单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-07	DeepCCI: a deep learning framework for identifying cell-cell interactions from single-cell RNA sequencing data 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad596 PMID:37740953	研究论文	本文开发了一种名为DeepCCI的深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞间相互作用	DeepCCI利用深度学习方法，能够从高稀疏性和异质性的单细胞RNA测序数据中提取关键潜在信息，这是传统统计方法所忽略的	NA	旨在从不断增长的单细胞RNA测序数据中准确有效地识别细胞间相互作用	单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	单细胞RNA测序数据	涉及多种技术和平台的大量公开数据集
322	2024-08-05	Spatiotemporal, optogenetic control of gene expression in organoids 2023-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01986-w PMID:37735569	研究论文	本文结合光遗传学和基因干扰技术，在类器官中以可编程时空模式激活或抑制目标基因的RNA表达	提出了一种结合光遗传学和空间转录组学的新技术，以时空控制基因表达	实验中可能未覆盖所有类型的类器官和基因调控机制	研究时空控制基因在类器官中的表达模式	类器官模型用于人类神经发育的研究	数字病理学	NA	光遗传学	NA	转录组数据	使用了数个类器官模型进行实验
323	2024-08-05	DNA damage repair profiling of esophageal squamous cell carcinoma uncovers clinically relevant molecular subtypes with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities 2023-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104801 PMID:37725855	研究论文	本文主要描述了食管鳞状细胞癌（ESCC）中DNA损伤修复（DDR）概况的特征及其临床意义	发现了两种不同的DDR亚型，DDRactive和DDRsilent，并且对于局部区域ESCC具有独立的预后价值	在转移性ESCC中，识别的DDR亚型未表现出预后价值	研究ESCC的DDR概况及其对个性化治疗策略的潜在指导作用	分析了来自377例ESCC病例的散装和单细胞转录组数据	数字病理学	食管癌	转录组学	小鼠同源模型	基因组数据	377例ESCC案例
324	2024-08-07	Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease 2023-Oct, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106933 PMID:37729957	研究论文	本研究通过单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）和代谢组测序，探讨了自身免疫性甲状腺疾病中hnRNPC通过m6A修饰的ATF4抑制甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死的作用机制。	本研究首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4在自身免疫性甲状腺疾病中的作用机制，并提出了新的治疗靶点。	研究样本量较小，仅包括2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者。	探讨自身免疫性甲状腺疾病的发病机制及寻找新的治疗靶点。	桥本甲状腺炎和Graves病患者的甲状腺病变组织及健康甲状腺组织。	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）、代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者的甲状腺组织
325	2024-08-07	Methods for cell-type annotation on scRNA-seq data: A recent overview 2023-10, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720023400024 PMID:37743364	综述	本文综述了过去四年中开发的细胞类型注释技术，并展示了该领域的最新趋势	强调了对结合生物学背景的工具的需求，并预测图神经网络方法将在未来几年引领该研究领域	单细胞基因表达中的细胞类型注释仍然是一个重大挑战	概述单细胞RNA测序数据中细胞类型注释技术的最新进展	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释技术	生物信息学	NA	scRNA-seq	图神经网络	基因表达数据	NA
326	2024-08-07	Arl4c is involved in tooth germ development through osteoblastic/ameloblastic differentiation 2023-10-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2023.09.014 PMID:37703759	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能丧失实验，探讨了Arl4c在小鼠牙胚发育中的作用及其通过成骨细胞/成釉细胞分化的机制	首次揭示了Arl4c在牙胚发育中的具体作用，并通过RNA测序和基因本体分析验证了其在成骨细胞/成釉细胞分化中的关键作用	实验主要集中在小鼠模型上，未来研究需要进一步验证在其他物种中的适用性	探究Arl4c在牙胚发育中的作用及其分子机制	小鼠牙胚发育过程中的成骨细胞/成釉细胞分化	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	涉及P1和P7小鼠磨牙和切牙的成牙本质细胞和成釉上皮细胞
327	2024-08-07	Gut bacteria induce IgA expression in pituitary hormone-secreting cells during aging 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107747 PMID:37692284	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了衰老过程中垂体细胞群的变化和全局转录变化，发现免疫球蛋白A（IgA）在衰老的垂体中表达增加，并且这种表达受肠道微生物的调控。	首次发现垂体激素分泌细胞在衰老过程中能够产生IgA，并且这一过程受肠道细菌的影响。	NA	研究衰老过程中垂体激素分泌的基因调控机制。	衰老过程中的垂体细胞和肠道微生物。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	具体样本数量未提及
328	2024-08-05	Single-cell characterization of neovascularization using hiPSC-derived endothelial cells in a 3D microenvironment 2023-10-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.08.008 PMID:37714147	研究论文	这篇文章研究了利用人诱导 pluripotent 干细胞衍生的内皮细胞在 3D 微环境中进行新血管生成的单细胞特征。	文章提出了一种全面的单细胞转录组学研究，探讨了内皮细胞和共演化的壁细胞的发展与塑性，并发现了新的血管生成信号。	文章未详细说明在不同微环境中内皮细胞的具体生长条件和限制因素。	本研究的目的是为未来组织工程中的血管化提供体外的指导。	研究对象为人诱导 pluripotent 干细胞衍生的内皮细胞及其与其他细胞的相互作用。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
329	2024-08-05	Constructing heterogeneous single-cell landscape and identifying microenvironment molecular characteristics of primary and lymphatic metastatic head and neck squamous cell carcinoma 2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107459 PMID:37713790	研究论文	本研究聚焦于利用单细胞和批量转录组数据构建原发性和淋巴转移头颈鳞状细胞癌的异质性微环境图谱	该文章通过单细胞转录组技术揭示了不同疾病状态下细胞群体的特征以及癌症和免疫细胞发育轨迹的差异	样本量可能限制了结果的普遍性，尤其是在特定亚型的外推	研究头颈鳞状细胞癌的微环境分子特征以揭示其异质性	研究了23个HNSCC样本和546个TCGA的HNSCC样本	数字病理学	头颈癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	23个HNSCC样本和546个TCGA HNSCC样本
330	2024-08-07	Recovery of missing single-cell RNA-sequencing data with optimized transcriptomic references 2023-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02003-w PMID:37697162	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中基因表达数据的缺失问题，并提出通过优化参考转录组来恢复这些数据	提出了一种优化参考转录组的方法，通过恢复假间基因读取、实施混合前mRNA映射策略和解决基因重叠来恢复缺失的基因表达数据	NA	提高单细胞RNA测序数据的细胞表征分辨率，揭示缺失的细胞类型和标记基因	单细胞RNA测序数据中的基因表达数据缺失问题	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多种小鼠和人类组织数据
331	2024-08-07	Physiological and immune profiling of tilapia Oreochromis niloticus gills by high-throughput single-cell transcriptome sequencing 2023-Oct, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2023.109070 PMID:37709178	研究论文	本文通过高通量单细胞转录组测序技术，对罗非鱼鳃部的生理和免疫功能进行了深入研究	首次报道了罗非鱼鳃部在单细胞水平上的功能异质性	NA	探究罗非鱼鳃部的生理和免疫功能	罗非鱼鳃部的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	12种细胞群体
332	2024-08-07	A paradigm shift in the prevention and diagnosis of oral squamous cell carcinoma 2023-Oct, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13484 PMID:37710407	研究论文	本文探讨了通过非侵入性刷取活检和深度学习技术来提高口腔鳞状细胞癌（OSCC）的预防和诊断效率	引入了非侵入性刷取活检和深度学习技术进行细胞学诊断，以及单细胞RNA测序技术来分析口腔角质细胞	NA	提高口腔鳞状细胞癌的早期诊断和治疗效果	口腔鳞状细胞癌及其前驱病变	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	深度神经网络	细胞学样本	多中心前瞻性研究中的大量口腔角质细胞样本
333	2024-08-07	Metabolic and functional remodeling of colonic macrophages in response to high-fat diet-induced obesity 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107719 PMID:37674984	研究论文	本文研究了高脂饮食诱导的肥胖对结肠固有层巨噬细胞功能和代谢的影响	通过单细胞RNA测序识别出在高脂饮食中增加的负责脂质相关巨噬细胞特征的亚群	NA	探究高脂饮食诱导的肥胖对结肠固有层巨噬细胞的影响	结肠固有层巨噬细胞的功能和代谢	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达	NA
334	2024-08-05	Spatial transcriptomics of a lycophyte root sheds light on root evolution 2023-10-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2023.08.030 PMID:37683643	研究论文	本研究通过空间转录组学探讨了蕨类植物根部的进化及相关基因的表达模式	首次揭示了在蕨类植物根冠形成中WOX基因的新潜在作用	主要集中于一种蕨类植物，缺乏对其他种类蕨类植物的比较研究	研究蕨类植物根部的进化及其分子机制	蕨类植物Selaginella moellendorffii的根部	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	根部相关的97个基因
335	2024-08-05	Noninvasive radiomics model reveals macrophage infiltration in glioma 2023-10-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216380 PMID:37660885	研究论文	本研究评估了放射组学生物标志物在胶质瘤中的预后作用，并探讨其与肿瘤微环境和巨噬细胞浸润的关系	文章创新性地开发了放射组学生存生物标志物RadSurv，显示出其在胶质瘤风险分层中的高效性	研究中使用的样本仅限于三个独立的数据集，可能存在外部验证不足的局限性	旨在评估胶质瘤的放射组学生物标志物的预后方面	研究对象为664名胶质瘤患者的术前MRI数据	数字病理学	胶质瘤	MRI	NA	影像	664名胶质瘤患者的术前MRI
336	2024-08-05	System analysis based on glutamine catabolic-related enzymes identifies GPT2 as a novel immunotherapy target for lung adenocarcinoma 2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107415 PMID:37657356	研究论文	本文研究了谷氨酸代谢相关酶在肺腺癌中的作用，并确定GPT2作为一种新的免疫治疗靶点	首次揭示了谷氨酸代谢相关酶在肿瘤免疫微环境中的关键作用，并确认了GPT2作为一种有前景的治疗靶点	当前文献关于谷氨酸代谢相关酶在肺腺癌中的功能仍然有限	探讨谷氨酸依赖性对肺腺癌细胞生长的影响及其在肿瘤免疫微环境中的作用	肺腺癌细胞及其相关基因	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	C57BL/6小鼠中注射了Lewis肺癌细胞
337	2024-08-05	The role of regulatory T cells in the pathogenesis of acute kidney injury 2023-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.17771 PMID:37667551	研究论文	本研究探讨调节性T细胞在急性肾损伤发病机制中的作用	揭示了AKI组与非AKI组在调节性T细胞及免疫微环境的显著差异	目前对调节性T细胞与AKI其他免疫微环境成分之间的关系了解不够	研究调节性T细胞在急性肾损伤发病机制中的作用	急性肾损伤患者与正常肾组织的免疫细胞差异研究	数字病理	急性肾损伤	单细胞测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	五个AKI数据集和五个正常肾组织样本
338	2024-08-07	Intratumoral CD103+ CD8+ T cells predict response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in advanced head and neck squamous cell carcinoma 2023-10, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12480 PMID:37658605	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色技术，探讨了肿瘤内CD103+ CD8+ T细胞在预测头颈部鳞状细胞癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应中的作用	首次确定肿瘤内CD103+ CD8+ T细胞密度作为新辅助化疗免疫治疗效果的决定因素，并发现PD-1阻断和靶向TREM2+巨噬细胞可能增强这些T细胞的抗肿瘤活性	需要进一步的临床研究来验证提升CD103+ CD8+ T细胞群体的策略	识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的准确生物标志物	头颈部鳞状细胞癌患者及其对新辅助化疗免疫治疗的反应	NA	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（mIHC）	NA	细胞数据、图像数据	来自接受新辅助化疗免疫治疗的头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本
339	2024-08-07	scAAGA: Single cell data analysis framework using asymmetric autoencoder with gene attention 2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107414 PMID:37660567	研究论文	本文提出了一种名为scAAGA的新型单细胞RNA测序数据分析框架，利用带有基因注意力模块的不对称自编码器来适应性地学习重要的基因特征，以提高聚类效果	scAAGA框架采用不对称自编码器与基因注意力模块，能够适应性地学习单细胞RNA测序数据中的重要基因特征，从而提升聚类效果	NA	提高单细胞RNA测序数据分析中的聚类效果，特别是在COVID-19研究中的应用	COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMC）的单细胞RNA测序数据	机器学习	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	不对称自编码器	单细胞RNA测序数据	外周血单个核细胞（PBMC）
340	2024-08-07	Deciphering the heterogeneity and immunosuppressive function of regulatory T cells in osteosarcoma using single-cell RNA transcriptome 2023-Oct, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107417 PMID:37669584	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了骨肉瘤中的调节性T细胞及其在肿瘤微环境中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了骨肉瘤中调节性T细胞的异质性及其在肿瘤生长和进展中的作用	研究主要基于数据分析，需要进一步的实验验证	探究骨肉瘤中调节性T细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的免疫抑制功能	骨肉瘤中的调节性T细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个骨肉瘤样本及其邻近组织