单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-13	Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41749-x PMID:37770450	研究论文	研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用	通过空间转录组学技术，识别了与细胞类型相关的基因表达模式，并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联	NA	探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用	小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元	神经科学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠体感皮层样本
22	2024-10-13	scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41795-5 PMID:37770437	研究论文	本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法，通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果	本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合，而不是将其视为干扰因素	NA	研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果	单细胞RNA测序和ATAC测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据	七个多组学数据集
23	2024-10-11	Artificial Intelligence Models for Cell Type and Subtype Identification Based on Single-Cell RNA Sequencing Data in Vision Science 2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3284795 PMID:37294649	综述	本文综述了基于单细胞RNA测序数据在视觉科学中使用人工智能技术进行细胞类型和亚型识别的最新进展	介绍了人工智能在细胞类型识别中的应用，提供了更快、更准确和用户友好的方法	开发新的单细胞RNA测序数据分析方法仍然是未来研究需要解决的问题	帮助视觉科学家选择合适的单细胞RNA测序数据集和计算工具进行分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
24	2024-10-02	Simultaneous estimation of gene regulatory network structure and RNA kinetics from single cell gene expression 2023-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.21.558277 PMID:37790443	研究论文	开发了一种深度学习模型，通过单细胞RNA测序数据同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数	首次将深度学习模型应用于同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数，并展示了其在预测基因表达状态和模拟转录因子变化效果方面的优越性	NA	构建一个完整的、预测性的生物物理模型，用于基因表达调控	基因调控网络结构和RNA动力学参数	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	175,000个单细胞
25	2024-10-02	Single-Nucleus RNA-Seq: Open the Era of Great Navigation for FFPE Tissue 2023-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241813744 PMID:37762049	综述	本文综述了单核RNA测序（snRNA-seq）在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的应用及其技术进展	snRNA-seq技术减少了离子化转录偏差，适用于更丰富的样本，为深入探索FFPE组织提供了新机会	本文总结了snRNA-seq在FFPE样本中的局限性和潜在技术发展	探讨单核RNA测序技术在福尔马林固定石蜡包埋组织中的应用	单核RNA测序技术及其在FFPE组织中的应用	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
26	2024-09-30	Hormonal gatekeeping via the blood-brain barrier governs caste-specific behavior in ants 2023-09-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.08.002 PMID:37683635	研究论文	揭示血脑屏障在调节蚂蚁复杂社会行为中的新作用	发现血脑屏障中的关键激素降解酶——保幼激素酯酶（Jhe）在调节蚂蚁社会行为中的作用	研究主要集中在蚂蚁和果蝇，未涉及其他物种	探讨血脑屏障在调节蚂蚁社会行为中的作用	蚂蚁和果蝇的血脑屏障及保幼激素酯酶	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	蚂蚁和果蝇的样本
27	2024-09-28	Modeling idiopathic autism in forebrain organoids reveals an imbalance of excitatory cortical neuron subtypes during early neurogenesis 2023-09, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01399-0 PMID:37563294	研究论文	使用皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍（ASD）患者前脑发育的改变	首次通过皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变，揭示了兴奋性皮质神经元亚型在早期神经发生中的不平衡	未发现基因组变异解释观察到的转录组改变	研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变及其潜在机制	自闭症谱系障碍患者及其未受影响的父亲的前脑发育	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	13个家庭的自闭症谱系障碍男孩及其未受影响的父亲
28	2024-09-27	Single-cell assignment using multiple-adversarial domain adaptation network with large-scale references 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100577 PMID:37751689	研究论文	介绍了一种名为SELINA的单细胞RNA-seq数据注释框架，利用多对抗域适应网络和预先整理的参考图谱进行细胞类型注释	提出了SELINA框架，通过多对抗域适应网络消除批次效应，并使用合成少数类过采样技术增强稀有细胞类型的注释	NA	开发一种能够准确注释单细胞RNA-seq数据的自动化框架	单细胞RNA-seq数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	多对抗域适应网络	单细胞RNA-seq数据	170万细胞，涵盖230种不同的人类细胞类型
29	2024-09-27	Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm 2023-09-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.024 PMID:37751684	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞高效生成咽前肠内胚层的方法，并对其进行了分子表征	开发了一种高效的逐步分化方法，并引入了计算分类工具CellMatch，用于确认细胞成熟度	NA	研究与咽部发育和器官发生相关的人类综合征，并提供疾病相关位点和基因调控网络的研究方法	人类咽前肠内胚层及其衍生物	NA	NA	转录组分析、染色质分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
30	2024-09-27	Inferring single-cell transcriptomic dynamics with structured latent gene expression dynamics 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100581 PMID:37708894	研究论文	本文提出了一种名为LatentVelo的方法，利用深度学习计算单细胞RNA测序数据的基因表达动态的低维表示	LatentVelo通过变分自编码器将细胞嵌入潜在空间，并使用神经常微分方程在基于动态的潜在空间中建模分化动态，能够推断潜在的调节状态以模拟多个谱系	NA	开发一种新的方法来推断单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器，神经常微分方程	单细胞RNA测序数据	NA
31	2024-09-27	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	研究论文	本文提出了一种基于图深度学习模型的方法，用于联合细胞分割和分子注释，以解决空间转录组学数据中的细胞边界确定问题	本文提出的方法利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，并通过转移图嵌入作为多模态输入的一部分来丰富基因关系	NA	解决空间转录组学数据中的细胞分割和注释问题	空间转录组学数据中的细胞分割和分子注释	机器学习	NA	图深度学习	图深度学习模型	空间转录组学数据	涉及多种空间技术和组织类型的数据
32	2024-09-27	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别并验证了26个基因的表达特征，这些基因在胃肠道化生（GIM）的高风险前体细胞中表达，可能预示胃癌（GC）的风险	本研究首次通过多组学整合方法识别出26个基因的表达特征，这些基因在GIM的高风险前体细胞中表达，为胃癌的预防和早期检测提供了新的分子标志物	本研究样本量较小，且仅限于特定的GIM和GC样本，未来需要更大规模的验证	识别胃肠道化生（GIM）中高风险胃癌（GC）前体的分子标志物，以改进癌症预防策略	胃肠道化生（GIM）和胃癌（GC）的临床和基因组数据	基因组学	胃癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单分子多重荧光原位杂交（smFISH）	NA	基因表达数据	共涉及303个GIM样本、198个癌症基因组图谱样本、40个scRNA-seq数据样本和5个空间验证样本
33	2024-09-27	Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina 2023-Sep-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1 PMID:37790324	研究论文	研究斑马鱼视网膜损伤后神经再生的基因调控网络	揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的差异，以及视网膜再生与发育之间的差异	NA	探讨斑马鱼视网膜损伤后神经再生的机制及其与发育过程的异同	斑马鱼视网膜损伤后的神经再生过程	发育生物学	NA	单核RNA测序和单细胞RNA测序，ATAC测序	NA	基因表达数据	发育和再生视网膜样本
34	2024-09-27	Single-cell multi-omics defines the cell-type-specific impact of splicing aberrations in human hematopoietic clonal outgrowths 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.012 PMID:37582363	研究论文	本文通过整合基因型转录组学（GoT）与长读长单细胞转录组学和蛋白质组学，研究了人类造血克隆性增殖中剪接异常的细胞类型特异性影响	本文创新性地应用了GoT-Splice技术，结合单细胞多组学分析，揭示了SF3B1突变在不同造血祖细胞群体中的隐秘3'剪接位点使用情况及其在红细胞分化过程中的阶段特异性异常剪接	本文主要集中在SF3B1突变相关的骨髓增生异常综合征（MDS）患者样本，未来研究可以扩展到其他类型的血液疾病和突变	研究剪接因子突变在人类造血克隆性增殖中的细胞类型特异性影响	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	基因型转录组学（GoT）、长读长单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组、表面蛋白、体细胞突变、RNA剪接	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞样本
35	2024-09-27	TGF-β1 mediates tumor immunosuppression aggravating at the late stage post-high-light-dose photodynamic therapy 2023-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03479-3 PMID:37351605	研究论文	本研究探讨了光动力疗法（PDT）后肿瘤微环境中免疫状态的动态变化，揭示了高剂量PDT诱导的早期免疫激活和晚期免疫抑制的机制	首次系统阐述了高剂量PDT后免疫抑制的机制，并提出了TGF-β阻断治疗策略作为逆转免疫抑制的潜在组合策略	研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未进行临床试验验证	揭示光动力疗法后肿瘤免疫抑制的机制，并提出改进策略	光动力疗法后的肿瘤微环境及免疫状态变化	肿瘤学	肿瘤	光动力疗法	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
36	2024-09-26	Towards Universal Cell Embeddings: Integrating Single-cell RNA-seq Datasets across Species with SATURN 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.526939 PMID:36778387	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型和RNA表达来整合不同物种的单细胞RNA测序数据	SATURN能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，重新定义了跨物种分析的差异表达，并展示了其在跨物种注释转移和细胞类型识别中的有效性	NA	开发一种能够整合跨物种单细胞RNA测序数据的方法，以揭示细胞类型的进化保守性和多样性	跨物种的单细胞RNA测序数据，包括三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	涉及三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据
37	2024-09-26	Novel human pluripotent stem cell-derived hypothalamus organoids demonstrate cellular diversity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107525 PMID:37646018	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）衍生出的下丘脑类器官分化协议，用于模拟该脑区的细胞多样性	首次建立了从hPSCs衍生出的下丘脑类器官分化协议，并使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了成熟下丘脑类器官中多样化的神经元和非神经元细胞类型	NA	研究下丘脑的发育及其在疾病建模中的应用，以开发针对下丘脑相关疾病的新疗法	人类多能干细胞衍生的下丘脑类器官及其细胞多样性	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了一个带有酪氨酸羟化酶（TH）-TdTomato报告基因的hPSC系，用于多巴胺能神经元（DNs）和其他TH表达细胞的研究
38	2024-09-26	MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in bioconductor 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad550 PMID:37698995	研究论文	本文介绍了一个名为MoleculeExperiment的R/Bioconductor包，用于处理分子级空间组学数据	开发了MoleculeExperiment包，标准化了不同成像技术下的分子级数据，并简化了数据转换过程	NA	开发一个一致的数据结构标准，用于分子级空间组学数据的分析	分子级空间组学数据	生物信息学	NA	成像技术	NA	分子级数据	NA
39	2024-09-26	Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomes with graph autoencoder model 2023-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010942 PMID:37703293	研究论文	提出了一种基于图自编码器的深度学习模型DeepRIG，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	DeepRIG模型通过构建先验调控图并利用图自编码器嵌入全局调控信息，能够准确重建基因调控网络并超越现有方法	NA	推断单细胞转录组数据中的基因调控网络	基因调控关系和多基因协作关联	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图自编码器	基因表达数据	涉及人类外周血单核细胞和三阴性乳腺癌样本
40	2024-09-26	Omni-Seg: A Scale-Aware Dynamic Network for Renal Pathological Image Segmentation 2023-09, IEEE transactions on bio-medical engineering DOI:10.1109/TBME.2023.3260739 PMID:37030838	研究论文	提出了一种名为Omni-Seg的尺度感知动态网络，用于肾病理图像的语义分割	引入了一种新颖的尺度感知控制器，将动态神经网络从单尺度扩展到多尺度；采用半监督一致性正则化方法，将未标注组织类型的跨尺度相关性建模到一个端到端的训练范式中；展示了在人类肾脏图像上训练的模型可以直接应用于小鼠肾脏图像，无需重新训练	NA	解决肾病理图像中由于对象尺度异质性导致的分割难题	肾病理图像中的六种组织类型	计算机视觉	NA	NA	动态神经网络	图像	150,000个人类病理图像块，涵盖六种组织类型，三种不同分辨率