单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 450 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection
2023-09-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03049-x
PMID:37730638
|
研究论文 | 提出DISCERN深度学习网络，通过参考数据集精确重建单细胞基因表达缺失数据 | 开发新型深度生成网络，能准确重建缺失的单细胞基因表达数据，显著改善细胞聚类和细胞亚型检测 | NA | 改进单细胞测序数据分析中的细胞聚类和细胞亚型识别 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞测序 | 深度生成网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM
2023-Sep-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05476-w
PMID:37726653
|
研究论文 | 提出了一种名为DeTREM的改进方法，用于校正单核RNA测序数据在脑组织细胞类型反卷积分析中的偏差 | 在MuSiC方法基础上引入偏差校正机制，专门针对单核RNA测序与bulk RNA测序之间的技术差异进行补偿 | 主要针对脑组织数据，在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 提高使用单核RNA测序参考数据时脑组织细胞类型反卷积的准确性 | 人类脑组织bulk RNA测序数据 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单核RNA测序, bulk RNA测序 | DeTREM（基于MuSiC的改进算法） | 基因表达数据 | 模拟和真实人类脑组织数据集 | NA | single-nuclei RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01571-5
PMID:37500885
|
研究论文 | 通过融合CTLA-4胞质尾区增强CAR-T细胞的抗肿瘤免疫活性 | 利用CTLA-4胞质尾区的内吞特性重新编程CAR功能，显著提升CAR-T细胞在体内的抗肿瘤效果 | 研究主要聚焦于白血病模型，尚未验证在其他肿瘤类型中的适用性 | 改善CAR-T细胞疗法在肿瘤治疗中的疗效和持久性 | 嵌合抗原受体T细胞（CAR-T） | 免疫工程 | 白血病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | CAR-T细胞工程模型 | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
Lung tumor-infiltrating Treg have divergent transcriptional profiles and function linked to checkpoint blockade response
2023-09-15, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adg1487
PMID:37713507
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据，揭示了肺肿瘤浸润调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗中的双重作用 | 首次发现TIL-Treg细胞可分为具有相反功能的亚群，其中OX40+GITR+亚群具有强抑制性且与PD-1阻断耐药相关，而TAA特异性Treg细胞可转化为T1样表型并促进抗肿瘤免疫 | 研究样本量相对有限，动物模型与人类肿瘤环境存在差异，需要进一步验证这些亚群的功能机制 | 探究调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗应答中的作用机制 | 非小细胞肺癌患者和鼠类肿瘤模型的肿瘤浸润T细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | 转移学习 | 单细胞转录组数据 | 超过73,000个肿瘤浸润T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
A unified pipeline for FISH spatial transcriptomics
2023-Sep-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100384
PMID:37719153
|
研究论文 | 开发了一个用于FISH空间转录组学数据分析的统一标准化流程PIPEFISH | 扩展并改进了starfish库，创建了半自动化、可通用的FISH空间转录组学分析流程 | 流程为半自动化，需要一定程度的人工介入 | 解决空间转录组学数据分析工具缺乏标准化的问题 | FISH空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 荧光原位杂交(FISH) | NA | 空间转录组学图像数据 | 三个真实数据集(MERFISH、seqFISH和ISS) | NA | 空间转录组学,FISH | NA | NA |
| 26 | 2025-10-06 |
An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice
2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0123
PMID:37432973
|
研究论文 | 本研究通过形态学和分子生物学方法探讨了α7烟碱型乙酰胆碱受体在成年小鼠卵巢中的表达及其功能 | 首次系统揭示了Chrna7基因敲除对卵巢形态、原始卵泡数量和卵巢基质细胞的显著影响 | 研究仅针对成年小鼠，未涉及其他发育阶段；样本量相对有限 | 探索nAChRa7受体在卵巢功能中的潜在作用 | Chrna7基因敲除成年小鼠和野生型小鼠的卵巢组织 | 分子生物学 | 生殖系统疾病 | qPCR, 免疫组织化学, 原位杂交, 单细胞测序, 蛋白质组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 分子数据, 形态学数据, 蛋白质组数据 | 成年Chrna7基因敲除小鼠和野生型小鼠（3月龄，动情间期） | NA | 单细胞测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04965-y
PMID:37296316
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，构建基于NK细胞标记基因的特征来预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应 | 首次结合单细胞测序和转录组数据构建基于NK细胞标记基因的肝细胞癌预后预测模型 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发肝细胞癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | Cox回归模型, lasso回归 | 基因表达数据 | TCGA、GEO和ICGC数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-10-06 |
A pairwise immune gene model for predicting overall survival and stratifying subtypes of colon adenocarcinoma
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04957-y
PMID:37316691
|
研究论文 | 开发基于免疫基因对的模型用于预测结肠腺癌患者总生存期和亚型分层 | 首次构建基于三对免疫基因对的预后模型，并通过单细胞RNA测序验证关键基因在炎症巨噬细胞中的表达模式 | 模型验证主要依赖公共数据库数据，需要进一步前瞻性临床研究验证 | 建立结肠腺癌预后评估模型和风险分层方法 | 结肠腺癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | Cox回归模型,基因对模型 | 基因表达谱,临床生存数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结肠腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
AHR, a novel inhibitory immune checkpoint receptor, is a potential therapeutic target for chemoresistant glioblastoma
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04894-w
PMID:37233762
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据分析发现AHR是胶质母细胞瘤的新型抑制性免疫检查点受体，可作为替莫唑胺耐药患者的潜在治疗靶点 | 首次揭示AHR作为新型抑制性免疫检查点在替莫唑胺耐药胶质母细胞瘤中的关键作用，并发现七叶树种子可作为AHR靶向药物 | 回顾性研究设计，需要进一步的前瞻性临床试验验证 | 阐明MGMT启动子非甲基化胶质母细胞瘤患者对替莫唑胺耐药的机制并寻找治疗靶点 | 457例胶质母细胞瘤患者样本、临床组织样本、T细胞与肿瘤细胞共培养模型 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞测序、多组学分析、多重免疫荧光染色 | NA | 转录组数据、多组学数据、单细胞测序数据、免疫荧光图像数据 | 457例胶质母细胞瘤患者 | NA | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq reveal reliable diagnostic and prognostic biomarkers for CRC
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04882-0
PMID:37247080
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，识别结直肠癌可靠的诊断和预后生物标志物 | 首次通过腺瘤-癌序列整合单细胞和bulk RNA测序数据，系统筛选上皮特异性基因作为结直肠癌生物标志物 | 未明确说明样本来源和具体样本量，需要外部验证数据集进一步确认生物标志物的普适性 | 筛选结直肠癌的诊断和预后生物标志物 | 正常肠黏膜、腺瘤和结直肠癌组织 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,甲基化分析 | LASSO-Cox回归,双向逐步回归 | 基因表达数据,甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
A Bayesian multivariate mixture model for high throughput spatial transcriptomics
2023-09, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1111/biom.13727
PMID:35895854
|
研究论文 | 开发了一种基于贝叶斯空间多元混合模型SPRUCE，用于分析高通量空间转录组数据以识别细胞亚群 | 提出了首个基于多元偏态正态分布的贝叶斯空间多元有限混合模型，结合Pólya-Gamma数据增强和空间随机效应来推断空间相关的混合成分成员概率 | 未在论文摘要中明确说明 | 开发统计模型来识别组织样本中的细胞亚群，以揭示生物现象 | 高通量空间转录组数据 | 空间转录组学 | 脑部疾病, 乳腺癌 | 空间转录组学 | 贝叶斯空间多元混合模型, 多元偏态正态分布 | 空间基因表达数据 | 公开可用的人脑HST数据和人类乳腺癌HST数据 | NA | 高通量空间转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on T-cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in bladder cancer
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04881-1
PMID:37244876
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个基于T细胞标记基因的膀胱癌预后和免疫治疗反应预测模型 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据，识别T细胞标记基因并构建膀胱癌预后特征 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏外部实验验证 | 开发膀胱癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 预后特征模型, 列线图 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA和GEO数据库中的膀胱癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04823-x
PMID:37165118
|
研究论文 | 本研究从胃癌组织中扩增CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞并验证其通过MHC非依赖性方式抑制肿瘤细胞增殖 | 首次系统表征胃癌来源DN-TILs的表型特征和抗癌功能，发现其具有MHC非依赖性细胞毒性 | 研究主要基于体外实验和异种移植模型，尚未进行临床试验验证 | 研究实体瘤中CD4-/CD8-双阴性TILs的特征和功能 | 胃癌组织来源的CD3+CD4-CD8- TILs | 免疫学 | 胃癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 异种移植模型 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 从胃癌组织扩增的DN-TILs（7028个细胞进行单细胞测序） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04733-y
PMID:37071208
|
研究论文 | 本研究揭示了HDAC抑制剂多马替司他通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α产生，从而抑制默克尔细胞癌细胞增殖并诱导凋亡的机制 | 首次发现HDAC抑制剂多马替司他通过抑制HES1转录因子来诱导IFNα表达，阐明了HDACi在默克尔细胞癌中的新型作用机制 | 研究仅使用有限细胞系进行验证，未涉及动物模型或临床样本验证 | 探究HDAC抑制剂多马替司他在默克尔细胞癌中诱导I型干扰素α的分子机制 | 默克尔细胞癌细胞系（MCPyV阳性的WaGa、MKL-1和阴性的UM-MCC 34）及原代成纤维细胞 | 癌症生物学 | 默克尔细胞癌 | RT-qPCR, 流式细胞术, RNA干扰, 单细胞RNA测序分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质水平数据, 细胞功能数据 | 3种默克尔细胞癌细胞系和原代成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-10-06 |
Deep learning applications in single-cell genomics and transcriptomics data analysis
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115077
PMID:37393865
|
综述 | 本文系统回顾了深度学习在单细胞基因组学和转录组学数据分析中的应用 | 系统评估深度学习在单细胞多组学整合和空间转录组学等新兴领域的应用潜力 | 深度学习尚未彻底解决单细胞组学领域最紧迫的挑战，发展进程相对渐进 | 评估深度学习在单细胞组学研究中的优势与挑战 | 单细胞基因组学、转录组学、空间转录组学和多组学整合数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学整合 | 深度学习 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies
2023-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg1812
PMID:37656789
|
研究论文 | 本研究鉴定了一类新型先天免疫细胞VIREMs，证明其能表达单克隆抗体并执行抗原特异性识别功能 | 首次发现髓系细胞能通过基因重组表达抗体，打破了抗体产生仅限于淋巴细胞的传统认知 | 研究样本量有限，需要进一步验证VIREMs在不同疾病中的功能 | 探索先天免疫细胞中新型抗体表达细胞的功能特性 | 健康人血液中的B-VIREMs细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学, 全基因组表观遗传分析, 活细胞成像 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据, 影像数据 | 健康个体血液样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics
2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.21.23295864
PMID:37790472
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学识别与总体、侵袭性和早发性前列腺癌相关的蛋白质组学风险因素 | 首次整合孟德尔随机化、共定位分析和空间转录组学方法系统评估循环蛋白与前列腺癌风险的关联，并识别出多个新型风险蛋白 | 研究主要基于遗传预测的蛋白水平，未直接测量循环蛋白浓度；样本主要来自欧洲和非洲 ancestry 人群 | 识别与前列腺癌风险相关的循环蛋白，揭示关键生物学通路并发现新的癌症预防靶点 | 前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性病例） | 生物信息学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化, 共定位分析, 空间转录组学, GWAS | NA | 遗传数据, 转录组数据, 临床数据 | 两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲 ancestry） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Camel nanobody-based B7-H3 CAR-T cells show high efficacy against large solid tumours
2023-09-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41631-w
PMID:37739951
|
研究论文 | 本研究开发了基于骆驼纳米抗体的B7-H3 CAR-T细胞，在大型实体瘤中展现出高效抗肿瘤活性 | 首次发现针对B7-H3蛋白IgC结构域的骆驼纳米抗体比IgV结构域能产生更有效的CAR-T细胞抗肿瘤活性 | 研究仅在雌性小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证 | 优化基于抗原表位识别的CAR-T细胞免疫疗法 | B7-H3跨膜蛋白的IgC和IgV表位结构域 | 免疫治疗 | 实体瘤 | 单细胞转录组RNA测序，T细胞蛋白质组学分析 | CAR-T细胞疗法 | RNA测序数据，蛋白质组学数据 | 雌性小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545
PMID:37690024
|
研究论文 | 本文描述了一种富集和鉴定线粒体启动干细胞的方法 | 开发了使用环境致癌物富集线粒体启动干细胞并通过单细胞分析进行鉴定的新方案 | NA | 建立线粒体启动干细胞的富集和鉴定方法 | 人类皮肤角质形成细胞谱系中的干细胞 | 单细胞分析 | 皮肤癌 | 单细胞转录组学, 单细胞显微镜分析 | NA | 基因表达数据, 显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞显微镜 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
Germ cells do not progress through spermatogenesis in the infertile zebrafish testis
2023-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.05.556432
PMID:37732254
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术构建斑马鱼睾丸发育图谱，揭示睾丸衰老过程中的细胞变化 | 首次在斑马鱼中构建睾丸单细胞发育图谱，揭示了不育睾丸中生殖细胞发育停滞和免疫细胞增加的分子特征 | 研究仅基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 探究脊椎动物精子发生的分子和细胞机制，特别是与生育启动相关的过程 | 斑马鱼睾丸组织 | 单细胞生物学 | 不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个成年斑马鱼时间点的睾丸样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |