单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 449 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-07 |
Fast and accurate out-of-core PCA framework for large scale biobank data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277525.122
PMID:37620119
|
研究论文 | 本文提出了一种基于随机奇异值分解（RSVD）算法的新型主成分分析（PCA）框架PCAone，通过窗口优化方案加速收敛并提高准确性，同时支持外存和多线程实现 | PCAone算法在计算时间上显著优于现有方法，同时保持与较慢的IRAM方法相当的准确性 | NA | 开发快速且内存高效的PCA方法以应对大规模生物银行数据处理挑战 | 大规模真实世界数据集，包括UK Biobank数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 随机奇异值分解（RSVD） | 主成分分析（PCA） | 基因组数据 | UK Biobank数据包含约50万个体和610万个常见单核苷酸多态性；单细胞RNA测序数据包含130万个细胞 |
| 122 | 2024-08-07 |
Cell type-specific attenuation of brassinosteroid signaling precedes stomatal asymmetric cell division
2023-09-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2303758120
PMID:37639582
|
研究论文 | 研究探讨了激素油菜素内酯（BR）信号传导与气孔发育之间的关系，特别是通过SHAGGY/GSK3样激酶BIN2的作用 | 揭示了BIN2在气孔不对称细胞分裂（ACD）中的双重角色，以及BR信号激活的两种模式如何产生时空上不同的转录反应 | NA | 阐明BR信号如何调控气孔发育 | 油菜素内酯信号传导和气孔发育 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 123 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of human MAIT cell transcriptional, functional and clonal diversity
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01575-1
PMID:37580605
|
研究论文 | 本文研究了人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的转录组、功能和克隆多样性 | 开发了功能性RNA测序方法，能够在单细胞分辨率下整合功能和TCR克隆型 | NA | 探讨人类MAIT细胞的功能和克隆多样性 | 血液和肝脏中的MAIT细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 血液和肝脏中的MAIT细胞 |
| 124 | 2024-08-04 |
An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice
2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0123
PMID:37432973
|
研究论文 | 本研究探讨了alpha 7烟碱乙酰胆碱受体缺失对小鼠卵巢表现形式的影响 | 揭示了nAChRa7在卵巢局部调节中的作用，尤其是在小型卵泡计数和卵巢基质细胞的改变方面 | 本研究主要集中在成年小鼠的卵巢，未考虑不同发育阶段或性别的影响 | 探讨nAChRa7在小鼠卵巢功能中的潜在作用 | 成年Chrna7缺失突变小鼠（KO）和野生型小鼠（WT） | 数字病理学 | NA | 免疫组化、qPCR、蛋白质组学分析 | NA | 生物样本分析数据 | 成年小鼠（3个月，处于间歇期），具体样本大小未提及 |
| 125 | 2024-08-07 |
Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons
2023-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.18.558146
PMID:37781576
|
研究论文 | 本文系统地表征了小鼠远端结肠和直肠中VGLUT2阳性肠神经元（VGLUT2-ENs）的形态、分子和功能特征 | 首次详细描述了VGLUT2-ENs的形态特征和功能激活机制，揭示了它们在肠神经系统中的独特作用 | 研究主要集中在小鼠的远端结肠和直肠，可能不完全适用于其他物种或其他肠段 | 探究VGLUT2阳性肠神经元的形态、分子和功能特征，以及它们在肠神经系统中的作用 | 小鼠远端结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq），GCaMP6f钙成像 | NA | mRNA序列，钙成像数据 | 52个VGLUT2阳性肠神经元，215个GCaMP6f记录 |
| 126 | 2024-08-04 |
Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease
2023-Sep-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3307940/v1
PMID:37720049
|
研究论文 | 本研究针对临床肝病进行单细胞和空间转录组学的技术优化，揭示了RNA质量对转录组数据的影响 | 开发了多个去卷积方法，以在组织切片上的每个转录组'点'中预测单细胞类型 | 转录组平台成本高，限制了样本量，且空间转录组尚未达到单细胞分辨率 | 研究临床样本中基因表达和细胞间相互作用的空间解析单细胞数据集 | 来自肝病患者的配对组织标本，包括组织学正常和严重纤维化患者 | 数字病理学 | 肝病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 去卷积方法 | 转录组数据 | 来自肝病患者的配对样本 |
| 127 | 2024-08-07 |
DOT1L regulates lung developmental epithelial cell fate and adult alveolar stem cell differentiation after acute injury
2023-09-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.07.006
PMID:37595582
|
研究论文 | 研究探讨了DOT1L在肺发育和急性损伤后成年肺泡干细胞分化中的调控作用 | 首次发现DOT1L是AT2细胞生长和分化的调控因子，并揭示了Dot1l失活后AT2细胞的新状态 | NA | 识别控制肺AT2-AT1再生反应的表观遗传途径 | 肺AT2细胞和AT1细胞的分化 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 128 | 2024-08-07 |
Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function
2023-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06549-9
PMID:37730992
|
研究论文 | 本文通过转基因雪貂模型研究了肺部离子细胞的多样性和功能 | 首次使用条件性遗传雪貂模型来解析肺部离子细胞的生物学和功能，并揭示了离子细胞在近端气道中的关键作用 | NA | 阐明肺部离子细胞的功能及其在囊性纤维化气道疾病中的作用 | 肺部离子细胞及其在气道中的功能 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组学 | 条件性遗传模型 | 基因数据 | 多个转基因雪貂模型 |
| 129 | 2024-08-07 |
Probing the communication patterns of different chondrocyte subtypes in osteoarthritis at the single cell level using pattern recognition and manifold learning
2023-09-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41874-z
PMID:37660146
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据集探索不同软骨细胞亚型在骨关节炎中的协同和通信模式 | 首次基于单细胞层面的网络分析和模式识别，分析了不同软骨细胞亚型的活跃通信模式，并使用流形学习和定量对比分析了保守和特定的通信途径 | NA | 理解骨关节炎的微环境并优化细胞靶向疗法 | 不同软骨细胞亚型在人类软骨退化和再生中的通信模式 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞转录组 | 流形学习 | 转录组数据 | 1600个软骨细胞来自10名骨关节炎患者 |
| 130 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals diagnostic and prognostic signatures and immunoinfiltration in gastric cancer
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107239
PMID:37450965
|
研究论文 | 本研究探讨了与胃癌（GC）患者T细胞相关的预后基因特征，提供了预测患者生存率和免疫浸润水平的见解 | 建立了胃癌的单细胞转录组图谱，并识别了与T细胞相关的预后基因特征 | 样本数量较少，仅基于10个肿瘤样本和相应的正常样本进行分析 | 探讨可以预测胃癌患者预后的相关基因特征 | 胃癌患者的免疫相关预后基因特征 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 细胞 | 10个肿瘤样本和相应正常样本，包含18416个细胞 |
| 131 | 2024-08-05 |
SnapATAC2: a fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data
2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.11.557221
PMID:37745443
|
研究论文 | 本文介绍了一种新算法SnapATAC2，用于单细胞组学数据的分析。 | 提出了一种快速非线性降维算法，能够高效捕捉单细胞组学数据的异质性，同时运行时间和内存使用与细胞数量线性相关。 | 未提及具体的限制 | 旨在提高对复杂组织中动态基因调控的理解。 | 分析单细胞组学数据，包括单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq等。 | 单细胞组学 | NA | NA | NA | 单细胞组学数据 | 使用了多种单细胞组学数据类型 |
| 132 | 2024-08-07 |
ETV6 represses inflammatory response genes and regulates HSPC function during stress hematopoiesis in mice
2023-09-26, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022009313
PMID:37522715
|
研究论文 | 本研究通过生成携带Etv6R355X失活突变的小鼠模型，探讨ETV6基因在HSPC功能和炎症反应基因调控中的作用 | 首次揭示了ETV6在HSPC中抑制炎症基因表达的机制，特别是在应激造血过程中的作用 | NA | 阐明ETV6基因变异如何影响HSPC功能并导致疾病 | ETV6基因在HSPC中的功能及其对炎症反应基因的调控作用 | NA | 血液系统恶性肿瘤 | 转座酶可及染色质测序、高吞吐量染色体构象捕获、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型，包括Etv6R355X/+和Etv6+/+小鼠的骨髓细胞 |
| 133 | 2024-08-04 |
COMO: a pipeline for multi-omics data integration in metabolic modeling and drug discovery
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad387
PMID:37930022
|
研究论文 | 开发了一个名为COMO的用户友好型管道，用于多组学数据整合，支持代谢建模和药物发现 | COMO整合了多种建模方法和异构生物数据集，是一个高效的工具，适用于代谢模型的构建和药物发现 | 不提及具体的局限性 | 促进药物发现，通过代谢建模整合多组学数据 | 使用公共数据库和开源解决方案构建B细胞的代谢模型，以预测类风湿关节炎和系统性红斑狼疮的药物靶点 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 系统性红斑狼疮 | RNA-seq, 微阵列, 蛋白质组学 | 代谢模型 | 多组学数据 | 不提及具体样本量 |
| 134 | 2024-08-04 |
Robust discovery of gene regulatory networks from single-cell gene expression data by Causal Inference Using Composition of Transactions
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad370
PMID:37897702
|
research paper | 使用因果推断方法从单细胞RNA-seq数据中发现基因调控网络 | 提出了一种新的因果推断方法CICT，以预测因果调控关系并推断基因调控网络 | NA | 揭示基因调控网络的结构和功能 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | 机器学习算法 | RNA表达数据 | 使用了模拟和实验的单细胞RNA-seq数据 |
| 135 | 2024-08-07 |
Cellular heterogeneity of the developing worker honey bee (Apis mellifera) pupa: a single cell transcriptomics analysis
2023-09-30, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad178
PMID:37548242
|
研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学分析方法，探讨了工蜂（Apis mellifera）蛹发育阶段的细胞异质性 | 这是首次对蜜蜂在任何发育阶段的完整单细胞图谱进行研究，展示了在细胞水平上进一步研究其生物学的潜力 | NA | 旨在通过单细胞转录组学分析，揭示工蜂蛹发育阶段的细胞类型及其基因表达特征 | 工蜂（Apis mellifera）蛹的细胞类型及其基因表达 | NA | NA | scRNA-Seq | NA | 转录组 | 涉及11天龄的预蛹和15天龄的蛹，共识别出63个不同的细胞簇，其中17个在两个阶段都可识别 |
| 136 | 2024-08-07 |
Nuclear corepressors NCOR1 and NCOR2 entrain thymocyte signaling, selection, and emigration
2023-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.27.559810
PMID:37808728
|
研究论文 | 本文研究了核共抑制因子NCOR1和NCOR2在胸腺细胞信号传导、选择和迁移中的作用 | 首次揭示了NCOR1和NCOR2在胸腺细胞发育中的多个关键作用，包括影响T细胞受体信号传导、CD4/CD8谱系决定和胸腺细胞迁移 | NA | 探讨NCOR1和NCOR2在胸腺细胞发育中的作用 | 胸腺细胞的发育过程 | NA | NA | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 细胞和RNA | 使用小鼠模型进行实验 |
| 137 | 2024-08-07 |
Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury
2023-09-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121
PMID:37715952
|
研究论文 | 本文研究了皮脂腺（SGs）在稳态和损伤后的自我更新和再生机制 | 首次揭示了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制，并发现干细胞可塑性促进了皮脂腺在损伤后的耐久性 | NA | 探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制 | 皮脂腺及其干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 138 | 2024-08-05 |
SpaRx: elucidate single-cell spatial heterogeneity of drug responses for personalized treatment
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad338
PMID:37798249
|
研究论文 | 本研究展示了如何利用SpaRx模型揭示肿瘤中单细胞对药物反应的空间异质性 | 提出了一种基于图的领域适应模型SpaRx，以识别药物抵抗的空间定位细胞异质性 | 未提及具体的样本或实验条件限制 | 研究单细胞空间转录组学中药物反应的异质性，以个性化治疗 | 肿瘤细胞对不同位置的药物反应能力 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 图形领域适应模型 | 转录组数据 | NA |
| 139 | 2024-08-04 |
Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease
2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.12.23295440
PMID:37745408
|
研究论文 | 该文章研究了主要与年龄相关的tau病和阿尔茨海默病中海马区tau病理的转录特征 | 识别出与内神经元tau相关的两种新型基因表达特征，并发现在PART和AD中的转录变化相似 | 研究样本量较小，仅限于6个PART案例和6个AD案例 | 探讨主要与年龄相关的tau病和阿尔茨海默病中内神经元tau病理相关的分子变化及其相似性 | 主要研究对象为CA1锥体神经元及其周围无tau病理的神经元 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | GeoMx空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 6个PART案例，6个AD案例，4个对照案例 |
| 140 | 2024-08-04 |
Single-cell profiling reveals inflammatory polarization of human carotid versus femoral plaque leukocytes
2023-09-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171359
PMID:37471165
|
研究论文 | 该研究探讨了人类颈动脉与股动脉斑块内白细胞的炎症极化特征 | 通过单细胞RNA测序揭示了股动脉和颈动脉斑块中免疫细胞的不同转录组特征 | 主要集中于49名患者的数据，样本量较小且仅限于特定地区的斑块分析 | 比较不同血管部位的动脉粥样硬化斑块及其微环境的免疫特征 | 49名接受股动脉或颈动脉内膜切除术的患者的斑块内白细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、流式细胞术（flow cytometry）、免疫组化（IHC） | NA | 细胞数据 | 49名患者（股动脉斑块23名，颈动脉斑块26名） |