单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-20	Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data 2023-10-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.08.004 PMID:37751736	review	本文综述了单细胞基因组学数据在细胞随机系统生物学中的应用	提出了一个统一的数学框架，用于整合单分子生物随机性和基因组学技术变异	NA	探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用	RNA转录过程和微流控单细胞RNA测序的封装及文库构建步骤	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
22	2024-10-19	Identification of monocyte-associated pathways participated in the pathogenesis of pulmonary arterial hypertension based on omics-data 2023-Oct, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.12319 PMID:38130888	研究论文	本研究基于组学数据，探讨了单核细胞相关通路在肺动脉高压发病机制中的作用	首次结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了单核细胞在肺动脉高压中的浸润情况及其相关信号通路	研究主要基于现有数据库中的数据，缺乏体内实验验证	评估免疫细胞浸润在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉高压患者中的单核细胞及其相关信号通路	数字病理学	心血管疾病	微阵列数据分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于GEO数据库中的微阵列数据集和单细胞RNA测序数据
23	2024-10-16	Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics 2023-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277891.123 PMID:37903634	研究论文	本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取	PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用	NA	开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释	空间转录组数据中的空间域	空间转录组学	NA	贝叶斯神经网络	变分图卷积自编码器	转录组数据	多个技术生成的数据集
24	2024-10-16	Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model 2023-10-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201871 PMID:37796037	研究论文	研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线	开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA）	研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异	旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制	人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序
25	2024-10-14	Single-cell transcriptomics provide insight into metastasis-related subsets of breast cancer 2023-10-19, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-023-01728-y PMID:37858183	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，深入探讨了乳腺癌转移相关的特殊或罕见细胞亚群	结合空间转录组分析，实时可视化肿瘤微环境中恶性与非恶性细胞的异质性，并系统总结了这些细胞亚群的功能、分子特征及相应的治疗策略	NA	深入研究乳腺癌转移相关的特殊或罕见细胞亚群，为乳腺癌转移的机制研究提供依据，并为个性化精准治疗提供新线索	乳腺癌转移相关的特殊或罕见细胞亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序技术	NA	转录组数据	NA
26	2024-10-14	Dual spatially resolved transcriptomics for human host-pathogen colocalization studies in FFPE tissue sections 2023-10-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03080-y PMID:37858234	研究论文	本文介绍了一种空间转录组学方法，用于在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织切片中同时捕获宿主和病原体转录组的空间基因表达信息	本文提出了一种新的空间转录组学方法，能够在FFPE样本中同时无偏检测宿主和病原体的转录组	NA	研究宿主与病原体相互作用的空间转录组学方法	COVID-19患者的肺样本	空间转录组学	COVID-19	空间转录组学	NA	转录组数据	COVID-19患者的肺样本
27	2024-10-13	Performance of computational algorithms to deconvolve heterogeneous bulk ovarian tumor tissue depends on experimental factors 2023-10-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03077-7 PMID:37864274	研究论文	研究了计算算法在解卷积异质性卵巢肿瘤组织时受实验因素影响的性能	首次系统研究了实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响，并提供了方法开发者和实验设计者的建议	未详细讨论所有可能的实验因素对解卷积方法的影响	探讨实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响	高级别浆液性卵巢肿瘤	生物信息学	卵巢癌	单细胞基因表达谱	NA	基因表达数据	多个高级别浆液性卵巢肿瘤样本
28	2024-10-13	Measuring cell-to-cell expression variability in single-cell RNA-sequencing data: a comparative analysis and applications to B cell aging 2023-10-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03036-2 PMID:37864221	研究论文	本文系统评估了14种常用的变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中测量细胞间表达变异性的表现，并应用于B细胞老化研究	本文通过模拟和真实数据集，比较了14种变异性度量方法的性能，并强调了在复杂生物过程中捕捉细胞间基因表达变异性的重要性	本文未明确指出最佳的统计方法，尤其是在面对单细胞RNA测序数据的独特数据结构如零膨胀问题时	评估不同变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中的表现，并研究B细胞分化和老化过程中的细胞间表达变异性	单细胞RNA测序数据中的细胞间表达变异性，以及B细胞分化和老化过程中的基因表达变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及造血干细胞（HSCs）和B淋巴细胞分化过程中的主要细胞类型
29	2024-10-13	Data-driven identification of total RNA expression genes for estimation of RNA abundance in heterogeneous cell types highlighted in brain tissue 2023-10-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03066-w PMID:37845779	研究论文	本文定义并识别了一种新的控制基因类别，称为总RNA表达基因（TREGs），用于下一代测序，这些基因与不同大小和转录活性的细胞类型中的总RNA丰度相关	提出了一个新的数据驱动方法，从单细胞RNA测序数据中识别TREGs，用于估计总RNA量	NA	开发一种新的方法来识别与总RNA丰度相关的基因，用于估计不同细胞类型中的RNA量	总RNA表达基因（TREGs）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	五个脑区
30	2024-10-13	Spatial transcriptomics in development and disease 2023-Oct-09, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-023-00144-0 PMID:37806992	综述	本文综述了空间转录组学在生物系统中的发展及其在疾病研究中的应用	空间转录组学技术能够同时捕获基因表达谱和细胞的空间位置信息，为研究区域基因表达、空间域和细胞间相互作用提供了新的维度	当前空间转录组学技术在通量和分辨率上仍存在局限，且数据分析和整合仍面临挑战	总结空间转录组学技术的发展历程、技术原理及其在生物医学研究中的应用，并探讨其未来发展方向	空间转录组学技术及其在发育和疾病研究中的应用	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
31	2024-10-13	Fibroblast growth factor 18 stimulates the proliferation of hepatic stellate cells, thereby inducing liver fibrosis 2023-10-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42058-z PMID:37813881	研究论文	本文研究了成纤维细胞生长因子18（Fgf18）在肝星状细胞（HSCs）增殖和肝纤维化中的作用	首次揭示了Fgf18在肝纤维化中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型和人类肝活检样本，缺乏更大规模的人类临床数据	探讨Fgf18在肝纤维化中的作用机制	肝星状细胞（HSCs）和小鼠肝纤维化模型	NA	肝纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和人类肝活检样本
32	2024-10-11	Systematic investigation of mitochondrial transfer between cancer cells and T cells at single-cell resolution 2023-10-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.09.003 PMID:37816332	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术和MERCI统计反卷积方法，系统研究了癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象	引入MERCI方法，能够追踪和量化癌细胞和T细胞之间的线粒体转移，并准确预测接收细胞及其相对线粒体组成	NA	研究癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象，并探索其潜在的治疗机会	癌细胞和T细胞之间的线粒体转移	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	统计反卷积方法	RNA序列	涉及多种癌症类型的人类癌症样本
33	2024-10-11	ZNF683 marks a CD8+ T cell population associated with anti-tumor immunity following anti-PD-1 therapy for Richter syndrome 2023-10-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.08.013 PMID:37738974	研究论文	研究分析了Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的单细胞转录组数据，发现ZNF683标记的CD8+ T细胞与抗肿瘤免疫反应相关	首次发现ZNF683在PD-1阻断治疗后标记的CD8+ T细胞与Richter综合征患者的抗肿瘤免疫反应相关	研究样本量较小，仅涉及6名Richter综合征患者和10名其他患者的预处理外周血样本	探究Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的抗肿瘤免疫反应机制	Richter综合征患者的骨髓样本和外周血样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	17个骨髓样本和10个外周血样本
34	2024-10-09	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560193 PMID:37873257	研究论文	开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合scHi-C和scRNA-seq数据，定义了3D调控和生物学上下文依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs），并揭示了其在乳腺癌细胞中的应用	NA	研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合及其在癌症细胞中的应用	乳腺癌细胞的3D染色质结构和基因表达	生物信息学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	多组学数据整合算法（MUDI）	基因表达数据, 染色质结构数据	NA
35	2024-10-08	Chromatin accessibility profiling of targeted cell populations with laser capture microdissection coupled to ATAC-seq 2023-10-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100598 PMID:37776856	研究论文	本研究报告了激光捕获显微切割与ATAC-seq结合（LCM-ATAC-seq）用于新鲜冷冻样本的空间染色质可及性特征分析	首次将激光捕获显微切割与ATAC-seq结合，用于空间染色质可及性分析	研究仅限于新鲜冷冻样本，未涉及其他类型的样本	探索空间表观基因组学领域，提供基因调控的进一步见解	染色质可及性在健康和疾病中的作用	表观基因组学	NA	激光捕获显微切割（LCM），ATAC-seq	NA	染色质可及性数据	新鲜冷冻样本
36	2024-10-07	Allele-specific expression reveals genetic drivers of tissue regeneration in mice 2023-10-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.08.010 PMID:37714154	研究论文	研究通过杂交MRL和非再生小鼠，利用等位基因特异性基因表达分析，揭示了与小鼠组织再生相关的顺式调控变异	首次通过等位基因特异性基因表达分析，识别出与小鼠耳部再生相关的顺式调控变异，并发现补体因子H在促进伤口修复和再生中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	揭示小鼠组织再生的分子机制，并探索其临床应用潜力	MRL小鼠和非再生小鼠的杂交后代，以及不同细胞类型的基因表达	分子生物学	NA	等位基因特异性基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	MRL和非再生小鼠的杂交后代，涉及免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞三种主要细胞类型
37	2024-10-07	Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury 2023-Oct-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.07.024 PMID:37533253	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了间充质干细胞在缺血性急性肾损伤中的治疗机制	揭示了间充质干细胞通过抑制Zeb2表达和抑制成纤维化上皮细胞来介导治疗效果的新机制	NA	探讨间充质干细胞在急性肾损伤中的治疗机制	间充质干细胞、急性肾损伤、肾小管上皮细胞、免疫细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
38	2024-10-05	Neutrophils resist ferroptosis and promote breast cancer metastasis through aconitate decarboxylase 1 2023-10-03, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.09.004 PMID:37793345	研究论文	研究揭示了中性粒细胞通过aconitate脱羧酶1（Acod1）抵抗铁死亡并促进乳腺癌转移的机制	首次发现Acod1在中性粒细胞中的高表达及其在抵抗铁死亡和促进乳腺癌转移中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨中性粒细胞在乳腺癌转移中的作用及其潜在治疗靶点	肿瘤浸润中性粒细胞（TINs）和循环中性粒细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠乳腺肿瘤模型中的TINs和循环中性粒细胞
39	2024-10-04	IL-17 Signaling in Primary Sclerosing Cholangitis Patient-Derived Organoids 2023-Oct-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3406046/v1 PMID:37886596	研究论文	研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用	首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用	未发现IL-17通路相关基因的罕见变异，但发现了MAPK信号通路的罕见变异	探讨原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应	原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析、基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官
40	2024-10-04	Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response 2023-10-01, The American journal of psychiatry DOI:10.1176/appi.ajp.20220478 PMID:37491937	研究论文	本研究首次使用单核RNA测序技术分析了创伤后应激障碍（PTSD）和重度抑郁症（MDD）患者背外侧前额叶皮质（DLPFC）的基因表达，揭示了细胞类型特异性的转录组病理机制	首次使用单核RNA测序技术在PTSD和MDD患者死后脑组织中进行研究，揭示了细胞类型特异性的基因表达差异	样本量相对较小，且仅限于死后脑组织样本	探讨PTSD和MDD患者背外侧前额叶皮质的细胞类型特异性基因表达机制	PTSD和MDD患者的背外侧前额叶皮质	数字病理学	精神疾病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	32个DLPFC样本，包括11个PTSD患者、10个MDD患者和11个对照组，约415,000个细胞核