单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-05 |
Clinical characterization of EFHD2 (swiprosin-1) in Glioma-associated macrophages and its role in regulation of immunosuppression
2023-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110702
PMID:37673235
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研究论文 | 本文探讨了EFHD2在胶质瘤相关巨噬细胞中的作用以及其对免疫抑制的调节 | 该研究首次利用多种族群的大规模临床数据探讨EFHD2在胶质瘤中的角色，并提出其作为潜在生物标志物和预后因子的可能性 | 缺乏针对不同种族群体的充分实验验证，且部分数据来源于回顾性分析 | 研究EFHD2对胶质瘤微环境中巨噬细胞极化及免疫抑制的影响 | 胶质瘤患者的临床数据、胶质瘤细胞系及Efhd2缺失小鼠初级巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA-seq | NA | 临床数据 | 313和657名胶质瘤患者的RNA-seq数据，以及603名来自TCGA的胶质瘤患者数据 |
| 302 | 2024-08-07 |
CD31 defines a subpopulation of human adipose-derived regenerative cells with potent angiogenic effects
2023-09-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41535-1
PMID:37658225
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研究论文 | 本文研究了人类脂肪来源的再生细胞（ADRCs）中CD31+亚群的血管生成效应 | 发现CD31+ ADRCs在血管生成和旁分泌效应方面优于CD31- ADRCs和未分选的ADRCs | NA | 探讨ADRCs中特定细胞亚群在再生治疗中的作用 | 人类脂肪来源的再生细胞（ADRCs）及其CD31+亚群 | 再生医学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 9种内皮ADRC亚群 |
| 303 | 2024-08-07 |
A novel signature of the ligand and receptor genes associated with disulfidoptosis for prediction of prognosis, immunologic therapy responses in hepatocellular carcinoma
2023-Sep, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19502
PMID:37662746
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研究论文 | 研究旨在探索与二硫化物凋亡相关的配体和受体基因在肝细胞癌中的预后特征，并利用这些基因建立风险标志以预测肝细胞癌患者的预后 | 开发了一种基于与二硫化物凋亡相关配体和受体基因的风险标志，用于有效预测肝细胞癌的预后，并可能指导免疫治疗策略 | NA | 探索肝细胞癌中与二硫化物凋亡相关的配体和受体基因的预后特征 | 肝细胞癌患者的预后预测 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq | LASSO | 基因表达数据 | 来自GSE166635的scRNA-seq数据 |
| 304 | 2024-08-07 |
Trackplot: A flexible toolkit for combinatorial analysis of genomic data
2023-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011477
PMID:37669275
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研究论文 | 介绍Trackplot，一个用于生成高质量可视化基因组数据的Python包 | Trackplot提供了一个多功能平台，用于从多种来源（包括基因注释、isoform表达、scRNA-seq和长读序列识别的isoform结构、染色质可及性和结构）直观解释基因组数据，无需任何预处理，并提供广泛的输出文件格式灵活性 | NA | 开发一个灵活的工具包，用于组合分析基因组数据 | 基因组数据的可视化和分析 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, 长读序列 | NA | 基因组数据 | NA |
| 305 | 2024-08-07 |
Single-cell Profiling Uncovers a Muc4-Expressing Metaplastic Gastric Cell Type Sustained by Helicobacter pylori-driven Inflammation
2023-09, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0142
PMID:37674528
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了由幽门螺杆菌驱动的炎症维持的表达MUC4的胃黏膜化生细胞类型 | 首次发现并描述了由幽门螺杆菌驱动的炎症维持的表达MUC4的胃黏膜化生细胞类型，并证实了其在人类胃癌组织中的存在 | 研究主要基于转基因小鼠模型，需要进一步的人体临床研究来验证这些发现 | 揭示幽门螺杆菌驱动的胃癌机制 | 胃黏膜化生细胞类型及其在胃癌中的作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 转基因小鼠模型及人类胃癌样本 |
| 306 | 2024-08-05 |
Exploring the dynamics and influencing factors of CD4 T cell activation using single-cell RNA-seq
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107588
PMID:37646019
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研究论文 | 本研究分析了CD4 T细胞在不同条件下激活的动态及其影响因素 | 首次识别和表征了在由休息T细胞转变为激活T细胞过程中的惰性T细胞亚群，及其响应刺激的效率 | 研究主要集中在CD4 T细胞，其他T细胞类型的影响未充分探讨 | 探讨影响CD4 T细胞激活的因素和动态 | CD4 T细胞，特别是在不同刺激条件下的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 刺激的CD4 T细胞亚群 |
| 307 | 2024-08-05 |
Gene signature reveals decreased SOX10-dependent transcripts in malignant cells from immune checkpoint inhibitor-resistant cutaneous melanomas
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107472
PMID:37636077
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研究论文 | 该文章探讨了与免疫检查点抑制剂耐药性相关的SOX10依赖性转录本的减少 | 研究开发了一个稳健的SOX10基因特征，以揭示SOX10表达/活性降低与免疫检查点抑制剂耐药性之间的关联 | 在肿瘤细胞模型之外的数据验证可能受到技术和样本异质性的限制 | 探究SOX10在皮肤黑色素瘤患者免疫检查点抑制剂耐药性中的作用 | 使用黑色素瘤细胞模型进行SOX10的基因特征分析 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq | NA | RNA-seq | 涉及多个黑色素瘤细胞模型和患者单细胞RNA-seq数据 |
| 308 | 2024-08-07 |
MAP3K19 regulatory variation in populations with African ancestry may increase COVID-19 severity
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107555
PMID:37649700
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研究论文 | 本文通过综合分析两个全基因组关联研究，识别与COVID-19住院相关的与祖先相关的遗传风险变异，特别是在非洲祖先人群中发现了与COVID-19严重性相关的MAP3K19基因变异。 | 本文首次报道了MAP3K19基因的单核苷酸多态性rs16831827在非洲和欧洲祖先人群中与COVID-19严重性的关联，并揭示了该变异可能通过影响特定基因的表达来增加疾病风险。 | 研究主要集中在非洲和欧洲祖先人群，可能需要进一步研究以验证其他人群中的相关性。 | 旨在识别与COVID-19住院相关的祖先相关遗传风险变异。 | 研究对象包括具有非洲和欧洲祖先的COVID-19住院患者。 | 遗传学 | COVID-19 | 全基因组关联研究 | NA | 基因组数据 | 涉及多个具有不同祖先背景的COVID-19住院患者样本。 |
| 309 | 2024-08-05 |
Chromatin accessibility dynamics in colorectal cancer liver metastasis: Uncovering the liver tropism at single cell resolution
2023-09, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2023.106896
PMID:37633511
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研究论文 | 本研究揭示了结直肠癌肝转移过程中染色质可及性动态变化，特别是在单细胞分辨率下的肝特异性转录因子的表达情况 | 发现肝转移的结直肠癌细胞失去结肠特异的染色质可及位点，获得肝特异性可及位点，并揭示了HNF4A在此过程中的重要作用 | 对表观遗传调控机制的理解仍然有限，研究结果可能需要在更多样本中验证 | 本研究旨在了解结直肠癌肝转移过程中基因的表观遗传调控 | 研究对象为结直肠癌患者衍生的原发性和肝转移性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞ATAC-seq，单细胞RNA-seq，微阵列，批量RNA-seq，免疫组化，蛋白质组学 | NA | 细胞数据 | 使用了来自结直肠癌患者的配对样本以及患者衍生的异种移植模型 |
| 310 | 2024-08-05 |
Pan-cancer Analysis Reveals Cancer-dependent Expression of SOX17 and Associated Clinical Outcomes
2023 Sep-Oct, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20395
PMID:37643784
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研究论文 | 该研究探讨了SOX17在多种癌症中的表达模式及其临床相关性 | 首次系统性分析了SOX17在不同癌症类型中的表达异质性及其与临床结果的关联 | 缺乏对SOX17在不同组织或微环境中的功能验证 | 探索SOX17基因在多种癌症中的表达模式及其对药物反应的影响 | 多种癌症样本中SOX17的表达情况及其与临床结果的关系 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq, qPCR, 免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 多种类型癌症样本的单细胞和大规模RNA-seq分析 |
| 311 | 2024-08-05 |
The developmental dynamics of the human male germline
2023-09-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202046
PMID:37650565
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研究论文 | 本文概述了人类男性生殖细胞的发育动态及其发育过程中的细胞、信号和表观遗传级联事件 | 通过使用各种模型和单细胞测序方法提供了对人类男性生殖细胞发育的新见解 | 在研究人类发育过程时面临挑战，可能导致对某些方面的理解不够全面 | 探讨人类男性生殖细胞的发育动态及其相关机制 | 人类男性生殖细胞及其分化过程 | 生物医学 | 不孕症 | 单细胞测序 | N/A | 细胞数据 | N/A |
| 312 | 2024-08-07 |
Multiplexed transcriptomic profiling of the fate of human CAR T cells in vivo via genetic barcoding with shielded small nucleotides
2023-09, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-023-01085-3
PMID:37652986
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研究论文 | 本文介绍了一种基于屏蔽小核酸的细胞条形码方法，用于在体内多重纵向分析人类CAR-T细胞的命运，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）实现。 | 提出了一种名为屏蔽小核酸基础的scRNA-seq（SSN-seq）的新方法，该方法兼容3'和5'单细胞分析，并利用普遍存在的Pol III U6启动子来稳健表达经过直接捕获序列修饰的小RNA条形码。 | NA | 旨在了解CAR-T细胞在体内的命运，以改进嵌合抗原受体（CAR）T细胞的设计。 | 研究对象为人类CAR-T细胞及其在体内的动态状态。 | 生物技术 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用了肿瘤再挑战小鼠模型 |
| 313 | 2024-08-07 |
Scalable production of tissue-like vascularized liver organoids from human PSCs
2023-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-01074-1
PMID:37653039
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研究论文 | 本文开发了一种无需二维图案化、不依赖细胞外基质且使用小分子模拟胚胎肝脏发育的方法，生产大量类似肝脏的类器官 | 该方法不依赖二维图案化和细胞外基质，使用小分子模拟胚胎肝脏发育，生产出具有更高细胞复杂性和血管腔结构的肝脏类器官 | NA | 开发更接近生理状态的肝脏类器官模型 | 肝脏类器官的生成和功能 | 组织工程 | NA | 单细胞RNA测序，免疫荧光 | NA | 细胞 | 大量肝脏类器官 |
| 314 | 2024-08-07 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data identifies the characteristics of ferroptosis in lumbar disc herniation
2023-Sep-01, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01216-8
PMID:37653201
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别腰椎间盘突出症中铁死亡的特征 | 首次综合利用单细胞和批量RNA测序数据，深入分析了铁死亡在腰椎间盘突出症中的具体影响和相关生物机制 | NA | 旨在揭示铁死亡在腰椎间盘突出症发病机制中的作用 | 腰椎间盘突出症中的铁死亡相关基因和细胞类型 | 数字病理学 | 腰椎间盘突出症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, CIBERSORT算法 | LASSO, SVM-RFE | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 315 | 2024-08-07 |
Differential variability analysis of single-cell gene expression data
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad294
PMID:37598422
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研究论文 | 本文提出并比较了12种统计流程，用于分析单细胞基因表达数据的差异变异性 | 本文首次提出并比较了多种统计方法组合，用于量化和测试细胞间转录变异性的差异 | NA | 确定单细胞基因表达数据差异变异性分析的最佳实践 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19, 自闭症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 高质量的合成scRNA-seq数据集，COVID-19和自闭症患者的scRNA-seq数据集 |
| 316 | 2024-08-07 |
A pan-cancer single-cell panorama of human natural killer cells
2023-09-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.07.034
PMID:37607536
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞RNA测序分析，描绘了来自716名涵盖24种癌症类型的患者的NK细胞在肿瘤微环境中的表型和功能多样性 | 发现了肿瘤相关NK细胞群，这些细胞在肿瘤中富集，表现出受损的抗肿瘤功能，并与不良预后和免疫治疗抵抗相关 | NA | 探究NK细胞在肿瘤微环境中的表型和功能多样性及其在癌症免疫中的作用 | 人类自然杀伤细胞（NK细胞）及其在不同癌症类型中的表现 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 716名癌症患者 |
| 317 | 2024-08-07 |
Deciphering the landscape of transcriptional heterogeneity across cancer
2023-09-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.07.008
PMID:37595585
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研究论文 | 通过整合77项研究和24种癌症类型的scRNA-seq数据集，揭示了癌症中转录异质性的复发性基因表达模式及其功能意义 | 首次大规模整合多个癌症类型的scRNA-seq数据，揭示了癌症转录异质性的复发性模式 | NA | 探索癌症中转录异质性的基因表达模式及其功能意义 | 77项研究和24种癌症类型的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及77项研究和24种癌症类型 |
| 318 | 2024-08-05 |
CellAnn: a comprehensive, super-fast, and user-friendly single-cell annotation web server
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad521
PMID:37610325
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellAnn的参考基础细胞注释网络服务器，具有超快和易于使用的特点 | CellAnn整合了全面的参考数据库和新的簇对簇对齐方法，提供更高的准确性和可扩展性 | 传统的参考基础方法在可扩展性和预处理参考数据集的缺乏上存在局限 | 研究旨在提供一种高效、用户友好的单细胞注释工具 | 研究对象为204个人类和191只小鼠的单细胞数据集，涉及32个器官 | 数字病理 | NA | 单细胞测序 | NA | 数据集 | 204个人类单细胞数据集和191只小鼠单细胞数据集 |
| 319 | 2024-08-05 |
Inhibition of Wnt activity improves peri-implantation development of somatic cell nuclear transfer embryos
2023-Sep, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwad173
PMID:37593113
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研究论文 | 这篇文章探讨了抑制Wnt活性对体细胞核转移(SCNT)胚胎围植入发育的影响 | 首次发现持续的Wnt信号阻碍了外胚层细胞向成熟多能性转变，并通过操控Wnt信号显著提高了克隆效率 | 尚未阐明SCNT胚胎在围植入阶段停滞的潜在机制 | 研究Wnt信号在SCNT胚胎围植入阶段发育中的作用 | 体细胞核转移胚胎的围植入发育 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 320 | 2024-08-05 |
MacroH2A restricts inflammatory gene expression in melanoma cancer-associated fibroblasts by coordinating chromatin looping
2023-09, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01208-7
PMID:37605008
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研究论文 | 本文揭示了MacroH2A在黑色素瘤癌相关成纤维细胞中的肿瘤抑制作用 | 首次确定了MacroH2A在肿瘤微环境中的作用及其对基因表达的调节机制 | 本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类黑色素瘤的特点 | 探讨MacroH2A在黑色素瘤微环境中的作用及其机制 | 主要研究黑色素瘤癌相关成纤维细胞及其表型变化 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | NA | 使用了免疫合成小鼠模型进行实验 |