单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 415 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-04 |
Meta-Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data Reveals the Mechanism of Formation and Heterogeneity of Tertiary Lymphoid Organ in Vascular Disease
2023-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.318762
PMID:37589134
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meta-analysis | 本文通过单细胞RNA测序数据分析了血管疾病中三级淋巴器官的形成机制及其异质性 | 首次系统性研究了血管疾病模型中三级淋巴器官的存在及其生长环境 | 未详细描述不同血管疾病模型各自的具体机制 | 探索不同血管疾病中三级淋巴器官的存在及其形成机制 | 分析28个单细胞RNA测序数据集，涉及5种血管疾病模型 | 数字病理学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq | 28个单细胞RNA测序数据集 |
| 122 | 2024-08-07 |
The parenting hub of the hypothalamus is a focus of imprinted gene action
2023-10, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010961
PMID:37856383
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法，利用单细胞RNA测序数据，研究了印记基因在调控亲代行为中的作用，特别是在下丘脑的亲代行为中枢中的表达情况。 | 首次发现并验证了印记基因Magel2在下丘脑亲代行为中枢中的表达，及其对亲代行为的调控作用。 | 研究仅限于Magel2基因，未涵盖所有印记基因在亲代行为中的作用。 | 探讨印记基因在调控亲代行为中的作用及其在下丘脑亲代行为中枢中的表达。 | 印记基因Magel2及其在下丘脑亲代行为中枢中的表达和功能。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | Magel2-null(+/p)小鼠的母鼠、父鼠和未交配雌鼠 |
| 123 | 2024-08-07 |
The developmental hierarchy and scarcity of replicative slender trypanosomes in blood challenges their role in infection maintenance
2023-10-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2306848120
PMID:37824530
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研究论文 | 本文通过实验证明在急性与慢性感染的小鼠中，细胞周期停滞是不可逆的，并通过复制能力分析和单细胞转录组分析揭示了时间层次结构 | 本文首次展示了在感染建立后，血液中的增殖寄生虫异常稀少，这挑战了血液寄生虫通过增殖或抗原变异维持感染的能力 | NA | 探讨寄生虫在宿主体内的发展层次及其在感染维持中的作用 | 寄生虫的细胞周期停滞及其在感染中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠实验 |
| 124 | 2024-08-04 |
Developmental estrogen exposure in mice disrupts uterine epithelial cell differentiation and causes adenocarcinoma via Wnt/β-catenin and PI3K/AKT signaling
2023-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002334
PMID:37856394
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研究论文 | 本研究探讨了发育期雌激素接触如何通过Wnt/β-catenin和PI3K/AKT信号通路影响子宫上皮细胞的分化并导致腺癌 | 本研究首次揭示了从发育期接触内分泌干扰化学物质到成人癌症发展的机制路径 | 研究主要基于小鼠模型，可能存在物种间差异的局限性 | 本研究旨在探究在发育期接触环境因素如何影响癌症风险及其机制 | 研究对象是小鼠模型，特别关注子宫腺癌及相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 125 | 2024-08-07 |
Cross-species analysis of transcriptome emphasizes a critical role of TNF-α in mediating MAP2K7/AKT2 signaling in zearalenone-induced apoptosis
2023-10-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132226
PMID:37549580
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研究论文 | 本研究通过跨物种转录组分析，探讨了玉米赤霉烯酮（ZEN）诱导的细胞凋亡中TNF-α介导的MAP2K7/AKT2信号通路的关键作用 | 首次综合运用比较转录组分析、单细胞转录组分析和加权基因共表达网络分析（WGCNA），结合体内基因敲除和体外RNA干扰技术，揭示了ZEN诱导的细胞凋亡中TNF-α-MAP2K7/AKT2轴的主要信号通路 | NA | 探究ZEN诱导的细胞凋亡机制，并为因ZEN导致的畜牧业和人类生殖健康损失提供新的潜在治疗靶点 | 猪和鼠的颗粒细胞（pGCs和mGCs） | 数字病理学 | 生殖健康风险 | 比较转录组分析、单细胞转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因敲除、RNA干扰 | NA | 转录组数据 | 涉及猪和鼠的颗粒细胞 |
| 126 | 2024-08-04 |
Genetic vulnerability to Crohn's disease reveals a spatially resolved epithelial restitution program
2023-10-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg5252
PMID:37878672
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研究论文 | 本文解剖了肠黏膜愈合反应，通过单细胞分辨率绘制细胞间通信图谱并与空间转录组学结合 | 揭示了与克罗恩病相关的遗传变异如何破坏损伤感知通路，在愈合机制上提供了空间分辨的生物学模型 | 主要使用小鼠模型进行研究，可能与人类的生物学过程存在差异 | 研究肠道组织修复过程中的细胞间通信与信号传导机制 | 研究对象为克罗恩病相关的HGFAC基因变异及其在小鼠模型中的表现 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 空间转录组学，单细胞转录组学 | 器官oid共培养模型 | 细胞数据 | 使用R509H小鼠模型进行实验 |
| 127 | 2024-08-07 |
Pseudo-Label Guided Structural Discriminative Subspace Learning for Unsupervised Feature Selection
2023-Oct-06, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2023.3319372
PMID:37796670
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研究论文 | 本文提出了一种名为伪标签引导结构判别子空间学习（PSDSL）的无监督特征选择新方法 | 该方法将概率图构建引入特征选择学习过程，形成一个统一的框架，并设计了伪标签引导学习机制，结合基于图的方法和最大化类间散布矩阵的思想，构建了能提高所选特征判别性的目标函数 | 传统的特征选择策略使用l-范数面临稀疏性限制和参数调整的挑战 | 提出一种新的无监督特征选择方法，以提高特征选择的判别性和稳定性 | 无监督特征选择方法 | 机器学习 | NA | l-范数约束 | NA | 基因数据 | 九个真实世界数据集和三个生物ScRNA-seq基因数据集 |
| 128 | 2024-08-04 |
A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf7044
PMID:37824643
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研究论文 | 本文探讨了人脑中单细胞的染色质可及性及其对神经精神障碍的影响 | 通过snATAC-seq技术，揭示了107种不同细胞类型及其在基因组中使用的候选顺式调控DNA元素 | 研究仅限于三名成年人的样本，可能影响结果的普遍性 | 研究人脑中细胞身份和功能的调控程序 | 分析来自三名成人的42个脑区的111万个细胞 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | snATAC-seq | 深度学习模型 | 细胞数据 | 3名成年人的42个脑区，合计111万个细胞 |
| 129 | 2024-08-04 |
Ancestry-specific regulatory and disease architectures are likely due to cell-type-specific gene-by-environment interactions
2023-Oct-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.20.23297214
PMID:37905038
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq数据，分析了东亚和欧洲血缘个体的基因表达差异，探讨了这些差异对疾病变异的影响 | 首次通过单细胞层面的分析阐明了血缘特异的基因表达和疾病变异之间的相互作用 | 研究仅限于少数血缘背景，需要更多样本来验证结果 | 研究血缘特异性基因与环境交互对疾病变异的影响 | 21名东亚血缘和23名欧洲血缘个体的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 复杂性疾病 | 单细胞RNA-seq | NA | 细胞数据 | 44个个体的172K单细胞 |
| 130 | 2024-08-04 |
Sibling chimerism among microglia in marmosets
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.16.562516
PMID:37904944
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研究论文 | 本研究分析了在绒猴中微胶质细胞的兄弟嵌合现象 | 揭示了绒猴中微胶质细胞的兄弟来源嵌合性是由血液来源细胞引起的，且这种现象在不同脑区之间存在显著变异 | 只分析了特定几种组织和动物，可能限制了结果的普适性 | 研究兄弟嵌合对绒猴中微胶质细胞的影响及其与局部环境的关系 | 绒猴的血液、肝脏、肾脏和多个脑区的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 多只绒猴的多个组织样本 |
| 131 | 2024-08-07 |
Increased epithelial mTORC1 activity in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562288
PMID:37904989
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研究论文 | 本研究探讨了慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中上皮细胞mTORC1活性的增加及其在炎症维持中的作用 | 首次揭示了mTORC1在CRSwNP中调控糖酵解程序的作用，并发现上皮细胞表达的细胞因子和伤口愈合相关基因可能是其后续效应 | NA | 旨在通过转录组评估不同分化阶段的上皮细胞，定义上皮细胞维持气道炎症的机制 | 成人慢性鼻窦炎患者的筛窦上皮细胞 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 来自慢性鼻窦炎患者的筛窦上皮细胞被分为3个子集进行分析 |
| 132 | 2024-08-07 |
Transcriptional regulators of arterial and venous identity in the developing mammalian embryo
2023-Oct, Current opinion in physiology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.cophys.2023.100691
PMID:38328689
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综述 | 本文综述了在哺乳动物胚胎发育过程中，动脉和静脉身份的转录调控机制 | 强调了转录调控在动脉和静脉分化中的重要性，并揭示了内皮细胞中规范化的机制和调控 | NA | 探讨内皮细胞如何获得动脉和静脉身份以及不同转录因子在此过程中的作用 | 内皮细胞的动脉和静脉身份 | NA | NA | 单细胞RNA测序，细胞系追踪 | NA | RNA | NA |
| 133 | 2024-08-05 |
Single-cell profiling coupled with lineage analysis reveals vagal and sacral neural crest contributions to the developing enteric nervous system
2023-10-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.79156
PMID:37877560
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研究论文 | 本研究揭示了迷走和骶神经嵴对发育中的肠神经系统的贡献 | 首次结合单细胞转录组学与特定轴水平的谱系追踪比较了鸡胚中两种神经嵴细胞的贡献 | 研究集中于鸟类胚胎，可能无法直接推导到其他物种 | 研究迷走神经嵴和骶神经嵴在肠神经系统中的贡献 | 鸡胚胎中的迷走和骶神经嵴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA |
| 134 | 2024-08-04 |
Cell-intrinsic and -extrinsic effects of SARS-CoV-2 RNA on pathogenesis: single-cell meta-analysis
2023-10-24, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00375-23
PMID:37737611
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序对人类COVID-19进行高分辨率元分析，探索了SARS-CoV-2 RNA对病理的细胞内和细胞外影响 | 研究报告了在多种细胞类型中病毒RNA的传播，以及K18-hACE2小鼠模型最接近人类COVID-19的创新发现 | 某些预临床模型如雪貂和猕猴对人类疾病的模拟效果较差 | 评估预临床模型是否成功模拟严重COVID-19的细胞内外效应 | 五种动物模型以及人类COVID-19患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 新冠肺炎 | 单细胞RNA测序 | K18-hACE2小鼠模型 | 基因表达数据 | 六个公开的单细胞RNA-seq数据集 |
| 135 | 2024-08-04 |
Itaconate-producing neutrophils regulate local and systemic inflammation following trauma
2023-Oct-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169208
PMID:37707952
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研究论文 | 这篇文章探讨了生产异羟酸的中性粒细胞在创伤后的局部和系统性炎症中的调节作用 | 发现了在创伤后主要由成熟的中性粒细胞产生异羟酸，并展示了异羟酸对创伤愈合的潜在治疗效果 | 尚未讨论异羟酸在其他类型创伤中的作用 | 评估异羟酸在肌腱损伤愈合中的作用及其机制 | 关注创伤后免疫反应与细胞代谢之间的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 代谢组数据 | NA |
| 136 | 2024-08-07 |
Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis
2023-10-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01728-6
PMID:37858214
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMayoMap的单细胞RNA测序数据分析工具，用于细胞类型注释 | 开发了一个全面的细胞标记数据库scMayoMapDatabase和一个易于使用的R包scMayoMap，提供快速准确的细胞类型注释 | NA | 开发一个用户友好且精确的单细胞RNA测序数据注释工具 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 48个独立的单细胞RNA测序数据集 |
| 137 | 2024-08-07 |
CRISPR/Cas9-based depletion of 16S ribosomal RNA improves library complexity of single-cell RNA-sequencing in planarians
2023-Oct-20, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09724-4
PMID:37864134
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研究论文 | 本文研究了使用CRISPR/Cas9技术去除16S核糖体RNA对扁形动物单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 首次证明了物理去除16S核糖体RNA能有效提高单细胞RNA测序文库的复杂性，并优于计算机方法去除 | NA | 探讨物理去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 扁形动物的单细胞RNA测序文库 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 30个单引导RNA |
| 138 | 2024-08-05 |
GoM DE: interpreting structure in sequence count data with differential expression analysis allowing for grades of membership
2023-10-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03067-9
PMID:37858253
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研究论文 | 本研究提出了一种新的差异表达分析方法，用于从单细胞测序数据集中识别结构 | 引入了允许细胞部分归属多个组的差异表达分析方法，称为GoM DE | 对单个部分的解释仍然是一个挑战 | 旨在改善单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据集中的结构识别和注释 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据集中的细胞 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解和主题建模 | NA | 序列计数数据 | 多个单细胞数据集 |
| 139 | 2024-08-07 |
High-dimensional deconstruction of pancreatic cancer identifies tumor microenvironmental and developmental stemness features that predict survival
2023-Oct-19, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-023-00455-z
PMID:37857854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境（TME），揭示了与患者生存相关的肿瘤微环境和发育干细胞特征 | 首次通过高维基因表达分析，结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了PDAC中与预后特别差的恶性细胞、促肿瘤的SPP1+巨噬细胞和肌成纤维细胞性癌症相关成纤维细胞相关的肿瘤微环境社区，以及存在于恶性细胞和癌症相关成纤维细胞中的发育干细胞连续体 | NA | 旨在通过高维基因表达分析，揭示胰腺导管腺癌的肿瘤微环境和发育干细胞特征，以改善患者的风险分层和个性化临床决策 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境和发育干细胞特征 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 25个未经治疗的PDAC诊断时内镜超声引导下细针穿刺（EUS-FNB）样本，6个手术切除样本，以及80个公开可用样本，共计268个批量RNA-seq样本 |
| 140 | 2024-08-05 |
A spatial sequencing atlas of age-induced changes in the lung during influenza infection
2023-10-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42021-y
PMID:37852965
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研究论文 | 本研究揭示了老年小鼠在流感感染过程中肺部的年龄诱导变化. | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，识别了与年龄相关的新型纤维化和抗纤维化标记. | 研究仅使用了女性小鼠, 可能限制了结果的普遍适用性. | 研究年龄相关的免疫反应变化如何影响老年人对流感病毒的反应. | 年轻和老年雌性小鼠的肺组织. | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 整体RNA测序 | NA | 组织样本 | 多组小鼠样本, 包括年轻和老年的肺组织 |