单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-07 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data identifies the characteristics of ferroptosis in lumbar disc herniation
2023-Sep-01, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01216-8
PMID:37653201
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别腰椎间盘突出症中铁死亡的特征 | 首次综合利用单细胞和批量RNA测序数据，深入分析了铁死亡在腰椎间盘突出症中的具体影响和相关生物机制 | NA | 旨在揭示铁死亡在腰椎间盘突出症发病机制中的作用 | 腰椎间盘突出症中的铁死亡相关基因和细胞类型 | 数字病理学 | 腰椎间盘突出症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, CIBERSORT算法 | LASSO, SVM-RFE | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 322 | 2024-08-07 |
Differential variability analysis of single-cell gene expression data
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad294
PMID:37598422
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研究论文 | 本文提出并比较了12种统计流程，用于分析单细胞基因表达数据的差异变异性 | 本文首次提出并比较了多种统计方法组合，用于量化和测试细胞间转录变异性的差异 | NA | 确定单细胞基因表达数据差异变异性分析的最佳实践 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19, 自闭症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 高质量的合成scRNA-seq数据集，COVID-19和自闭症患者的scRNA-seq数据集 |
| 323 | 2024-08-07 |
A pan-cancer single-cell panorama of human natural killer cells
2023-09-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.07.034
PMID:37607536
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞RNA测序分析，描绘了来自716名涵盖24种癌症类型的患者的NK细胞在肿瘤微环境中的表型和功能多样性 | 发现了肿瘤相关NK细胞群，这些细胞在肿瘤中富集，表现出受损的抗肿瘤功能，并与不良预后和免疫治疗抵抗相关 | NA | 探究NK细胞在肿瘤微环境中的表型和功能多样性及其在癌症免疫中的作用 | 人类自然杀伤细胞（NK细胞）及其在不同癌症类型中的表现 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 716名癌症患者 |
| 324 | 2024-08-07 |
Deciphering the landscape of transcriptional heterogeneity across cancer
2023-09-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.07.008
PMID:37595585
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研究论文 | 通过整合77项研究和24种癌症类型的scRNA-seq数据集，揭示了癌症中转录异质性的复发性基因表达模式及其功能意义 | 首次大规模整合多个癌症类型的scRNA-seq数据，揭示了癌症转录异质性的复发性模式 | NA | 探索癌症中转录异质性的基因表达模式及其功能意义 | 77项研究和24种癌症类型的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及77项研究和24种癌症类型 |
| 325 | 2024-08-05 |
CellAnn: a comprehensive, super-fast, and user-friendly single-cell annotation web server
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad521
PMID:37610325
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellAnn的参考基础细胞注释网络服务器，具有超快和易于使用的特点 | CellAnn整合了全面的参考数据库和新的簇对簇对齐方法，提供更高的准确性和可扩展性 | 传统的参考基础方法在可扩展性和预处理参考数据集的缺乏上存在局限 | 研究旨在提供一种高效、用户友好的单细胞注释工具 | 研究对象为204个人类和191只小鼠的单细胞数据集，涉及32个器官 | 数字病理 | NA | 单细胞测序 | NA | 数据集 | 204个人类单细胞数据集和191只小鼠单细胞数据集 |
| 326 | 2024-08-05 |
Inhibition of Wnt activity improves peri-implantation development of somatic cell nuclear transfer embryos
2023-Sep, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwad173
PMID:37593113
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研究论文 | 这篇文章探讨了抑制Wnt活性对体细胞核转移(SCNT)胚胎围植入发育的影响 | 首次发现持续的Wnt信号阻碍了外胚层细胞向成熟多能性转变，并通过操控Wnt信号显著提高了克隆效率 | 尚未阐明SCNT胚胎在围植入阶段停滞的潜在机制 | 研究Wnt信号在SCNT胚胎围植入阶段发育中的作用 | 体细胞核转移胚胎的围植入发育 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-08-05 |
MacroH2A restricts inflammatory gene expression in melanoma cancer-associated fibroblasts by coordinating chromatin looping
2023-09, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01208-7
PMID:37605008
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研究论文 | 本文揭示了MacroH2A在黑色素瘤癌相关成纤维细胞中的肿瘤抑制作用 | 首次确定了MacroH2A在肿瘤微环境中的作用及其对基因表达的调节机制 | 本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类黑色素瘤的特点 | 探讨MacroH2A在黑色素瘤微环境中的作用及其机制 | 主要研究黑色素瘤癌相关成纤维细胞及其表型变化 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | NA | 使用了免疫合成小鼠模型进行实验 |
| 328 | 2024-08-05 |
Current status and prospects of GREM1 research in cancer (Review)
2023-Sep, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2023.2665
PMID:37614374
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综述 | 本文回顾了GREM1在癌症中的作用和功能 | 探讨了GREM1在不同类型肿瘤中的不同作用，提供了GREM1作为诊断和预后指标的潜力 | 缺乏对GREM1在所有肿瘤类型中的全面分析 | 研究GREM1在肿瘤中的作用及其生物功能 | 检视GREM1在乳腺癌、结肠癌及其他肿瘤类型的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌、乳腺癌、结肠癌 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-08-07 |
Efficacy of antiviral therapy and host-virus interactions visualised using serial liver sampling with fine-needle aspirates
2023-Sep, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100817
PMID:37600958
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研究论文 | 本文通过使用细针抽吸术进行连续肝脏采样，研究了抗病毒治疗对慢性乙型肝炎患者病毒复制的影响，并揭示了宿主与病毒的相互作用。 | 采用细针抽吸术和单细胞RNA测序技术，捕捉抗病毒治疗对HBV复制状态的动态影响，并揭示了感染肝细胞中的宿主-病原体相互作用。 | 技术限制和采样频率的限制是测量治疗开始后HBV转录实际变化的障碍。 | 研究抗病毒治疗对慢性乙型肝炎患者病毒复制的影响及其机制。 | 慢性乙型肝炎患者的肝脏样本和病毒复制状态。 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 慢性乙型肝炎患者的肝脏细针抽吸样本，基线及治疗后12周和24周。 |
| 330 | 2024-08-07 |
Deciphering colorectal cancer progression features and prognostic signature by single-cell RNA sequencing pseudotime trajectory analysis
2023-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101491
PMID:37601456
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，通过伪时间轨迹分析揭示结直肠癌进展特征和预后标志物 | 本研究首次使用单细胞RNA测序技术结合伪时间轨迹分析，深入研究结直肠癌的肿瘤内异质性和细胞动态事件 | 研究使用的数据集来自单一医疗机构，可能存在样本偏倚 | 探索结直肠癌的进展特征和开发新的预后标志物 | 结直肠癌的肿瘤上皮细胞亚型和相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归 | 单细胞RNA测序数据 | 使用三星医疗中心（SMC）的结直肠癌单细胞RNA测序数据集 |
| 331 | 2024-08-07 |
Homologous recombination deficiency serves as a prognostic biomarker in clear cell renal cell carcinoma
2023-Sep, Experimental and therapeutic medicine
IF:2.4Q3
DOI:10.3892/etm.2023.12128
PMID:37602311
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研究论文 | 本研究探讨了同源重组缺陷（HRD）在肾透明细胞癌（KIRC）中的预后生物标志物作用 | 首次揭示了HRD阳性肿瘤中免疫相关信号通路的激活以及肿瘤微环境中耗竭的CD8+ T细胞信号的富集 | NA | 研究HRD在KIRC中的预后价值及其对肿瘤微环境的影响 | 肾透明细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组和转录组数据 | 501名KIRC患者 |
| 332 | 2024-08-07 |
Identifying oxidative stress-related biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative omics approaches and machine-learning strategies
2023-Sep, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-023-00334-4
PMID:37605652
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研究论文 | 本研究通过综合组学方法和机器学习策略，在预测性、预防性和个性化医学框架下，识别特发性肺纤维化中与氧化应激相关的生物标志物。 | 本研究首次通过综合组学数据和机器学习方法，对特发性肺纤维化患者进行氧化应激相关基因的分类，并构建了基于五个诊断标志物的诺模图模型，为个性化抗氧化和抗纤维化治疗提供了参考。 | 本研究仅基于250名患者的转录组数据进行分析，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性和可靠性。 | 旨在通过综合组学方法和机器学习策略，识别特发性肺纤维化中与氧化应激相关的生物标志物，以促进预测性、预防性和个性化医学的发展。 | 特发性肺纤维化患者及其氧化应激相关基因和临床指标。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | 250名特发性肺纤维化患者 |
| 333 | 2024-08-07 |
Toward the functional interpretation of somatic structural variations: bulk- and single-cell approaches
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad297
PMID:37587831
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综述 | 本文综述了基于全基因组测序（WGS）检测组织和单细胞水平体细胞结构变异（SVs）的最新进展，并讨论了其优势和局限性 | 介绍了先进的计算算法用于体细胞SV的识别，并比较了有无匹配正常对照的体细胞SV检测器的性能 | 体细胞SVs的检测具有挑战性，且目前研究较少 | 探讨体细胞结构变异的功能解释 | 体细胞结构变异（SVs）及其在细胞发育和衰老中的作用 | 数字病理学 | NA | 全基因组测序（WGS） | NA | 基因组数据 | NA |
| 334 | 2024-08-07 |
An Atlas of Grass Carp IgM+ B Cells in Homeostasis and Bacterial Infection Helps to Reveal the Unique Heterogeneity of B Cells in Early Vertebrates
2023-09-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300052
PMID:37578390
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了草鱼IgM+ B细胞在稳态和细菌感染下的景观 | 发现了草鱼IgM+ B细胞的六个主要群体，包括罕见的先天B细胞和增殖B细胞，并揭示了单个B细胞可能通过共表达重组的IgM亚类基因产生多种抗体 | NA | 揭示早期脊椎动物B细胞的独特异质性 | 草鱼IgM+ B细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞分选结合Sanger测序 | NA | RNA | 多个草鱼IgM+ B细胞样本 |
| 335 | 2024-08-05 |
Mechanism of breast cancer immune microenvironment in prognosis of heart failure
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107339
PMID:37586207
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研究论文 | 本文探讨了乳腺癌免疫微环境对心力衰竭预后的影响机制 | 研究揭示了乳腺癌与心力衰竭之间通过免疫途径的联系，并构建了一种能够预测心力衰竭发生的变换器模型 | 尚未明确乳腺癌治疗对心力衰竭影响的所有潜在机制 | 研究乳腺癌患者心力衰竭预后的潜在机制 | 1260名乳腺癌患者的基因表达数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 基因表达分析，单细胞测序，变换器模型 | 变换器 | 基因表达数据 | 1260名乳腺癌患者 |
| 336 | 2024-08-05 |
Dissecting human placental cells heterogeneity in preeclampsia and gestational diabetes using single-cell sequencing
2023-09, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2023.07.005
PMID:37572508
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析妊娠高血压和妊娠糖尿病患者的胎盘细胞异质性 | 首次揭示了妊娠高血压和妊娠糖尿病患者胎盘细胞类型及其分化顺序的异质性变化 | 样本量较小，仅涉及15名患者，可能影响结果的普遍适用性 | 深入了解妊娠高血压和妊娠糖尿病对胎盘细胞类型的异质性变化 | 研究对象包括妊娠高血压、妊娠糖尿病患者和健康对照组的胎盘细胞 | 数字病理学 | 妊娠高血压, 妊娠糖尿病 | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 共涉及15个样本（妊娠高血压5个，妊娠糖尿病5个，健康对照5个） |
| 337 | 2024-08-07 |
Simultaneous profiling of chromatin architecture and transcription in single cells
2023-09, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/s41594-023-01066-9
PMID:37580628
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研究论文 | 本文开发了一种单细胞多组学方法，能够同时检测染色质结构和信使RNA表达 | 提出了一种新的单细胞多组学方法scCARE-seq，能够同时检测染色质结构和转录活性 | NA | 探究染色质三维结构与基因表达之间的调控关系 | 单细胞染色质结构和转录活性 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序(scCARE-seq) | NA | 基因组数据 | 单个小鼠胚胎干细胞 |
| 338 | 2024-08-07 |
CellBender removes technical artifacts from single-cell RNA sequencing data
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01946-4
PMID:37592183
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-05 |
Identifying spatial domains of spatially resolved transcriptomics via multi-view graph convolutional networks
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad278
PMID:37544658
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研究论文 | 本文提出了一种名为STMGCN的新型无监督学习框架，通过多视图图卷积网络识别空间域 | STMGCN通过结合基因表达和邻接图，利用注意力机制自适应融合特定视图嵌入以增强潜在嵌入的表达能力 | 实验结果主要基于两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集，可能存在平台间的局限性 | 研究旨在通过有效整合基因表达数据与空间信息来识别空间域 | 研究对象为空间转录组数据中的基因表达图 | 数字病理学 | NA | 图卷积网络 | 多视图图卷积网络 | 数据集 | 两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集 |
| 340 | 2024-08-07 |
Single-cell causal network inferred by cross-mapping entropy
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad281
PMID:37544659
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研究论文 | 本文提出了一种新的因果关系准则——邻域交叉映射熵（NME），用于从稳态数据和时间序列数据中推断基因调控网络（GRNs） | NME能够量化变量间的‘连续因果关系’或功能依赖性，基于其函数连续性与变化的邻域大小，显示出比现有方法更优越的性能 | NA | 旨在解决由于数据噪声和分子非线性导致的基因间因果关系识别难题 | 基因调控网络（GRNs）及其在单细胞RNA测序数据中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 邻域交叉映射熵（NME） | 基因数据 | NA |