单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 415 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-07 |
Mycobacterium tuberculosis infection drives differential responses in the bone marrow hematopoietic stem and progenitor cells
2023-10-17, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00201-23
PMID:37754680
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研究论文 | 研究了结核分枝杆菌感染对骨髓造血干细胞和祖细胞的不同反应 | 首次揭示了耐药突变对结核分枝杆菌感染后造血系统反应的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨结核分枝杆菌感染对造血干细胞和祖细胞的影响 | 骨髓中的造血干细胞和祖细胞 | NA | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞 |
| 142 | 2024-08-07 |
The mycosis fungoides cutaneous microenvironment shapes dysfunctional cell trafficking, antitumor immunity, matrix interactions, and angiogenesis
2023-10-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.170015
PMID:37669110
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了晚期蕈样肉芽肿皮肤肿瘤的肿瘤微环境（TME）中的转录组，揭示了恶性T淋巴细胞与皮肤微环境中的非恶性免疫和基质细胞、细胞因子及其他免疫调节因子的相互作用。 | 研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了蕈样肉芽肿皮肤肿瘤微环境中的细胞类型组成、细胞功能及细胞间的相互作用，这些发现与健康皮肤及良性皮肤病有显著差异。 | 研究主要集中在晚期蕈样肉芽肿的皮肤肿瘤微环境，可能不适用于疾病早期或其他阶段的分析。 | 探索蕈样肉芽肿中恶性T淋巴细胞与皮肤肿瘤微环境之间的相互作用，并识别具有治疗潜力的候选分子。 | 蕈样肉芽肿的皮肤肿瘤微环境及其中的免疫和基质细胞。 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个晚期蕈样肉芽肿患者样本 |
| 143 | 2024-08-07 |
Single-cell allele-specific expression analysis reveals dynamic and cell-type-specific regulatory effects
2023-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42016-9
PMID:37813843
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研究论文 | 本文介绍了DAESC方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的差异等位特异性表达，并通过模拟和实际数据验证了其统计行为。 | DAESC方法能够处理来自同一个体的细胞间的非独立性，并整合隐式单体型分相，为单细胞等位特异性表达分析提供了一种强大的工具。 | NA | 研究单细胞水平上的差异等位特异性表达，揭示基因表达调控的动态和细胞类型特异性效应。 | 单细胞RNA测序数据中的差异等位特异性表达。 | 基因组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 105个诱导多能干细胞（iPSC）系和2型糖尿病患者及对照组的胰腺内分泌细胞。 |
| 144 | 2024-08-04 |
Lineage commitment of dermal fibroblast progenitors is controlled by Kdm6b-mediated chromatin demethylation
2023-10-04, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023113880
PMID:37602956
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研究论文 | 本研究阐明了真皮成纤维细胞前体的分化机制 | 首次揭示了Kdm6b介导的染色质去甲基化在真皮成纤维细胞前体分化中的作用 | 尚未探讨其他潜在的表观遗传机制对DFP分化的影响 | 定义真皮成纤维细胞前体状态及其分化潜力的调控机制 | 真皮成纤维细胞前体及其分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 同种异体移植 | 小鼠 | 基因表达数据 | 多个小鼠样本，具体数量未提及 |
| 145 | 2024-08-05 |
Gene Expression Within a Human Choroidal Neovascular Membrane Using Spatial Transcriptomics
2023-10-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.13.40
PMID:37878301
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研究论文 | 本研究空间分析了健康视网膜、视网膜色素上皮和脉络膜中的基因表达，并描述了在黄斑新生血管形成中失调的一组候选分子 | 首次使用空间转录组学在黄斑新生血管中的不同细胞类型上分析基因表达变化 | 对不同细胞类型在病理过程中的失调理解仍然有限 | 研究黄斑新生血管中的基因表达变化及相关细胞类型的失调 | 人类供体的黄斑新生血管样本与健康对照样本 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个人类供体眼及一个健康对照供体 |
| 146 | 2024-08-04 |
Single-Cell Characterization of Pulmonary Nodules Implicates Suppression of Immunosurveillance across Early Stages of Lung Adenocarcinoma
2023-10-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0128
PMID:37477508
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研究论文 | 该文章主要研究了肺腺癌早期阶段的免疫监视抑制现象 | 通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤浸润自然杀伤细胞和自然杀伤T细胞的细胞毒活性相关基因表达显著降低 | 未在抽象中提到具体的样本量和更多的临床验证数据 | 深入理解肺腺癌早期发展的分子、细胞和免疫学变化 | 评估外科切除的肺结节，代表早期肺腺癌的光谱以及相关的正常肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，复合免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | 外科切除的肺结节样本和相关的正常肺组织 |
| 147 | 2024-08-04 |
The promising application of cell-cell interaction analysis in cancer from single-cell and spatial transcriptomics
2023-10, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2023.07.001
PMID:37454878
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综述 | 文章讨论了细胞间相互作用分析在癌症研究中的应用，特别是单细胞转录组学和空间转录组学的工具和方法 | 介绍了从非空间单细胞RNA测序中推断细胞-细胞相互作用的快速发展的计算工具，以及空间转录组数据的有限但逐渐增多的方法 | 空间转录组学数据的相关方法仍然有限 | 探讨细胞-细胞相互作用在癌症发展中的作用以及相关分析工具 | 单细胞转录组学和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 148 | 2024-08-04 |
Suppression of FOXO1 attenuates inflamm-aging and improves liver function during aging
2023-10, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13968
PMID:37602516
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研究论文 | 本研究探讨了FOXO1在衰老过程中对肝脏功能和炎症的影响 | 发现FOXO1在衰老小鼠肝脏中活性显著增加，其抑制可以缓解衰老引起的肝脏炎症和功能障碍 | FOXO1抑制对单核细胞衍生巨噬细胞功能静止的影响有限 | 研究衰老如何通过影响肝脏巨噬细胞引起肝功能变化的分子机制 | 使用小鼠模型研究老年小鼠肝脏的炎症和功能状态 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 老年小鼠 |
| 149 | 2024-08-05 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Oct, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010983
PMID:37862362
|
研究论文 | 提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于分析空间转录组数据中的基因空间异质性 | SMASH在计算需求和统计能力之间取得了平衡，解决了现有方法的不足 | 现有方法在计算需求或统计能力上存在显著缺陷 | 旨在识别与细胞/点的空间位置共变的基因 | 研究对象为空间可变基因（SVGs），这些基因在不同组织中的表达水平与细胞位置相关 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 转录组数据 | 四个不同平台的空间转录组数据集 |
| 150 | 2024-08-07 |
A Drosophila glial cell atlas reveals a mismatch between transcriptional and morphological diversity
2023-Oct, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002328
PMID:37862379
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研究论文 | 本文通过分析果蝇中枢神经系统中胶质细胞的单细胞RNA测序数据，探讨了胶质细胞形态与转录特征之间的关系 | 发现了新的形态学和转录学上独特的表面胶质细胞群体，并揭示了胶质细胞在形态学上的多样性超过转录学上的多样性 | 许多胶质细胞的形态学类别无法通过转录学区分，且胚胎和成年星形胶质细胞在转录学上相似 | 研究胶质细胞形态与转录特征之间的关系 | 果蝇中枢神经系统中的胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包含胚胎腹部神经索和成年视叶两个不同发育阶段的组织 |
| 151 | 2024-08-07 |
S100a9 Protects Against the Effects of Repeated Social Defeat Stress
2023-Oct, Biological psychiatry global open science
DOI:10.1016/j.bpsgos.2022.12.002
PMID:37881565
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研究论文 | 本研究探讨了S100a9在重复社交挫败应激（RSDS）模型中对炎症和氧化还原状态的影响 | 发现缺失钙卫蛋白显著增强了T淋巴细胞的代谢需求，表明该蛋白可能在线粒体调控中发挥未被描述的作用 | 研究仅限于小鼠模型，未来需在人类中验证这些发现 | 探究心理创伤后炎症和氧化还原状态的机制 | S100a9基因和钙卫蛋白在心理创伤后的作用 | NA | 创伤后应激障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 186只小鼠（93只对照，93只RSDS） |
| 152 | 2024-08-07 |
Virally encoded interleukin-6 facilitates KSHV replication in monocytes and induction of dysfunctional macrophages
2023-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011703
PMID:37883374
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研究论文 | 本研究探讨了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）通过其编码的病毒性白细胞介素-6（vIL-6）在单核细胞中促进病毒复制和诱导功能失调的巨噬细胞的机制 | 首次展示了vIL-6在KSHV感染单核细胞中的关键作用，以及其如何通过诱导功能失调的巨噬细胞来维持病毒池 | NA | 揭示KSHV如何通过vIL-6增加感染细胞数量，为治疗KSHV相关疾病提供关键机制 | KSHV感染的单核细胞及其向巨噬细胞的分化 | NA | 卡波西肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 153 | 2024-08-07 |
Identification of Cell Type-Specific Effects of DNMT3A Mutations on Relapse in Acute Myeloid Leukemia
2023-Oct-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2023.0093
PMID:37853686
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性髓系白血病（AML）不同阶段（诊断、完全缓解和复发）的骨髓单个核细胞，以探索DNMT3A突变在细胞类型特异性效应及其对AML复发的影响 | 本研究通过改进R882突变的靶向单细胞RNA测序检测，发现了从完全缓解到复发期间主要残留的突变细胞类型，并揭示了这些细胞与AML和白血病细胞相关的基因特征 | NA | 探索DNMT3A突变在急性髓系白血病中的细胞类型特异性效应及其对复发的影响 | 急性髓系白血病患者的骨髓单个核细胞 | 数字病理学 | 血液病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自同一患者在不同AML阶段的骨髓单个核细胞 |
| 154 | 2024-08-05 |
DNA-GPS: A theoretical framework for optics-free spatial genomics and synthesis of current methods
2023-10-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.08.005
PMID:37751737
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研究论文 | 本文提出了一种名为DNA-GPS的理论框架，用于无光学的空间基因组学 | 提出DNA-GPS这一新框架，结合数学制图和位置索引的思路，实现了大规模的无光学空间基因组学 | 讨论了当前空间基因组学技术在分辨率和规模上的权衡及其局限性 | 旨在为大规模无光学空间基因组学提供理论基础 | 对现有空间基因组学技术进行分类并进行分析 | 数字病理学 | NA | NA | 数学制图 | 分子特征数据 | NA |
| 155 | 2024-08-07 |
Landscape of mast cell populations across organs in mice and humans
2023-10-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230570
PMID:37462672
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research paper | 本文通过结合全组织成像和单细胞RNA测序数据，对小鼠和人类在稳态下的MCs进行了跨器官分析 | 首次在全器官水平上分析了小鼠和人类的MCs亚型，并揭示了不同亚型的转录组核心特征 | NA | 研究小鼠和人类不同器官中肥大细胞（MCs）的分布和特征 | 小鼠和人类的肥大细胞（MCs）及其亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类的多个器官 |
| 156 | 2024-08-07 |
miR-126 identifies a quiescent and chemo-resistant human B-ALL cell subset that correlates with minimal residual disease
2023-10, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-023-02009-5
PMID:37640845
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研究论文 | 研究探讨了微小RNA-126（miR-126）在B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中的作用，发现miR-126高表达的细胞亚群具有化疗抵抗和静止状态的特征，与最小残留病相关。 | 首次揭示了miR-126在B-ALL中的作用，及其与化疗抵抗和疾病持续的关系。 | 研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能与临床实际情况存在差异。 | 探究miR-126在B-ALL中的作用及其与化疗抵抗和疾病持续的关系。 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞及其亚群。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8/9个患者来源的异种移植模型，多个成人和儿童B-ALL队列。 |
| 157 | 2024-08-05 |
Integrated Machine Learning and Bioinformatic Analyses Constructed a Network Between Mitochondrial Dysfunction and Immune Microenvironment of Periodontitis
2023-Oct, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-023-01851-0
PMID:37311930
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研究论文 | 这项研究揭示了线粒体功能障碍与牙周炎免疫微环境之间的相互作用 | 首次通过集成机器学习和生物信息学分析建立了线粒体功能障碍与牙周炎免疫微环境之间的网络 | 研究依赖公共数据库，可能受到数据质量和选择的限制 | 揭示线粒体功能障碍与牙周炎免疫微环境的交互作用 | 重点研究牙周炎患者中的线粒体功能障碍与免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞测序，集成机器学习算法，人工神经网络 | 人工神经网络 | 公共数据，单细胞测序数据 | NA |
| 158 | 2024-08-07 |
Multimodal single-cell datasets characterize antigen-specific CD8+ T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection
2023-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01608-9
PMID:37735591
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研究论文 | 本研究利用多模态测序技术对mRNA疫苗BNT162b2接种前后循环人白细胞进行纵向分析，以表征和量化T细胞反应 | 本研究定义了CD8 T细胞的转录组、可及染色质景观和免疫表型，并识别了每种模态中的独特生物标志物 | NA | 研究SARS-CoV-2感染或疫苗接种后抗原特异性CD8+ T细胞的特征 | SARS-CoV-2疫苗接种和感染后的抗原特异性CD8+ T细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 多模态测序技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 接种mRNA疫苗BNT162b2前后收集的循环人白细胞样本 |
| 159 | 2024-08-05 |
Single-cell profiling reveals unique features of diabetogenic T cells in anti-PD-1-induced type 1 diabetes mice
2023-10-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221920
PMID:37432393
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研究论文 | 该文章探讨了抗PD-1诱导的1型糖尿病小鼠中糖尿病T细胞的独特特征 | 首次比较了抗PD-1诱导的1型糖尿病与自发性1型糖尿病之间的差异 | 研究结果主要基于小鼠模型，可能无法完全转化到人类 | 了解抗PD-1治疗引发的免疫相关不良事件的特征 | 使用非肥胖型糖尿病小鼠的胰腺、胰腺引流淋巴结和血液中的T细胞 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序和TCR测序 | NA | 细胞 | 使用了NOD小鼠的多种样本，包括来自胰腺和血液的T细胞 |
| 160 | 2024-08-05 |
Integrating spatial transcriptomics data across different conditions, technologies and developmental stages
2023-Oct, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00528-w
PMID:38177758
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研究论文 | 本文介绍了一种称为STAligner的图注意神经网络，用于整合和对齐空间转录组数据集 | 创新点在于STAligner能够实现空间意识的数据整合和下游比较分析 | 本文未提及特定的局限性 | 研究不同条件、技术和发育阶段下的空间转录组数据整合 | 研究对象包括人类皮层切片、小鼠嗅球切片、小鼠海马组织切片以及小鼠器官发生的时空图集 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 图注意神经网络 | 切片数据 | 涉及人类和小鼠的多个样本切片 |