单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-09-13	Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution 2023-10, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-022-00568-4 PMID:36737647	综述	本文综述了利用现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组测序数据，以及新兴的单细胞测序、基因操作和干细胞培养技术，来探索人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响	本文介绍了利用单细胞测序、基因操作和干细胞培养等新兴技术，结合基因组测序数据，来研究人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响	由于大量低效应大小的遗传变化、细胞类型水平上发育差异的有限描述以及缺乏实验模型，将人类特异性遗传变化与物种差异联系起来一直具有挑战性	理解人类特异性遗传变化如何影响人类的形态、认知和代谢变化，从而揭示人类进化的分子和细胞基础	现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组，以及人类特异性遗传变化对人类进化分子和细胞基础的影响	基因组学	NA	单细胞测序、基因操作、干细胞培养	NA	基因组数据	现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组样本
82	2024-09-06	Radiotherapy-Induced Neurocognitive Impairment Is Driven by Heightened Apoptotic Priming in Early Life and Prevented by Blocking BAX 2023-10-13, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1337 PMID:37470810	研究论文	本文研究了放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并发现通过阻断BAX可以预防这种损伤	开发了一种新的放射治疗诱导神经认知功能障碍的小鼠模型，并发现BAX在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并寻找预防方法	放射治疗对不同年龄段小鼠神经认知功能的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
83	2024-09-05	Mast-Cell Expressed Membrane Protein-1 (MCEMP1) is expressed in classical monocytes and alveolar macrophages in Idiopathic Pulmonary Fibrosis and regulates cell chemotaxis, adhesion, and migration in a TGFβ dependent manner 2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.07.561349 PMID:37873485	研究论文	本文研究了MCEMP1在特发性肺纤维化中的表达及其对细胞趋化、粘附和迁移的调控作用	首次揭示了MCEMP1在特发性肺纤维化中通过TGFβ依赖的方式调控单核细胞的趋化、粘附和迁移	NA	探究MCEMP1在特发性肺纤维化中的机制作用	MCEMP1在特发性肺纤维化患者中的表达及其功能	NA	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫沉淀、邻近连接分析、RNA干扰、慢病毒转导、批量RNA测序、活性RHO下拉实验	NA	RNA	来自特发性肺纤维化患者和对照组的PBMC和肺组织样本，以及THP-1细胞
84	2024-09-04	Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer 2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.07.553268 PMID:37905029	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和分子病理学方法，探讨了MYC驱动的肿瘤微环境在人类和小鼠前列腺癌中的变化	首次在MYC驱动的肿瘤微环境中，通过单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠前列腺癌中细胞状态的保守性	研究主要依赖于基因工程小鼠模型，可能与人类前列腺癌的实际情况存在差异	探究MYC信号激活在前列腺癌肿瘤微环境变化中的作用	人类和小鼠的前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	RNA	涉及人类和小鼠的前列腺癌组织样本
85	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in Drosophila 2023-Oct-09, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202256475 PMID:37603128	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNAi筛选和生物信息学分析，鉴定了影响果蝇卵巢生殖干细胞（GSCs）发育的基因，特别是名为eggplant（eggpl）的基因	首次鉴定并命名了eggplant基因，并揭示了其在调节生殖细胞增殖和分化中的作用	NA	探索调节果蝇早期生殖细胞发育的信号网络	果蝇卵巢生殖干细胞（GSCs）及其发育过程中的基因调控	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括34个在早期生殖细胞发育中表达上调的基因和19个可能调节生殖细胞分化的基因
86	2024-08-23	Tertiary lymphoid structures correlate with enhancement of antitumor immunity in esophageal squamous cell carcinoma 2023-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02396-7 PMID:37604932	研究论文	本文研究了三级淋巴结构（TLSs）与食管鳞状细胞癌（ESCC）预后及肿瘤免疫微环境（TIME）的关系	首次探讨了TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本量有限，且仅限于ESCC组织	探讨TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	180例ESCC组织样本及14例ESCC组织的单细胞RNA测序	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	180例ESCC组织样本及14例ESCC组织
87	2024-08-17	Upregulation of exosome secretion from tumor-associated macrophages plays a key role in the suppression of anti-tumor immunity 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113224 PMID:37805922	研究论文	本文报道了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)分泌的外泌体在抑制抗肿瘤免疫中的关键作用	首次揭示了TAMs通过增加外泌体分泌来抑制CD8 T细胞的增殖和功能，并提出靶向外泌体作为改善免疫疗法的潜在策略	NA	探讨肿瘤相关巨噬细胞分泌的外泌体在抑制抗肿瘤免疫中的作用及机制	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、外泌体、CD8 T细胞	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及患者黑色素瘤组织和小鼠黑色素瘤模型
88	2024-08-07	Single-cell and Spatial Transcriptomics Clustering with an Optimized Adaptive K-Nearest Neighbor Graph 2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.13.562261 PMID:37905097	研究论文	本文开发了一种名为aKNNO的方法，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型	aKNNO方法能够在不牺牲丰富细胞类型聚类性能的情况下，准确发现已知和新的稀有细胞类型	NA	开发一种新的方法来同时识别单细胞和空间转录组学数据中的丰富和稀有细胞类型	单细胞和空间转录组学数据中的细胞类型	单细胞测序	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	转录组数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集
89	2024-08-07	A lipid-associated macrophage lineage rewires the spatial landscape of adipose tissue in early obesity 2023-10-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171701 PMID:37651193	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和成像技术，探讨了小鼠饮食诱导肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞（ATM）的动态变化及其与代谢疾病发展的关系	首次将单细胞RNA测序与空间转录组学结合，揭示了肥胖早期脂肪组织中脂质相关巨噬细胞（LAM）前体（pre-LAM）的空间分布及其与脂肪组织功能障碍标志物的共定位	研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要验证这些发现是否适用于人类	深入理解肥胖过程中脂肪组织巨噬细胞的多样性及其在代谢疾病发展中的作用	脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖过程中的动态变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据、图像数据	小鼠模型
90	2024-08-04	An ANXA11 P93S variant dysregulates TDP-43 and causes corticobasal syndrome 2023-Oct-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3462973/v1 PMID:37886540	研究论文	本研究识别了ANXA11中的一个新型变异P93S，其导致TDP-43的异常调控，并与皮质基底综合征相关。	首次将ANXA11 P93S变异与皮质基底综合征联系起来，拓展了ANXA11突变所致临床综合征的范围。	关于ANXA11 P93S变异对神经元功能的影响尚未全面理解，且样本规模可能有限。	探讨ANXA11突变在皮质基底综合征中的致病作用及其相关生物学机制。	针对携带ANXA11 P93S突变的个体进行的表型分析和细胞功能研究。	数字病理学	神经退行性疾病	多组学评估	iPSC衍生神经元	单细胞测序和蛋白组学分析	涉及对应突变的个体样本及其iPSC衍生的神经元和小胶质细胞
91	2024-08-05	Identification of CD133+ intercellsomes in intercellular communication to offset intracellular signal deficit 2023-10-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86824 PMID:37846866	研究论文	本文报道了CD133在细胞间通信中的作用，以补偿细胞内信号不足	提出了名为'intercellsome'的细胞间结构，并发现其与CD133表达相关	尚未探讨CD133 intercellsomes在其他组织或不同生理环境下的行为	研究CD133在细胞间通信和应对细胞内信号不足中的作用	主要研究CD133阳性肝细胞及其在肝再生中的表现	数字病理	肿瘤相关疾病	单细胞RNA测序，超分辨率显微镜，电子显微镜	NA	mRNA	多个动物物种中的癌细胞类型和肝脏、肠脏的原器官
92	2024-08-04	Research progress on the application of single-cell sequencing in autoimmune diseases 2023-10, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-023-00216-9 PMID:37550409	综述	该文章总结了单细胞RNA测序技术在自身免疫疾病领域的应用进展	提供了对单细胞RNA测序技术的发展和在自身免疫疾病研究中的应用的系统性回顾	尚未完全理解自身免疫疾病的病因和发病机制	提供对自身免疫疾病发病机制、诊断和治疗的理解参考	自身免疫疾病	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
93	2024-08-04	Identification of Niche-Specific Gene Signatures between Malignant Tumor Microenvironments by Integrating Single Cell and Spatial Transcriptomics Data 2023-10-31, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14112033 PMID:38002976	研究论文	该文章提出了一种整合单细胞RNA测序和空间转录组数据的方法，以识别恶性肿瘤微环境中的特定基因特征	通过整合scRNA-seq和空间转录组数据，识别特定于细胞生态位的基因特征，展示了这一整合方法的潜力	未提及具体的局限性	旨在综合评估组织样本中的基因活性并识别细胞生态位特异性基因特征	研究对象包括五种癌症类型的配对或匹配的scRNA-seq和Visium平台数据	数字病理学	乳腺癌、胃肠道间质肿瘤、肝细胞癌、子宫内膜癌、卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	涉及五种癌症类型的配对或匹配样本数据
94	2024-08-04	SARS-CoV-2 infection establishes a stable and age-independent CD8+ T cell response against a dominant nucleocapsid epitope using restricted T cell receptors 2023-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42430-z PMID:37872153	研究论文	本文分析了SARS-CoV-2感染后针对核壳蛋白的CD8 T细胞反应的特征	发现SARS-CoV-2感染后CD8 T细胞的增殖反应增强并持续存在	缺乏对CD8 T细胞在感染前后特异性和TCR组成的全面表征	研究SARS-CoV-2感染中CD8 T细胞对核壳蛋白特定表位的反应	针对SARS-CoV-2核壳蛋白的CD8 T细胞及其TCR特征	免疫学	SARS-CoV-2感染	单细胞测序，转录组分析	NA	免疫细胞数据	包括恢复期和未感染供体的CD8 T细胞
95	2024-08-04	Immune profiling of murine cardiac leukocytes identifies triggering receptor expressed on myeloid cells 2 as a novel mediator of hypertensive heart failure 2023-10-24, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvad093 PMID:37314125	研究论文	本文探讨了小鼠模型中Trem2在高血压性心力衰竭中的新型介导作用	发现Trem2在高血压性心力衰竭中的心脏保护作用，并表明其在心脏免疫细胞中的调控	尚未确定Trem2在高血压性心力衰竭具体机制的详细信息	研究心脏免疫细胞在HFpEF中的改变及其潜在的治疗策略	高血压性心力衰竭小鼠模型及其心脏免疫细胞	数字病理学	心力衰竭	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用小鼠模型进行实验
96	2024-08-04	MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad592 PMID:37740957	研究论文	本文提出MuDCoD算法用于在个性化动态基因网络中进行多主体社区检测	本研究开发了MuDCoD，通过谱聚类框架促进不同主体及时间点网络之间的信息共享	暂无明显的研究限制信息	研究如何利用scRNA-seq数据在基因共表达网络水平上进行个性化动态社区检测	个性化动态基因网络中的基因簇和社区	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	谱聚类	基因表达数据	涉及多名个体的群体规模单细胞RNA-seq数据集
97	2024-08-05	Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum 2023-10-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad124 PMID:37534924	研究论文	本研究揭示了三种最常见儿童脑肿瘤的细胞起源	通过使用人类发育小脑地图，揭示了儿童脑肿瘤的细胞起源，提供了新的治疗靶点	由于仅使用正常发育人类小脑作为参考，可能无法覆盖所有变异情况	理解儿童脑肿瘤的起源，以识别潜在的肿瘤特异性疗法	主要研究三种儿童脑肿瘤：室管膜瘤、毛细胞星形胶质瘤和小脑神经母细胞瘤	数字病理学	NA	基因组变异分析，相关性分析，单细胞匹配技术	NA	转录组数据	使用了4416个肿瘤数据集，包括批量和单细胞转录组数据
98	2024-08-05	Hypoxia-Inducible Factor-1α in SM22α-Expressing Cells Modulates Alveolarization 2023-10, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0045OC PMID:37290124	研究论文	本文研究了HIF-1α在SM22α表达细胞中的作用对肺泡化的影响	文章创新性地探讨了HIF-1α在特定间充质细胞亚群中调节出生后肺泡化的机制	研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全推及人类	研究HIF-1α在SM22α表达细胞中的功能及其对肺发育的影响	以SM22α-表达细胞为对象，分析其在肺泡化中的作用	数字病理学	慢性肺病	单细胞RNA测序	NA	生物样本	使用了小鼠模型和早产儿样本
99	2024-08-04	Self-patterning of human stem cells into post-implantation lineages 2023-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06354-4 PMID:37369348	研究论文	这项研究展示了人类多能干细胞被触发自我组织成三维结构，重现早期人类胚胎发育的一些关键时空事件	提供了一种可重复、易于处理和可扩展的实验平台以理解人类发育的基本细胞和分子机制	未建立胎盘细胞类型，局限于人胚胎发育的特定阶段	探索人类发育的基本细胞和分子机制	人类多能干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	三维自组织模型	细胞状态无特定类型	NA
100	2024-08-05	Spatial Single Cell Analysis of Proteins in 2D Human Gastruloids Using Iterative Immunofluorescence 2023-Oct, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.915 PMID:37882990	研究论文	本文描述了一种迭代免疫荧光协议和计算管道，用于在2D人类胚层模型中分析蛋白质的空间模式形成	提出的迭代免疫荧光协议实现了比标准免疫荧光技术更高的多重测量能力，并能够同时分析27种蛋白质	未详细讨论方法在实际生物样本中的应用限制	揭示细胞信号如何在时间和空间上共同指示细胞命运	主要研究2D人类胚层的细胞及其在不同信号通路下的蛋白质表达	数字病理学	NA	免疫荧光	NA	图像	超过27种蛋白质的单细胞表达聚类分析