单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-07	Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107703 PMID:37701814	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了雄性和雌性小鼠膀胱癌模型的细胞类型特异性转录差异	发现了雄性和雌性肿瘤中上皮和非上皮亚群的比例和基因表达差异，并识别出与人类膀胱癌生存相关的性特异性转录特征	NA	研究性别差异在膀胱癌生物学中的作用，并探索性特异性转录特征的预后价值	小鼠膀胱癌模型中的细胞类型特异性转录差异	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
102	2024-08-07	IL-7 receptor signaling drives human B-cell progenitor differentiation and expansion 2023-09-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023019721 PMID:37369082	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本，结合体外人B细胞分化模型，证明IL-7R信号在人B淋巴生成中起关键作用	揭示了IL-7信号在促进B淋巴细胞命运和扩展早期人B细胞前体中的先前未知作用，并指出了人与小鼠之间的差异	NA	探讨IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用及其在血液干细胞移植和白血病发生中的意义	IL-7R信号在人B淋巴生成中的作用	免疫学	免疫缺陷病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	健康对照组和IL-7Rα缺陷患者的骨髓样本
103	2024-08-07	CCL21-DC in situ vaccination in murine NSCLC overcomes resistance to immunotherapy and generates systemic tumor-specific immunity 2023-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-006896 PMID:37730274	研究论文	本研究探讨了CCL21-DC在位疫苗与免疫检查点抑制剂联合治疗在小鼠非小细胞肺癌（NSCLC）中的应用，旨在克服免疫治疗抵抗并产生系统性肿瘤特异性免疫	CCL21-DC在位疫苗能够增强免疫抵抗性小鼠NSCLC对免疫检查点抑制剂的敏感性，并建立肿瘤特异性免疫记忆	NA	研究CCL21-DC在位疫苗与免疫检查点抑制剂联合治疗对小鼠NSCLC的疗效	具有不同驱动突变的小鼠NSCLC模型	数字病理学	非小细胞肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序，全外显子测序	NA	细胞	具有不同驱动突变的小鼠NSCLC模型（KrasG12D/P53+/-/Lkb1-/- (KPL); KrasG12D/P53+/- (KP); 和 KrasG12D (K))
104	2024-08-07	An immune cell atlas reveals the dynamics of human macrophage specification during prenatal development 2023-09-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.08.019 PMID:37703875	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，绘制了人类胚胎发育期间（4-26周）巨噬细胞分化动态的图谱	首次在多个组织中识别出15种巨噬细胞亚型，包括类似小胶质细胞和促血管生成巨噬细胞，并揭示了它们在胚胎发育中的分布和功能	NA	揭示人类胚胎发育期间巨噬细胞的多样性和发育动态	人类胚胎发育期间的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及19个组织的巨噬细胞
105	2024-08-07	Mapping the two distinct proliferative bursts early in T-cell development 2023-09, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12670 PMID:37465975	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序结合轨迹推断方法，精确确定了T细胞发育过程中胸腺细胞进入细胞周期的时机	首次精确界定了T细胞发育早期两个增殖爆发的时间点，即在双阴性(DN) 2a阶段和DN3b阶段	NA	研究T细胞发育过程中早期的两个增殖爆发	T细胞发育过程中的胸腺细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
106	2024-08-04	mitoSplitter: A mitochondrial variants-based method for efficient demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq 2023-09-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2307722120 PMID:37725654	研究论文	本文开发了一种基于线粒体变体的方法‘mitoSplitter’，用于高效地解混合池化的单细胞RNA-seq数据	提出利用线粒体RNA变体进行解混合的新算法，从而克服传统方法的局限	在多样本和大规模细胞数据的情况下，仍可能存在一定的挑战与限制	旨在提高单细胞RNA-seq数据分析的效率，减少批次效应	研究五种非小细胞肺癌细胞系对BET化学降解的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA-seq	NA	RNA数据	10个样本，60000个细胞
107	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of murine hearts for studying the development of the cardiac conduction system 2023-09-04, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02333-6 PMID:37666871	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对小鼠心脏在不同发育阶段的约0.5百万个单细胞进行转录组分析，以研究心脏传导系统的发育	首次生成包含约0.5百万个单细胞的小鼠心脏转录组大数据集，为心脏传导系统及其他心脏组件的发育研究提供了强大的资源库	NA	研究心脏传导系统的发育及其在心脏功能中的作用	小鼠心脏在不同发育阶段的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约0.5百万个单细胞
108	2024-08-05	Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors 2023-09-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169314 PMID:37655659	研究论文	本文研究了免疫检查点阻断对原发性和转移性脑肿瘤微环境的不同影响	提供了免疫检查点阻断对转移性脑肿瘤影响的综合免疫细胞景观，揭示了特定的T细胞亚群与患者预后的相关性	缺乏大规模样本的直接比较，可能影响结果的普遍性	探索免疫检查点阻断在转移性脑肿瘤中的作用及其潜在临床影响	19个未接受免疫检查点阻断和9个接受治疗的转移性脑肿瘤样本	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	19个ICB-naive样本和9个ICB-treated样本
109	2024-08-05	Cancer cell plasticity and MHC-II-mediated immune tolerance promote breast cancer metastasis to lymph nodes 2023-09-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221847 PMID:37341991	研究论文	本研究探讨了肿瘤引流淋巴结中的癌细胞可塑性和MHC-II介导的免疫耐受如何促进乳腺癌转移。	通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了乳腺癌进展和淋巴结转移过程中的癌细胞异质性、可塑性和免疫逃逸特征。	本研究未明确提到其局限性	研究肿瘤引流淋巴结中癌细胞特征与免疫逃逸和转移的关系。	乳腺癌细胞及其在淋巴结中的行为。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	包括小鼠和人类的癌细胞样本
110	2024-08-07	CD4 T cells and toxicity from immune checkpoint blockade 2023-09, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13248 PMID:37491734	研究论文	本文通过多种单细胞和批量测序技术，研究了免疫检查点抑制剂治疗后严重免疫相关不良事件（irAEs）的预处理决定因素。	首次发现循环中升高的激活CD4效应记忆T细胞丰度和TCR多样性与严重irAEs的发展相关。	研究样本量相对较小，且仅限于晚期黑色素瘤患者。	深入理解导致严重irAEs发展的因素，以改善irAEs的预测和预防。	晚期黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗后的免疫相关不良事件。	免疫学	黑色素瘤	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，批量RNA测序，批量T细胞受体（TCR）测序	NA	细胞数据	71名晚期黑色素瘤患者
111	2024-08-07	scDEED: a statistical method for detecting dubious 2D single-cell embeddings and optimizing t-SNE and UMAP hyperparameters 2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537839 PMID:37163087	研究论文	本文介绍了一种名为scDEED的统计方法，用于检测可疑的二维单细胞嵌入并优化t-SNE和UMAP的超参数	开发了scDEED方法，通过计算每个细胞嵌入的可靠性分数，识别低可靠性的可疑嵌入和高可靠性的可信嵌入，并提供优化嵌入方法超参数的直观指导	NA	开发一种统计方法以检测可疑的二维单细胞嵌入并优化相关方法的超参数	二维单细胞嵌入方法及其超参数优化	计算机视觉	NA	t-SNE, UMAP	NA	单细胞RNA测序数据	多个scRNA-seq数据集
112	2024-08-04	Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539 PMID:37659082	研究论文	本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上的免疫检查点的协议	提供了针对胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞的分离和单细胞RNA测序的新方法	未提及具体的样本规模和验证结果	建立有效的免疫治疗以防止肿瘤转移	胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞悬浮液	胰腺导管腺癌肝转移患者的样本，具体数量未说明
113	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491 PMID:37581982	研究论文	本文提供了一种使用单细胞RNA测序分析疟疾血液阶段的方案	该研究通过单细胞RNA测序解决了大规模RNA测序无法识别的发育阶段特异性基因调控问题	本文没有提及具体的限制因素	研究疟疾血液阶段的基因表达调控	FACS分选的Plasmodium chabaudi chabaudi-AS感染的红血球	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
114	2024-08-04	Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447 PMID:37453069	研究论文	本文介绍了一种用于空间标注单细胞测序的协议，以剖析肿瘤内部异质性	提出了一种结合活细胞成像和光模式化照明的步骤，以识别肿瘤模型中的感兴趣区域	该协议可能需要进一步扩展以适用于组织切片	研究空间标注单细胞测序在肿瘤异质性分析中的应用	针对体外肿瘤模型中的细胞进行研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	涉及多种细胞系
115	2024-08-04	Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387 PMID:37379219	研究论文	本研究提出了一种计算方法，用于研究与生物通路相关的高度变异基因（HVGs）	本研究的创新点在于开发了一种用于分析单细胞RNA测序数据中的HVGs的方法，涵盖多个时间点和细胞类型	由于使用了公共数据集，分析结果可能受到数据本身限制	研究单细胞RNA测序数据中与生物通路相关的高度变异基因的动态表达	涉及与登革热病毒和COVID-19相关的免疫细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用公共数据集进行分析
116	2024-08-04	Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383 PMID:37393609	研究论文	本文提出了一种从人类外源性胶质母细胞瘤培养物中分离可存活肿瘤细胞的方法。	创新之处在于详细描述了从切除组织到单细胞转录组分析的全面方法步骤。	未提及具体的样本数量和分析结果的广泛适用性。	旨在通过单细胞转录组学分析深入理解脑肿瘤生物学。	研究对象为人类外源性胶质母细胞瘤培养物中的可存活肿瘤细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	NA	NA
117	2024-08-07	Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449 PMID:37459235	研究论文	本文介绍了一种从人肝母细胞瘤组织中通过密度梯度离心法分离和获取高多样性单细胞的协议	该协议能够从人肝母细胞瘤样本中高效分离肝细胞和免疫细胞，并保持高存活率	NA	旨在通过单细胞转录组测序技术，揭示人肝组织中不同细胞类型，并促进对肝母细胞瘤异质性的理解	人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞数据	具体样本数量未提及
118	2024-08-07	Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464 PMID:37480562	研究论文	本文介绍了一种从正常和肿瘤性人胰腺中分离单细胞用于单细胞组学分析的协议	提供了从人胰腺组织中高效分离单细胞的详细步骤，适用于高吞吐量的单细胞测序	NA	开发一种有效的单细胞分离方法，以便进行后续的单细胞RNA测序和单细胞ATAC-seq分析	正常和肿瘤性人胰腺细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，单细胞ATAC-seq	NA	细胞	输入样品包含100-10,000个细胞，存活率至少为80%-90%
119	2024-08-04	TIME for Bugs: The Immune Microenvironment and Microbes in Precancer 2023-09-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087 PMID:37428011	综述	本文探讨了在癌前状态下免疫微环境和微生物的作用	本文提出了在癌前阶段利用药物和生活方式干预改变免疫微环境的潜力	文章主要基于现有的数据和研究，可能缺乏新的实验结果	进一步澄清癌前免疫微环境的特征，并探讨癌症预防策略	癌前组织和早期肿瘤的免疫微环境与微生物	数字病理学	癌症	空间转录组学和蛋白质组学	NA	数据综述	NA
120	2024-08-04	Dissecting and improving gene regulatory network inference using single-cell transcriptome data 2023-09, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277488.122 PMID:37580132	研究论文	本文通过单细胞转录组数据系统性地揭示并改善基因调控网络的推断精度	本研究通过使用前信使RNA信息来提高基因调控推断的准确性，提出了一种新的方法	研究中可能存在模拟数据集的局限性，实际应用中的复杂性可能带来挑战	探讨影响基因调控网络推断准确性的因素及改进方法	单细胞转录组数据及其在基因调控网络推断中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	动力学建模	转录组数据	公共单细胞RNA-seq数据集和实验数据集