单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-09-28	Identification of the regulatory circuit governing corneal epithelial fate determination and disease 2023-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002336 PMID:37856539	研究论文	研究通过多组学分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的分子特征及其在角膜上皮命运决定和疾病中的调控机制	首次通过基因调控网络分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的共同和特异性转录因子，并发现了与角膜不透明相关的FOSL2基因	NA	揭示角膜上皮命运决定和疾病的调控机制	角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞	NA	NA	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞
62	2024-09-28	Single-cell RNA sequencing analysis reveals transcriptional heterogeneity of multiple primary lung cancer 2023-10, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1453 PMID:37846760	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了多发性原发性肺癌的转录异质性	首次全面揭示了多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接	研究样本量有限，仅包括六名患者	全面揭示多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接	多发性原发性肺癌患者的肿瘤和邻近组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	23个样本，来自6名患者
63	2024-09-27	Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease 2023-Oct-09, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202357084 PMID:37691494	研究论文	研究探讨了微绒毛交叉连接缺陷在结肠炎和炎症性肠病中的作用	首次揭示了微绒毛交叉连接缺陷与肠道屏障功能受损及结肠炎易感性之间的关系	研究仅在动物模型和小部分患者样本中进行，需进一步验证其在人类中的普遍性	探究微绒毛交叉连接在肠道屏障功能和结肠炎中的作用	CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者	NA	炎症性肠病	电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	CDHR5缺陷小鼠、溃疡性结肠炎患者
64	2024-09-27	Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis 2023-Oct-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000034940 PMID:37800807	研究论文	本文通过机器学习算法筛选与代谢相关的基因特征，结合单细胞RNA测序和实验验证，研究了过敏性肺炎中代谢相关基因与M2巨噬细胞的关系	本文首次通过机器学习算法筛选出NPR3、GPX3和SULF1作为过敏性肺炎的诊断特征生物标志物，并发现SULF1表达与M2巨噬细胞比例呈正相关	本文主要依赖于基因表达数据和实验验证，未涉及临床样本的广泛验证	识别基于代谢相关基因的诊断特征生物标志物，并研究其与过敏性肺炎患者中M2巨噬细胞的相关性	过敏性肺炎患者与健康对照组的代谢相关基因表达差异及M2巨噬细胞的浸润状态	机器学习	过敏性肺炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、流式细胞术	机器学习算法	基因表达矩阵	健康对照组与过敏性肺炎患者
65	2024-09-27	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of capsaicin in the treatment of sepsis-induced liver injury 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.395 PMID:37808269	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了辣椒素对脓毒症诱导的肝损伤中不同细胞类型的动态响应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用及其机制	正常小鼠、盲肠结扎穿刺诱导的脓毒症模型小鼠和辣椒素处理的小鼠的肝细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	86,830个肝细胞
66	2024-09-26	Multi-omics approach reveals dysregulated genes during hESCs neuronal differentiation exposure to paracetamol 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107755 PMID:37731623	研究论文	研究了扑热息痛对人类胚胎干细胞神经分化过程中基因表达和表观遗传变化的影响	首次通过多组学方法研究扑热息痛对早期人类神经发育模型的影响，并揭示了扑热息痛诱导的染色质开放性变化与基因表达的关联	研究仅限于体外模型，需要进一步验证其在体内的相关性和长期影响	探讨扑热息痛对早期人类神经发育的潜在影响及其因果关系	人类胚胎干细胞在神经分化过程中暴露于扑热息痛后的基因表达和表观遗传变化	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	基因表达数据和表观遗传数据	人类胚胎干细胞样本
67	2024-09-26	Single-cell RNA sequencing of retina revealed novel transcriptional landscape in high myopia and underlying cell-type-specific mechanisms 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.372 PMID:37746666	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析高度近视和对照组小鼠视网膜，揭示了高度近视进展中各细胞类型的参与机制	发现了高度近视视网膜中一种新的杆状细胞亚群，并揭示了高度近视视网膜中神经元和胶质细胞的异常相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示高度近视视网膜的转录组景观及其细胞类型特异性机制	高度近视和对照组小鼠的视网膜	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	高度近视和对照组小鼠的视网膜样本
68	2024-09-26	Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs 2023-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-023-02590-w PMID:37640912	研究论文	研究探讨了基因表达与COVID-19结果共定位的罕见性及其在不同细胞状态、细胞类型和器官中的影响	使用孟德尔随机化（MR）方法分析单细胞和批量RNA测序数据，评估基因表达与COVID-19结果的共定位情况	大多数基因表达与COVID-19结果的共定位可能是由于连锁不平衡导致的假阳性，共定位在不同细胞类型、细胞刺激和器官中高度可变且有时不一致	确定影响COVID-19结果的基因位点，并探讨基因表达与疾病结果共定位的影响因素	COVID-19严重性和易感性，以及基因表达与疾病结果的共定位	基因组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	孟德尔随机化（MR）	RNA	NA
69	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and intercellular communication of hepatic stellate cells and macrophages during liver fibrosis 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.378 PMID:37724132	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化过程中的异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化中的异质性和相互调节网络，并发现了一种促纤维化的Thbs1+巨噬细胞亚群	研究仅限于小鼠和人类样本，未涉及其他物种	揭示肝纤维化过程中肝星状细胞和巨噬细胞的异质性和细胞间通讯	肝星状细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自正常和纤维化小鼠肝脏的非实质细胞
70	2024-09-20	Barcoding intracellular reverse transcription enables high-throughput phenotype-coupled T cell receptor analyses 2023-10-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100600 PMID:37776855	研究论文	本文介绍了一种名为INCERTS的新方法，通过细胞内逆转录和荧光激活细胞分选技术，实现高通量表型耦合的T细胞受体分析	提出了INCERTS方法，结合分子索引和荧光激活细胞分选技术，显著提高了样本处理量和成本效益	NA	开发一种高通量、低成本的方法来分析T细胞受体与细胞表型的关联	T细胞受体序列与细胞表型的关联，特别是从癌症患者中发现的抗原特异性TCRs	生物信息学	癌症	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	T细胞受体序列，单细胞RNA数据	从28个患者样本中处理了数百万个外周血单核细胞（PBMC）
71	2024-09-19	Cancer-associated fibroblasts in early-stage lung adenocarcinoma correlate with tumor aggressiveness 2023-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-43296-3 PMID:37848457	研究论文	研究早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞与肿瘤侵袭性的关系	首次发现早期肺腺癌中ADH1B癌症相关成纤维细胞的数量与肿瘤侵袭性呈负相关，并发现其与特定的细胞外基质和免疫细胞特征相关	研究仅基于早期肺腺癌样本，结果可能不适用于其他阶段或类型的肺癌	探讨早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞对肿瘤侵袭性的影响，以改进诊断和治疗策略	早期肺腺癌患者的组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	早期肺腺癌患者的组织样本
72	2024-09-19	PLA2G2E-mediated lipid metabolism triggers brain-autonomous neural repair after ischemic stroke 2023-10-04, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.06.024 PMID:37490917	研究论文	研究揭示了PLA2G2E介导的脂质代谢在缺血性脑损伤后触发脑自主神经修复的机制	首次发现PLA2G2E通过生成二高-γ-亚麻酸（DGLA）触发脑自主神经修复，并确定15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）作为促进功能恢复的关键代谢物	NA	阐明脑损伤后脑自主恢复的内在机制	PLA2G2E、二高-γ-亚麻酸（DGLA）及其代谢物15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）在脑损伤后的作用	NA	脑卒中	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、表观遗传分析	NA	RNA	NA
73	2024-09-15	BK Channels Function in Nematocyst Discharge from Vibration-Sensitive Cnidocyte Supporting Cell Complexes of the Sea Anemone Diadumene lineata 2023-10, The Biological bulletin DOI:10.1086/730702 PMID:38976849	研究论文	研究了海葵Diadumene lineata中BK通道在振动敏感型刺细胞支持细胞复合体中的功能	首次在非两侧对称动物中证明了BK通道的功能	NA	验证BK通道在海葵刺细胞释放中的作用	海葵Diadumene lineata的刺细胞支持细胞复合体	生物学	NA	RNA测序	NA	RNA序列	NA
74	2024-09-13	Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution 2023-10, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-022-00568-4 PMID:36737647	综述	本文综述了利用现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组测序数据，以及新兴的单细胞测序、基因操作和干细胞培养技术，来探索人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响	本文介绍了利用单细胞测序、基因操作和干细胞培养等新兴技术，结合基因组测序数据，来研究人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响	由于大量低效应大小的遗传变化、细胞类型水平上发育差异的有限描述以及缺乏实验模型，将人类特异性遗传变化与物种差异联系起来一直具有挑战性	理解人类特异性遗传变化如何影响人类的形态、认知和代谢变化，从而揭示人类进化的分子和细胞基础	现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组，以及人类特异性遗传变化对人类进化分子和细胞基础的影响	基因组学	NA	单细胞测序、基因操作、干细胞培养	NA	基因组数据	现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组样本
75	2024-09-13	Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis 2023-Oct, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01240-7 PMID:37798545	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性，并发现了一种仅存在于骨骺中的新型内皮细胞亚型	首次定义了骨髓内皮细胞的空间异质性，并识别出一种新型内皮细胞亚型，即次生骨化内皮细胞，该细胞在骨骺中特有	NA	揭示骨髓内皮细胞的复杂性和其在骨形成及造血中的作用	骨髓内皮细胞及其在骨骺中的新型亚型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
76	2024-09-06	Radiotherapy-Induced Neurocognitive Impairment Is Driven by Heightened Apoptotic Priming in Early Life and Prevented by Blocking BAX 2023-10-13, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1337 PMID:37470810	研究论文	本文研究了放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并发现通过阻断BAX可以预防这种损伤	开发了一种新的放射治疗诱导神经认知功能障碍的小鼠模型，并发现BAX在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并寻找预防方法	放射治疗对不同年龄段小鼠神经认知功能的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
77	2024-09-05	Mast-Cell Expressed Membrane Protein-1 (MCEMP1) is expressed in classical monocytes and alveolar macrophages in Idiopathic Pulmonary Fibrosis and regulates cell chemotaxis, adhesion, and migration in a TGFβ dependent manner 2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.07.561349 PMID:37873485	研究论文	本文研究了MCEMP1在特发性肺纤维化中的表达及其对细胞趋化、粘附和迁移的调控作用	首次揭示了MCEMP1在特发性肺纤维化中通过TGFβ依赖的方式调控单核细胞的趋化、粘附和迁移	NA	探究MCEMP1在特发性肺纤维化中的机制作用	MCEMP1在特发性肺纤维化患者中的表达及其功能	NA	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫沉淀、邻近连接分析、RNA干扰、慢病毒转导、批量RNA测序、活性RHO下拉实验	NA	RNA	来自特发性肺纤维化患者和对照组的PBMC和肺组织样本，以及THP-1细胞
78	2024-09-04	Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer 2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.07.553268 PMID:37905029	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和分子病理学方法，探讨了MYC驱动的肿瘤微环境在人类和小鼠前列腺癌中的变化	首次在MYC驱动的肿瘤微环境中，通过单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠前列腺癌中细胞状态的保守性	研究主要依赖于基因工程小鼠模型，可能与人类前列腺癌的实际情况存在差异	探究MYC信号激活在前列腺癌肿瘤微环境变化中的作用	人类和小鼠的前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	RNA	涉及人类和小鼠的前列腺癌组织样本
79	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in Drosophila 2023-Oct-09, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202256475 PMID:37603128	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNAi筛选和生物信息学分析，鉴定了影响果蝇卵巢生殖干细胞（GSCs）发育的基因，特别是名为eggplant（eggpl）的基因	首次鉴定并命名了eggplant基因，并揭示了其在调节生殖细胞增殖和分化中的作用	NA	探索调节果蝇早期生殖细胞发育的信号网络	果蝇卵巢生殖干细胞（GSCs）及其发育过程中的基因调控	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括34个在早期生殖细胞发育中表达上调的基因和19个可能调节生殖细胞分化的基因
80	2024-08-23	Tertiary lymphoid structures correlate with enhancement of antitumor immunity in esophageal squamous cell carcinoma 2023-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02396-7 PMID:37604932	研究论文	本文研究了三级淋巴结构（TLSs）与食管鳞状细胞癌（ESCC）预后及肿瘤免疫微环境（TIME）的关系	首次探讨了TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本量有限，且仅限于ESCC组织	探讨TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	180例ESCC组织样本及14例ESCC组织的单细胞RNA测序	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	180例ESCC组织样本及14例ESCC组织