单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-07	scMultiGAN: cell-specific imputation for single-cell transcriptomes with multiple deep generative adversarial networks 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad384 PMID:37903416	研究论文	本文介绍了一种名为scMultiGAN的新型深度学习模型，用于单细胞转录组数据的插补，该模型利用多个协作生成对抗网络（GAN）实现细胞特异性插补	scMultiGAN采用两阶段训练过程和多个GAN实现细胞特异性插补，与传统基于GAN的插补方法不同，后者基于随机噪声生成缺失值	NA	提高单细胞RNA测序数据分析中缺失值插补的准确性	单细胞转录组数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GAN）	转录组数据	NA
102	2024-08-04	Clinical, morphologic and molecular heterogeneity of HPV-associated oropharyngeal cancer 2023-09, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02819-y PMID:37666939	综述	本综述探讨了HPV相关的口咽癌的临床、形态和分子异质性	提出了针对HPV+口咽鳞状细胞癌的不同亚型及其相关生物标志物的分类概念	缺乏对多中心临床试验结果的非劣性分析	识别与患者分层和个性化治疗相关的HPV+口咽鳞状细胞癌生物标志物	HPV+口咽鳞状细胞癌的多样性及其相关临床和生物特征	数字病理学	咽癌	单细胞测序	NA	肿瘤样本数据	NA
103	2024-08-04	A unified pipeline for FISH spatial transcriptomics 2023-Sep-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100384 PMID:37719153	研究论文	本文提出了一个名为PIPEFISH的统一分析管道，用于FISH空间转录组学的转录注释	PIPEFISH是一个半自动化且可推广的管道，改进了已有的starfish库，以解决空间转录组学数据分析缺乏标准化工具的问题	该论文未提及PIPEFISH在特定情况下的性能限制或适用範围	旨在提供一种标准化的工具来分析FISH空间转录组学数据	使用PIPEFISH对来自三种不同FISH图像实验的真实数据集进行转录注释	数字病理学	NA	FISH	NA	图像	三个不同类型的FISH图像实验的真实数据集
104	2024-08-07	scAce: an adaptive embedding and clustering method for single-cell gene expression data 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad546 PMID:37672035	research paper	本文提出了一种名为scAce的自适应嵌入和聚类方法，用于单细胞基因表达数据的分析	scAce方法通过构建变分自编码器同时学习细胞嵌入和聚类分配，并开发了一种自适应聚类合并方法，无需预先估计聚类数量	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，区分细胞类型并发现新的细胞类型	单细胞基因表达数据	machine learning	NA	scRNA-seq	variational autoencoder	gene expression data	NA
105	2024-08-07	Club-like cells in proliferative inflammatory atrophy of the prostate 2023-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6149 PMID:37550827	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色RNA原位杂交技术，在前列腺增生性炎症萎缩（PIA）中发现并定位了类似肺部纤毛细胞的细胞群	首次在前列腺中发现与肺部纤毛细胞相似的细胞群，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌变中的作用	研究主要集中在前列腺癌手术标本，对健康前列腺组织的研究较少	识别并定位前列腺中的纤毛细胞样细胞，并探讨其在前列腺炎症和癌变中的作用	前列腺组织，包括健康捐赠者和前列腺癌患者的前列腺标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），染色RNA原位杂交	NA	组织样本	包括健康前列腺组织和前列腺癌手术标本
106	2024-08-07	H2-O deficiency promotes regulatory T cell differentiation and CD4 T cell hyperactivity 2023-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.14.553240 PMID:37645777	研究论文	本文首次提供了H2-O分子在胸腺调节性T细胞选择中的直接证据，并探讨了H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响。	首次直接证明H2-O在胸腺调节性T细胞选择中的作用，并揭示了H2-O缺乏对免疫细胞功能的影响。	NA	探讨H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响，以更好地理解自身免疫病的易感性并设计治疗方案。	胸腺调节性T细胞的发育和CD4 T细胞的活性。	免疫学	自身免疫病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
107	2024-08-04	Interferon-independent processes constrain measles virus cell-to-cell spread in primary human airway epithelial cells 2023-Sep-19, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01361-23 PMID:37724882	研究论文	本研究探讨了麻疹病毒在主要人类气道上皮细胞中的细胞间传播机制	这项研究揭示了IFN信号在麻疹病毒细胞间传播中并不是限制因素，强调了IFN独立过程的重要性	研究未能完全理解阻止麻疹病毒传播的机制	了解麻疹病毒在气道上皮细胞中的传播特征和机制	主要人类气道上皮细胞(Hae)和麻疹病毒(MeV)突变体	NA	NA	深度测序、定量RT-PCR和单细胞RNA测序	NA	细胞模型	主要人类气道上皮细胞的培养
108	2024-08-07	IL-7 receptor signaling drives human B-cell progenitor differentiation and expansion 2023-09-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023019721 PMID:37369082	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本，结合体外人B细胞分化模型，证明IL-7R信号在人B淋巴生成中起关键作用	揭示了IL-7信号在促进B淋巴细胞命运和扩展早期人B细胞前体中的先前未知作用，并指出了人与小鼠之间的差异	NA	探讨IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用及其在血液干细胞移植和白血病发生中的意义	IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用	免疫学	免疫缺陷病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本
109	2024-08-07	CCL21-DC in situ vaccination in murine NSCLC overcomes resistance to immunotherapy and generates systemic tumor-specific immunity 2023-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-006896 PMID:37730274	研究论文	本研究探讨了CCL21-DC在位疫苗与免疫检查点抑制剂联合治疗在小鼠非小细胞肺癌（NSCLC）中的应用，旨在克服免疫治疗抵抗并产生系统性肿瘤特异性免疫	CCL21-DC在位疫苗能够增强免疫抵抗性小鼠NSCLC对免疫检查点抑制剂的敏感性，并建立肿瘤特异性免疫记忆	NA	研究CCL21-DC在位疫苗与免疫检查点抑制剂联合治疗对小鼠NSCLC的疗效	具有不同驱动突变的小鼠NSCLC模型	数字病理学	非小细胞肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序，全外显子测序	NA	细胞	具有不同驱动突变的小鼠NSCLC模型（KrasG12D/P53+/-/Lkb1-/- (KPL); KrasG12D/P53+/- (KP); 和 KrasG12D (K))
110	2024-08-07	An immune cell atlas reveals the dynamics of human macrophage specification during prenatal development 2023-09-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.08.019 PMID:37703875	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，绘制了人类胚胎发育期间（4-26周）巨噬细胞分化动态的图谱	首次在多个组织中识别出15种巨噬细胞亚型，包括类似小胶质细胞和促血管生成巨噬细胞，并揭示了它们在胚胎发育中的分布和功能	NA	揭示人类胚胎发育期间巨噬细胞的多样性和发育动态	人类胚胎发育期间的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及19个组织的巨噬细胞
111	2024-08-07	Mapping the two distinct proliferative bursts early in T-cell development 2023-09, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12670 PMID:37465975	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序结合轨迹推断方法，精确确定了T细胞发育过程中胸腺细胞进入细胞周期的时机	首次精确界定了T细胞发育早期两个增殖爆发的时间点，即在双阴性(DN) 2a阶段和DN3b阶段	NA	研究T细胞发育过程中早期的两个增殖爆发	T细胞发育过程中的胸腺细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
112	2024-08-04	mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq 2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2307722120 PMID:37725654	研究论文	本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’，用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据	提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法，从而克服传统方法的局限	在多样本和大规模细胞数据的情况下，仍可能存在一定的挑战与限制	旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率，减少批次效应	研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq	NA	RNA数据	10个样本，60000个细胞
113	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of murine hearts for studying the development of the cardiac conduction system 2023-09-04, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02333-6 PMID:37666871	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对小鼠心脏在不同发育阶段的约0.5百万个单细胞进行转录组分析，以研究心脏传导系统的发育	首次生成包含约0.5百万个单细胞的小鼠心脏转录组大数据集，为心脏传导系统及其他心脏组件的发育研究提供了强大的资源库	NA	研究心脏传导系统的发育及其在心脏功能中的作用	小鼠心脏在不同发育阶段的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约0.5百万个单细胞
114	2024-08-05	Cancer cell plasticity and MHC-II-mediated immune tolerance promote breast cancer metastasis to lymph nodes 2023-09-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221847 PMID:37341991	研究论文	本研究探讨了肿瘤引流淋巴结中的癌细胞可塑性和MHC-II介导的免疫耐受如何促进乳腺癌转移。	通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了乳腺癌进展和淋巴结转移过程中的癌细胞异质性、可塑性和免疫逃逸特征。	本研究未明确提到其局限性	研究肿瘤引流淋巴结中癌细胞特征与免疫逃逸和转移的关系。	乳腺癌细胞及其在淋巴结中的行为。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	包括小鼠和人类的癌细胞样本
115	2024-08-07	CD4 T cells and toxicity from immune checkpoint blockade 2023-09, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13248 PMID:37491734	研究论文	本文通过多种单细胞和批量测序技术，研究了免疫检查点抑制剂治疗后严重免疫相关不良事件（irAEs）的预处理决定因素。	首次发现循环中升高的激活CD4效应记忆T细胞丰度和TCR多样性与严重irAEs的发展相关。	研究样本量相对较小，且仅限于晚期黑色素瘤患者。	深入理解导致严重irAEs发展的因素，以改善irAEs的预测和预防。	晚期黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗后的免疫相关不良事件。	免疫学	黑色素瘤	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，批量RNA测序，批量T细胞受体（TCR）测序	NA	细胞数据	71名晚期黑色素瘤患者
116	2024-08-07	scDEED: a statistical method for detecting dubious 2D single-cell embeddings and optimizing t-SNE and UMAP hyperparameters 2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537839 PMID:37163087	研究论文	本文介绍了一种名为scDEED的统计方法，用于检测可疑的二维单细胞嵌入并优化t-SNE和UMAP的超参数	开发了scDEED方法，通过计算每个细胞嵌入的可靠性分数，识别低可靠性的可疑嵌入和高可靠性的可信嵌入，并提供优化嵌入方法超参数的直观指导	NA	开发一种统计方法以检测可疑的二维单细胞嵌入并优化相关方法的超参数	二维单细胞嵌入方法及其超参数优化	计算机视觉	NA	t-SNE, UMAP	NA	单细胞RNA测序数据	多个scRNA-seq数据集
117	2024-08-04	Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539 PMID:37659082	研究论文	本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上的免疫检查点的协议	提供了针对胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞的分离和单细胞RNA测序的新方法	未提及具体的样本规模和验证结果	建立有效的免疫治疗以防止肿瘤转移	胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞悬浮液	胰腺导管腺癌肝转移患者的样本，具体数量未说明
118	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491 PMID:37581982	研究论文	本文提供了一种使用单细胞RNA测序分析疟疾血液阶段的方案	该研究通过单细胞RNA测序解决了大规模RNA测序无法识别的发育阶段特异性基因调控问题	本文没有提及具体的限制因素	研究疟疾血液阶段的基因表达调控	FACS分选的Plasmodium chabaudi chabaudi-AS感染的红血球	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
119	2024-08-04	Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447 PMID:37453069	研究论文	本文介绍了一种用于空间标注单细胞测序的协议，以剖析肿瘤内部异质性	提出了一种结合活细胞成像和光模式化照明的步骤，以识别肿瘤模型中的感兴趣区域	该协议可能需要进一步扩展以适用于组织切片	研究空间标注单细胞测序在肿瘤异质性分析中的应用	针对体外肿瘤模型中的细胞进行研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	涉及多种细胞系
120	2024-08-04	Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387 PMID:37379219	研究论文	本研究提出了一种计算方法，用于研究与生物通路相关的高度变异基因（HVGs）	本研究的创新点在于开发了一种用于分析单细胞RNA测序数据中的HVGs的方法，涵盖多个时间点和细胞类型	由于使用了公共数据集，分析结果可能受到数据本身限制	研究单细胞RNA测序数据中与生物通路相关的高度变异基因的动态表达	涉及与登革热病毒和COVID-19相关的免疫细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用公共数据集进行分析