单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 414 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-12-02 |
Multimodal single-cell datasets characterize antigen-specific CD8+ T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection
2023-10, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01608-9
PMID:37735591
|
研究论文 | 本文使用多模态单细胞测序技术，对SARS-CoV-2疫苗接种和感染后的抗原特异性CD8+ T细胞进行了纵向分析 | 首次结合转录组、可及染色质景观和免疫表型，定义了疫苗诱导的CD8 T细胞亚群，并发现其与COVID-19患者临床结局相关 | 研究主要基于mRNA疫苗BNT162b2，可能不适用于其他疫苗类型；样本量有限，需进一步扩大验证 | 改善对T细胞反应的表征和量化，以补充基于抗体滴度的群体监测 | 人类循环白细胞，特别是CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | COVID-19 | 多模态测序技术，包括scRNA-seq | NA | 单细胞多模态数据（转录组、染色质可及性、免疫表型） | 纵向收集的疫苗接种前后人类白细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析 | NA | NA |
| 42 | 2025-11-29 |
Combinatorial Immunotherapy with Agonistic CD40 Activates Dendritic Cells to Express IL12 and Overcomes PD-1 Resistance
2023-10-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0699
PMID:37478171
|
研究论文 | 本研究通过组合免疫疗法激活CD40使树突状细胞表达IL12，从而克服PD-1耐药性 | 发现CCL22+CCL5+ IL12分泌型树突状细胞亚群是三联疗法的关键早期效应因子，并证明新型IL12 mRNA疗法单独使用即可克服PD-1耐药 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者数据仅限于系统性细胞因子谱比较 | 探索克服抗PD-1耐药性的免疫治疗策略 | 小鼠黑色素瘤模型和人类患者样本 | 免疫治疗 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，单细胞细胞因子分泌分析，微孔检测 | 小鼠黑色素瘤模型 | 单细胞RNA测序数据，细胞因子分泌数据 | 多数小鼠显示完全肿瘤消退 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞细胞因子分泌分析 | NA | 新型微孔检测法 |
| 43 | 2025-11-27 |
Radiotherapy-Induced Neurocognitive Impairment Is Driven by Heightened Apoptotic Priming in Early Life and Prevented by Blocking BAX
2023-10-13, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1337
PMID:37470810
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了放疗引起神经认知损伤的年龄依赖性机制，并发现阻断BAX可预防此类损伤 | 首次发现幼年神经细胞存在更高的凋亡启动状态，并阐明BAX介导的凋亡通路是放疗神经毒性的关键机制 | 研究基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证 | 探究放疗引起年龄依赖性神经认知损伤的分子机制及防护策略 | 小鼠神经干细胞、祖细胞、神经元和星形胶质细胞 | 神经科学 | 中枢神经系统肿瘤 | 单细胞RNA测序，BH3分析，组织学分析 | 小鼠放疗模型 | 基因表达数据，组织学图像 | 不同年龄阶段的小鼠神经细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2025-11-27 |
Single-Cell Characterization of Pulmonary Nodules Implicates Suppression of Immunosurveillance across Early Stages of Lung Adenocarcinoma
2023-10-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0128
PMID:37477508
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析早期肺腺癌肺结节的免疫特征，发现免疫监视在早期阶段即受到抑制 | 首次在早期肺腺癌谱系中系统揭示自然杀伤细胞和自然杀伤T细胞细胞毒性活性下降及调节性T细胞早期增加 | 样本来源仅限于手术切除的肺结节，未涵盖更广泛的早期病变类型 | 阐明早期肺肿瘤发生的免疫发病机制 | 手术切除的肺结节及相关正常肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,免疫荧光图像 | 多个手术切除肺结节样本及相关正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-11-19 |
Single-cell RNA sequencing identifies eggplant as a regulator of germ cell development in Drosophila
2023-10-09, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256475
PMID:37603128
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术发现茄子基因(eggpl)在果蝇生殖细胞发育中起关键调控作用 | 首次发现茄子基因(eggpl)在连接营养状态与生殖细胞增殖分化中的调控作用 | 研究仅限于果蝇模型，未在其他生物中进行验证 | 探索果蝇生殖细胞发育的调控机制 | 果蝇卵巢生殖系干细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,RNAi筛选,生物信息学分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2025-11-19 |
Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease
2023-10-09, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202357084
PMID:37691494
|
研究论文 | 本研究探讨微绒毛交联缺陷如何通过破坏肠道屏障功能增加结肠炎和炎症性肠病的易感性 | 首次揭示微绒毛交联在肠道屏障功能中的关键作用，并证明CDHR5缺陷与黏液层通透性增加共同导致炎症性肠病易感性 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自单细胞RNA测序分析，需要进一步验证 | 探究微绒毛交联在结肠炎和炎症性肠病发病机制中的作用 | CDHR5基因敲除小鼠和溃疡性结肠炎患者的肠道上皮细胞 | 细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,电子显微镜 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,显微图像 | CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 47 | 2025-11-19 |
Deciphering pathogenic cellular module at single-cell resolution in checkpoint inhibitor-related pneumonitis
2023-10, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02805-4
PMID:37653115
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示检查点抑制剂相关肺炎的关键致病细胞模块和分子通路 | 首次在单细胞分辨率下系统解析CIP的免疫微环境，发现CXCL13+ T细胞和CXCL9+单核细胞的关键作用，并提出具有高诊断能力的免疫特征 | 样本来源仅限于支气管肺泡灌洗液，未涉及其他组织部位；样本量相对有限 | 阐明检查点抑制剂相关肺炎的病理生理机制，为精准诊断和治疗提供新策略 | 支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 免疫相关肺炎 | 单细胞RNA测序，T细胞受体分析，拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-11-15 |
A lamprey neural cell type atlas illuminates the origins of the vertebrate brain
2023-10, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02170-1
PMID:37710042
|
研究论文 | 通过构建七鳃鳗全脑空间细胞类型图谱，揭示脊椎动物大脑的细胞和分子起源 | 首次建立无颌类脊椎动物七鳃鳗的全脑空间细胞类型图谱，通过跨物种比较重建了祖先脊椎动物大脑的细胞类型和基因表达程序 | 研究主要基于七鳃鳗与有颌脊椎动物的比较，可能无法完全代表所有脊椎动物祖先特征 | 系统追溯脊椎动物大脑的细胞和分子进化起源 | 七鳃鳗全脑组织及与其他脊椎动物（如小鼠）的神经数据比较 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,原位测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据 | 七鳃鳗全脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 49 | 2025-11-15 |
Integrating spatial transcriptomics data across different conditions, technologies and developmental stages
2023-10, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00528-w
PMID:38177758
|
研究论文 | 提出了一种名为STAligner的图注意力神经网络，用于整合和分析来自不同条件、技术和发育阶段的空间转录组数据 | 开发了首个能够同时实现空间感知数据整合、空间域识别和下游比较分析的图注意力神经网络方法 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率限制 | 开发空间转录组数据的整合分析方法，实现跨条件、技术和发育阶段的比较研究 | 人类大脑皮层切片、小鼠嗅球切片、正常与阿尔茨海默病条件下的小鼠海马组织切片、小鼠器官发生时空图谱 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 图注意力神经网络(GAT) | 空间转录组数据 | 多个物种和条件的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
STAligner enables the integration and alignment of multiple spatial transcriptomics datasets
2023-10, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00543-x
PMID:38177765
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2025-10-17 |
Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113236
PMID:37819756
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术构建人类胃部细胞图谱，揭示胃部细胞多样性和稳态调控机制 | 构建了迄今为止最大的胃部单细胞和空间转录组数据集，发现LEFTY1作为未表征的干细胞标志物 | NA | 阐明人类胃部的精确细胞生物学特征和稳态调控机制 | 人类胃部组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 约380,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-05 |
Self-patterning of human stem cells into post-implantation lineages
2023-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06354-4
PMID:37369348
|
研究论文 | 人类多能干细胞自组织形成模拟早期胚胎发育后植入阶段的三维结构 | 首次实现人类干细胞自组织形成同时包含胚胎外胚层样和胚外下胚层样谱系的三维结构，模拟了人类胚胎植入后发育的关键时空事件 | 未建立胎盘细胞类型，仅涵盖Carnegie阶段4-7的发育特征 | 理解人类早期发育的基本细胞和分子机制 | 人类多能干细胞 | 发育生物学 | 先天性疾病 | 单细胞转录组测序 | 三维干细胞自组织模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-05 |
Recent insights into the pathogenesis and therapeutic targets of chronic liver diseases
2023-Oct, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2023-100020
PMID:38074919
|
综述 | 概述慢性肝病（酒精性肝病、非酒精性脂肪性肝病和肝癌）的发病机制研究进展及潜在治疗靶点 | 重点探讨非编码RNA、自噬、肝外信号传导和巨噬细胞在肝病中的作用，并讨论单细胞RNA测序技术的应用 | 基于学术会议内容整理，未涉及原始研究数据 | 深入理解慢性肝病的发病机制并探索治疗靶点 | 酒精性肝病、非酒精性脂肪性肝病和肝癌 | 肝病学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis
2023-10-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01728-6
PMID:37858214
|
研究论文 | 开发了一个名为scMayoMap的易于使用的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具及其配套数据库 | 构建了全面的细胞标记物数据库scMayoMapDatabase，并开发了无需标记训练数据集或预定义细胞亚群标记物的用户友好注释工具 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 开发准确且用户友好的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 48个独立的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
Cell-intrinsic and -extrinsic effects of SARS-CoV-2 RNA on pathogenesis: single-cell meta-analysis
2023-10-24, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00375-23
PMID:37737611
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq数据的荟萃分析，研究SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 首次通过跨物种单细胞荟萃分析评估临床前模型模拟人类COVID-19的能力，并发现病毒RNA在多种非上皮细胞中的广泛传播 | 仅分析六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集，样本量有限 | 评估SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 人类和五种动物模型（K18-hACE2小鼠、仓鼠、雪貂、猕猴等）的肺细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq, 双映射分析, 差异基因表达分析, 主成分分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05109-y
PMID:37428249
|
研究论文 | 本研究通过整合乳腺癌单细胞测序和bulk RNA数据，揭示了双硫死亡相关基因在肿瘤微环境中的浸润特征并构建了风险预测模型 | 首次将新发现的细胞死亡方式双硫死亡与乳腺癌免疫治疗响应相关联，并识别出TNFRSF14作为关键调控基因 | 研究基于生物信息学分析，需要进一步实验验证双硫死亡与免疫治疗协同作用的机制 | 探索双硫死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用 | 乳腺癌患者样本数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, bulk RNA测序, hdWGCNA, WGCNA, LASSO分析 | Cox比例风险模型, LASSO回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296700
PMID:37873287
|
研究论文 | 本研究探讨了改进的样本处理流程对深度学习增强空间转录组学分析的影响 | 开发了增强型样本处理工作流程，利用Visium CytAssist检测的灵活性实现自动化H&E染色和高分辨率全玻片成像 | 研究队列规模较小，仅包含13名pT3期结直肠癌患者 | 评估改进的样本处理流程对深度学习空间转录组学分析性能的提升 | 结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | Inceptionv3 | 图像, 基因表达数据 | 13名pT3期结直肠癌患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist检测，支持自动化H&E染色和40x分辨率全玻片成像 |
| 58 | 2025-10-06 |
Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296701
PMID:37873186
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过单细胞组织学模式推断空间转录组学的方法，用于研究结肠癌肿瘤异质性 | 开发了细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，实现从组织学单独推断空间mRNA表达模式 | 需要与病理学家合作进行精确的空间细胞类型识别，并需使用更先进的检测方法进行严格验证 | 探索整合单细胞组织学和转录组数据来推断空间mRNA表达模式 | pT3期结直肠癌患者的全切片图像 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 细胞图神经网络 | 图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间基因表达解决方案 |
| 59 | 2025-10-06 |
MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad592
PMID:37740957
|
研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序数据中个性化动态基因网络的多主体社区检测方法 | 首次同时处理多个主体和多个时间点的网络，通过谱聚类框架促进主体间和不同时间点网络间的信息共享 | NA | 从个性化动态基因共表达网络中识别随时间变化和主体间共享或可变的基因社区 | 人类诱导多能干细胞在多巴胺能神经元分化过程中的单细胞RNA测序数据和CD4+ T细胞激活数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 谱聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
Investigation and verification of GIMAP6 as a robust biomarker for prognosis and tumor immunity in lung adenocarcinoma
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04980-z
PMID:37338641
|
研究论文 | 本研究验证了GIMAP6作为肺腺癌预后和肿瘤免疫的稳健生物标志物 | 首次系统验证GIMAP6在肺腺癌中的预后价值和免疫调节功能，并构建了包含GIMAP6的预后预测列线图 | NA | 探究GIMAP6在肺腺癌发展和肿瘤免疫中的作用机制 | 肺腺癌患者和肺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RT-qPCR, western blotting, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 单细胞RNA测序 | 列线图 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库中的肺腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | TIMER 2.0和Tumor Immune Single-cell Hub数据库 |