单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-05 |
Deep learning exploration of single-cell and spatially resolved cancer transcriptomics to unravel tumour heterogeneity
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107274
PMID:37506451
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研究论文 | 本研究探讨了深度学习在单细胞和空间转录组学中的应用，以揭示肿瘤异质性 | 提出了利用深度学习框架解决单细胞和空间转录组数据挑战的新方法 | 单细胞转录组数据噪声大，稀疏特性和掉失可能导致基因表达解读错误 | 旨在利用深度学习探讨肿瘤异质性 | 研究对象为肿瘤细胞的转录组数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序和空间转录组测序 | 深度学习框架 | 转录组数据 | NA |
| 362 | 2024-08-05 |
[Interactions between vascular endothelium and immune cells: A key control point of radiation-induced digestive lesions]
2023-Sep, Cancer radiotherapie : journal de la Societe francaise de radiotherapie oncologique
IF:1.5Q3
DOI:10.1016/j.canrad.2023.06.013
PMID:37516639
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研究论文 | 本研究探讨了血管内皮与免疫细胞之间的相互作用在放射性诱导的消化损伤中的关键作用 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，对组织内异质细胞群体进行综合研究，揭示了细胞间的相互作用网络 | 当前研究对临床人类样本的应用仍有限，系统学挑战仍待解决 | 理解放射性诱导消化损伤的病理机制及细胞通信网络 | 异质性细胞群体，包括上皮细胞、免疫细胞和内皮细胞等 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 363 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing: New insights for intervertebral disc degeneration
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115224
PMID:37516017
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review | 本综述介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在椎间盘退变（IVDD）研究中的应用 | 首次介绍了scRNA-seq技术在IVDD中的应用，重点是最新研究中细胞类型群体和细胞间相互作用的定义 | NA | 研究IVDD的生物机制，特别是细胞异质性及其与炎症的关系 | IVDD中的主要靶细胞，包括髓核细胞、纤维环细胞、软骨终板细胞和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 364 | 2024-08-05 |
CL-Impute: A contrastive learning-based imputation for dropout single-cell RNA-seq data
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107263
PMID:37531858
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研究论文 | 本文提出了一种新颖的方法CL-Impute，用于估计缺失的基因数据 | CL-Impute模型利用对比学习和自注意力网络来解决高缺失率下的scRNA-seq数据插补问题 | 目前尚未提到CL-Impute在特定应用场景中的表现，可能在实际应用中有不确定性 | 研究如何通过无依赖的方式处理单细胞RNA测序中的缺失数据 | 缺失基因数据的插补任务 | 数字病理学 | NA | 对比学习 | 自注意力网络 | 单细胞RNA-seq数据 | 四个基准数据集的实验结果 |
| 365 | 2024-08-07 |
Atonal homolog 7 (ATOH7) confers neuroprotection for photoreceptor cells in glaucoma via inhibition of the notch pathway
2023-09, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.15905
PMID:37526008
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据，揭示了青光眼相关的基因及其下游具有神经保护作用的通路 | 首次发现ATOH7基因通过抑制Notch信号通路在青光眼中对光感受器细胞具有神经保护作用 | 研究主要基于体外细胞实验和单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证 | 探究青光眼中光感受器细胞的神经保护机制 | 人类和ATOH7基因敲除小鼠的视网膜组织样本 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类视网膜组织样本中获得74个顶级标记基因和20个细胞集群，ATOH7基因敲除小鼠视网膜组织样本中进行伪时间推断 |
| 366 | 2024-08-07 |
Glyoxal as an alternative fixative for single-cell RNA sequencing
2023-09-30, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad160
PMID:37494060
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研究论文 | 本文开发并测试了使用甘油醛作为固定剂进行单细胞RNA测序的协议 | 提出甘油醛作为单细胞RNA测序的新型固定剂，有效保留了细胞转录组状态 | NA | 探索甘油醛作为单细胞RNA测序固定剂的效果 | 果蝇和人类细胞的转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 果蝇和人类细胞 |
| 367 | 2024-08-07 |
AtacAnnoR: a reference-based annotation tool for single cell ATAC-seq data
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad268
PMID:37497729
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研究论文 | 本文介绍了一种基于参考的单细胞ATAC-seq数据注释工具AtacAnnoR | AtacAnnoR采用两轮注释方法，使用高质量注释的scRNA-seq数据作为参考，并实现了'Combine and Discard'策略以提高多参考注释的准确性 | NA | 开发和评估一种新的单细胞ATAC-seq数据注释方法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | 11个基准数据集 |
| 368 | 2024-08-07 |
Combining single-cell RNA sequencing with spatial transcriptome analysis reveals dynamic molecular maps of cambium differentiation in the primary and secondary growth of trees
2023-09-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100665
PMID:37491818
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了树木初生和次生生长过程中形成层分化的转录组图谱 | 研究首次详细比较了初生和次生生长组织的细胞图谱和分化轨迹，揭示了不同的调控网络 | NA | 深入理解树木初生和次生生长过程中的细胞身份和分化过程 | 树木初生和次生生长组织中的形成层分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及杨树茎部的初生和次生生长组织 |
| 369 | 2024-08-05 |
Voltage-Seq: all-optical postsynaptic connectome-guided single-cell transcriptomics
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01965-1
PMID:37474808
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研究论文 | 本研究介绍了一种新方法Voltage-Seq，通过全光学技术对神经元连接进行功能特征化，为单细胞转录组学提供指导 | 创新点在于结合全光学电压成像和单细胞RNA测序，能够基于特定的突触后反应类型精准选取神经元 | 本研究的局限性可能在于仅使用小鼠模型，不能代表其他物种或更广泛的生理条件 | 本研究的目的是开发一种新方法，以改进神经元的信息路由分析 | 研究对象为小鼠的周脑导水管灰质中的8347个神经元 | 数字病理学 | NA | 全光学电压成像，单细胞RNA测序 | NA | 神经元电活动数据 | 8347个神经元 |
| 370 | 2024-08-05 |
FTO-mediated m6A modification alleviates autoimmune uveitis by regulating microglia phenotypes via the GPC4/TLR4/NF-κB signaling axis
2023-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2022.09.008
PMID:37492748
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研究论文 | 本研究探讨了FTO介导的m6A修饰如何通过GPC4/TLR4/NF-κB信号轴调控小胶质细胞表型，从而缓解自身免疫性葡萄膜炎 | 揭示了FTO在小胶质细胞中的作用及其通过GPC4/TLR4/NF-κB通路调节炎症的机制 | 尚未在临床样本中进行全面验证，且对FTO的治疗潜力需要进一步研究 | 研究FTO在自身免疫性葡萄膜炎中的作用及其机制 | 研究对象为小胶质细胞及其在自身免疫性葡萄膜炎中的表现 | 数字病理学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞测序(scRNA-seq)和RNA测序(RNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 以小鼠模型和人小胶质细胞克隆3(HMC3)细胞为样本进行验证 |
| 371 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome, phagocytic activity and immunohistochemical analysis of crucian carp (Carassius auratus) in response to Rahnella aquatilis infection
2023-Sep, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2023.108970
PMID:37488042
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研究论文 | 研究报道了感染拉恩氏菌的鲫鱼后肾的单细胞转录组景观、免疫组织化学和吞噬特性 | 首次详细描述了鲫鱼免疫细胞和宿主-拉恩氏菌相互作用，有助于理解鲤科鱼类肾脏免疫细胞的生物学特性和潜在标记 | NA | 阐明鲫鱼在拉恩氏菌感染下的免疫细胞和细胞标记 | 鲫鱼的后肾免疫细胞及其在拉恩氏菌感染下的反应 | NA | NA | 单细胞转录组测序、免疫组织化学、TUNEL检测 | NA | 单细胞转录组数据 | 18种主要的免疫细胞群，包括单核细胞/巨噬细胞、树突状细胞、B细胞、T细胞、粒细胞和造血祖细胞 |
| 372 | 2024-08-05 |
Spatial-MGCN: a novel multi-view graph convolutional network for identifying spatial domains with attention mechanism
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad262
PMID:37466210
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研究论文 | 本文提出了一种名为Spatial-MGCN的新型深度学习方法，用于识别空间域 | 该方法结合了注意力机制的多视角图卷积网络，能够自适应学习基因表达与空间信息之间的复杂关系 | 本文未提及具体的限制条件 | 研究旨在通过有效整合基因表达谱与空间信息来准确识别空间域 | 研究对象为基因表达谱和空间信息 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多视角图卷积网络 | 基因表达数据 | NA |
| 373 | 2024-08-07 |
Integrated analysis reveals Atf3 promotes neuropathic pain via orchestrating JunB mediated release of inflammatory cytokines in DRG macrophage
2023-Sep-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.121939
PMID:37451398
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研究论文 | 本研究通过综合分析揭示了Atf3通过调控JunB介导的炎症细胞因子释放促进背根神经节（DRG）巨噬细胞中的神经病理性疼痛（NP） | 首次揭示了Atf3通过JunB介导的炎症细胞因子释放机制在DRG巨噬细胞中促进神经病理性疼痛的作用 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步的人体实验验证 | 探讨背根神经节在神经病理性疼痛中的调控机制 | 背根神经节（DRG）中的免疫相关基因（IRGs）和巨噬细胞 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了来自神经损伤（SNI）模型小鼠的DRG样本 |
| 374 | 2024-08-05 |
Siglec-9 acts as an immune-checkpoint molecule on macrophages in glioblastoma, restricting T-cell priming and immunotherapy response
2023-09, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00598-9
PMID:37460871
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研究论文 | 这篇文章研究了Siglec-9作为胶质母细胞瘤中巨噬细胞的免疫检查点分子。 | 本研究首次揭示了Siglec-9在胶质母细胞瘤中作为免疫检查点分子的作用，并探讨了其对T细胞活化和免疫治疗反应的限制。 | 研究局限于小鼠模型，可能无法完全反映人类患者的反应。 | 本研究旨在探索胶质母细胞瘤中的免疫调节机制并提高免疫治疗效果。 | 研究对象为接受过新辅助抗PD-1治疗的胶质母细胞瘤患者及相应的小鼠模型。 | 数字病理学 | 胶质癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 研究涉及的样本数量及类型不详 |
| 375 | 2024-08-05 |
Transmorph: a unifying computational framework for modular single-cell RNA-seq data integration
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad069
PMID:37448589
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研究论文 | 提出了一个用于整合单细胞RNA测序数据的统一计算框架 | 提供一个灵活的软件生态系统，以便用户针对特定场景构建强大的数据集成管道 | 针对多种特定场景时的灵活性不足仍可能存在问题 | 解决单细胞RNA测序数据整合中的多种实际挑战 | 单细胞RNA测序数据集的整合 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 376 | 2024-08-05 |
CD4 Phenotypes Are Associated with Reduced Expansion of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Melanoma Patients Treated with Adoptive Cell Therapy
2023-09-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300250
PMID:37466381
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研究论文 | 本研究探讨了CD4表型与黑色素瘤患者肿瘤浸润淋巴细胞扩展的关系 | 发现CD4+细胞频率与TIL扩展呈负相关，为肿瘤浸润淋巴细胞的疗效提供了新见解 | 研究可能受到患者样本量和特定基因表达变化的局限 | 评估影响肿瘤浸润淋巴细胞扩展的相关因素 | 黑色素瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 通过中位数分组的黑色素瘤患者数据，包括'TIL高'和'TIL低'患者 |
| 377 | 2024-08-07 |
Oxidised IL-33 drives COPD epithelial pathogenesis via ST2-independent RAGE/EGFR signalling complex
2023-09, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02210-2022
PMID:37442582
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研究论文 | 研究氧化型IL-33在慢性阻塞性肺病（COPD）上皮病理过程中的作用及其通过非ST2依赖的RAGE/EGFR信号复合体的影响 | 首次揭示IL-33、RAGE和EGFR在气道上皮中通过非ST2依赖途径共同作用，影响COPD中的异常上皮重塑和黏液阻塞特征 | NA | 探究氧化型IL-33在气道上皮中的功能活性是否独立于ST2 | 健康和COPD上皮细胞的三维气液界面（ALI）细胞培养模型 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | RNA测序 | NA | 细胞 | 来自严重COPD患者的气道上皮细胞 |
| 378 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of CX3CR1+ Cells Reveals a Pathogenic Role for BIRC5+ Myeloid Proliferating Cells Driven by Staphylococcus aureus Leukotoxins
2023-09-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300166
PMID:37466391
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，分析了CX3CR1+细胞在感染过程中的作用，特别是BIRC5+髓系细胞在金黄色葡萄球菌感染中的致病角色 | 首次揭示了BIRC5+髓系细胞在金黄色葡萄球菌感染中的致病作用，并发现这些细胞的扩增依赖于毒素 | 研究仅限于小鼠模型，且未探讨人类中的相关性 | 探究CX3CR1+细胞在感染中的作用及BIRC5+髓系细胞的致病机制 | CX3CR1+细胞和BIRC5+髓系细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的CX3CR1+细胞 |
| 379 | 2024-08-05 |
Identifying mitophagy-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of gastric carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107227
PMID:37413850
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序数据和转录组学筛选与胃癌进展相关的线粒体自噬基因并分析其临床价值 | 提出了GABARAPL2和CDC37作为胃癌的预后生物标志物和候选治疗靶标的创新观点 | 没有明确提到研究的局限性 | 寻找与胃癌预后相关的新型预测生物标志物 | 与胃癌进展相关的线粒体自噬基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序和转录组学 | NA | 基因表达数据 | 确定了18个差异表达的线粒体自噬基因 |
| 380 | 2024-08-05 |
Molecular phylogenetics of sessile Dolium sedentarium, a petalomonad euglenid
2023 Sep-Oct, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12991
PMID:37424051
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研究论文 | 本文报告了Dolium sedentarium的分子测序数据，为euglenid的进化提供了新的见解 | 首次使用单细胞转录组学对Dolium进行分子序列分析 | 关于Dolium sedentarium的分子数据仍然稀少 | 探讨euglenid的进化及分子和形态数据的关系 | 研究对象为Dolium sedentarium，一种稀有的摄食性euglenid | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 分子序列数据 | NA |