单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq reveal reliable diagnostic and prognostic biomarkers for CRC
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04882-0
PMID:37247080
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，识别结直肠癌可靠的诊断和预后生物标志物 | 首次通过腺瘤-癌序列整合单细胞和bulk RNA测序数据，系统筛选上皮特异性基因作为结直肠癌生物标志物 | 未明确说明样本来源和具体样本量，需要外部验证数据集进一步确认生物标志物的普适性 | 筛选结直肠癌的诊断和预后生物标志物 | 正常肠黏膜、腺瘤和结直肠癌组织 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,甲基化分析 | LASSO-Cox回归,双向逐步回归 | 基因表达数据,甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-06 |
A Bayesian multivariate mixture model for high throughput spatial transcriptomics
2023-09, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1111/biom.13727
PMID:35895854
|
研究论文 | 开发了一种基于贝叶斯空间多元混合模型SPRUCE，用于分析高通量空间转录组数据以识别细胞亚群 | 提出了首个基于多元偏态正态分布的贝叶斯空间多元有限混合模型，结合Pólya-Gamma数据增强和空间随机效应来推断空间相关的混合成分成员概率 | 未在论文摘要中明确说明 | 开发统计模型来识别组织样本中的细胞亚群，以揭示生物现象 | 高通量空间转录组数据 | 空间转录组学 | 脑部疾病, 乳腺癌 | 空间转录组学 | 贝叶斯空间多元混合模型, 多元偏态正态分布 | 空间基因表达数据 | 公开可用的人脑HST数据和人类乳腺癌HST数据 | NA | 高通量空间转录组学 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on T-cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in bladder cancer
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04881-1
PMID:37244876
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个基于T细胞标记基因的膀胱癌预后和免疫治疗反应预测模型 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据，识别T细胞标记基因并构建膀胱癌预后特征 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏外部实验验证 | 开发膀胱癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 预后特征模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA和GEO数据库中的膀胱癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-10-06 |
CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04823-x
PMID:37165118
|
研究论文 | 本研究从胃癌组织中扩增CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞并验证其通过MHC非依赖性方式抑制肿瘤细胞增殖 | 首次系统表征胃癌来源DN-TILs的表型特征和抗癌功能，发现其具有MHC非依赖性细胞毒性 | 研究主要基于体外实验和异种移植模型，尚未进行临床试验验证 | 研究实体瘤中CD4-/CD8-双阴性TILs的特征和功能 | 胃癌组织来源的CD3+CD4-CD8- TILs | 免疫学 | 胃癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 异种移植模型 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 从胃癌组织扩增的DN-TILs（7028个细胞进行单细胞测序） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-06 |
The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04733-y
PMID:37071208
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研究论文 | 本研究揭示了HDAC抑制剂多马替司他通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α产生，从而抑制默克尔细胞癌细胞增殖并诱导凋亡的机制 | 首次发现HDAC抑制剂多马替司他通过抑制HES1转录因子来诱导IFNα表达，阐明了HDACi在默克尔细胞癌中的新型作用机制 | 研究仅使用有限细胞系进行验证，未涉及动物模型或临床样本验证 | 探究HDAC抑制剂多马替司他在默克尔细胞癌中诱导I型干扰素α的分子机制 | 默克尔细胞癌细胞系（MCPyV阳性的WaGa、MKL-1和阴性的UM-MCC 34）及原代成纤维细胞 | 癌症生物学 | 默克尔细胞癌 | RT-qPCR, 流式细胞术, RNA干扰, 单细胞RNA测序分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质水平数据, 细胞功能数据 | 3种默克尔细胞癌细胞系和原代成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2025-10-06 |
Deep learning applications in single-cell genomics and transcriptomics data analysis
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115077
PMID:37393865
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综述 | 本文系统回顾了深度学习在单细胞基因组学和转录组学数据分析中的应用 | 系统评估深度学习在单细胞多组学整合和空间转录组学等新兴领域的应用潜力 | 深度学习尚未彻底解决单细胞组学领域最紧迫的挑战，发展进程相对渐进 | 评估深度学习在单细胞组学研究中的优势与挑战 | 单细胞基因组学、转录组学、空间转录组学和多组学整合数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学整合 | 深度学习 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-06 |
Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies
2023-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg1812
PMID:37656789
|
研究论文 | 本研究鉴定了一类新型先天免疫细胞VIREMs，证明其能表达单克隆抗体并执行抗原特异性识别功能 | 首次发现髓系细胞能通过基因重组表达抗体，打破了抗体产生仅限于淋巴细胞的传统认知 | 研究样本量有限，需要进一步验证VIREMs在不同疾病中的功能 | 探索先天免疫细胞中新型抗体表达细胞的功能特性 | 健康人血液中的B-VIREMs细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学, 全基因组表观遗传分析, 活细胞成像 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据, 影像数据 | 健康个体血液样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-10-06 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics
2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.21.23295864
PMID:37790472
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学识别与总体、侵袭性和早发性前列腺癌相关的蛋白质组学风险因素 | 首次整合孟德尔随机化、共定位分析和空间转录组学方法系统评估循环蛋白与前列腺癌风险的关联，并识别出多个新型风险蛋白 | 研究主要基于遗传预测的蛋白水平，未直接测量循环蛋白浓度；样本主要来自欧洲和非洲 ancestry 人群 | 识别与前列腺癌风险相关的循环蛋白，揭示关键生物学通路并发现新的癌症预防靶点 | 前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性病例） | 生物信息学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化, 共定位分析, 空间转录组学, GWAS | NA | 遗传数据, 转录组数据, 临床数据 | 两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲 ancestry） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
Camel nanobody-based B7-H3 CAR-T cells show high efficacy against large solid tumours
2023-09-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41631-w
PMID:37739951
|
研究论文 | 本研究开发了基于骆驼纳米抗体的B7-H3 CAR-T细胞，在大型实体瘤中展现出高效抗肿瘤活性 | 首次发现针对B7-H3蛋白IgC结构域的骆驼纳米抗体比IgV结构域能产生更有效的CAR-T细胞抗肿瘤活性 | 研究仅在雌性小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证 | 优化基于抗原表位识别的CAR-T细胞免疫疗法 | B7-H3跨膜蛋白的IgC和IgV表位结构域 | 免疫治疗 | 实体瘤 | 单细胞转录组RNA测序，T细胞蛋白质组学分析 | CAR-T细胞疗法 | RNA测序数据，蛋白质组学数据 | 雌性小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-06 |
Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545
PMID:37690024
|
研究论文 | 本文描述了一种富集和鉴定线粒体启动干细胞的方法 | 开发了使用环境致癌物富集线粒体启动干细胞并通过单细胞分析进行鉴定的新方案 | NA | 建立线粒体启动干细胞的富集和鉴定方法 | 人类皮肤角质形成细胞谱系中的干细胞 | 单细胞分析 | 皮肤癌 | 单细胞转录组学, 单细胞显微镜分析 | NA | 基因表达数据, 显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞显微镜 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-06 |
Germ cells do not progress through spermatogenesis in the infertile zebrafish testis
2023-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.05.556432
PMID:37732254
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术构建斑马鱼睾丸发育图谱，揭示睾丸衰老过程中的细胞变化 | 首次在斑马鱼中构建睾丸单细胞发育图谱，揭示了不育睾丸中生殖细胞发育停滞和免疫细胞增加的分子特征 | 研究仅基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 探究脊椎动物精子发生的分子和细胞机制，特别是与生育启动相关的过程 | 斑马鱼睾丸组织 | 单细胞生物学 | 不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个成年斑马鱼时间点的睾丸样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing of murine hearts for studying the development of the cardiac conduction system
2023-09-04, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02333-6
PMID:37666871
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小鼠心脏传导系统的发育过程 | 建立了包含约50万个细胞的大规模单细胞转录组数据集，覆盖心脏发育的六个连续阶段 | 研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异 | 解析哺乳动物心脏传导系统在发育过程中的细胞类型组成 | 小鼠心脏细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约50万个单个细胞，来自六个发育阶段的小鼠心脏 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human MAIT cell transcriptional, functional and clonal diversity
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01575-1
PMID:37580605
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了人类MAIT细胞在转录组、功能和克隆层面的多样性 | 开发了功能性RNA测序方法，首次在单细胞分辨率整合功能与TCR克隆型分析 | 研究主要关注血液和肝脏MAIT细胞，其他组织中的MAIT细胞多样性仍需进一步探索 | 解析人类MAIT细胞的功能和克隆多样性 | 人类血液和肝脏中的MAIT细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，TCR repertoire分析 | NA | 单细胞转录组数据，TCR序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544
PMID:37659083
|
研究论文 | 提出一种分析结核分枝杆菌感染小鼠肺部单细胞RNA测序数据的标准化流程 | 开发了专门针对肺部淋巴细胞群体的单细胞RNA测序数据分析流程，特别针对感染与健康状态的比较分析 | 未明确说明样本数量和技术重复情况，依赖已处理数据而非原始数据 | 建立标准化分析流程以解析肺部淋巴细胞在结核感染中的变化 | 健康与结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞 | 生物信息学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539
PMID:37659082
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上免疫检查点的实验方案 | 开发了从胰腺导管腺癌肝转移患者中分离循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序以识别免疫检查点的标准化流程 | NA | 建立有效的免疫治疗方案以预防肿瘤转移 | 胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491
PMID:37581982
|
研究论文 | 本文提供了一种利用单细胞RNA测序技术分析啮齿动物血液阶段疟原虫发育阶段特异性基因表达调控的方案 | 首次应用单细胞RNA测序技术于疟原虫血液阶段研究，克服了传统批量RNA测序无法区分发育阶段特异性基因调控的局限 | NA | 建立疟原虫血液阶段发育特异性基因表达分析的方法学 | 啮齿动物血液阶段的疟原虫(Plasmodium chabaudi chabaudi AS)感染的红色血细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序，FACS分选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447
PMID:37453069
|
研究论文 | 介绍一种利用空间注释单细胞测序分析体外肿瘤异质性的实验方案 | 结合活细胞成像和光图案化照明技术，实现特定区域细胞的空间标记和单细胞RNA测序 | 目前主要应用于体外肿瘤模型，尚未在组织切片中广泛应用 | 开发空间解析的肿瘤异质性分析技术 | 体外培养的肿瘤细胞系 | 单细胞测序技术 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 活细胞成像, 光激活标记 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间成像数据 | 多种细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-06 |
Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387
PMID:37379219
|
研究论文 | 提出一种用于分析单细胞RNA测序数据中跨多个时间点和细胞类型的高变基因的计算工作流程 | 开发了能够同时分析多个时间点和细胞类型中高变基因的计算框架，重点关注与生物学通路相关的基因动态表达 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中高变基因在多个时间点和细胞类型中的表达特征 | 登革热病毒和COVID-19数据集中的免疫细胞类型 | 生物信息学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383
PMID:37393609
|
研究论文 | 本文提出了一种从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离存活肿瘤细胞并进行单细胞转录组分析的实验方案 | 开发了从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离存活肿瘤细胞进行单细胞转录组分析的完整实验流程 | NA | 建立胶质母细胞瘤单细胞水平的研究方法 | 人源体外胶质母细胞瘤培养物中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357
PMID:37314922
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研究论文 | 本文提出了一种优化的单细胞RNA测序方案，用于研究哺乳动物着床前发育过程中的早期基因组激活 | 改进了单细胞标记逆转录协议，优化了逆转录酶、cDNA扩增酶、裂解缓冲液和纯化步骤，适用于手工挑选的单细胞或数十至数百个细胞 | NA | 开发优化的单细胞RNA测序方案以研究基因表达 | 哺乳动物着床前发育阶段的细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 单个细胞至数百个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于单细胞标记逆转录协议的改进方法 |