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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-07 |
Hematopoietic stem and progenitor cells confer cross-protective trained immunity in mouse models
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107596
PMID:37664586
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研究论文 | 本研究揭示了造血干细胞和祖细胞通过训练免疫机制在不同病原体间提供交叉保护作用 | 发现HSPCs对感染产生异质性反应,可诱导骨髓源性巨噬细胞功能增强并产生针对不同病原体的交叉保护 | 研究仅限于小鼠模型,特异性反应和负责细胞类型仍需进一步明确 | 探究造血干细胞和祖细胞在训练免疫中的作用机制和交叉保护效应 | 小鼠造血干细胞和祖细胞及衍生的巨噬细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics of Mtb/HIV Co-Infection
2023-09-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12182295
PMID:37759517
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综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学技术研究结核分枝杆菌/艾滋病共感染的免疫图谱进展 | 系统总结了单细胞RNA测序在揭示结核/艾滋病共感染中宿主-病原体相互作用和免疫异质性的创新应用 | 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要基于已有研究进行总结分析 | 探讨单细胞转录组学在结核/艾滋病共感染研究中的应用价值 | 结核分枝杆菌和艾滋病病毒的共感染机制及免疫反应 | 单细胞组学 | 结核病/艾滋病共感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107703
PMID:37701814
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠膀胱癌模型,识别具有预后相关性的性别特异性转录特征 | 首次在单细胞水平系统比较雄性和雌性膀胱癌肿瘤微环境的转录差异,并验证了BBN模型在研究人类膀胱癌性别差异中的相关性 | 研究基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探究膀胱癌性别差异的分子机制并识别预后相关标志物 | BBN诱导的小鼠膀胱癌模型 | 单细胞转录组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | BBN诱导的小鼠膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2025-10-07 |
Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease
2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.12.23295440
PMID:37745408
|
研究论文 | 本研究使用空间转录组学技术分析海马区tau病理相关的转录特征,比较原发性年龄相关tau病和阿尔茨海默病的分子变化 | 首次在PART和AD中识别出与神经元内tau病理相关的两个新型基因表达特征,并发现两种疾病具有相似的转录变化 | 样本量较小(仅16例),仅关注海马CA1锥体神经元,结果需要在更大样本和更广泛脑区验证 | 探索PART和AD中神经元内tau病理相关的分子变化及其相似性 | 人类海马组织样本,包括6例PART、6例AD和4例对照病例 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例人类海马组织样本(6例PART、6例AD、4例对照) | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学平台 |
| 65 | 2024-08-07 |
Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells
2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001
PMID:37454412
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2025-10-07 |
Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy
2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002
PMID:37746243
|
研究论文 | 本研究通过建立小鼠模型探究AAV介导的先天性和适应性免疫反应机制 | 开发了间隔4周双次给药AAV9的小鼠模型,更好地模拟人类对AAV的免疫反应 | 研究仅在小鼠模型中进行,与人类免疫系统存在差异 | 理解AAV诱导的免疫反应机制 | 杜氏肌营养不良症小鼠模型 | 免疫学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-07 |
Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors
2023-09-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169314
PMID:37655659
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫检查点阻断对脑转移瘤和胶质母细胞瘤微环境的不同影响 | 首次在单细胞水平比较ICB对原发性和转移性脑肿瘤免疫微环境的差异影响,发现ICB在脑转移瘤中诱导更显著的T细胞浸润和独特的血管周巨噬细胞变化 | 样本量相对有限(28个脑转移瘤样本),且为观察性研究 | 探究免疫检查点阻断对脑肿瘤微环境的调控机制 | 脑转移瘤患者肿瘤组织 | 单细胞组学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 28个脑转移瘤样本(19个ICB初治,9个ICB治疗) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-07 |
Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558301
PMID:37786685
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示纤维化肺病患者外周血中共同和特异性的免疫异常 | 首次系统性比较IPF和FHP两种纤维化肺病的外周血免疫细胞异常,发现单核细胞变化为共同特征而淋巴细胞异常具有疾病特异性 | 样本量相对有限(83个样本),需要更大规模研究验证发现 | 鉴定特发性肺纤维化和纤维化过敏性肺炎患者的共同和特异性免疫异常 | IPF和FHP患者及健康对照的外周血和支气管肺泡灌洗样本 | 单细胞组学 | 肺纤维化疾病 | 单细胞RNA测序,V(D)J谱分析,RNA速度分析,伪时间分析 | Seurat, Monocle3, Velocyto, scVelo, CellRank, Connectome, CellRanger, Immcantation | 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 | 83个样本中的327,990个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序 | 10x Chromium | 10x Genomics 5'基因表达和V(D)J谱分析 |
| 69 | 2025-10-07 |
Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury
2023-09-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121
PMID:37715952
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研究论文 | 本研究揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新,在损伤后通过毛囊来源的替代干细胞再生的双重机制 | 首次发现皮脂腺损伤后可通过毛囊 bulge 区的替代干细胞实现再生,且该过程依赖 FGFR2 信号通路并可被毛发生长加速 | 研究主要集中于小鼠背部皮肤模型,尚未验证其他部位或其他物种的适用性 | 探究皮脂腺在稳态维持和损伤应答中的细胞机制 | 小鼠皮脂腺及其干细胞 | 细胞生物学 | 皮肤损伤 | 靶向单细胞 RNA 测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-07 |
Epigenetic Induction of Smooth Muscle Cell Phenotypic Alterations in Aortic Aneurysms and Dissections
2023-09-19, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转变的表观遗传调控机制 | 首次发现IRF3通过STING-TBK1信号通路调控平滑肌细胞表型转变的表观遗传机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转变的分子机制 | 小鼠主动脉平滑肌细胞和人类升主动脉瘤组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 小鼠模型和人类主动脉瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-07 |
Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma
2023-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.09.557001
PMID:37745469
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研究论文 | 利用多重单细胞谱系追踪和单细胞RNA测序技术研究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的耐药机制 | 首次在患者来源的胶质母细胞瘤神经球中应用多重谱系追踪条码技术,揭示长期KIF11抑制剂治疗诱导细胞向预后较好的前神经表型转变 | 主要基于体外细胞模型研究,动物模型验证相对有限 | 探究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂ispinesib产生耐药性的机制 | 患者来源的胶质母细胞瘤神经球细胞 | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 多重谱系追踪条码技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者来源的胶质母细胞瘤神经球细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-01-03 |
Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders
2023-09, Molecular diagnosis & therapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1007/s40291-023-00668-9
PMID:37552451
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综述 | 本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展 | 利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性,为诊断和治疗提供新视角 | 目前主要关注转录组变化,未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路 | 探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力 | 帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-12-23 |
Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa
2023-09-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054
PMID:37656622
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研究论文 | 本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序,探讨了视网膜色素变性(RP)中视锥细胞的代谢转录组响应 | 首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来,揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略 | 研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组,未深入探讨其他细胞类型的响应机制 | 探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系 | 视网膜色素变性中的视锥细胞 | NA | 视网膜色素变性 | 质谱分析,单细胞RNA测序 | NA | 代谢物,转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-12-13 |
The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose
2023-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh1168
PMID:37656796
|
研究论文 | 研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响 | 首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响,并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证 | 研究主要集中在体外和体内实验,未涉及临床应用 | 探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力 | 不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12种不同细胞来源的外泌体,剂量范围为每细胞20到200,000 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-12-12 |
Single-cell transcriptomics suggest distinct upstream drivers of IL-17A/F in hidradenitis versus psoriasis
2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.05.012
PMID:37271319
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研究论文 | 研究比较了化脓性汗腺炎(HS)和银屑病中T17细胞的转录组及其与邻近免疫细胞亚群的配体-受体相互作用 | 首次揭示了HS和银屑病中T17细胞的不同上游驱动因素,特别是IL-1β在HS中的主导作用 | 研究仅限于皮肤样本,未涵盖全身免疫反应 | 探讨化脓性汗腺炎和银屑病中T17细胞的转录组特征及其驱动机制 | 化脓性汗腺炎和银屑病中的T17细胞及其与邻近免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 12,300个来自8个化脓性汗腺炎皮肤样本的免疫细胞,19,525个来自11个银屑病皮肤样本的细胞,以及11,920个来自10个对照皮肤样本的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-10-14 |
Predicting gene regulatory links from single-cell RNA-seq data using graph neural networks
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad414
PMID:37985457
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络的框架GNNLink,用于从单细胞RNA测序数据中预测基因调控关系 | 本文的创新点在于将基因调控网络推断问题转化为图链接预测任务,并利用图卷积网络捕捉基因间的相互依赖关系 | 本文未详细讨论GNNLink在处理大规模数据集时的计算效率问题 | 本文的研究目的是从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络 | 基因表达数据 | 本文使用了七个单细胞RNA测序数据集进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-10-13 |
Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41749-x
PMID:37770450
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研究论文 | 研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用 | 通过空间转录组学技术,识别了与细胞类型相关的基因表达模式,并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联 | NA | 探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用 | 小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠体感皮层样本 | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-10-13 |
scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41795-5
PMID:37770437
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法,通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果 | 本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合,而不是将其视为干扰因素 | NA | 研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 基因组数据 | 七个多组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-10-11 |
Artificial Intelligence Models for Cell Type and Subtype Identification Based on Single-Cell RNA Sequencing Data in Vision Science
2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3284795
PMID:37294649
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综述 | 本文综述了基于单细胞RNA测序数据在视觉科学中使用人工智能技术进行细胞类型和亚型识别的最新进展 | 介绍了人工智能在细胞类型识别中的应用,提供了更快、更准确和用户友好的方法 | 开发新的单细胞RNA测序数据分析方法仍然是未来研究需要解决的问题 | 帮助视觉科学家选择合适的单细胞RNA测序数据集和计算工具进行分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-10-02 |
Simultaneous estimation of gene regulatory network structure and RNA kinetics from single cell gene expression
2023-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.21.558277
PMID:37790443
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研究论文 | 开发了一种深度学习模型,通过单细胞RNA测序数据同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数 | 首次将深度学习模型应用于同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数,并展示了其在预测基因表达状态和模拟转录因子变化效果方面的优越性 | NA | 构建一个完整的、预测性的生物物理模型,用于基因表达调控 | 基因调控网络结构和RNA动力学参数 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 175,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |