单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-09-28	Hematologic Neoplasms Associated with Down Syndrome: Cellular and Molecular Heterogeneity of the Diseases 2023-Oct-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242015325 PMID:37895004	研究论文	本文探讨了唐氏综合症（DS）相关血液肿瘤的细胞和分子异质性	利用单细胞多组学技术，如单细胞RNA测序和数字空间分析，提供了对DS相关血液肿瘤细胞和分子异质性的新见解	唐氏综合症易患白血病的分子基础尚未完全理解	研究唐氏综合症相关血液肿瘤的分子基础和异质性	唐氏综合症相关髓系白血病（ML-DS）和急性淋巴细胞白血病（ALL-DS）	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序，数字空间分析	NA	单细胞RNA数据，空间数据	NA
62	2024-09-28	Molecular signature incorporating the immune microenvironment enhances thyroid cancer outcome prediction 2023-Oct-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100409 PMID:37868034	研究论文	本文通过大规模的DNA/RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光技术，识别出甲状腺恶性肿瘤的高风险突变和独特的分子特征，提出了一种新的分子评分系统（MAP评分），用于改善甲状腺癌的预后预测	本文提出了一个新的分子评分系统（MAP评分），该评分系统结合了基因突变、细胞分化和肿瘤微环境的信息，提供了比单独使用高风险突变更准确的预后预测	本文的研究样本仅来自两家三级医疗中心，样本量有限，可能影响结果的普适性	提高甲状腺癌的预后预测准确性，并探索潜在的免疫治疗靶点	甲状腺癌患者及其肿瘤样本	数字病理学	甲状腺癌	DNA/RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	251名患者，312个样本
63	2024-09-28	Scaling cross-tissue single-cell annotation models 2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.07.561331 PMID:37873298	研究论文	本文提出了一种名为scTab的自动化、基于特征注意力的细胞类型预测模型，用于单细胞RNA测序数据，并在大规模数据集上进行了训练和验证	scTab模型能够处理大规模数据集，并利用深度集成进行不确定性量化，同时考虑了标签之间的本体关系，提高了跨组织注释的准确性	NA	开发一种能够跨组织进行细胞类型预测的自动化模型，并验证其在单细胞RNA测序数据中的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	表格数据	2220万个人类细胞
64	2024-09-28	Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) Identifies L1CAM as a Key Mediator between Epithelial Tuft Cell and Innate Lymphoid Cell in the Colon of Hnrnp I Knockout Mice 2023-Oct-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines11102734 PMID:37893107	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键介质L1CAM，揭示了炎症和结肠炎的细胞间通讯机制	首次揭示了L1CAM在结肠上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键作用，并通过L1CAM-整合素相互作用促进了2型免疫反应	研究仅限于Hnrnp I敲除小鼠模型，结果的普遍性和适用性有待进一步验证	探讨Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞谱系动态和细胞间通讯机制，揭示炎症和结肠炎的潜在机制	Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠上皮细胞和先天淋巴细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠单细胞样本
65	2024-09-28	Single-Cell RNA Sequencing Analysis of the Early Postnatal Mouse Lens Epithelium 2023-10-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.64.13.37 PMID:37870847	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术分析了出生后第2天小鼠晶状体上皮的转录异质性，并识别出不同的上皮细胞亚型	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，并识别出七个亚群，这些亚群反映了上皮细胞在增殖、信号传导和维持中的多样性角色	NA	研究小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，识别不同的上皮细胞亚型，以更好地理解晶状体的生长、分化和稳态	出生后第2天的小鼠晶状体上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	出生后第2天的小鼠晶状体样本
66	2024-09-28	A Specialized Epithelial Cell Type Regulating Mucosal Immunity and Driving Human Crohn's Disease 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.560293 PMID:37873404	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析，揭示了一种新型上皮细胞类型LND在克罗恩病中的作用	首次发现并描述了一种新型上皮细胞类型LND，其在克罗恩病中的表达显著增加，并与免疫调节和抗菌反应相关	研究样本仅限于65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照，样本量有限	探讨克罗恩病中上皮细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用	克罗恩病患者和非炎症性肠病对照的回肠末端和升结肠样本	NA	克罗恩病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	170个样本，包括65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照
67	2024-09-28	Multi-modal transcriptomic analysis unravels enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.558960 PMID:37873432	研究论文	本文通过多模态转录组数据分析，揭示了基底乳腺癌中混合上皮/间充质状态的富集和表型异质性的增强	本文创新性地整合了批量、单细胞和空间转录组数据，揭示了上皮-间充质转化与管腔-基底可塑性之间的关联，并提出了基于数学模型的机制解释	本文主要基于转录组数据和数学模型，未涉及实验验证，可能影响结论的直接应用	研究肿瘤内表型异质性的分子起源，并开发新的治疗策略	乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	转录组学	数学模型	转录组数据	涉及乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本
68	2024-09-28	Identification of the regulatory circuit governing corneal epithelial fate determination and disease 2023-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002336 PMID:37856539	研究论文	研究通过多组学分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的分子特征及其在角膜上皮命运决定和疾病中的调控机制	首次通过基因调控网络分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的共同和特异性转录因子，并发现了与角膜不透明相关的FOSL2基因	NA	揭示角膜上皮命运决定和疾病的调控机制	角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞	NA	NA	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞
69	2024-09-28	Single-cell RNA sequencing analysis reveals transcriptional heterogeneity of multiple primary lung cancer 2023-10, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1453 PMID:37846760	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了多发性原发性肺癌的转录异质性	首次全面揭示了多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接	研究样本量有限，仅包括六名患者	全面揭示多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接	多发性原发性肺癌患者的肿瘤和邻近组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	23个样本，来自6名患者
70	2024-09-27	Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease 2023-Oct-09, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202357084 PMID:37691494	研究论文	研究探讨了微绒毛交叉连接缺陷在结肠炎和炎症性肠病中的作用	首次揭示了微绒毛交叉连接缺陷与肠道屏障功能受损及结肠炎易感性之间的关系	研究仅在动物模型和小部分患者样本中进行，需进一步验证其在人类中的普遍性	探究微绒毛交叉连接在肠道屏障功能和结肠炎中的作用	CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者	NA	炎症性肠病	电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	CDHR5缺陷小鼠、溃疡性结肠炎患者
71	2024-09-27	Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis 2023-Oct-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000034940 PMID:37800807	研究论文	本文通过机器学习算法筛选与代谢相关的基因特征，结合单细胞RNA测序和实验验证，研究了过敏性肺炎中代谢相关基因与M2巨噬细胞的关系	本文首次通过机器学习算法筛选出NPR3、GPX3和SULF1作为过敏性肺炎的诊断特征生物标志物，并发现SULF1表达与M2巨噬细胞比例呈正相关	本文主要依赖于基因表达数据和实验验证，未涉及临床样本的广泛验证	识别基于代谢相关基因的诊断特征生物标志物，并研究其与过敏性肺炎患者中M2巨噬细胞的相关性	过敏性肺炎患者与健康对照组的代谢相关基因表达差异及M2巨噬细胞的浸润状态	机器学习	过敏性肺炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、流式细胞术	机器学习算法	基因表达矩阵	健康对照组与过敏性肺炎患者
72	2024-09-27	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of capsaicin in the treatment of sepsis-induced liver injury 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.395 PMID:37808269	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了辣椒素对脓毒症诱导的肝损伤中不同细胞类型的动态响应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用及其机制	正常小鼠、盲肠结扎穿刺诱导的脓毒症模型小鼠和辣椒素处理的小鼠的肝细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	86,830个肝细胞
73	2024-09-26	Multi-omics approach reveals dysregulated genes during hESCs neuronal differentiation exposure to paracetamol 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107755 PMID:37731623	研究论文	研究了扑热息痛对人类胚胎干细胞神经分化过程中基因表达和表观遗传变化的影响	首次通过多组学方法研究扑热息痛对早期人类神经发育模型的影响，并揭示了扑热息痛诱导的染色质开放性变化与基因表达的关联	研究仅限于体外模型，需要进一步验证其在体内的相关性和长期影响	探讨扑热息痛对早期人类神经发育的潜在影响及其因果关系	人类胚胎干细胞在神经分化过程中暴露于扑热息痛后的基因表达和表观遗传变化	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	基因表达数据和表观遗传数据	人类胚胎干细胞样本
74	2024-09-26	Single-cell RNA sequencing of retina revealed novel transcriptional landscape in high myopia and underlying cell-type-specific mechanisms 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.372 PMID:37746666	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析高度近视和对照组小鼠视网膜，揭示了高度近视进展中各细胞类型的参与机制	发现了高度近视视网膜中一种新的杆状细胞亚群，并揭示了高度近视视网膜中神经元和胶质细胞的异常相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示高度近视视网膜的转录组景观及其细胞类型特异性机制	高度近视和对照组小鼠的视网膜	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	高度近视和对照组小鼠的视网膜样本
75	2024-09-26	Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs 2023-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-023-02590-w PMID:37640912	研究论文	研究探讨了基因表达与COVID-19结果共定位的罕见性及其在不同细胞状态、细胞类型和器官中的影响	使用孟德尔随机化（MR）方法分析单细胞和批量RNA测序数据，评估基因表达与COVID-19结果的共定位情况	大多数基因表达与COVID-19结果的共定位可能是由于连锁不平衡导致的假阳性，共定位在不同细胞类型、细胞刺激和器官中高度可变且有时不一致	确定影响COVID-19结果的基因位点，并探讨基因表达与疾病结果共定位的影响因素	COVID-19严重性和易感性，以及基因表达与疾病结果的共定位	基因组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	孟德尔随机化（MR）	RNA	NA
76	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and intercellular communication of hepatic stellate cells and macrophages during liver fibrosis 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.378 PMID:37724132	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化过程中的异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化中的异质性和相互调节网络，并发现了一种促纤维化的Thbs1+巨噬细胞亚群	研究仅限于小鼠和人类样本，未涉及其他物种	揭示肝纤维化过程中肝星状细胞和巨噬细胞的异质性和细胞间通讯	肝星状细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自正常和纤维化小鼠肝脏的非实质细胞
77	2024-09-20	Barcoding intracellular reverse transcription enables high-throughput phenotype-coupled T cell receptor analyses 2023-10-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100600 PMID:37776855	研究论文	本文介绍了一种名为INCERTS的新方法，通过细胞内逆转录和荧光激活细胞分选技术，实现高通量表型耦合的T细胞受体分析	提出了INCERTS方法，结合分子索引和荧光激活细胞分选技术，显著提高了样本处理量和成本效益	NA	开发一种高通量、低成本的方法来分析T细胞受体与细胞表型的关联	T细胞受体序列与细胞表型的关联，特别是从癌症患者中发现的抗原特异性TCRs	生物信息学	癌症	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	T细胞受体序列，单细胞RNA数据	从28个患者样本中处理了数百万个外周血单核细胞（PBMC）
78	2024-09-19	Cancer-associated fibroblasts in early-stage lung adenocarcinoma correlate with tumor aggressiveness 2023-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-43296-3 PMID:37848457	研究论文	研究早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞与肿瘤侵袭性的关系	首次发现早期肺腺癌中ADH1B癌症相关成纤维细胞的数量与肿瘤侵袭性呈负相关，并发现其与特定的细胞外基质和免疫细胞特征相关	研究仅基于早期肺腺癌样本，结果可能不适用于其他阶段或类型的肺癌	探讨早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞对肿瘤侵袭性的影响，以改进诊断和治疗策略	早期肺腺癌患者的组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	早期肺腺癌患者的组织样本
79	2024-09-19	PLA2G2E-mediated lipid metabolism triggers brain-autonomous neural repair after ischemic stroke 2023-10-04, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.06.024 PMID:37490917	研究论文	研究揭示了PLA2G2E介导的脂质代谢在缺血性脑损伤后触发脑自主神经修复的机制	首次发现PLA2G2E通过生成二高-γ-亚麻酸（DGLA）触发脑自主神经修复，并确定15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）作为促进功能恢复的关键代谢物	NA	阐明脑损伤后脑自主恢复的内在机制	PLA2G2E、二高-γ-亚麻酸（DGLA）及其代谢物15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）在脑损伤后的作用	NA	脑卒中	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、表观遗传分析	NA	RNA	NA
80	2024-09-15	BK Channels Function in Nematocyst Discharge from Vibration-Sensitive Cnidocyte Supporting Cell Complexes of the Sea Anemone Diadumene lineata 2023-10, The Biological bulletin DOI:10.1086/730702 PMID:38976849	研究论文	研究了海葵Diadumene lineata中BK通道在振动敏感型刺细胞支持细胞复合体中的功能	首次在非两侧对称动物中证明了BK通道的功能	NA	验证BK通道在海葵刺细胞释放中的作用	海葵Diadumene lineata的刺细胞支持细胞复合体	生物学	NA	RNA测序	NA	RNA序列	NA