单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 415 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-07 |
Characterization of tumour microenvironment reprogramming reveals invasion in epithelial ovarian carcinoma
2023-Oct-10, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-023-01270-7
PMID:37817210
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据探讨了肿瘤微环境重编程与上皮性卵巢癌侵袭之间的关系 | 发现了缺氧、氧化磷酸化和糖酵解在细胞间质上皮转化过程中的生物活性轨迹，并确定了HMGA1、EGR1和RUNX1作为上皮性卵巢癌中EMT过程的关键驱动因子 | NA | 揭示上皮性卵巢癌中肿瘤侵袭和肿瘤微环境重编程的分子机制及生物标志物 | 上皮性卵巢癌的肿瘤细胞侵袭及其分子机制 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 282 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a peripheral landscape of immune cells in Schistosomiasis japonica
2023-Oct-10, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-023-05975-y
PMID:37817226
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了日本血吸虫病感染者外周血单个核细胞的免疫景观 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了日本血吸虫病患者外周免疫细胞的转录图谱 | 样本量较小，且仅基于外周血单个核细胞进行分析 | 深入理解血吸虫病中的免疫机制 | 日本血吸虫病感染者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康对照组4例，慢性血吸虫病组4例，晚期血吸虫病组2例 |
| 283 | 2024-08-05 |
scIBD: a self-supervised iterative-optimizing model for boosting the detection of heterotypic doublets in single-cell chromatin accessibility data
2023-10-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03072-y
PMID:37814314
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研究论文 | 提出了一种自监督迭代优化模型scIBD，用于提高单细胞染色质可及性数据中异质双重体的检测 | scIBD引入了一种自适应策略，以模拟高可信度的异质双重体并进行自我监督 | 对特定于检测的挑战以及多重测定的影响未进行详细讨论 | 提高单细胞染色质可及性数据中异质双重体的检测准确性 | 单细胞染色质可及性 sequencing (scCAS) 数据中的异质双重体 | 数字病理学 | NA | 微流控技术 | 自监督迭代优化模型 | 数据集（模拟和真实） | 多种模拟和真实数据集 |
| 284 | 2024-08-05 |
Pan-Cancer Analysis of Patient Tumor Single-Cell Transcriptomes Identifies Promising Selective and Safe Chimeric Antigen Receptor Targets in Head and Neck Cancer
2023-Oct-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15194885
PMID:37835579
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研究论文 | 该文章分析了患者肿瘤单细胞转录组数据，以识别头颈癌中有前景的选择性和安全的嵌合抗原受体靶点 | 发现了二十个新的嵌合抗原受体靶点，其中五个具有优越的选择性和安全性分数 | 在几乎所有癌种中，未能找到比当前靶点更好的选择，显示当前靶点空间近乎最佳 | 寻找适合肿瘤免疫治疗的新型嵌合抗原受体靶点 | 患者肿瘤单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 285 | 2024-08-07 |
Integrated Analyses of Single-Cell Transcriptome and Mendelian Randomization Reveal the Protective Role of Resistin in Sepsis Survival in Intensive Care Unit
2023-Oct-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241914982
PMID:37834432
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和孟德尔随机化分析，探讨了在重症监护室（ICU）中抵抗素对脓毒症患者生存的保护作用 | 本研究首次通过孟德尔随机化分析探讨了抵抗素在脓毒症中的保护作用，并利用meQTL分析确定了影响脓毒症的CpG位点 | NA | 探索脓毒症中细胞类型特异性差异表达基因（DEGs），并研究抵抗素在脓毒症患者生存中的作用 | 脓毒症患者和健康对照的单细胞及批量转录组数据 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞转录组分析，孟德尔随机化分析，meQTL分析 | NA | 转录组数据 | 560个细胞类型特异性差异表达基因 |
| 286 | 2024-08-07 |
A SARS-CoV-2 related signature that explores the tumor microenvironment and predicts immunotherapy response in esophageal squamous cell cancer
2023-10-06, Aging
DOI:10.18632/aging.205090
PMID:37812215
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研究论文 | 本研究探讨了SARS-CoV-2相关基因在食管鳞状细胞癌中的特征及其对免疫治疗反应的预测作用 | 首次研究了SARS-CoV-2相关基因在食管鳞状细胞癌中的作用，并开发了一种基于这些基因的风险签名，用于预测免疫治疗反应 | NA | 研究SARS-CoV-2相关基因在食管鳞状细胞癌中的特征及其对免疫治疗反应的影响 | 食管鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 食管癌 | scRNA-seq | Lasso回归 | RNA-seq数据 | NA |
| 287 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Regional Transcript Changes in Early and Late Stages of rd1 Model Mice with Retinitis Pigmentosa
2023-Oct-03, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241914869
PMID:37834317
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研究论文 | 使用空间转录组学分析rd1小鼠不同年龄视网膜层的变化 | 首次揭示了视网膜色素变性在早期和晚期阶段的区域转录变化 | 未明确涵盖临床治疗方法 | 研究视网膜色素变性病理机制的时间变化 | rd1小鼠 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | rd1小鼠和对照组 |
| 288 | 2024-08-05 |
Spatial Heterogeneity of Integrins and Their Ligands in Primary Breast Tumors
2023-10, Discovery medicine
IF:2.0Q3
DOI:10.24976/Discov.Med.202335178.86
PMID:37811629
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研究论文 | 本文研究了原发性乳腺肿瘤中整合素及其配体的形态学和空间异质性 | 该研究揭示了乳腺癌中整合素-配体表达簇的空间异质性及其对肿瘤功能异质性的重大影响 | 研究主要集中在乳腺癌的特定样本上，结果可能不适用于其他类型的癌症 | 研究原发性乳腺肿瘤中整合素及其配体的表达特征与空间异质性 | 原发性乳腺肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，10X Visium方法 | NICHES算法 | 组织样本 | 5个样本的21个簇，包含多种功能整合素-配体对 |
| 289 | 2024-08-05 |
ESICCC as a systematic computational framework for evaluation, selection, and integration of cell-cell communication inference methods
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278001.123
PMID:37827697
|
研究论文 | 本文开发了一个名为ESICCC的系统基准框架，用于评估和比较细胞间通信推断方法的性能 | 创新点在于系统性地比较了18种配体-受体推断方法和5种配体/受体-靶标推断方法 | 尚未提及分析结果的长期生物学影响 | 旨在填补细胞间通信推断方法比较的空白 | 对116个数据集的细胞间通信推断方法进行评估与比较 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST) | NA | 数据集 | 116个数据集，包括15个ST数据集、15个细胞系扰动数据集、2个细胞类型特异性表达/蛋白质组学数据集和84个采样或未采样的scRNA-seq数据集 |
| 290 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of bronchoscopy specimens: development of a rapid minimal handling protocol
2023-10, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.2144/btn-2023-0017
PMID:37815826
|
research paper | 本文开发了一种快速且最小化处理的协议，用于从支气管刷取样品中制备单细胞悬浮液，以便进行单细胞RNA测序。 | 本文提出了一种新的、侵入性较小的支气管刷取样方法，用于单细胞RNA测序，以减少传统方法的风险和限制。 | 目前主要限制是使用侵入性方法（如气道活检、手术切除）进行单细胞RNA测序研究，这些方法存在固有风险。 | 开发一种快速且最小化处理的协议，用于从支气管刷取样品中制备单细胞悬浮液，以便进行单细胞RNA测序。 | 支气管刷取样品中的单细胞悬浮液。 | digital pathology | airway diseases | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 291 | 2024-08-07 |
Dissection of key factors correlating with H5N1 avian influenza virus driven inflammatory lung injury of chicken identified by single-cell analysis
2023-10, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011685
PMID:37819993
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，研究了H5N1和H9N2禽流感病毒感染鸡肺组织后的转录组变化，揭示了不同病毒株引起的炎症反应差异及其潜在机制 | 首次系统性地分析了H5N1和H9N2禽流感病毒感染鸡肺组织后16种细胞类型（19个集群）的转录组，并开发了这些细胞类型的标记基因目录 | NA | 揭示禽流感病毒感染鸡肺组织后的免疫反应机制 | 鸡肺组织中的16种细胞类型 | 数字病理学 | 禽流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | H5N1和H9N2禽流感病毒感染的鸡肺组织样本 |
| 292 | 2024-08-07 |
Supplementation with a high-glucose drink stimulates anti-tumor immune responses to glioblastoma via gut microbiota modulation
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113220
PMID:37804509
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研究论文 | 研究通过给GL261同源胶质母细胞瘤（GBM）小鼠短期补充高葡萄糖饮料（HGD），发现其生存率提高且无代谢疾病迹象，表明HGD通过调节肠道微生物群增强抗肿瘤免疫反应。 | 首次发现HGD补充通过调节肠道微生物群增强GBM小鼠的抗肿瘤免疫反应，特别是通过增加细胞毒性CD4 T细胞和与抗PD-1免疫检查点抑制剂的协同作用。 | 研究仅限于短期HGD补充和特定的小鼠模型，可能需要进一步研究其在人类和其他时间框架中的效果。 | 探讨高葡萄糖饮料补充对胶质母细胞瘤小鼠抗肿瘤免疫反应的影响及其机制。 | GL261同源胶质母细胞瘤小鼠及其肠道微生物群和免疫细胞。 | NA | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 特定数量的GL261同源胶质母细胞瘤小鼠 |
| 293 | 2024-08-07 |
Immaturity of immune cells around the dural venous sinuses contributes to viral meningoencephalitis in neonates
2023-10-13, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adg6155
PMID:37801517
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研究论文 | 研究使用淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）的Armstrong株探讨病毒在系统感染期间进入中枢神经系统（CNS）的机制，发现新生小鼠在感染后死亡率高，病毒从硬脑膜的静脉窦区域广泛传播至软脑膜、脉络丛和大脑皮层。 | 揭示了新生小鼠硬脑膜静脉窦区域的免疫细胞不成熟，主要由CD206巨噬细胞组成，而MHCII巨噬细胞稀少，这与成年小鼠形成对比，成年小鼠的静脉窦免疫细胞富含MHCII巨噬细胞，能产生抗病毒分子和趋化因子，保护CNS免受系统性病毒入侵。 | NA | 探讨病原体如何突破中枢神经系统屏障及其机制。 | 新生和成年小鼠的中枢神经系统免疫细胞。 | NA | 病毒性脑膜脑炎 | 免疫荧光染色和单细胞RNA测序分析 | NA | NA | 新生和成年小鼠 |
| 294 | 2024-08-07 |
Acute myeloid leukemia: from NGS, through scRNA-seq, to CAR-T. dissect cancer heterogeneity and tailor the treatment
2023-Oct-06, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02841-8
PMID:37803464
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研究论文 | 本文探讨了急性髓系白血病（AML）的病理学理解演变，以及单细胞RNA测序和基于基因组工具的T细胞修饰技术如何影响AML的分类和治疗 | 文章介绍了通过单细胞RNA测序和高通量下一代测序技术，对AML进行更个性化的诊断和治疗，以及使用工程化CAR-T细胞的个性化治疗策略 | NA | 探讨急性髓系白血病的病理学理解演变，以及新技术如何影响其分类和治疗 | 急性髓系白血病（AML）及其治疗策略 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），下一代测序（NGS） | NA | 基因组数据 | NA |
| 295 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals altered tumor microenvironments of relapse- and remission-associated pediatric acute myeloid leukemia
2023-10-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41994-0
PMID:37798266
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童急性髓系白血病在诊断、诱导治疗结束和复发时间点的骨髓样本，揭示了复发和持续完全缓解相关AML细胞的微环境差异 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了儿童急性髓系白血病复发和持续完全缓解相关AML细胞的微环境差异，并验证了与AML细胞相关的7基因标志 | NA | 深入表征儿童急性髓系白血病复发和持续完全缓解相关的样本，以提供对骨髓微环境景观的见解 | 儿童急性髓系白血病的骨髓样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 多个时间点的骨髓样本 |
| 296 | 2024-08-07 |
MCProj: metacell projection for interpretable and quantitative use of transcriptional atlases
2023-10-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03069-7
PMID:37798781
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研究论文 | 描述了一种名为MCProj的算法，用于通过投影参考单细胞图谱来分析查询scRNA-seq数据 | 该方法能够区分并标记与图谱状态一致的查询细胞，以及未观察到的（新颖或人为的）行为，并识别成功映射的查询状态中的表达差异 | NA | 开发一种算法，用于通过投影参考单细胞图谱来分析查询scRNA-seq数据，以实现精确、定量和可解释的结果 | scRNA-seq数据和单细胞图谱 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 297 | 2024-08-07 |
LINC00922 decoys SIRT3 to facilitate the metastasis of colorectal cancer through up-regulation the H3K27 crotonylation of ETS1 promoter
2023-10-04, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-023-01859-y
PMID:37789393
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研究论文 | 本研究探讨了H3K27巴豆酰化在促进结直肠癌转移中的作用及机制 | 发现了LINC00922通过上调ETS1启动子区域的H3K27巴豆酰化水平，促进结直肠癌转移的新机制 | NA | 阐明巴豆酰化在Lys27位点上的组蛋白H3（H3K27cr）在促进结直肠癌转移中的作用和机制 | 结直肠癌组织和细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、免疫沉淀分析 | NA | 组织样本、细胞 | 临床上使用了转移性结直肠癌组织样本，体外和体内实验使用了结直肠癌细胞 |
| 298 | 2024-08-07 |
The integrated single-cell analysis developed an immunogenic cell death signature to predict lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy
2023-10-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205077
PMID:37796202
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，开发了一种免疫原性细胞死亡（ICD）特征，用于预测肺腺癌（LUAD）的预后和免疫治疗效果 | 首次在肺腺癌中构建了ICD相关的预后特征，并探讨了其在免疫治疗中的应用 | NA | 旨在为肺腺癌患者创建ICD相关的预后特征，以准确预测生存预后 | 肺腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO和COX回归分析 | RNA | 涉及TCGA和GEO数据库中的肺腺癌患者数据 |
| 299 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Cellular Heterogeneity and Complex Cell-Cell Communication Networks in the Mouse Cornea
2023-10-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.13.5
PMID:37792336
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序绘制了小鼠角膜的细胞异质性和复杂的细胞间通讯网络 | 创新点在于构建了一个完整的单细胞转录组图及角膜中所有细胞类型的复杂信号交流图谱 | NA | 研究小鼠角膜的细胞异质性和细胞间通讯网络 | C57BL/6小鼠的角膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 40只小鼠角膜的14,732个细胞 |
| 300 | 2024-08-05 |
Alveolar macrophages in tissue homeostasis, inflammation, and infection: evolving concepts of therapeutic targeting
2023-10-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170501
PMID:37781922
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研究论文 | 该文章探讨了肺泡巨噬细胞在组织稳态、炎症和感染中的作用及其治疗靶向的概念演变 | 首次结合单细胞RNA测序和空间组学方法深入研究了肺泡巨噬细胞的起源、功能和可塑性 | 治疗靶向肺泡巨噬细胞可能面临严重的副作用风险，例如抗菌宿主防御能力的丧失 | 探索肺泡巨噬细胞在急性肺损伤中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 主要研究对象为肺泡巨噬细胞及其在感染和无菌肺炎中的功能 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |