单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-05	Current status and prospects of GREM1 research in cancer (Review) 2023-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2023.2665 PMID:37614374	综述	本文回顾了GREM1在癌症中的作用和功能	探讨了GREM1在不同类型肿瘤中的不同作用，提供了GREM1作为诊断和预后指标的潜力	缺乏对GREM1在所有肿瘤类型中的全面分析	研究GREM1在肿瘤中的作用及其生物功能	检视GREM1在乳腺癌、结肠癌及其他肿瘤类型的作用	数字病理学	胰腺癌、乳腺癌、结肠癌	单细胞测序技术	NA	NA	NA
322	2024-08-07	Efficacy of antiviral therapy and host-virus interactions visualised using serial liver sampling with fine-needle aspirates 2023-Sep, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100817 PMID:37600958	研究论文	本文通过使用细针抽吸术进行连续肝脏采样，研究了抗病毒治疗对慢性乙型肝炎患者病毒复制的影响，并揭示了宿主与病毒的相互作用。	采用细针抽吸术和单细胞RNA测序技术，捕捉抗病毒治疗对HBV复制状态的动态影响，并揭示了感染肝细胞中的宿主-病原体相互作用。	技术限制和采样频率的限制是测量治疗开始后HBV转录实际变化的障碍。	研究抗病毒治疗对慢性乙型肝炎患者病毒复制的影响及其机制。	慢性乙型肝炎患者的肝脏样本和病毒复制状态。	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	慢性乙型肝炎患者的肝脏细针抽吸样本，基线及治疗后12周和24周。
323	2024-08-07	Deciphering colorectal cancer progression features and prognostic signature by single-cell RNA sequencing pseudotime trajectory analysis 2023-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101491 PMID:37601456	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过伪时间轨迹分析揭示结直肠癌进展特征和预后标志物	本研究首次使用单细胞RNA测序技术结合伪时间轨迹分析，深入研究结直肠癌的肿瘤内异质性和细胞动态事件	研究使用的数据集来自单一医疗机构，可能存在样本偏倚	探索结直肠癌的进展特征和开发新的预后标志物	结直肠癌的肿瘤上皮细胞亚型和相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	单细胞RNA测序数据	使用三星医疗中心（SMC）的结直肠癌单细胞RNA测序数据集
324	2024-08-07	Homologous recombination deficiency serves as a prognostic biomarker in clear cell renal cell carcinoma 2023-Sep, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2023.12128 PMID:37602311	研究论文	本研究探讨了同源重组缺陷（HRD）在肾透明细胞癌（KIRC）中的预后生物标志物作用	首次揭示了HRD阳性肿瘤中免疫相关信号通路的激活以及肿瘤微环境中耗竭的CD8+ T细胞信号的富集	NA	研究HRD在KIRC中的预后价值及其对肿瘤微环境的影响	肾透明细胞癌患者	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组和转录组数据	501名KIRC患者
325	2024-08-07	Identifying oxidative stress-related biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative omics approaches and machine-learning strategies 2023-Sep, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-023-00334-4 PMID:37605652	研究论文	本研究通过综合组学方法和机器学习策略，在预测性、预防性和个性化医学框架下，识别特发性肺纤维化中与氧化应激相关的生物标志物。	本研究首次通过综合组学数据和机器学习方法，对特发性肺纤维化患者进行氧化应激相关基因的分类，并构建了基于五个诊断标志物的诺模图模型，为个性化抗氧化和抗纤维化治疗提供了参考。	本研究仅基于250名患者的转录组数据进行分析，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性和可靠性。	旨在通过综合组学方法和机器学习策略，识别特发性肺纤维化中与氧化应激相关的生物标志物，以促进预测性、预防性和个性化医学的发展。	特发性肺纤维化患者及其氧化应激相关基因和临床指标。	数字病理学	肺纤维化	转录组学	机器学习	转录组数据	250名特发性肺纤维化患者
326	2024-08-07	Toward the functional interpretation of somatic structural variations: bulk- and single-cell approaches 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad297 PMID:37587831	综述	本文综述了基于全基因组测序（WGS）检测组织和单细胞水平体细胞结构变异（SVs）的最新进展，并讨论了其优势和局限性	介绍了先进的计算算法用于体细胞SV的识别，并比较了有无匹配正常对照的体细胞SV检测器的性能	体细胞SVs的检测具有挑战性，且目前研究较少	探讨体细胞结构变异的功能解释	体细胞结构变异（SVs）及其在细胞发育和衰老中的作用	数字病理学	NA	全基因组测序（WGS）	NA	基因组数据	NA
327	2024-08-07	An Atlas of Grass Carp IgM+ B Cells in Homeostasis and Bacterial Infection Helps to Reveal the Unique Heterogeneity of B Cells in Early Vertebrates 2023-09-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300052 PMID:37578390	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了草鱼IgM+ B细胞在稳态和细菌感染下的景观	发现了草鱼IgM+ B细胞的六个主要群体，包括罕见的先天B细胞和增殖B细胞，并揭示了单个B细胞可能通过共表达重组的IgM亚类基因产生多种抗体	NA	揭示早期脊椎动物B细胞的独特异质性	草鱼IgM+ B细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序，单细胞分选结合Sanger测序	NA	RNA	多个草鱼IgM+ B细胞样本
328	2024-08-05	Mechanism of breast cancer immune microenvironment in prognosis of heart failure 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107339 PMID:37586207	研究论文	本文探讨了乳腺癌免疫微环境对心力衰竭预后的影响机制	研究揭示了乳腺癌与心力衰竭之间通过免疫途径的联系，并构建了一种能够预测心力衰竭发生的变换器模型	尚未明确乳腺癌治疗对心力衰竭影响的所有潜在机制	研究乳腺癌患者心力衰竭预后的潜在机制	1260名乳腺癌患者的基因表达数据	数字病理学	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序，变换器模型	变换器	基因表达数据	1260名乳腺癌患者
329	2024-08-05	Dissecting human placental cells heterogeneity in preeclampsia and gestational diabetes using single-cell sequencing 2023-09, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2023.07.005 PMID:37572508	研究论文	本研究通过单细胞测序分析妊娠高血压和妊娠糖尿病患者的胎盘细胞异质性	首次揭示了妊娠高血压和妊娠糖尿病患者胎盘细胞类型及其分化顺序的异质性变化	样本量较小，仅涉及15名患者，可能影响结果的普遍适用性	深入了解妊娠高血压和妊娠糖尿病对胎盘细胞类型的异质性变化	研究对象包括妊娠高血压、妊娠糖尿病患者和健康对照组的胎盘细胞	数字病理学	妊娠高血压, 妊娠糖尿病	单细胞测序	NA	细胞数据	共涉及15个样本（妊娠高血压5个，妊娠糖尿病5个，健康对照5个）
330	2024-08-07	Simultaneous profiling of chromatin architecture and transcription in single cells 2023-09, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-023-01066-9 PMID:37580628	研究论文	本文开发了一种单细胞多组学方法，能够同时检测染色质结构和信使RNA表达	提出了一种新的单细胞多组学方法scCARE-seq，能够同时检测染色质结构和转录活性	NA	探究染色质三维结构与基因表达之间的调控关系	单细胞染色质结构和转录活性	基因组学	NA	单细胞转录组测序(scCARE-seq)	NA	基因组数据	单个小鼠胚胎干细胞
331	2024-08-07	CellBender removes technical artifacts from single-cell RNA sequencing data 2023-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01946-4 PMID:37592183	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
332	2024-08-05	Identifying spatial domains of spatially resolved transcriptomics via multi-view graph convolutional networks 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad278 PMID:37544658	研究论文	本文提出了一种名为STMGCN的新型无监督学习框架，通过多视图图卷积网络识别空间域	STMGCN通过结合基因表达和邻接图，利用注意力机制自适应融合特定视图嵌入以增强潜在嵌入的表达能力	实验结果主要基于两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集，可能存在平台间的局限性	研究旨在通过有效整合基因表达数据与空间信息来识别空间域	研究对象为空间转录组数据中的基因表达图	数字病理学	NA	图卷积网络	多视图图卷积网络	数据集	两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集
333	2024-08-07	Single-cell causal network inferred by cross-mapping entropy 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad281 PMID:37544659	研究论文	本文提出了一种新的因果关系准则——邻域交叉映射熵（NME），用于从稳态数据和时间序列数据中推断基因调控网络（GRNs）	NME能够量化变量间的‘连续因果关系’或功能依赖性，基于其函数连续性与变化的邻域大小，显示出比现有方法更优越的性能	NA	旨在解决由于数据噪声和分子非线性导致的基因间因果关系识别难题	基因调控网络（GRNs）及其在单细胞RNA测序数据中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	邻域交叉映射熵（NME）	基因数据	NA
334	2024-08-07	Reanalysis of single-cell data reveals macrophage subsets associated with the immunotherapy response and prognosis of patients with endometrial cancer 2023-09-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2023.113736 PMID:37541419	研究论文	本文通过分析单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，揭示了与子宫内膜癌患者免疫治疗反应和预后相关的巨噬细胞亚群	首次识别出与子宫内膜癌免疫治疗反应相关的巨噬细胞亚群，并构建了一个预测子宫内膜癌患者预后的基因标志物	NA	研究子宫内膜癌的肿瘤微环境特征及其对免疫治疗反应和预后的影响	子宫内膜癌患者的巨噬细胞亚群及其与免疫治疗反应和预后的关系	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	83名子宫内膜癌患者
335	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis and protein profiling reveal broad immune system activation in IgG4-related disease 2023-09-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.167602 PMID:37561593	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和蛋白质谱分析揭示了IgG4相关疾病中的广泛免疫系统激活	首次综合分析IgG4-RD患者外周免疫细胞的基因表达与蛋白质特征，发现多种细胞类型的激活及其相互作用	样本量较小，仅涉及9例IgG4-RD患者和7例健康对照，结果的普遍适用性仍需进一步验证	探讨IgG4-RD中的免疫系统激活机制及其潜在的治疗靶点	9名治疗未干预的IgG4-RD患者及7名匹配的健康对照	数字病理学	IgG4相关疾病	单细胞RNA测序，表面蛋白质组分析	NA	基因组数据，蛋白质组数据	共分析61,379个PBMCs样本来自9名患者和7名健康对照
336	2024-08-05	Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders 2023-09, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-023-00668-9 PMID:37552451	综述	本文回顾了单细胞RNA测序在神经退行性疾病研究中的应用	探讨了单细胞组学技术在研究神经退行性疾病中的潜力及其在诊断和治疗中的应用	虽然当前深度探索了受影响细胞中的转录组变化，但技术发展仍需进一步推进	研究单细胞测序在神经退行性疾病中的应用和潜力	神经退行性疾病，如帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
337	2024-08-05	Development of a versatile LCM-Seq method for spatial transcriptomics of fluorescently tagged cholinergic neuron populations 2023-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.105121 PMID:37536628	研究论文	本文提出了一种激光捕获显微切割-测序(LCM-Seq)方法，用于荧光标记的胆碱能神经元群体的空间转录组学研究	提出了一种新的方法，通过空间位置定义的神经元池的批量RNA-Seq克服了现有单细胞转录组学的技术限制	仅涉及中等降解RNA的纳克量，可能限制了部分低丰度转录本的检测能力	开发一种新方法以提高神经元转录组的覆盖度和差异表达分析的准确性	荧光标记的胆碱能神经元群体	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	转录组数据	大约300个聚合神经元
338	2024-08-05	Spatial transcriptomics reveals heterogeneity of macrophages in the tumor microenvironment of granulomatous slack skin 2023-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6151 PMID:37550813	研究论文	该文章首次通过空间转录组学研究了Granulomatous slack skin中的巨噬细胞异质性	首次绘制了GSS的转录组图并揭示了其中巨噬细胞的多样性和各自特征	仅研究了一个冷冻GSS样本，样本量有限	研究Granulomatous slack skin中巨噬细胞的特征和其在肿瘤微环境中的作用	Granulomatous slack skin中的巨噬细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	1个冷冻样本
339	2024-08-05	Interleukin-34-NF-κB signaling aggravates myocardial ischemic/reperfusion injury by facilitating macrophage recruitment and polarization 2023-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104744 PMID:37556943	研究论文	本研究探讨了白细胞介素34（IL-34）在心肌缺血/再灌注损伤中的作用，以及其对巨噬细胞募集和极化的影响	本研究首次揭示IL-34通过促进NF-κB通路的激活来加剧心脏重塑和心力衰竭，提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床验证尚需进一步开展	旨在探讨IL-34对缺血/再灌注后心脏重塑和心力衰竭的影响	采用IL-34敲除小鼠模型进行心脏重塑的研究	心脏病学	心肌缺血	RNA-seq，流式细胞术，免疫荧光	NA	基因表达数据，免疫细胞数据	使用了IL-34敲除小鼠及急性冠状动脉综合症患者的血清样本
340	2024-08-07	Bifidobacterium adolescentis orchestrates CD143+ cancer-associated fibroblasts to suppress colorectal tumorigenesis by Wnt signaling-regulated GAS1 2023-09, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12469 PMID:37533188	研究论文	研究探讨了双歧杆菌 adolescentis 在结直肠癌中的作用及其通过 Wnt 信号通路调控 GAS1 影响癌症相关成纤维细胞的机制	发现了双歧杆菌 adolescentis 通过诱导 CD143+ 癌症相关成纤维细胞并激活 Wnt/β-catenin 信号通路中的 GAS1 来抑制结直肠肿瘤的发生	NA	阐明肠道微生物与肿瘤微环境在结直肠癌发病机制中的相互作用	双歧杆菌 adolescentis 和癌症相关成纤维细胞在结直肠癌中的作用	NA	结直肠癌	单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq), 流式细胞术, 免疫荧光染色, 染色质免疫沉淀定量实时 PCR (CHIP-qPCR)	NA	细胞, 组织	两个独立队列的结直肠癌患者, 多种结直肠癌动物模型和细胞系模型