单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of West African lungfish respiratory system reveals evolutionary adaptations to terrestrialization
2023-09-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41309-3
PMID:37699889
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研究论文 | 本文报道了西非肺鱼（Protopterus annectens）呼吸系统的单细胞转录组图谱，揭示了其陆地化的进化适应性 | 首次提供了西非肺鱼呼吸系统的单细胞转录组图谱，并比较了其与陆生四足动物和辐鳍鱼的细胞类型多样性 | NA | 探索脊椎动物呼吸系统进化及肺鱼陆地化的多样性 | 西非肺鱼的呼吸系统及其与陆生四足动物和辐鳍鱼的比较 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA |
| 262 | 2024-08-07 |
Sox11 is enriched in myogenic progenitors but dispensable for development and regeneration of the skeletal muscle
2023-09-13, Skeletal muscle
IF:5.3Q2
DOI:10.1186/s13395-023-00324-0
PMID:37705115
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了转录因子Sox11在肌肉卫星细胞中的表达及其对骨骼肌发育和再生的影响 | 发现Sox11在肌肉卫星细胞中特异性富集，但在肌肉发育和再生中并非必需 | Sox11在肌肉生成中的具体功能尚未明确 | 研究Sox11在肌肉卫星细胞分化和骨骼肌再生中的作用 | 肌肉卫星细胞和骨骼肌的发育与再生 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 年轻和老年小鼠的肌肉再生样本 |
| 263 | 2024-08-05 |
Identification and validation of core genes for type 2 diabetes mellitus by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2023-Sep-12, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-023-01321-1
PMID:37700362
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研究论文 | 本文通过单细胞和大规模RNA测序的整合分析，鉴定和验证了与2型糖尿病进展相关的核心基因。 | 首次结合单细胞RNA测序与常规转录组测序数据，探讨了2型糖尿病的关键基因及其作用机制。 | 只分析了有限的数据集，可能不全面代表所有T2DM患者的基因表达特征。 | 研究2型糖尿病的潜在机制和相关核心基因。 | 主要关注CDKN1C和DLK1这两个与2型糖尿病进展显著相关的基因。 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了两个独立的数据集，总体样本量未具体列出 |
| 264 | 2024-08-05 |
GREM1, LRPPRC and SLC39A4 as potential biomarkers of intervertebral disc degeneration: a bioinformatics analysis based on multiple microarray and single-cell sequencing data
2023-Sep-12, BMC musculoskeletal disorders
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12891-023-06854-4
PMID:37700277
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研究论文 | 本研究分析了与椎间盘退化相关的潜在生物标志物GREM1、LRPPRC和SLC39A4 | 提出了通过生物信息学方法识别IVDD中可靠和有效的基因治疗靶点的新视角 | IVDD的机制基础仍不清晰，可能影响研究结果的一致性 | 识别椎间盘退化的潜在生物标志物以指导基因治疗 | 分析IVDD患者和对照组的基因表达谱以识别差异表达基因 | 生物信息学 | 椎间盘退化 | 基因表达分析 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 涉及多个数据集，具体样本数量未给出 |
| 265 | 2024-08-07 |
Oit3, a promising hallmark gene for targeting liver sinusoidal endothelial cells
2023-09-12, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01621-2
PMID:37696816
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研究论文 | 本研究通过比较肝脏内皮细胞和肝窦内皮细胞的标记基因，识别并验证了Oit3作为肝窦内皮细胞的标志性基因，并构建了Oit3-CreERT2转基因小鼠模型 | 首次引入肝窦内皮细胞特异性标志基因Oit3，并成功构建了Oit3-CreERT2-tdTomato转基因小鼠模型 | NA | 探索肝窦内皮细胞特异性标志基因，并为研究肝脏疾病中的血管紊乱提供模型 | 肝窦内皮细胞及其在肝脏疾病中的作用 | NA | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | CreERT2转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 涉及多种细胞类型和转基因小鼠模型 |
| 266 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular heterogeneity in fibrocartilaginous enthesis formation
2023-09-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85873
PMID:37698466
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肩袖附着点的纤维软骨异生过程中的细胞和分子异质性 | 首次应用单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，详细描绘了肩袖附着点从出生后第一天到第八周的生长发育过程和分子动态变化 | 研究仅限于小鼠模型和特定的时间点，可能需要进一步的研究来验证和扩展这些发现 | 揭示肩袖附着点纤维软骨异生过程中的细胞异质性和分子动态变化 | 肩袖附着点的纤维软骨异生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三个样本 |
| 267 | 2024-08-05 |
High risk clear cell renal cell carcinoma microenvironments contain protumour immunophenotypes lacking specific immune checkpoints
2023-Sep-11, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-023-00441-5
PMID:37696903
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研究论文 | 本研究探讨了高风险透明细胞肾细胞癌微环境中缺乏特定免疫检查点的促肿瘤免疫表型 | 首次定义了透明细胞肾细胞癌微环境中的免疫细胞类型和状态，为预测ICI治疗的有利免疫表型提供了基础 | 样本量相对较小，限制了研究结果的普遍适用性 | 识别透明细胞肾细胞癌微环境中的免疫表型，以帮助确定适合免疫检查点抑制剂治疗的表型 | 来自六名高风险透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤及其周围组织样本 | 数字病理 | 肾癌 | 空间转录组测序 (ST-seq) | NA | 组织样本 | 共涉及6名患者，样本包括2个肿瘤旁组织样本、4个低级别组织样本和4个高级别组织样本 |
| 268 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis indicates fatty acid metabolism-mediated metastasis and immunosuppression in male breast cancer
2023-09-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41318-2
PMID:37696831
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了男性乳腺癌（MBC）中的脂肪酸代谢与肿瘤转移及免疫抑制的关系 | 首次揭示了MBC中脂肪酸代谢与肿瘤转移及免疫抑制的关联，并识别了MBC中癌细胞与T细胞之间的抑制性相互作用 | 研究样本仅包括六名MBC和十三名FBC患者，可能影响结果的普遍性 | 旨在理解男性乳腺癌的肿瘤免疫学和代谢特征 | 男性乳腺癌（MBC）及其与女性乳腺癌（FBC）的比较 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 111,038个单细胞来自六名MBC和十三名FBC患者的肿瘤组织 |
| 269 | 2024-08-07 |
ZINBMM: a general mixture model for simultaneous clustering and gene selection using single-cell transcriptomic data
2023-09-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03046-0
PMID:37697330
|
研究论文 | 本文提出了一种零膨胀负二项混合模型（ZINBMM），用于同时进行单细胞转录组数据的聚类和基因选择 | ZINBMM能够同时有效地进行scRNA-seq数据的聚类和基因选择，并能处理批次效应和丢失事件 | NA | 研究旨在开发一种新的方法，以揭示细胞类型和推断细胞谱系，并促进对细胞异质性的生物学理解 | 单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 混合模型 | 转录组数据 | 五个scRNA-seq数据集 |
| 270 | 2024-08-07 |
Impact of chemotherapeutic agents on liver microenvironment: oxaliplatin create a pro-metastatic landscape
2023-Sep-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02804-z
PMID:37697332
|
研究论文 | 研究化疗药物奥沙利铂对肝脏微环境的影响，发现其促进了结直肠癌的肝转移 | 首次揭示奥沙利铂通过改变肝脏免疫微环境，促进结直肠癌肝转移的现象 | 研究主要在动物模型中进行，需要进一步在临床样本中验证 | 探讨化疗药物奥沙利铂对肝脏微环境的影响及其与结直肠癌肝转移的关系 | 奥沙利铂对肝脏微环境的影响及结直肠癌肝转移 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用CT26细胞在BALB/c和BALB/c-nude小鼠中建立肝转移模型，并在结直肠癌患者中进行观察 |
| 271 | 2024-08-07 |
The relationship between regulatory changes in cis and trans and the evolution of gene expression in humans and chimpanzees
2023-09-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03019-3
PMID:37697401
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了人类和黑猩猩胚胎体中的基因表达调控变化，并探讨了cis和trans元素在物种间调控差异中的作用 | 首次使用人类-黑猩猩融合细胞系的胚胎体进行单细胞RNA测序，全面分析了物种间基因表达调控的差异 | 研究仅限于胚胎体样本，可能无法完全代表所有组织类型的基因表达调控 | 探讨人类和黑猩猩基因表达调控的进化关系 | 人类和黑猩猩的基因表达调控 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三个人的胚胎体和三个黑猩猩的胚胎体，共70种细胞类型 |
| 272 | 2024-08-07 |
Prognostic and immunological roles of IL18RAP in human cancers
2023-09-11, Aging
DOI:10.18632/aging.205017
PMID:37698530
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研究论文 | 本研究探讨了IL18RAP在多种癌症中的表达异常及其与肿瘤免疫和临床结果的关系 | 首次揭示了IL18RAP与肿瘤微环境的关系，及其在免疫细胞浸润和免疫治疗反应预测中的作用 | NA | 探索IL18RAP在癌症中的预后和免疫学作用 | IL18RAP在人类癌症中的表达及其对肿瘤微环境和免疫细胞的影响 | NA | NA | 生物信息学分析、多重免疫荧光染色、共培养迁移分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了三种人类癌细胞系（MDA-MB-231、U251和HepG2）以及人类和小鼠的癌症队列 |
| 273 | 2024-08-07 |
Identification of the therapeutic mechanism of the saffron crocus on glioma through network pharmacology and bioinformatics analysis
2023-Sep-10, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-023-02142-2
PMID:37691037
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研究论文 | 本研究通过网络药理学和生物信息学分析方法，探讨藏药西红花对胶质瘤的治疗机制 | 首次综合运用网络药理学和生物信息学方法，深入解析西红花对胶质瘤的作用机制 | 研究主要基于数据库分析，尚未进行实验验证 | 研究西红花对胶质瘤的治疗机制 | 西红花的活性成分及其对胶质瘤的作用 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤患者RNA-seq数据 |
| 274 | 2024-08-07 |
Zika virus targets human trophoblast stem cells and prevents syncytialization in placental trophoblast organoids
2023-09-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41158-0
PMID:37684223
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研究论文 | 研究探讨了寨卡病毒（ZIKV）对人类滋养层干细胞（hTSCs）的影响及其在胎盘滋养层器官样体中的病理效应 | 首次展示了hTSCs对ZIKV的易感性及其分化状态的影响，以及ZIKV感染对hTSC衍生滋养层器官样体结构和功能的破坏 | 研究主要集中在细胞和器官样体水平，未涉及临床样本或动物模型 | 探究ZIKV在早期人类胚胎中对胎盘滋养层前体细胞的感染性和病理效应 | 人类滋养层干细胞（hTSCs）及其衍生的滋养层器官样体 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 275 | 2024-08-07 |
Identification of co-diagnostic effect genes for aortic dissection and metabolic syndrome by multiple machine learning algorithms
2023-09-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41017-4
PMID:37684281
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研究论文 | 本研究通过多种机器学习算法识别主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因，并探索其潜在分子机制。 | 本研究首次通过机器学习算法识别出主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因，并揭示了它们的共同发病机制。 | 研究使用的数据集主要来自公共数据库，可能存在样本选择偏倚；此外，机器学习模型的泛化能力需要在更多独立数据集上进行验证。 | 探索主动脉夹层和代谢综合征的共同发病机制，并识别共诊断效应基因。 | 主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因及其潜在分子机制。 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA测序 | 随机森林、LASSO回归、XGBoost | RNA-seq数据 | 5个主动脉夹层bulk RNA-seq数据集，1个升主动脉瘤单细胞RNA-seq数据集，1个代谢综合征bulk RNA-seq数据集 |
| 276 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics identify TNFRSF1B as a novel T-cell exhaustion marker for ovarian cancer
2023-09, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1416
PMID:37712139
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研究论文 | 单细胞转录组学确认TNFRSF1B作为卵巢癌的新型T细胞耗竭标记 | 识别并验证了一种与卵巢癌预后不良相关的新型CD8+ TNFRSF1B+ T细胞耗竭亚群 | 尚未进行大规模临床试验验证TNFRSF1B作为靶点的实际治疗效果 | 探索新的免疫治疗标记以改善卵巢癌患者的免疫治疗反应 | 高分化浆液性卵巢癌、高度免疫抑制的肿瘤微环境中CD8+ T细胞的亚群 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 140名卵巢癌患者 |
| 277 | 2024-08-05 |
Taxane chemotherapy induces stromal injury that leads to breast cancer dormancy escape
2023-09, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002275
PMID:37699010
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研究论文 | 这篇文章展示了紫杉烷化疗如何损伤间质细胞，导致乳腺癌的休眠逃逸 | 提出通过针对促肿瘤细胞因子或抑制细胞因子信号通路来防止癌症复发的Novel治疗策略 | 未明确讨论研究的临床转化或普遍适用性 | 研究化疗后乳腺癌细胞休眠逃逸的机制 | 研究乳腺癌模型中的肿瘤细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | 肿瘤间质类器官模型和小鼠乳腺癌模型 | 细胞组织数据 | NA |
| 278 | 2024-08-05 |
Identification of experimentally-supported poly(A) sites in single-cell RNA-seq data with SCINPAS
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad079
PMID:37705828
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研究论文 | 这篇文章介绍了一种计算方法SCINPAS，用于从单细胞RNA测序数据中识别实验支持的poly(A)位点 | SCINPAS通过修改读数去重复步骤，优先选择远端读数，从而提高了poly(A)位点的恢复分辨率 | 该研究未提及任何具体的局限性 | 识别和量化不同细胞类型中的poly(A)位点 | 单细胞RNA测序数据中的poly(A)位点 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 279 | 2024-08-05 |
Long noncoding RNA Regulating ImMune Escape regulates mixed lineage leukaemia protein-1-H3K4me3-mediated immune escape in oesophageal squamous cell carcinoma
2023-09, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1410
PMID:37712124
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研究论文 | 本研究探讨了长非编码RNA (lncRNA) 在食管鳞状细胞癌免疫逃逸和免疫治疗抵抗中的作用 | 识别了一个与肿瘤免疫逃逸和免疫治疗抵抗相关的lncRNA，并阐明了其机制 | 尚未在临床环境中验证该lncRNA作为生物标志物的有效性 | 研究lncRNA在食管鳞状细胞癌免疫逃逸和免疫治疗中的作用 | 食管鳞状细胞癌及其免疫细胞相互作用 | 数字病理学 | 食管癌 | CRISPR-Cas9，单细胞测序，流式细胞术 | 人源化PBMC小鼠模型 | 生物样本，RNA序列 | 涉及食管鳞状细胞癌患者的样本以及huPBMC-NOG小鼠模型 |
| 280 | 2024-08-07 |
A Network Landscape of HPVOPC Reveals Methylation Alterations as Significant Drivers of Gene Expression via an Immune-Mediated GPCR Signal
2023-Sep-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15174379
PMID:37686653
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研究论文 | 本文通过网络传播分析研究了HPV相关口咽癌（HPVOPC）中多种肿瘤改变，包括DNA甲基化改变、可变剪接事件（ASE）和拷贝数变异（CNV），并验证了TCGA数据中的发现。 | 本文首次揭示了甲基化改变在HPVOPC中通过免疫介导的GPCR信号对基因表达的重要驱动作用，并发现CXCR3轴在肿瘤免疫交互中的调节作用。 | 本文的研究结果主要基于发现队列和TCGA数据的验证，需要进一步的临床研究来探索靶向治疗的机会。 | 阐明HPVOPC中肿瘤改变的相对贡献，特别是甲基化改变、ASE和CNV，以深入理解该疾病的致癌驱动因素。 | HPV相关口咽癌（HPVOPC）肿瘤及其肿瘤改变，包括DNA甲基化、可变剪接事件和拷贝数变异。 | 数字病理学 | 口咽癌 | 网络传播分析 | NA | DNA甲基化数据、基因表达数据 | 46例HPVOPC肿瘤和25例癌症无关对照 |