单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-04 |
Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383
PMID:37393609
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研究论文 | 本文提出了一种从人类外源性胶质母细胞瘤培养物中分离可存活肿瘤细胞的方法。 | 创新之处在于详细描述了从切除组织到单细胞转录组分析的全面方法步骤。 | 未提及具体的样本数量和分析结果的广泛适用性。 | 旨在通过单细胞转录组学分析深入理解脑肿瘤生物学。 | 研究对象为人类外源性胶质母细胞瘤培养物中的可存活肿瘤细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-08-07 |
Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449
PMID:37459235
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研究论文 | 本文介绍了一种从人肝母细胞瘤组织中通过密度梯度离心法分离和获取高多样性单细胞的协议 | 该协议能够从人肝母细胞瘤样本中高效分离肝细胞和免疫细胞，并保持高存活率 | NA | 旨在通过单细胞转录组测序技术，揭示人肝组织中不同细胞类型，并促进对肝母细胞瘤异质性的理解 | 人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未提及 |
| 123 | 2024-08-07 |
Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses
2023-Sep-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464
PMID:37480562
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研究论文 | 本文介绍了一种从正常和肿瘤性人胰腺中分离单细胞用于单细胞组学分析的协议 | 提供了从人胰腺组织中高效分离单细胞的详细步骤，适用于高吞吐量的单细胞测序 | NA | 开发一种有效的单细胞分离方法，以便进行后续的单细胞RNA测序和单细胞ATAC-seq分析 | 正常和肿瘤性人胰腺细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC-seq | NA | 细胞 | 输入样品包含100-10,000个细胞，存活率至少为80%-90% |
| 124 | 2024-08-04 |
TIME for Bugs: The Immune Microenvironment and Microbes in Precancer
2023-09-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087
PMID:37428011
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综述 | 本文探讨了在癌前状态下免疫微环境和微生物的作用 | 本文提出了在癌前阶段利用药物和生活方式干预改变免疫微环境的潜力 | 文章主要基于现有的数据和研究，可能缺乏新的实验结果 | 进一步澄清癌前免疫微环境的特征，并探讨癌症预防策略 | 癌前组织和早期肿瘤的免疫微环境与微生物 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 数据综述 | NA |
| 125 | 2024-08-04 |
Dissecting and improving gene regulatory network inference using single-cell transcriptome data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277488.122
PMID:37580132
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据系统性地揭示并改善基因调控网络的推断精度 | 本研究通过使用前信使RNA信息来提高基因调控推断的准确性，提出了一种新的方法 | 研究中可能存在模拟数据集的局限性，实际应用中的复杂性可能带来挑战 | 探讨影响基因调控网络推断准确性的因素及改进方法 | 单细胞转录组数据及其在基因调控网络推断中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 动力学建模 | 转录组数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集和实验数据集 |
| 126 | 2024-08-07 |
Fast and accurate out-of-core PCA framework for large scale biobank data
2023-09, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277525.122
PMID:37620119
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机奇异值分解（RSVD）算法的新型主成分分析（PCA）框架PCAone，通过窗口优化方案加速收敛并提高准确性，同时支持外存和多线程实现 | PCAone算法在计算时间上显著优于现有方法，同时保持与较慢的IRAM方法相当的准确性 | NA | 开发快速且内存高效的PCA方法以应对大规模生物银行数据处理挑战 | 大规模真实世界数据集，包括UK Biobank数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 随机奇异值分解（RSVD） | 主成分分析（PCA） | 基因组数据 | UK Biobank数据包含约50万个体和610万个常见单核苷酸多态性；单细胞RNA测序数据包含130万个细胞 |
| 127 | 2024-08-07 |
Cell type-specific attenuation of brassinosteroid signaling precedes stomatal asymmetric cell division
2023-09-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2303758120
PMID:37639582
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研究论文 | 研究探讨了激素油菜素内酯（BR）信号传导与气孔发育之间的关系，特别是通过SHAGGY/GSK3样激酶BIN2的作用 | 揭示了BIN2在气孔不对称细胞分裂（ACD）中的双重角色，以及BR信号激活的两种模式如何产生时空上不同的转录反应 | NA | 阐明BR信号如何调控气孔发育 | 油菜素内酯信号传导和气孔发育 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 128 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of human MAIT cell transcriptional, functional and clonal diversity
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01575-1
PMID:37580605
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研究论文 | 本文研究了人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的转录组、功能和克隆多样性 | 开发了功能性RNA测序方法，能够在单细胞分辨率下整合功能和TCR克隆型 | NA | 探讨人类MAIT细胞的功能和克隆多样性 | 血液和肝脏中的MAIT细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 血液和肝脏中的MAIT细胞 |
| 129 | 2024-08-04 |
An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice
2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0123
PMID:37432973
|
研究论文 | 本研究探讨了alpha 7烟碱乙酰胆碱受体缺失对小鼠卵巢表现形式的影响 | 揭示了nAChRa7在卵巢局部调节中的作用，尤其是在小型卵泡计数和卵巢基质细胞的改变方面 | 本研究主要集中在成年小鼠的卵巢，未考虑不同发育阶段或性别的影响 | 探讨nAChRa7在小鼠卵巢功能中的潜在作用 | 成年Chrna7缺失突变小鼠（KO）和野生型小鼠（WT） | 数字病理学 | NA | 免疫组化、qPCR、蛋白质组学分析 | NA | 生物样本分析数据 | 成年小鼠（3个月，处于间歇期），具体样本大小未提及 |
| 130 | 2024-08-07 |
Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons
2023-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.18.558146
PMID:37781576
|
研究论文 | 本文系统地表征了小鼠远端结肠和直肠中VGLUT2阳性肠神经元（VGLUT2-ENs）的形态、分子和功能特征 | 首次详细描述了VGLUT2-ENs的形态特征和功能激活机制，揭示了它们在肠神经系统中的独特作用 | 研究主要集中在小鼠的远端结肠和直肠，可能不完全适用于其他物种或其他肠段 | 探究VGLUT2阳性肠神经元的形态、分子和功能特征，以及它们在肠神经系统中的作用 | 小鼠远端结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq），GCaMP6f钙成像 | NA | mRNA序列，钙成像数据 | 52个VGLUT2阳性肠神经元，215个GCaMP6f记录 |
| 131 | 2024-08-04 |
Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease
2023-Sep-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3307940/v1
PMID:37720049
|
研究论文 | 本研究针对临床肝病进行单细胞和空间转录组学的技术优化，揭示了RNA质量对转录组数据的影响 | 开发了多个去卷积方法，以在组织切片上的每个转录组'点'中预测单细胞类型 | 转录组平台成本高，限制了样本量，且空间转录组尚未达到单细胞分辨率 | 研究临床样本中基因表达和细胞间相互作用的空间解析单细胞数据集 | 来自肝病患者的配对组织标本，包括组织学正常和严重纤维化患者 | 数字病理学 | 肝病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 去卷积方法 | 转录组数据 | 来自肝病患者的配对样本 |
| 132 | 2024-08-07 |
DOT1L regulates lung developmental epithelial cell fate and adult alveolar stem cell differentiation after acute injury
2023-09-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.07.006
PMID:37595582
|
研究论文 | 研究探讨了DOT1L在肺发育和急性损伤后成年肺泡干细胞分化中的调控作用 | 首次发现DOT1L是AT2细胞生长和分化的调控因子，并揭示了Dot1l失活后AT2细胞的新状态 | NA | 识别控制肺AT2-AT1再生反应的表观遗传途径 | 肺AT2细胞和AT1细胞的分化 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 133 | 2024-08-07 |
Probing the communication patterns of different chondrocyte subtypes in osteoarthritis at the single cell level using pattern recognition and manifold learning
2023-09-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41874-z
PMID:37660146
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据集探索不同软骨细胞亚型在骨关节炎中的协同和通信模式 | 首次基于单细胞层面的网络分析和模式识别，分析了不同软骨细胞亚型的活跃通信模式，并使用流形学习和定量对比分析了保守和特定的通信途径 | NA | 理解骨关节炎的微环境并优化细胞靶向疗法 | 不同软骨细胞亚型在人类软骨退化和再生中的通信模式 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞转录组 | 流形学习 | 转录组数据 | 1600个软骨细胞来自10名骨关节炎患者 |
| 134 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals diagnostic and prognostic signatures and immunoinfiltration in gastric cancer
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107239
PMID:37450965
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研究论文 | 本研究探讨了与胃癌（GC）患者T细胞相关的预后基因特征，提供了预测患者生存率和免疫浸润水平的见解 | 建立了胃癌的单细胞转录组图谱，并识别了与T细胞相关的预后基因特征 | 样本数量较少，仅基于10个肿瘤样本和相应的正常样本进行分析 | 探讨可以预测胃癌患者预后的相关基因特征 | 胃癌患者的免疫相关预后基因特征 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 细胞 | 10个肿瘤样本和相应正常样本，包含18416个细胞 |
| 135 | 2024-08-05 |
SnapATAC2: a fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data
2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.11.557221
PMID:37745443
|
研究论文 | 本文介绍了一种新算法SnapATAC2，用于单细胞组学数据的分析。 | 提出了一种快速非线性降维算法，能够高效捕捉单细胞组学数据的异质性，同时运行时间和内存使用与细胞数量线性相关。 | 未提及具体的限制 | 旨在提高对复杂组织中动态基因调控的理解。 | 分析单细胞组学数据，包括单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq等。 | 单细胞组学 | NA | NA | NA | 单细胞组学数据 | 使用了多种单细胞组学数据类型 |
| 136 | 2024-08-07 |
ETV6 represses inflammatory response genes and regulates HSPC function during stress hematopoiesis in mice
2023-09-26, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022009313
PMID:37522715
|
研究论文 | 本研究通过生成携带Etv6R355X失活突变的小鼠模型，探讨ETV6基因在HSPC功能和炎症反应基因调控中的作用 | 首次揭示了ETV6在HSPC中抑制炎症基因表达的机制，特别是在应激造血过程中的作用 | NA | 阐明ETV6基因变异如何影响HSPC功能并导致疾病 | ETV6基因在HSPC中的功能及其对炎症反应基因的调控作用 | NA | 血液系统恶性肿瘤 | 转座酶可及染色质测序、高吞吐量染色体构象捕获、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型，包括Etv6R355X/+和Etv6+/+小鼠的骨髓细胞 |
| 137 | 2024-08-04 |
COMO: a pipeline for multi-omics data integration in metabolic modeling and drug discovery
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad387
PMID:37930022
|
研究论文 | 开发了一个名为COMO的用户友好型管道，用于多组学数据整合，支持代谢建模和药物发现 | COMO整合了多种建模方法和异构生物数据集，是一个高效的工具，适用于代谢模型的构建和药物发现 | 不提及具体的局限性 | 促进药物发现，通过代谢建模整合多组学数据 | 使用公共数据库和开源解决方案构建B细胞的代谢模型，以预测类风湿关节炎和系统性红斑狼疮的药物靶点 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 系统性红斑狼疮 | RNA-seq, 微阵列, 蛋白质组学 | 代谢模型 | 多组学数据 | 不提及具体样本量 |
| 138 | 2024-08-04 |
Robust discovery of gene regulatory networks from single-cell gene expression data by Causal Inference Using Composition of Transactions
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad370
PMID:37897702
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research paper | 使用因果推断方法从单细胞RNA-seq数据中发现基因调控网络 | 提出了一种新的因果推断方法CICT，以预测因果调控关系并推断基因调控网络 | NA | 揭示基因调控网络的结构和功能 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | 机器学习算法 | RNA表达数据 | 使用了模拟和实验的单细胞RNA-seq数据 |
| 139 | 2024-08-07 |
Cellular heterogeneity of the developing worker honey bee (Apis mellifera) pupa: a single cell transcriptomics analysis
2023-09-30, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad178
PMID:37548242
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学分析方法，探讨了工蜂（Apis mellifera）蛹发育阶段的细胞异质性 | 这是首次对蜜蜂在任何发育阶段的完整单细胞图谱进行研究，展示了在细胞水平上进一步研究其生物学的潜力 | NA | 旨在通过单细胞转录组学分析，揭示工蜂蛹发育阶段的细胞类型及其基因表达特征 | 工蜂（Apis mellifera）蛹的细胞类型及其基因表达 | NA | NA | scRNA-Seq | NA | 转录组 | 涉及11天龄的预蛹和15天龄的蛹，共识别出63个不同的细胞簇，其中17个在两个阶段都可识别 |
| 140 | 2024-08-07 |
Nuclear corepressors NCOR1 and NCOR2 entrain thymocyte signaling, selection, and emigration
2023-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.27.559810
PMID:37808728
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研究论文 | 本文研究了核共抑制因子NCOR1和NCOR2在胸腺细胞信号传导、选择和迁移中的作用 | 首次揭示了NCOR1和NCOR2在胸腺细胞发育中的多个关键作用，包括影响T细胞受体信号传导、CD4/CD8谱系决定和胸腺细胞迁移 | NA | 探讨NCOR1和NCOR2在胸腺细胞发育中的作用 | 胸腺细胞的发育过程 | NA | NA | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 细胞和RNA | 使用小鼠模型进行实验 |