单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth 2023-11-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2023114032 PMID:37781951	研究论文	本研究揭示了缺氧通过诱导高尔基体解体和内质网融合，以SCAP非依赖方式激活SREBP2，从而促进骨髓来源单核细胞的胆固醇生物合成和肿瘤生长	发现了缺氧通过高尔基体-内质网融合激活SREBP2的新机制，且该过程具有谱系特异性	NA	探究缺氧条件下骨髓来源细胞中SREBP2激活的细胞机制及其在肿瘤进展中的作用	骨髓来源单核细胞、造血干细胞和单核细胞	细胞生物学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2	2025-09-18	Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2023-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01455-9 PMID:37845544	研究论文	通过空间转录组学揭示小鼠前额叶皮层在慢性疼痛调控中的独特细胞与环路组织	首次利用空间分辨单细胞转录组分析揭示PFC细胞类型组成、基因表达模式及亚区特异性，并鉴定出调控慢性疼痛的特定细胞类型与神经环路	研究局限于小鼠模型，尚未在人类或临床样本中验证	解析前额叶皮层（PFC）在多种功能（包括慢性疼痛）中的细胞与环路分子机制	成年小鼠前额叶皮层及其神经元亚型	空间转录组学	慢性疼痛	空间分辨单细胞转录组测序	NA	空间转录组数据	成年小鼠前额叶皮层样本（具体数量未明确说明）
3	2025-09-15	Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567715 PMID:38014078	研究论文	通过整合单细胞和单核RNA测序技术揭示人类胰腺α细胞的异质性及其在2型糖尿病中的转分化轨迹	首次发现人类α细胞存在五个转录组不同的亚群，并利用轨迹推断分析揭示α与β细胞双向转分化的基因特征	研究主要基于体外胰岛和移植胰岛数据，未完全模拟体内自然环境	探究人类胰腺α细胞异质性及在2型糖尿病中细胞命运转换的机制	人类胰岛细胞（来自非糖尿病供体和2型糖尿病供体）及胰岛移植物	单细胞组学	2型糖尿病	scRNA-seq, snRNA-seq, 轨迹推断分析, RNA velocity/PAGA分析	NA	单细胞转录组数据	人类非糖尿病供体和2型糖尿病供体的胰岛样本
4	2025-09-14	Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study 2023-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3535 PMID:37338187	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了与类风湿关节炎（RA）相关的铜死亡关键基因DLAT，并探讨其与免疫细胞浸润的关联	首次在RA中鉴定铜死亡相关基因特征，发现DLAT作为枢纽基因与滤泡辅助T细胞高度相关，并通过实验验证其功能	研究样本量有限，机制研究仍需深入	识别与RA发病机制相关的铜死亡枢纽基因	类风湿关节炎患者样本和永生化人软骨细胞	生物信息学	类风湿关节炎	生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序、细胞实验	NA	基因表达数据、单细胞数据	RA患者和正常样本（具体数量未说明）
5	2025-09-14	Exploration of s new biomarker in osteosarcoma and association with clinical outcomes: TOP2A+ cancer associated fibroblasts 2023-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3528 PMID:37246449	研究论文	本研究探索骨肉瘤中TOP2A+癌症相关成纤维细胞作为新型生物标志物及其与临床预后的关联	首次系统研究骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的作用，并识别出致癌性CAF亚群TOP2A+ CAFs	样本量较小（仅6例单细胞RNA测序数据），需要更大规模验证	探究骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的角色并开发预后预测模型	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序，基因集富集分析(GSEA)，LASSO回归模型	LASSO回归，列线图模型	RNA测序数据，临床数据	6例单细胞RNA测序数据，88例骨肉瘤样本的预后基因数据
6	2025-09-13	Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Nov-17, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02572-6 PMID:37978501	研究论文	利用空间转录组学技术揭示特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域的基因表达差异	首次在IPF中应用空间转录组学（GeoMx Nanostring）技术，实现比单细胞或批量RNA-Seq更高分辨率的空间转录信号解析	样本量有限（32例IPF和12例对照），且仅基于FFPE组织	解析IPF肺部病理异质性区域的转录组差异，以理解纤维化分布机制并识别潜在治疗靶点	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照组的肺组织样本	空间转录组学	特发性肺纤维化	GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling，免疫荧光染色	NA	空间转录组数据，组织图像	32例IPF患者和12例对照的FFPE组织，共231个感兴趣区域（ROIs）
7	2025-09-13	An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets 2023-11-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0130 PMID:37582230	研究论文	构建了一个胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱，基于单细胞RNA测序数据	首次提供了来自65名供体的192,203个细胞的综合参考图谱，包含多种糖尿病状态，并提供了开放访问的分析工具	NA	创建胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的规范参考资源，便于研究人员查询和用于生物信息学分析	人类胰腺胰岛细胞，包括无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病供体	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	192,203个细胞，来自65名供体
8	2025-09-09	A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567732 PMID:38014320	研究论文	本研究开发了一种模拟ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用	首次创建了ZTTK综合征的小鼠模型，并通过单细胞转录组分析揭示了SON单倍剂量不足对造血谱系分化的特异性影响	模型生物与人类疾病存在物种差异，需要进一步验证在人类中的适用性	研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能机制	ZTTK综合征小鼠模型和造血干细胞祖细胞	疾病模型研究	ZTTK综合征	单细胞转录组分析、表面标志物分析	小鼠疾病模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型进行研究
9	2025-09-01	Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data 2023-11-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03099-1 PMID:37974276	研究论文	开发了一种名为Cytomulate的CyTOF数据模拟算法，用于支持细胞计数方法的评估与开发	能够准确捕捉CyTOF数据的多种特征，并在学习整体数据分布方面优于单细胞RNA-seq方法及生成模型	NA	提供可重现且准确的CyTOF数据模拟，为方法开发和评估奠定基础	CyTOF数据	计算生物学	NA	CyTOF（飞行时间质谱流式细胞术）	生成模型	细胞计数数据	NA
10	2025-08-31	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP 2023-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43256-5 PMID:37963892	研究论文	提出一种名为BSP的非参数模型，用于从二维或三维空间转录组数据中识别空间可变基因	通过比较两个空间粒度的基因表达模式，实现维度无关且快速鲁棒的空间可变基因识别	NA	开发能够有效处理二维和三维空间转录组数据的空间可变基因识别方法	空间转录组数据中的基因表达模式	生物信息学	癌症、神经系统疾病、类风湿关节炎、肾脏疾病	空间转录组技术	非参数模型BSP	空间转录组数据	经过大量模拟测试并在多个疾病领域的实际数据中得到验证
11	2025-08-29	Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification 2023-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01685-z PMID:36879006	研究论文	提出一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法，基于模板乳化实现高效单细胞封装和条形码标记	开发了粒子模板乳化技术，仅需涡旋仪即可生成均匀液滴乳液，摆脱了对专业微流控设备和硬件的依赖	NA	开发更简单、灵活且可扩展的单细胞测序工作流程	单细胞（包括小鼠-人类混合样本、人类乳腺组织和混合表型急性白血病细胞）	基因组学	乳腺癌、急性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学测量	NA	基因组数据、转录组数据	数千个样本或数百万个细胞
12	2025-08-12	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	research paper	通过整合22个单细胞RNA测序库进行荟萃分析，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物	整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化图谱，并发现了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用	NA	研究人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞谱系	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, 基因组关联研究(GWAS), 空间成像分析	NA	单细胞RNA测序数据, 基因组数据, 空间成像数据	118,578个细胞来自22个scRNA-seq库
13	2025-07-29	CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network 2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.10.566642 PMID:38014057	研究论文	介绍了一种基于图神经网络（GNN）的细胞间通讯推断框架CGCom，利用空间转录组学数据、配体-受体信息和下游分子调控信息来预测细胞间通讯	CGCom利用细胞邻近信息和特定细胞对之间的学习，减少假阳性，提高预测准确性	目前仅在鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证，尚未在其他数据集或生物系统中测试	开发一种高精度的细胞间通讯推断方法	鼠胚胎细胞	生物信息学	NA	空间转录组学	GNN	空间转录组数据	鼠胚胎seqFISH数据集
14	2025-07-23	Proteostasis governs differential temperature sensitivity across embryonic cell types 2023-11-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.10.013 PMID:37949057	研究论文	本研究利用全动物单细胞RNA测序技术，揭示了斑马鱼胚胎在不同温度压力下细胞类型和分子程序的差异，特别关注了脊索对温度的敏感性及其机制	首次在全动物水平上应用单细胞RNA测序技术，揭示了温度压力下胚胎发育的细胞类型特异性敏感性和蛋白质稳态的关键作用	研究仅针对斑马鱼胚胎，结果在其他物种中的普适性尚不明确	探究胚胎发育过程中不同细胞类型对温度压力的敏感性差异及其分子机制	斑马鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	数百个斑马鱼胚胎个体
15	2025-07-23	Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration 2023-11, Iranian journal of kidney diseases.. IF:0.8Q4 DOI:10.52547/ijkd.7858 PMID:38043109	研究论文	本研究通过结合微阵列和单细胞测序数据分析，识别出与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物PHACTR4	首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示其与肾小球内皮功能障碍及免疫浸润的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞模型	探索糖尿病肾病中肾小球内皮细胞功能障碍的生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球内皮细胞	生物信息学	糖尿病肾病	微阵列分析，单细胞测序，WGCNA，LASSO回归，RT-PCR	LASSO回归模型	基因表达数据	GSE30528和GSE131882数据集
16	2025-07-22	Complement C1q essential for aeroallergen sensitization via CSF1R+ conventional dendritic cells type 2 2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.07.016 PMID:37562753	研究论文	本研究揭示了补体C1q通过CSF1R+常规2型树突状细胞在气源性过敏原致敏中的关键作用	首次发现C1q在CSF1R+cDC2s中的选择性富集及其通过C1q-LRP1轴介导过敏反应的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大	阐明CSF1R+cDC2s识别吸入过敏原的分子机制	小鼠肺树突状细胞和人类支气管肺泡灌洗样本	免疫学	过敏性肺部炎症	单细胞RNA测序、基因敲除模型、过敏原激发试验	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质检测数据	小鼠模型和人类BAL样本（具体数量未明确说明）
17	2025-07-21	Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad 2023-11-15, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioad096 PMID:37561446	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞测序分析，定义了斑马鱼双潜能性腺中不同关键细胞类型的出现	首次描述了斑马鱼双潜能性腺中血管和淋巴管发育的并发过程，并发现性腺中的淋巴管内皮细胞可能来源于血管内皮细胞	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚需验证	阐明斑马鱼早期双潜能性腺发育过程中关键细胞类型的出现及其相互作用	斑马鱼幼虫的双潜能性腺	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞测序分析	NA	基因表达数据、细胞成像数据	斑马鱼幼虫性腺样本（具体数量未明确说明）
18	2025-07-20	Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer 2023-11-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006 PMID:37922910	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了转移性去势敏感前列腺癌患者在抗PD-1免疫治疗和雄激素剥夺治疗联合治疗下的肿瘤微环境免疫浸润情况	首次在转移性去势敏感前列腺癌中揭示了抗PD-1免疫治疗联合雄激素剥夺治疗诱导的免疫浸润特征及其与临床结局的关联	样本量较小(来自II期临床试验)，且仅分析了特定治疗方案的响应情况	探究转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境特征及联合治疗对其的影响	转移性去势敏感前列腺癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	II期临床试验(NCT03951831)患者样本
19	2025-07-20	Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations 2023-11-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531 PMID:37948512	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、表型和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其在胸腺中的发育途径	揭示了小鼠和人类MAIT细胞在转录组和代谢状态上的显著差异，特别是在IL-17产生型(MAIT17)和IFN-γ产生型(MAIT1)亚群之间	研究主要基于小鼠和人类的MAIT细胞，可能不适用于其他物种	探究MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其发育途径	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、表型和代谢分析	NA	转录组数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但涉及多个器官的小鼠和人类MAIT细胞
20	2025-07-20	IFNɣ but not IFNα increases recognition of insulin defective ribosomal product-derived antigen to amplify islet autoimmunity 2023-11, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05991-8 PMID:37581620	研究论文	本研究探讨了早期先天细胞因子（IFNα）和晚期免疫适应性事件（IFNγ）在胰岛素缺陷核糖体产物（DRiP）衍生肽向致糖尿病CD8+ T细胞呈递中的作用	揭示了IFNγ通过诱导免疫蛋白酶体催化亚基PSMB10的表达，在胰岛素DRiP衍生肽向T细胞呈递中的关键作用，并发现PSMB10在1型糖尿病患者的胰腺中被优先破坏的β细胞亚群中上调	研究主要基于体外实验和单细胞转录组学数据，未涉及体内实验验证	阐明免疫蛋白酶体在β细胞免疫原性中的作用，为1型糖尿病治疗提供新靶点	人类胰岛β细胞系EndoC-βH1和1型糖尿病患者的胰腺组织	免疫学	1型糖尿病	单细胞转录组学、siRNA抑制、抗原肽呈递监测	NA	RNA-seq数据	单细胞RNA-seq数据集（GSE218316）