单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-07 |
scAce: an adaptive embedding and clustering method for single-cell gene expression data
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad546
PMID:37672035
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research paper | 本文提出了一种名为scAce的自适应嵌入和聚类方法，用于单细胞基因表达数据的分析 | scAce方法通过构建变分自编码器同时学习细胞嵌入和聚类分配，并开发了一种自适应聚类合并方法，无需预先估计聚类数量 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，区分细胞类型并发现新的细胞类型 | 单细胞基因表达数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | variational autoencoder | gene expression data | NA |
| 122 | 2024-08-07 |
Club-like cells in proliferative inflammatory atrophy of the prostate
2023-09, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6149
PMID:37550827
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和染色RNA原位杂交技术，在前列腺增生性炎症萎缩（PIA）中发现并定位了类似肺部纤毛细胞的细胞群 | 首次在前列腺中发现与肺部纤毛细胞相似的细胞群，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌变中的作用 | 研究主要集中在前列腺癌手术标本，对健康前列腺组织的研究较少 | 识别并定位前列腺中的纤毛细胞样细胞，并探讨其在前列腺炎症和癌变中的作用 | 前列腺组织，包括健康捐赠者和前列腺癌患者的前列腺标本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），染色RNA原位杂交 | NA | 组织样本 | 包括健康前列腺组织和前列腺癌手术标本 |
| 123 | 2024-08-07 |
H2-O deficiency promotes regulatory T cell differentiation and CD4 T cell hyperactivity
2023-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553240
PMID:37645777
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研究论文 | 本文首次提供了H2-O分子在胸腺调节性T细胞选择中的直接证据，并探讨了H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响。 | 首次直接证明H2-O在胸腺调节性T细胞选择中的作用，并揭示了H2-O缺乏对免疫细胞功能的影响。 | NA | 探讨H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响，以更好地理解自身免疫病的易感性并设计治疗方案。 | 胸腺调节性T细胞的发育和CD4 T细胞的活性。 | 免疫学 | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 124 | 2024-08-04 |
Interferon-independent processes constrain measles virus cell-to-cell spread in primary human airway epithelial cells
2023-Sep-19, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01361-23
PMID:37724882
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研究论文 | 本研究探讨了麻疹病毒在主要人类气道上皮细胞中的细胞间传播机制 | 这项研究揭示了IFN信号在麻疹病毒细胞间传播中并不是限制因素，强调了IFN独立过程的重要性 | 研究未能完全理解阻止麻疹病毒传播的机制 | 了解麻疹病毒在气道上皮细胞中的传播特征和机制 | 主要人类气道上皮细胞(Hae)和麻疹病毒(MeV)突变体 | NA | NA | 深度测序、定量RT-PCR和单细胞RNA测序 | NA | 细胞模型 | 主要人类气道上皮细胞的培养 |
| 125 | 2024-08-07 |
IL-7 receptor signaling drives human B-cell progenitor differentiation and expansion
2023-09-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023019721
PMID:37369082
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本，结合体外人B细胞分化模型，证明IL-7R信号在人B淋巴生成中起关键作用 | 揭示了IL-7信号在促进B淋巴细胞命运和扩展早期人B细胞前体中的先前未知作用，并指出了人与小鼠之间的差异 | NA | 探讨IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用及其在血液干细胞移植和白血病发生中的意义 | IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用 | 免疫学 | 免疫缺陷病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本 |
| 126 | 2024-08-07 |
CCL21-DC in situ vaccination in murine NSCLC overcomes resistance to immunotherapy and generates systemic tumor-specific immunity
2023-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006896
PMID:37730274
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研究论文 | 本研究探讨了CCL21-DC在位疫苗与免疫检查点抑制剂联合治疗在小鼠非小细胞肺癌（NSCLC）中的应用，旨在克服免疫治疗抵抗并产生系统性肿瘤特异性免疫 | CCL21-DC在位疫苗能够增强免疫抵抗性小鼠NSCLC对免疫检查点抑制剂的敏感性，并建立肿瘤特异性免疫记忆 | NA | 研究CCL21-DC在位疫苗与免疫检查点抑制剂联合治疗对小鼠NSCLC的疗效 | 具有不同驱动突变的小鼠NSCLC模型 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，全外显子测序 | NA | 细胞 | 具有不同驱动突变的小鼠NSCLC模型（KrasG12D/P53+/-/Lkb1-/- (KPL); KrasG12D/P53+/- (KP); 和 KrasG12D (K)) |
| 127 | 2024-08-07 |
An immune cell atlas reveals the dynamics of human macrophage specification during prenatal development
