单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 450 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-07 |
Performance of tumour microenvironment deconvolution methods in breast cancer using single-cell simulated bulk mixtures
2023-09-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41385-5
PMID:37717006
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研究论文 | 本文通过使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据模拟大量混合物，比较了九种肿瘤微环境（TME）解卷积方法在乳腺癌中的性能 | 本文首次详细比较了九种TME解卷积方法在不同肿瘤纯度水平下的表现，并验证了这些方法在独立数据集上的准确性 | 大多数方法在肿瘤纯度增加时倾向于错误预测正常上皮细胞为癌细胞，且乳腺癌分子亚型对此有影响 | 评估和比较不同TME解卷积方法在乳腺癌中的性能 | 乳腺癌肿瘤微环境中的细胞组成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 数千个模拟的肿瘤混合物 | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-08-07 |
Deep dissection of stemness-related hierarchies in hepatocellular carcinoma
2023-09-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04425-8
PMID:37717019
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研究论文 | 本研究旨在构建一个与干细胞相关评分（SRscores）模型，以深入分析肝细胞癌（HCC）中与干细胞相关的基因，辅助预测HCC患者的预后和个性化治疗 | 首次构建了SRscores模型，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应，并发现LPCAT1基因在肿瘤组织中高表达并促进肿瘤细胞球形成 | NA | 构建与干细胞相关评分模型，分析肝细胞癌中与干细胞相关的基因，预测患者预后和免疫治疗反应 | 肝细胞癌（HCC）患者及其干细胞相关基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 免疫组织化学、随机森林、单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 基因数据 | 使用TCGA-LIHC数据集，具体样本数量未详述 | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-08-07 |
Continual learning approaches for single cell RNA sequencing data
2023-09-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42482-7
PMID:37714869
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研究论文 | 本文提出了一种持续学习方法，用于处理单细胞RNA测序数据中的硬件瓶颈问题 | 使用XGBoost和Catboost算法在持续学习框架下，相较于最佳的静态分类器，实现了高达10%的中位F1分数提升 | 算法在不同数据集间的数据特征变化下可能遭遇灾难性遗忘问题 | 解决处理大规模单细胞RNA测序数据时的硬件限制问题 | 单细胞RNA测序数据及其细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost, Catboost | 测序数据 | 大规模数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of single-cell transcriptome reveals heterogeneity in the tumor microenvironment of lung adenocarcinoma and brain metastases
2023-Sep-15, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00784-2
PMID:37715019
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境特征，并发现了一些新的潜在治疗靶点 | NA | 深入理解肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境特征，为脑转移瘤的治疗提供新的策略 | 肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 15个肺腺癌样本和10个脑转移瘤样本，共86,282个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-08-07 |
Sex differences in renal cell carcinoma: a single-cell analysis reveals exhausted CD8+ T-cells highly infiltrated in males
2023-09-15, Biology of sex differences
IF:4.9Q1
DOI:10.1186/s13293-023-00540-9
PMID:37715192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，探讨了肾细胞癌（RCC）患者肿瘤微环境（TME）中的性别差异，并探索了增强免疫治疗效果的潜在联合药物方案 | 首次揭示了雄激素-雄激素受体轴在男性RCC中对CD8+ T细胞功能障碍和耗竭的作用，并提出雄激素受体抑制剂与免疫治疗的联合使用可能是一种有前景的治疗策略 | NA | 研究肾细胞癌患者肿瘤微环境中的性别差异及其潜在机制，并探索增强免疫治疗效果的新策略 | 肾细胞癌患者的肿瘤微环境及CD8+ T细胞的状态 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（MxIF）、流式细胞术（FCM） | NA | 细胞 | 220,156个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-08-07 |
Polygenic regression uncovers trait-relevant cellular contexts through pathway activation transformation of single-cell RNA sequencing data
2023-Sep-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100383
PMID:37719150
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研究论文 | 本文开发了一种名为scPagwas的计算方法，通过整合单细胞RNA测序数据的路径激活转换和GWAS汇总统计数据，揭示与特征相关的细胞环境 | scPagwas方法有效地优先考虑与特征相关的基因，有助于高精度地识别与特征相关的细胞类型/群体 | NA | 旨在通过路径激活转换的单细胞RNA测序数据和GWAS汇总统计数据，发现与特征相关的细胞类型，并增强对疾病变异的机制理解 | 与特征相关的细胞环境和疾病相关的遗传变异 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及广泛的模拟和真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-08-07 |
A new immunological index for the elderly: high proportion of multiple TCR T cells based on scRNA-seq
2023-Sep-04, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0509-01
PMID:37733445
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-08-07 |
Correction to: Clustering spatial transcriptomics data
2023-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad574
PMID:37738522
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-08-07 |
Nutrient-driven dedifferentiation of enteroendocrine cells promotes adaptive intestinal growth in Drosophila
2023-09-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.022
PMID:37689060
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研究论文 | 本文研究了果蝇成虫中肠在营养波动下通过内分泌细胞去分化促进适应性肠道生长的机制 | 首次发现内分泌细胞在营养条件下可以转化为功能性肠道干细胞，并通过JAK-STAT途径激活 | NA | 探讨营养波动如何通过内分泌细胞去分化影响果蝇肠道生长 | 果蝇成虫中肠的内分泌细胞和肠道干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals light-induced chlorenchyma cells involved in promoting shoot regeneration in tomato callus
2023-09-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2310163120
PMID:37703282
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研究论文 | 该研究探讨了番茄愈伤组织中与光诱导相关的氯羧细胞在促进芽再生中的作用 | 首次探索了番茄愈伤组织在芽再生过程中的空间转录组，揭示了细胞群体的异质性和特定因素的作用 | 研究主要集中在番茄愈伤组织，结果是否能推广至其他植物未明 | 揭示番茄愈伤组织中芽再生的细胞和分子机制 | 番茄愈伤组织中的芽原基和周围细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-08-05 |
A cancer-associated fibroblast subtypes-based signature enables the evaluation of immunotherapy response and prognosis in bladder cancer
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107722
PMID:37694141
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研究论文 | 该研究识别了膀胱癌中的三种癌症相关成纤维细胞亚型，并构建了相关风险评分 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建了癌症相关成纤维细胞风险评分（CRRS），并评估其在膀胱癌免疫疗法反应和预后的价值 | 该研究的样本来自公开数据集，可能存在选择偏倚 | 探讨癌症相关成纤维细胞在膀胱癌肿瘤微环境中的作用 | 膀胱癌患者的癌症相关成纤维细胞亚型和基因特征 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 2042名患者，来自9个公共数据集和湘雅真实世界队列 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk tissue sequencing unravels the heterogeneity of synovial microenvironment in arthrofibrosis
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107379
PMID:37705954
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量组织测序技术，揭示了关节纤维化中滑膜微环境的异质性 | 本研究首次揭示了Engrailed-1 (EN1)作为与疾病严重程度和临床预后密切相关的关键转录因子，并发现了在关节纤维化发展中起关键作用的特定类型滑膜成纤维细胞DKK3-SLF | NA | 旨在揭示关节纤维化的潜在机制 | 关节纤维化患者的滑膜样本及动物模型 | 数字病理学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量组织RNA测序 (bulk-seq) | NA | RNA | 141名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-08-07 |
Time space and single-cell resolved tissue lineage trajectories and laterality of body plan at gastrulation
2023-09-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41482-5
PMID:37709743
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研究论文 | 本文通过计算建模，构建了小鼠胚胎原肠胚阶段单细胞分辨率的时空转录组图谱，揭示了细胞谱系在发育过程中的动态分子轨迹和不对称性。 | 本文首次在单细胞分辨率下构建了原肠胚阶段小鼠胚胎的时空转录组图谱，并揭示了BMP信号通路在胚胎发育中的不对称活动。 | NA | 研究原肠胚发育过程中细胞谱系分化的分子驱动因素和组织模式。 | 小鼠胚胎原肠胚阶段的细胞谱系和组织模式。 | 生物信息学 | NA | 计算建模 | NA | 转录组 | 小鼠胚胎原肠胚阶段的细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-08-05 |
Integrating TCGA and single-cell sequencing data for colorectal cancer: a 10-gene prognostic risk assessment model
2023-Sep-13, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00789-x
PMID:37702857
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于10基因的预后风险评估模型，用于结直肠癌的临床预测 | 结合了单细胞测序数据与TCGA数据的创新型10基因签名模型用于结直肠癌的预后预测 | 研究可能受到样本大小和数据来源的限制，需在更大和多样化的样本上验证 | 通过分析单细胞测序数据和TCGA数据，建立结直肠癌的预后评估模型 | 结直肠癌的细胞亚群和差异表达基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 研究基于TCGA数据集和GSE178318单细胞测序数据集的分析，具体样本数未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-08-05 |
Deep spatial-omics analysis of Head & Neck carcinomas provides alternative therapeutic targets and rationale for treatment failure
2023-Sep-13, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-023-00444-2
PMID:37704757
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研究论文 | 本文通过深度空间组学分析头颈癌，为替代治疗靶点和治疗失败的原因提供了依据 | 本研究创新性地结合了空间转录组学和空间蛋白组学，提出了新的治疗靶点并揭示了治疗失败的关联因素 | 样本数量较少，仅为单一患者的病例分析，可能影响结果的普遍性 | 探讨肿瘤的空间特征对癌症治疗结果的影响 | 一名诊断为p16 OPSCC并患有广泛肺转移的男性患者 | 数字病理学 | 头颈癌 | 空间转录组学，空间蛋白组学 | NA | 肿瘤组织样本 | 1名患者的肿瘤样本分析 | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of West African lungfish respiratory system reveals evolutionary adaptations to terrestrialization
2023-09-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41309-3
PMID:37699889
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研究论文 | 本文报道了西非肺鱼（Protopterus annectens）呼吸系统的单细胞转录组图谱，揭示了其陆地化的进化适应性 | 首次提供了西非肺鱼呼吸系统的单细胞转录组图谱，并比较了其与陆生四足动物和辐鳍鱼的细胞类型多样性 | NA | 探索脊椎动物呼吸系统进化及肺鱼陆地化的多样性 | 西非肺鱼的呼吸系统及其与陆生四足动物和辐鳍鱼的比较 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-08-07 |
Sox11 is enriched in myogenic progenitors but dispensable for development and regeneration of the skeletal muscle
2023-09-13, Skeletal muscle
IF:5.3Q2
DOI:10.1186/s13395-023-00324-0
PMID:37705115
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了转录因子Sox11在肌肉卫星细胞中的表达及其对骨骼肌发育和再生的影响 | 发现Sox11在肌肉卫星细胞中特异性富集，但在肌肉发育和再生中并非必需 | Sox11在肌肉生成中的具体功能尚未明确 | 研究Sox11在肌肉卫星细胞分化和骨骼肌再生中的作用 | 肌肉卫星细胞和骨骼肌的发育与再生 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 年轻和老年小鼠的肌肉再生样本 | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-08-05 |
Identification and validation of core genes for type 2 diabetes mellitus by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2023-Sep-12, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-023-01321-1
PMID:37700362
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研究论文 | 本文通过单细胞和大规模RNA测序的整合分析，鉴定和验证了与2型糖尿病进展相关的核心基因。 | 首次结合单细胞RNA测序与常规转录组测序数据，探讨了2型糖尿病的关键基因及其作用机制。 | 只分析了有限的数据集，可能不全面代表所有T2DM患者的基因表达特征。 | 研究2型糖尿病的潜在机制和相关核心基因。 | 主要关注CDKN1C和DLK1这两个与2型糖尿病进展显著相关的基因。 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了两个独立的数据集，总体样本量未具体列出 | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-08-05 |
GREM1, LRPPRC and SLC39A4 as potential biomarkers of intervertebral disc degeneration: a bioinformatics analysis based on multiple microarray and single-cell sequencing data
2023-Sep-12, BMC musculoskeletal disorders
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12891-023-06854-4
PMID:37700277
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研究论文 | 本研究分析了与椎间盘退化相关的潜在生物标志物GREM1、LRPPRC和SLC39A4 | 提出了通过生物信息学方法识别IVDD中可靠和有效的基因治疗靶点的新视角 | IVDD的机制基础仍不清晰，可能影响研究结果的一致性 | 识别椎间盘退化的潜在生物标志物以指导基因治疗 | 分析IVDD患者和对照组的基因表达谱以识别差异表达基因 | 生物信息学 | 椎间盘退化 | 基因表达分析 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 涉及多个数据集，具体样本数量未给出 | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-08-07 |
Oit3, a promising hallmark gene for targeting liver sinusoidal endothelial cells
2023-09-12, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01621-2
PMID:37696816
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研究论文 | 本研究通过比较肝脏内皮细胞和肝窦内皮细胞的标记基因，识别并验证了Oit3作为肝窦内皮细胞的标志性基因，并构建了Oit3-CreERT2转基因小鼠模型 | 首次引入肝窦内皮细胞特异性标志基因Oit3，并成功构建了Oit3-CreERT2-tdTomato转基因小鼠模型 | NA | 探索肝窦内皮细胞特异性标志基因，并为研究肝脏疾病中的血管紊乱提供模型 | 肝窦内皮细胞及其在肝脏疾病中的作用 | NA | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | CreERT2转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 涉及多种细胞类型和转基因小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |