单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 449 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-07 |
Application of single-cell multi-omics approaches in horticulture research
2023-Sep-26, Molecular horticulture
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s43897-023-00067-y
PMID:37789394
|
review | 本文总结了目前可用的单细胞多组学方法及其在植物研究中的应用，回顾了基于单细胞的研究在水果、蔬菜和观赏作物中的应用，并讨论了这些方法在未来园艺研究中的潜力 | 本文介绍了单细胞多组学技术在植物发育生物学研究中的应用，以及这些技术在提高表观组和代谢组研究准确性和灵敏度方面的进展 | NA | 总结单细胞多组学方法在园艺研究中的应用，并探讨其未来潜力 | 水果、蔬菜和观赏作物 | NA | NA | 单细胞转录组测序技术 | NA | 转录组、表观组和代谢组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-08-07 |
Differential effects of aneuploidy on growth and differentiation in human intestinal stem cells
2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.23.559117
PMID:37790420
|
研究论文 | 研究在非转化的结肠类器官中诱导异质性非整倍体，探讨非整倍体对细胞生长和分化的影响及其在恶性转化中的作用 | 通过单细胞RNA测序揭示了超过100种独特非整倍体核型的基因表达特征，并发现复杂非整倍体细胞通过激活p53导致G1细胞周期阻滞 | 未详细说明非整倍体在不同环境下的具体作用机制 | 探究非整倍体对人类肠道干细胞生长和分化的影响及其在癌症演变中的作用 | 人类肠道干细胞中的非整倍体效应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过100种独特非整倍体核型的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-08-05 |
Cracking the pattern of tumor evolution based on single-cell copy number alterations
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad341
PMID:37791583
|
研究论文 | 本研究基于单细胞拷贝数变化探讨肿瘤演化模式 | 提出了一种两步统计方法，能够区分肿瘤细胞群体的演化模式 | 在研究中未提及样本的种类及数量可能限制了结论的普遍性 | 探索肿瘤细胞群体中的拷贝数变化与肿瘤演化模式的关系 | 使用20名乳腺癌患者的单细胞DNA测序数据和132名癌症患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 20名乳腺癌患者和132名癌症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-08-07 |
ScSmOP: a universal computational pipeline for single-cell single-molecule multiomics data analysis
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad343
PMID:37779245
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ScSmOP的通用计算流程，用于条形码索引的单细胞单分子多组学数据分析 | ScSmOP利用C语言建立了基于间隔种子哈希表的算法，用于根据连接型和合成型条形码数据进行条形码识别，随后进行数据映射和反卷积 | NA | 开发一种高效、易用且稳健的计算流程，用于单细胞单分子多组学数据分析 | 单细胞多组学技术，包括scRNA-seq、scATAC-seq、scARC-seq等 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学技术 | NA | 多组学数据 | 涉及多种细胞类型和物种的单细胞和单分子数据 | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-08-07 |
Interpretable modeling of time-resolved single-cell gene-protein expression with CrossmodalNet
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad342
PMID:37798250
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CrossmodalNet的可解释机器学习模型，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中预测细胞表面蛋白表达 | CrossmodalNet模型通过自定义适应性损失函数准确预测表面蛋白丰度，并能将时间信息编码为易于解释的时间嵌入，以时间点特定的方式进行预测，揭示无噪声的因果基因-蛋白关系 | NA | 开发一种可解释的计算方法，用于从scRNA-seq数据中预测细胞表面蛋白表达，以扩展CITE-seq实验的能力 | 细胞表面蛋白表达 | 机器学习 | NA | CITE-seq, scRNA-seq | CrossmodalNet | 基因和表面蛋白表达数据 | 使用了三个公开的时间解析CITE-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-08-07 |
Fibroblast growth factor receptor 3 mutation attenuates response to immune checkpoint blockade in metastatic urothelial carcinoma by driving immunosuppressive microenvironment
2023-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006643
PMID:37777251
|
研究论文 | 研究探讨了纤维母细胞生长因子受体3（FGFR3）突变如何通过驱动免疫抑制微环境，影响转移性尿路上皮癌（UC）患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的反应 | 首次通过单细胞RNA测序分析，揭示了FGFR3突变型UC与野生型UC在免疫微环境中的差异，并提出了FGFR3抑制剂与ICB联合治疗的新策略 | 研究基于单臂、多中心、II期临床试验IMvigor210，样本量相对较小，需要进一步的大规模临床试验验证 | 比较FGFR3突变型与野生型转移性UC患者在接受ICB治疗后的预后和反应，并解析潜在的分子机制 | 转移性尿路上皮癌患者，特别是FGFR3突变型与野生型的患者 | NA | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA转录组数据 | 39名FGFR3突变型患者和39名FGFR3野生型患者，以及6个UC肿瘤样本中的58,069个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-08-07 |
[The Role of Cancer-Associated Fibroblasts in Modulating Tumor Immunity in Colorectal Cancer]
