单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-26 |
Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas
2023-09, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00876-x
PMID:37697055
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研究论文 | 本文介绍了一个跨条件的小鼠胰岛单细胞RNA测序图谱（MIA），整合了来自九个scRNA-seq数据集的超过30万个细胞，用于探索和计算查询 | 揭示了疾病进展中的新细胞状态以及先前提出的标记基因之间的跨出版物差异 | NA | 确定小鼠β细胞在一生中和糖尿病中的身份 | 小鼠胰岛细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 超过30万个细胞，来自56个样本，包括不同年龄、性别和糖尿病模型 |
| 42 | 2024-09-25 |
Integrative analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq reveals heterogeneity of induced pluripotent stem cell-derived hepatic organoids
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107675
PMID:37680467
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析，揭示了诱导多能干细胞衍生的肝类器官的异质性 | 本文首次在单细胞水平上整合了RNA测序和ATAC测序数据，揭示了肝类器官在不同分化状态下的转录组和表观基因组特征 | 本文主要集中在肝类器官的研究，未涉及其他类型的类器官或组织 | 深入了解类器官的转录组和表观基因组特征，并探讨其在肝脏发育中的调控网络 | 诱导多能干细胞衍生的肝类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和表观基因组数据 | 两种状态的肝类器官（可扩展和更分化的） |
| 43 | 2024-09-25 |
Determinants of Survival with Combined HER2 and PD-1 Blockade in Metastatic Esophagogastric Cancer
2023-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3769
PMID:37406106
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研究论文 | 报告了在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的II期研究的更新临床结果，并结合了独立Memorial Sloan Kettering（MSK）队列的结果 | 通过89Zr-trastuzumab PET、scRNA-seq和连续ctDNA与CT成像，识别了治疗前患者内基因组异质性对无进展生存期（PFS）的负面影响，并发现了与治疗耐药性相关的基因表达特征 | NA | 评估在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的临床效果，并识别预测治疗反应和耐药性的生物标志物 | 转移性食管胃癌患者 | 数字病理学 | 食管胃癌 | PET成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、循环肿瘤DNA（ctDNA）分析 | NA | 基因组数据、影像数据 | 226名接受trastuzumab治疗的MSK患者 |
| 44 | 2024-09-25 |
scPlant: A versatile framework for single-cell transcriptomic data analysis in plants
2023-09-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100631
PMID:37254480
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scPlant的多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析 | scPlant框架提供了一个端到端的解决方案，涵盖了从基本数据处理到高级分析任务的功能，并集成了多种可视化工具 | NA | 开发一个多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析 | 植物单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 45 | 2024-09-25 |
Cell specialization and coordination in Arabidopsis leaves upon pathogenic attack revealed by scRNA-seq
2023-09-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100676
PMID:37644724
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术研究拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应，并识别了不同细胞类型的转录重编程和调控因子 | 研究仅限于拟南芥叶片和特定的病原体Pseudomonas syringae DC3000，可能不适用于其他植物或病原体 | 探讨植物在病原体攻击下的防御反应中不同细胞类型的特化和协调机制 | 拟南芥叶片在病原体Pseudomonas syringae DC3000攻击下的细胞反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 三组独立的生物学重复样本 |
| 46 | 2024-09-25 |
TISSUE: uncertainty-calibrated prediction of single-cell spatial transcriptomics improves downstream analyses
2023-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.25.538326
PMID:37162839
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TISSUE的通用框架，用于估计空间基因表达预测的不确定性，并提供不确定性感知的下游推理方法 | TISSUE框架能够提供校准良好的预测区间，并显著降低差异基因表达分析的假发现率，改善聚类和可视化效果，以及监督学习模型的性能 | NA | 解决单细胞空间转录组学中基因表达预测的不确定性问题，并提高下游分析的准确性 | 单细胞空间转录组学数据中的基因表达预测及其不确定性估计 | 数字病理学 | NA | 空间基因表达预测 | NA | 转录组数据 | 涉及11个基准数据集和一个MERFISH空间转录组数据集 |
| 47 | 2024-09-25 |
The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad497
PMID:37572301
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研究论文 | 本文介绍了一种名为深度生成解码器（DGD）的新模型，通过最大后验估计直接计算模型参数和表示，用于单细胞RNA数据的建模 | DGD模型能够处理复杂的参数化潜在分布，而变分自编码器通常使用固定的正态分布，因为添加其他类型的复杂性较高 | NA | 改进单细胞RNA数据的低维表示学习 | 单细胞RNA数据 | 机器学习 | NA | 最大后验估计 | 深度生成解码器（DGD） | 单细胞RNA数据 | 多个单细胞数据集 |
| 48 | 2024-09-25 |
Challenges of clinical translation from single-cell sequencing to measures in clinical biochemistry of haematology: Definition of immune cell identities
2023-09, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1401
PMID:37700496
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研究论文 | 本文探讨了从单细胞测序到临床血液学生化检测的临床转化挑战，特别是免疫细胞身份的定义 | 提出了细胞身份标记基因面板（ciMGPs）的概念，并探讨了其在疾病系统性反应、疾病特异性生物标志物识别和细胞异质性定义中的潜力 | 定义细胞亚群和状态的精确身份存在困难，且临床意义的精确解释和影响评估具有挑战性 | 促进单细胞RNA测序（scRNA-seq）在临床血液学生化检测中的应用 | 外周免疫细胞及其在系统性和微环境止血中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 大规模人群，包括不同年龄、疾病和治疗方案的个体 |
| 49 | 2024-09-25 |
Activin A-Mediated Polarization of Cancer-Associated Fibroblasts and Macrophages Confers Resistance to Checkpoint Immunotherapy in Skin Cancer
2023-09-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0219
PMID:37327314
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研究论文 | 研究探讨了皮肤癌中免疫检查点抑制剂治疗抵抗的细胞和分子机制 | 首次揭示了Activin A介导的癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞的极化在皮肤癌免疫治疗抵抗中的关键作用 | 研究仅限于基底细胞癌，未涵盖其他类型的皮肤癌 | 探究基底细胞癌对免疫检查点抑制剂治疗抵抗的细胞和分子机制 | 基底细胞癌中的癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞 | NA | 皮肤癌 | 空间转录组学和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括对免疫治疗敏感和抵抗的基底细胞癌患者 |
| 50 | 2024-09-25 |
Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids
2023-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05279-8
PMID:36198796
|
研究论文 | 研究利用人类脑类器官和单细胞基因组技术，推断和扰动细胞命运调控网络 | 开发了Pando框架，整合多组学数据和转录因子结合位点预测，推断出描述类器官发育的全局基因调控网络 | NA | 研究人类脑发育中的基因调控网络，并评估转录因子对细胞命运和状态调控的影响 | 人类脑类器官中的单细胞转录组和可及染色质数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因组数据 | 覆盖神经上皮形成、模式化、脑区域化和神经发生的密集时间序列数据 |
| 51 | 2024-09-23 |
Camel nanobody-based B7-H3 CAR-T cells show high efficacy against large solid tumours
2023-09-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41631-w
PMID:37739951
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研究论文 | 研究基于骆驼纳米抗体的B7-H3 CAR-T细胞对大型实体瘤的高效性 | 开发了基于骆驼纳米抗体识别B7-H3 IgC域的CAR-T细胞，显示出对大型肿瘤的强大抗肿瘤活性 | 研究仅在雌性小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证 | 优化基于CAR-T细胞的免疫疗法，特别是针对实体瘤 | B7-H3蛋白及其在实体瘤中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组RNA测序，功能性T细胞蛋白质组学分析 | NA | RNA测序数据，蛋白质组学数据 | 雌性小鼠 |
| 52 | 2024-09-23 |
Genetic activation of glycolysis in osteoblasts preserves bone mass in type I diabetes
2023-09-21, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2023.07.003
PMID:37562406
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研究论文 | 研究探讨了I型糖尿病中骨形成受损的机制，并发现通过激活成骨细胞中的糖酵解可以维持骨量 | 首次揭示了I型糖尿病中成骨细胞糖代谢缺陷是骨质疏松的致病机制，并提出增强成骨细胞糖酵解可能是一种潜在的骨形成疗法 | 研究基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探讨I型糖尿病中骨形成受损的机制，并寻找潜在的治疗策略 | I型糖尿病小鼠的成骨细胞和骨组织 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、稳定同位素示踪 | NA | RNA序列数据 | 小鼠模型 |
| 53 | 2024-09-23 |
Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM
2023-Sep-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05476-w
PMID:37726653
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研究论文 | 本文提出了一种名为DeTREM的改进方法，用于校正单核RNA测序数据与批量RNA测序数据之间的偏差，以提高脑组织细胞类型反卷积的准确性 | DeTREM方法通过补偿单核RNA测序与批量RNA测序数据之间的差异，提高了细胞类型反卷积的准确性，并优于其他反卷积方法 | NA | 提高脑组织细胞类型反卷积的准确性 | 人脑组织的细胞类型反卷积 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序 (snRNA-seq) | MuSiC | RNA测序数据 | NA |
| 54 | 2024-09-23 |
SiGra: single-cell spatial elucidation through an image-augmented graph transformer
2023-09-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41437-w
PMID:37699885
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SiGra的方法，通过图像增强的图变换器来揭示单细胞空间域并增强稀疏和噪声的转录组数据 | SiGra方法结合了多通道免疫组化图像信息，通过混合图变换器在单细胞空间图上进行处理，显著提高了模型性能 | NA | 开发一种方法来利用图像信息揭示空间域并增强转录组数据 | 单细胞和斑点级别的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 免疫组化 | 图变换器 | 图像 | 复杂组织中的单细胞和斑点级别的空间转录组数据 |
| 55 | 2024-09-23 |
Alk1 acts in non-endothelial VE-cadherin+ perineurial cells to maintain nerve branching during hair homeostasis
2023-09-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40761-5
PMID:37699906
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研究论文 | 研究了VE-cadherin和Alk1在非内皮细胞中的作用，特别是在神经分支维持中的作用 | 发现VE-cadherin和Alk1不仅在内皮细胞中起作用，还在非内皮细胞中维持神经分支 | NA | 探讨VE-cadherin和Alk1在皮肤血管重塑和神经分支维持中的作用 | VE-cadherin阳性细胞和Alk1在皮肤中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠 |
| 56 | 2024-09-23 |
Notch and retinoic acid signals regulate macrophage formation from endocardium downstream of Nkx2-5
2023-09-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41039-6
PMID:37669937
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研究论文 | 研究揭示了Nkx2-5下游的Notch和视黄酸信号在心肌内膜向巨噬细胞分化的调控网络 | 首次揭示了Nkx2-5/Notch/RA信号通路在心肌内膜向巨噬细胞分化中的关键作用 | NA | 探讨心肌内膜向巨噬细胞分化的分子机制 | 心肌内膜、巨噬细胞、Nkx2-5、Notch信号、视黄酸信号 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 57 | 2024-09-23 |
NF-κB subunits direct kinetically distinct transcriptional cascades in antigen receptor-activated B cells
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01561-7
PMID:37524800
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研究论文 | 研究了NF-κB家族中的Rel和RelA在B细胞受体激活后的基因表达调控中的不同功能 | 揭示了Rel和RelA在B细胞激活后基因表达调控中的不同动力学特征和功能对抗性 | NA | 探讨NF-κB家族成员在B细胞激活后的基因表达调控中的特异性功能 | Rel和RelA在B细胞中的基因表达调控功能 | NA | NA | 多组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 58 | 2024-09-14 |
ConSpaS: a contrastive learning framework for identifying spatial domains by integrating local and global similarities
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad395
PMID:37965808
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研究论文 | 本文提出了一种名为ConSpaS的新型节点表示学习框架，通过整合局部和全局相似性来精确解码空间域 | ConSpaS框架结合了图自编码器（GAE）和对比学习（CL），通过无增强机制构建全局正样本和半简单采样策略定义负样本，有效提高了空间域识别的准确性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间转录组学中空间域识别的准确性 | 空间转录组学中的空间域 | 生物信息学 | NA | 对比学习（CL） | 图自编码器（GAE） | 基因表达数据 | 多种组织类型和技术平台 |
| 59 | 2024-09-14 |
Cardiac Pericytes Acquire a Fibrogenic Phenotype and Contribute to Vascular Maturation After Myocardial Infarction
2023-09-12, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究心肌梗死后心脏周细胞获得纤维化表型并参与血管成熟的过程 | 首次揭示了心肌梗死后周细胞在纤维化修复中的作用及其表型变化 | 周细胞特异性TGF-β受体2敲除对心肌纤维化重塑的影响不显著 | 探讨心肌梗死后周细胞的命运及其在心肌疾病中的作用 | 心脏周细胞及其在心肌梗死后的表型变化 | NA | 心血管疾病 | 聚合酶链反应阵列、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用NG2Dsred;PDGFRαEGFP周细胞:成纤维细胞双报告小鼠和可诱导的NG2CreER小鼠进行研究 |
| 60 | 2024-09-10 |
SARS-CoV-2 niches in human placenta revealed by spatial transcriptomics
2023-09-08, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.06.003
PMID:37423216
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研究论文 | 研究利用空间转录组学揭示了SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境 | 首次利用空间转录组学技术生成高分辨率的胎盘转录图谱，揭示了SARS-CoV-2在胎盘微环境中的动态响应 | 样本量较小，仅包括少数健康对照和COVID-19感染者 | 探究SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境及其对胎盘功能的影响 | 人类胎盘中的SARS-CoV-2感染及其转录组变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组 | 13个胎盘样本，包括4个健康对照、4个无症状感染者和5个有症状感染者 |