单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-05 |
Disparities in spatially variable gene calling highlight the need for benchmarking spatial transcriptomics methods
2023-09-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03045-1
PMID:37723583
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研究论文 | 本研究比较了多个专门用于识别空间可变基因的工具的性能，强调了方法的基准测试需求 | 首次系统比较了6个专用软件包在不同数据集上的表现，揭示了结果之间的差异 | 缺乏已验证的基准测试方法来准确评估现有工具的性能 | 改进空间转录组学方法用于识别空间可变基因 | 比较6个用于SVG识别的软件包在多个公共和模拟数据集上的结果 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 公共数据集和模拟数据集 | 9个公共数据集和5个模拟数据集 |
| 242 | 2024-08-05 |
A comprehensive analysis of the role of QPRT in breast cancer
2023-09-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42566-4
PMID:37723185
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研究论文 | 本文探讨了QPRT在乳腺癌中的临床角色 | 提供了QPRT在乳腺癌中的表达、甲基化水平及预后价值的综合分析 | 可能受到数据来源和样本选择的限制 | 研究QPRT在乳腺癌中的作用和预后潜力 | 乳腺癌患者和细胞系中的QPRT表达及其相关性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | TCGA数据分析, GEO数据集验证, ROC曲线 | NA | 基因表达数据, 甲基化数据, 生存数据 | 涉及多种乳腺癌组织样本和细胞系的数据 |
| 243 | 2024-08-07 |
COL5A2 is a prognostic-related biomarker and correlated with immune infiltrates in gastric cancer based on transcriptomics and single-cell RNA sequencing
2023-09-18, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01659-9
PMID:37723519
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研究论文 | 本研究探讨了COL5A2在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系，基于转录组学和单细胞RNA测序数据分析 | 首次揭示了COL5A2在胃癌中的表达与免疫浸润和预后的关联，并探讨了其作为治疗干预策略的潜力 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性 | 评估COL5A2作为胃癌预后标志物的潜力及其与免疫浸润的关系 | 胃癌患者的转录组和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，具体样本数量未在摘要中明确 |
| 244 | 2024-08-07 |
Prediction of survival and immunotherapy response by the combined classifier of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment in melanoma
2023-Sep-16, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-023-01346-6
PMID:37716991
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研究论文 | 本文通过结合G蛋白偶联受体（GPCRs）和肿瘤微环境（TME）的多组学分析，开发了一种分类器，用于预测黑色素瘤患者的生存率和免疫治疗反应 | 首次结合GPCRs和TME从多组学角度预测黑色素瘤患者的生存率和免疫治疗反应 | NA | 开发一种能够有效预测黑色素瘤患者生存率和免疫治疗反应的分类器 | 黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），实时定量聚合酶链反应（qPCR） | 机器学习算法 | 基因突变，免疫治疗反应，临床病理特征数据 | 涉及A375和HaCaT细胞系以及多个黑色素瘤免疫治疗队列 |
| 245 | 2024-08-07 |
Performance of tumour microenvironment deconvolution methods in breast cancer using single-cell simulated bulk mixtures
2023-09-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41385-5
PMID:37717006
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研究论文 | 本文通过使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据模拟大量混合物，比较了九种肿瘤微环境（TME）解卷积方法在乳腺癌中的性能 | 本文首次详细比较了九种TME解卷积方法在不同肿瘤纯度水平下的表现，并验证了这些方法在独立数据集上的准确性 | 大多数方法在肿瘤纯度增加时倾向于错误预测正常上皮细胞为癌细胞，且乳腺癌分子亚型对此有影响 | 评估和比较不同TME解卷积方法在乳腺癌中的性能 | 乳腺癌肿瘤微环境中的细胞组成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 数千个模拟的肿瘤混合物 |
| 246 | 2024-08-07 |
Deep dissection of stemness-related hierarchies in hepatocellular carcinoma
2023-09-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04425-8
PMID:37717019
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研究论文 | 本研究旨在构建一个与干细胞相关评分（SRscores）模型，以深入分析肝细胞癌（HCC）中与干细胞相关的基因，辅助预测HCC患者的预后和个性化治疗 | 首次构建了SRscores模型，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应，并发现LPCAT1基因在肿瘤组织中高表达并促进肿瘤细胞球形成 | NA | 构建与干细胞相关评分模型，分析肝细胞癌中与干细胞相关的基因，预测患者预后和免疫治疗反应 | 肝细胞癌（HCC）患者及其干细胞相关基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 免疫组织化学、随机森林、单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 基因数据 | 使用TCGA-LIHC数据集，具体样本数量未详述 |