2023-Sep, Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy
PMID:37800287
|
综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在结直肠癌中调节肿瘤免疫的作用 | 通过单细胞RNA测序识别出一种调节免疫反应的CAFs亚群 | NA | 探讨CAFs在肿瘤微环境中的作用，以期为针对CAFs的疗法提供新思路 | 结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤免疫的影响 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠原位直肠肿瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-08-05 |
Integration of single-nuclei RNA-sequencing, spatial transcriptomics and histochemistry defines the complex microenvironment of NF1-associated plexiform neurofibromas
2023-09-28, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01639-1
PMID:37770931
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和免疫组化定义了NF1相关的多发性神经纤维瘤的复杂微环境 | 首次描述了在多发性神经纤维瘤中存在的NRXN1/NLGN1受体-配体交互作用，可能表明细胞间的直接交流通路 | 由于多发性神经纤维瘤的细胞凝聚性，单细胞RNA测序很难进行，可能导致关键细胞亚群的检测丧失 | 探讨多发性神经纤维瘤肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在的新通讯通路 | 研究了8个冷冻多发性神经纤维瘤样本和4个多发性神经纤维瘤样本的空间转录组学数据 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学（ST），免疫组化 | NA | RNA测序数据，转录组数据 | 8个冷冻多发性神经纤维瘤样本和4个多发性神经纤维瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-08-07 |
Identifying immune checkpoint-related lncRNA biomarkers for immunotherapy response and prognosis in cancers
2023-09-28, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02550-z
PMID:37770497
|
研究论文 | 本文开发了一个多步骤流程，用于识别跨癌症的免疫检查点相关长非编码RNA生物标志物，以预测免疫治疗反应和预后 | 首次构建了免疫检查点与长非编码RNA的合作调控网络，并验证了这些生物标志物在预测免疫检查点抑制剂反应中的有效性 | NA | 旨在增强对长非编码RNA功能的理解，并加速发现基于长非编码RNA的免疫检查点抑制剂治疗生物标志物 | 免疫检查点相关长非编码RNA生物标志物 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个独立数据集，包括大量和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics delineates the immune cell landscape in equine lower airways and reveals upregulation of FKBP5 in horses with asthma
2023-09-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-43368-4
PMID:37758813
|
研究论文 | 该文章研究了马的下呼吸道中的免疫细胞概况，并揭示了哮喘马中FKBP5的上调 | 首次通过单细胞转录组测序描绘了马的免疫细胞景观，并发现FKBP5在哮喘病例中的显著上调 | 仅研究了轻度至中度哮喘马的免疫细胞，是否适用于重度哮喘尚未确定 | 探讨马的免疫细胞在哮喘中的变化 | 健康马和轻度至中度马哮喘病例的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-08-07 |
Loss of Notch signaling in skeletal stem cells enhances bone formation with aging
2023-09-27, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00283-8
PMID:37752132
|
研究论文 | 研究探讨了骨骼干细胞中Notch信号通路的缺失如何增强老年时期的骨形成 | 发现Notch信号通路的调节可以改善骨骼老化现象，增加骨质量，并识别出Ebf3转录因子作为潜在的治疗目标 | NA | 探究Notch信号通路在骨骼干细胞中的作用及其对老年骨骼健康的影响 | 骨骼干细胞和前体细胞（SSPCs）及其在老化过程中的变化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中年条件性敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-08-05 |
Tracing immune cells around biomaterials with spatial anchors during large-scale wound regeneration
2023-09-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41608-9
PMID:37752124
|
研究论文 | 本研究介绍了一种使用生物可降解的对齐细胞外基质支架进行大面积伤口再生的方法 | 揭示了调节性T细胞在抑制过度2型炎症方面的潜在作用 | 未具体提及实验中样本的多样性和应用的局限性 | 探讨免疫系统在伤口再生过程中的协调作用 | 探索免疫细胞在生物材料周围的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | NA | 使用了缺乏成熟T淋巴细胞的免疫缺陷小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-08-05 |
Benchmarking data-driven filtering for denoising of TCRpMHC single-cell data
2023-09-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-43048-3
PMID:37752190
|
研究论文 | 本研究评估了两种用于去噪单细胞TCR-pMHC特异性数据的方法 | 评估了ICON和ITRAP去噪方法的性能，并发现ITRAP在数据一致性和性能上优于ICON | 研究主要依赖公共可用的免疫分析数据，未涉及其他类型的数据 | 提高TCR-pMHC特异性高通量研究的数据质量 | 针对单细胞TCR-pMHC特异性数据进行去噪处理 | 计算机视觉 | NA | 去噪技术 | 机器学习方法 | 免疫分析数据 | 使用了10x Genomics提供的公共数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-07 |
Role of microRNAs and their downstream target transcription factors in zebrafish thrombopoiesis
2023-09-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42868-7
PMID:37752184
|
研究论文 | 本研究探讨了斑马鱼血栓形成过程中microRNAs及其下游靶点转录因子的作用 | 首次在斑马鱼模型中系统研究了microRNAs及其靶点在血栓形成中的作用，并揭示了microRNAs通过调控转录因子网络影响血栓形成的机制 | 研究主要集中在少数特定的microRNAs和转录因子上，可能未能全面覆盖所有相关的调控因子 | 探究microRNAs及其下游靶点转录因子在斑马鱼血栓形成中的作用 | 斑马鱼的血栓细胞（thrombocytes）及其相关的microRNAs和转录因子 | 分子生物学 | 血栓形成 | 单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing） | NA | 基因表达数据 | 15种microRNAs在血栓细胞中的表达，以及14种转录因子的表达水平 | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-08-05 |
Transcription factor E4F1 dictates spermatogonial stem cell fate decisions by regulating mitochondrial functions and cell cycle progression
2023-Sep-25, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01134-z
PMID:37749649
|
研究论文 | 本研究探讨了转录因子E4F1如何通过调节线粒体功能和细胞周期进程来影响精原干细胞的命运决策 | 本研究首次揭示E4F1在精原干细胞发展和维持中的关键作用，特别是在细胞代谢和命运决策中的新机制 | 该研究主要集中于小鼠模型，结果的普遍性可能受到限制 | 探求转录因子E4F1在精原干细胞命运决策中的角色及其机制 | 未分化的精原干细胞及其代谢程序 | 生物医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 控制组和缺失E4F1的小鼠精原细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-05 |
Three-dimensional molecular cartography of human cerebral organoids revealed by double-barcoded spatial transcriptomics
2023-09-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100573
PMID:37751695
|
研究论文 | 本文介绍了一种低成本的制造双条形码DNA阵列的策略，用于大规模空间转录组学研究 | 提出了制造分子双条形码DNA阵列的新策略，从而使大型空间转录组学研究成为可能 | 在多组织切片和三维组织重建的扩展上仍然面临挑战和成本限制 | 提高对复杂组织的理解，尤其是人脑类器官的基因表达 | 人类脑类器官 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个连续切片的人类脑类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-08-05 |
Evolutionary signatures of human cancers revealed via genomic analysis of over 35,000 patients
2023-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41670-3
PMID:37749078
|
研究论文 | 本文通过对超过35,000名患者的基因组分析揭示了人类癌症的进化特征 | 提出了一个名为ASCETIC的框架来提取与不同疾病结果相关的癌症进化特征 | 研究可能受限于所使用的数据集的代表性和多样性 | 探讨癌症的进化过程及其对预测癌症进展的影响 | 研究对象包括不同类型癌症患者的基因组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 测序技术 | NA | 基因组数据 | 超过35,000名患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-08-07 |
Transcriptional profiling of dental sensory and proprioceptive trigeminal neurons using single-cell RNA sequencing
2023-09-25, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-023-00246-z
PMID:37749100
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术结合逆行追踪法，分析了牙本质感觉和本体感受三叉神经元的转录特征 | 首次揭示了牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元的内在转录特征，并发现了这些神经元在机械痛觉和本体感觉中的特殊功能 | NA | 研究牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元的分子身份 | 牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-08-07 |
Network pharmacology and experimental verification-based strategy for exploring the mechanisms of luteolin in the treatment of osteosarcoma
2023-Sep-25, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-03046-x
PMID:37749554
|
研究论文 | 本研究通过网络药理学和实验验证策略，探索了木犀草素治疗骨肉瘤的作用机制。 | 本研究整合了网络药理学预测、单细胞RNA测序分析、分子对接和实验验证，以揭示木犀草素抑制骨肉瘤增殖和转移的机制。 | NA | 阐明木犀草素基于网络药理学和实验验证的抗骨肉瘤机制。 | 木犀草素对骨肉瘤的抑制作用及其机制。 | NA | 骨肉瘤 | scRNA-seq, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | 涉及251个木犀草素对抗骨肉瘤靶点和8个关键靶点，以及骨肉瘤原位小鼠模型。 | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-08-05 |
Self-supervised deep clustering of single-cell RNA-seq data to hierarchically detect rare cell populations
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad335
PMID:37769630
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepScena的自监督深度聚类工具，用于分层检测稀有细胞群体 | 创新性地结合了非线性降维、基于负二项分布的卷积自编码器和自我监督模型来增强细胞相似性 | 现有聚类方法无法准确捕捉数据的分布类型或充分利用细胞之间的关系 | 探索自监督深度聚类在单细胞RNA测序数据中的应用，以提高稀有细胞群体的检测能力 | 使用大型单细胞RNA-seq数据集对DeepScena的聚类性能进行评估 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 卷积自编码器 | 基因表达数据 | 多个大型scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |