单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-10-04	Transforming Growth Factor-β Blockade in Pancreatic Cancer Enhances Sensitivity to Combination Chemotherapy 2023-10, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.05.038 PMID:37263309	研究论文	研究探讨了在胰腺癌中阻断TGFβ与化疗联合使用的效果	首次证明了TGFβ阻断在胰腺癌模型中增强化疗敏感性的作用，并提供了在临床环境中评估NIS793与FOLFIRINOX或吉西他滨/纳米颗粒（白蛋白结合）紫杉醇联合化疗的理论基础	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究TGFβ阻断在胰腺癌中与化疗联合使用的效果	胰腺癌细胞及其微环境	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序和免疫荧光	NA	RNA序列和免疫荧光图像	使用了正位胰腺癌模型中的小鼠样本
42	2024-10-04	Divergent Actions of Renal Tubular and Endothelial Type 1 IL-1 Receptor Signaling in Toxin-Induced AKI 2023-10-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000191 PMID:37545036	研究论文	研究IL-1受体1在肾小管和内皮细胞中的不同信号传导对毒素诱导的急性肾损伤的影响	发现IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的激活对急性肾损伤有相反的影响，肾小管中的激活加剧损伤，而内皮细胞中的激活减轻损伤	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证结果	探讨IL-1R1在不同肾脏细胞类型中的信号传导对急性肾损伤的影响	IL-1R1在肾小管和内皮细胞中的信号传导	NA	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的肾脏组织样本
43	2024-10-04	Single-cell analysis of dorsal root ganglia reveals metalloproteinase signaling in satellite glial cells and pain 2023-10, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.08.005 PMID:37557960	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析背根神经节中的卫星胶质细胞，揭示了金属蛋白酶信号在疼痛中的作用	首次揭示了卫星胶质细胞中金属蛋白酶信号通路在处理躯体感觉刺激中的作用，并发现了一种潜在的疼痛治疗方法	研究主要集中在体外实验和细胞水平，尚未在动物模型或人体中验证	探讨卫星胶质细胞在疼痛中的作用及其分子机制	背根神经节中的卫星胶质细胞和感觉神经元	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	多个卫星胶质细胞样本
44	2024-10-02	Spatially Resolved Transcriptomics Technology Facilitates Cancer Research 2023-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202302558 PMID:37632718	综述	本文综述了空间转录组学技术在癌症研究中的应用及其在揭示基因表达和细胞功能空间位置方面的主要成就	空间转录组学技术（SRT）能够探索特定细胞与其空间背景之间的关系，弥补了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在空间信息上的不足	NA	旨在通过深入理解肿瘤细胞与周围非恶性细胞的相互作用，开发更有效的临床治疗策略	肿瘤细胞及其周围非恶性细胞的空间位置与功能	数字病理学	癌症	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	NA
45	2024-10-02	Lepr-Expressing PDLSCs Contribute to Periodontal Homeostasis and Respond to Mechanical Force by Piezo1 2023-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303291 PMID:37553778	研究论文	研究揭示了Lepr+ PDLSCs在牙周稳态中的作用及其对机械力的响应机制	首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术鉴定出Lepr+ PDLSCs，并发现Piezo1介导了Lepr+ PDLSCs的机械感应	NA	探讨Lepr+ PDLSCs在牙周稳态中的作用及其对机械力的响应机制	Lepr+ PDLSCs及其在牙周组织修复和稳态维持中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
46	2024-10-01	Revealing the impact of CD70 expression on the manufacture and functions of CAR-70 T-cells based on single-cell transcriptomics 2023-Oct, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03475-7 PMID:37382633	研究论文	研究基于单细胞转录组学揭示CD70表达对CAR-70 T细胞制造和功能的影响	首次探讨了在CAR T细胞制造过程中敲除CD70对T细胞扩增、存活和抗肿瘤效果的影响	研究仅限于实验室环境，尚未在临床上验证其效果	探讨CD70表达对CAR-70 T细胞制造和功能的影响，为CAR T细胞治疗T细胞癌症提供指导	CD70敲除和野生型CAR-70 T细胞的制造和抗肿瘤能力	细胞治疗	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序和TCR测序	NA	基因表达数据	CD70敲除和野生型CAR-70 T细胞
47	2024-10-01	Identification of an antigen-presenting cells/T/NK cells-related gene signature to predict prognosis and CTSL to predict immunotherapeutic response for lung adenocarcinoma: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 2023-Oct, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03485-5 PMID:37458771	研究论文	本研究旨在通过综合分析bulk和单细胞RNA测序数据，识别与抗原呈递细胞（APC）/T/NK细胞相关的基因特征（ATNKGS）和潜在的免疫细胞相关基因（IRGs），以实现肺癌腺癌（LUAD）患者的危险分层、预后预测和免疫治疗反应预测	本研究首次构建了一个包含16个基因的ATNKGS，用于预测LUAD患者的总体生存率，并揭示了CTSL在免疫治疗反应预测中的重要作用	本研究主要基于公共数据集和外部免疫治疗队列进行验证，未来需要更多的临床试验数据来进一步验证这些发现	识别与APC/T/NK细胞相关的基因特征和潜在的免疫细胞相关基因，以实现LUAD患者的危险分层、预后预测和免疫治疗反应预测	肺癌腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	RNA测序	LASSO Cox回归	RNA测序数据	1108名患者
48	2024-10-01	Female Gene Networks Are Expressed in Myofibroblast-Like Smooth Muscle Cells in Vulnerable Atherosclerotic Plaques 2023-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319325 PMID:37589136	研究论文	研究探讨了女性基因网络在易损性动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞中的表达	首次揭示了女性基因网络在易损性动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞中的表达，并识别了两个主要的平滑肌细胞基因调控网络	研究主要集中在人类颈动脉斑块和Apoe-/-小鼠模型上，可能无法完全代表所有动脉粥样硬化情况	探讨女性基因网络在易损性动脉粥样硬化斑块中的作用	人类颈动脉斑块和Apoe-/-小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	人类颈动脉斑块样本和Apoe-/-小鼠模型
49	2024-09-30	CD28/PD1 co-expression: dual impact on CD8+ T cells in peripheral blood and tumor tissue, and its significance in NSCLC patients' survival and ICB response 2023-Oct-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02846-3 PMID:37898752	研究论文	研究探讨了CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响	首次通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术分析了CD8+ T细胞在不同组织中的功能状态和转录特征，揭示了CD28在免疫检查点抑制剂反应中的关键作用	研究样本仅限于治疗前的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有患者的情况	探讨CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响	CD8+ T细胞在周围血液、肿瘤组织和非肿瘤组织中的功能状态和转录特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	RNA	治疗前的非小细胞肺癌患者
50	2024-09-30	Mitochondrial dysfunction promotes the transition of precursor to terminally exhausted T cells through HIF-1α-mediated glycolytic reprogramming 2023-10-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42634-3 PMID:37891230	研究论文	研究线粒体功能障碍如何通过HIF-1α介导的糖酵解重编程促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变	揭示了线粒体功能障碍是T细胞功能耗竭的细胞内在触发因素，并通过HIF-1α介导的代谢重编程机制促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变	NA	探讨线粒体功能障碍在T细胞耗竭中的作用及其分子机制	前体T细胞（Tpex）和终末耗竭T细胞	免疫学	癌症	基因缺陷小鼠模型、单细胞转录组学和代谢组分析	NA	转录组数据、代谢数据	基因缺陷小鼠
51	2024-09-30	stVAE deconvolves cell-type composition in large-scale cellular resolution spatial transcriptomics 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad642 PMID:37862237	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器框架的方法stVAE，用于解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成	stVAE能够准确识别细胞类型及其在空间转录组数据中的相对比例，有助于理解细胞群体的异质性及其在组织中的相互作用	NA	开发一种新的方法来解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成	细胞分辨率空间转录组数据中的细胞类型组成	生物信息学	NA	空间转录组技术	变分自编码器	转录组数据	五个数据集，涵盖三种不同的生物组织
52	2024-09-28	Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology 2023-Oct-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242015339 PMID:37895019	研究论文	研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育机制的细胞模型	首次使用从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）进行单细胞RNA测序，以研究精神分裂症的神经发育机制	样本量较小，仅包括两个精神分裂症患者和两个对照组的样本	研究精神分裂症的神经发育分子机制	从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）及其在精神分裂症中的基因表达	数字病理学	精神疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	4个样本，包括2个精神分裂症患者和2个对照组
53	2024-09-28	Hematologic Neoplasms Associated with Down Syndrome: Cellular and Molecular Heterogeneity of the Diseases 2023-Oct-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242015325 PMID:37895004	研究论文	本文探讨了唐氏综合症（DS）相关血液肿瘤的细胞和分子异质性	利用单细胞多组学技术，如单细胞RNA测序和数字空间分析，提供了对DS相关血液肿瘤细胞和分子异质性的新见解	唐氏综合症易患白血病的分子基础尚未完全理解	研究唐氏综合症相关血液肿瘤的分子基础和异质性	唐氏综合症相关髓系白血病（ML-DS）和急性淋巴细胞白血病（ALL-DS）	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序，数字空间分析	NA	单细胞RNA数据，空间数据	NA
54	2024-09-28	Molecular signature incorporating the immune microenvironment enhances thyroid cancer outcome prediction 2023-Oct-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100409 PMID:37868034	研究论文	本文通过大规模的DNA/RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光技术，识别出甲状腺恶性肿瘤的高风险突变和独特的分子特征，提出了一种新的分子评分系统（MAP评分），用于改善甲状腺癌的预后预测	本文提出了一个新的分子评分系统（MAP评分），该评分系统结合了基因突变、细胞分化和肿瘤微环境的信息，提供了比单独使用高风险突变更准确的预后预测	本文的研究样本仅来自两家三级医疗中心，样本量有限，可能影响结果的普适性	提高甲状腺癌的预后预测准确性，并探索潜在的免疫治疗靶点	甲状腺癌患者及其肿瘤样本	数字病理学	甲状腺癌	DNA/RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	251名患者，312个样本
55	2024-09-28	Mural cell-derived chemokines provide a protective niche to safeguard vascular macrophages and limit chronic inflammation 2023-Oct-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.08.002 PMID:37652021	研究论文	研究探讨了壁细胞衍生的趋化因子如何保护血管巨噬细胞并限制慢性炎症	揭示了壁细胞通过表达趋化因子CCL2和MIF来维持血管巨噬细胞的生存和稳态功能，从而在动脉粥样硬化中保护巨噬细胞免受坏死核心的影响	研究主要集中在动脉粥样硬化模型中，可能需要进一步验证在其他慢性炎症疾病中的适用性	研究维持血管巨噬细胞的机制，以限制慢性炎症和组织损伤	血管巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞转录组学、共培养和基因敲除实验	NA	转录组数据	NA
56	2024-09-28	Scaling cross-tissue single-cell annotation models 2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.07.561331 PMID:37873298	研究论文	本文提出了一种名为scTab的自动化、基于特征注意力的细胞类型预测模型，用于单细胞RNA测序数据，并在大规模数据集上进行了训练和验证	scTab模型能够处理大规模数据集，并利用深度集成进行不确定性量化，同时考虑了标签之间的本体关系，提高了跨组织注释的准确性	NA	开发一种能够跨组织进行细胞类型预测的自动化模型，并验证其在单细胞RNA测序数据中的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	表格数据	2220万个人类细胞
57	2024-09-28	Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) Identifies L1CAM as a Key Mediator between Epithelial Tuft Cell and Innate Lymphoid Cell in the Colon of Hnrnp I Knockout Mice 2023-Oct-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines11102734 PMID:37893107	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键介质L1CAM，揭示了炎症和结肠炎的细胞间通讯机制	首次揭示了L1CAM在结肠上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键作用，并通过L1CAM-整合素相互作用促进了2型免疫反应	研究仅限于Hnrnp I敲除小鼠模型，结果的普遍性和适用性有待进一步验证	探讨Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞谱系动态和细胞间通讯机制，揭示炎症和结肠炎的潜在机制	Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠上皮细胞和先天淋巴细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠单细胞样本
58	2024-09-28	Single-Cell RNA Sequencing Analysis of the Early Postnatal Mouse Lens Epithelium 2023-10-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.64.13.37 PMID:37870847	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术分析了出生后第2天小鼠晶状体上皮的转录异质性，并识别出不同的上皮细胞亚型	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，并识别出七个亚群，这些亚群反映了上皮细胞在增殖、信号传导和维持中的多样性角色	NA	研究小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，识别不同的上皮细胞亚型，以更好地理解晶状体的生长、分化和稳态	出生后第2天的小鼠晶状体上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	出生后第2天的小鼠晶状体样本
59	2024-09-28	A Specialized Epithelial Cell Type Regulating Mucosal Immunity and Driving Human Crohn's Disease 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.560293 PMID:37873404	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析，揭示了一种新型上皮细胞类型LND在克罗恩病中的作用	首次发现并描述了一种新型上皮细胞类型LND，其在克罗恩病中的表达显著增加，并与免疫调节和抗菌反应相关	研究样本仅限于65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照，样本量有限	探讨克罗恩病中上皮细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用	克罗恩病患者和非炎症性肠病对照的回肠末端和升结肠样本	NA	克罗恩病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	170个样本，包括65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照
60	2024-09-28	Multi-modal transcriptomic analysis unravels enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.558960 PMID:37873432	研究论文	本文通过多模态转录组数据分析，揭示了基底乳腺癌中混合上皮/间充质状态的富集和表型异质性的增强	本文创新性地整合了批量、单细胞和空间转录组数据，揭示了上皮-间充质转化与管腔-基底可塑性之间的关联，并提出了基于数学模型的机制解释	本文主要基于转录组数据和数学模型，未涉及实验验证，可能影响结论的直接应用	研究肿瘤内表型异质性的分子起源，并开发新的治疗策略	乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	转录组学	数学模型	转录组数据	涉及乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本