单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-05 |
Elucidating Cuproptosis-Associated Genes in the Progression from Nash to HCC Using Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analyses and Experimental Validation
2023-Sep-11, Medicina (Kaunas, Lithuania)
DOI:10.3390/medicina59091639
PMID:37763758
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研究论文 | 本研究探讨了与杯死亡相关的基因在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）向肝细胞癌（HCC）进展中的作用 | 发现FDX1等基因在NASH和NASH向HCC进展过程中起着关键作用，并构建了与杯死亡相关的基因簇 | 研究未提及样本量的具体细节和方法的广泛应用性 | 探讨杯死亡相关基因在NASH与HCC进展中的角色与机制 | NASH患者及其向HCC进展的病例 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种NASH患者的模型和人类样本 |
| 222 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Immuno-Oncology Characteristics of Tumor-Infiltrating T Lymphocytes in Photodynamic Therapy-Treated Colorectal Cancer Mouse Model
2023-Sep-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241813913
PMID:37762216
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了光动力疗法治疗结直肠癌小鼠模型中肿瘤浸润T淋巴细胞的免疫肿瘤学特征 | 首次揭示了光动力疗法通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞，特别是增加CD8激活T细胞和CD8细胞毒性T细胞，减少耗竭CD8 T细胞，从而增强抗肿瘤免疫 | NA | 探究光动力疗法在结直肠癌治疗中的免疫调节机制 | 结直肠癌小鼠模型中的肿瘤浸润T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用人源化的PD-1/PD-L1 MC38细胞异种移植小鼠模型 |
| 223 | 2024-08-05 |
Dissecting the Molecular Mechanisms Driving Electropathology in Atrial Fibrillation: Deployment of RNA Sequencing and Transcriptomic Analyses
2023-09-09, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12182242
PMID:37759465
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综述 | 本文综述了房颤中分子机制的解析，特别是RNA测序和转录组分析的应用 | 提供了关于房颤相关的转录组变化的新见解，并介绍了新的RNA-seq方法 | 未明确讨论实验模型与人类研究结果之间的所有差异 | 深入理解驱动房颤的电病理学的分子根源 | 关注房颤患者与正常心律控制组之间的转录组差异 | 数字病理学 | 房颤 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多项房颤患者的房腔组织样本 |
| 224 | 2024-08-07 |
A Novel Lipid Metabolism and Endoplasmic Reticulum Stress-Related Risk Model for Predicting Immune Infiltration and Prognosis in Colorectal Cancer
2023-Sep-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241813854
PMID:37762157
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研究论文 | 本研究构建了一个基于脂质代谢和内质网应激相关基因的预测结直肠癌患者预后和免疫反应的预后特征模型 | 首次开发了一个结合脂质代谢和内质网应激相关基因的风险模型，用于预测结直肠癌的预后和免疫浸润 | NA | 旨在预测结直肠癌患者的预后和免疫反应 | 结直肠癌患者 | NA | 结直肠癌 | RNA测序 | LASSO回归 | RNA序列数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的RNA测序和临床数据 |
| 225 | 2024-08-07 |
Current Status of Next-Generation Sequencing in Bone Genetic Diseases
2023-Sep-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241813802
PMID:37762102
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研究论文 | 本文讨论了下一代测序（NGS）在骨遗传疾病中的应用现状 | NGS技术的发展显著提高了遗传分析的速度和容量，并扩展到基因组、表观基因组、宏基因组和转录组分析 | NA | 探讨NGS在骨遗传疾病中的应用 | 骨组织及其相关的遗传疾病 | 基因组学 | 骨疾病 | NGS | NA | 基因组、表观基因组、转录组数据 | NA |
| 226 | 2024-08-07 |
Identification of Colon Immune Cell Marker Genes Using Machine Learning Methods
2023-Sep-07, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13091876
PMID:37763280
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法分析单细胞RNA测序数据，旨在筛选结肠肿瘤微环境中25种候选免疫细胞类型的遗传标记基因 | 采用五种特征排序算法和增量特征选择方法，结合决策树和随机森林分类算法，筛选出不同免疫细胞亚型的标记基因 | NA | 筛选结肠肿瘤微环境中免疫细胞类型的遗传标记基因，并揭示其定量差异 | 结肠肿瘤微环境中的25种候选免疫细胞类型 | 机器学习 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | 决策树, 随机森林 | 基因表达数据 | 41,650个细胞，每个细胞表达22,164个基因 |
| 227 | 2024-08-07 |
Establishment of a Seven-Gene Signature Associated with CD8+ T Cells through the Utilization of Both Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Techniques in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2023-Sep-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241813729
PMID:37762031
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，在透明细胞肾细胞癌中建立了一个与CD8+ T细胞相关的七基因标志物 | 首次通过结合单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了与CD8+ T细胞相关的基因标志物，用于透明细胞肾细胞癌的预后评估和免疫治疗反应预测 | 研究样本仅来自TCGA和IMvigor210队列，可能需要更多样本来验证基因标志物的普遍性 | 确定与CD8+ T细胞相关的分子标志物，用于透明细胞肾细胞癌的诊断和治疗 | 透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤免疫微环境中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | LASSO-Cox分析 | RNA测序数据 | 来自TCGA的透明细胞肾细胞癌患者被随机分配到测试组和训练组，IMvigor210队列用于评估标志物的有效性 |
| 228 | 2024-08-07 |
ScRNA-seq revealed disruption in CD8+ NKG2A+ natural killer T cells in patients after liver transplantation and immunosuppressive therapy
2023-Sep, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.990
PMID:37773707
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术分析了肝移植患者在接受免疫抑制治疗后的免疫细胞组成和基因表达变化 | 首次揭示了肝移植后CD8+ NKG2A+自然杀伤T细胞的动态变化及其在免疫耐受中的重要作用 | NA | 阐明肝移植后免疫耐受的机制 | 肝移植患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 肝移植 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了17,462个外周血单个核细胞，来自一个正常个体和四个接受肝移植及免疫抑制治疗的患者 |
| 229 | 2024-08-05 |
Microfluidic design in single-cell sequencing and application to cancer precision medicine
2023-09-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100591
PMID:37725985
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综述 | 本文评估了微流体设计在单细胞测序和癌症精准医学中的应用 | 讨论了微流体架构如何促进单细胞组学分析在肿瘤学研究中的最新应用 | 未详细描述微流体方法在不同癌症类型中的适用性 | 探讨微流体技术在单细胞测序中的重要性和潜在应用 | 单细胞测序技术及其在肿瘤研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 组学数据 | NA |
| 230 | 2024-08-07 |
Synovium is a sensitive tissue for mapping the negative effects of systemic iron overload in osteoarthritis: identification and validation of two potential targets
2023-09-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04541-5
PMID:37741987
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研究论文 | 本研究旨在探讨骨关节炎（OA）患者中与铁超载相关的潜在靶基因 | 识别并验证了JUN和ZFP36作为OA治疗中减轻铁超载的潜在靶基因 | 需要进一步研究JUN和ZFP36在OA发病机制中诱导细胞成分变化的作用 | 研究骨关节炎中与铁超载相关的潜在靶基因 | 骨关节炎患者的滑膜组织 | NA | 骨关节炎 | 定量逆转录-PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学, ELISA | NA | RNA测序数据 | 使用了多个微阵列数据集和单细胞RNA测序数据集 |
| 231 | 2024-08-07 |
Establishing a prognostic model based on immune-related genes and identification of BIRC5 as a potential biomarker for lung adenocarcinoma patients
2023-Sep-23, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11249-8
PMID:37741993
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研究论文 | 本文构建了一个基于免疫相关基因的预测模型，并识别BIRC5作为肺腺癌潜在的生物标志物 | 本文首次利用免疫相关mRNA构建预测模型，并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了BIRC5的功能 | NA | 开发一种基于免疫基因的预测模型，用于早期诊断和准确预测肺腺癌的预后 | 肺腺癌患者及其免疫相关基因 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | NA |
| 232 | 2024-08-05 |
Hypoxia-induced AFAP1L1 regulates pathological neovascularization via the YAP-DLL4-NOTCH axis
2023-09-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04503-x
PMID:37737201
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研究论文 | 本研究探讨了AFAP1L1在肿瘤和眼部病理性新生血管形成中的作用 | 首次确认AFAP1L1作为一种与缺氧相关的调节蛋白，通过YAP-DLL4-NOTCH轴抑制血管生成 | 目前尚未探讨AFAP1L1在其他类型疾病中的影响 | 研究AFAP1L1在调控病理性新生血管形成中的机制和作用 | 肿瘤细胞和人脐静脉内皮细胞(HUVECs) | 数字病理学 | 肿瘤和眼部病理性新生血管疾病 | 高通量测序技术，qRT-PCR，西方印迹 | 肿瘤异种移植模型和眼部病理性新生血管模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 233 | 2024-08-05 |
Defining and identifying cell sub-crosstalk pairs for characterizing cell-cell communication patterns
2023-09-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42883-8
PMID:37735248
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研究论文 | 本研究通过定义和识别细胞亚间质对来表征细胞间通信模式 | 提出了细胞亚间质对（CSCP）的概念，能够识别细胞亚群之间的相似信号，揭示被掩盖的配体-受体相互作用 | 研究可能受限于所用的数据集和方法，需在更广泛的样本上验证 | 旨在通过细分细胞类型的亚群体，深入理解组织和肿瘤微环境中的细胞间通信 | 使用小鼠嗅球和视觉皮层的单细胞空间转录组数据进行分析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 来自29名不同免疫治疗反应的乳腺癌患者的单细胞转录组数据 |
| 234 | 2024-08-05 |
Reducing gut microbiome-driven adipose tissue inflammation alleviates metabolic syndrome
2023-09-21, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01637-4
PMID:37735685
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研究论文 | 这篇文章探讨了啤酒花衍生的类黄酮对饮食诱导的肥胖和代谢综合症的影响 | 本研究首次揭示了四羟基黄酮在减轻脂肪组织中巨噬细胞介导的炎症中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类的临床验证 | 识别和开发能够减少代谢综合症影响的干预措施 | 小鼠模型，尤其是C57Bl/6J小鼠 | 数字病理学 | 代谢综合症 | 16S rRNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | C57Bl/6J小鼠实验 |
| 235 | 2024-08-05 |
Characterization of tumor microenvironment and tumor immunology based on the double-stranded RNA-binding protein related genes in cervical cancer
2023-09-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04505-9
PMID:37735483
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研究论文 | 该文章探讨了与宫颈癌相关的双链RNA结合蛋白的基因特征与肿瘤免疫环境. | 研究揭示了dsRBP在宫颈癌预后和肿瘤免疫调节中的重要作用，并开发了基于dsRBP特征的风险模型. | 研究主要基于单一人群样本和公开数据集，可能限制了结果的普遍适用性. | 本研究的目的是探讨dsRBP在宫颈癌中的作用以及其对预后和免疫治疗的影响. | 研究对象是来自地方队列的宫颈癌患者的肿瘤样本. | 数字病理学 | 宫颈癌 | RNA-seq | Cox模型 | RNA测序数据 | 使用了地方队列中的宫颈癌患者肿瘤样本，并利用了多个外部验证数据集 |
| 236 | 2024-08-07 |
Dynamic single-cell mapping unveils Epstein‒Barr virus-imprinted T-cell exhaustion and on-treatment response
2023-09-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01622-1
PMID:37735150
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研究论文 | 本研究通过纵向单细胞RNA测序和配对的单细胞TCR/BCR测序，精细刻画了接受免疫化疗的人类EBV阳性胃癌的动态肿瘤免疫环境，揭示了EBV印迹的T细胞耗竭和治疗反应的细胞基础。 | 首次详细描述了EBV阳性胃癌中免疫化疗如何触发效应T细胞的克隆复兴和重新激活，以及这些变化如何决定治疗反应。 | 研究主要集中在EBV阳性胃癌患者，可能不适用于所有胃癌患者。 | 旨在精细刻画EBV阳性胃癌在接受免疫化疗后的动态肿瘤免疫环境。 | EBV阳性胃癌患者的肿瘤免疫环境及免疫化疗后的T细胞反应。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 237 | 2024-08-07 |
Identification of memory B-cell-associated miRNA signature to establish a prognostic model in gastric adenocarcinoma
2023-09-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04366-2
PMID:37735667
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和mRNA-miRNA共表达网络，识别与记忆B细胞相关的miRNA特征，并构建了一个胃腺癌的预后风险模型。 | 首次研究了记忆B细胞相关的miRNA在预测胃腺癌预后中的应用，并构建了一个基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据的预后风险模型。 | NA | 研究记忆B细胞相关的miRNA在胃腺癌预后预测中的作用。 | 记忆B细胞相关的miRNA及其在胃腺癌预后中的应用。 | NA | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 238 | 2024-08-05 |
singleCellBase: a high-quality manually curated database of cell markers for single cell annotation across multiple species
2023-Sep-20, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-023-00523-3
PMID:37730627
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研究论文 | singleCellBase是一个高质量人工整理的细胞标记数据库，用于跨多物种的单细胞注释 | 提供了一个包含1,221种细胞类型和8,740个细胞标记基因的手动整理资源，涵盖31种物种 | 目前高质量已知标记基因与细胞类型之间的关系仍然有限，主要集中在人类和小鼠之外的物种 | 提供一个用户友好的界面，帮助科学界浏览和使用细胞标记和细胞类型的记录 | 涉及高质量细胞类型和基因标记的关联数据 | 数字病理学 | 464种疾病/状态 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据库 | 9,158条记录，涵盖1,221种细胞类型和8,740个基因 |
| 239 | 2024-08-07 |
Inferring single-cell gene regulatory network by non-redundant mutual information
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad326
PMID:37715282
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Normi的新型基因调控网络（GRN）推断方法，该方法基于非冗余互信息 | Normi方法通过滑动固定大小的窗口和平均平滑策略处理伪时间信息中的噪声和数据集中的大量缺失值，使用混合KSG估计器量化基因间的高阶时间延迟互信息，并通过Max-Relevance和Min Redundancy算法过滤冗余边，以及通过距离相关确定每对基因的最佳时间延迟 | NA | 解析复杂的基因调控网络 | 单细胞基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 240 | 2024-08-07 |
A CCL2+DPP4+ subset of mesenchymal stem cells expedites aberrant formation of creeping fat in humans
2023-09-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41418-z
PMID:37730641
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研究论文 | 本研究通过脂质组学和单细胞RNA测序分析，揭示了在克罗恩病患者中，一种特定的间充质干细胞亚群CCL2+DPP4+在爬行脂肪形成中的作用 | 首次鉴定出CCL2+DPP4+间充质干细胞亚群在爬行脂肪形成中的作用，并揭示了其与CCL20CD14单核细胞和IL-6的相互作用 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探究爬行脂肪的形成机制及其在克罗恩病治疗中的潜在应用 | 克罗恩病患者的肠系膜脂肪组织和健康对照组的肠系膜脂肪组织 | NA | 克罗恩病 | 脂质组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 克罗恩病患者22人（16男6女），健康对照15人（5男10女） |