单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 413 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-05 |
Identifying Subpopulations of Cells in Single-Cell Transcriptomic Data: A Bayesian Mixture Modeling Approach to Zero Inflation of Counts
2023-10, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0273
PMID:37871291
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研究论文 | 本文开发了一种新的贝叶斯混合模型，用于在单细胞转录组数据中识别细胞亚群。 | 提出了一种新的Dirichlet过程混合模型，结合细胞水平的混合和转录本水平的零膨胀负二项混合模型，以更好地处理scRNA-Seq数据中的计数膨胀现象。 | 本文未提及可能存在的具体限制。 | 研究的目的是通过建模基因表达来识别单细胞数据中的细胞亚群。 | 研究对象是来自小鼠皮层和海马体的多个细胞类型的scRNA-Seq计数数据。 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | Dirichlet过程混合模型 | 计数数据 | 来自小鼠皮层和海马体的多个细胞类型的公开可用scRNA-Seq计数数据 | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-08-05 |
Pan-cancer analysis of the oncogenic effects of G-protein-coupled receptor kinase-interacting protein-1 and validation on liver hepatocellular carcinoma
2023-Oct, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/161157
PMID:36994687
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研究论文 | 该文章探讨了G-蛋白偶联受体激酶相互作用蛋白-1（GIT1）在泛癌症及肝细胞癌中的肿瘤促进作用 | 该研究首次系统性揭示了GIT1在多种人类癌症中的肿瘤促进机制 | 本研究缺乏临床试验的数据来验证GIT1作为生物标志物的实用性 | 阐明GIT1在泛癌症及肝细胞癌中的分子机制 | 研究对象为人类的多种类型癌症，包括肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 生物信息学方法 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-08-05 |
Spatially Resolved Multi-Omics Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Immune Dysfunction in Pancreatic Cancer
2023-10, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.05.036
PMID:37263303
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研究论文 | 本文揭示了胰腺癌中免疫微环境的详细视图 | 采用空间分辨的多组学单细胞方法，首次详细描绘了胰腺癌中的免疫景观 | 研究主要集中于治疗未干预的PDAC肿瘤，可能不适用于已有治疗的情况 | 深入了解胰腺癌中的免疫微环境，以指导免疫疗法的研究 | 胰腺导管腺癌（PDAC）和与之匹配的正常胰腺组织以及循环系统中的免疫成分 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，多重免疫组化，质谱细胞分析 | NA | 免疫表型数据 | 治疗未干预的PDAC肿瘤及其相邻正常胰腺组织的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-08-07 |
Mature tertiary lymphoid structures are key niches of tumour-specific immune responses in pancreatic ductal adenocarcinomas
2023-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-328697
PMID:37230755
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研究论文 | 本文探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中三级淋巴结构（TLSs）对局部抗肿瘤免疫的作用 | 发现PDAC中成熟TLSs支持T细胞活性和肿瘤特异性T细胞的富集，以及肿瘤特异性T细胞通过产生CXCL13作为TLS组织者 | NA | 更好地理解胰腺导管腺癌的免疫微环境 | 胰腺导管腺癌中的T细胞和B细胞及其在三级淋巴结构中的功能状态和空间组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多色免疫荧光 | NA | RNA | 涉及八种癌症类型的肿瘤浸润T细胞数据以及PDAC患者的批量RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-08-05 |
Pharmacogenomic Analysis of Combined Therapies against Glioblastoma Based on Cell Markers from Single-Cell Sequencing
2023-Oct-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph16111533
PMID:38004399