2023-09-28, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.08.019
PMID:37703875
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，绘制了人类胚胎发育期间（4-26周）巨噬细胞分化动态的图谱 | 首次在多个组织中识别出15种巨噬细胞亚型，包括类似小胶质细胞和促血管生成巨噬细胞，并揭示了它们在胚胎发育中的分布和功能 | NA | 揭示人类胚胎发育期间巨噬细胞的多样性和发育动态 | 人类胚胎发育期间的巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及19个组织的巨噬细胞 |
| 128 | 2024-08-07 |
Mapping the two distinct proliferative bursts early in T-cell development
2023-09, Immunology and cell biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/imcb.12670
PMID:37465975
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序结合轨迹推断方法，精确确定了T细胞发育过程中胸腺细胞进入细胞周期的时机 | 首次精确界定了T细胞发育早期两个增殖爆发的时间点，即在双阴性(DN) 2a阶段和DN3b阶段 | NA | 研究T细胞发育过程中早期的两个增殖爆发 | T细胞发育过程中的胸腺细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 129 | 2024-08-04 |
mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307722120
PMID:37725654
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研究论文 | 本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’，用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据 | 提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法，从而克服传统方法的局限 | 在多样本和大规模细胞数据的情况下，仍可能存在一定的挑战与限制 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率，减少批次效应 | 研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA数据 | 10个样本，60000个细胞 |
| 130 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of murine hearts for studying the development of the cardiac conduction system
2023-09-04, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02333-6
PMID:37666871
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对小鼠心脏在不同发育阶段的约0.5百万个单细胞进行转录组分析，以研究心脏传导系统的发育 | 首次生成包含约0.5百万个单细胞的小鼠心脏转录组大数据集，为心脏传导系统及其他心脏组件的发育研究提供了强大的资源库 | NA | 研究心脏传导系统的发育及其在心脏功能中的作用 | 小鼠心脏在不同发育阶段的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约0.5百万个单细胞 |
| 131 | 2024-08-05 |
Cancer cell plasticity and MHC-II-mediated immune tolerance promote breast cancer metastasis to lymph nodes
2023-09-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221847
PMID:37341991
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤引流淋巴结中的癌细胞可塑性和MHC-II介导的免疫耐受如何促进乳腺癌转移。 | 通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了乳腺癌进展和淋巴结转移过程中的癌细胞异质性、可塑性和免疫逃逸特征。 | 本研究未明确提到其局限性 | 研究肿瘤引流淋巴结中癌细胞特征与免疫逃逸和转移的关系。 | 乳腺癌细胞及其在淋巴结中的行为。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 包括小鼠和人类的癌细胞样本 |
| 132 | 2024-08-07 |
CD4 T cells and toxicity from immune checkpoint blockade
2023-09, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13248
PMID:37491734
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研究论文 | 本文通过多种单细胞和批量测序技术，研究了免疫检查点抑制剂治疗后严重免疫相关不良事件（irAEs）的预处理决定因素。 | 首次发现循环中升高的激活CD4效应记忆T细胞丰度和TCR多样性与严重irAEs的发展相关。 | 研究样本量相对较小，且仅限于晚期黑色素瘤患者。 | 深入理解导致严重irAEs发展的因素，以改善irAEs的预测和预防。 | 晚期黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗后的免疫相关不良事件。 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 质谱流式细胞术，单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，批量RNA测序，批量T细胞受体（TCR）测序 | NA | 细胞数据 | 71名晚期黑色素瘤患者 |
| 133 | 2024-08-07 |
scDEED: a statistical method for detecting dubious 2D single-cell embeddings and optimizing t-SNE and UMAP hyperparameters
2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537839
PMID:37163087
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDEED的统计方法，用于检测可疑的二维单细胞嵌入并优化t-SNE和UMAP的超参数 | 开发了scDEED方法，通过计算每个细胞嵌入的可靠性分数，识别低可靠性的可疑嵌入和高可靠性的可信嵌入，并提供优化嵌入方法超参数的直观指导 | NA | 开发一种统计方法以检测可疑的二维单细胞嵌入并优化相关方法的超参数 | 二维单细胞嵌入方法及其超参数优化 | 计算机视觉 | NA | t-SNE, UMAP | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个scRNA-seq数据集 |
| 134 | 2024-08-04 |
TIME for Bugs: The Immune Microenvironment and Microbes in Precancer
2023-09-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087
PMID:37428011
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综述 | 本文探讨了在癌前状态下免疫微环境和微生物的作用 | 本文提出了在癌前阶段利用药物和生活方式干预改变免疫微环境的潜力 | 文章主要基于现有的数据和研究，可能缺乏新的实验结果 | 进一步澄清癌前免疫微环境的特征，并探讨癌症预防策略 | 癌前组织和早期肿瘤的免疫微环境与微生物 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 数据综述 | NA |
| 135 | 2024-08-04 |
Dissecting and improving gene regulatory network inference using single-cell transcriptome data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277488.122
PMID:37580132
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据系统性地揭示并改善基因调控网络的推断精度 | 本研究通过使用前信使RNA信息来提高基因调控推断的准确性，提出了一种新的方法 | 研究中可能存在模拟数据集的局限性，实际应用中的复杂性可能带来挑战 | 探讨影响基因调控网络推断准确性的因素及改进方法 | 单细胞转录组数据及其在基因调控网络推断中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 动力学建模 | 转录组数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集和实验数据集 |
| 136 | 2024-08-07 |
Fast and accurate out-of-core PCA framework for large scale biobank data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277525.122
PMID:37620119
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机奇异值分解（RSVD）算法的新型主成分分析（PCA）框架PCAone，通过窗口优化方案加速收敛并提高准确性，同时支持外存和多线程实现 | PCAone算法在计算时间上显著优于现有方法，同时保持与较慢的IRAM方法相当的准确性 | NA | 开发快速且内存高效的PCA方法以应对大规模生物银行数据处理挑战 | 大规模真实世界数据集，包括UK Biobank数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 随机奇异值分解（RSVD） | 主成分分析（PCA） | 基因组数据 | UK Biobank数据包含约50万个体和610万个常见单核苷酸多态性；单细胞RNA测序数据包含130万个细胞 |
| 137 | 2024-08-07 |
Cell type-specific attenuation of brassinosteroid signaling precedes stomatal asymmetric cell division
2023-09-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2303758120
PMID:37639582
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研究论文 | 研究探讨了激素油菜素内酯（BR）信号传导与气孔发育之间的关系，特别是通过SHAGGY/GSK3样激酶BIN2的作用 | 揭示了BIN2在气孔不对称细胞分裂（ACD）中的双重角色，以及BR信号激活的两种模式如何产生时空上不同的转录反应 | NA | 阐明BR信号如何调控气孔发育 | 油菜素内酯信号传导和气孔发育 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 138 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of human MAIT cell transcriptional, functional and clonal diversity
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01575-1
PMID:37580605
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研究论文 | 本文研究了人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的转录组、功能和克隆多样性 | 开发了功能性RNA测序方法，能够在单细胞分辨率下整合功能和TCR克隆型 | NA | 探讨人类MAIT细胞的功能和克隆多样性 | 血液和肝脏中的MAIT细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 血液和肝脏中的MAIT细胞 |
| 139 | 2024-08-07 |
Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons
2023-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.18.558146
PMID:37781576
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研究论文 | 本文系统地表征了小鼠远端结肠和直肠中VGLUT2阳性肠神经元（VGLUT2-ENs）的形态、分子和功能特征 | 首次详细描述了VGLUT2-ENs的形态特征和功能激活机制，揭示了它们在肠神经系统中的独特作用 | 研究主要集中在小鼠的远端结肠和直肠，可能不完全适用于其他物种或其他肠段 | 探究VGLUT2阳性肠神经元的形态、分子和功能特征，以及它们在肠神经系统中的作用 | 小鼠远端结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq），GCaMP6f钙成像 | NA | mRNA序列，钙成像数据 | 52个VGLUT2阳性肠神经元，215个GCaMP6f记录 |
| 140 | 2024-08-04 |
Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease
2023-Sep-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3307940/v1
PMID:37720049
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研究论文 | 本研究针对临床肝病进行单细胞和空间转录组学的技术优化，揭示了RNA质量对转录组数据的影响 | 开发了多个去卷积方法，以在组织切片上的每个转录组'点'中预测单细胞类型 | 转录组平台成本高，限制了样本量，且空间转录组尚未达到单细胞分辨率 | 研究临床样本中基因表达和细胞间相互作用的空间解析单细胞数据集 | 来自肝病患者的配对组织标本，包括组织学正常和严重纤维化患者 | 数字病理学 | 肝病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 去卷积方法 | 转录组数据 | 来自肝病患者的配对样本 |