单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-05	Transcription factor E4F1 dictates spermatogonial stem cell fate decisions by regulating mitochondrial functions and cell cycle progression 2023-Sep-25, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-023-01134-z PMID:37749649	研究论文	本研究探讨了转录因子E4F1如何通过调节线粒体功能和细胞周期进程来影响精原干细胞的命运决策	本研究首次揭示E4F1在精原干细胞发展和维持中的关键作用，特别是在细胞代谢和命运决策中的新机制	该研究主要集中于小鼠模型，结果的普遍性可能受到限制	探求转录因子E4F1在精原干细胞命运决策中的角色及其机制	未分化的精原干细胞及其代谢程序	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	控制组和缺失E4F1的小鼠精原细胞
202	2024-08-05	Three-dimensional molecular cartography of human cerebral organoids revealed by double-barcoded spatial transcriptomics 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100573 PMID:37751695	研究论文	本文介绍了一种低成本的制造双条形码DNA阵列的策略，用于大规模空间转录组学研究	提出了制造分子双条形码DNA阵列的新策略，从而使大型空间转录组学研究成为可能	在多组织切片和三维组织重建的扩展上仍然面临挑战和成本限制	提高对复杂组织的理解，尤其是人脑类器官的基因表达	人类脑类器官	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	多个连续切片的人类脑类器官
203	2024-08-05	Evolutionary signatures of human cancers revealed via genomic analysis of over 35,000 patients 2023-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41670-3 PMID:37749078	研究论文	本文通过对超过35,000名患者的基因组分析揭示了人类癌症的进化特征	提出了一个名为ASCETIC的框架来提取与不同疾病结果相关的癌症进化特征	研究可能受限于所使用的数据集的代表性和多样性	探讨癌症的进化过程及其对预测癌症进展的影响	研究对象包括不同类型癌症患者的基因组数据	数字病理学	肺癌	测序技术	NA	基因组数据	超过35,000名患者的样本
204	2024-08-07	Transcriptional profiling of dental sensory and proprioceptive trigeminal neurons using single-cell RNA sequencing 2023-09-25, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-023-00246-z PMID:37749100	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术结合逆行追踪法，分析了牙本质感觉和本体感受三叉神经元的转录特征	首次揭示了牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元的内在转录特征，并发现了这些神经元在机械痛觉和本体感觉中的特殊功能	NA	研究牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元的分子身份	牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠样本
205	2024-08-07	Network pharmacology and experimental verification-based strategy for exploring the mechanisms of luteolin in the treatment of osteosarcoma 2023-Sep-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-023-03046-x PMID:37749554	研究论文	本研究通过网络药理学和实验验证策略，探索了木犀草素治疗骨肉瘤的作用机制。	本研究整合了网络药理学预测、单细胞RNA测序分析、分子对接和实验验证，以揭示木犀草素抑制骨肉瘤增殖和转移的机制。	NA	阐明木犀草素基于网络药理学和实验验证的抗骨肉瘤机制。	木犀草素对骨肉瘤的抑制作用及其机制。	NA	骨肉瘤	scRNA-seq, 分子对接	NA	基因表达数据	涉及251个木犀草素对抗骨肉瘤靶点和8个关键靶点，以及骨肉瘤原位小鼠模型。
206	2024-08-05	Self-supervised deep clustering of single-cell RNA-seq data to hierarchically detect rare cell populations 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad335 PMID:37769630	研究论文	本文介绍了一种名为DeepScena的自监督深度聚类工具，用于分层检测稀有细胞群体	创新性地结合了非线性降维、基于负二项分布的卷积自编码器和自我监督模型来增强细胞相似性	现有聚类方法无法准确捕捉数据的分布类型或充分利用细胞之间的关系	探索自监督深度聚类在单细胞RNA测序数据中的应用，以提高稀有细胞群体的检测能力	使用大型单细胞RNA-seq数据集对DeepScena的聚类性能进行评估	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	卷积自编码器	基因表达数据	多个大型scRNA-seq数据集
207	2024-08-07	GOWDL: gene ontology-driven wide and deep learning model for cell typing of scRNA-seq data 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad332 PMID:37756593	研究论文	本文介绍了一种基于基因本体驱动的宽深学习模型（GOWDL），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类	GOWDL模型结合了基因本体的功能注释和特定细胞类型的标记基因，实现了混合架构	在召回率方面，GOWDL达到了约92%，而最佳工具达到了97%	开发一种自动分类方法，用于基于最新的深度学习技术对单细胞RNA测序数据进行细胞类型分类	单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	宽深学习模型	基因表达数据	涉及多种组织
208	2024-08-07	scRNA-seq Reveals the Mechanism of Fatty Acid Desaturase 2 Mutation to Repress Leaf Growth in Peanut (Arachis hypogaea L.) 2023-09-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182305 PMID:37759528	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了花生叶中脂肪酸去饱和酶2突变对叶片生长的影响及其分子机制	首次在单细胞水平上阐明了脂肪酸去饱和酶2突变抑制花生叶片生长的分子机制	NA	探究脂肪酸去饱和酶2突变对花生叶片生长的影响及其分子机制	花生叶中的脂肪酸去饱和酶2突变及其对叶片生长的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约24,988个单细胞，表达10,249个基因
209	2024-08-07	Amyloid-Beta Peptides Trigger Premature Functional and Gene Expression Alterations in Human-Induced Neurons 2023-Sep-18, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines11092564 PMID:37761004	研究论文	研究探讨了Aβ肽在人诱导神经元中的早期效应及其对功能特性和基因表达谱的影响	首次展示了低浓度Aβ肽暴露导致人诱导神经元钙瞬变频率改变，并使用单细胞RNA测序揭示了Aβ肽对突触相关基因表达的调控	NA	探究Aβ肽在阿尔茨海默病中导致神经元功能障碍的分子机制	人诱导神经元	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种神经元和星形胶质细胞
210	2024-08-05	Investigating the Heterogeneity of Immune Cells in Triple-Negative Breast Cancer at the Single-Cell Level before and after Paclitaxel Chemotherapy 2023-Sep-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241814188 PMID:37762493	研究论文	本研究探讨了在紫杉醇化疗前后三阴性乳腺癌中免疫细胞的异质性及其与治疗结果的关系	本研究首次通过单细胞测序分析免疫细胞在三阴性乳腺癌化疗过程中的多样性和其对治疗效果的影响	研究仅专注于紫杉醇治疗，可能无法全面反映所有类型化疗对免疫细胞的影响	探索免疫细胞的不同角色及其与治疗结果的关系	三阴性乳腺癌患者的肿瘤及血液中的免疫细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
211	2024-08-07	Investigation of Tumor Heterogeneity Using Integrated Single-Cell RNA Sequence Analysis to Focus on Genes Related to Breast Cancer-, EMT-, CSC-, and Metastasis-Related Markers in Patients with HER2-Positive Breast Cancer 2023-09-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182286 PMID:37759508	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，分析HER2阳性乳腺癌患者的肿瘤异质性，重点关注与乳腺癌、EMT、CSC和转移相关标记基因的表达。	本研究首次整合公共数据集和自身队列的单细胞RNA测序数据，探讨HER2阳性乳腺癌的肿瘤异质性及其与药物耐药性的关系。	研究仅限于HER2阳性乳腺癌患者，且依赖于公共数据集和自身队列的数据，可能存在样本选择偏倚。	探讨HER2阳性乳腺癌的肿瘤异质性及其与药物耐药性的关系。	HER2阳性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及HER2阳性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详述。
212	2024-08-07	Single-Cell Network-Based Drug Repositioning for Discovery of Therapies against Anti-Tumour Necrosis Factor-Resistant Crohn's Disease 2023-Sep-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241814099 PMID:37762402	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探索了抗肿瘤坏死因子（TNF）治疗抵抗的克罗恩病患者的细胞现象，并识别了潜在的药物候选	本研究首次在克罗恩病中进行了基于单细胞网络的药物再定位研究，并发现了针对抗TNF抵抗的克罗恩病的新药物候选vorinostat	研究仅使用了Gene Expression Omnibus和Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures L1000项目的数据，可能未涵盖所有相关细胞类型和功能	阐明抗TNF治疗抵抗的克罗恩病患者中的细胞现象，并识别潜在的药物候选	抗TNF治疗抵抗的克罗恩病患者	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	93,893个细胞
213	2024-08-05	Elucidating Cuproptosis-Associated Genes in the Progression from Nash to HCC Using Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analyses and Experimental Validation 2023-Sep-11, Medicina (Kaunas, Lithuania) DOI:10.3390/medicina59091639 PMID:37763758	研究论文	本研究探讨了与杯死亡相关的基因在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）向肝细胞癌（HCC）进展中的作用	发现FDX1等基因在NASH和NASH向HCC进展过程中起着关键作用，并构建了与杯死亡相关的基因簇	研究未提及样本量的具体细节和方法的广泛应用性	探讨杯死亡相关基因在NASH与HCC进展中的角色与机制	NASH患者及其向HCC进展的病例	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种NASH患者的模型和人类样本
214	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Immuno-Oncology Characteristics of Tumor-Infiltrating T Lymphocytes in Photodynamic Therapy-Treated Colorectal Cancer Mouse Model 2023-Sep-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241813913 PMID:37762216	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了光动力疗法治疗结直肠癌小鼠模型中肿瘤浸润T淋巴细胞的免疫肿瘤学特征	首次揭示了光动力疗法通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞，特别是增加CD8激活T细胞和CD8细胞毒性T细胞，减少耗竭CD8 T细胞，从而增强抗肿瘤免疫	NA	探究光动力疗法在结直肠癌治疗中的免疫调节机制	结直肠癌小鼠模型中的肿瘤浸润T细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用人源化的PD-1/PD-L1 MC38细胞异种移植小鼠模型
215	2024-08-05	Dissecting the Molecular Mechanisms Driving Electropathology in Atrial Fibrillation: Deployment of RNA Sequencing and Transcriptomic Analyses 2023-09-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182242 PMID:37759465	综述	本文综述了房颤中分子机制的解析，特别是RNA测序和转录组分析的应用	提供了关于房颤相关的转录组变化的新见解，并介绍了新的RNA-seq方法	未明确讨论实验模型与人类研究结果之间的所有差异	深入理解驱动房颤的电病理学的分子根源	关注房颤患者与正常心律控制组之间的转录组差异	数字病理学	房颤	RNA测序	NA	转录组数据	涉及多项房颤患者的房腔组织样本
216	2024-08-07	A Novel Lipid Metabolism and Endoplasmic Reticulum Stress-Related Risk Model for Predicting Immune Infiltration and Prognosis in Colorectal Cancer 2023-Sep-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241813854 PMID:37762157	研究论文	本研究构建了一个基于脂质代谢和内质网应激相关基因的预测结直肠癌患者预后和免疫反应的预后特征模型	首次开发了一个结合脂质代谢和内质网应激相关基因的风险模型，用于预测结直肠癌的预后和免疫浸润	NA	旨在预测结直肠癌患者的预后和免疫反应	结直肠癌患者	NA	结直肠癌	RNA测序	LASSO回归	RNA序列数据	使用了来自TCGA和GEO数据库的RNA测序和临床数据
217	2024-08-07	Current Status of Next-Generation Sequencing in Bone Genetic Diseases 2023-Sep-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241813802 PMID:37762102	研究论文	本文讨论了下一代测序（NGS）在骨遗传疾病中的应用现状	NGS技术的发展显著提高了遗传分析的速度和容量，并扩展到基因组、表观基因组、宏基因组和转录组分析	NA	探讨NGS在骨遗传疾病中的应用	骨组织及其相关的遗传疾病	基因组学	骨疾病	NGS	NA	基因组、表观基因组、转录组数据	NA
218	2024-08-07	Identification of Colon Immune Cell Marker Genes Using Machine Learning Methods 2023-Sep-07, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life13091876 PMID:37763280	研究论文	本研究利用机器学习方法分析单细胞RNA测序数据，旨在筛选结肠肿瘤微环境中25种候选免疫细胞类型的遗传标记基因	采用五种特征排序算法和增量特征选择方法，结合决策树和随机森林分类算法，筛选出不同免疫细胞亚型的标记基因	NA	筛选结肠肿瘤微环境中免疫细胞类型的遗传标记基因，并揭示其定量差异	结肠肿瘤微环境中的25种候选免疫细胞类型	机器学习	结肠癌	单细胞RNA测序	决策树, 随机森林	基因表达数据	41,650个细胞，每个细胞表达22,164个基因
219	2024-08-07	Establishment of a Seven-Gene Signature Associated with CD8+ T Cells through the Utilization of Both Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Techniques in Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2023-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241813729 PMID:37762031	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，在透明细胞肾细胞癌中建立了一个与CD8+ T细胞相关的七基因标志物	首次通过结合单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了与CD8+ T细胞相关的基因标志物，用于透明细胞肾细胞癌的预后评估和免疫治疗反应预测	研究样本仅来自TCGA和IMvigor210队列，可能需要更多样本来验证基因标志物的普遍性	确定与CD8+ T细胞相关的分子标志物，用于透明细胞肾细胞癌的诊断和治疗	透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤免疫微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	LASSO-Cox分析	RNA测序数据	来自TCGA的透明细胞肾细胞癌患者被随机分配到测试组和训练组，IMvigor210队列用于评估标志物的有效性
220	2024-08-07	ScRNA-seq revealed disruption in CD8+ NKG2A+ natural killer T cells in patients after liver transplantation and immunosuppressive therapy 2023-Sep, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.990 PMID:37773707	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术分析了肝移植患者在接受免疫抑制治疗后的免疫细胞组成和基因表达变化	首次揭示了肝移植后CD8+ NKG2A+自然杀伤T细胞的动态变化及其在免疫耐受中的重要作用	NA	阐明肝移植后免疫耐受的机制	肝移植患者的外周血单个核细胞	数字病理学	肝移植	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	共分析了17,462个外周血单个核细胞，来自一个正常个体和四个接受肝移植及免疫抑制治疗的患者