单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 415 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-21 |
K-Nearest-Neighbors Induced Topological PCA for Single Cell RNA-Sequence Data Analysis
2023-Oct-23, ArXiv
PMID:37961744
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研究论文 | 本文提出了一种基于k近邻持久拉普拉斯技术的拓扑主成分分析方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | 本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种新的拓扑主成分分析方法，并通过k近邻持久拉普拉斯技术提高了方法的鲁棒性 | 本文未提及具体的局限性 | 开发一种新的维度降低和特征选择方法，以解决单细胞RNA测序数据中的多尺度和多类别异质性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 拓扑主成分分析 | 基因表达数据 | 11个不同的单细胞RNA测序基准数据集 |
| 2 | 2024-12-11 |
Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.03.560700
PMID:37873349
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研究论文 | 本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中缺氧诱导因子脯氨酰羟化酶（PHD）的失活如何通过诱导糖酵解促进不良肾脏修复 | 首次揭示了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活通过诱导糖酵解促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过靶向内皮细胞缺氧驱动的糖酵解/MCT4轴来阻止AKI向慢性肾病（CKD）转化的潜在途径 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞功能障碍的机制及其对肾脏修复的影响 | 内皮细胞中的PHD1、PHD2和PHD3酶及其在缺血性急性肾损伤后的作用 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类肾脏样本 |
| 3 | 2024-12-09 |
Identification of human exTreg cells as CD16+CD56+ cytotoxic CD4+ T cells
2023-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01589-9
PMID:37563308
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研究论文 | 本文通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，鉴定了人类exTreg细胞为CD16+CD56+细胞毒性CD4+T细胞 | 首次鉴定了人类exTreg细胞为CD16+CD56+细胞毒性CD4+T细胞，并验证了其细胞毒性功能 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能存在种属差异 | 鉴定人类exTreg细胞的表型和功能 | 人类和小鼠的T细胞和exT细胞 | 免疫学 | 动脉粥样硬化 | RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | RNA | 小鼠和人类样本 |
| 4 | 2024-12-08 |
Comprehensive single cell aging atlas of mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer
2023-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.20.563147
PMID:37961129
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研究论文 | 研究了衰老如何重塑小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组程序，揭示了衰老和癌症之间的共同表观遗传和转录特征 | 首次在单细胞分辨率下全面分析了小鼠乳腺组织的衰老和癌症相关特征，并发现了衰老细胞在代谢、炎症和癌症相关基因中的表观遗传和转录变化 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全验证这些发现是否适用于人类 | 探讨衰老相关的细胞和分子事件如何影响癌症的发生 | 小鼠乳腺组织的单细胞转录组和表观基因组 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠乳腺组织样本 |
| 5 | 2024-12-08 |
Epididymal segment-specific miRNA and mRNA regulatory network at the single cell level
2023-10, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2023.2280170
PMID:37982230
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研究论文 | 研究比较了不同附睾段特异性样本之间的miRNA和mRNA表达，并构建了单细胞水平的miRNA和mRNA调控网络 | 首次在单细胞水平上揭示了人类附睾段特异性的miRNA-mRNA调控网络及其上游转录因子和下游通路 | 研究仅基于小鼠样本，且样本量有限 | 揭示人类附睾段特异性的miRNA-mRNA调控网络及其功能 | 附睾不同段的miRNA和mRNA表达及其调控网络 | 基因表达调控 | NA | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量实时PCR（qRT-PCR） | NA | 基因表达数据 | 6只小鼠的附睾组织 |
| 6 | 2024-11-27 |
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.25.562925
PMID:37986877
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研究论文 | 本文通过空间解析分析，建立了一个新的定量形态学框架，用于描述胸腺的皮质-髓质轴，并展示了胸腺细胞和胸腺上皮细胞的高度组织性 | 本文创新性地结合了多模态单细胞、空间转录组学和高分辨率多重成像技术，构建了一个连续组织轴上的空间人类胸腺细胞图谱 | NA | 研究胸腺细胞在出生前和出生后的发育过程及其微解剖学基础 | 胸腺细胞和胸腺上皮细胞的发育轨迹及其组织结构 | NA | NA | 空间转录组学、高分辨率多重成像 | NA | 单细胞数据、空间转录组数据、图像数据 | NA |
| 7 | 2024-11-23 |
Single-Cell Integration of BMD GWAS Results Prioritize Candidate Genes Influencing Age-Related Bone Loss
2023-Oct, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/jbm4.10795
PMID:37808401
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序数据整合骨密度全基因组关联研究结果，优先筛选影响年龄相关骨丢失的候选基因 | 通过单细胞RNA测序数据，揭示了候选基因在特定细胞类型中的表达特征，为骨密度维持提供了新的治疗靶点 | 主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 研究年龄相关骨丢失的遗传机制，并筛选潜在的治疗靶点 | 骨密度相关基因及其在不同细胞类型中的表达 | 基因组学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 老年小鼠的骨髓和骨组织样本 |
| 8 | 2024-11-18 |
Technical Advances and Applications of Spatial Transcriptomics
2023-Oct, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0032
PMID:39544230
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的最新进展及其在生物学研究中的应用 | 本文系统地介绍了空间转录组学技术在揭示RNA分子在亚细胞、细胞和组织水平上的位置模式方面的创新应用 | 本文主要讨论了现有空间转录组学技术的局限性，包括方法上的挑战和应用中的限制 | 旨在为研究人员提供关于空间转录组学技术的全面指南 | 空间转录组学技术及其在生物学研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9 | 2024-11-08 |
Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses
2023-Oct-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3384541/v1
PMID:37886581
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研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架用于单细胞RNA测序分析 | 本文的创新点在于提出了贝叶斯-频率主义混合框架，以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 本文的局限性在于仅在一个特例（特发性肺纤维化）中进行了验证，尚未在其他疾病或数据集中进行广泛验证 | 本文的研究目的是提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯-频率主义混合框架 | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 10 | 2024-11-07 |
Transcriptional Landscape of Cotton Roots in Response to Salt Stress at Single-cell Resolution
2023-Oct-27, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100740
PMID:39492159
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术系统分析了棉花根系对盐胁迫的响应 | 首次在单细胞分辨率下描绘了盐胁迫下棉花根系的转录图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹 | NA | 探究盐胁迫下棉花根系的分子机制 | 棉花根系在盐胁迫下的响应 | NA | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 从自然生长和不同盐处理条件下的5天龄侧根尖中获得了56,281个高质量细胞 |
| 11 | 2024-11-04 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用 | 本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性 | 本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 多组学数据集中的细胞核数量 |
| 12 | 2024-11-02 |
IL-21-producing effector Tfh cells promote B cell alloimmunity in lymph nodes and kidney allografts
2023-Oct-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169793
PMID:37870962
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研究论文 | 研究IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用及其对B细胞克隆动力学的影响 | 首次揭示了IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的具体亚群、起源和功能 | 研究基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用 | IL-21产生效应Tfh细胞及其在肾移植排斥中的功能 | 免疫学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 13 | 2024-10-28 |
Liquid-biopsy proteomics combined with AI identifies cellular drivers of eye aging and disease in vivo
2023-10-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.09.012
PMID:37863056
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研究论文 | 本文通过结合液体活检蛋白质组学和单细胞转录组学，追踪了5953种蛋白质在房水中的细胞来源，并开发了人工智能模型评估个体细胞的衰老情况 | 本文首次将液体活检蛋白质组学与单细胞转录组学结合，用于追踪非再生器官如眼睛和大脑的疾病机制，并揭示了帕金森病中的视网膜退化现象 | 本文的研究主要集中在眼睛，尚未扩展到其他器官系统 | 研究眼睛衰老和疾病的细胞驱动因素，并开发新的分子诊断和预后方法 | 眼睛中的5953种蛋白质及其细胞来源，以及个体细胞的衰老情况 | 生物信息学 | 眼科疾病 | 液体活检蛋白质组学，单细胞转录组学 | 人工智能模型 | 蛋白质组学数据，转录组学数据 | 5953种蛋白质 |
| 14 | 2024-10-26 |
Microfluidic single-cell migration chip reveals insights into the impact of extracellular matrices on cell movement
2023-10-24, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00651d
PMID:37750357
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研究论文 | 开发了一种高通量微流控细胞迁移芯片，结合机器人液体处理和计算机视觉技术，监测3200个单细胞的运动，研究细胞外基质对细胞迁移的影响 | 开发了高通量微流控细胞迁移芯片，提供前所未有的单细胞分辨率，研究不同细胞外基质对三阴性乳腺癌细胞迁移的影响 | 研究主要集中在三阴性乳腺癌细胞，未涵盖所有类型的细胞和疾病 | 研究细胞外基质对细胞迁移的影响，为开发治疗与细胞迁移相关疾病的新策略提供见解 | 三阴性乳腺癌细胞在不同细胞外基质中的迁移行为 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 微流控技术 | NA | 图像 | 3200个单细胞 |
| 15 | 2024-10-26 |
A subpopulation of lipogenic brown adipocytes drives thermogenic memory
2023-Oct, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00893-w
PMID:37783943
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研究论文 | 本文研究了短暂寒冷暴露后棕色脂肪组织的长期转录和代谢适应机制 | 发现了一种脂质生成棕色脂肪细胞亚群，该亚群在短暂寒冷暴露后驱动热生成记忆，并能改善二次寒冷暴露时的热生成反应 | NA | 探讨短暂环境刺激后长期适应的机制 | 棕色脂肪组织及其在寒冷暴露后的转录和代谢适应 | NA | 肥胖 | 单核RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 16 | 2024-10-25 |
Molecular and spatial landmarks of early mouse skin development
2023-10-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.07.015
PMID:37591247
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研究论文 | 通过单细胞转录组学、空间细胞类型分配和细胞谱系追踪，研究小鼠早期皮肤发育过程中的分子和空间特征 | 揭示了小鼠早期皮肤发育过程中细胞类型多样性和组织结构的关键转变，识别了毛囊诱导、肌肉支持和筋膜形成成纤维细胞的时空出现，以及最早的免疫细胞定居 | NA | 研究小鼠早期皮肤发育的分子和空间特征 | 小鼠早期胚胎皮肤 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 17 | 2024-10-20 |
Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data
2023-10-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.08.004
PMID:37751736
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review | 本文综述了单细胞基因组学数据在细胞随机系统生物学中的应用 | 提出了一个统一的数学框架，用于整合单分子生物随机性和基因组学技术变异 | NA | 探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用 | RNA转录过程和微流控单细胞RNA测序的封装及文库构建步骤 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 18 | 2024-10-19 |
Identification of monocyte-associated pathways participated in the pathogenesis of pulmonary arterial hypertension based on omics-data
2023-Oct, Pulmonary circulation
IF:2.2Q3
DOI:10.1002/pul2.12319
PMID:38130888
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研究论文 | 本研究基于组学数据，探讨了单核细胞相关通路在肺动脉高压发病机制中的作用 | 首次结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了单核细胞在肺动脉高压中的浸润情况及其相关信号通路 | 研究主要基于现有数据库中的数据，缺乏体内实验验证 | 评估免疫细胞浸润在肺动脉高压发病机制中的作用 | 肺动脉高压患者中的单核细胞及其相关信号通路 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 微阵列数据分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于GEO数据库中的微阵列数据集和单细胞RNA测序数据 |
| 19 | 2024-10-16 |
Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277891.123
PMID:37903634
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研究论文 | 本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取 | PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用 | NA | 开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释 | 空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯神经网络 | 变分图卷积自编码器 | 转录组数据 | 多个技术生成的数据集 |
| 20 | 2024-10-16 |
Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model
2023-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201871
PMID:37796037
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研究论文 | 研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线 | 开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA） | 研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异 | 旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制 | 人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序 |