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序发现生物标志物，以开发针对胶质母细胞瘤的个性化预防和治疗策略 | 建立了与 pyroptosis 相关基因的 LASSO Cox 回归模型，以准确预测胶质母细胞瘤患者的生存率 | 个性化或预测医学尚处于初步阶段，治疗选项仍然有限 | 探索胶质母细胞瘤的生物标志物，并结合最新技术开发个性化治疗策略 | 胶质母细胞瘤患者的生物标志物和数种天然化合物 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，系统药理学，药物多靶点疗法 | LASSO Cox回归模型 | 生物标志物表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-08-05 |
Machine Learning Analysis of Alzheimer's Disease Single-Cell RNA-Sequencing Data across Cortex and Hippocampus Regions
2023-Oct-28, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb45110544
PMID:37998721
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研究论文 | 该文章探讨了阿尔茨海默病的单细胞RNA测序数据分析 | 通过机器学习方法整合大规模单细胞RNA测序数据，揭示不同脑区和年龄组的基因表达模式 | 未详细提及实验中可能面临的具体限制 | 研究阿尔茨海默病在大脑皮层和海马区的病理差异 | 健康小鼠和阿尔茨海默病小鼠的单细胞RNA测序样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | 3个不同案例研究中的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-08-05 |
Role of Pericytes in Cardiomyopathy-Associated Myocardial Infarction Revealed by Multiple Single-Cell Sequencing Analysis
2023-Oct-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11112896
PMID:38001896
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研究论文 | 本研究揭示了周细胞在与心肌病相关的急性心肌梗死中的潜在功能 | 首次系统地整合了心肌病患者和急性心肌梗死个体的单细胞数据，突出了周细胞的作用 | 本研究可能受到样本量和研究对象多样性的限制 | 探索周细胞在心肌病相关急性心肌梗死中的机制 | 心肌病患者和急性心肌梗死个体的单细胞数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-08-05 |
Transcriptional profiles reveal histologic origin and prognosis across 33 The Cancer Genome Atlas tumor types
2023-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-234
PMID:37969389
|
研究论文 | 研究揭示了通过转录组特征可以区分不同组织来源的肿瘤及其预后 | 通过使用肿瘤组织特异性基因集(TTSGs)，为肿瘤的组织起源和细胞干性提供了一种新的评估方法 | 研究的样本主要来源于TCGA，可能无法全面反映所有肿瘤类型的特性 | 旨在识别可以用于评估肿瘤组织起源和细胞干性的分子特征 | 从33种肿瘤类型中选取了9,875名患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | NA | RNA表达数据分析 | t-SNE和kNN算法 | 基因表达数据 | 9,875名患者的33种肿瘤类型数据 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-08-07 |
Exploring the Shared Gene Signatures and Molecular Mechanisms between Bladder Urothelial Carcinoma and Metabolic Syndrome
2023-Oct, Archivos espanoles de urologia
IF:0.6Q4
|
研究论文 | 本研究旨在探讨膀胱尿路上皮癌（BLCA）与代谢综合征（MS）之间的共同基因特征及潜在分子机制 | 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和逻辑最小绝对收缩与选择算子（LASSO）回归模型，筛选并验证了五个关键基因，并分析了它们在BLCA和MS中的表达及与临床病理特征和预后的关系 | NA | 探索膀胱尿路上皮癌与代谢综合征之间的共同基因特征及潜在分子机制 | 膀胱尿路上皮癌和代谢综合征 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 逻辑最小绝对收缩与选择算子（LASSO）回归模型 | 转录组数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的BLCA和MS的转录组数据，以及TCGA-BLCA队列的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-08-07 |
Comprehensive Transcriptomic Analysis for Thymic Epithelial Cells of Aged Mice and Humans
2023-Oct, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2023.23.e36
PMID:37970235
|
研究论文 | 本文通过全面的转录组分析，研究了老年小鼠和人类胸腺上皮细胞的生物学特性 | 首次在跨物种层面上验证了老年胸腺上皮细胞中的变化，并揭示了新的潜在机制 | NA | 探讨老年胸腺上皮细胞功能障碍的精确机制及其在人类和小鼠中的共性 | 老年小鼠和人类的胸腺上皮细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 年轻和老年小鼠的胸腺上皮细胞，以及公开的人类胸腺上皮细胞单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-08-05 |
Prognostic Markers within the Tumour Microenvironment in Classical Hodgkin Lymphoma
2023-Oct-30, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15215217
PMID:37958391
|
综述 | 本文探讨了经典霍奇金淋巴瘤中肿瘤微环境的预后标志物 | 介绍了最新技术如何揭示经典霍奇金淋巴瘤（cHL）肿瘤微环境的复杂性以及其对疗法改善的潜在影响 | 缺乏对肿瘤微环境细胞及其与霍奇金-里德-施特恩伯格细胞相互作用的详细了解 | 研究免疫细胞在经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中的预后作用 | 经典霍奇金淋巴瘤中的肿瘤微环境和免疫细胞 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 肿瘤微环境细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-08-07 |
Genomic Exploration of Distinct Molecular Phenotypes Steering Temozolomide Resistance Development in Patient-Derived Glioblastoma Cells
2023-Oct-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242115678
PMID:37958662
|
研究论文 | 本研究探讨了患者来源的胶质母细胞瘤细胞中导致替莫唑胺耐药发展的不同分子表型 | 通过单细胞RNA测序追踪替莫唑胺耐药的演变，并识别出两种不同的表型行为：适应性（ADA）和非适应性（N-ADA） | 研究仅限于21个患者来源的胶质母细胞瘤细胞培养，可能无法完全代表所有胶质母细胞瘤的情况 | 揭示胶质母细胞瘤细胞对替莫唑胺耐药的分子机制 | 患者来源的胶质母细胞瘤细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 21个患者来源的胶质母细胞瘤细胞培养 | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-08-07 |
Essential procedures of single-cell RNA sequencing in multiple myeloma and its translational value
2023-Oct, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000172
PMID:37941914
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在多发性骨髓瘤（MM）研究中的实验流程、常用平台和分析工具，并总结了scRNA-seq在MM克隆进化、细胞相互作用和微环境分子调控以及靶向治疗耐药机制方面的主要发现和应用 | scRNA-seq技术揭示了MM中未知的细胞类型或状态，为靶向治疗提供了新的方向 | NA | 探讨scRNA-seq在多发性骨髓瘤研究中的应用及其转化价值 | 多发性骨髓瘤及其相关分子机制和治疗策略 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-05 |
In-organoid single-cell CRISPR screening reveals determinants of hepatocyte differentiation and maturation
2023-10-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03084-8
PMID:37907970
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于类器官的单细胞CRISPR筛选框架，以揭示肝细胞分化和成熟的遗传决定因素。 | 创新性地使用了调控活性作为读出，以解析类器官中基因敲除的效应，并识别出已知和新发现的正负调节因子 | 在单细胞测序中，由于噪音和掉失，转录因子的表达水平难以准确估计，这限制了关键调节因子的识别 | 全面了解肝细胞分化和成熟的遗传决定因素 | 主要研究成人干细胞衍生的肝类器官及其转录组 | 数字病理学 | NA | CRISPR | NA | 转录组数据 | 80,576个细胞，246个相关干扰 | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-08-05 |
HArmonized single-cell RNA-seq Cell type Assisted Deconvolution (HASCAD)
2023-10-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01674-w
PMID:37907883
|
研究论文 | 本文介绍了一种深度神经网络模型HASCAD，用于预测多达15种免疫细胞类型的细胞成分。 | HASCAD使用Harmony-Symphony策略处理批次效应，提供了一种新的细胞成分去卷积方法，优于当前流行的CCD方法。 | 研究中提到的局限性未在摘要中明确列出。 | 研究的目的是优化细胞组成去卷积，以提高对免疫细胞异质性影响的分析能力。 | 研究对象主要是针对免疫细胞类型的细胞成分和肝癌样本的RNA-seq数据。 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA-seq | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 包括多个模拟的bulk RNA-seq数据集和三个人类PBMC RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis reveals XCL2 as a cancer prognosis and immune infiltration-related biomarker
2023-10-30, Aging
DOI:10.18632/aging.205156
PMID:37905956
|
研究论文 | 本研究揭示了XCL2作为癌症预后和免疫浸润相关的生物标志物 | 此研究首次全面分析了XCL2在多种癌症中的表达、预后关系及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 研究对XCL2的功能及其在各种疾病条件下的机制探讨仍然不足 | 探索XCL2在癌症中的作用及其作为潜在生物标志物的可能性 | XCL2在33种癌症中的表达、突变状态及与生存时间的关系 | 数字病理学 | 癌症 | 生物信息学 | NA | 人类样本及孤立癌细胞的实验数据 | 33种癌症相关的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-08-07 |
Construction and Validation of a Prognostic Model of Metabolism-Related Genes Driven by Somatic Mutation in Bladder Cancer
2023-10-19, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2810242
PMID:37919060
|
研究论文 | 本研究利用生物信息学方法，基于膀胱癌患者的转录组数据，构建并验证了一个由体细胞突变驱动的与代谢相关基因的预后模型 | 本研究构建了一个新的基于临床和分子因素的预后模型，该模型与代谢重编程相关，有望改善膀胱癌患者的独立预后指标预测和管理 | NA | 利用生物信息学方法建立基于代谢相关基因的膀胱癌预后模型，筛选潜在的生物标志物 | 膀胱癌患者的代谢相关基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR） | Cox回归分析 | 转录组数据 | 201个差异表达的代谢相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-08-05 |
[Characterization of Cell Subsets Associated With Prognosis of Osteosarcoma Based on Single-Cell Sequencing Data]
2023-Oct, Zhongguo yi xue ke xue yuan xue bao. Acta Academiae Medicinae Sinicae
DOI:10.3881/j.issn.1000-503X.15573
PMID:37927019
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研究论文 | 本研究旨在通过分析不同骨肉瘤患者的肿瘤组织样本的细胞组成，探讨与骨肉瘤预后相关的细胞亚群及其特征 | 首次建立了基于巨噬细胞分化的差异表达基因的预后模型，揭示了巨噬细胞亚群与骨肉瘤预后的密切关系 | 研究主要依赖于单细胞测序数据，样本量以及不同患者的异质性可能影响结果的普遍适用性 | 探索与骨肉瘤预后相关的细胞亚群及其特征 | 不同骨肉瘤患者的肿瘤组织样本中的细胞组成 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | NA | 细胞样本 | 不同骨肉瘤患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-08-07 |
Infernape uncovers cell type-specific and spatially resolved alternative polyadenylation in the brain
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277864.123
PMID:37907328
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研究论文 | 本文介绍了Infernape工具，用于从单细胞和空间转录组数据中推断和量化多聚腺苷酸化位点（PA）的使用，并在小鼠大脑中展示了其应用 | Infernape首次系统地揭示了大脑中细胞类型特异性和空间解析的替代多聚腺苷酸化 | NA | 研究大脑中细胞类型特异性和空间分布的差异多聚腺苷酸化位点（PA）的使用 | 小鼠大脑中的多聚腺苷酸化位点（PA） | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠大脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-08-07 |
Circulating small extracellular vesicle-derived splicing factor 3b subunit 4 as a non-invasive diagnostic biomarker of early hepatocellular carcinoma
2023-Oct-30, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02867-y
PMID:37899451
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研究论文 | 本研究评估了剪接因子3b亚基4（SF3B4）作为肝细胞癌（HCC）新型非侵入性生物标志物的诊断价值，并探讨了SF3B4表达与免疫细胞浸润的关联 | SF3B4在血浆中的表达水平在HCC患者中显著高于健康对照组，且EV-SF3B4在HCC的诊断性能优于α-胎蛋白（AFP） | SF3B4蛋白和自身抗体在HCC患者血浆中的诊断性能并未优于α-胎蛋白（AFP） | 评估SF3B4作为HCC非侵入性诊断生物标志物的价值及其与免疫细胞浸润的关联 | 肝细胞癌（HCC）患者及健康对照组的血浆样本 | NA | 肝细胞癌 | 酶联免疫吸附试验（ELISA）、定量逆转录PCR | NA | 血浆样本 | 健康对照组和不同阶段的HCC患者 | NA | NA | NA | NA |