单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 413 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-07 |
A transient wave of Bhlhe41+ resident macrophages enables remodeling of the developing infarcted myocardium
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113174
PMID:37751357
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、空间转录组学和报告基因小鼠研究了心肌梗死后心脏巨噬细胞亚型的时间-空间动态变化 | 首次识别出心肌梗死区域中由单核细胞衍生的Bhlhe41 Mφs在第7天达到峰值，并揭示了其在抑制肌成纤维细胞激活中的关键作用 | NA | 研究心肌梗死后免疫系统在修复和重塑心肌中的作用 | 心肌梗死后的心脏巨噬细胞亚型及其功能 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-08-07 |
MSU crystal deposition contributes to inflammation and immune responses in gout remission
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113139
PMID:37756161
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在痛风缓解期中，单钠尿酸盐（MSU）晶体沉积对免疫炎症反应的影响 | 首次揭示了在痛风缓解期中，MSU晶体沉积引起的系统性炎症和特异性免疫反应 | NA | 探讨MSU晶体沉积在痛风缓解期对免疫炎症反应的影响及其机制 | 痛风缓解期患者的周围血单个核细胞（PBMCs） | NA | 痛风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-08-07 |
Meningeal macrophages inhibit chemokine signaling in pre-tumor cells to suppress mouse medulloblastoma initiation
2023-10-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.033
PMID:37774709
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研究论文 | 本文探讨了脑膜巨噬细胞通过抑制前肿瘤细胞中的趋化因子信号来抑制小鼠髓母细胞瘤的启动 | 首次揭示了脑膜巨噬细胞在趋化因子调控的抗肿瘤对话中的关键作用，特别是在抑制髓母细胞瘤启动方面 | NA | 研究脑肿瘤微环境对肿瘤启动的影响 | 脑膜巨噬细胞和小鼠髓母细胞瘤 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-08-05 |
ScribbleDom: using scribble-annotated histology images to identify domains in spatial transcriptomics data
2023-Oct-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad594
PMID:37756699
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研究论文 | 本文提出了一种名为“ScribbleDom”的半监督卷积神经网络方法，用于在空间转录组学中识别领域。 | 通过利用人类专家的输入作为半监督的方法，ScribbleDom结合了人的认知能力与机器的计算能力。 | 在缺乏专家输入时，尽管ScribbleDom可以全自监督运行，但其性能可能无法与带专家输入时的效果相比。 | 研究空间转录组学中领域识别的重要性及其改进方法。 | 该研究以人类侧面前额皮层样本和黑色素瘤数据集为研究对象。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 卷积神经网络 | 半监督卷积神经网络 | 图像 | 12个人类侧面前额皮层样本和多个黑色素瘤数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-08-05 |
Circulating Tumor Cells and Tumor Progression, Metastasis, and Poor Prognosis in Patients With Neuroblastoma
2023-Oct, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.16627
PMID:37772576
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评论 | 本文简要回顾了循环神经母细胞瘤细胞的定量方法及其与神经母细胞瘤患者预后的关系 | 强调了循环神经母细胞瘤细胞数量与预后不良之间的关系，并提出了对这些细胞进行全面遗传分析的必要性 | 目前大多数研究仅代表肿瘤负担，没有直接证据表明循环肿瘤细胞是神经母细胞瘤患者肿瘤进展和转移的来源 | 探讨循环肿瘤细胞在神经母细胞瘤进展、转移及预后不良中的作用 | 研究神经母细胞瘤患者中的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞测序，外源细胞培养功能测定 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-07 |
The unique interplay of mitochondrial oxidative phosphorylation (OXPHOS) and immunity and its potential implication for the sex- and age-related morbidity of severe COVID-19 patients
2023-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.371
PMID:37750090
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研究论文 | 本研究分析了先前发表的单细胞RNA测序数据，揭示了线粒体氧化磷酸化（OXPHOS）和免疫在严重或危重COVID-19患者中的细胞类型、性别和年龄相关变化 | 发现OXPHOS和免疫在严重或危重COVID-19患者中的相互作用显示出细胞类型特异性、年龄相关性和性别偏向性 | 研究主要基于先前发表的数据，未进行新的实验验证 | 探讨线粒体氧化磷酸化与免疫在COVID-19患者中的相互作用及其对性别和年龄相关发病率的影响 | 严重或危重COVID-19患者、去势和再生小鼠模型 | 生物信息学 | COVID-19 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA | 大量COVID-19患者、去势和再生小鼠、400个基因的RNAi文库 | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-08-07 |
Leprosy-specific subsets of macrophages and Schwann cells identified by single-cell RNA-sequencing
2023-Oct, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2023.154821
PMID:37757621
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了感染麻风分枝杆菌的小鼠模型中巨噬细胞和施万细胞的特定亚群及其相互作用 | 首次详细描述了麻风病中巨噬细胞的M1和M2样亚群及其与施万细胞的相互作用，揭示了这些细胞在疾病中的分子状态和功能 | 研究仅限于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 探究麻风病中巨噬细胞和施万细胞的分子状态及其相互作用，以深入理解疾病的发病机制 | 麻风分枝杆菌感染的小鼠模型中的单个细胞 | 数字病理学 | 麻风病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类麻风病组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-08-07 |
Monocyte-derived Kupffer cells dominate in the Kupffer cell pool during liver injury
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113164
PMID:37740916
|
研究论文 | 本研究使用增强绿色荧光蛋白标记的骨髓细胞的嵌合小鼠模型，探讨了在胆汁淤积或毒性肝损伤情况下，骨髓来源的单核细胞衍生的库普弗细胞（MoKCs）如何成为库普弗细胞池中的主导细胞 | 首次揭示了MoKCs在肝损伤后成为库普弗细胞池中的主导细胞，并具有增强的增殖、抗凋亡特性和修复潜力 | NA | 探讨肝损伤后库普弗细胞池的变化及其对肝脏功能的影响 | 库普弗细胞在肝损伤后的变化及其生物学特性 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 使用嵌合小鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-08-07 |
Stromal cells-specific retinoic acid determines parturition timing at single-cell and spatial-temporal resolution
2023-Oct-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107796
PMID:37720083
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了小鼠子宫内膜中不同细胞类型在分娩启动中的作用，并揭示了基质细胞通过调节局部视黄酸合成来准备分娩的新机制。 | 本研究首次揭示了基质细胞在分娩启动中的作用，并通过调节局部视黄酸合成来准备分娩，为理解分娩机制提供了新视角。 | NA | 全面解码接近分娩时子宫内膜的细胞异质性，并揭示分娩启动的新见解。 | 小鼠子宫内膜中的各种细胞类型及其在分娩过程中的作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及五种不同的基质细胞群体和一种蜕膜化基质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-08-07 |
Bibliometric analysis of research on neurodegenerative diseases and single-cell RNA sequencing: Opportunities and challenges
2023-Oct-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107833
PMID:37736042
|
综述 | 本文通过文献计量分析方法，深入探讨了2009年至2022年间单细胞RNA测序技术在神经退行性疾病研究中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术提供前所未有的细胞层面洞察，揭示神经退行性疾病的潜在机制 | NA | 分析单细胞RNA测序技术在神经退行性疾病研究中的机遇与挑战 | 神经退行性疾病及其单细胞RNA测序技术的应用 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-08-05 |
Cell-type-specific responses to fungal infection in plants revealed by single-cell transcriptomics
2023-10-11, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2023.08.019
PMID:37741284
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学研究植物对真菌感染的细胞类型特异性反应 | 揭示了在植物组织中不同细胞类型对真菌感染的转录重编程和免疫反应 | 未提及具体的限制 | 探究植物在真菌感染下的反应异质性 | 阿拉伯芥（Arabidopsis thaliana）叶片中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞转录组数据 | 95,040个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-08-05 |
Genome and transcriptome of Selaginella kraussiana reveal evolution of root apical meristems in vascular plants
2023-10-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2023.08.061
PMID:37716350
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研究论文 | 该文章研究了石松类植物 Selaginella kraussiana 的基因组和转录组，揭示了维管植物根尖分生组织的进化 | 展示了石松类植物和真叶植物在根尖分生组织发育中的部分相似分子模块 | 未提及具体样本数量及实验范围的限制 | 探讨维管植物根的进化及调控机制 | 石松类植物 Selaginella kraussiana | 数字病理学 | NA | mRNA-seq 和单细胞 RNA-seq | NA | 基因组和转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-08-07 |
DeepCCI: a deep learning framework for identifying cell-cell interactions from single-cell RNA sequencing data
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad596
PMID:37740953
|
研究论文 | 本文开发了一种名为DeepCCI的深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞间相互作用 | DeepCCI利用深度学习方法，能够从高稀疏性和异质性的单细胞RNA测序数据中提取关键潜在信息，这是传统统计方法所忽略的 | NA | 旨在从不断增长的单细胞RNA测序数据中准确有效地识别细胞间相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多种技术和平台的大量公开数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-08-07 |
Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease
2023-Oct, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2023.106933
PMID:37729957
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）和代谢组测序，探讨了自身免疫性甲状腺疾病中hnRNPC通过m6A修饰的ATF4抑制甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死的作用机制。 | 本研究首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4在自身免疫性甲状腺疾病中的作用机制，并提出了新的治疗靶点。 | 研究样本量较小，仅包括2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者。 | 探讨自身免疫性甲状腺疾病的发病机制及寻找新的治疗靶点。 | 桥本甲状腺炎和Graves病患者的甲状腺病变组织及健康甲状腺组织。 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）、代谢组测序 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者的甲状腺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-08-07 |
Methods for cell-type annotation on scRNA-seq data: A recent overview
2023-10, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720023400024
PMID:37743364
|
综述 | 本文综述了过去四年中开发的细胞类型注释技术，并展示了该领域的最新趋势 | 强调了对结合生物学背景的工具的需求，并预测图神经网络方法将在未来几年引领该研究领域 | 单细胞基因表达中的细胞类型注释仍然是一个重大挑战 | 概述单细胞RNA测序数据中细胞类型注释技术的最新进展 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释技术 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-07 |
Arl4c is involved in tooth germ development through osteoblastic/ameloblastic differentiation
2023-10-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2023.09.014
PMID:37703759
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能丧失实验，探讨了Arl4c在小鼠牙胚发育中的作用及其通过成骨细胞/成釉细胞分化的机制 | 首次揭示了Arl4c在牙胚发育中的具体作用，并通过RNA测序和基因本体分析验证了其在成骨细胞/成釉细胞分化中的关键作用 | 实验主要集中在小鼠模型上，未来研究需要进一步验证在其他物种中的适用性 | 探究Arl4c在牙胚发育中的作用及其分子机制 | 小鼠牙胚发育过程中的成骨细胞/成釉细胞分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), RNA测序 (RNA-seq) | NA | RNA | 涉及P1和P7小鼠磨牙和切牙的成牙本质细胞和成釉上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-08-07 |
Gut bacteria induce IgA expression in pituitary hormone-secreting cells during aging
2023-Oct-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107747
PMID:37692284
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了衰老过程中垂体细胞群的变化和全局转录变化，发现免疫球蛋白A（IgA）在衰老的垂体中表达增加，并且这种表达受肠道微生物的调控。 | 首次发现垂体激素分泌细胞在衰老过程中能够产生IgA，并且这一过程受肠道细菌的影响。 | NA | 研究衰老过程中垂体激素分泌的基因调控机制。 | 衰老过程中的垂体细胞和肠道微生物。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-08-05 |
Single-cell characterization of neovascularization using hiPSC-derived endothelial cells in a 3D microenvironment
2023-10-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.08.008
PMID:37714147
|
研究论文 | 这篇文章研究了利用人诱导 pluripotent 干细胞衍生的内皮细胞在 3D 微环境中进行新血管生成的单细胞特征。 | 文章提出了一种全面的单细胞转录组学研究，探讨了内皮细胞和共演化的壁细胞的发展与塑性，并发现了新的血管生成信号。 | 文章未详细说明在不同微环境中内皮细胞的具体生长条件和限制因素。 | 本研究的目的是为未来组织工程中的血管化提供体外的指导。 | 研究对象为人诱导 pluripotent 干细胞衍生的内皮细胞及其与其他细胞的相互作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-05 |
Constructing heterogeneous single-cell landscape and identifying microenvironment molecular characteristics of primary and lymphatic metastatic head and neck squamous cell carcinoma
2023-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107459
PMID:37713790
|
研究论文 | 本研究聚焦于利用单细胞和批量转录组数据构建原发性和淋巴转移头颈鳞状细胞癌的异质性微环境图谱 | 该文章通过单细胞转录组技术揭示了不同疾病状态下细胞群体的特征以及癌症和免疫细胞发育轨迹的差异 | 样本量可能限制了结果的普遍性，尤其是在特定亚型的外推 | 研究头颈鳞状细胞癌的微环境分子特征以揭示其异质性 | 研究了23个HNSCC样本和546个TCGA的HNSCC样本 | 数字病理学 | 头颈癌 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 23个HNSCC样本和546个TCGA HNSCC样本 | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-08-07 |
Recovery of missing single-cell RNA-sequencing data with optimized transcriptomic references
2023-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02003-w
PMID:37697162
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中基因表达数据的缺失问题，并提出通过优化参考转录组来恢复这些数据 | 提出了一种优化参考转录组的方法，通过恢复假间基因读取、实施混合前mRNA映射策略和解决基因重叠来恢复缺失的基因表达数据 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的细胞表征分辨率，揭示缺失的细胞类型和标记基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达数据缺失问题 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多种小鼠和人类组织数据 | NA | NA | NA | NA |