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当前共找到 413 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis
2023-10-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01728-6
PMID:37858214
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研究论文 | 开发了一个名为scMayoMap的易于使用的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具及其配套数据库 | 构建了全面的细胞标记物数据库scMayoMapDatabase，并开发了无需标记训练数据集或预定义细胞亚群标记物的用户友好注释工具 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 开发准确且用户友好的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 48个独立的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Cell-intrinsic and -extrinsic effects of SARS-CoV-2 RNA on pathogenesis: single-cell meta-analysis
2023-10-24, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00375-23
PMID:37737611
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研究论文 | 通过单细胞RNA-seq数据的荟萃分析，研究SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 首次通过跨物种单细胞荟萃分析评估临床前模型模拟人类COVID-19的能力，并发现病毒RNA在多种非上皮细胞中的广泛传播 | 仅分析六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集，样本量有限 | 评估SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 人类和五种动物模型（K18-hACE2小鼠、仓鼠、雪貂、猕猴等）的肺细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq, 双映射分析, 差异基因表达分析, 主成分分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05109-y
PMID:37428249
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研究论文 | 本研究通过整合乳腺癌单细胞测序和bulk RNA数据，揭示了双硫死亡相关基因在肿瘤微环境中的浸润特征并构建了风险预测模型 | 首次将新发现的细胞死亡方式双硫死亡与乳腺癌免疫治疗响应相关联，并识别出TNFRSF14作为关键调控基因 | 研究基于生物信息学分析，需要进一步实验验证双硫死亡与免疫治疗协同作用的机制 | 探索双硫死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用 | 乳腺癌患者样本数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, bulk RNA测序, hdWGCNA, WGCNA, LASSO分析 | Cox比例风险模型, LASSO回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 对九种单细胞多组学数据整合算法进行基准测试，评估多组学数据对单模态数据分析的指导作用 | 首次系统性地评估了配对和非配对单细胞RNA-seq与ATAC-seq数据的联合整合方法 | 未提及具体的数据集规模和实验设计的局限性 | 评估单细胞多组学数据整合算法在细胞类型注释和peak-基因关联分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据、单核ATAC测序数据和多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序、多组学测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296700
PMID:37873287
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研究论文 | 本研究探讨了改进的样本处理流程对深度学习增强空间转录组学分析的影响 | 开发了增强型样本处理工作流程，利用Visium CytAssist检测的灵活性实现自动化H&E染色和高分辨率全玻片成像 | 研究队列规模较小，仅包含13名pT3期结直肠癌患者 | 评估改进的样本处理流程对深度学习空间转录组学分析性能的提升 | 结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | Inceptionv3 | 图像, 基因表达数据 | 13名pT3期结直肠癌患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist检测，支持自动化H&E染色和40x分辨率全玻片成像 |
| 26 | 2025-10-06 |
Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296701
PMID:37873186
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研究论文 | 本研究开发了一种通过单细胞组织学模式推断空间转录组学的方法，用于研究结肠癌肿瘤异质性 | 开发了细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，实现从组织学单独推断空间mRNA表达模式 | 需要与病理学家合作进行精确的空间细胞类型识别，并需使用更先进的检测方法进行严格验证 | 探索整合单细胞组织学和转录组数据来推断空间mRNA表达模式 | pT3期结直肠癌患者的全切片图像 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 细胞图神经网络 | 图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间基因表达解决方案 |
| 27 | 2025-10-06 |
MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad592
PMID:37740957
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序数据中个性化动态基因网络的多主体社区检测方法 | 首次同时处理多个主体和多个时间点的网络，通过谱聚类框架促进主体间和不同时间点网络间的信息共享 | NA | 从个性化动态基因共表达网络中识别随时间变化和主体间共享或可变的基因社区 | 人类诱导多能干细胞在多巴胺能神经元分化过程中的单细胞RNA测序数据和CD4+ T细胞激活数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 谱聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-10-06 |
Investigation and verification of GIMAP6 as a robust biomarker for prognosis and tumor immunity in lung adenocarcinoma
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04980-z
PMID:37338641
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研究论文 | 本研究验证了GIMAP6作为肺腺癌预后和肿瘤免疫的稳健生物标志物 | 首次系统验证GIMAP6在肺腺癌中的预后价值和免疫调节功能，并构建了包含GIMAP6的预后预测列线图 | NA | 探究GIMAP6在肺腺癌发展和肿瘤免疫中的作用机制 | 肺腺癌患者和肺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RT-qPCR, western blotting, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 单细胞RNA测序 | 列线图 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库中的肺腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | TIMER 2.0和Tumor Immune Single-cell Hub数据库 |
| 29 | 2025-10-06 |
Comprehensive landscape of the miRNA-regulated prognostic marker LAYN with immune infiltration and stemness in pan-cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04986-7
PMID:37335337
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法系统分析了LAYN基因在泛癌中的表达特征、预后价值和免疫调控功能 | 首次从泛癌角度全面分析LAYN基因，发现其与免疫浸润、肿瘤干细胞性和预后的关联，并预测其作为mRNA疫苗和分子治疗新靶点的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证；部分结论需要进一步临床研究确认 | 探讨LAYN基因在泛癌中的表达模式、预后价值和生物学功能 | 人类多种癌症类型和正常组织样本 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 生物信息学分析，单细胞测序，机器学习 | 机器学习预后模型 | 基因表达数据，单细胞测序数据，临床预后数据 | 来自GTEx和TCGA数据库的健康和癌症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-10-06 |
LncRNAs associated with vascular mimicry establish a novel molecular subtype and prognostic model for pancreatic cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05015-3
PMID:37400573
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研究论文 | 本研究通过血管生成拟态相关lncRNAs建立了胰腺癌的新型分子分型和预后模型 | 首次开发了基于血管生成拟态相关lncRNAs的胰腺癌分子分型，并构建了相应的预后风险模型 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索血管生成拟态在胰腺癌中的作用并建立相关预后模型 | 胰腺癌患者数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,差异分析,Spearman相关分析,非负矩阵分解算法 | Cox回归模型,LASSO回归模型 | 基因表达数据,临床病理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05058-6
PMID:37410142
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析识别间充质干细胞相关标志基因，构建了胃癌预后预测和药物敏感性评估模型 | 首次整合单细胞和批量测序数据构建MSC相关预后特征，并验证其在免疫微环境调节和药物敏感性预测中的价值 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证MSC特征的功能机制 | 评估间充质干细胞相关特征在胃癌预后预测和药物敏感性中的价值 | 胃癌患者和胃癌细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR | Cox回归风险模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA-STAD训练队列和GEO验证队列的胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05011-7
PMID:37369799
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研究论文 | 基于单细胞和批量RNA测序识别癌症相关成纤维细胞相关亚型并构建前列腺癌生化复发预后模型 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据，通过NMF聚类识别CAF相关前列腺癌亚型，并建立BCR相关CAF特征标志 | 研究依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 研究前列腺癌中癌症相关成纤维细胞特征并开发生化复发预后预测模型 | 前列腺癌患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NMF聚类, Lasso回归, Cox回归, 列线图 | RNA测序数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的前列腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
Identification a unique disulfidptosis classification regarding prognosis and immune landscapes in thyroid carcinoma and providing therapeutic strategies
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05006-4
PMID:37347261
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研究论文 | 本研究通过双硫死亡相关基因建立了甲状腺癌的新型分类系统，用于预测患者预后和免疫治疗敏感性 | 首次将双硫死亡与甲状腺癌预后关联，建立了基于24个双硫死亡基因的分类模型和预后指数 | 研究机制尚未完全阐明，双硫死亡与甲状腺乳头状癌预后的具体关联仍需进一步验证 | 探讨双硫死亡与甲状腺癌预后的关系，开发基于双硫死亡基因的预后预测模型 | 甲状腺癌患者 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 非负矩阵分解，单细胞转录组分析，多变量cox回归分析 | Enet模型，列线图模型 | 基因表达谱，体细胞突变信息，拷贝数变异数据，临床数据 | TCGA甲状腺癌患者数据集和GEO数据库GSE184362单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation
2023-10, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02815-2
PMID:37634007
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研究论文 | 本研究揭示甲状腺激素受体α1通过调控PAX8基因表达促进未分化甲状腺癌细胞向分化状态转变 | 首次发现TRα1作为甲状腺分化新调控因子，通过单细胞转录组分析揭示其通过多信号通路抑制肿瘤生长的分子机制 | 研究仅基于两种ATC细胞系，缺乏体内实验验证 | 探索TRα1在未分化甲状腺癌进展中的功能作用 | 人未分化甲状腺癌细胞系THJ-11T和THJ-16T | 癌症生物学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序，分子分析 | NA | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 两种人ATC细胞系及其TRα1稳定表达株系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-10-06 |
Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf6484
PMID:37824669
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研究论文 | 本研究通过病毒遗传标记和Patch-seq技术系统表征了人类新皮质中多种GABA能中间神经元的形态电生理特性 | 揭示了PVALB和SST亚类之间的过渡特征，发现了丰富转录组类型中的形态异质性，识别了灵长类特化的双束细胞多个空间独特类型 | 研究基于脑切片样本，可能无法完全反映在体状态下的神经元特性 | 完善新兴的转录组细胞类型分类并理解人类脑细胞类型的保守和特化特性 | 人类新皮质中的GABA能中间神经元 | 神经科学 | NA | 病毒遗传标记，Patch-seq（膜片钳电生理学加单细胞RNA测序） | NA | 电生理数据，单细胞转录组数据，形态学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response
2023-10-01, The American journal of psychiatry
DOI:10.1176/appi.ajp.20220478
PMID:37491937
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研究论文 | 首次使用单核RNA测序技术研究创伤后应激障碍和重度抑郁症患者背外侧前额叶皮层的细胞类型特异性转录组机制 | 首次在PTSD中进行死后脑组织的单核RNA测序研究，揭示了细胞类型特异性机制，特别是在兴奋性和抑制性神经元中发现的17q21.31基因座相关差异表达基因 | 样本量相对有限（11例PTSD，10例MDD，11例对照），且为死后脑组织研究 | 阐明PTSD和MDD在背外侧前额叶皮层的细胞类型特异性转录组病理机制 | 人类死后背外侧前额叶皮层样本，包括PTSD患者、MDD患者和对照受试者 | 单细胞转录组学 | 创伤后应激障碍,重度抑郁症 | 单核RNA测序,诱导多能干细胞分化 | 差异基因表达分析 | 单核RNA测序数据 | 32个DLPFC样本（约415K细胞核），复制样本15个DLPFC样本（约160K细胞核） | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Discoveries in Retina Physiology and Disease Biology Using Single-Cell RNA Sequencing
2023-10-19, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2810247
PMID:37919055
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综述 | 本文系统回顾单细胞RNA测序技术在视网膜生理和疾病生物学研究中的应用进展 | 系统梳理scRNA-seq技术在视网膜细胞亚型鉴定和疾病机制研究中的独特价值，提供对视网膜发育和疾病分子基础的新见解 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在视网膜生理功能和疾病生物学研究中的应用 | 视网膜神经元细胞和胶质细胞 | 数字病理 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.29.560193
PMID:37873257
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研究论文 | 开发了一种整合scHi-C和scRNA-seq数据的计算方法，用于定义3D染色质结构调控的细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，提出了拓扑整合亚群(TISPs)的新概念 | 研究主要基于乳腺癌细胞模型系统，需要在更多癌症类型中验证 | 研究3D染色质结构如何调控细胞异质性和生物学功能 | 乳腺癌细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scHi-C, scRNA-seq | MUDI算法 | 单细胞3D基因组数据, 单细胞转录组数据 | 公开数据和新生成的scHi-C及scRNA-seq数据 | NA | 单细胞Hi-C, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Programs, Origins, and Niches of Immunomodulatory Myeloid Cells in Gliomas
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.24.563466
PMID:37961527
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胶质瘤中183,062个髓系细胞的免疫调节程序 | 首次发现胶质瘤相关髓系细胞普遍表达四种免疫调节活性程序，并证明这些程序由微环境信号驱动而非细胞类型或起源 | 研究主要基于人类肿瘤样本，需要进一步功能验证 | 解析胶质瘤中免疫调节性髓系细胞的程序、起源和生态位 | 人类胶质瘤中的髓系细胞 | 单细胞生物学 | 胶质瘤 | scRNA-seq, 线粒体DNA谱系追踪, 空间转录组学, 类器官外植系统 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 85个人类肿瘤中的183,062个髓系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
HCG18, LEF1AS1 and lncCEACAM21 as biomarkers of disease severity in the peripheral blood mononuclear cells of COVID-19 patients
2023-10-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04497-6
PMID:37884975
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研究论文 | 通过RNA测序鉴定外周血单核细胞中与COVID-19严重程度相关的长链非编码RNA生物标志物 | 首次发现HCG18-242、HCG18-244、LEF1-AS1和lncCEACAM21这四种lncRNA在COVID-19患者PBMCs中的表达水平与疾病严重程度和死亡率相关 | 研究样本量有限，需要更大规模的研究验证 | 寻找可靠的COVID-19严重程度早期分层生物标志物 | COVID-19住院患者的外周血单核细胞 | 生物标志物研究 | COVID-19 | RNA测序, qPCR, 单细胞转录组分析 | NA | RNA测序数据, 基因表达数据 | 111名住院COVID-19患者 | NA | RNA-seq, 单细胞转录组测序 | NA | NA |