单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-07	Zika virus targets human trophoblast stem cells and prevents syncytialization in placental trophoblast organoids 2023-09-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41158-0 PMID:37684223	研究论文	研究探讨了寨卡病毒（ZIKV）对人类滋养层干细胞（hTSCs）的影响及其在胎盘滋养层器官样体中的病理效应	首次展示了hTSCs对ZIKV的易感性及其分化状态的影响，以及ZIKV感染对hTSC衍生滋养层器官样体结构和功能的破坏	研究主要集中在细胞和器官样体水平，未涉及临床样本或动物模型	探究ZIKV在早期人类胚胎中对胎盘滋养层前体细胞的感染性和病理效应	人类滋养层干细胞（hTSCs）及其衍生的滋养层器官样体	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
282	2024-08-07	Identification of co-diagnostic effect genes for aortic dissection and metabolic syndrome by multiple machine learning algorithms 2023-09-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41017-4 PMID:37684281	研究论文	本研究通过多种机器学习算法识别主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因，并探索其潜在分子机制。	本研究首次通过机器学习算法识别出主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因，并揭示了它们的共同发病机制。	研究使用的数据集主要来自公共数据库，可能存在样本选择偏倚；此外，机器学习模型的泛化能力需要在更多独立数据集上进行验证。	探索主动脉夹层和代谢综合征的共同发病机制，并识别共诊断效应基因。	主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因及其潜在分子机制。	机器学习	心血管疾病	RNA测序	随机森林、LASSO回归、XGBoost	RNA-seq数据	5个主动脉夹层bulk RNA-seq数据集，1个升主动脉瘤单细胞RNA-seq数据集，1个代谢综合征bulk RNA-seq数据集
283	2024-08-05	Single-cell transcriptomics identify TNFRSF1B as a novel T-cell exhaustion marker for ovarian cancer 2023-09, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1416 PMID:37712139	研究论文	单细胞转录组学确认TNFRSF1B作为卵巢癌的新型T细胞耗竭标记	识别并验证了一种与卵巢癌预后不良相关的新型CD8+ TNFRSF1B+ T细胞耗竭亚群	尚未进行大规模临床试验验证TNFRSF1B作为靶点的实际治疗效果	探索新的免疫治疗标记以改善卵巢癌患者的免疫治疗反应	高分化浆液性卵巢癌、高度免疫抑制的肿瘤微环境中CD8+ T细胞的亚群	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	转录组数据	140名卵巢癌患者
284	2024-08-05	Taxane chemotherapy induces stromal injury that leads to breast cancer dormancy escape 2023-09, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002275 PMID:37699010	研究论文	这篇文章展示了紫杉烷化疗如何损伤间质细胞，导致乳腺癌的休眠逃逸	提出通过针对促肿瘤细胞因子或抑制细胞因子信号通路来防止癌症复发的Novel治疗策略	未明确讨论研究的临床转化或普遍适用性	研究化疗后乳腺癌细胞休眠逃逸的机制	研究乳腺癌模型中的肿瘤细胞和间质细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	肿瘤间质类器官模型和小鼠乳腺癌模型	细胞组织数据	NA
285	2024-08-05	Identification of experimentally-supported poly(A) sites in single-cell RNA-seq data with SCINPAS 2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad079 PMID:37705828	研究论文	这篇文章介绍了一种计算方法SCINPAS，用于从单细胞RNA测序数据中识别实验支持的poly(A)位点	SCINPAS通过修改读数去重复步骤，优先选择远端读数，从而提高了poly(A)位点的恢复分辨率	该研究未提及任何具体的局限性	识别和量化不同细胞类型中的poly(A)位点	单细胞RNA测序数据中的poly(A)位点	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
286	2024-08-05	Long noncoding RNA Regulating ImMune Escape regulates mixed lineage leukaemia protein-1-H3K4me3-mediated immune escape in oesophageal squamous cell carcinoma 2023-09, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1410 PMID:37712124	研究论文	本研究探讨了长非编码RNA (lncRNA) 在食管鳞状细胞癌免疫逃逸和免疫治疗抵抗中的作用	识别了一个与肿瘤免疫逃逸和免疫治疗抵抗相关的lncRNA，并阐明了其机制	尚未在临床环境中验证该lncRNA作为生物标志物的有效性	研究lncRNA在食管鳞状细胞癌免疫逃逸和免疫治疗中的作用	食管鳞状细胞癌及其免疫细胞相互作用	数字病理学	食管癌	CRISPR-Cas9，单细胞测序，流式细胞术	人源化PBMC小鼠模型	生物样本，RNA序列	涉及食管鳞状细胞癌患者的样本以及huPBMC-NOG小鼠模型
287	2024-08-07	A Network Landscape of HPVOPC Reveals Methylation Alterations as Significant Drivers of Gene Expression via an Immune-Mediated GPCR Signal 2023-Sep-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15174379 PMID:37686653	研究论文	本文通过网络传播分析研究了HPV相关口咽癌（HPVOPC）中多种肿瘤改变，包括DNA甲基化改变、可变剪接事件（ASE）和拷贝数变异（CNV），并验证了TCGA数据中的发现。	本文首次揭示了甲基化改变在HPVOPC中通过免疫介导的GPCR信号对基因表达的重要驱动作用，并发现CXCR3轴在肿瘤免疫交互中的调节作用。	本文的研究结果主要基于发现队列和TCGA数据的验证，需要进一步的临床研究来探索靶向治疗的机会。	阐明HPVOPC中肿瘤改变的相对贡献，特别是甲基化改变、ASE和CNV，以深入理解该疾病的致癌驱动因素。	HPV相关口咽癌（HPVOPC）肿瘤及其肿瘤改变，包括DNA甲基化、可变剪接事件和拷贝数变异。	数字病理学	口咽癌	网络传播分析	NA	DNA甲基化数据、基因表达数据	46例HPVOPC肿瘤和25例癌症无关对照
288	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing captures patient-level heterogeneity and associated molecular phenotypes in breast cancer pleural effusions 2023-09, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1356 PMID:37691350	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了乳腺癌恶性胸腔积液中的细胞异质性和相关分子表型	首次在单细胞分辨率下无偏见地评估了与乳腺癌相关的恶性胸腔积液，为研究提供了宝贵的资源	NA	研究乳腺癌恶性胸腔积液中的细胞异质性和相关分子表型	乳腺癌恶性胸腔积液中的细胞类型、基因表达和拷贝数变异模式	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10个恶性胸腔积液样本，来自7名转移性乳腺癌患者，包含近65,000个细胞
289	2024-08-07	Mechanisms of Extraorbital Lacrimal Gland Aging in Mice: An Integrative Analysis of the Temporal Transcriptome 2023-09-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.64.12.18 PMID:37695604	研究论文	本研究使用高通量RNA测序（RNA-Seq）和生物信息学分析，探讨了小鼠泪腺衰老过程中24小时周期内转录组的变化	首次全面分析了小鼠泪腺衰老过程中24小时周期内转录组的变化，并验证了这些变化在单细胞RNA测序水平上的细胞群和信号通路	研究仅限于C57BL/6J小鼠，可能不适用于其他品种的小鼠	探讨小鼠泪腺衰老过程中转录组的变化及其潜在机制	小鼠的外泪腺（ELGs）	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-Seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	12周龄和20月龄的C57BL/6J雄性小鼠各一组，每组在24小时内收集8个时间点的样本
290	2024-08-07	Therapeutic Effects of Upadacitinib on Experimental Autoimmune Uveitis: Insights From Single-Cell Analysis 2023-09-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.64.12.28 PMID:37713206	研究论文	本研究旨在阐明JAK1特异性抑制剂upadacitinib对实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的影响及其潜在机制	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）技术，首次深入分析了upadacitinib对EAU中JAK/STAT通路的影响，并揭示了其对免疫细胞基因表达和细胞间通讯的调控作用	研究样本仅限于12名Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）疾病患者和EAU的颈淋巴结细胞，样本量较小可能影响结果的普遍性	探讨upadacitinib对EAU的治疗效果及其作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）疾病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）及颈淋巴结细胞（CDLN）	NA	眼科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）、流式细胞术、蛋白质印迹法	NA	单细胞数据	12名Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）疾病患者和EAU的颈淋巴结细胞
291	2024-08-07	Dual-scRNA-seq analysis reveals rare and uncommon parasitized cell populations in chronic L. donovani infection 2023-Sep-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113097 PMID:37682713	研究论文	本研究利用无偏倚的单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）同时分析宿主细胞和利什曼原虫转录组，以识别和注释在慢性感染小鼠的脾脏和骨髓中的寄生细胞群体	本研究采用的双重scRNA-seq方法能够检测到异质性的寄生细胞群体，并首次发现了一些非预期的寄生细胞类型，如巨核细胞、嗜碱性粒细胞和自然杀伤细胞	NA	旨在揭示慢性利什曼原虫感染中罕见的和不常见的寄生细胞群体	慢性感染利什曼原虫的小鼠的脾脏和骨髓中的寄生细胞	数字病理学	利什曼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	慢性感染利什曼原虫的小鼠的脾脏和骨髓样本
292	2024-08-05	Single-cell transcriptomics identifies new blood cell populations in Drosophila released at the onset of metamorphosis 2023-09-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201767 PMID:37681301	研究论文	本文通过单细胞转录组学识别出果蝇在蛹期的新型血细胞群体	首次对蛹期果蝇血细胞进行分子描述，并揭示其功能多样化和可塑性	未深入探讨果蝇血细胞在其他生物体内的相似性	研究果蝇在蛹期血细胞的多样性和功能可塑性	果蝇的血细胞，特别是蛹期的血细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学，高分辨率显微镜	NA	分子数据	NA
293	2024-08-07	Human iPS cell-derived sensory neurons can be infected by SARS-CoV-2 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107690 PMID:37680484	研究论文	研究使用诱导多能干细胞衍生的感觉神经元感染SARS-CoV-2及其变种，通过单细胞RNA测序分析感染情况	首次证明人类感觉神经元可以被SARS-CoV-2及其变种感染，但不能产生传染性病毒	研究仅限于特定SARS-CoV-2株及其变种，未涵盖所有可能的病毒株	探究SARS-CoV-2对周围神经系统的影响	诱导多能干细胞衍生的感觉神经元	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	特定SARS-CoV-2株WA1/2020及其变种delta和omicron
294	2024-08-07	The regulatory role of cancer stem cell marker gene CXCR4 in the growth and metastasis of gastric cancer 2023-Sep-07, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-023-00436-2 PMID:37679408	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）揭示了癌症干细胞标记基因CXCR4在胃癌生长和转移中的分子机制	首次通过scRNA-seq和bulk RNA-seq结合的方法，详细研究了CXCR4在胃癌中的作用及其对恶性表型、肿瘤发生和肝转移的影响	研究主要集中在体外和体内功能实验，可能需要更多的临床样本验证	揭示CXCR4作为癌症干细胞标记基因在胃癌生长和转移中的分子机制	胃癌组织样本中的CXCR4基因及其对恶性表型、肿瘤发生和肝转移的影响	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA序列	大量胃癌组织样本，以及裸鼠模型
295	2024-08-07	Large-scale production of human blastoids amenable to modeling blastocyst development and maternal-fetal cross talk 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.08.002 PMID:37683605	研究论文	本文报道了一种优化的人类囊胚样体生成协议，用于高效生产大量高保真的人类囊胚样体，并探讨了其在早期人类发育和植入模型中的应用	提出了一个优化的人类囊胚样体生成协议，提高了生成效率，并进行了蛋白质组学分析和单细胞RNA测序，揭示了囊胚样体与母体-胎儿交流中的新发现	NA	研究人类囊胚样体在早期人类发育和植入模型中的应用	人类囊胚样体及其在母体-胎儿交流中的作用	NA	NA	蛋白质组学分析，单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据，RNA测序数据	大量高保真的人类囊胚样体
296	2024-08-05	HMGCS2 serves as a potential biomarker for inhibition of renal clear cell carcinoma growth 2023-09-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41343-7 PMID:37670031	研究论文	HMGCS2在透明细胞肾细胞癌中的表达及其作为潜在生物标志物的作用	首次提出HMGCS2作为清晰细胞肾细胞癌的预后标志物	研究主要依赖多数据集分析，缺乏临床试验验证	探讨HMGCS2在肾透明细胞癌中的作用及其作为生物标志物的潜力	主要关注肾透明细胞癌及其与HMGCS2的关系	数字病理学	肾癌	单细胞测序	NA	基因组数据	多癌种数据库中的肿瘤组织与正常组织对照
297	2024-08-07	Single cell multiomic analysis reveals diabetes-associated β-cell heterogeneity driven by HNF1A 2023-09-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41228-3 PMID:37669939	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组、单核染色质可及性和细胞类型特异性3D基因组图谱，揭示了与2型糖尿病相关的β细胞异质性，并发现HNF1A是其主要驱动因素	开发了一种计算方法来解析单个β细胞之间的供体内和供体间异质性，并揭示了HNF1A在β细胞异质性中的作用	NA	研究2型糖尿病相关的β细胞异质性及其机制	人类胰岛中的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组、单核染色质可及性分析	NA	转录组、染色质可及性数据	来自多个供体的人类胰岛样本
298	2024-08-07	Neutrophil metalloproteinase driven spleen damage hampers infection control of trypanosomiasis 2023-09-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41089-w PMID:37669943	研究论文	本文研究了中性粒细胞金属蛋白酶在布氏锥虫感染中对脾脏损伤的影响及其对睡眠病感染控制的影响。	首次揭示了布氏锥虫感染导致脾脏中四种中性粒细胞亚群的扩张和分化，并发现这些中性粒细胞通过金属蛋白酶导致脾脏结构重塑。	NA	探讨中性粒细胞在布氏锥虫感染中的作用及其对脾脏结构和功能的影响。	布氏锥虫感染引起的中性粒细胞亚群及其对脾脏的影响。	免疫学	睡眠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
299	2024-08-07	Single-cell transcriptomes reveal a molecular link between diabetic kidney and retinal lesions 2023-09-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05300-4 PMID:37670124	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了糖尿病肾病和糖尿病视网膜病变之间的细胞和分子关联。	发现了肾小球膜细胞和视网膜周细胞在糖尿病状态下具有相似的分子特征和转变，并揭示了这两种细胞类型共享的趋化因子调控对糖尿病肾病和视网膜病变并发的重要性。	NA	揭示糖尿病肾病和糖尿病视网膜病变之间的细胞和分子关联，以改善这两种疾病的预防和治疗。	糖尿病肾病和糖尿病视网膜病变的细胞和分子关联。	数字病理学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
300	2024-08-07	Self-formation of concentric zones of telencephalic and ocular tissues and directional retinal ganglion cell axons 2023-09-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87306 PMID:37665325	研究论文	本文报道了人脑前脑-眼器官的自形成现象，包括前脑、视神经、视盘和神经视网膜组织沿中心-周边轴的同心区形成，并探讨了视网膜神经节细胞轴突定向生长的机制。	首次报道了人脑前脑-眼器官的自形成现象，并通过单细胞RNA测序确认了前脑和眼组织的身份，识别了早期视盘、视神经和视网膜神经节细胞的表达特征。	NA	探讨人脑前脑和眼组织在早期发育中的协调指定机制，以及视网膜神经节细胞轴突定向生长的机制。	人脑前脑-眼器官的自形成现象，视网膜神经节细胞轴突的定向生长。	NA	青光眼	单细胞RNA测序	NA	细胞表面标记物CNTN2	NA