单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-07	Abnormal accumulation of extracellular vesicles in hippocampal dystrophic axons and regulation by the primary cilia in Alzheimer's disease 2023-09-04, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01637-3 PMID:37667395	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病中异常轴突和树突的形成机制及其与细胞外囊泡和初级纤毛的关系	首次揭示了初级纤毛在阿尔茨海默病中通过调节细胞外囊泡的积累影响异常轴突和树突的形成	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	旨在阐明阿尔茨海默病中异常轴突和树突的形成机制及其与细胞外囊泡和初级纤毛的关系	阿尔茨海默病中的异常轴突和树突	神经科学	阿尔茨海默病	三维渲染技术、腺相关病毒（AAV）1、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	图像	小鼠模型中的海马神经元
302	2024-08-05	ePlatypus: an ecosystem for computational analysis of immunogenomics data 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad553 PMID:37682115	研究论文	本文介绍了ePlatypus，一个用于免疫基因组数据分析的计算生态系统	ePlatypus是一个开源的基于网络的平台，整合了多种数据模式，并提供编程教程和整合数据库	NA	旨在促进计算免疫学和免疫基因组学领域的研究	主要关注适应性免疫库和单细胞测序数据	计算免疫学	NA	单细胞测序，机器学习	NA	免疫基因组数据	NA
303	2024-08-05	TimeTalk uses single-cell RNA-seq datasets to decipher cell-cell communication during early embryo development 2023-09-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05283-2 PMID:37660148	研究论文	本文开发了一个名为TimeTalk的计算框架，用于解密早期胚胎发育中细胞间通讯的秘密	提出了一个新的计算框架，从公共小鼠单细胞RNA-seq数据集中整合而来，以揭示与早期胚胎发育相关的配体-受体对	对eLRs的影响范围和作用尚不清晰，且需要更多的实验验证	研究早期胚胎发育过程中细胞间信号传递的机制	利用整合的时间序列小鼠单细胞RNA-seq数据集，识别并分析与早期胚胎发育相关的配体-受体对	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	使用了公共的小鼠单细胞RNA-seq数据集
304	2024-08-07	Deciphering early human pancreas development at the single-cell level 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40893-8 PMID:37660175	research paper	本文通过大规模单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，研究了人类胚胎早期胰腺组织的分子异质性、发育轨迹和调控网络	揭示了人类背侧胰腺多能细胞与腹侧多能细胞不同的基因表达模式，并识别了胰胆祖细胞和具有不同分化潜能的内分泌祖细胞亚群	NA	理解胰腺发育，为胰腺疾病的治疗提供线索	人类胚胎早期胰腺组织的分子异质性和发育轨迹	digital pathology	NA	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据	来自第一孕期胚胎的人类胚胎胰腺组织
305	2024-08-05	Single-cell analysis of human prepuce reveals dynamic changes in gene regulation and cellular communications 2023-Sep-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09615-8 PMID:37658288	研究论文	本研究系统性分析了人类包皮在单细胞分辨率下的细胞变异和分子变化	首次识别了15种包皮细胞亚型，并揭示了儿童和成人之间的细胞类型特异性基因调控网络的动态变化	未能提供成年人和儿童包皮细胞组成和异质性的全面基础数据	研究人类包皮的细胞和分子动态，深入了解其生物学和生理功能	人类儿童和成人的包皮细胞	数字病理学	生殖系统相关疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	90,770个合格细胞
306	2024-08-05	ShIVA: a user-friendly and interactive interface giving biologists control over their single-cell RNA-seq data 2023-09-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-40959-z PMID:37658061	研究论文	本文提出了ShIVA，一个用户友好且互动的界面，旨在使生物学家能够控制他们的单细胞RNA-seq数据	ShIVA提供了一种直观和迭代的分析过程，专门为生物学家设计，结合了视频教程，增强了用户体验	该界面主要依赖于Seurat v4 R包，可能限制了其对其他分析工具的适用性	研究单细胞RNA-seq和CITE-seq数据的分析方法，以帮助生物学家	单细胞RNA-seq和CITE-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	单细胞数据	NA
307	2024-08-05	Inhibition of TCA cycle improves the anti-PD-1 immunotherapy efficacy in melanoma cells via ATF3-mediated PD-L1 expression and glycolysis 2023-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007146 PMID:37678921	研究论文	本研究探讨了抑制TCA循环如何通过ATF3介导的PD-L1表达和糖酵解，提高黑色素瘤细胞对抗PD-1免疫治疗的疗效	研究揭示了TCA循环在免疫检查点抑制中的作用，并提供了一种新的抗PD-1免疫治疗组合策略	本研究主要集中在黑色素瘤细胞，结果可能不具有普遍适用性	旨在改善黑色素瘤患者抗PD-1免疫治疗的有效性	主要研究黑色素瘤细胞及其对免疫治疗的反应	数字病理学	黑色素瘤	NMR，RNA测序，qRT-PCR，西方印迹，氧气凝胶法	NA	代谢物，转录组	患者的血浆样本及B16F10肿瘤小鼠
308	2024-08-05	Clinical characterization of EFHD2 (swiprosin-1) in Glioma-associated macrophages and its role in regulation of immunosuppression 2023-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110702 PMID:37673235	研究论文	本文探讨了EFHD2在胶质瘤相关巨噬细胞中的作用以及其对免疫抑制的调节	该研究首次利用多种族群的大规模临床数据探讨EFHD2在胶质瘤中的角色，并提出其作为潜在生物标志物和预后因子的可能性	缺乏针对不同种族群体的充分实验验证，且部分数据来源于回顾性分析	研究EFHD2对胶质瘤微环境中巨噬细胞极化及免疫抑制的影响	胶质瘤患者的临床数据、胶质瘤细胞系及Efhd2缺失小鼠初级巨噬细胞	数字病理学	胶质瘤	RNA-seq	NA	临床数据	313和657名胶质瘤患者的RNA-seq数据，以及603名来自TCGA的胶质瘤患者数据
309	2024-08-07	CD31 defines a subpopulation of human adipose-derived regenerative cells with potent angiogenic effects 2023-09-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41535-1 PMID:37658225	研究论文	本文研究了人类脂肪来源的再生细胞（ADRCs）中CD31+亚群的血管生成效应	发现CD31+ ADRCs在血管生成和旁分泌效应方面优于CD31- ADRCs和未分选的ADRCs	NA	探讨ADRCs中特定细胞亚群在再生治疗中的作用	人类脂肪来源的再生细胞（ADRCs）及其CD31+亚群	再生医学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序	NA	细胞	9种内皮ADRC亚群
310	2024-08-07	A novel signature of the ligand and receptor genes associated with disulfidoptosis for prediction of prognosis, immunologic therapy responses in hepatocellular carcinoma 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19502 PMID:37662746	研究论文	研究旨在探索与二硫化物凋亡相关的配体和受体基因在肝细胞癌中的预后特征，并利用这些基因建立风险标志以预测肝细胞癌患者的预后	开发了一种基于与二硫化物凋亡相关配体和受体基因的风险标志，用于有效预测肝细胞癌的预后，并可能指导免疫治疗策略	NA	探索肝细胞癌中与二硫化物凋亡相关的配体和受体基因的预后特征	肝细胞癌患者的预后预测	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq	LASSO	基因表达数据	来自GSE166635的scRNA-seq数据
311	2024-08-07	Trackplot: A flexible toolkit for combinatorial analysis of genomic data 2023-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011477 PMID:37669275	研究论文	介绍Trackplot，一个用于生成高质量可视化基因组数据的Python包	Trackplot提供了一个多功能平台，用于从多种来源（包括基因注释、isoform表达、scRNA-seq和长读序列识别的isoform结构、染色质可及性和结构）直观解释基因组数据，无需任何预处理，并提供广泛的输出文件格式灵活性	NA	开发一个灵活的工具包，用于组合分析基因组数据	基因组数据的可视化和分析	生物信息学	NA	scRNA-seq, 长读序列	NA	基因组数据	NA
312	2024-08-07	Single-cell Profiling Uncovers a Muc4-Expressing Metaplastic Gastric Cell Type Sustained by Helicobacter pylori-driven Inflammation 2023-09, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0142 PMID:37674528	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了由幽门螺杆菌驱动的炎症维持的表达MUC4的胃黏膜化生细胞类型	首次发现并描述了由幽门螺杆菌驱动的炎症维持的表达MUC4的胃黏膜化生细胞类型，并证实了其在人类胃癌组织中的存在	研究主要基于转基因小鼠模型，需要进一步的人体临床研究来验证这些发现	揭示幽门螺杆菌驱动的胃癌机制	胃黏膜化生细胞类型及其在胃癌中的作用	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	转基因小鼠模型及人类胃癌样本
313	2024-08-05	Exploring the dynamics and influencing factors of CD4 T cell activation using single-cell RNA-seq 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107588 PMID:37646019	研究论文	本研究分析了CD4 T细胞在不同条件下激活的动态及其影响因素	首次识别和表征了在由休息T细胞转变为激活T细胞过程中的惰性T细胞亚群，及其响应刺激的效率	研究主要集中在CD4 T细胞，其他T细胞类型的影响未充分探讨	探讨影响CD4 T细胞激活的因素和动态	CD4 T细胞，特别是在不同刺激条件下的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	刺激的CD4 T细胞亚群
314	2024-08-05	Gene signature reveals decreased SOX10-dependent transcripts in malignant cells from immune checkpoint inhibitor-resistant cutaneous melanomas 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107472 PMID:37636077	研究论文	该文章探讨了与免疫检查点抑制剂耐药性相关的SOX10依赖性转录本的减少	研究开发了一个稳健的SOX10基因特征，以揭示SOX10表达/活性降低与免疫检查点抑制剂耐药性之间的关联	在肿瘤细胞模型之外的数据验证可能受到技术和样本异质性的限制	探究SOX10在皮肤黑色素瘤患者免疫检查点抑制剂耐药性中的作用	使用黑色素瘤细胞模型进行SOX10的基因特征分析	数字病理学	皮肤黑色素瘤	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq	NA	RNA-seq	涉及多个黑色素瘤细胞模型和患者单细胞RNA-seq数据
315	2024-08-07	MAP3K19 regulatory variation in populations with African ancestry may increase COVID-19 severity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107555 PMID:37649700	研究论文	本文通过综合分析两个全基因组关联研究，识别与COVID-19住院相关的与祖先相关的遗传风险变异，特别是在非洲祖先人群中发现了与COVID-19严重性相关的MAP3K19基因变异。	本文首次报道了MAP3K19基因的单核苷酸多态性rs16831827在非洲和欧洲祖先人群中与COVID-19严重性的关联，并揭示了该变异可能通过影响特定基因的表达来增加疾病风险。	研究主要集中在非洲和欧洲祖先人群，可能需要进一步研究以验证其他人群中的相关性。	旨在识别与COVID-19住院相关的祖先相关遗传风险变异。	研究对象包括具有非洲和欧洲祖先的COVID-19住院患者。	遗传学	COVID-19	全基因组关联研究	NA	基因组数据	涉及多个具有不同祖先背景的COVID-19住院患者样本。
316	2024-08-05	Chromatin accessibility dynamics in colorectal cancer liver metastasis: Uncovering the liver tropism at single cell resolution 2023-09, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106896 PMID:37633511	研究论文	本研究揭示了结直肠癌肝转移过程中染色质可及性动态变化，特别是在单细胞分辨率下的肝特异性转录因子的表达情况	发现肝转移的结直肠癌细胞失去结肠特异的染色质可及位点，获得肝特异性可及位点，并揭示了HNF4A在此过程中的重要作用	对表观遗传调控机制的理解仍然有限，研究结果可能需要在更多样本中验证	本研究旨在了解结直肠癌肝转移过程中基因的表观遗传调控	研究对象为结直肠癌患者衍生的原发性和肝转移性肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞ATAC-seq，单细胞RNA-seq，微阵列，批量RNA-seq，免疫组化，蛋白质组学	NA	细胞数据	使用了来自结直肠癌患者的配对样本以及患者衍生的异种移植模型
317	2024-08-05	Pan-cancer Analysis Reveals Cancer-dependent Expression of SOX17 and Associated Clinical Outcomes 2023 Sep-Oct, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20395 PMID:37643784	研究论文	该研究探讨了SOX17在多种癌症中的表达模式及其临床相关性	首次系统性分析了SOX17在不同癌症类型中的表达异质性及其与临床结果的关联	缺乏对SOX17在不同组织或微环境中的功能验证	探索SOX17基因在多种癌症中的表达模式及其对药物反应的影响	多种癌症样本中SOX17的表达情况及其与临床结果的关系	数字病理学	癌症	RNA-seq, qPCR, 免疫组化	NA	基因表达数据	多种类型癌症样本的单细胞和大规模RNA-seq分析
318	2024-08-05	The developmental dynamics of the human male germline 2023-09-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202046 PMID:37650565	研究论文	本文概述了人类男性生殖细胞的发育动态及其发育过程中的细胞、信号和表观遗传级联事件	通过使用各种模型和单细胞测序方法提供了对人类男性生殖细胞发育的新见解	在研究人类发育过程时面临挑战，可能导致对某些方面的理解不够全面	探讨人类男性生殖细胞的发育动态及其相关机制	人类男性生殖细胞及其分化过程	生物医学	不孕症	单细胞测序	N/A	细胞数据	N/A
319	2024-08-07	Multiplexed transcriptomic profiling of the fate of human CAR T cells in vivo via genetic barcoding with shielded small nucleotides 2023-09, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01085-3 PMID:37652986	研究论文	本文介绍了一种基于屏蔽小核酸的细胞条形码方法，用于在体内多重纵向分析人类CAR-T细胞的命运，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）实现。	提出了一种名为屏蔽小核酸基础的scRNA-seq（SSN-seq）的新方法，该方法兼容3'和5'单细胞分析，并利用普遍存在的Pol III U6启动子来稳健表达经过直接捕获序列修饰的小RNA条形码。	NA	旨在了解CAR-T细胞在体内的命运，以改进嵌合抗原受体（CAR）T细胞的设计。	研究对象为人类CAR-T细胞及其在体内的动态状态。	生物技术	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了肿瘤再挑战小鼠模型
320	2024-08-07	Scalable production of tissue-like vascularized liver organoids from human PSCs 2023-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-023-01074-1 PMID:37653039	研究论文	本文开发了一种无需二维图案化、不依赖细胞外基质且使用小分子模拟胚胎肝脏发育的方法，生产大量类似肝脏的类器官	该方法不依赖二维图案化和细胞外基质，使用小分子模拟胚胎肝脏发育，生产出具有更高细胞复杂性和血管腔结构的肝脏类器官	NA	开发更接近生理状态的肝脏类器官模型	肝脏类器官的生成和功能	组织工程	NA	单细胞RNA测序，免疫荧光	NA	细胞	大量肝脏类器官