单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-07 |
AtacAnnoR: a reference-based annotation tool for single cell ATAC-seq data
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad268
PMID:37497729
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研究论文 | 本文介绍了一种基于参考的单细胞ATAC-seq数据注释工具AtacAnnoR | AtacAnnoR采用两轮注释方法，使用高质量注释的scRNA-seq数据作为参考，并实现了'Combine and Discard'策略以提高多参考注释的准确性 | NA | 开发和评估一种新的单细胞ATAC-seq数据注释方法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | 11个基准数据集 |
| 362 | 2024-08-07 |
Combining single-cell RNA sequencing with spatial transcriptome analysis reveals dynamic molecular maps of cambium differentiation in the primary and secondary growth of trees
2023-09-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100665
PMID:37491818
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了树木初生和次生生长过程中形成层分化的转录组图谱 | 研究首次详细比较了初生和次生生长组织的细胞图谱和分化轨迹，揭示了不同的调控网络 | NA | 深入理解树木初生和次生生长过程中的细胞身份和分化过程 | 树木初生和次生生长组织中的形成层分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及杨树茎部的初生和次生生长组织 |
| 363 | 2024-08-05 |
Voltage-Seq: all-optical postsynaptic connectome-guided single-cell transcriptomics
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01965-1
PMID:37474808
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研究论文 | 本研究介绍了一种新方法Voltage-Seq，通过全光学技术对神经元连接进行功能特征化，为单细胞转录组学提供指导 | 创新点在于结合全光学电压成像和单细胞RNA测序，能够基于特定的突触后反应类型精准选取神经元 | 本研究的局限性可能在于仅使用小鼠模型，不能代表其他物种或更广泛的生理条件 | 本研究的目的是开发一种新方法，以改进神经元的信息路由分析 | 研究对象为小鼠的周脑导水管灰质中的8347个神经元 | 数字病理学 | NA | 全光学电压成像，单细胞RNA测序 | NA | 神经元电活动数据 | 8347个神经元 |
| 364 | 2024-08-05 |
FTO-mediated m6A modification alleviates autoimmune uveitis by regulating microglia phenotypes via the GPC4/TLR4/NF-κB signaling axis
2023-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2022.09.008
PMID:37492748
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研究论文 | 本研究探讨了FTO介导的m6A修饰如何通过GPC4/TLR4/NF-κB信号轴调控小胶质细胞表型，从而缓解自身免疫性葡萄膜炎 | 揭示了FTO在小胶质细胞中的作用及其通过GPC4/TLR4/NF-κB通路调节炎症的机制 | 尚未在临床样本中进行全面验证，且对FTO的治疗潜力需要进一步研究 | 研究FTO在自身免疫性葡萄膜炎中的作用及其机制 | 研究对象为小胶质细胞及其在自身免疫性葡萄膜炎中的表现 | 数字病理学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞测序(scRNA-seq)和RNA测序(RNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 以小鼠模型和人小胶质细胞克隆3(HMC3)细胞为样本进行验证 |
| 365 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome, phagocytic activity and immunohistochemical analysis of crucian carp (Carassius auratus) in response to Rahnella aquatilis infection
2023-Sep, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2023.108970
PMID:37488042
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研究论文 | 研究报道了感染拉恩氏菌的鲫鱼后肾的单细胞转录组景观、免疫组织化学和吞噬特性 | 首次详细描述了鲫鱼免疫细胞和宿主-拉恩氏菌相互作用，有助于理解鲤科鱼类肾脏免疫细胞的生物学特性和潜在标记 | NA | 阐明鲫鱼在拉恩氏菌感染下的免疫细胞和细胞标记 | 鲫鱼的后肾免疫细胞及其在拉恩氏菌感染下的反应 | NA | NA | 单细胞转录组测序、免疫组织化学、TUNEL检测 | NA | 单细胞转录组数据 | 18种主要的免疫细胞群，包括单核细胞/巨噬细胞、树突状细胞、B细胞、T细胞、粒细胞和造血祖细胞 |
| 366 | 2024-08-05 |
Spatial-MGCN: a novel multi-view graph convolutional network for identifying spatial domains with attention mechanism
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad262
PMID:37466210
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研究论文 | 本文提出了一种名为Spatial-MGCN的新型深度学习方法，用于识别空间域 | 该方法结合了注意力机制的多视角图卷积网络，能够自适应学习基因表达与空间信息之间的复杂关系 | 本文未提及具体的限制条件 | 研究旨在通过有效整合基因表达谱与空间信息来准确识别空间域 | 研究对象为基因表达谱和空间信息 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多视角图卷积网络 | 基因表达数据 | NA |
| 367 | 2024-08-07 |
Integrated analysis reveals Atf3 promotes neuropathic pain via orchestrating JunB mediated release of inflammatory cytokines in DRG macrophage
2023-Sep-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.121939
PMID:37451398
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研究论文 | 本研究通过综合分析揭示了Atf3通过调控JunB介导的炎症细胞因子释放促进背根神经节（DRG）巨噬细胞中的神经病理性疼痛（NP） | 首次揭示了Atf3通过JunB介导的炎症细胞因子释放机制在DRG巨噬细胞中促进神经病理性疼痛的作用 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步的人体实验验证 | 探讨背根神经节在神经病理性疼痛中的调控机制 | 背根神经节（DRG）中的免疫相关基因（IRGs）和巨噬细胞 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了来自神经损伤（SNI）模型小鼠的DRG样本 |
| 368 | 2024-08-05 |
Siglec-9 acts as an immune-checkpoint molecule on macrophages in glioblastoma, restricting T-cell priming and immunotherapy response
2023-09, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00598-9
PMID:37460871
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研究论文 | 这篇文章研究了Siglec-9作为胶质母细胞瘤中巨噬细胞的免疫检查点分子。 | 本研究首次揭示了Siglec-9在胶质母细胞瘤中作为免疫检查点分子的作用，并探讨了其对T细胞活化和免疫治疗反应的限制。 | 研究局限于小鼠模型，可能无法完全反映人类患者的反应。 | 本研究旨在探索胶质母细胞瘤中的免疫调节机制并提高免疫治疗效果。 | 研究对象为接受过新辅助抗PD-1治疗的胶质母细胞瘤患者及相应的小鼠模型。 | 数字病理学 | 胶质癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 研究涉及的样本数量及类型不详 |
| 369 | 2024-08-05 |
Transmorph: a unifying computational framework for modular single-cell RNA-seq data integration
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad069
PMID:37448589
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研究论文 | 提出了一个用于整合单细胞RNA测序数据的统一计算框架 | 提供一个灵活的软件生态系统，以便用户针对特定场景构建强大的数据集成管道 | 针对多种特定场景时的灵活性不足仍可能存在问题 | 解决单细胞RNA测序数据整合中的多种实际挑战 | 单细胞RNA测序数据集的整合 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 370 | 2024-08-05 |
CD4 Phenotypes Are Associated with Reduced Expansion of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Melanoma Patients Treated with Adoptive Cell Therapy
2023-09-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300250
PMID:37466381
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研究论文 | 本研究探讨了CD4表型与黑色素瘤患者肿瘤浸润淋巴细胞扩展的关系 | 发现CD4+细胞频率与TIL扩展呈负相关，为肿瘤浸润淋巴细胞的疗效提供了新见解 | 研究可能受到患者样本量和特定基因表达变化的局限 | 评估影响肿瘤浸润淋巴细胞扩展的相关因素 | 黑色素瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 通过中位数分组的黑色素瘤患者数据，包括'TIL高'和'TIL低'患者 |
| 371 | 2024-08-07 |
Oxidised IL-33 drives COPD epithelial pathogenesis via ST2-independent RAGE/EGFR signalling complex
2023-09, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02210-2022
PMID:37442582
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研究论文 | 研究氧化型IL-33在慢性阻塞性肺病（COPD）上皮病理过程中的作用及其通过非ST2依赖的RAGE/EGFR信号复合体的影响 | 首次揭示IL-33、RAGE和EGFR在气道上皮中通过非ST2依赖途径共同作用，影响COPD中的异常上皮重塑和黏液阻塞特征 | NA | 探究氧化型IL-33在气道上皮中的功能活性是否独立于ST2 | 健康和COPD上皮细胞的三维气液界面（ALI）细胞培养模型 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | RNA测序 | NA | 细胞 | 来自严重COPD患者的气道上皮细胞 |
| 372 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of CX3CR1+ Cells Reveals a Pathogenic Role for BIRC5+ Myeloid Proliferating Cells Driven by Staphylococcus aureus Leukotoxins
2023-09-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300166
PMID:37466391
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，分析了CX3CR1+细胞在感染过程中的作用，特别是BIRC5+髓系细胞在金黄色葡萄球菌感染中的致病角色 | 首次揭示了BIRC5+髓系细胞在金黄色葡萄球菌感染中的致病作用，并发现这些细胞的扩增依赖于毒素 | 研究仅限于小鼠模型，且未探讨人类中的相关性 | 探究CX3CR1+细胞在感染中的作用及BIRC5+髓系细胞的致病机制 | CX3CR1+细胞和BIRC5+髓系细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的CX3CR1+细胞 |
| 373 | 2024-08-05 |
Identifying mitophagy-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of gastric carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107227
PMID:37413850
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序数据和转录组学筛选与胃癌进展相关的线粒体自噬基因并分析其临床价值 | 提出了GABARAPL2和CDC37作为胃癌的预后生物标志物和候选治疗靶标的创新观点 | 没有明确提到研究的局限性 | 寻找与胃癌预后相关的新型预测生物标志物 | 与胃癌进展相关的线粒体自噬基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序和转录组学 | NA | 基因表达数据 | 确定了18个差异表达的线粒体自噬基因 |
| 374 | 2024-08-05 |
Molecular phylogenetics of sessile Dolium sedentarium, a petalomonad euglenid
2023 Sep-Oct, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12991
PMID:37424051
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研究论文 | 本文报告了Dolium sedentarium的分子测序数据，为euglenid的进化提供了新的见解 | 首次使用单细胞转录组学对Dolium进行分子序列分析 | 关于Dolium sedentarium的分子数据仍然稀少 | 探讨euglenid的进化及分子和形态数据的关系 | 研究对象为Dolium sedentarium，一种稀有的摄食性euglenid | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 分子序列数据 | NA |
| 375 | 2024-08-05 |
State of CD8+ T cells in progression from nonalcoholic steatohepatitis to hepatocellular carcinoma: From pathogenesis to immunotherapy
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115131
PMID:37429231
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研究论文 | 探讨了CD8+ T细胞在从非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展到肝细胞癌（HCC）过程中的状态 | 该研究揭示了NASH驱动的HCC中CD8 T细胞状态的特征和机制 | 对CD8 T细胞状态的具体机制理解仍不够全面 | 研究NASH对CD8 T细胞状态的影响及其在HCC中的作用 | 重点关注NASH驱动的纤维化和HCC中的CD8 T细胞状态表型 | 免疫疗法 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 376 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics of Bone Marrow Stromal Cells in Diversity Outbred Mice: A Model for Population-Level scRNA-Seq Studies
2023-09, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4882
PMID:37436066
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析了多样性散系小鼠的骨髓基质细胞的转录组 | 提出了一种新的模型，使用骨髓来源的基质细胞生成特定细胞类型的转录组特征，适用于群体水平的基因研究 | 主要聚焦于小鼠模型，可能未能完全代表人类骨骼生物学 | 确定BMSCs是否可以作为生成大规模小鼠群体中特定细胞类型转录组特征的模型 | 使用来自五只多样性散系小鼠的骨髓来源的基质细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 五只多样性散系小鼠的样本 |
| 377 | 2024-08-05 |
Inferring regulators of cell identity in the human adult pancreas
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad068
PMID:37435358
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研究论文 | 本研究探讨了人类成人胰腺中细胞身份的转录因子及其基因调控网络 | 综合多个单细胞RNA测序数据集，重建了人类成人胰腺的基因调控网络，从而识别细胞身份的调节因子 | 尚未探索人类成人胰腺的全部转录因子和基因调控网络 | 研究人类成人胰腺细胞身份的转录因子和调控机制 | 7393个成人胰腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7393个细胞 |
| 378 | 2024-08-07 |
MTGDC: A Multi-Scale Tensor Graph Diffusion Clustering for Single-Cell RNA Sequencing Data
2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3293112
PMID:37418411
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度张量图扩散聚类（MTGDC）方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测 | 设计了一种多尺度亲和学习方法来构建细胞间的全连接图，并提出了一个有效的张量图扩散学习框架来学习多尺度亲和矩阵之间的高阶信息 | NA | 开发新的计算方法以匹配单细胞RNA测序技术，从而在不同细胞群中检测细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 张量图扩散聚类 | RNA测序数据 | NA |
| 379 | 2024-08-07 |
Cancer stem cells promote lymph nodes metastasis of breast cancer by reprogramming tumor microenvironment
2023-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2023.101733
PMID:37421907
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研究论文 | 本研究探讨了乳腺癌干细胞（CSCs）如何通过重编程肿瘤免疫微环境（TIME）促进淋巴结转移（LNM） | 揭示了具有高干细胞特性的RAC2和PTTG1双阳性CSCs在转移性淋巴结中的富集，并假设这些CSCs通过激活特定的转移相关转录因子和信号通路促进转移 | NA | 阐明乳腺癌干细胞如何重编程肿瘤免疫微环境以促进淋巴结转移 | 乳腺癌干细胞、肿瘤免疫微环境、淋巴结转移 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自本机构的患者原发性肿瘤和相应转移性淋巴结样本 |
| 380 | 2024-08-07 |
Novel cell subtypes of SPP1 + S100P+, MS4A1-SPP1 + S100P+ were key subpopulations in intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2023.130420
PMID:37433400
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，探索了肝内胆管癌（iCCA）中的细胞异质性，并利用MSigDB和CIBERSORTx分析了主要细胞类型的通路及其相互关系，进一步探讨了细胞亚型与生存的相关性。 | 发现了iCCA中独特的免疫生态系统，并识别了新的细胞亚型SPP1+ S100P+和MS4A1-SPP1+ S100P+作为关键亚群。 | NA | 研究肝内胆管癌中的细胞异质性和细胞亚型与生存的相关性。 | 肝内胆管癌（iCCA）中的细胞亚型及其与生存的关系。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 组织微阵列队列中的多个样本 |