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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-18
High-throughput identification of Toxoplasma gondii effector proteins that target host cell transcription
2023-10-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1
研究论文 该论文结合CRISPR敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序(dual perturb-seq)鉴定弓形虫调控宿主细胞转录的效应蛋白。 开发了dual perturb-seq方法,首次结合CRISPR筛选与单细胞RNA测序同时解析宿主和病原体转录组,发现新效应蛋白TgGRA59和TgSOS1。 未明确提及 鉴定弓形虫效应蛋白及其调控宿主细胞转录的分子机制。 弓形虫(Toxoplasma gondii)和宿主细胞。 机器学习 弓形虫病 CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
2 2026-09-16
m6A regulator-mediated RNA methylation modification remodels immune microenvironment in dilated cardiomyopathy
2023-10, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过单样本基因集富集分析、单细胞RNA测序和Dox诱导的DCM小鼠模型,揭示IGFBP2介导的m6A RNA甲基化修饰重塑扩张型心肌病的免疫微环境并增加其风险 首次提出并验证IGFBP2介导的m6A RNA甲基化修饰通过增强CD8 T淋巴细胞、NK细胞、单核细胞和B淋巴细胞浸润以及激活检查点、MHC-I和T细胞共刺激信号通路来恶化免疫微环境,从而增加DCM风险 摘要中未提及具体局限性 验证m6A RNA甲基化是否导致扩张型心肌病免疫微环境紊乱,并探索其潜在机制 扩张型心肌病患者心肌组织、单细胞RNA测序数据、Dox诱导的DCM小鼠模型 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, ssGSEA, qPCR, 免疫荧光染色, 超声心动图, MASSON染色 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3 2026-09-10
Itaconate-producing neutrophils regulate local and systemic inflammation following trauma
2023-10-23, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 该研究通过代谢组学和单细胞RNA测序,发现创伤后肌腱损伤部位产生的衣康酸主要由成熟中性粒细胞分泌,并调节局部和全身炎症,外源性衣康酸具有治疗潜力 首次识别出成熟中性粒细胞而非巨噬细胞是创伤后衣康酸的主要生产者,并揭示其通过循环至骨髓调节造血和系统性炎症的新机制 未明确提及研究局限性 探究肌腱损伤修复过程中代谢谱的变化及其对愈合结果的影响,并评估衣康酸的免疫调节作用 肌腱损伤组织、中性粒细胞、骨髓造血祖细胞 数字病理学 肌腱损伤 单细胞RNA测序、代谢组学 不适用 单细胞转录组数据、代谢组数据 未明确提及样本数量 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
4 2026-09-06
Recent insights into the pathogenesis and therapeutic targets of chronic liver diseases
2023-Oct, eGastroenterology
评论 本文总结了2022年虚拟举行的第五届中美肝脏学会/华人生物学家协会 hepatology 分会年会上的报告,重点关注酒精相关肝病、非酒精性脂肪性肝病和肝癌的基础与转化研究进展 总结了年会中关于非编码RNA、自噬、肝外信号、巨噬细胞等在肝脏疾病中的作用,以及单细胞RNA测序在肝病研究中的应用 因是会议亮点摘要,可能缺乏详细的方法学描述和具体数据 概述慢性肝病(包括病毒性肝炎、酒精相关肝病和非酒精性脂肪性肝病)的最新发病机制和治疗靶点研究进展 慢性肝病,包括病毒性肝炎、酒精相关肝病、非酒精性脂肪性肝病和肝癌 数字病理学 慢性肝病、酒精相关肝病、非酒精性脂肪性肝病、肝癌 NA NA 文本 不适用 NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-09-03
Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single-cell RNA sequencing
2023-Oct-17, Microbiology spectrum IF:3.7Q2
研究论文 本文比较了不同单细胞RNA测序文库制备方法和测序策略,以检测SARS-CoV-2 RNA,并开发了一套数据处理流程,用于量化病毒基因组RNA和亚基因组mRNA的明确序列读取,从而在单细胞水平增强对冠状病毒RNA生物学的研究 开发了一种最大化检测SARS-CoV-2亚基因组mRNA的工作流程,并能够识别非经典和低丰度的病毒RNA,同时区分感染细胞与旁观细胞的宿主基因表达差异 未明确提及,但可能受限于样本类型和测序深度对低丰度RNA检测的影响 优化单细胞RNA测序策略以明确检测SARS-CoV-2亚基因组mRNA,并探索病毒基因表达模式及其对宿主细胞的影响 SARS-CoV-2感染的细胞,包括感染细胞和旁观细胞 单细胞测序 COVID-19 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-09-02
Spatial Single Cell Analysis of Proteins in 2D Human Gastruloids Using Iterative Immunofluorescence
2023-Oct, Current protocols
研究论文 本文介绍了一种迭代免疫荧光方案和计算流程,用于在2D人类胃泌素样结构中同时分析超过27种蛋白质的空间表达和细胞信号活动 通过迭代免疫荧光大大提高了多重检测能力,结合计算流程实现空间共定位分析,并能与单细胞RNA测序技术结合 文章未提及具体局限性,但可能涉及实验复杂性或通量限制 深入理解发育过程中多种信号通路如何协同指导细胞命运的空间和时间组织 2D人类胃泌素样结构 计算生物学、发育生物学 不适用 迭代免疫荧光、单细胞蛋白质表达分析 聚类分析 图像 未明确说明 NA 免疫荧光 NA 迭代免疫荧光协议,支持生成微图案多孔载玻片
7 2026-08-29
Endogenous adenine mediates kidney injury in diabetic models and predicts diabetic kidney disease in patients
2023-10-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 研究内源性腺嘌呤在糖尿病肾病模型中介导肾损伤的作用,并评估尿液腺嘌呤/肌酐比作为糖尿病肾病患者终末期肾病风险的生物标志物 首次提出内源性腺嘌呤作为糖尿病肾病的因果因素,并发现尿液腺嘌呤/肌酐比可预测无大量白蛋白尿患者的终末期肾病风险,结合空间代谢组学和单细胞转录组学揭示mTOR通路机制 未明确提及局限性,但可能包括样本来源有限、机制验证主要在动物模型中进行,需进一步临床验证 探索内源性腺嘌呤在糖尿病肾病进展中的作用,并评估尿液腺嘌呤/肌酐比作为高危患者(特别是无大量白蛋白尿者)的机制性生物标志物 糖尿病肾病患者及糖尿病小鼠模型 数字病理学 糖尿病肾病 空间代谢组学、单细胞转录组学 NA 尿液样本、肾脏组织、单细胞转录组数据 来自CRIC研究、SMART2D研究及美国印第安人研究的糖尿病参与者及糖尿病小鼠模型 NA 空间代谢组学、单细胞转录组学 NA NA
8 2026-08-18
Phase II trial of hypomethylating agent combined with nivolumab for acute myeloid leukaemia relapse after allogeneic haematopoietic cell transplantation-Immune signature correlates with response
2023-10, British journal of haematology IF:5.1Q1
研究论文 一项II期临床试验,评估低甲基化药物联合纳武单抗治疗异基因造血干细胞移植后急性髓系白血病复发的疗效,并发现免疫特征与治疗反应相关 首次在前瞻性II期试验中,结合DNA、RNA和蛋白质单细胞技术,识别与HMA/纳武单抗联合治疗反应相关的免疫生物标志物,并在临床前模型中验证 样本量小(16例患者),单臂设计,缺乏对照组,需要进一步验证 评估HMA联合抗PD-1抗体纳武单抗治疗allo-HCT后AML复发的疗效和安全性,并探索预测治疗反应的免疫生物标志物 异基因造血干细胞移植后血液学复发的急性髓系白血病患者 数字病理学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序、高参数流式细胞术、DNA/RNA/蛋白质单细胞分析 不适用 单细胞转录组数据、高参数流式细胞术数据、临床数据 16例患者 不适用 单细胞RNA测序、流式细胞术 不适用 不适用
9 2026-08-17
Sibling chimerism among microglia in marmosets
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过分析狨猴的单细胞RNA测序数据,发现其脑内小胶质细胞存在来自兄弟姐妹的嵌合现象,且这种嵌合仅限于造血来源的细胞 首次在单细胞水平上证实狨猴脑内小胶质细胞嵌合完全来源于造血细胞,并揭示不同脑区嵌合比例的差异及其与局部环境的关联 仅分析了部分狨猴的组织和脑区,且未探讨嵌合细胞的功能影响 探究狨猴组织嵌合是否由血液来源细胞驱动及其在不同细胞类型中的分布,并评估嵌合对基因表达的影响 狨猴的血液、肝脏、肾脏及多个脑区组织 单细胞基因组学 不适用 单细胞RNA测序(scRNA-seq)与单核苷酸多态性(SNP)分析 不适用 单细胞转录组数据 多个狨猴个体的血液、肝脏、肾脏及多个脑区样本 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
10 2026-07-10
Single-cell RNA sequencing analysis revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer
2023-10, Clinics and research in hepatology and gastroenterology IF:2.6Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析揭示胰腺癌恶性导管细胞异质性和预后特征 首次利用单细胞RNA测序结合Leiden算法对胰腺癌导管细胞亚群进行综合分析,鉴定出S100A6+和FXYD2+两种主要亚型,并整合批量RNA测序数据生成并验证了新的预后特征 未明确说明 通过多组学方法深入研究胰腺癌导管细胞的异质性并建立预后特征 胰腺癌导管细胞亚群 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
11 2026-07-01
Multi-modal transcriptomic analysis unravels enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过多模态转录组数据分析,揭示基底型乳腺癌中混合上皮/间质状态富集及表型异质性增强 整合批量、单细胞和空间转录组数据,结合数学模型解析上皮-间质转化与腔-基底可塑性之间的表观遗传串扰 依赖细胞系及原发肿瘤样本,未进行体内功能验证,且数学模型的预测需要实验进一步验证 探究乳腺癌中上皮-间质转化与腔-基底可塑性如何驱动肿瘤内表型异质性 乳腺癌细胞系及原发肿瘤样本 数字病理学 乳腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 基因调控网络数学模型 转录组数据 乳腺癌细胞系及原发肿瘤样本(具体数量未在摘要中提及) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
12 2026-06-02
Two distinct molecular faces of preeclampsia revealed by single-cell transcriptomics
2023-10-13, Med (New York, N.Y.)
研究论文 通过单细胞转录组学揭示先兆子痫的两种不同分子面孔 首次通过单细胞和单核转录组学分析,系统揭示了早发型和晚发型先兆子痫在胎盘各细胞类型中的分子差异,发现早发型先兆子痫存在广泛的基因表达失调,而晚发型则影响极小;并鉴定了胎儿来源的Hofbauer细胞和母体来源的TREM2巨噬细胞作为炎症的关键角色 未明确说明,但研究主要基于胎盘样本,可能未涵盖全身其他组织的分子变化 解析早发型和晚发型先兆子痫中胎盘不同细胞类型的功能变化,提供两种疾病的分子证据 早发型和晚发型先兆子痫患者与孕周匹配对照组的胎盘样本 数字病理学 先兆子痫 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA 转录组数据 早发型和晚发型先兆子痫及对照组的胎盘单细胞和单核样本,具体数量未明确 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium Single Cell 3' 和单核测序,Illumina NovaSeq测序平台
13 2026-05-31
Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response
2023-10-01, The American journal of psychiatry
研究论文 通过单核RNA测序解析创伤后应激障碍和重性抑郁障碍中背外侧前额叶皮层的细胞类型特异性转录组机制 首次在创伤后应激障碍中开展死后脑组织的单核RNA测序研究,以细胞类型分辨率揭示疾病转录组病理,并发现17q21.31位点基因在应激反应中的新作用 研究样本量相对有限(32个样本用于发现,15个用于复制),可能影响统计效力;此外,死后脑组织研究无法直接观察活体动态过程 阐明创伤后应激障碍和重性抑郁障碍背外侧前前额叶皮层的细胞类型特异性转录组病理及其在应激反应中的作用机制 背外侧前额叶皮层样本,包括创伤后应激障碍患者、重性抑郁障碍患者和对照个体 自然语言处理 创伤后应激障碍, 重性抑郁障碍 单核RNA测序 NA 基因表达数据 发现阶段:32个样本(约415K细胞核,每样本>13K细胞);复制阶段:15个样本(约160K细胞核,每样本>11K细胞) NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-05-29
Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease
2023-10, Pharmacological research IF:9.1Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组、全转录组、全长转录组和代谢组测序,揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4调控甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡在自身免疫性甲状腺疾病中的作用 首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰调控ATF4表达,从而影响甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡的机制,并确定了新的治疗靶点 样本量较小(仅2名HT患者、2名GD患者和1名对照),且未对更大样本进行验证 探讨自身免疫性甲状腺疾病中甲状腺滤泡上皮细胞死亡的分子机制,寻找新的治疗靶点 甲状腺滤泡上皮细胞(ThyFoEp细胞) 数字病理学 自身免疫性甲状腺疾病(格雷夫斯病和桥本甲状腺炎) 单细胞转录组测序、全转录组测序、Oxford Nanopore全基因组测序、代谢组测序 NA 序列数据、代谢物数据 2名桥本甲状腺炎患者、2名格雷夫斯病患者和1名健康对照的甲状腺组织样本 Oxford Nanopore Technologies 单细胞RNA测序、全长转录组测序、代谢组学 Oxford Nanopore测序平台 Oxford Nanopore全长转录组测序
15 2026-05-29
Deciphering the heterogeneity and immunosuppressive function of regulatory T cells in osteosarcoma using single-cell RNA transcriptome
2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1
研究论文 利用单细胞RNA转录组解析骨肉瘤中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能 首次在单细胞水平揭示骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性及其通过CXCL信号与成骨细胞、内皮细胞和髓系细胞的相互作用,并构建基于Treg特异性基因的预后模型 未提及具体局限性 探究骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能,并构建预后模型 骨肉瘤组织与癌旁组织的调节性T细胞 生物信息学 骨肉瘤 单细胞RNA测序, 基因集变异分析, 细胞通讯分析 LASSO回归, 多变量分析 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 未提供具体样本量 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
16 2026-05-26
Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
研究论文 利用单细胞和多重空间转录组学揭示人类丘脑发育过程中的时空分子动态 首次在人类发育中的丘脑中描绘分子定义的神经元分化轨迹和空间组织模式,鉴定出不同丘脑核团中富集的谷氨酸能和GABA能神经元亚型 对丘脑发育的分子架构理解仍不完整,尤其对人类而言 阐明人类丘脑发育中细胞命运特化和组织的分子轨迹 人类发育中的丘脑组织 数字病理学 NA 单细胞RNA测序、多重空间转录组学 NA 基因表达数据 人类发育中期(第二孕期)的丘脑样本 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组平台
17 2026-05-24
Endothelial cells are a key target of IFN-g during response to combined PD-1/CTLA-4 ICB treatment in a mouse model of bladder cancer
2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序技术,在膀胱癌小鼠模型中探究联合PD-1/CTLA-4免疫检查点阻断治疗后不同细胞类型的应答机制,发现内皮细胞是IFN-γ信号的关键靶点 首次通过单细胞分辨率揭示内皮细胞中IFN-γ信号在联合ICB治疗中的关键作用,并利用基因敲除实验验证其功能 仅在小鼠模型中进行验证,缺乏人类样本数据,且未深入探究内皮细胞IFN-γ信号下游的具体分子机制 探索联合PD-1/CTLA-4 ICB治疗在不同细胞类型中的应答机制 膀胱癌小鼠模型中的肿瘤细胞、内皮细胞及CD4 T细胞 单细胞转录组学 膀胱癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞基因表达数据 三种条件下的肿瘤组织样本:未治疗、治疗后、CD4 T细胞清除后治疗 NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-05-20
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2023-10-17, GigaScience IF:11.8Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析,揭示蝙蝠和灵长类动物在病毒感染中先天免疫反应的物种特异性特征 首次通过单细胞RNA测序比较灵长类(人类、黑猩猩、猕猴)与蝙蝠(埃及果蝠)对多种病原刺激的免疫反应差异,并鉴定蝙蝠特有的单核细胞亚群 未明确提及局限性,但可能包括样本数量有限或仅关注外周血单核细胞 阐明蝙蝠与灵长类动物在病毒感染中先天免疫反应的差异及其潜在机制 灵长类(人类、黑猩猩、猕猴)和蝙蝠(埃及果蝠)的外周血单核细胞 单细胞转录组学 病毒感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 涉及人类、黑猩猩、猕猴和蝙蝠的样本,具体数量未提供 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
19 2026-05-20
A Specialized Epithelial Cell Type Regulating Mucosal Immunity and Driving Human Crohn's Disease
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞转录组分析,发现一种名为LND的新型上皮细胞类型在克罗恩病中显著扩增,并驱动黏膜免疫失调 首次鉴定出LND细胞作为克罗恩病特异性致病上皮细胞亚型,揭示其通过抗菌反应和免疫调控参与疾病发病机制,并发现其亚群比例与抗TNF治疗反应相关 未提供具体局限性信息 解析克罗恩病的细胞异质性,识别新的致病细胞类型和生物标志物 克罗恩病患者和正常对照的回肠末端及升结肠组织样本 单细胞生物学, 免疫学 克罗恩病 单细胞RNA测序, 高分辨率原位RNA成像, 多重蛋白成像 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 65例克罗恩病患者和18例非炎症性肠病对照的170份样本,共202,359个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
20 2026-05-09
Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过对人类和基因工程小鼠模型的前列腺癌进行单细胞RNA测序和分子病理学分析,揭示了MYC驱动的肿瘤微环境趋同变化 首次系统阐明了MYC信号激活作为人类前列腺癌肿瘤微环境重塑的共同驱动因素,并通过跨物种比较研究验证了该发现 文中未明确说明,但可能涉及小鼠模型与人类疾病的差异以及样本量有限 探究MYC驱动的前列腺癌细胞如何调控肿瘤微环境改变 人类前列腺癌组织及基因工程小鼠模型的前列腺组织 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序 基因工程小鼠模型 单细胞转录组数据 人类组织样本和小鼠模型样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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