单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-07-10
Single-cell RNA sequencing analysis revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer
2023-10, Clinics and research in hepatology and gastroenterology IF:2.6Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析揭示胰腺癌恶性导管细胞异质性和预后特征 首次利用单细胞RNA测序结合Leiden算法对胰腺癌导管细胞亚群进行综合分析,鉴定出S100A6+和FXYD2+两种主要亚型,并整合批量RNA测序数据生成并验证了新的预后特征 未明确说明 通过多组学方法深入研究胰腺癌导管细胞的异质性并建立预后特征 胰腺癌导管细胞亚群 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-07-01
Multi-modal transcriptomic analysis unravels enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过多模态转录组数据分析,揭示基底型乳腺癌中混合上皮/间质状态富集及表型异质性增强 整合批量、单细胞和空间转录组数据,结合数学模型解析上皮-间质转化与腔-基底可塑性之间的表观遗传串扰 依赖细胞系及原发肿瘤样本,未进行体内功能验证,且数学模型的预测需要实验进一步验证 探究乳腺癌中上皮-间质转化与腔-基底可塑性如何驱动肿瘤内表型异质性 乳腺癌细胞系及原发肿瘤样本 数字病理学 乳腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 基因调控网络数学模型 转录组数据 乳腺癌细胞系及原发肿瘤样本(具体数量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
3 2026-06-30
High-throughput identification of Toxoplasma gondii effector proteins that target host cell transcription
2023-10-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1
研究论文 结合CRISPR敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序(双扰动测序),高通量鉴定弓形虫效应蛋白及其对宿主细胞转录的调控作用 首次将CRISPR pooled敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序整合为双扰动测序方法,实现无偏倚鉴定弓形虫效应蛋白并直接推断其功能 未提及具体技术局限性,可能受限于筛选规模及对宿主转录干扰的特异性验证 高通量鉴定弓形虫效应蛋白并阐明其调控宿主细胞转录的分子机制 弓形虫(Toxoplasma gondii)效应蛋白及宿主细胞转录调控 机器学习 弓形虫病 CRISPR敲除筛选,单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 双宿主-微生物单细胞RNA测序(双扰动测序)
4 2026-06-02
Two distinct molecular faces of preeclampsia revealed by single-cell transcriptomics
2023-10-13, Med (New York, N.Y.)
研究论文 通过单细胞转录组学揭示先兆子痫的两种不同分子面孔 首次通过单细胞和单核转录组学分析,系统揭示了早发型和晚发型先兆子痫在胎盘各细胞类型中的分子差异,发现早发型先兆子痫存在广泛的基因表达失调,而晚发型则影响极小;并鉴定了胎儿来源的Hofbauer细胞和母体来源的TREM2巨噬细胞作为炎症的关键角色 未明确说明,但研究主要基于胎盘样本,可能未涵盖全身其他组织的分子变化 解析早发型和晚发型先兆子痫中胎盘不同细胞类型的功能变化,提供两种疾病的分子证据 早发型和晚发型先兆子痫患者与孕周匹配对照组的胎盘样本 数字病理学 先兆子痫 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA 转录组数据 早发型和晚发型先兆子痫及对照组的胎盘单细胞和单核样本,具体数量未明确 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium Single Cell 3' 和单核测序,Illumina NovaSeq测序平台
5 2026-05-31
Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response
2023-10-01, The American journal of psychiatry
研究论文 通过单核RNA测序解析创伤后应激障碍和重性抑郁障碍中背外侧前额叶皮层的细胞类型特异性转录组机制 首次在创伤后应激障碍中开展死后脑组织的单核RNA测序研究,以细胞类型分辨率揭示疾病转录组病理,并发现17q21.31位点基因在应激反应中的新作用 研究样本量相对有限(32个样本用于发现,15个用于复制),可能影响统计效力;此外,死后脑组织研究无法直接观察活体动态过程 阐明创伤后应激障碍和重性抑郁障碍背外侧前前额叶皮层的细胞类型特异性转录组病理及其在应激反应中的作用机制 背外侧前额叶皮层样本,包括创伤后应激障碍患者、重性抑郁障碍患者和对照个体 自然语言处理 创伤后应激障碍, 重性抑郁障碍 单核RNA测序 NA 基因表达数据 发现阶段:32个样本(约415K细胞核,每样本>13K细胞);复制阶段:15个样本(约160K细胞核,每样本>11K细胞) NA 单细胞RNA-seq NA NA
6 2026-05-29
Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease
2023-10, Pharmacological research IF:9.1Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组、全转录组、全长转录组和代谢组测序,揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4调控甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡在自身免疫性甲状腺疾病中的作用 首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰调控ATF4表达,从而影响甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡的机制,并确定了新的治疗靶点 样本量较小(仅2名HT患者、2名GD患者和1名对照),且未对更大样本进行验证 探讨自身免疫性甲状腺疾病中甲状腺滤泡上皮细胞死亡的分子机制,寻找新的治疗靶点 甲状腺滤泡上皮细胞(ThyFoEp细胞) 数字病理学 自身免疫性甲状腺疾病(格雷夫斯病和桥本甲状腺炎) 单细胞转录组测序、全转录组测序、Oxford Nanopore全基因组测序、代谢组测序 NA 序列数据、代谢物数据 2名桥本甲状腺炎患者、2名格雷夫斯病患者和1名健康对照的甲状腺组织样本 Oxford Nanopore Technologies 单细胞RNA测序、全长转录组测序、代谢组学 Oxford Nanopore测序平台 Oxford Nanopore全长转录组测序
7 2026-05-29
Deciphering the heterogeneity and immunosuppressive function of regulatory T cells in osteosarcoma using single-cell RNA transcriptome
2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1
研究论文 利用单细胞RNA转录组解析骨肉瘤中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能 首次在单细胞水平揭示骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性及其通过CXCL信号与成骨细胞、内皮细胞和髓系细胞的相互作用,并构建基于Treg特异性基因的预后模型 未提及具体局限性 探究骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能,并构建预后模型 骨肉瘤组织与癌旁组织的调节性T细胞 生物信息学 骨肉瘤 单细胞RNA测序, 基因集变异分析, 细胞通讯分析 LASSO回归, 多变量分析 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 未提供具体样本量 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
8 2026-05-26
Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
研究论文 利用单细胞和多重空间转录组学揭示人类丘脑发育过程中的时空分子动态 首次在人类发育中的丘脑中描绘分子定义的神经元分化轨迹和空间组织模式,鉴定出不同丘脑核团中富集的谷氨酸能和GABA能神经元亚型 对丘脑发育的分子架构理解仍不完整,尤其对人类而言 阐明人类丘脑发育中细胞命运特化和组织的分子轨迹 人类发育中的丘脑组织 数字病理学 NA 单细胞RNA测序、多重空间转录组学 NA 基因表达数据 人类发育中期(第二孕期)的丘脑样本 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组平台
9 2026-05-24
Endothelial cells are a key target of IFN-g during response to combined PD-1/CTLA-4 ICB treatment in a mouse model of bladder cancer
2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序技术,在膀胱癌小鼠模型中探究联合PD-1/CTLA-4免疫检查点阻断治疗后不同细胞类型的应答机制,发现内皮细胞是IFN-γ信号的关键靶点 首次通过单细胞分辨率揭示内皮细胞中IFN-γ信号在联合ICB治疗中的关键作用,并利用基因敲除实验验证其功能 仅在小鼠模型中进行验证,缺乏人类样本数据,且未深入探究内皮细胞IFN-γ信号下游的具体分子机制 探索联合PD-1/CTLA-4 ICB治疗在不同细胞类型中的应答机制 膀胱癌小鼠模型中的肿瘤细胞、内皮细胞及CD4 T细胞 单细胞转录组学 膀胱癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞基因表达数据 三种条件下的肿瘤组织样本:未治疗、治疗后、CD4 T细胞清除后治疗 NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-05-20
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2023-10-17, GigaScience IF:11.8Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析,揭示蝙蝠和灵长类动物在病毒感染中先天免疫反应的物种特异性特征 首次通过单细胞RNA测序比较灵长类(人类、黑猩猩、猕猴)与蝙蝠(埃及果蝠)对多种病原刺激的免疫反应差异,并鉴定蝙蝠特有的单核细胞亚群 未明确提及局限性,但可能包括样本数量有限或仅关注外周血单核细胞 阐明蝙蝠与灵长类动物在病毒感染中先天免疫反应的差异及其潜在机制 灵长类(人类、黑猩猩、猕猴)和蝙蝠(埃及果蝠)的外周血单核细胞 单细胞转录组学 病毒感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 涉及人类、黑猩猩、猕猴和蝙蝠的样本,具体数量未提供 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
11 2026-05-20
A Specialized Epithelial Cell Type Regulating Mucosal Immunity and Driving Human Crohn's Disease
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞转录组分析,发现一种名为LND的新型上皮细胞类型在克罗恩病中显著扩增,并驱动黏膜免疫失调 首次鉴定出LND细胞作为克罗恩病特异性致病上皮细胞亚型,揭示其通过抗菌反应和免疫调控参与疾病发病机制,并发现其亚群比例与抗TNF治疗反应相关 未提供具体局限性信息 解析克罗恩病的细胞异质性,识别新的致病细胞类型和生物标志物 克罗恩病患者和正常对照的回肠末端及升结肠组织样本 单细胞生物学, 免疫学 克罗恩病 单细胞RNA测序, 高分辨率原位RNA成像, 多重蛋白成像 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 65例克罗恩病患者和18例非炎症性肠病对照的170份样本,共202,359个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
12 2026-05-09
Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过对人类和基因工程小鼠模型的前列腺癌进行单细胞RNA测序和分子病理学分析,揭示了MYC驱动的肿瘤微环境趋同变化 首次系统阐明了MYC信号激活作为人类前列腺癌肿瘤微环境重塑的共同驱动因素,并通过跨物种比较研究验证了该发现 文中未明确说明,但可能涉及小鼠模型与人类疾病的差异以及样本量有限 探究MYC驱动的前列腺癌细胞如何调控肿瘤微环境改变 人类前列腺癌组织及基因工程小鼠模型的前列腺组织 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序 基因工程小鼠模型 单细胞转录组数据 人类组织样本和小鼠模型样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
13 2026-05-05
Single-cell transcriptomic data reveal the increase in extracellular matrix organization and antigen presentation abilities of fibroblasts and smooth muscle cells in patients with pelvic organ prolapse
2023-10, International urogynecology journal IF:1.8Q3
研究论文 通过单细胞转录组数据分析盆腔器官脱垂患者阴道壁成纤维细胞和平滑肌细胞的细胞特性变化 首次在单细胞水平揭示POP中成纤维细胞和平滑肌细胞在细胞外基质组织和抗原呈递能力方面的增强 仅基于公共数据集,样本量较小(5例POP和5例对照),需要更多独立验证 探索盆腔器官脱垂(POP)患者阴道壁主要细胞类型(成纤维细胞和平滑肌细胞)的细胞特性,以增进对POP分子机制的理解 盆腔器官脱垂患者阴道壁组织中的成纤维细胞和平滑肌细胞 NA 盆腔器官脱垂 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 10个样本(5例POP患者和5例对照) NA 单细胞RNA测序 NA NA
14 2026-05-02
Dissecting the single-cell transcriptome network of macrophage and identifies a signature to predict prognosis in lung adenocarcinoma
2023-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌中不同来源巨噬细胞的功能差异并构建预后预测模型 首次根据来源将巨噬细胞分为肺泡巨噬细胞和间质巨噬细胞,并阐明其在肿瘤微环境中的不同功能及预后价值 未提及具体局限性 探索不同来源巨噬细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的功能及作为预后和治疗预测标志物的潜力 肺腺癌患者的肿瘤组织、正常肺组织和外周血样本中的巨噬细胞 数字病理学 肺腺癌 单细胞RNA测序 风险预测模型 基因表达数据 21例肺腺癌、12例正常和4例外周血样本用于单细胞分析;502例TCGA患者用于构建模型;544例GEO数据集患者用于验证 NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-05-01
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular characteristics of high-grade and metastatic bladder cancer
2023-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示高级别和转移性膀胱癌的细胞与分子特征 首次通过单细胞转录组分析揭示了高级别与转移性膀胱癌在肿瘤微环境中细胞和分子层面的相似性与差异性,发现了炎症性癌相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞在T细胞耗竭及肿瘤微环境形成中的关键作用 样本量较小,仅包括癌旁正常组织、原发性肿瘤和淋巴结转移样本,且未涉及纵向动态分析 阐明高级别和转移性膀胱癌的细胞与分子特征,为潜在治疗靶点提供依据 膀胱癌患者的癌旁正常组织、原发性肿瘤和淋巴结转移样本 单细胞测序 膀胱癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 50,158个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 单细胞RNA测序试剂盒
16 2026-04-23
High-dimensional deconstruction of pancreatic cancer identifies tumor microenvironmental and developmental stemness features that predict survival
2023-Oct-19, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和高维基因表达分析,揭示了胰腺导管腺癌肿瘤微环境的细胞状态组成、发育干性特征及其与患者生存的关联 首次在诊断时内镜超声引导下细针穿刺活检样本中,结合单细胞和批量RNA测序,系统描绘了PDAC的肿瘤微环境细胞群落和发育干性连续体,并发现其与预后的强相关性 样本量相对有限,且依赖于公开数据集进行补充;EUS-FNB样本的细胞获取量和质量可能存在变异 解析胰腺导管腺癌肿瘤微环境的高维特征,识别与患者生存相关的细胞状态和发育干性标志 胰腺导管腺癌患者组织样本,包括诊断时EUS-FNB样本和手术切除样本 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序 Ecotyper工具(定制版) 基因表达数据 单细胞RNA-seq样本80例(含25例新采集EUS-FNB样本和6例手术样本),批量RNA-seq样本268例 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
17 2026-04-20
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过建立胸腺皮质-髓质连续组织轴,并结合多模态单细胞、空间转录组学和高分辨率多重成像图谱,绘制了人类胸腺的空间细胞图谱,揭示了T细胞发育的微观解剖学基础 建立了胸腺定量形态学新框架——皮质-髓质轴,并结合多模态空间分析,首次在单细胞分辨率上系统描绘了人类胸腺从胎儿到出生后的空间组织结构 NA 绘制人类胸腺的空间细胞图谱,揭示T细胞发育和胸腺上皮细胞组织的微观解剖学基础 人类胸腺组织(胎儿期及出生后) 空间转录组学 NA 空间转录组学,高分辨率多重成像,单细胞分析 NA 空间转录组数据,成像数据,单细胞数据 NA NA 空间转录组学,单细胞分析 NA NA
18 2026-03-21
Identification of human exTreg cells as CD16+CD56+ cytotoxic CD4+ T cells
2023-10, Nature immunology IF:27.7Q1
研究论文 本研究通过整合小鼠模型和人类单细胞测序数据,鉴定并验证了人类exTreg细胞是具有细胞毒性的CD4+ T细胞亚群 首次将小鼠模型中的exTreg细胞转录组特征映射到人类单细胞数据,鉴定出CD16+CD56+的细胞毒性CD4+ T细胞作为人类exTreg细胞,并证实其克隆扩增和细胞毒功能 研究主要基于转录组和表面标志物分析,对exTreg细胞在动脉粥样硬化中的具体功能机制和临床意义需要进一步验证 鉴定人类动脉粥样硬化中由调节性T细胞转化而来的exTreg细胞的分子特征和功能特性 小鼠和人类的调节性T细胞(Treg)及其转化形成的exTreg细胞 免疫学 动脉粥样硬化 RNA-seq, scRNA-seq, CITE-seq, 流式细胞术, T细胞受体测序, 细胞杀伤实验, CD107a脱颗粒实验 NA 转录组数据, 单细胞数据, 流式数据, 序列数据 来自FoxP3ROSA26-Apoe小鼠模型的Treg和exTreg细胞,以及人类外周血样本 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CITE-seq NA NA
19 2026-03-19
Endogenous adenine mediates kidney injury in diabetic models and predicts diabetic kidney disease in patients
2023-10-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究提出内源性腺嘌呤可能是糖尿病肾病(DKD)的致病因子,并探讨了尿腺嘌呤/肌酐比值(UAdCR)作为预测终末期肾病(ESKD)的机制性生物标志物的潜力 首次提出内源性腺嘌呤是DKD的致病因子,发现UAdCR可作为无大量白蛋白尿患者ESKD的预测生物标志物,并确定了腺嘌呤通过mTOR通路促进肾损伤的机制 研究主要基于观察性队列,因果关系需进一步实验验证;样本来自特定人群,结果外推需谨慎 探究内源性腺嘌呤在糖尿病肾病发生发展中的作用,并寻找预测DKD进展的机制性生物标志物 糖尿病患者(来自CRIC、SMART2D和美国印第安人研究)、糖尿病小鼠模型、肾小管细胞 代谢组学与转录组学 糖尿病肾病 空间代谢组学、单细胞转录组学 NA 尿液代谢物数据、空间代谢组数据、单细胞转录组数据 多个队列的糖尿病患者(具体人数未明确说明)、糖尿病小鼠模型 NA 空间代谢组学, 单细胞转录组学 NA NA
20 2026-03-15
Single-Cell RNA Analysis Reveals Cell-Intrinsic Functions of CAR T Cells Correlating with Response in a Phase II Study of Lymphoma Patients
2023-Oct-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析CAR-T输注产品的转录谱,揭示了与淋巴瘤患者临床反应相关的细胞内在功能特征 首次在II期临床试验中,利用靶向单细胞RNA测序结合多色流式细胞术,将CAR-T输注产品的细胞内在特征与临床反应直接关联,并发现效应样CD8+ CAR-T的多功能性、高细胞毒性和细胞因子产生谱与低功能障碍特征与反应相关 样本量较小(n=24),且仅针对第三代CD19导向的CAR-T,可能限制结果的普适性 探究CAR-T输注产品质量对B细胞恶性肿瘤患者临床反应的影响 B细胞淋巴瘤(n=23)和白血病(n=1)患者接受CD19 CAR-T治疗的输注产品 单细胞组学 淋巴瘤 靶向单细胞RNA测序,多色流式细胞术 NA 单细胞转录组数据,流式细胞数据 24名患者(23例淋巴瘤,1例白血病) NA 单细胞RNA-seq NA NA
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