| 247 | 2024-08-07 |
Continual learning approaches for single cell RNA sequencing data
2023-09-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42482-7
PMID:37714869
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研究论文 | 本文提出了一种持续学习方法，用于处理单细胞RNA测序数据中的硬件瓶颈问题 | 使用XGBoost和Catboost算法在持续学习框架下，相较于最佳的静态分类器，实现了高达10%的中位F1分数提升 | 算法在不同数据集间的数据特征变化下可能遭遇灾难性遗忘问题 | 解决处理大规模单细胞RNA测序数据时的硬件限制问题 | 单细胞RNA测序数据及其细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost, Catboost | 测序数据 | 大规模数据集 |
| 248 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of single-cell transcriptome reveals heterogeneity in the tumor microenvironment of lung adenocarcinoma and brain metastases
2023-Sep-15, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00784-2
PMID:37715019
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境特征，并发现了一些新的潜在治疗靶点 | NA | 深入理解肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境特征，为脑转移瘤的治疗提供新的策略 | 肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 15个肺腺癌样本和10个脑转移瘤样本，共86,282个单细胞 |
| 249 | 2024-08-07 |
Sex differences in renal cell carcinoma: a single-cell analysis reveals exhausted CD8+ T-cells highly infiltrated in males
2023-09-15, Biology of sex differences
IF:4.9Q1
DOI:10.1186/s13293-023-00540-9
PMID:37715192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，探讨了肾细胞癌（RCC）患者肿瘤微环境（TME）中的性别差异，并探索了增强免疫治疗效果的潜在联合药物方案 | 首次揭示了雄激素-雄激素受体轴在男性RCC中对CD8+ T细胞功能障碍和耗竭的作用，并提出雄激素受体抑制剂与免疫治疗的联合使用可能是一种有前景的治疗策略 | NA | 研究肾细胞癌患者肿瘤微环境中的性别差异及其潜在机制，并探索增强免疫治疗效果的新策略 | 肾细胞癌患者的肿瘤微环境及CD8+ T细胞的状态 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（MxIF）、流式细胞术（FCM） | NA | 细胞 | 220,156个细胞 |
| 250 | 2024-08-07 |
Polygenic regression uncovers trait-relevant cellular contexts through pathway activation transformation of single-cell RNA sequencing data
2023-Sep-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100383
PMID:37719150
|
研究论文 | 本文开发了一种名为scPagwas的计算方法，通过整合单细胞RNA测序数据的路径激活转换和GWAS汇总统计数据，揭示与特征相关的细胞环境 | scPagwas方法有效地优先考虑与特征相关的基因，有助于高精度地识别与特征相关的细胞类型/群体 | NA | 旨在通过路径激活转换的单细胞RNA测序数据和GWAS汇总统计数据，发现与特征相关的细胞类型，并增强对疾病变异的机制理解 | 与特征相关的细胞环境和疾病相关的遗传变异 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及广泛的模拟和真实数据集 |
| 251 | 2024-08-07 |
Germ cells do not progress through spermatogenesis in the infertile zebrafish testis
2023-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.05.556432
PMID:37732254
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，生成了斑马鱼睾丸的发育图谱，并描述了在生育期和生育后睾丸中的细胞特征变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了斑马鱼睾丸在生育能力下降过程中的细胞和分子变化 | NA | 探究斑马鱼睾丸在生育能力下降过程中的分子和细胞机制 | 斑马鱼睾丸中的生殖细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了5个时间点的斑马鱼样本 |
| 252 | 2024-08-07 |
A new immunological index for the elderly: high proportion of multiple TCR T cells based on scRNA-seq
2023-Sep-04, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0509-01
PMID:37733445
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-08-07 |
Correction to: Clustering spatial transcriptomics data
2023-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad574
PMID:37738522
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-08-07 |
Nutrient-driven dedifferentiation of enteroendocrine cells promotes adaptive intestinal growth in Drosophila
2023-09-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.022
PMID:37689060
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研究论文 | 本文研究了果蝇成虫中肠在营养波动下通过内分泌细胞去分化促进适应性肠道生长的机制 | 首次发现内分泌细胞在营养条件下可以转化为功能性肠道干细胞，并通过JAK-STAT途径激活 | NA | 探讨营养波动如何通过内分泌细胞去分化影响果蝇肠道生长 | 果蝇成虫中肠的内分泌细胞和肠道干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 255 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals light-induced chlorenchyma cells involved in promoting shoot regeneration in tomato callus
2023-09-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2310163120
PMID:37703282
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研究论文 | 该研究探讨了番茄愈伤组织中与光诱导相关的氯羧细胞在促进芽再生中的作用 | 首次探索了番茄愈伤组织在芽再生过程中的空间转录组，揭示了细胞群体的异质性和特定因素的作用 | 研究主要集中在番茄愈伤组织，结果是否能推广至其他植物未明 | 揭示番茄愈伤组织中芽再生的细胞和分子机制 | 番茄愈伤组织中的芽原基和周围细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 256 | 2024-08-05 |
A cancer-associated fibroblast subtypes-based signature enables the evaluation of immunotherapy response and prognosis in bladder cancer
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107722
PMID:37694141
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研究论文 | 该研究识别了膀胱癌中的三种癌症相关成纤维细胞亚型，并构建了相关风险评分 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建了癌症相关成纤维细胞风险评分（CRRS），并评估其在膀胱癌免疫疗法反应和预后的价值 | 该研究的样本来自公开数据集，可能存在选择偏倚 | 探讨癌症相关成纤维细胞在膀胱癌肿瘤微环境中的作用 | 膀胱癌患者的癌症相关成纤维细胞亚型和基因特征 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 2042名患者，来自9个公共数据集和湘雅真实世界队列 |
| 257 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk tissue sequencing unravels the heterogeneity of synovial microenvironment in arthrofibrosis
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107379
PMID:37705954
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量组织测序技术，揭示了关节纤维化中滑膜微环境的异质性 | 本研究首次揭示了Engrailed-1 (EN1)作为与疾病严重程度和临床预后密切相关的关键转录因子，并发现了在关节纤维化发展中起关键作用的特定类型滑膜成纤维细胞DKK3-SLF | NA | 旨在揭示关节纤维化的潜在机制 | 关节纤维化患者的滑膜样本及动物模型 | 数字病理学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量组织RNA测序 (bulk-seq) | NA | RNA | 141名患者 |
| 258 | 2024-08-07 |
Bulk RNA-seq and scRNA-seq reveal SLC7A11, a key regulatory molecule of ferroptosis, is a prognostic-related biomarker and highly related to the immune system in lung adenocarcinoma
2023-Sep-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034876
PMID:37713821
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq分析，揭示SLC7A11在肺腺癌中的表达及其与免疫系统和预后的关系 | 首次探讨SLC7A11作为肺腺癌预后相关生物标志物及其与免疫治疗效果的关系 | NA | 研究SLC7A11在肺腺癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | SLC7A11在肺腺癌中的表达及其与免疫系统和预后的关系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA-seq | NA | RNA | 来自The Cancer Genome Altas和Gene Expression Omnibus数据库的数据 |
| 259 | 2024-08-07 |
Time space and single-cell resolved tissue lineage trajectories and laterality of body plan at gastrulation
2023-09-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41482-5
PMID:37709743
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研究论文 | 本文通过计算建模，构建了小鼠胚胎原肠胚阶段单细胞分辨率的时空转录组图谱，揭示了细胞谱系在发育过程中的动态分子轨迹和不对称性。 | 本文首次在单细胞分辨率下构建了原肠胚阶段小鼠胚胎的时空转录组图谱，并揭示了BMP信号通路在胚胎发育中的不对称活动。 | NA | 研究原肠胚发育过程中细胞谱系分化的分子驱动因素和组织模式。 | 小鼠胚胎原肠胚阶段的细胞谱系和组织模式。 | 生物信息学 | NA | 计算建模 | NA | 转录组 | 小鼠胚胎原肠胚阶段的细胞群体 |
| 260 | 2024-08-05 |
Integrating TCGA and single-cell sequencing data for colorectal cancer: a 10-gene prognostic risk assessment model
2023-Sep-13, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00789-x
PMID:37702857
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研究论文 | 本研究提出了一种基于10基因的预后风险评估模型，用于结直肠癌的临床预测 | 结合了单细胞测序数据与TCGA数据的创新型10基因签名模型用于结直肠癌的预后预测 | 研究可能受到样本大小和数据来源的限制，需在更大和多样化的样本上验证 | 通过分析单细胞测序数据和TCGA数据，建立结直肠癌的预后评估模型 | 结直肠癌的细胞亚群和差异表达基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 研究基于TCGA数据集和GSE178318单细胞测序数据集的分析，具体样本数未明确提及 |