单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-02-26	Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy 2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002 PMID:37746243	研究论文	本文研究了在杜氏肌营养不良症小鼠模型中，腺相关病毒（AAV）介导的先天性和适应性免疫反应	通过双剂量AAV9给药的小鼠模型，更好地模拟了人类对AAV的免疫反应，揭示了抗AAV IgG和补体激活在免疫反应中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	理解AAV诱导的免疫反应机制，以改进临床前模型	杜氏肌营养不良症小鼠模型	免疫学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
22	2025-02-26	Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors 2023-09-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169314 PMID:37655659	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了免疫检查点阻断（ICB）对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的不同影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地比较了ICB对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的影响，并揭示了ICB对T细胞浸润和特定巨噬细胞群体的影响	样本量相对较小，且主要依赖于已发表的数据集，可能限制了结果的普遍性	探讨免疫检查点阻断（ICB）对转移性脑肿瘤微环境的影响，以寻找提高ICB疗效的潜在策略	19个ICB未治疗和9个ICB治疗的转移性脑肿瘤样本，以及已发表的复发性胶质母细胞瘤（rGBM）数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多重免疫荧光，空间转录组学	NA	RNA测序数据，图像数据	28个脑转移瘤样本（19个ICB未治疗，9个ICB治疗）
23	2025-02-19	Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558301 PMID:37786685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者外周血中常见和特定的免疫异常	使用前沿的单细胞分析技术，首次全面描述了IPF和FHP患者外周血中的免疫异常，并发现了疾病特异性的淋巴细胞异常	样本量相对较小，且仅针对外周血和支气管肺泡灌洗液样本进行分析，未涉及其他组织或更大规模的人群验证	识别IPF和FHP患者外周血中常见和特定的免疫异常，为诊断和治疗提供新策略	特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者及健康对照组的外周血和支气管肺泡灌洗液样本	单细胞测序	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics 5'基因表达和V(D)J分析）	Seurat R管道、DoRothEA-VIPER算法、Monocle3、Velocyto、scVelo、CellRank、Connectome R包、CellRanger和Immcantation框架	单细胞RNA测序数据	83个样本中的327,990个细胞
24	2025-02-13	Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121 PMID:37715952	研究论文	本文研究了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新，并在损伤后通过毛囊来源的干细胞再生，且再生过程依赖于FGFR2信号传导	未提及具体的研究局限性	探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	皮脂腺及其干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
25	2025-02-06	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics 2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.21.23295864 PMID:37790472	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证	研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统
26	2025-01-23	Epigenetic Induction of Smooth Muscle Cell Phenotypic Alterations in Aortic Aneurysms and Dissections 2023-09-19, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.063332 PMID:37555319	研究论文	本研究探讨了主动脉瘤和夹层（AAD）中平滑肌细胞（SMC）表型转换的转录组和表观遗传动态	揭示了SMC从收缩表型向增殖、细胞外基质产生和炎症表型转变的表观遗传机制，并识别了IRF3在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转换的机制	小鼠和人类主动脉瘤和夹层组织中的平滑肌细胞	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	小鼠模型和人类主动脉瘤和夹层组织样本
27	2025-01-03	Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders 2023-09, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-023-00668-9 PMID:37552451	综述	本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展	利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性，为诊断和治疗提供新视角	目前主要关注转录组变化，未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路	探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力	帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
28	2024-12-23	Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054 PMID:37656622	研究论文	本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应	首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略	研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制	探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系	视网膜色素变性中的视锥细胞	NA	视网膜色素变性	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，转录组	NA
29	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
30	2024-12-12	Single-cell transcriptomics suggest distinct upstream drivers of IL-17A/F in hidradenitis versus psoriasis 2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.05.012 PMID:37271319	研究论文	研究比较了化脓性汗腺炎（HS）和银屑病中T17细胞的转录组及其与邻近免疫细胞亚群的配体-受体相互作用	首次揭示了HS和银屑病中T17细胞的不同上游驱动因素，特别是IL-1β在HS中的主导作用	研究仅限于皮肤样本，未涵盖全身免疫反应	探讨化脓性汗腺炎和银屑病中T17细胞的转录组特征及其驱动机制	化脓性汗腺炎和银屑病中的T17细胞及其与邻近免疫细胞的相互作用	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组	NA	转录组数据	12,300个来自8个化脓性汗腺炎皮肤样本的免疫细胞，19,525个来自11个银屑病皮肤样本的细胞，以及11,920个来自10个对照皮肤样本的细胞
31	2024-12-06	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	研究从实体肿瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细研究了从胃癌组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能，发现其具有广泛的抗癌细胞毒性，且这种毒性是MHC非依赖性的	研究主要集中在体外和异种移植模型中，尚未进行临床试验	探讨从实体肿瘤中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能	从胃癌组织中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）	肿瘤学	胃癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	从胃癌组织中提取的DN-TILs，以及多种癌细胞系（如Panc-1、HGC-27、SKOV-3、A375）
32	2024-12-06	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	研究论文	研究HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导默克尔细胞癌中的I型干扰素α	首次揭示了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α，从而在默克尔细胞癌中发挥抗肿瘤作用	研究仅限于特定的默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞，可能无法完全代表所有默克尔细胞癌的情况	探讨HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RT-qPCR	NA	RNA	包括WaGa、MKL-1和UM-MCC 34细胞系以及初级成纤维细胞
33	2024-10-14	Predicting gene regulatory links from single-cell RNA-seq data using graph neural networks 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad414 PMID:37985457	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络的框架GNNLink，用于从单细胞RNA测序数据中预测基因调控关系	本文的创新点在于将基因调控网络推断问题转化为图链接预测任务，并利用图卷积网络捕捉基因间的相互依赖关系	本文未详细讨论GNNLink在处理大规模数据集时的计算效率问题	本文的研究目的是从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因调控关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图卷积网络	基因表达数据	本文使用了七个单细胞RNA测序数据集进行实验
34	2024-10-13	Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41749-x PMID:37770450	研究论文	研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用	通过空间转录组学技术，识别了与细胞类型相关的基因表达模式，并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联	NA	探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用	小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元	神经科学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠体感皮层样本
35	2024-10-13	scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41795-5 PMID:37770437	研究论文	本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法，通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果	本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合，而不是将其视为干扰因素	NA	研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果	单细胞RNA测序和ATAC测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据	七个多组学数据集
36	2024-10-11	Artificial Intelligence Models for Cell Type and Subtype Identification Based on Single-Cell RNA Sequencing Data in Vision Science 2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3284795 PMID:37294649	综述	本文综述了基于单细胞RNA测序数据在视觉科学中使用人工智能技术进行细胞类型和亚型识别的最新进展	介绍了人工智能在细胞类型识别中的应用，提供了更快、更准确和用户友好的方法	开发新的单细胞RNA测序数据分析方法仍然是未来研究需要解决的问题	帮助视觉科学家选择合适的单细胞RNA测序数据集和计算工具进行分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
37	2024-10-02	Simultaneous estimation of gene regulatory network structure and RNA kinetics from single cell gene expression 2023-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.21.558277 PMID:37790443	研究论文	开发了一种深度学习模型，通过单细胞RNA测序数据同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数	首次将深度学习模型应用于同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数，并展示了其在预测基因表达状态和模拟转录因子变化效果方面的优越性	NA	构建一个完整的、预测性的生物物理模型，用于基因表达调控	基因调控网络结构和RNA动力学参数	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	175,000个单细胞
38	2024-10-02	Single-Nucleus RNA-Seq: Open the Era of Great Navigation for FFPE Tissue 2023-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241813744 PMID:37762049	综述	本文综述了单核RNA测序（snRNA-seq）在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的应用及其技术进展	snRNA-seq技术减少了离子化转录偏差，适用于更丰富的样本，为深入探索FFPE组织提供了新机会	本文总结了snRNA-seq在FFPE样本中的局限性和潜在技术发展	探讨单核RNA测序技术在福尔马林固定石蜡包埋组织中的应用	单核RNA测序技术及其在FFPE组织中的应用	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
39	2024-09-30	Hormonal gatekeeping via the blood-brain barrier governs caste-specific behavior in ants 2023-09-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.08.002 PMID:37683635	研究论文	揭示血脑屏障在调节蚂蚁复杂社会行为中的新作用	发现血脑屏障中的关键激素降解酶——保幼激素酯酶（Jhe）在调节蚂蚁社会行为中的作用	研究主要集中在蚂蚁和果蝇，未涉及其他物种	探讨血脑屏障在调节蚂蚁社会行为中的作用	蚂蚁和果蝇的血脑屏障及保幼激素酯酶	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	蚂蚁和果蝇的样本
40	2024-09-28	Modeling idiopathic autism in forebrain organoids reveals an imbalance of excitatory cortical neuron subtypes during early neurogenesis 2023-09, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01399-0 PMID:37563294	研究论文	使用皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍（ASD）患者前脑发育的改变	首次通过皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变，揭示了兴奋性皮质神经元亚型在早期神经发生中的不平衡	未发现基因组变异解释观察到的转录组改变	研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变及其潜在机制	自闭症谱系障碍患者及其未受影响的父亲的前脑发育	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	13个家庭的自闭症谱系障碍男孩及其未受影响的父亲