠前额叶皮层的细胞与环路组织，并发现了其与邻近皮层区域的差异，以及神经元亚型在慢性疼痛中的特异性作用 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；空间转录组学技术可能受分辨率限制，影响细胞亚型精细识别 | 解码前额叶皮层在认知、情感、执行功能和疼痛处理等多样功能中的细胞与环路组织机制 | 成年小鼠的前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 慢性疼痛 | 空间分辨单细胞转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，基于成年小鼠前额叶皮层组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2025-12-04 |
DNA-binding protein PfAP2-P regulates parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages
2023-11, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01497-6
PMID:37884813
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了恶性疟原虫中一个关键的AP2转录因子PfAP2-P，揭示了其在疟原虫血液阶段发育、致病性和有性阶段转换中的调控作用 | 首次系统性地揭示了PfAP2-P作为上游转录调控因子，在疟原虫血液阶段发育周期中两个不同时间点的表达高峰及其对多种致病相关基因的调控机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据，体内功能验证和具体调控通路的分子机制仍需进一步探索 | 探究疟原虫血液阶段发育中转录因子对致病性的调控机制 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）及其AP2转录因子PfAP2-P | 分子生物学与寄生虫学 | 疟疾 | 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-12-04 |
A new Bayesian factor analysis method improves detection of genes and biological processes affected by perturbations in single-cell CRISPR screening
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02017-4
PMID:37770710
|
研究论文 | 本文提出了一种名为引导稀疏因子分析（GSFA）的新统计方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，以提高检测受遗传扰动影响的基因和生物过程的效率 | GSFA通过推断代表共调控基因或基因模块的潜在因子，并借用这些因子的信息来推断遗传扰动对单个基因的影响，从而在检测扰动效应方面比现有方法具有更高的统计功效 | NA | 开发一种统计方法以更有效地分析单细胞CRISPR筛选数据，检测受遗传扰动影响的基因和生物过程 | 单细胞CRISPR筛选数据，具体来自人类CD8 T细胞和神经祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | 贝叶斯因子分析，引导稀疏因子分析（GSFA） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-12-04 |
The cellular states and fates of shed intestinal cells
2023-11, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00905-9
PMID:37857731
|
研究论文 | 本研究通过批量及单细胞RNA测序分析雄性小鼠肠道粪便洗涤物，揭示了脱落肠上皮细胞在肠道腔内的存活状态及功能 | 首次证明脱落肠上皮细胞在肠道腔内保持活性，并上调独特的抗菌程序，同时识别了免疫细胞的脱落现象及其在结肠炎中的增加 | 技术限制先前阻碍了对脱落肠细胞状态和命运的研究，本研究可能受限于小鼠模型和粪便样本的复杂性 | 探究脱落肠细胞的细胞状态、命运及其在肠道腔内的潜在功能 | 雄性小鼠的肠道粪便洗涤物中的脱落肠上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性小鼠肠道粪便洗涤物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-12-04 |
Learning single-cell perturbation responses using neural optimal transport
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01969-x
PMID:37770709
|
研究论文 | 本文提出CellOT框架，利用最优传输理论和输入凸神经网络架构，从非配对分布中学习单个细胞对扰动的响应 | 结合最优传输理论与输入凸神经网络，首次实现从非配对单细胞数据中学习异质性扰动响应 | 方法依赖于单细胞测量需破坏细胞的限制，仅能处理非配对分布数据 | 预测单细胞在化学、遗传或机械扰动下的分子响应 | 单个细胞 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多重蛋白质成像技术 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质成像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-11-27 |
Fasting-Mimicking Diet Drives Antitumor Immunity against Colorectal Cancer by Reducing IgA-Producing Cells
2023-11-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0323
PMID:37602826
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研究论文 | 本研究揭示模拟禁食饮食通过抑制IgA+B细胞激活抗肿瘤免疫从而抑制结直肠癌的机制 | 首次发现模拟禁食饮食通过促进脂肪酸氧化诱导RUNX3乙酰化，进而抑制IgA类型转换和CD8+T细胞抑制 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限 | 阐明模拟禁食饮食在结直肠癌中激活抗肿瘤免疫的具体分子机制 | 结直肠癌小鼠模型和患者样本 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-11-18 |
Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
2023-11-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89338
PMID:37975797
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析斑马鱼幼体脊髓运动神经元的分子特征及其在游泳行为中的功能差异 | 首次在斑马鱼脊髓运动神经元中发现特定电压依赖性离子通道和突触蛋白组合形成的功能'盒'，并揭示其与高速游泳行为的关系 | 研究主要聚焦于斑马鱼模型，结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 探究脊髓运动神经元在游泳行为中的功能差异的分子基础 | 斑马鱼幼体脊髓神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体脊髓神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-11-18 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-11-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了人类前交叉韧带退变的细胞图谱 | 首次在单细胞和空间水平揭示了韧带退变过程中新的成纤维细胞亚群及其动态轨迹 | 样本量相对有限，需要进一步验证关键发现 | 系统识别人类韧带细胞类型，研究韧带退变过程中的细胞身份、功能和相互作用 | 人类前交叉韧带健康与退变组织 | 空间转录组学 | 韧带退行性疾病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,免疫组织化学染色,免疫荧光染色 | 计算分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 约49,356个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Lrg1在脑缺血再灌注损伤中通过调节多种细胞功能状态的作用机制 | 首次在单细胞水平上系统阐明Lrg1通过调控多种细胞类型功能状态参与脑缺血再灌注损伤的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究Lrg1在脑缺血再灌注损伤中的具体作用机制 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 单细胞组学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 微血管白蛋白渗漏检测 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 野生型和Lrg1敲除小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas identified a novel fibroblast subpopulation activated to guide oral barrier immunity in periodontitis
2023-11-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88183
PMID:38015204
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研究论文 | 通过小鼠牙龈单细胞转录组图谱发现新型成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群及其与中性粒细胞、ILC3细胞形成的免疫轴机制 | 研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明牙周炎中口腔屏障免疫异常启动机制 | 小鼠牙周炎模型的牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型牙龈组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing unravels the transcriptional network underlying zebrafish retina regeneration
2023-11-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86507
PMID:37988404
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中穆勒胶质细胞的转录网络和命运决定机制 | 发现了损伤诱导的穆勒胶质细胞分化轨迹，识别出具有穆勒胶质细胞和祖细胞混合身份特征的细胞群体 | 研究仅限于斑马鱼模型，未直接验证在人类视网膜疾病中的适用性 | 研究穆勒胶质细胞反应性与祖细胞产生和神经元分化的分子机制 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞、祖细胞和再生后代细胞 | 单细胞基因组学 | 视网膜营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未损伤和光损伤视网膜样本中的穆勒胶质细胞、祖细胞及再生后代 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-11-15 |
Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01685-z
PMID:36879006
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研究论文 | 开发了一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法——PIP-seq，通过模板乳化技术实现单细胞封装和条形码标记 | 首次提出基于粒子模板乳化的单细胞测序方法，无需专用微流控设备、专业技术或硬件，仅需涡旋混合器即可完成 | NA | 开发更简单、灵活和可扩展的单细胞测序工作流程 | 小鼠-人类混合细胞、人类乳腺组织细胞、混合表型急性白血病细胞 | 单细胞基因组学 | 乳腺癌、急性白血病 | 单细胞RNA测序、多组学测量 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 数千个样品或数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞多组学 | PIP-seq | 粒子模板即时分区测序，支持微孔板和大体积锥形管等多种乳化格式 |
| 17 | 2025-11-15 |
High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01697-9
PMID:36879008
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CytoSPACE的优化方法，用于将单细胞RNA测序图谱中的单个细胞映射到空间表达谱 | 开发了能够以单细胞分辨率进行组织图谱绘制的新方法，在噪声容忍度和准确性方面优于先前方法 | NA | 解决空间转录组学中基因恢复有限和空间分辨率低的问题 | 单细胞RNA测序图谱和空间表达谱 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 优化方法 | 基因表达数据，空间表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2025-11-15 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
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研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，开发了一种使用逻辑门识别CAR开关组合靶抗原的方法 | 首次在单细胞水平构建整合140万细胞的表达图谱，并应用随机森林和卷积神经网络筛选最优基因对，开发AND、OR和NOT逻辑门评估肿瘤覆盖率和特异性 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证靶抗原的蛋白表达和功能有效性 | 解决CAR细胞疗法中区分癌细胞与正常组织细胞的最佳靶抗原识别难题 | 412个肿瘤和12个正常器官的肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌,结直肠癌 | 单细胞RNA测序,表位分析 | 随机森林,卷积神经网络 | 单细胞转录组数据 | 约140万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-11-15 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
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研究论文 | 提出一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同类别生物信号 | 使用拓扑先验知识解耦单细胞数据中交叉干扰的生物学信号，能够推断拓扑信息基因并推广到多样化的模板和系统 | NA | 开发能够分离和增强单细胞数据中特定生物信号的计算方法 | HeLa细胞、肝脏小叶、衣藻、视交叉上核 | 单细胞数据分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |