单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 413 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-07 |
Single-cell and Spatial Transcriptomics Clustering with an Optimized Adaptive K-Nearest Neighbor Graph
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562261
PMID:37905097
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研究论文 | 本文开发了一种名为aKNNO的方法，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型 | aKNNO方法能够在不牺牲丰富细胞类型聚类性能的情况下，准确发现已知和新的稀有细胞类型 | NA | 开发一种新的方法来同时识别单细胞和空间转录组学数据中的丰富和稀有细胞类型 | 单细胞和空间转录组学数据中的细胞类型 | 单细胞测序 | NA | 单细胞和空间转录组学 | 自适应k近邻图 | 转录组数据 | 38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2024-08-07 |
A lipid-associated macrophage lineage rewires the spatial landscape of adipose tissue in early obesity
2023-10-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171701
PMID:37651193
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和成像技术，探讨了小鼠饮食诱导肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞（ATM）的动态变化及其与代谢疾病发展的关系 | 首次将单细胞RNA测序与空间转录组学结合，揭示了肥胖早期脂肪组织中脂质相关巨噬细胞（LAM）前体（pre-LAM）的空间分布及其与脂肪组织功能障碍标志物的共定位 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要验证这些发现是否适用于人类 | 深入理解肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞的多样性及其在代谢疾病发展中的作用 | 脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖过程中的动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、图像数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 143 | 2024-08-05 |
Identification of CD133+ intercellsomes in intercellular communication to offset intracellular signal deficit
2023-10-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86824
PMID:37846866
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研究论文 | 本文报道了CD133在细胞间通信中的作用，以补偿细胞内信号不足 | 提出了名为'intercellsome'的细胞间结构，并发现其与CD133表达相关 | 尚未探讨CD133 intercellsomes在其他组织或不同生理环境下的行为 | 研究CD133在细胞间通信和应对细胞内信号不足中的作用 | 主要研究CD133阳性肝细胞及其在肝再生中的表现 | 数字病理 | 肿瘤相关疾病 | 单细胞RNA测序，超分辨率显微镜，电子显微镜 | NA | mRNA | 多个动物物种中的癌细胞类型和肝脏、肠脏的原器官 | NA | NA | NA | NA |
| 144 | 2024-08-04 |
Research progress on the application of single-cell sequencing in autoimmune diseases
2023-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-023-00216-9
PMID:37550409
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综述 | 该文章总结了单细胞RNA测序技术在自身免疫疾病领域的应用进展 | 提供了对单细胞RNA测序技术的发展和在自身免疫疾病研究中的应用的系统性回顾 | 尚未完全理解自身免疫疾病的病因和发病机制 | 提供对自身免疫疾病发病机制、诊断和治疗的理解参考 | 自身免疫疾病 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 145 | 2024-08-04 |
Identification of Niche-Specific Gene Signatures between Malignant Tumor Microenvironments by Integrating Single Cell and Spatial Transcriptomics Data
2023-10-31, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14112033
PMID:38002976
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研究论文 | 该文章提出了一种整合单细胞RNA测序和空间转录组数据的方法，以识别恶性肿瘤微环境中的特定基因特征 | 通过整合scRNA-seq和空间转录组数据，识别特定于细胞生态位的基因特征，展示了这一整合方法的潜力 | 未提及具体的局限性 | 旨在综合评估组织样本中的基因活性并识别细胞生态位特异性基因特征 | 研究对象包括五种癌症类型的配对或匹配的scRNA-seq和Visium平台数据 | 数字病理学 | 乳腺癌、胃肠道间质肿瘤、肝细胞癌、子宫内膜癌、卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及五种癌症类型的配对或匹配样本数据 | NA | NA | NA | NA |
| 146 | 2024-08-05 |
Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum
2023-10-03, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad124
PMID:37534924
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研究论文 | 本研究揭示了三种最常见儿童脑肿瘤的细胞起源 | 通过使用人类发育小脑地图，揭示了儿童脑肿瘤的细胞起源，提供了新的治疗靶点 | 由于仅使用正常发育人类小脑作为参考，可能无法覆盖所有变异情况 | 理解儿童脑肿瘤的起源，以识别潜在的肿瘤特异性疗法 | 主要研究三种儿童脑肿瘤：室管膜瘤、毛细胞星形胶质瘤和小脑神经母细胞瘤 | 数字病理学 | NA | 基因组变异分析，相关性分析，单细胞匹配技术 | NA | 转录组数据 | 使用了4416个肿瘤数据集，包括批量和单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2024-08-05 |
Hypoxia-Inducible Factor-1α in SM22α-Expressing Cells Modulates Alveolarization
2023-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0045OC
PMID:37290124
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研究论文 | 本文研究了HIF-1α在SM22α表达细胞中的作用对肺泡化的影响 | 文章创新性地探讨了HIF-1α在特定间充质细胞亚群中调节出生后肺泡化的机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全推及人类 | 研究HIF-1α在SM22α表达细胞中的功能及其对肺发育的影响 | 以SM22α-表达细胞为对象，分析其在肺泡化中的作用 | 数字病理学 | 慢性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用了小鼠模型和早产儿样本 | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2024-08-05 |
Spatial Single Cell Analysis of Proteins in 2D Human Gastruloids Using Iterative Immunofluorescence
2023-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.915
PMID:37882990
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研究论文 | 本文描述了一种迭代免疫荧光协议和计算管道，用于在2D人类胚层模型中分析蛋白质的空间模式形成 | 提出的迭代免疫荧光协议实现了比标准免疫荧光技术更高的多重测量能力，并能够同时分析27种蛋白质 | 未详细讨论方法在实际生物样本中的应用限制 | 揭示细胞信号如何在时间和空间上共同指示细胞命运 | 主要研究2D人类胚层的细胞及其在不同信号通路下的蛋白质表达 | 数字病理学 | NA | 免疫荧光 | NA | 图像 | 超过27种蛋白质的单细胞表达聚类分析 | NA | NA | NA | NA |
| 149 | 2024-08-05 |
IL-1β inhibition partially negates the beneficial effects of diet-induced lipid lowering
2023-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562255
PMID:37873280
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研究论文 | 本研究探讨了IL-1β抑制对饮食诱导的脂质降低效果的部分抵消作用 | 研究揭示了IL-1β在饮食诱导的斑块负担减少和斑块稳定性提高中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全适用于人类 | 探讨饮食改变对动脉粥样硬化病变的影响及其机制 | 采用Apoe-/-小鼠作为研究对象，以分析饮食对动脉粥样硬化病变的影响 | 医学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, CyTOF, 免疫染色, 高分辨率共聚焦显微镜z堆叠分析 | NA | 组织样本 | Apoe-/-小鼠，18周喂养西方饮食后切换到低脂饮食 | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2024-08-04 |
TIMP1 is an early biomarker for detection and prognosis of lung cancer
2023-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1391
PMID:37759102
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研究论文 | 本文研究了TIMP1作为肺癌早期生物标志物的潜力 | 首次将TIMP1确定为肺癌早期生物标志物，并验证其在临床样本中的有效性 | 研究主要依赖于小鼠模型和已公开的数据，可能需要更大范围的人类临床验证 | 确定TIMP1在肺癌早期检测和预后中的作用 | KrasG12D/+; Lkb1f/f小鼠模型及肺癌患者的血浆样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组织化学(IHC)、单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | 小鼠模型 | 血浆、肿瘤组织 | 包含小鼠模型与临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2024-08-05 |
Cancer cell-derived extracellular vesicles drive pre-metastatic niche formation of lymph node via IFNGR1/JAK1/STAT1-activated-PD-L1 expression on FRCs in head and neck cancer
2023-10, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 本研究评估了癌细胞来源的细胞外囊泡（CEVs）调节的成纤维网状细胞（FRCs）在淋巴结（LN）前转移生态位形成中的作用 | 发现癌细胞来源的细胞外囊泡通过IFNGR1/JAK1/STAT1通路促进FRCs上PD-L1的表达，进而导致CD8+ T细胞耗竭 | 本研究仅基于有限的样本数量，需进一步验证 | 评估癌细胞来源的细胞外囊泡在前转移生态位形成中的角色 | 来自20例癌症患者的60个新鲜颈部淋巴结中的FRCs | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序、质谱分析、蛋白质印迹法 | NA | 细胞、蛋白质 | 60个颈部淋巴结样本来自20位患者 | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2024-08-07 |
Correction to: Implanted Tissue-Engineered Vascular Graft Cell Isolation with Single-Cell RNA Sequencing Analysis, by Mirhaidari et al. Tissue Engineering Part C: Methods 2023;29(2):72-84; doi: 10.1089/ten.tec.2022.0189
2023-Oct, Tissue engineering. Part C, Methods
DOI:10.1089/ten.tec.2022.0189.correx
PMID:37672627
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2024-08-05 |
Endothelial cells are a key target of IFN-g during response to combined PD-1/CTLA-4 ICB treatment in a mouse model of bladder cancer
2023-Oct-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107937
PMID:37810214
|
研究论文 | 本研究探讨了在膀胱癌小鼠模型中，内皮细胞如何响应联合PD-1/CTLA-4免疫检查点抑制治疗 | 揭示了内皮细胞中IFN-g信号传导在免疫检查点抑制诱导的抗肿瘤活性中的关键作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能限制了对人类疾病的直接应用 | 探索不同细胞类型对联合PD-1/CTLA-4免疫检查点抑制治疗的响应机制 | 侵袭性尿路上皮癌小鼠模型中的肿瘤细胞及内皮细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | scRNA-seq | NA | 表格数据 | 三种条件下的细胞样本：未治疗肿瘤、治疗肿瘤、CD4 T细胞耗竭后治疗的肿瘤 | NA | NA | NA | NA |
| 154 | 2024-08-05 |
Uncovering the Heterogeneity of Cardiac Lin-KIT+ Cells: A scRNA-seq Study on the Identification of Subpopulations
2023-10-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad057
PMID:37539750
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析心脏Lin-KIT+细胞的异质性及其亚群体。 | 该研究揭示并分类了心脏KIT细胞的三种主要亚群体及其独特的代谢适应性。 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类心脏细胞的特性。 | 揭示心脏Lin-KIT+细胞的异质性并识别其亚群体及标记物。 | 成年小鼠心脏来源的细胞群体。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 成年小鼠心脏细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-08-07 |
Stromal STAT5-Mediated Trophic Activity Regulates Hematopoietic Niche Factors
2023-10-08, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad055
PMID:37465968
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研究论文 | 研究通过STAT5ab敲除小鼠模型，探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响 | 首次揭示了STAT5ab在骨髓微环境中对造血干细胞分化的调控作用，并通过单细胞转录组分析验证了其机制 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 探讨STAT5在骨髓造血微环境中的作用及其对造血干细胞的影响 | STAT5ab敲除小鼠模型及其对骨髓造血微环境的影响 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | mRNA表达 | 多种Cre转基因小鼠品系 | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2024-08-07 |
Lamin A upregulation reorganizes the genome during rod photoreceptor degeneration
2023-10-25, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06224-x
PMID:37880237
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研究论文 | 研究了核纤层在杆状光感受器退化过程中对基因组组织的作用 | 首次展示了在视网膜色素变性模型中，核纤层蛋白A的异常上调与基因组可及性的增加相关，表明异染色质锚定蛋白对基因组可及性有全局影响 | 研究主要集中在杆状光感受器，未涉及其他类型的光感受器或细胞类型 | 探讨核纤层在神经退行性疾病中对基因组组织的影响 | 杆状光感受器及其在视网膜色素变性中的退化过程 | NA | 视网膜色素变性 | scRNA-seq, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-08-04 |
A Population of Tumor-Infiltrating CD4+ T Cells Co-Expressing CD38 and CD39 Is Associated with Checkpoint Inhibitor Resistance
2023-10-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0653
PMID:37505479
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研究论文 | 本研究探讨了一种共表达CD38和CD39的肿瘤浸润CD4+ T细胞人口及其与检查点抑制剂抗性的关系 | 发现了一种新的人群CD4+ T细胞共同表达CD38和CD39，并关联到检查点免疫治疗抗性 | 未详细描述具体的机制或治疗干预措施 | 进一步研究CD38+CD39+ T细胞与转移黑色素瘤患者检查点免疫治疗抗性之间的关系 | 来自转移性黑色素瘤患者的外周血T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA数据及免疫荧光成像数据 | 来自转移性黑色素瘤患者的外周血和肿瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-08-04 |
Friend or foe? The elusive role of hepatic stellate cells in liver cancer
2023-10, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-023-00821-z
PMID:37550577
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综述 | 本文讨论了肝星形细胞在肝癌中的双重角色 | 揭示了肝星形细胞亚群在肝纤维化和肝癌发展中的不同作用 | NA | 探讨肝星形细胞在肝纤维化及肝癌进展中的作用 | 肝星形细胞及其在肝癌中的不同亚群 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2024-08-07 |
Longitudinal scRNA-seq analysis in mouse and human informs optimization of rapid mouse astrocyte differentiation protocols
2023-10, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01424-2
PMID:37697111
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研究论文 | 本研究利用单细胞/单核RNA测序技术分析了超过298,000个细胞和细胞核，以优化小鼠和人类星形胶质细胞的分化协议 | 通过计算方法识别了参与胶质细胞命运指定的候选基因，并利用转录组数据优化了小鼠星形胶质细胞分化协议，缩短了协议长度和复杂性 | NA | 优化小鼠和人类星形胶质细胞的分化协议 | 小鼠胚胎和人类诱导多能干细胞中的星形胶质细胞和少突胶质细胞的分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞/单核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过298,000个细胞和细胞核 | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-08-05 |
Tissue morphology influences the temporal program of human brain organoid development
2023-10-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.09.003
PMID:37802039
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研究论文 | 本文研究了组织形态如何影响人脑类器官的发展时间程序 | 创新点在于揭示了组织形态对细胞命运决策的影响，并通过单核RNA测序和空间转录组学分析了这种相互作用 | 研究的局限性在于实验模型的复杂性可能影响结果的推广性 | 研究的目的是探讨组织形态如何影响细胞命运和组织架构的相互作用 | 研究对象为人类脑类器官及其发育过程中的细胞命运变化 | 数字病理 | NA | snRNA-seq 和空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |