单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-10-08	Chromatin accessibility profiling of targeted cell populations with laser capture microdissection coupled to ATAC-seq 2023-10-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100598 PMID:37776856	研究论文	本研究报告了激光捕获显微切割与ATAC-seq结合（LCM-ATAC-seq）用于新鲜冷冻样本的空间染色质可及性特征分析	首次将激光捕获显微切割与ATAC-seq结合，用于空间染色质可及性分析	研究仅限于新鲜冷冻样本，未涉及其他类型的样本	探索空间表观基因组学领域，提供基因调控的进一步见解	染色质可及性在健康和疾病中的作用	表观基因组学	NA	激光捕获显微切割（LCM），ATAC-seq	NA	染色质可及性数据	新鲜冷冻样本
42	2024-10-07	Allele-specific expression reveals genetic drivers of tissue regeneration in mice 2023-10-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.08.010 PMID:37714154	研究论文	研究通过杂交MRL和非再生小鼠，利用等位基因特异性基因表达分析，揭示了与小鼠组织再生相关的顺式调控变异	首次通过等位基因特异性基因表达分析，识别出与小鼠耳部再生相关的顺式调控变异，并发现补体因子H在促进伤口修复和再生中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	揭示小鼠组织再生的分子机制，并探索其临床应用潜力	MRL小鼠和非再生小鼠的杂交后代，以及不同细胞类型的基因表达	分子生物学	NA	等位基因特异性基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	MRL和非再生小鼠的杂交后代，涉及免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞三种主要细胞类型
43	2024-10-07	Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury 2023-Oct-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.07.024 PMID:37533253	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了间充质干细胞在缺血性急性肾损伤中的治疗机制	揭示了间充质干细胞通过抑制Zeb2表达和抑制成纤维化上皮细胞来介导治疗效果的新机制	NA	探讨间充质干细胞在急性肾损伤中的治疗机制	间充质干细胞、急性肾损伤、肾小管上皮细胞、免疫细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
44	2024-10-05	Neutrophils resist ferroptosis and promote breast cancer metastasis through aconitate decarboxylase 1 2023-10-03, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.09.004 PMID:37793345	研究论文	研究揭示了中性粒细胞通过aconitate脱羧酶1（Acod1）抵抗铁死亡并促进乳腺癌转移的机制	首次发现Acod1在中性粒细胞中的高表达及其在抵抗铁死亡和促进乳腺癌转移中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨中性粒细胞在乳腺癌转移中的作用及其潜在治疗靶点	肿瘤浸润中性粒细胞（TINs）和循环中性粒细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠乳腺肿瘤模型中的TINs和循环中性粒细胞
45	2024-10-04	IL-17 Signaling in Primary Sclerosing Cholangitis Patient-Derived Organoids 2023-Oct-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3406046/v1 PMID:37886596	研究论文	研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用	首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用	未发现IL-17通路相关基因的罕见变异，但发现了MAPK信号通路的罕见变异	探讨原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应	原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析、基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官
46	2024-10-04	Molecular insights using spatial transcriptomics of the distal lung in congenital diaphragmatic hernia 2023-10-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00154.2023 PMID:37605849	研究论文	研究使用空间转录组学技术分析先天性膈疝（CDH）远端肺组织的转录组特征	首次在CDH患者中应用空间转录组学技术，识别不同肺细胞亚群在CDH病理生理中的作用，并强调性别特异性差异	NA	探讨先天性膈疝（CDH）远端肺组织与正常肺组织在转录组水平上的差异	先天性膈疝（CDH）和正常新生儿的远端肺组织	数字病理学	先天性疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	男性和女性CDH及正常新生儿的肺组织样本
47	2024-10-04	Identification of de novo Mutations in the Chinese Autism Spectrum Disorder Cohort via Whole-Exome Sequencing Unveils Brain Regions Implicated in Autism 2023-Oct, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-023-01037-6 PMID:36881370	研究论文	通过全外显子测序在中国自闭症谱系障碍队列中识别新生突变，揭示与自闭症相关的大脑区域	结合全基因组筛查、单细胞测序和脑成像数据的综合分析，揭示了与自闭症病因相关的大脑区域	东亚自闭症队列在全基因组遗传研究中仍代表性不足	识别中国自闭症谱系障碍队列中的新生突变，并研究其与大脑区域的关系	369个中国自闭症三联体（包括患者及其未受影响的父母）	基因组学	自闭症谱系障碍	全外显子测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据、脑成像数据	369个自闭症三联体
48	2024-10-04	Transcriptomic Profiling Identifies Ferroptosis-Related Gene Signatures in Ischemic Muscle Satellite Cells Affected by Peripheral Artery Disease-Brief Report 2023-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319518 PMID:37675635	研究论文	研究通过转录组分析识别出外周动脉疾病影响下的缺血肌肉卫星细胞中与铁死亡相关的基因特征	首次发现铁死亡相关基因在外周动脉疾病影响的人类骨骼肌中差异表达	样本量较小，仅基于8个捐赠者的样本	探讨外周动脉疾病对肌肉卫星细胞转录组的影响，识别与肌肉病变相关的损伤途径	外周动脉疾病患者的肌肉卫星细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8个捐赠者的25000多个细胞
49	2024-10-04	Transforming Growth Factor-β Blockade in Pancreatic Cancer Enhances Sensitivity to Combination Chemotherapy 2023-10, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.05.038 PMID:37263309	研究论文	研究探讨了在胰腺癌中阻断TGFβ与化疗联合使用的效果	首次证明了TGFβ阻断在胰腺癌模型中增强化疗敏感性的作用，并提供了在临床环境中评估NIS793与FOLFIRINOX或吉西他滨/纳米颗粒（白蛋白结合）紫杉醇联合化疗的理论基础	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究TGFβ阻断在胰腺癌中与化疗联合使用的效果	胰腺癌细胞及其微环境	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序和免疫荧光	NA	RNA序列和免疫荧光图像	使用了正位胰腺癌模型中的小鼠样本
50	2024-10-04	Divergent Actions of Renal Tubular and Endothelial Type 1 IL-1 Receptor Signaling in Toxin-Induced AKI 2023-10-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000191 PMID:37545036	研究论文	研究IL-1受体1在肾小管和内皮细胞中的不同信号传导对毒素诱导的急性肾损伤的影响	发现IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的激活对急性肾损伤有相反的影响，肾小管中的激活加剧损伤，而内皮细胞中的激活减轻损伤	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证结果	探讨IL-1R1在不同肾脏细胞类型中的信号传导对急性肾损伤的影响	IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的信号传导	NA	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的肾脏组织样本
51	2024-10-04	Single-cell analysis of dorsal root ganglia reveals metalloproteinase signaling in satellite glial cells and pain 2023-10, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.08.005 PMID:37557960	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析背根神经节中的卫星胶质细胞，揭示了金属蛋白酶信号在疼痛中的作用	首次揭示了卫星胶质细胞中金属蛋白酶信号通路在处理躯体感觉刺激中的作用，并发现了一种潜在的疼痛治疗方法	研究主要集中在体外实验和细胞水平，尚未在动物模型或人体中验证	探讨卫星胶质细胞在疼痛中的作用及其分子机制	背根神经节中的卫星胶质细胞和感觉神经元	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	多个卫星胶质细胞样本
52	2024-10-02	Spatially Resolved Transcriptomics Technology Facilitates Cancer Research 2023-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202302558 PMID:37632718	综述	本文综述了空间转录组学技术在癌症研究中的应用及其在揭示基因表达和细胞功能空间位置方面的主要成就	空间转录组学技术（SRT）能够探索特定细胞与其空间背景之间的关系，弥补了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在空间信息上的不足	NA	旨在通过深入理解肿瘤细胞与周围非恶性细胞的相互作用，开发更有效的临床治疗策略	肿瘤细胞及其周围非恶性细胞的空间位置与功能	数字病理学	癌症	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	NA
53	2024-10-02	Lepr-Expressing PDLSCs Contribute to Periodontal Homeostasis and Respond to Mechanical Force by Piezo1 2023-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303291 PMID:37553778	研究论文	研究揭示了Lepr+ PDLSCs在牙周稳态中的作用及其对机械力的响应机制	首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术鉴定出Lepr+ PDLSCs，并发现Piezo1介导了Lepr+ PDLSCs的机械感应	NA	探讨Lepr+ PDLSCs在牙周稳态中的作用及其对机械力的响应机制	Lepr+ PDLSCs及其在牙周组织修复和稳态维持中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
54	2024-10-01	Revealing the impact of CD70 expression on the manufacture and functions of CAR-70 T-cells based on single-cell transcriptomics 2023-Oct, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03475-7 PMID:37382633	研究论文	研究基于单细胞转录组学揭示CD70表达对CAR-70 T细胞制造和功能的影响	首次探讨了在CAR T细胞制造过程中敲除CD70对T细胞扩增、存活和抗肿瘤效果的影响	研究仅限于实验室环境，尚未在临床上验证其效果	探讨CD70表达对CAR-70 T细胞制造和功能的影响，为CAR T细胞治疗T细胞癌症提供指导	CD70敲除和野生型CAR-70 T细胞的制造和抗肿瘤能力	细胞治疗	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序和TCR测序	NA	基因表达数据	CD70敲除和野生型CAR-70 T细胞
55	2024-10-01	Identification of an antigen-presenting cells/T/NK cells-related gene signature to predict prognosis and CTSL to predict immunotherapeutic response for lung adenocarcinoma: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 2023-Oct, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03485-5 PMID:37458771	研究论文	本研究旨在通过综合分析bulk和单细胞RNA测序数据，识别与抗原呈递细胞（APC）/T/NK细胞相关的基因特征（ATNKGS）和潜在的免疫细胞相关基因（IRGs），以实现肺癌腺癌（LUAD）患者的危险分层、预后预测和免疫治疗反应预测	本研究首次构建了一个包含16个基因的ATNKGS，用于预测LUAD患者的总体生存率，并揭示了CTSL在免疫治疗反应预测中的重要作用	本研究主要基于公共数据集和外部免疫治疗队列进行验证，未来需要更多的临床试验数据来进一步验证这些发现	识别与APC/T/NK细胞相关的基因特征和潜在的免疫细胞相关基因，以实现LUAD患者的危险分层、预后预测和免疫治疗反应预测	肺癌腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	RNA测序	LASSO Cox回归	RNA测序数据	1108名患者
56	2024-10-01	Female Gene Networks Are Expressed in Myofibroblast-Like Smooth Muscle Cells in Vulnerable Atherosclerotic Plaques 2023-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319325 PMID:37589136	研究论文	研究探讨了女性基因网络在易损性动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞中的表达	首次揭示了女性基因网络在易损性动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞中的表达，并识别了两个主要的平滑肌细胞基因调控网络	研究主要集中在人类颈动脉斑块和Apoe-/-小鼠模型上，可能无法完全代表所有动脉粥样硬化情况	探讨女性基因网络在易损性动脉粥样硬化斑块中的作用	人类颈动脉斑块和Apoe-/-小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	人类颈动脉斑块样本和Apoe-/-小鼠模型
57	2024-09-30	CD28/PD1 co-expression: dual impact on CD8+ T cells in peripheral blood and tumor tissue, and its significance in NSCLC patients' survival and ICB response 2023-Oct-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02846-3 PMID:37898752	研究论文	研究探讨了CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响	首次通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术分析了CD8+ T细胞在不同组织中的功能状态和转录特征，揭示了CD28在免疫检查点抑制剂反应中的关键作用	研究样本仅限于治疗前的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有患者的情况	探讨CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响	CD8+ T细胞在周围血液、肿瘤组织和非肿瘤组织中的功能状态和转录特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	RNA	治疗前的非小细胞肺癌患者
58	2024-09-30	Mitochondrial dysfunction promotes the transition of precursor to terminally exhausted T cells through HIF-1α-mediated glycolytic reprogramming 2023-10-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42634-3 PMID:37891230	研究论文	研究线粒体功能障碍如何通过HIF-1α介导的糖酵解重编程促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变	揭示了线粒体功能障碍是T细胞功能耗竭的细胞内在触发因素，并通过HIF-1α介导的代谢重编程机制促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变	NA	探讨线粒体功能障碍在T细胞耗竭中的作用及其分子机制	前体T细胞（Tpex）和终末耗竭T细胞	免疫学	癌症	基因缺陷小鼠模型、单细胞转录组学和代谢组分析	NA	转录组数据、代谢数据	基因缺陷小鼠
59	2024-09-30	stVAE deconvolves cell-type composition in large-scale cellular resolution spatial transcriptomics 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad642 PMID:37862237	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器框架的方法stVAE，用于解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成	stVAE能够准确识别细胞类型及其在空间转录组数据中的相对比例，有助于理解细胞群体的异质性及其在组织中的相互作用	NA	开发一种新的方法来解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成	细胞分辨率空间转录组数据中的细胞类型组成	生物信息学	NA	空间转录组技术	变分自编码器	转录组数据	五个数据集，涵盖三种不同的生物组织
60	2024-09-28	Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology 2023-Oct-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242015339 PMID:37895019	研究论文	研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育机制的细胞模型	首次使用从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）进行单细胞RNA测序，以研究精神分裂症的神经发育机制	样本量较小，仅包括两个精神分裂症患者和两个对照组的样本	研究精神分裂症的神经发育分子机制	从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）及其在精神分裂症中的基因表达	数字病理学	精神疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	4个样本，包括2个精神分裂症患者和2个对照组