单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-08-05 |
State of CD8+ T cells in progression from nonalcoholic steatohepatitis to hepatocellular carcinoma: From pathogenesis to immunotherapy
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115131
PMID:37429231
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研究论文 | 探讨了CD8+ T细胞在从非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展到肝细胞癌（HCC）过程中的状态 | 该研究揭示了NASH驱动的HCC中CD8 T细胞状态的特征和机制 | 对CD8 T细胞状态的具体机制理解仍不够全面 | 研究NASH对CD8 T细胞状态的影响及其在HCC中的作用 | 重点关注NASH驱动的纤维化和HCC中的CD8 T细胞状态表型 | 免疫疗法 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 382 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics of Bone Marrow Stromal Cells in Diversity Outbred Mice: A Model for Population-Level scRNA-Seq Studies
2023-09, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4882
PMID:37436066
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析了多样性散系小鼠的骨髓基质细胞的转录组 | 提出了一种新的模型，使用骨髓来源的基质细胞生成特定细胞类型的转录组特征，适用于群体水平的基因研究 | 主要聚焦于小鼠模型，可能未能完全代表人类骨骼生物学 | 确定BMSCs是否可以作为生成大规模小鼠群体中特定细胞类型转录组特征的模型 | 使用来自五只多样性散系小鼠的骨髓来源的基质细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 五只多样性散系小鼠的样本 |
| 383 | 2024-08-05 |
Inferring regulators of cell identity in the human adult pancreas
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad068
PMID:37435358
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研究论文 | 本研究探讨了人类成人胰腺中细胞身份的转录因子及其基因调控网络 | 综合多个单细胞RNA测序数据集，重建了人类成人胰腺的基因调控网络，从而识别细胞身份的调节因子 | 尚未探索人类成人胰腺的全部转录因子和基因调控网络 | 研究人类成人胰腺细胞身份的转录因子和调控机制 | 7393个成人胰腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7393个细胞 |
| 384 | 2024-08-07 |
MTGDC: A Multi-Scale Tensor Graph Diffusion Clustering for Single-Cell RNA Sequencing Data
2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3293112
PMID:37418411
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度张量图扩散聚类（MTGDC）方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测 | 设计了一种多尺度亲和学习方法来构建细胞间的全连接图，并提出了一个有效的张量图扩散学习框架来学习多尺度亲和矩阵之间的高阶信息 | NA | 开发新的计算方法以匹配单细胞RNA测序技术，从而在不同细胞群中检测细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 张量图扩散聚类 | RNA测序数据 | NA |
| 385 | 2024-08-07 |
Cancer stem cells promote lymph nodes metastasis of breast cancer by reprogramming tumor microenvironment
2023-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2023.101733
PMID:37421907
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研究论文 | 本研究探讨了乳腺癌干细胞（CSCs）如何通过重编程肿瘤免疫微环境（TIME）促进淋巴结转移（LNM） | 揭示了具有高干细胞特性的RAC2和PTTG1双阳性CSCs在转移性淋巴结中的富集，并假设这些CSCs通过激活特定的转移相关转录因子和信号通路促进转移 | NA | 阐明乳腺癌干细胞如何重编程肿瘤免疫微环境以促进淋巴结转移 | 乳腺癌干细胞、肿瘤免疫微环境、淋巴结转移 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自本机构的患者原发性肿瘤和相应转移性淋巴结样本 |
| 386 | 2024-08-07 |
Novel cell subtypes of SPP1 + S100P+, MS4A1-SPP1 + S100P+ were key subpopulations in intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2023.130420
PMID:37433400
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，探索了肝内胆管癌（iCCA）中的细胞异质性，并利用MSigDB和CIBERSORTx分析了主要细胞类型的通路及其相互关系，进一步探讨了细胞亚型与生存的相关性。 | 发现了iCCA中独特的免疫生态系统，并识别了新的细胞亚型SPP1+ S100P+和MS4A1-SPP1+ S100P+作为关键亚群。 | NA | 研究肝内胆管癌中的细胞异质性和细胞亚型与生存的相关性。 | 肝内胆管癌（iCCA）中的细胞亚型及其与生存的关系。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 组织微阵列队列中的多个样本 |
| 387 | 2024-08-05 |
Identification of In-Droplet Multicellular Communities by Light-Induced Combinatorial DNA Barcoding
2023-Sep-21, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202301133
PMID:37404204
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研究论文 | 提出了一种通过光诱导组合DNA条形码在微滴中识别多细胞群落的策略 | 首次使用DNA功能化微颗粒作为微滴内亚群体的标识符，解决了单细胞测序分析中缺乏有效分子标识符的问题 | 未提及具体的实验验证或在复杂细胞环境中的应用 | 开发一种新的方法来识别微滴中的多细胞群落 | 异质细胞池中的细胞-细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | DNA条形码 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 388 | 2024-08-05 |
Deep learning applications in single-cell genomics and transcriptomics data analysis
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115077
PMID:37393865
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研究论文 | 本文探讨了深度学习在单细胞基因组学和转录组学数据分析中的应用 | 提出深度学习方法作为传统机器学习算法的潜在替代，特别是在单细胞研究中，同时显示出在数据预处理和下游分析中的优越性 | 深度学习尚未彻底改变单细胞组学领域面临的最紧迫挑战 | 评估深度学习技术在单细胞组学中的应用效果及其面临的独特挑战 | 单细胞基因组学、转录组学、空间转录组学和多组学整合 | 计算机视觉 | 癌症 | 深度学习 | NA | NA | NA |
| 389 | 2024-08-05 |
Multi-omics dissection of stage-specific artemisinin tolerance mechanisms in Kelch13-mutant Plasmodium falciparum
2023-09, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2023.100978
PMID:37385107
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研究论文 | 本文研究了携带Kelch13 C580Y突变的Plasmodium falciparum对青蒿素的部分抗性机制 | 通过多组学策略，揭示了青蒿素部分抗性中的阶段特异性机制，提供了新的见解 | 研究可能主要集中在少数基因和蛋白，未涵盖所有潜在的抗性机制 | 探讨Plasmodium falciparum对青蒿素的部分抗性机制及其在不同发展阶段的表现 | 研究对象为具有Kelch13突变的Plasmodium falciparum及其对青蒿素的反应 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞转录组学、无标记蛋白组学、脂质组学 | NA | 基因组数据、蛋白质组数据 | 包括多种阶段的Plasmodium falciparum样本，具体样本数量未明确说明 |
| 390 | 2024-08-05 |
AT2 cell-derived IgA trapped by the extracellular matrix in silica-induced pulmonary fibrosis
2023-Sep, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110545
PMID:37390644
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研究论文 | 该研究发现肺上皮细胞通过分泌IgA促进硅引起的肺纤维化 | 首次证明AT2细胞参与IgA的分泌，并且IgA的分泌通过细胞外基质被捕获，进一步加重肺纤维化 | 研究主要集中在小鼠模型中，尚未在人体样本中得出明确的结果 | 探讨肺上皮细胞的IgA分泌与硅诱导的肺纤维化之间的关系 | 研究对象为硅处理的小鼠及其肺部组织 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学和单细胞测序 | NA | 组织样本 | 纳入了硅处理的小鼠样本，具体样本数量未提及 |
| 391 | 2024-08-05 |
Cancer-associated fibroblast expression of glutamine fructose-6-phosphate aminotransferase 2 (GFPT2) is a prognostic marker in gastric cancer
2023-09, The journal of pathology. Clinical research
DOI:10.1002/cjp2.333
PMID:37395335
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研究论文 | 研究表明，GFPT2在胃癌中的表达与预后相关 | 首次确认GFPT2在胃癌相关成纤维细胞中的重要功能，并提出其作为预后标志物的潜力 | 研究中未详细探讨GFPT2的具体作用机制 | 探讨GFPT2在胃癌中的生物学功能及临床意义 | 胃癌患者的转录组数据及相关细胞系和组织样本 | 数字病理 | 胃癌 | 转录组测序 | NA | 文本数据 | 分析了来自Harbin Medical University和The Cancer Genome Atlas的多个样本 |
| 392 | 2024-08-07 |
Clonal architecture and single-cell transcriptome landscape in Richter's syndrome
2023-09, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.18952
PMID:37401149
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 393 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a pro-metastatic subpopulation and the driver transcription factor NFE2L1 in ovarian cancer cells
2023-09, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-023-01418-1
PMID:37405595
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了卵巢癌细胞中的促转移亚群及驱动转录因子NFE2L1 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢癌细胞中的促转移亚群，并确定了NFE2L1作为关键的转录因子 | NA | 阐明基因表达改变在获得转移潜能过程中的机制，并鉴定卵巢癌细胞中的转移亚群 | 卵巢癌细胞及其转移亚群 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个卵巢癌细胞系：SKOV-3和SKOV-3-13 |
| 394 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity and highlights Fstl1-regulated alveolar myofibroblasts in mouse lung at birth
2023-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110677
PMID:37406975
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了野生型和Fstl1基因敲除小鼠肺部的细胞异质性，并揭示了Fstl1调控的肺泡肌成纤维细胞的作用 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了Fstl1调控的肺泡肌成纤维细胞在肺发育中的作用，并阐明了其分子机制 | NA | 探究Fstl1在肺发育中的作用及其分子机制 | 野生型和Fstl1基因敲除小鼠的肺部细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 22,774个单细胞样本 |
| 395 | 2024-08-07 |
Classification and characterisation of extracellular vesicles-related tuberculosis subgroups and immune cell profiles
2023-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17836
PMID:37409682
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研究论文 | 本文通过分析外泌体相关基因表达谱，探索了结核病（TB）的分子机制和潜在诊断标记物，并利用机器学习技术建立了TB风险模型。 | 本文首次通过外泌体相关基因表达谱分析，结合单细胞RNA测序技术，识别出九个与TB相关的重要基因，并建立了TB风险模型，为TB的诊断和治疗提供了新的生物标志物。 | NA | 探索结核病的分子机制，寻找有效的诊断标记物和治疗靶点。 | 结核病及其相关的外泌体和免疫细胞。 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 20个外泌体相关差异表达基因，其中17个上调，3个下调 |
| 396 | 2024-08-05 |
Nav1.7 is essential for nociceptor action potentials in the mouse in a manner independent of endogenous opioids
2023-09-06, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.05.024
PMID:37352856
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研究论文 | 该研究揭示了Nav1.7在小鼠痛觉感知中的重要性及其与内源性阿片类物质无关的机制 | 本研究首次确定Nav1.7在C纤维动作电位的发起中是必要的，并且阐明了其与内源性阿片不相关的机制 | 本研究主要在小鼠模型中进行，未必能完全反映人类的病理机制 | 探讨Nav1.7缺失导致疼痛不敏感的机制 | 小鼠的感觉神经元及其动作电位 | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞 RNA 测序、激光散斑对比成像 (LSCI)、体内电生理学 | NA | 行为数据、基因表达数据、神经电生理数据 | 在研究中涉及小鼠和特定类型的感觉神经元 |
| 397 | 2024-08-05 |
scASGC: An adaptive simplified graph convolution model for clustering single-cell RNA-seq data
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107152
PMID:37364529
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自适应简化图卷积模型的无监督聚类方法 scASGC，用于聚类单细胞RNA测序数据 | 提出了一个自适应的简化图卷积模型，用于构建细胞图并聚合邻域信息，能够自适应地确定最优的卷积层数 | 未提及具体的限制 | 研究旨在改善单细胞RNA测序数据中细胞亚群体的聚类性能 | 聚类分析包含12个公共数据集和一个包含15,983个细胞的小鼠肠道肌肉样本 | 计算机视觉 | NA | RNA-seq | 图卷积网络 | 数据集包含多个单细胞RNA测序数据 | 在12个公共数据集进行实验，分析小鼠肠道肌肉包含15,983个细胞 |
| 398 | 2024-08-05 |
San Huang Xiao Yan recipe modulates the HMGB1-mediated abnormal inflammatory microenvironment and ameliorates diabetic foot by activating the AMPK/Nrf2 signalling pathway
2023-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2023.154931
PMID:37364421
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研究论文 | 该研究探讨了三黄消炎方对糖尿病足的抗炎作用及其分子机制 | 研究首次揭示了三黄消炎方通过激活AMPK/Nrf2信号通路抑制HMGB1表达来治疗糖尿病足的机制 | 本研究主要集中在动物模型及细胞培养实验，缺乏临床试验数据支持 | 本研究的目的是揭示三黄消炎方在糖尿病足治疗中的作用机制 | 研究对象包括C57小鼠和SD大鼠的糖尿病足模型 | 数字病理学 | 糖尿病足 | ELISA, HPLC, 单细胞测序, Western blot | NA | 动物模型数据, 细胞培养数据 | C57小鼠和SD大鼠糖尿病足模型 |
| 399 | 2024-08-05 |
Integrating multi-modal information to detect spatial domains of spatial transcriptomics by graph attention network
2023-09, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2023.06.005
PMID:37356752
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaDAC的方法，通过图注意力网络整合多模态信息以检测空间转录组学的空间领域 | 创新点在于提出了SpaDAC方法，能够高效利用多模态信息以识别空间领域并重构去噪的基因表达谱 | 目前存在的方法在高效利用空间信息和匹配高分辨率组织学图像方面存在局限性 | 研究旨在充分利用空间转录组学数据中的多模态信息 | 研究对象为空间转录组学数据及其相关的多模态信息 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 图注意力网络 | 基因表达谱、空间位置、组织学图像 | 多个近期的空间转录组学数据集 |
| 400 | 2024-08-05 |
A novel cryopreservation and biobanking strategy to study lymphoid tissue stromal cells in human disease
2023-09, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202250362
PMID:37366295
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的冷冻保存和生物库策略，用于研究人类疾病中的淋巴组织间质细胞 | 提出了利用冷冻保存技术来保存淋巴组织以便研究淋巴细胞间质细胞，具有广泛适用性 | 对于冷冻保存后的细胞功能和特性尚需进一步研究 | 研究淋巴组织间质细胞在各种人类疾病中的作用 | 人类扁 tonsils 和淋巴结中的非造血细胞 | 数字病理学 | 自体免疫疾病、异体免疫、淋巴增生性疾病 | 冷冻保存 | NA | 淋巴组织样本 | 包括人类扁 tonsils 和淋巴结的样本 |