单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 413 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-08-31 |
Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis
2023-10-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01728-6
PMID:37858214
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研究论文 | 开发了一个名为scMayoMap的易用工具及其配套数据库scMayoMapDatabase，用于单细胞RNA测序数据分析中的细胞类型注释 | 提供了一个无需标记训练数据集或预定义标记基因集的用户友好型细胞注释工具，并通过跨平台和组织类型的48个独立数据集验证了其有效性 | NA | 开发一个快速准确的单细胞RNA测序细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 48个独立scRNA-seq数据集 |
| 2 | 2025-07-21 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 本文对九种现有的单细胞多组学数据整合方法进行了基准测试，评估了多组学数据在分析单模态数据中的指导作用以及这些方法从单模态数据中发现峰-基因关联的能力 | 首次系统地评估了多组学数据在单模态数据整合中的作用，并强调了多组学数据中足够数量的细胞核对于准确细胞类型注释的重要性 | 研究结果依赖于特定数据集，且未考虑所有可能的单细胞多组学整合方法 | 评估单细胞RNA测序和ATAC测序数据的联合整合算法，以提高细胞类型和状态注释的准确性 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 单细胞RNA测序数据, 单核ATAC测序数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及多种数据集 |
| 3 | 2025-07-21 |
The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296700
PMID:37873287
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研究论文 | 本研究探讨了改进的样本处理工作流程对基于深度学习的空间转录组学评估的影响 | 提出了一种改进的样本处理工作流程，结合Visium CytAssist检测的灵活性，实现了自动H&E染色、高分辨率全玻片成像以及多患者组织切片的多重分析 | 研究仅基于13例pT3期结直肠癌患者的小样本队列，且深度学习方法在空间转录组学中的应用仍面临高昂成本 | 提升空间转录组学工作流程的可靠性、分辨率和可扩展性，以更好地理解肿瘤生物学和改善临床结果 | 结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学、Visium CytAssist检测 | Inceptionv3 | 图像、基因表达数据 | 13例pT3期结直肠癌患者 |
| 4 | 2025-07-21 |
Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296701
PMID:37873186
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研究论文 | 本研究探讨了通过整合单细胞组织学和转录组数据，从结肠癌患者的全切片图像中推断空间mRNA表达模式的可行性 | 开发了一种细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，提高了空间分子分析的分辨率 | 初步结果需要严格的验证，包括与病理学家合作精确识别不同细胞类型，并使用更复杂的检测方法如Xenium以获得更深层次的亚细胞见解 | 研究结肠癌肿瘤异质性 | pT3期结直肠癌患者的全切片图像 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 细胞图神经网络 | 图像，转录组数据 | NA |
| 5 | 2025-07-20 |
Combinatorial Immunotherapy with Agonistic CD40 Activates Dendritic Cells to Express IL12 and Overcomes PD-1 Resistance
2023-10-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0699
PMID:37478171
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研究论文 | 该研究探讨了通过组合免疫疗法激活树突状细胞表达IL12以克服PD-1抗性的机制 | 发现了一种新型CCL22+CCL5+ IL12分泌型树突状细胞亚群在克服PD-1抗性中的关键作用，并验证了IL12 mRNA疗法单独使用的有效性 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者数据验证有限 | 探索克服PD-1抗性的新型免疫治疗策略 | 小鼠黑色素瘤模型和人类患者样本 | 免疫治疗 | 黑色素瘤 | 单细胞细胞因子分泌分析、单细胞RNA测序 | 小鼠黑色素瘤模型 | 基因表达数据、细胞因子分泌数据 | 多数小鼠显示完全肿瘤消退，人类患者数据有限 |
| 6 | 2025-07-20 |
MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad592
PMID:37740957
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研究论文 | 开发了一种名为MuDCoD的方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测多主体动态基因网络中的社区 | 首次提出同时考虑多个主体和多个时间点的网络社区检测方法，填补了现有研究的空白 | 未明确说明方法在极端数据稀疏情况下的表现 | 开发能够分析多主体动态基因共表达网络的社区检测方法 | 人类诱导多能干细胞在分化为多巴胺能神经元过程中的基因网络，以及CD4+ T细胞激活过程中的基因网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基于谱聚类的框架 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及多主体和多时间点的数据 |
| 7 | 2025-07-20 |
Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05109-y
PMID:37428249
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研究论文 | 通过单细胞测序和大块RNA数据分析乳腺癌中双硫死亡相关基因的肿瘤微环境浸润特征及其对免疫治疗的潜在影响 | 首次构建基于双硫死亡相关基因的风险特征模型，用于预测乳腺癌患者的总体生存和免疫治疗反应，并发现TNFRSF14作为关键调控基因 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 探究双硫死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用 | 乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, 大块RNA测序, hdWGCNA, WGCNA, LASSO分析 | 风险特征模型 | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 8 | 2025-07-20 |
Investigation and verification of GIMAP6 as a robust biomarker for prognosis and tumor immunity in lung adenocarcinoma
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04980-z
PMID:37338641
|
研究论文 | 本研究探讨了GIMAP6作为肺腺癌预后和肿瘤免疫的稳健生物标志物的作用 | 首次验证GIMAP6在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，需要更多临床样本验证 | 探究GIMAP6在肺腺癌发展和肿瘤免疫中的作用 | 肺腺癌患者和细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | RT-qPCR, western blotting, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库中的数据集, 实验验证使用的细胞系 |
| 9 | 2025-07-20 |
Comprehensive landscape of the miRNA-regulated prognostic marker LAYN with immune infiltration and stemness in pan-cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04986-7
PMID:37335337
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法全面分析了LAYN基因在泛癌中的表达、免疫浸润、干细胞特性及其预后标志物潜力 | 首次从泛癌角度系统研究LAYN基因的功能机制，揭示了其在肿瘤免疫逃逸、干细胞特性和预后中的新作用，并预测了其作为mRNA疫苗和分子治疗新靶点的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证LAYN的具体功能机制 | 探究LAYN基因在泛癌中的表达特征、功能机制及其作为预后标志物的潜力 | LAYN基因及其在多种癌症类型中的表达和功能 | 生物信息学 | 泛癌(包括HNSC、MESO、OV等多种癌症类型) | 生物信息学分析、单细胞测序、机器学习 | 机器学习预后模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 来自GTEx和TCGA数据库的健康和癌症患者样本 |
| 10 | 2025-07-20 |
LncRNAs associated with vascular mimicry establish a novel molecular subtype and prognostic model for pancreatic cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05015-3
PMID:37400573
|
研究论文 | 本研究通过识别与血管拟态相关的长链非编码RNA，建立了胰腺癌的新型分子亚型和预后模型 | 首次开发了基于血管拟态相关lncRNA的胰腺癌分子亚型，并构建了新的预后风险模型 | 研究基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索血管拟态在胰腺癌中的作用并建立相关预后模型 | 胰腺癌患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, NMF算法, lasso回归 | 预后风险模型 | RNA-seq数据 | 未明确说明样本数量 |
| 11 | 2025-07-20 |
Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05058-6
PMID:37410142
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了间充质干细胞相关特征在胃癌预后和药物敏感性评估中的价值 | 开发了一个基于间充质干细胞标记基因的风险特征模型，用于预测胃癌患者的预后和抗肿瘤治疗效果 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证 | 评估间充质干细胞相关特征在胃癌中的预后价值和药物敏感性 | 胃癌患者 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR | 风险特征模型 | RNA测序数据 | TCGA-STAD和GEO数据库中的胃癌患者数据 |
| 12 | 2025-07-20 |
Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05011-7
PMID:37369799
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别并验证了前列腺癌中与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型，并建立了一个与生化复发（BCR）相关的CAF特征模型，用于预测前列腺癌患者的预后 | 利用非负矩阵分解（NMF）聚类识别了两种与CAFs相关的前列腺癌亚型，并构建了一个新的BCR相关CAF特征模型，该模型能够独立预测前列腺癌患者的生化复发风险和免疫治疗反应 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制，且未在独立队列中进行外部验证 | 研究前列腺癌中CAFs的特征，并开发一个预测前列腺癌患者预后的BCR相关CAF特征模型 | 前列腺癌患者及其肿瘤和癌旁组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | NMF聚类，Lasso回归分析，COX回归分析 | RNA测序数据，临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的前列腺癌患者数据，包括四对肿瘤和癌旁组织的scRNA-seq数据 |
| 13 | 2025-07-20 |
Identification a unique disulfidptosis classification regarding prognosis and immune landscapes in thyroid carcinoma and providing therapeutic strategies
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05006-4
PMID:37347261
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研究论文 | 本研究探讨了二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并基于二硫键凋亡基因开发了一个预后指数 | 首次将二硫键凋亡与甲状腺癌预后联系起来，并开发了新的分类系统和预后模型 | 二硫键凋亡的机制和功能仍不完全清楚，研究主要基于生物信息学分析 | 研究二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并开发预后预测模型 | 甲状腺癌患者 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 基因表达分析、单细胞转录组测序 | NMF、Enet模型、列线图模型 | 基因表达数据、体细胞突变信息、拷贝数变异数据、临床数据 | 来自TCGA数据库的甲状腺癌患者数据和GEO数据库的GSE184362单细胞转录组数据 |
| 14 | 2025-07-12 |
Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation
2023-10, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02815-2
PMID:37634007
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研究论文 | 研究甲状腺激素受体α1（TRα1）在甲状腺癌细胞分化中的新调控作用 | 首次发现TRα1通过调控PAX8基因表达，促进未分化甲状腺癌（ATC）细胞向分化状态转变 | 研究仅基于两种ATC细胞系和小样本TCGA数据分析，未进行体内实验验证 | 阐明TRα1在甲状腺癌中的功能机制及其治疗潜力 | 未分化甲状腺癌（ATC）细胞系THJ-11T和THJ-16T | 癌症生物学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）、TCGA数据分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 2种ATC细胞系（THJ-11T和THJ-16T）的多个克隆 |
| 15 | 2025-07-10 |
Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf6484
PMID:37824669
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研究论文 | 该研究通过快速GABA能神经元病毒遗传标记和Patch-seq技术，分析了人类大脑切片中GABA能神经元的亚类和转录组类型 | 揭示了PVALB和SST亚类之间的过渡，识别了灵长类特有的双束细胞（DBCs）的多个空间不同类型，并阐明了小鼠和人类新皮层GABA能神经元类型之间的细胞差异 | 研究仅基于人类大脑切片，可能无法完全反映体内环境的复杂性 | 理解人类大脑细胞类型的保守和特化细胞特性 | 人类新皮层中的GABA能神经元 | 神经科学 | NA | Patch-seq（膜片钳电生理学加单细胞RNA测序） | NA | 电生理和转录组数据 | 人类大脑切片中的GABA能神经元样本 |
| 16 | 2025-07-02 |
Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response
2023-10-01, The American journal of psychiatry
DOI:10.1176/appi.ajp.20220478
PMID:37491937
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研究论文 | 首次使用单核RNA测序技术研究创伤后应激障碍(PTSD)和重度抑郁症(MDD)患者背外侧前额叶皮层(DLPFC)的细胞类型特异性转录组病理学 | 首次在PTSD研究中应用单核RNA测序技术，揭示了细胞类型特异性的基因表达机制 | 样本量相对较小(11名PTSD患者、10名MDD患者和11名对照)，且仅研究了DLPFC区域 | 阐明PTSD和MDD在细胞类型特异性水平上的转录组病理学机制 | 人脑背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织 | 神经科学 | 精神疾病 | 单核RNA测序(snRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSC)技术 | NA | RNA测序数据 | 47个DLPFC样本(约575K细胞核)，包括11名PTSD患者、10名MDD患者和11名对照 |
| 17 | 2025-06-17 |
Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.29.560193
PMID:37873257
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研究论文 | 开发了一种名为MUDI的计算方法，整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率上整合3D染色质结构和基因表达数据，定义了拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD） | NA | 研究3D染色质结构在单细胞分辨率上对基因表达的调控及其在癌症细胞异质性中的作用 | 乳腺癌细胞模型 | 计算生物学 | 乳腺癌 | scHi-C, scRNA-seq | MUDI算法 | 单细胞多组学数据 | 公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据 |
| 18 | 2025-05-19 |
Glioblastoma initiation, migration, and cell types are regulated by core bHLH transcription factors ASCL1 and OLIG2
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.30.560206
PMID:37873200
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research paper | 该研究探讨了核心bHLH转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始、迁移和细胞类型调控中的作用 | 揭示了ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤细胞异质性和层级结构中的调控机制，以及它们在肿瘤形成和迁移中的动态作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的具体机制仍需进一步验证 | 探究ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤发生和发展中的功能 | 胶质母细胞瘤（GBM）和胶质瘤干细胞（GSCs） | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠GBM模型 | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2025-05-08 |
Impact of Memory T Cells on SARS-COV-2 Vaccine Response in Hematopoietic Stem Cell Transplant
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564259
PMID:37961434
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研究论文 | 研究造血干细胞移植（HSCT）受者中记忆T细胞对SARS-COV-2疫苗反应的影响 | 揭示了HSCT受者在接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后记忆T细胞群的缺陷及其与T细胞反应缺失的关联 | 样本量较小（42名HSCT受者和5名健康对照） | 评估HSCT受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的体液和适应性免疫反应 | 造血干细胞移植（HSCT）受者和健康对照 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、TCR和BCR测序 | NA | 血清、外周血单核细胞 | 42名HSCT受者和5名健康对照 |
| 20 | 2025-04-27 |
Comprehensive single cell aging atlas of mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer
2023-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.20.563147
PMID:37961129
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研究论文 | 该研究通过单细胞分辨率分析了小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组变化，揭示了衰老与癌症之间的潜在机制联系 | 首次在单细胞水平上构建了乳腺组织衰老的综合图谱，并发现了衰老与癌症共享的表观基因组和转录组特征 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究 | 探索衰老如何通过细胞和分子事件影响癌症发生 | 小鼠乳腺组织中的上皮细胞、间质细胞和免疫细胞 | 生物医学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | NA（未明确提及具体样本数量） |