单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-07	Unravelling the role of immune cells and FN1 in the recurrence and therapeutic process of skull base chordoma 2023-10, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1429 PMID:37784253	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体测序，研究了颅底脊索瘤原发和复发肿瘤细胞及其微环境细胞的差异，并探讨了纤维连接蛋白1（FN1）在脊索瘤复发和治疗中的作用。	首次详细分析了颅底脊索瘤原发和复发肿瘤细胞及其微环境细胞的差异，并揭示了FN1在脊索瘤复发中的重要作用。	NA	深入了解颅底脊索瘤原发和复发肿瘤的细胞差异及其复发机制，为开发有效治疗策略提供依据。	颅底脊索瘤的原发和复发肿瘤细胞、浸润淋巴细胞、骨髓细胞、成纤维细胞和B细胞。	数字病理学	颅底脊索瘤	单细胞RNA测序，T/B细胞受体测序	NA	单细胞RNA序列数据	NA
302	2024-08-07	Bladder cancer intrinsic LRFN2 drives anticancer immunotherapy resistance by attenuating CD8+ T cell infiltration and functional transition 2023-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007230 PMID:37802603	研究论文	本文研究了膀胱癌中LRFN2蛋白通过调节肿瘤微环境影响免疫治疗抵抗的机制	首次揭示了LRFN2在膀胱癌中通过抑制CD8+ T细胞的招募和功能转变，影响免疫检查点抑制剂治疗效果的新机制	NA	探讨LRFN2在膀胱癌免疫治疗抵抗中的作用及其机制	膀胱癌中的LRFN2蛋白及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	数字病理学	膀胱癌	RNA测序, 免疫测定, 组织全景量化分析	NA	RNA, 组织	涉及大量RNA测序和单细胞RNA测序，具体样本数量未详细说明
303	2024-08-07	A transient wave of Bhlhe41+ resident macrophages enables remodeling of the developing infarcted myocardium 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113174 PMID:37751357	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、空间转录组学和报告基因小鼠研究了心肌梗死后心脏巨噬细胞亚型的时间-空间动态变化	首次识别出心肌梗死区域中由单核细胞衍生的Bhlhe41 Mφs在第7天达到峰值，并揭示了其在抑制肌成纤维细胞激活中的关键作用	NA	研究心肌梗死后免疫系统在修复和重塑心肌中的作用	心肌梗死后的心脏巨噬细胞亚型及其功能	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组	NA
304	2024-08-07	MSU crystal deposition contributes to inflammation and immune responses in gout remission 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113139 PMID:37756161	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在痛风缓解期中，单钠尿酸盐（MSU）晶体沉积对免疫炎症反应的影响	首次揭示了在痛风缓解期中，MSU晶体沉积引起的系统性炎症和特异性免疫反应	NA	探讨MSU晶体沉积在痛风缓解期对免疫炎症反应的影响及其机制	痛风缓解期患者的周围血单个核细胞（PBMCs）	NA	痛风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
305	2024-08-07	Meningeal macrophages inhibit chemokine signaling in pre-tumor cells to suppress mouse medulloblastoma initiation 2023-10-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.033 PMID:37774709	研究论文	本文探讨了脑膜巨噬细胞通过抑制前肿瘤细胞中的趋化因子信号来抑制小鼠髓母细胞瘤的启动	首次揭示了脑膜巨噬细胞在趋化因子调控的抗肿瘤对话中的关键作用，特别是在抑制髓母细胞瘤启动方面	NA	研究脑肿瘤微环境对肿瘤启动的影响	脑膜巨噬细胞和小鼠髓母细胞瘤	数字病理学	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
306	2024-08-05	ScribbleDom: using scribble-annotated histology images to identify domains in spatial transcriptomics data 2023-Oct-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad594 PMID:37756699	研究论文	本文提出了一种名为“ScribbleDom”的半监督卷积神经网络方法，用于在空间转录组学中识别领域。	通过利用人类专家的输入作为半监督的方法，ScribbleDom结合了人的认知能力与机器的计算能力。	在缺乏专家输入时，尽管ScribbleDom可以全自监督运行，但其性能可能无法与带专家输入时的效果相比。	研究空间转录组学中领域识别的重要性及其改进方法。	该研究以人类侧面前额皮层样本和黑色素瘤数据集为研究对象。	数字病理学	黑色素瘤	卷积神经网络	半监督卷积神经网络	图像	12个人类侧面前额皮层样本和多个黑色素瘤数据集
307	2024-08-05	Circulating Tumor Cells and Tumor Progression, Metastasis, and Poor Prognosis in Patients With Neuroblastoma 2023-Oct, Anticancer research IF:1.6Q4 DOI:10.21873/anticanres.16627 PMID:37772576	评论	本文简要回顾了循环神经母细胞瘤细胞的定量方法及其与神经母细胞瘤患者预后的关系	强调了循环神经母细胞瘤细胞数量与预后不良之间的关系，并提出了对这些细胞进行全面遗传分析的必要性	目前大多数研究仅代表肿瘤负担，没有直接证据表明循环肿瘤细胞是神经母细胞瘤患者肿瘤进展和转移的来源	探讨循环肿瘤细胞在神经母细胞瘤进展、转移及预后不良中的作用	研究神经母细胞瘤患者中的循环肿瘤细胞	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞测序，外源细胞培养功能测定	NA	NA	NA
308	2024-08-07	The unique interplay of mitochondrial oxidative phosphorylation (OXPHOS) and immunity and its potential implication for the sex- and age-related morbidity of severe COVID-19 patients 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.371 PMID:37750090	研究论文	本研究分析了先前发表的单细胞RNA测序数据，揭示了线粒体氧化磷酸化（OXPHOS）和免疫在严重或危重COVID-19患者中的细胞类型、性别和年龄相关变化	发现OXPHOS和免疫在严重或危重COVID-19患者中的相互作用显示出细胞类型特异性、年龄相关性和性别偏向性	研究主要基于先前发表的数据，未进行新的实验验证	探讨线粒体氧化磷酸化与免疫在COVID-19患者中的相互作用及其对性别和年龄相关发病率的影响	严重或危重COVID-19患者、去势和再生小鼠模型	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA	大量COVID-19患者、去势和再生小鼠、400个基因的RNAi文库
309	2024-08-07	Leprosy-specific subsets of macrophages and Schwann cells identified by single-cell RNA-sequencing 2023-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2023.154821 PMID:37757621	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了感染麻风分枝杆菌的小鼠模型中巨噬细胞和施万细胞的特定亚群及其相互作用	首次详细描述了麻风病中巨噬细胞的M1和M2样亚群及其与施万细胞的相互作用，揭示了这些细胞在疾病中的分子状态和功能	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证这些发现	探究麻风病中巨噬细胞和施万细胞的分子状态及其相互作用，以深入理解疾病的发病机制	麻风分枝杆菌感染的小鼠模型中的单个细胞	数字病理学	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类麻风病组织样本
310	2024-08-07	Monocyte-derived Kupffer cells dominate in the Kupffer cell pool during liver injury 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113164 PMID:37740916	研究论文	本研究使用增强绿色荧光蛋白标记的骨髓细胞的嵌合小鼠模型，探讨了在胆汁淤积或毒性肝损伤情况下，骨髓来源的单核细胞衍生的库普弗细胞（MoKCs）如何成为库普弗细胞池中的主导细胞	首次揭示了MoKCs在肝损伤后成为库普弗细胞池中的主导细胞，并具有增强的增殖、抗凋亡特性和修复潜力	NA	探讨肝损伤后库普弗细胞池的变化及其对肝脏功能的影响	库普弗细胞在肝损伤后的变化及其生物学特性	NA	肝损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	使用嵌合小鼠模型进行研究
311	2024-08-07	Stromal cells-specific retinoic acid determines parturition timing at single-cell and spatial-temporal resolution 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107796 PMID:37720083	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了小鼠子宫内膜中不同细胞类型在分娩启动中的作用，并揭示了基质细胞通过调节局部视黄酸合成来准备分娩的新机制。	本研究首次揭示了基质细胞在分娩启动中的作用，并通过调节局部视黄酸合成来准备分娩，为理解分娩机制提供了新视角。	NA	全面解码接近分娩时子宫内膜的细胞异质性，并揭示分娩启动的新见解。	小鼠子宫内膜中的各种细胞类型及其在分娩过程中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及五种不同的基质细胞群体和一种蜕膜化基质细胞
312	2024-08-07	Bibliometric analysis of research on neurodegenerative diseases and single-cell RNA sequencing: Opportunities and challenges 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107833 PMID:37736042	综述	本文通过文献计量分析方法，深入探讨了2009年至2022年间单细胞RNA测序技术在神经退行性疾病研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术提供前所未有的细胞层面洞察，揭示神经退行性疾病的潜在机制	NA	分析单细胞RNA测序技术在神经退行性疾病研究中的机遇与挑战	神经退行性疾病及其单细胞RNA测序技术的应用	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
313	2024-08-05	Cell-type-specific responses to fungal infection in plants revealed by single-cell transcriptomics 2023-10-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1 DOI:10.1016/j.chom.2023.08.019 PMID:37741284	研究论文	本文利用单细胞转录组学研究植物对真菌感染的细胞类型特异性反应	揭示了在植物组织中不同细胞类型对真菌感染的转录重编程和免疫反应	未提及具体的限制	探究植物在真菌感染下的反应异质性	阿拉伯芥（Arabidopsis thaliana）叶片中的细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞转录组数据	95,040个细胞
314	2024-08-05	Genome and transcriptome of Selaginella kraussiana reveal evolution of root apical meristems in vascular plants 2023-10-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2023.08.061 PMID:37716350	研究论文	该文章研究了石松类植物 Selaginella kraussiana 的基因组和转录组，揭示了维管植物根尖分生组织的进化	展示了石松类植物和真叶植物在根尖分生组织发育中的部分相似分子模块	未提及具体样本数量及实验范围的限制	探讨维管植物根的进化及调控机制	石松类植物 Selaginella kraussiana	数字病理学	NA	mRNA-seq 和单细胞 RNA-seq	NA	基因组和转录组数据	NA
315	2024-08-07	DeepCCI: a deep learning framework for identifying cell-cell interactions from single-cell RNA sequencing data 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad596 PMID:37740953	研究论文	本文开发了一种名为DeepCCI的深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞间相互作用	DeepCCI利用深度学习方法，能够从高稀疏性和异质性的单细胞RNA测序数据中提取关键潜在信息，这是传统统计方法所忽略的	NA	旨在从不断增长的单细胞RNA测序数据中准确有效地识别细胞间相互作用	单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	单细胞RNA测序数据	涉及多种技术和平台的大量公开数据集
316	2024-08-05	Spatiotemporal, optogenetic control of gene expression in organoids 2023-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01986-w PMID:37735569	研究论文	本文结合光遗传学和基因干扰技术，在类器官中以可编程时空模式激活或抑制目标基因的RNA表达	提出了一种结合光遗传学和空间转录组学的新技术，以时空控制基因表达	实验中可能未覆盖所有类型的类器官和基因调控机制	研究时空控制基因在类器官中的表达模式	类器官模型用于人类神经发育的研究	数字病理学	NA	光遗传学	NA	转录组数据	使用了数个类器官模型进行实验
317	2024-08-05	DNA damage repair profiling of esophageal squamous cell carcinoma uncovers clinically relevant molecular subtypes with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities 2023-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104801 PMID:37725855	研究论文	本文主要描述了食管鳞状细胞癌（ESCC）中DNA损伤修复（DDR）概况的特征及其临床意义	发现了两种不同的DDR亚型，DDRactive和DDRsilent，并且对于局部区域ESCC具有独立的预后价值	在转移性ESCC中，识别的DDR亚型未表现出预后价值	研究ESCC的DDR概况及其对个性化治疗策略的潜在指导作用	分析了来自377例ESCC病例的散装和单细胞转录组数据	数字病理学	食管癌	转录组学	小鼠同源模型	基因组数据	377例ESCC案例
318	2024-08-07	Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease 2023-Oct, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106933 PMID:37729957	研究论文	本研究通过单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）和代谢组测序，探讨了自身免疫性甲状腺疾病中hnRNPC通过m6A修饰的ATF4抑制甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死的作用机制。	本研究首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4在自身免疫性甲状腺疾病中的作用机制，并提出了新的治疗靶点。	研究样本量较小，仅包括2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者。	探讨自身免疫性甲状腺疾病的发病机制及寻找新的治疗靶点。	桥本甲状腺炎和Graves病患者的甲状腺病变组织及健康甲状腺组织。	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）、代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者的甲状腺组织
319	2024-08-07	Methods for cell-type annotation on scRNA-seq data: A recent overview 2023-10, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720023400024 PMID:37743364	综述	本文综述了过去四年中开发的细胞类型注释技术，并展示了该领域的最新趋势	强调了对结合生物学背景的工具的需求，并预测图神经网络方法将在未来几年引领该研究领域	单细胞基因表达中的细胞类型注释仍然是一个重大挑战	概述单细胞RNA测序数据中细胞类型注释技术的最新进展	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释技术	生物信息学	NA	scRNA-seq	图神经网络	基因表达数据	NA
320	2024-08-07	Arl4c is involved in tooth germ development through osteoblastic/ameloblastic differentiation 2023-10-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2023.09.014 PMID:37703759	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能丧失实验，探讨了Arl4c在小鼠牙胚发育中的作用及其通过成骨细胞/成釉细胞分化的机制	首次揭示了Arl4c在牙胚发育中的具体作用，并通过RNA测序和基因本体分析验证了其在成骨细胞/成釉细胞分化中的关键作用	实验主要集中在小鼠模型上，未来研究需要进一步验证在其他物种中的适用性	探究Arl4c在牙胚发育中的作用及其分子机制	小鼠牙胚发育过程中的成骨细胞/成釉细胞分化	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	涉及P1和P7小鼠磨牙和切牙的成牙本质细胞和成釉上皮细胞