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当前共找到 460 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-14 |
Single cell RNA-seq in phytohormone signaling: a promising future
2023-Nov, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2023.07.010
PMID:37550122
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序在植物激素信号传导研究中的应用前景 | 强调了scRNA-seq在解析激素介导的时空基因调控网络方面的独特潜力，并引用Nolan等人的研究作为案例 | NA | 探索单细胞RNA测序技术如何促进对植物激素信号传导机制的理解 | 植物激素信号传导及其在植物生长和发育中的作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-13 |
Understanding cervical cancer at single-cell resolution
2023-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216408
PMID:37769795
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综述 | 本文综述了利用单细胞测序技术解析宫颈癌生态系统异质性的最新进展 | 通过单细胞测序技术高分辨率地解析宫颈癌生态系统的演变，为靶向治疗和个性化医疗提供新视角 | NA | 深入理解宫颈癌生态系统以改善患者预后 | 宫颈癌 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-03-13 |
Multi-omics analysis defines a cuproptosis-related prognostic model for ovarian cancer: Implication of WASF2 in cuproptosis resistance
2023-Nov-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.122081
PMID:37717621
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研究论文 | 本研究通过多组学分析构建了一个与铜死亡相关的卵巢癌预后模型，并验证了WASF2基因在铜死亡抵抗中的作用 | 首次将单细胞测序与批量转录组数据结合，构建了基于铜死亡相关基因的卵巢癌预后模型，并实验验证了WASF2在铜死亡抵抗和铂类耐药中的功能 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分可能样本量有限，需要进一步扩大临床样本验证 | 探索铜死亡相关特征在卵巢癌中的作用，构建预后预测模型 | 卵巢癌患者样本（包括单细胞和批量转录组数据） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，基因集富集分析，随机森林建模 | 随机森林 | 单细胞测序数据，批量转录组数据，临床数据 | 单细胞数据来自GSE154600，批量数据包括TCGA的378例，GSE140082的379例和GSE53963的173例卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-13 |
Single-cell profiling reveals the heterogeneity of NK cells during anti-PD-1 therapy in non-small-cell lung cancer
2023-Nov, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110743
PMID:37657247
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了非小细胞肺癌抗PD-1治疗期间NK细胞的异质性及其与治疗反应的关联 | 首次在NSCLC抗PD-1治疗背景下，通过单细胞测序识别出6个不同的NK细胞亚群，并发现未成熟NK细胞在应答组中的富集及其与免疫调节过程的关联 | 研究基于患者活检样本的单细胞数据，样本量可能有限，且机制验证主要在转录组层面进行 | 探索NK细胞在非小细胞肺癌抗PD-1治疗疗效中的作用及机制 | 接受抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-06 |
Inflammatory Activity of Epithelial Stem Cell Variants from Cystic Fibrosis Lungs Is Not Resolved by CFTR Modulators
2023-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202305-0818OC
PMID:37695863
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研究论文 | 本研究揭示了囊性纤维化（CF）晚期肺中存在三种促炎性干细胞变异体，且这些变异体的促炎功能无法通过CFTR基因补偿或CFTR调节剂药物恢复CFTR活性而缓解 | 首次在CF晚期肺中鉴定出三种促炎性干细胞变异体，并证明其促炎功能不受CFTR功能恢复的影响，这为解释CF患者在接受CFTR调节剂治疗后肺部炎症持续存在提供了新机制 | 研究样本量较小（仅4例终末期CF患者），且均为晚期疾病患者，可能无法完全代表早期或轻度CF患者的干细胞异质性 | 确定CF肺中是否存在类似COPD的致病性干细胞变异体，识别可能促进CF肺部炎症状态的特定变异体，并评估CFTR基因补偿或CFTR调节剂对这些炎症变异体的影响 | 终末期囊性纤维化（CF）患者的肺组织 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、干细胞克隆技术、异种移植、RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、基因表达数据 | 4例终末期CF患者（3例CFTR:F508D纯合子，1例CFTR F508D/L1254X杂合子）的肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-03-02 |
Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear cell renal cell carcinoma tumor microenvironment
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.16.567457
PMID:38014063
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，分析了免疫治疗（IO）敏感与耐药性透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中整合素与胶原蛋白IV的空间耦合变化 | 首次在细胞分辨率水平上，通过空间转录组学揭示了IO耐药性ccRCC肿瘤微环境中COL4A1-ITGAV配体-受体对的空间自相关性增强 | 样本量相对较小（21例），且主要依赖相关性分析，需要进一步的功能性实验验证 | 探究透明细胞肾细胞癌对免疫治疗产生耐药性的肿瘤微环境机制 | 免疫治疗初治（IO naïve）与经治（IO exposed）的原发性透明细胞肾细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 空间分子成像（SMI）、空间基因集富集分析（GSEA）、多重免疫荧光（mIF）、数据库分析（TCGA、CPTAC） | NA | 空间转录组数据、图像数据、批量RNA表达数据、蛋白质组数据 | 21例患者样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-02-14 |
Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina
2023-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3471275/v1
PMID:38014002
|
研究论文 | 本文构建了一个综合多模态的人类视网膜细胞图谱，整合了转录组和染色质可及性数据 | 首次整合了大规模多模态单细胞数据，揭示了超过110种细胞类型，并精细映射了GWAS和eQTL变异 | NA | 创建全面的人类视网膜细胞图谱以促进对视网膜功能和病理的理解 | 人类视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和染色质可及性数据 | 约240万个细胞，来自55名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-02-06 |
Integrative multiomics analysis of neointima proliferation in human saphenous vein: implications for bypass graft disease
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.14.567053
PMID:38014255
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，探讨了人类隐静脉在冠状动脉搭桥手术中因新内膜增生导致的移植失败机制 | 首次在人类隐静脉体外组织培养模型中整合RNA测序、蛋白质组学和空间转录组学，揭示了新内膜增生过程中的基因和蛋白质动态变化，并识别了新的细胞亚群 | 研究基于体外组织培养模型，可能无法完全模拟体内生理环境；样本量相对有限（73例患者），且未涉及长期临床随访数据 | 探究人类隐静脉新内膜增生的分子和细胞机制，以改善冠状动脉搭桥手术的移植成功率 | 人类隐静脉组织样本，取自冠状动脉搭桥手术患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序, 蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 空间转录组数据 | 73例患者的人类隐静脉组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-02-05 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域（如正常外观肺实质、过渡区和致密纤维化区）在基因表达上的空间特异性分子模式 | 首次在IPF中应用空间转录组学平台（GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling）对FFPE组织进行高分辨率空间分析，比较了不同病理区域的转录组差异，并发现了组织学正常外观区域已存在显著的转录组改变 | 研究样本量相对有限（32例IPF和12例对照），且为横断面研究，无法确定观察到的转录组变化与疾病进展的因果关系 | 阐明IPF肺部不同病理区域之间的转录组差异，以理解纤维化肺病的分布和程度，并识别潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 32例IPF患者和12例对照者，共鉴定出231个感兴趣区域（ROIs） | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling平台，用于FFPE组织的空间转录组分析 |
| 10 | 2026-01-09 |
The murine meninges acquire lymphoid tissue properties and harbour autoreactive B cells during chronic Trypanosoma brucei infection
2023-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002389
PMID:37983289
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和质谱流式细胞术，揭示了慢性布氏锥虫感染如何诱导小鼠脑膜形成异位淋巴聚集体，并产生自身反应性B细胞和自身抗体 | 首次发现慢性布氏锥虫感染可诱导脑膜获得淋巴组织特性，形成包含成纤维网状细胞、滤泡树突状细胞、滤泡辅助T样细胞和GC样B细胞的异位淋巴聚集体，并产生识别脑抗原的高亲和力自身抗体 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；自身抗体在疾病进展中的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究慢性布氏锥虫感染对脑膜免疫景观的影响，特别是异位淋巴聚集体形成和自身免疫反应的机制 | 小鼠脑膜组织、人类脑脊液样本、布氏锥虫寄生虫 | 数字病理学 | 非洲锥虫病（昏睡病） | 单细胞转录组学、质谱流式细胞术（CyTOF）、中通量筛选、体内干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据、蛋白质筛选数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-01-09 |
The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes
2023-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002015
PMID:37983263
|
研究论文 | 本研究探讨了miR-221/222簇在调控造血干细胞静息状态和多能性中的作用，通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化 | 首次揭示miR-221/222通过抑制Fos/AP-1/IEG通路和应激样粒细胞分化来维持造血干细胞静息与多能性，为改善骨髓移植提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类HSC中miR-221/222的具体调控机制需进一步验证 | 探究miR-221/222在应激条件下对造血干细胞功能调控的分子机制 | 小鼠造血干细胞和多能祖细胞 | 分子生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序，条件性基因敲除 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠的造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-12-30 |
Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves
2023-11, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010777
PMID:38011284
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了人类胚胎动脉瓣在重塑过程中的新基因表达模式 | 首次应用空间转录组学于人类胚胎动脉瓣研究，克服了微小结构解剖难题，并识别出四个小鼠基因组中不存在且与瓣膜发育相关的新基因 | 研究仅基于CS16和CS19两个胚胎阶段，样本量有限，且未涵盖整个胚胎发育周期 | 探究人类胚胎动脉瓣在形态和遗传水平上的形成与重塑机制 | 人类胚胎动脉瓣组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类胚胎CS16和CS19阶段的动脉瓣样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-12-30 |
Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011641
PMID:37948464
|
研究论文 | 本文提出了一种名为AttentionAE-sc的新型注意力融合自编码器方法，用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类和细胞类型识别 | 通过注意力机制融合了基于零膨胀负二项分布和基于图自编码器的两种聚类策略，能够处理数据稀疏性和高维性，无需指定聚类数量 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率，也未讨论对批次效应的处理能力 | 开发一种综合性的深度学习方法，以改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 注意力机制融合的自编码器 | 基因表达数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-12-30 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
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研究论文 | 本文提出了一种名为MIGGRI的两阶段方法，利用多实例图神经网络从果蝇空间表达图像中推断基因调控网络 | 创新点包括采用多实例图神经网络模型，结合对比学习从空间表达图像中提取调控特征，并应用于半监督学习，以处理图像集合的复杂性和多实例特性 | NA | 研究目的是从空间表达图像中推断基因调控网络，以更精细地描述转录因子与靶基因之间的相互作用 | 研究对象是果蝇胚胎的空间基因表达图像 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2025-12-10 |
Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2023-11, Iranian journal of kidney diseases
IF:0.8Q4
DOI:10.52547/ijkd.7858
PMID:38043109
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研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞测序数据分析，鉴定出PHACTR4作为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示了其与肾小球内皮功能障碍和免疫浸润的关联 | 首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病中与肾小球内皮细胞功能障碍相关的关键生物标志物，并利用单细胞测序数据揭示了其在炎症反应中的调控作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏动物模型或临床样本的体内验证 | 鉴定与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据、人肾小球内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 微阵列测序, 单细胞RNA-seq, RT-PCR | LASSO逻辑回归, WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据 | GSE30528和GSE131882数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 16 | 2025-12-06 |
CellNeighborEX: deciphering neighbor-dependent gene expression from spatial transcriptomics data
2023-11-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202311670
PMID:37815040
|
研究论文 | 提出一种名为CellNeighborEX的新方法，用于从空间转录组学数据中解析细胞邻居依赖的基因表达 | 开发了一种能有效捕获不同微环境影响的新方法，通过直接细胞定位或多细胞转录组混合来分类细胞，识别与伙伴细胞类型相关的多样化基因集 | NA | 研究细胞邻居依赖的基因表达，以理解细胞间相互作用 | 小鼠胚胎、大脑和肝癌组织中的细胞 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2025-12-06 |
Imprinted genes and the manipulation of parenting in mammals
2023-11, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00644-3
PMID:37714957
|
综述 | 本文探讨了基因组印记在哺乳动物亲代抚育行为中的角色及其进化意义 | 利用单细胞RNA测序数据，揭示了印记基因与亲代抚育质量之间的双向、迭代关系 | NA | 研究基因组印记如何影响哺乳动物的亲代抚育行为及其进化背景 | 哺乳动物中的印记基因及其在亲代抚育中的作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-12-04 |
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02035-2
PMID:37813989
|
研究论文 | 本文介绍了scPoli，一种用于整合单细胞数据集以支持跨样本多尺度分析的开源学习方法 | 提出了一种开放世界学习框架，能够整合异构队列数据，学习样本和细胞的表示，适用于数据整合、标签转移和参考映射 | 未明确说明方法在处理极大规模数据集时的计算效率或特定技术限制 | 开发一种工具以整合人群水平的单细胞图谱数据，实现样本与细胞数据的关联分析 | 肺和外周血单核细胞的单细胞图谱数据，包括约780万个细胞和2375个样本 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成模型 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 约780万个细胞，来自2375个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-04 |
Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2023-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01455-9
PMID:37845544
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了小鼠前额叶皮层在细胞类型组成和基因表达模式上的独特性，并识别了调节慢性疼痛的特定神经元亚型和环路 | 首次通过空间分辨单细胞转录组分析，系统描绘了成年小鼠前额叶皮层的细胞与环路组织，并发现了其与邻近皮层区域的差异，以及神经元亚型在慢性疼痛中的特异性作用 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；空间转录组学技术可能受分辨率限制，影响细胞亚型精细识别 | 解码前额叶皮层在认知、情感、执行功能和疼痛处理等多样功能中的细胞与环路组织机制 | 成年小鼠的前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 慢性疼痛 | 空间分辨单细胞转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，基于成年小鼠前额叶皮层组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2025-12-04 |
DNA-binding protein PfAP2-P regulates parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages
2023-11, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01497-6
PMID:37884813
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了恶性疟原虫中一个关键的AP2转录因子PfAP2-P，揭示了其在疟原虫血液阶段发育、致病性和有性阶段转换中的调控作用 | 首次系统性地揭示了PfAP2-P作为上游转录调控因子，在疟原虫血液阶段发育周期中两个不同时间点的表达高峰及其对多种致病相关基因的调控机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据，体内功能验证和具体调控通路的分子机制仍需进一步探索 | 探究疟原虫血液阶段发育中转录因子对致病性的调控机制 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）及其AP2转录因子PfAP2-P | 分子生物学与寄生虫学 | 疟疾 | 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |