单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-11-08	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2023-Oct-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3384541/v1 PMID:37886581	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架用于单细胞RNA测序分析	本文的创新点在于提出了贝叶斯-频率主义混合框架，以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的局限性在于仅在一个特例（特发性肺纤维化）中进行了验证，尚未在其他疾病或数据集中进行广泛验证	本文的研究目的是提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺部疾病	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
22	2024-11-07	Transcriptional Landscape of Cotton Roots in Response to Salt Stress at Single-cell Resolution 2023-Oct-27, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2023.100740 PMID:39492159	研究论文	本研究通过单细胞转录组技术系统分析了棉花根系对盐胁迫的响应	首次在单细胞分辨率下描绘了盐胁迫下棉花根系的转录图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹	NA	探究盐胁迫下棉花根系的分子机制	棉花根系在盐胁迫下的响应	NA	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	从自然生长和不同盐处理条件下的5天龄侧根尖中获得了56,281个高质量细胞
23	2024-11-04	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-10-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03073-x PMID:37875977	研究论文	本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用	本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性	本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性	评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	多组学数据集中的细胞核数量
24	2024-11-02	IL-21-producing effector Tfh cells promote B cell alloimmunity in lymph nodes and kidney allografts 2023-Oct-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169793 PMID:37870962	研究论文	研究IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用及其对B细胞克隆动力学的影响	首次揭示了IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的具体亚群、起源和功能	研究基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用	IL-21产生效应Tfh细胞及其在肾移植排斥中的功能	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
25	2024-10-28	Liquid-biopsy proteomics combined with AI identifies cellular drivers of eye aging and disease in vivo 2023-10-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.09.012 PMID:37863056	研究论文	本文通过结合液体活检蛋白质组学和单细胞转录组学，追踪了5953种蛋白质在房水中的细胞来源，并开发了人工智能模型评估个体细胞的衰老情况	本文首次将液体活检蛋白质组学与单细胞转录组学结合，用于追踪非再生器官如眼睛和大脑的疾病机制，并揭示了帕金森病中的视网膜退化现象	本文的研究主要集中在眼睛，尚未扩展到其他器官系统	研究眼睛衰老和疾病的细胞驱动因素，并开发新的分子诊断和预后方法	眼睛中的5953种蛋白质及其细胞来源，以及个体细胞的衰老情况	生物信息学	眼科疾病	液体活检蛋白质组学，单细胞转录组学	人工智能模型	蛋白质组学数据，转录组学数据	5953种蛋白质
26	2024-10-26	Microfluidic single-cell migration chip reveals insights into the impact of extracellular matrices on cell movement 2023-10-24, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00651d PMID:37750357	研究论文	开发了一种高通量微流控细胞迁移芯片，结合机器人液体处理和计算机视觉技术，监测3200个单细胞的运动，研究细胞外基质对细胞迁移的影响	开发了高通量微流控细胞迁移芯片，提供前所未有的单细胞分辨率，研究不同细胞外基质对三阴性乳腺癌细胞迁移的影响	研究主要集中在三阴性乳腺癌细胞，未涵盖所有类型的细胞和疾病	研究细胞外基质对细胞迁移的影响，为开发治疗与细胞迁移相关疾病的新策略提供见解	三阴性乳腺癌细胞在不同细胞外基质中的迁移行为	数字病理学	乳腺癌	微流控技术	NA	图像	3200个单细胞
27	2024-10-26	A subpopulation of lipogenic brown adipocytes drives thermogenic memory 2023-Oct, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00893-w PMID:37783943	研究论文	本文研究了短暂寒冷暴露后棕色脂肪组织的长期转录和代谢适应机制	发现了一种脂质生成棕色脂肪细胞亚群，该亚群在短暂寒冷暴露后驱动热生成记忆，并能改善二次寒冷暴露时的热生成反应	NA	探讨短暂环境刺激后长期适应的机制	棕色脂肪组织及其在寒冷暴露后的转录和代谢适应	NA	肥胖	单核RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
28	2024-10-20	Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data 2023-10-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.08.004 PMID:37751736	review	本文综述了单细胞基因组学数据在细胞随机系统生物学中的应用	提出了一个统一的数学框架，用于整合单分子生物随机性和基因组学技术变异	NA	探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用	RNA转录过程和微流控单细胞RNA测序的封装及文库构建步骤	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
29	2024-10-19	Identification of monocyte-associated pathways participated in the pathogenesis of pulmonary arterial hypertension based on omics-data 2023-Oct, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.12319 PMID:38130888	研究论文	本研究基于组学数据，探讨了单核细胞相关通路在肺动脉高压发病机制中的作用	首次结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了单核细胞在肺动脉高压中的浸润情况及其相关信号通路	研究主要基于现有数据库中的数据，缺乏体内实验验证	评估免疫细胞浸润在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉高压患者中的单核细胞及其相关信号通路	数字病理学	心血管疾病	微阵列数据分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于GEO数据库中的微阵列数据集和单细胞RNA测序数据
30	2024-10-16	Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics 2023-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277891.123 PMID:37903634	研究论文	本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取	PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用	NA	开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释	空间转录组数据中的空间域	空间转录组学	NA	贝叶斯神经网络	变分图卷积自编码器	转录组数据	多个技术生成的数据集
31	2024-10-16	Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model 2023-10-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201871 PMID:37796037	研究论文	研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线	开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA）	研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异	旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制	人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序
32	2024-10-14	Single-cell transcriptomics provide insight into metastasis-related subsets of breast cancer 2023-10-19, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-023-01728-y PMID:37858183	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，深入探讨了乳腺癌转移相关的特殊或罕见细胞亚群	结合空间转录组分析，实时可视化肿瘤微环境中恶性与非恶性细胞的异质性，并系统总结了这些细胞亚群的功能、分子特征及相应的治疗策略	NA	深入研究乳腺癌转移相关的特殊或罕见细胞亚群，为乳腺癌转移的机制研究提供依据，并为个性化精准治疗提供新线索	乳腺癌转移相关的特殊或罕见细胞亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序技术	NA	转录组数据	NA
33	2024-10-14	Dual spatially resolved transcriptomics for human host-pathogen colocalization studies in FFPE tissue sections 2023-10-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03080-y PMID:37858234	研究论文	本文介绍了一种空间转录组学方法，用于在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织切片中同时捕获宿主和病原体转录组的空间基因表达信息	本文提出了一种新的空间转录组学方法，能够在FFPE样本中同时无偏检测宿主和病原体的转录组	NA	研究宿主与病原体相互作用的空间转录组学方法	COVID-19患者的肺样本	空间转录组学	COVID-19	空间转录组学	NA	转录组数据	COVID-19患者的肺样本
34	2024-10-13	Performance of computational algorithms to deconvolve heterogeneous bulk ovarian tumor tissue depends on experimental factors 2023-10-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03077-7 PMID:37864274	研究论文	研究了计算算法在解卷积异质性卵巢肿瘤组织时受实验因素影响的性能	首次系统研究了实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响，并提供了方法开发者和实验设计者的建议	未详细讨论所有可能的实验因素对解卷积方法的影响	探讨实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响	高级别浆液性卵巢肿瘤	生物信息学	卵巢癌	单细胞基因表达谱	NA	基因表达数据	多个高级别浆液性卵巢肿瘤样本
35	2024-10-13	Measuring cell-to-cell expression variability in single-cell RNA-sequencing data: a comparative analysis and applications to B cell aging 2023-10-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03036-2 PMID:37864221	研究论文	本文系统评估了14种常用的变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中测量细胞间表达变异性的表现，并应用于B细胞老化研究	本文通过模拟和真实数据集，比较了14种变异性度量方法的性能，并强调了在复杂生物过程中捕捉细胞间基因表达变异性的重要性	本文未明确指出最佳的统计方法，尤其是在面对单细胞RNA测序数据的独特数据结构如零膨胀问题时	评估不同变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中的表现，并研究B细胞分化和老化过程中的细胞间表达变异性	单细胞RNA测序数据中的细胞间表达变异性，以及B细胞分化和老化过程中的基因表达变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及造血干细胞（HSCs）和B淋巴细胞分化过程中的主要细胞类型
36	2024-10-13	Data-driven identification of total RNA expression genes for estimation of RNA abundance in heterogeneous cell types highlighted in brain tissue 2023-10-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03066-w PMID:37845779	研究论文	本文定义并识别了一种新的控制基因类别，称为总RNA表达基因（TREGs），用于下一代测序，这些基因与不同大小和转录活性的细胞类型中的总RNA丰度相关	提出了一个新的数据驱动方法，从单细胞RNA测序数据中识别TREGs，用于估计总RNA量	NA	开发一种新的方法来识别与总RNA丰度相关的基因，用于估计不同细胞类型中的RNA量	总RNA表达基因（TREGs）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	五个脑区
37	2024-10-13	Spatial transcriptomics in development and disease 2023-Oct-09, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-023-00144-0 PMID:37806992	综述	本文综述了空间转录组学在生物系统中的发展及其在疾病研究中的应用	空间转录组学技术能够同时捕获基因表达谱和细胞的空间位置信息，为研究区域基因表达、空间域和细胞间相互作用提供了新的维度	当前空间转录组学技术在通量和分辨率上仍存在局限，且数据分析和整合仍面临挑战	总结空间转录组学技术的发展历程、技术原理及其在生物医学研究中的应用，并探讨其未来发展方向	空间转录组学技术及其在发育和疾病研究中的应用	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
38	2024-10-13	Fibroblast growth factor 18 stimulates the proliferation of hepatic stellate cells, thereby inducing liver fibrosis 2023-10-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42058-z PMID:37813881	研究论文	本文研究了成纤维细胞生长因子18（Fgf18）在肝星状细胞（HSCs）增殖和肝纤维化中的作用	首次揭示了Fgf18在肝纤维化中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型和人类肝活检样本，缺乏更大规模的人类临床数据	探讨Fgf18在肝纤维化中的作用机制	肝星状细胞（HSCs）和小鼠肝纤维化模型	NA	肝纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和人类肝活检样本
39	2024-10-11	Systematic investigation of mitochondrial transfer between cancer cells and T cells at single-cell resolution 2023-10-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.09.003 PMID:37816332	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术和MERCI统计反卷积方法，系统研究了癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象	引入MERCI方法，能够追踪和量化癌细胞和T细胞之间的线粒体转移，并准确预测接收细胞及其相对线粒体组成	NA	研究癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象，并探索其潜在的治疗机会	癌细胞和T细胞之间的线粒体转移	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	统计反卷积方法	RNA序列	涉及多种癌症类型的人类癌症样本
40	2024-10-11	ZNF683 marks a CD8+ T cell population associated with anti-tumor immunity following anti-PD-1 therapy for Richter syndrome 2023-10-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.08.013 PMID:37738974	研究论文	研究分析了Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的单细胞转录组数据，发现ZNF683标记的CD8+ T细胞与抗肿瘤免疫反应相关	首次发现ZNF683在PD-1阻断治疗后标记的CD8+ T细胞与Richter综合征患者的抗肿瘤免疫反应相关	研究样本量较小，仅涉及6名Richter综合征患者和10名其他患者的预处理外周血样本	探究Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的抗肿瘤免疫反应机制	Richter综合征患者的骨髓样本和外周血样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	17个骨髓样本和10个外周血样本