单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-27	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	研究论文	本文提出了一种基于图深度学习模型的方法，用于联合细胞分割和分子注释，以解决空间转录组学数据中的细胞边界确定问题	本文提出的方法利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，并通过转移图嵌入作为多模态输入的一部分来丰富基因关系	NA	解决空间转录组学数据中的细胞分割和注释问题	空间转录组学数据中的细胞分割和分子注释	机器学习	NA	图深度学习	图深度学习模型	空间转录组学数据	涉及多种空间技术和组织类型的数据
22	2024-09-27	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别并验证了26个基因的表达特征，这些基因在胃肠道化生（GIM）的高风险前体细胞中表达，可能预示胃癌（GC）的风险	本研究首次通过多组学整合方法识别出26个基因的表达特征，这些基因在GIM的高风险前体细胞中表达，为胃癌的预防和早期检测提供了新的分子标志物	本研究样本量较小，且仅限于特定的GIM和GC样本，未来需要更大规模的验证	识别胃肠道化生（GIM）中高风险胃癌（GC）前体的分子标志物，以改进癌症预防策略	胃肠道化生（GIM）和胃癌（GC）的临床和基因组数据	基因组学	胃癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单分子多重荧光原位杂交（smFISH）	NA	基因表达数据	共涉及303个GIM样本、198个癌症基因组图谱样本、40个scRNA-seq数据样本和5个空间验证样本
23	2024-09-27	Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina 2023-Sep-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1 PMID:37790324	研究论文	研究斑马鱼视网膜损伤后神经再生的基因调控网络	揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的差异，以及视网膜再生与发育之间的差异	NA	探讨斑马鱼视网膜损伤后神经再生的机制及其与发育过程的异同	斑马鱼视网膜损伤后的神经再生过程	发育生物学	NA	单核RNA测序和单细胞RNA测序，ATAC测序	NA	基因表达数据	发育和再生视网膜样本
24	2024-09-27	Single-cell multi-omics defines the cell-type-specific impact of splicing aberrations in human hematopoietic clonal outgrowths 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.012 PMID:37582363	研究论文	本文通过整合基因型转录组学（GoT）与长读长单细胞转录组学和蛋白质组学，研究了人类造血克隆性增殖中剪接异常的细胞类型特异性影响	本文创新性地应用了GoT-Splice技术，结合单细胞多组学分析，揭示了SF3B1突变在不同造血祖细胞群体中的隐秘3'剪接位点使用情况及其在红细胞分化过程中的阶段特异性异常剪接	本文主要集中在SF3B1突变相关的骨髓增生异常综合征（MDS）患者样本，未来研究可以扩展到其他类型的血液疾病和突变	研究剪接因子突变在人类造血克隆性增殖中的细胞类型特异性影响	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	基因型转录组学（GoT）、长读长单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组、表面蛋白、体细胞突变、RNA剪接	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞样本
25	2024-09-27	TGF-β1 mediates tumor immunosuppression aggravating at the late stage post-high-light-dose photodynamic therapy 2023-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03479-3 PMID:37351605	研究论文	本研究探讨了光动力疗法（PDT）后肿瘤微环境中免疫状态的动态变化，揭示了高剂量PDT诱导的早期免疫激活和晚期免疫抑制的机制	首次系统阐述了高剂量PDT后免疫抑制的机制，并提出了TGF-β阻断治疗策略作为逆转免疫抑制的潜在组合策略	研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未进行临床试验验证	揭示光动力疗法后肿瘤免疫抑制的机制，并提出改进策略	光动力疗法后的肿瘤微环境及免疫状态变化	肿瘤学	肿瘤	光动力疗法	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
26	2024-09-26	Towards Universal Cell Embeddings: Integrating Single-cell RNA-seq Datasets across Species with SATURN 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.526939 PMID:36778387	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型和RNA表达来整合不同物种的单细胞RNA测序数据	SATURN能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，重新定义了跨物种分析的差异表达，并展示了其在跨物种注释转移和细胞类型识别中的有效性	NA	开发一种能够整合跨物种单细胞RNA测序数据的方法，以揭示细胞类型的进化保守性和多样性	跨物种的单细胞RNA测序数据，包括三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	涉及三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据
27	2024-09-26	Novel human pluripotent stem cell-derived hypothalamus organoids demonstrate cellular diversity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107525 PMID:37646018	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）衍生出的下丘脑类器官分化协议，用于模拟该脑区的细胞多样性	首次建立了从hPSCs衍生出的下丘脑类器官分化协议，并使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了成熟下丘脑类器官中多样化的神经元和非神经元细胞类型	NA	研究下丘脑的发育及其在疾病建模中的应用，以开发针对下丘脑相关疾病的新疗法	人类多能干细胞衍生的下丘脑类器官及其细胞多样性	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了一个带有酪氨酸羟化酶（TH）-TdTomato报告基因的hPSC系，用于多巴胺能神经元（DNs）和其他TH表达细胞的研究
28	2024-09-26	MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in bioconductor 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad550 PMID:37698995	研究论文	本文介绍了一个名为MoleculeExperiment的R/Bioconductor包，用于处理分子级空间组学数据	开发了MoleculeExperiment包，标准化了不同成像技术下的分子级数据，并简化了数据转换过程	NA	开发一个一致的数据结构标准，用于分子级空间组学数据的分析	分子级空间组学数据	生物信息学	NA	成像技术	NA	分子级数据	NA
29	2024-09-26	Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomes with graph autoencoder model 2023-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010942 PMID:37703293	研究论文	提出了一种基于图自编码器的深度学习模型DeepRIG，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	DeepRIG模型通过构建先验调控图并利用图自编码器嵌入全局调控信息，能够准确重建基因调控网络并超越现有方法	NA	推断单细胞转录组数据中的基因调控网络	基因调控关系和多基因协作关联	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图自编码器	基因表达数据	涉及人类外周血单核细胞和三阴性乳腺癌样本
30	2024-09-26	Omni-Seg: A Scale-Aware Dynamic Network for Renal Pathological Image Segmentation 2023-09, IEEE transactions on bio-medical engineering DOI:10.1109/TBME.2023.3260739 PMID:37030838	研究论文	提出了一种名为Omni-Seg的尺度感知动态网络，用于肾病理图像的语义分割	引入了一种新颖的尺度感知控制器，将动态神经网络从单尺度扩展到多尺度；采用半监督一致性正则化方法，将未标注组织类型的跨尺度相关性建模到一个端到端的训练范式中；展示了在人类肾脏图像上训练的模型可以直接应用于小鼠肾脏图像，无需重新训练	NA	解决肾病理图像中由于对象尺度异质性导致的分割难题	肾病理图像中的六种组织类型	计算机视觉	NA	NA	动态神经网络	图像	150,000个人类病理图像块，涵盖六种组织类型，三种不同分辨率
31	2024-09-26	Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas 2023-09, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00876-x PMID:37697055	研究论文	本文介绍了一个跨条件的小鼠胰岛单细胞RNA测序图谱（MIA），整合了来自九个scRNA-seq数据集的超过30万个细胞，用于探索和计算查询	揭示了疾病进展中的新细胞状态以及先前提出的标记基因之间的跨出版物差异	NA	确定小鼠β细胞在一生中和糖尿病中的身份	小鼠胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	超过30万个细胞，来自56个样本，包括不同年龄、性别和糖尿病模型
32	2024-09-25	Integrative analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq reveals heterogeneity of induced pluripotent stem cell-derived hepatic organoids 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107675 PMID:37680467	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析，揭示了诱导多能干细胞衍生的肝类器官的异质性	本文首次在单细胞水平上整合了RNA测序和ATAC测序数据，揭示了肝类器官在不同分化状态下的转录组和表观基因组特征	本文主要集中在肝类器官的研究，未涉及其他类型的类器官或组织	深入了解类器官的转录组和表观基因组特征，并探讨其在肝脏发育中的调控网络	诱导多能干细胞衍生的肝类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和表观基因组数据	两种状态的肝类器官（可扩展和更分化的）
33	2024-09-25	Determinants of Survival with Combined HER2 and PD-1 Blockade in Metastatic Esophagogastric Cancer 2023-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3769 PMID:37406106	研究论文	报告了在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的II期研究的更新临床结果，并结合了独立Memorial Sloan Kettering（MSK）队列的结果	通过89Zr-trastuzumab PET、scRNA-seq和连续ctDNA与CT成像，识别了治疗前患者内基因组异质性对无进展生存期（PFS）的负面影响，并发现了与治疗耐药性相关的基因表达特征	NA	评估在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的临床效果，并识别预测治疗反应和耐药性的生物标志物	转移性食管胃癌患者	数字病理学	食管胃癌	PET成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、循环肿瘤DNA（ctDNA）分析	NA	基因组数据、影像数据	226名接受trastuzumab治疗的MSK患者
34	2024-09-25	scPlant: A versatile framework for single-cell transcriptomic data analysis in plants 2023-09-11, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2023.100631 PMID:37254480	研究论文	本文介绍了一个名为scPlant的多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析	scPlant框架提供了一个端到端的解决方案，涵盖了从基本数据处理到高级分析任务的功能，并集成了多种可视化工具	NA	开发一个多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析	植物单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
35	2024-09-25	Cell specialization and coordination in Arabidopsis leaves upon pathogenic attack revealed by scRNA-seq 2023-09-11, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2023.100676 PMID:37644724	研究论文	使用单细胞RNA测序技术研究拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应，并识别了不同细胞类型的转录重编程和调控因子	研究仅限于拟南芥叶片和特定的病原体Pseudomonas syringae DC3000，可能不适用于其他植物或病原体	探讨植物在病原体攻击下的防御反应中不同细胞类型的特化和协调机制	拟南芥叶片在病原体Pseudomonas syringae DC3000攻击下的细胞反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	三组独立的生物学重复样本
36	2024-09-25	TISSUE: uncertainty-calibrated prediction of single-cell spatial transcriptomics improves downstream analyses 2023-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.25.538326 PMID:37162839	研究论文	本文介绍了一种名为TISSUE的通用框架，用于估计空间基因表达预测的不确定性，并提供不确定性感知的下游推理方法	TISSUE框架能够提供校准良好的预测区间，并显著降低差异基因表达分析的假发现率，改善聚类和可视化效果，以及监督学习模型的性能	NA	解决单细胞空间转录组学中基因表达预测的不确定性问题，并提高下游分析的准确性	单细胞空间转录组学数据中的基因表达预测及其不确定性估计	数字病理学	NA	空间基因表达预测	NA	转录组数据	涉及11个基准数据集和一个MERFISH空间转录组数据集
37	2024-09-25	The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad497 PMID:37572301	研究论文	本文介绍了一种名为深度生成解码器（DGD）的新模型，通过最大后验估计直接计算模型参数和表示，用于单细胞RNA数据的建模	DGD模型能够处理复杂的参数化潜在分布，而变分自编码器通常使用固定的正态分布，因为添加其他类型的复杂性较高	NA	改进单细胞RNA数据的低维表示学习	单细胞RNA数据	机器学习	NA	最大后验估计	深度生成解码器（DGD）	单细胞RNA数据	多个单细胞数据集
38	2024-09-25	Challenges of clinical translation from single-cell sequencing to measures in clinical biochemistry of haematology: Definition of immune cell identities 2023-09, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1401 PMID:37700496	研究论文	本文探讨了从单细胞测序到临床血液学生化检测的临床转化挑战，特别是免疫细胞身份的定义	提出了细胞身份标记基因面板（ciMGPs）的概念，并探讨了其在疾病系统性反应、疾病特异性生物标志物识别和细胞异质性定义中的潜力	定义细胞亚群和状态的精确身份存在困难，且临床意义的精确解释和影响评估具有挑战性	促进单细胞RNA测序（scRNA-seq）在临床血液学生化检测中的应用	外周免疫细胞及其在系统性和微环境止血中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	大规模人群，包括不同年龄、疾病和治疗方案的个体
39	2024-09-25	Activin A-Mediated Polarization of Cancer-Associated Fibroblasts and Macrophages Confers Resistance to Checkpoint Immunotherapy in Skin Cancer 2023-09-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0219 PMID:37327314	研究论文	研究探讨了皮肤癌中免疫检查点抑制剂治疗抵抗的细胞和分子机制	首次揭示了Activin A介导的癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞的极化在皮肤癌免疫治疗抵抗中的关键作用	研究仅限于基底细胞癌，未涵盖其他类型的皮肤癌	探究基底细胞癌对免疫检查点抑制剂治疗抵抗的细胞和分子机制	基底细胞癌中的癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞	NA	皮肤癌	空间转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	包括对免疫治疗敏感和抵抗的基底细胞癌患者
40	2024-09-25	Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids 2023-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05279-8 PMID:36198796	研究论文	研究利用人类脑类器官和单细胞基因组技术，推断和扰动细胞命运调控网络	开发了Pando框架，整合多组学数据和转录因子结合位点预测，推断出描述类器官发育的全局基因调控网络	NA	研究人类脑发育中的基因调控网络，并评估转录因子对细胞命运和状态调控的影响	人类脑类器官中的单细胞转录组和可及染色质数据	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因组数据	覆盖神经上皮形成、模式化、脑区域化和神经发生的密集时间序列数据