单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-05	NG-SEM: an effective non-Gaussian structural equation modeling framework for gene regulatory network inference from single-cell RNA-seq data 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad369 PMID:37864293	研究论文	提出了一种新的非高斯结构方程模型框架NG-SEM，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络。	引入了一种灵活的噪声建模策略，以高斯混合模型近似生物系统的复杂随机特性，改进了传统结构方程模型。	未提及具体限制因素	提高单细胞RNA-seq数据中基因调控网络推断方法的准确性。	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络。	生物信息学	NA	RNA-seq	非高斯结构方程模型	生物数据集	合成数据和真实生物数据集的多种控制实验
182	2024-08-05	Screening single-cell trajectories via continuity assessments for cell transition potential 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad356 PMID:37864296	研究论文	本文提出了一种评估细胞转变潜力的连续性的方法，用于单细胞轨迹分析	创新地生成了一种简单的评分算法来评估轨迹的连续性	当前缺乏评估指标，使得确定轨迹何时偏离连续性变得困难	研究单细胞轨迹的连续性评估，以提高推断准确性	对肠道干细胞发育和CD8+ T细胞分化的真实案例进行了研究	数字病理学	牛皮癣关节炎和急性肾损伤	单细胞测序	NA	单细胞数据	在模拟和真实的单细胞数据中分析了断裂情况
183	2024-08-07	[Identification of Peripheral Blood GZMK + CD8 + T Cells As Biomarkers of Alzheimer's Disease Based on Single-Cell Transcriptome] 2023-Sep, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20230960107 PMID:37866940	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序技术，探索阿尔茨海默病（AD）患者外周血中的免疫特征，并识别GZMK+ CD8+ T细胞作为潜在的生物标志物	首次发现AD患者外周血中GZMK+ CD8+ T细胞含量增加，并与其异常信号传导及RESISTIN信号通路的增强相关	研究仅基于单一数据集GSE168522，可能存在样本偏倚；未涉及临床验证	识别阿尔茨海默病的潜在血液生物标志物	阿尔茨海默病患者的外周血免疫细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用来自Gene Expression Omnibus数据库的GSE168522数据集
184	2024-08-07	Transcriptional Regulation of Airway Epithelial Cell Differentiation: Insights into the Notch Pathway and Beyond 2023-Sep-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914789 PMID:37834236	综述	本文综述了气道上皮细胞分化的转录调控机制，特别关注了Notch信号通路及其相关因素	利用单细胞RNA测序技术揭示了气道上皮细胞的组成，包括一些特殊和罕见的细胞类型	NA	探讨气道上皮细胞分化的机制，为呼吸系统疾病的治疗提供靶向疗法	气道上皮细胞的分化过程及其在呼吸系统疾病中的作用	NA	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
185	2024-08-07	SLAM Modification as an Immune-Modulatory Therapeutic Approach in Cancer 2023-Sep-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15194808 PMID:37835502	综述	本文综述了信号淋巴细胞激活分子（SLAM）家族在肿瘤环境中调节免疫反应的关键作用，并探讨了基于SLAM的免疫调节治疗在癌症治疗中的潜力	文章提出了基于SLAM家族的精确靶向治疗方法，利用单细胞RNA测序和高级成像技术，为更个性化和适应性强的癌症治疗提供了新方向	文章强调了患者安全性和临床试验的重要性，暗示当前研究可能存在临床应用上的限制	探讨SLAM家族在癌症治疗中的应用，特别是作为免疫调节治疗的新策略	研究对象为SLAM家族及其在肿瘤免疫反应中的作用	肿瘤学	NA	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
186	2024-08-07	Recent Advances in Single-Cell RNA-Sequencing of Primary and Metastatic Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2023-Sep-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15194734 PMID:37835428	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在原发性和转移性透明细胞肾细胞癌研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入解析了肿瘤、免疫和基质细胞的多样性及其在疾病进展中的相互作用和通路	对于转移性透明细胞肾细胞癌的研究相对有限，这可能是导致该类型患者生存率和响应率较低的原因之一	旨在填补透明细胞肾细胞癌转移研究的知识空白，并强调提高转移性透明细胞肾细胞癌生存率的关键步骤	原发性和转移性透明细胞肾细胞癌	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
187	2024-08-07	Deciphering Cellular Heterogeneity and Communication Patterns in Porcine Antral Follicles by Single-Cell RNA Sequencing 2023-Sep-26, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani13193019 PMID:37835625	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了猪腔前卵泡中颗粒细胞的分子和细胞特征	揭示了猪腔前卵泡中颗粒细胞的异质性和通信模式，以及它们在卵泡发育和卵母细胞成熟中的作用	NA	理解猪腔前卵泡中颗粒细胞的异质性和通信模式	猪腔前卵泡中的颗粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
188	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Donor-Reactive T Cells Reveals Role of Apoptosis in Donor-Specific Hyporesponsiveness of Kidney Transplant Recipients 2023-Sep-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914463 PMID:37833911	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肾移植受者中供体反应性T细胞的转录组和T细胞受体谱，揭示了凋亡在供体特异性低反应性中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了肾移植受者中供体反应性T细胞的转录组和T细胞受体谱，并发现了凋亡在供体特异性低反应性中的作用	研究样本量较小，仅包括7名肾移植受者，可能影响结果的普遍性	探究肾移植后供体特异性低反应性的潜在机制	肾移植受者的供体反应性T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7名肾移植受者
189	2024-08-05	Decoding functional cell-cell communication events by multi-view graph learning on spatial transcriptomics 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad359 PMID:37824741	研究论文	该文章开发了一种名为HoloNet的方法，通过空间转录组学数据解码功能性细胞间通信事件。	本研究的创新点在于整合了配体-受体对、细胞类型空间分布和下游基因表达到深度学习模型中，以解码功能性通信事件和其目标基因关系。	没有提供HoloNet在其他类型的癌症或疾病中的应用结果，可能限制了其普遍性。	本研究旨在解码功能性细胞间通信事件，以理解生物过程的机制。	研究对象为乳腺癌和肝癌的三组Visium数据集，专注于细胞间的配体-受体相互作用。	数字病理学	乳腺癌, 肝癌	空间转录组学	深度学习模型	转录组数据	三组Visium数据集
190	2024-08-05	Single-Cell Profiling of Cells in the Lung of a Patient with Chronic Hypersensitivity Pneumonitis Reveals Inflammatory Niche with Abundant CD39+ T Cells with Functional ATPase Phenotype: A Case Study 2023-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914442 PMID:37833889	研究论文	本研究调查了慢性超敏性肺炎中免疫细胞特征，重点关注CD39表达细胞对炎症和组织重塑的影响	揭示了CD39表达的T细胞在慢性超敏性肺炎中的双重性质，提示其在调节肺炎症中的潜在作用	本研究是单一病例研究，样本量较小，可能限制了广泛的适用性	探讨慢性超敏性肺炎中免疫细胞的特征及其对病理机制的影响	分析一名慢性超敏性肺炎患者的肺组织中的免疫细胞	数字病理学	慢性超敏性肺炎	单细胞转录组学，流式细胞术，基因表达分析	NA	组织样本	1名慢性超敏性肺炎患者的肺组织
191	2024-08-05	SGAE: single-cell gene association entropy for revealing critical states of cell transitions during embryonic development 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad366 PMID:37833841	研究论文	本研究提出了一种新颖的计算方法SGAE，用于揭示早期胚胎发育过程中细胞转变的关键状态	提出了一种基于基因关联信息的单细胞基因关联熵(SGAE)方法，用于分析单细胞RNA-seq数据，并定量评估基因调控网络的关键特性	对单细胞RNA测序数据的精确检测仍然面临稀疏性、噪音和异质性的挑战	研究单细胞转变的关键点，以追踪细胞异质性并阐明细胞分化的分子机制	分析五个关于胚胎发育的单细胞数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	五个单细胞数据集
192	2024-08-05	Development and validation of a differentiation-related signature based on single-cell RNA sequencing data of immune cells in spinal cord injury 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19853 PMID:37809933	研究论文	本文基于脊髓损伤后免疫细胞的单细胞RNA测序数据，开发并验证了一个相关的分化标志。	该研究首次利用单细胞RNA测序数据识别了脊髓损伤后的免疫亚型和分子标志。	未提及具体的样本来源及其异质性对结果的影响。	探讨脊髓损伤后免疫系统的分子亚型及其潜在的诊断标志。	脊髓损伤后的免疫细胞及其相关的分化基因。	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三次脊髓样本，时间点为3、10和21天
193	2024-08-07	Single-cell data analysis of malignant epithelial cell heterogeneity in lung adenocarcinoma for patient classification and prognosis prediction 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e20164 PMID:37809682	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了肺腺癌（LUAD）中的恶性上皮细胞异质性，并识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81。	识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81，并揭示了这些细胞在缺氧和上皮-间质转化（EMT）途径中的激活状态。	NA	研究肺腺癌患者分类和预后预测中的恶性上皮细胞异质性。	肺腺癌（LUAD）患者的恶性上皮细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
194	2024-08-07	Integrative analysis of cancer-associated fibroblast signature in gastric cancer 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19217 PMID:37809716	研究论文	本研究通过整合分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征，探索了CAFs在肿瘤微环境（TME）中的异质性，并为GC的生物标志物和精准治疗开发奠定了基础。	本研究首次识别了胃癌中的五种CAFs亚型，并发现CAF_0亚型与不良预后相关，同时构建了基于CAFs的预后评分模型（CAFs-score），该模型与免疫细胞、基质成分和免疫评分有显著相关性，具有指导治疗决策的潜力。	NA	探索癌症相关成纤维细胞在胃癌中的异质性，并为胃癌的生物标志物和精准治疗开发提供基础。	癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征及其与预后的关系。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、免疫荧光、Western blotting	LASSO回归分析、多变量Cox回归	RNA测序数据	来自GEO和TCGA的数据集，具体样本数量未详细说明
195	2024-08-07	Application of single-cell multi-omics approaches in horticulture research 2023-Sep-26, Molecular horticulture IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s43897-023-00067-y PMID:37789394	review	本文总结了目前可用的单细胞多组学方法及其在植物研究中的应用，回顾了基于单细胞的研究在水果、蔬菜和观赏作物中的应用，并讨论了这些方法在未来园艺研究中的潜力	本文介绍了单细胞多组学技术在植物发育生物学研究中的应用，以及这些技术在提高表观组和代谢组研究准确性和灵敏度方面的进展	NA	总结单细胞多组学方法在园艺研究中的应用，并探讨其未来潜力	水果、蔬菜和观赏作物	NA	NA	单细胞转录组测序技术	NA	转录组、表观组和代谢组数据	NA
196	2024-08-07	Differential effects of aneuploidy on growth and differentiation in human intestinal stem cells 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.23.559117 PMID:37790420	研究论文	研究在非转化的结肠类器官中诱导异质性非整倍体，探讨非整倍体对细胞生长和分化的影响及其在恶性转化中的作用	通过单细胞RNA测序揭示了超过100种独特非整倍体核型的基因表达特征，并发现复杂非整倍体细胞通过激活p53导致G1细胞周期阻滞	未详细说明非整倍体在不同环境下的具体作用机制	探究非整倍体对人类肠道干细胞生长和分化的影响及其在癌症演变中的作用	人类肠道干细胞中的非整倍体效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过100种独特非整倍体核型的细胞
197	2024-08-05	Cracking the pattern of tumor evolution based on single-cell copy number alterations 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad341 PMID:37791583	研究论文	本研究基于单细胞拷贝数变化探讨肿瘤演化模式	提出了一种两步统计方法，能够区分肿瘤细胞群体的演化模式	在研究中未提及样本的种类及数量可能限制了结论的普遍性	探索肿瘤细胞群体中的拷贝数变化与肿瘤演化模式的关系	使用20名乳腺癌患者的单细胞DNA测序数据和132名癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	20名乳腺癌患者和132名癌症患者
198	2024-08-07	ScSmOP: a universal computational pipeline for single-cell single-molecule multiomics data analysis 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad343 PMID:37779245	研究论文	本文介绍了一种名为ScSmOP的通用计算流程，用于条形码索引的单细胞单分子多组学数据分析	ScSmOP利用C语言建立了基于间隔种子哈希表的算法，用于根据连接型和合成型条形码数据进行条形码识别，随后进行数据映射和反卷积	NA	开发一种高效、易用且稳健的计算流程，用于单细胞单分子多组学数据分析	单细胞多组学技术，包括scRNA-seq、scATAC-seq、scARC-seq等	生物信息学	NA	单细胞多组学技术	NA	多组学数据	涉及多种细胞类型和物种的单细胞和单分子数据
199	2024-08-07	Interpretable modeling of time-resolved single-cell gene-protein expression with CrossmodalNet 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad342 PMID:37798250	研究论文	本文提出了一种名为CrossmodalNet的可解释机器学习模型，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中预测细胞表面蛋白表达	CrossmodalNet模型通过自定义适应性损失函数准确预测表面蛋白丰度，并能将时间信息编码为易于解释的时间嵌入，以时间点特定的方式进行预测，揭示无噪声的因果基因-蛋白关系	NA	开发一种可解释的计算方法，用于从scRNA-seq数据中预测细胞表面蛋白表达，以扩展CITE-seq实验的能力	细胞表面蛋白表达	机器学习	NA	CITE-seq, scRNA-seq	CrossmodalNet	基因和表面蛋白表达数据	使用了三个公开的时间解析CITE-seq数据集
200	2024-08-07	Fibroblast growth factor receptor 3 mutation attenuates response to immune checkpoint blockade in metastatic urothelial carcinoma by driving immunosuppressive microenvironment 2023-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006643 PMID:37777251	研究论文	研究探讨了纤维母细胞生长因子受体3（FGFR3）突变如何通过驱动免疫抑制微环境，影响转移性尿路上皮癌（UC）患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的反应	首次通过单细胞RNA测序分析，揭示了FGFR3突变型UC与野生型UC在免疫微环境中的差异，并提出了FGFR3抑制剂与ICB联合治疗的新策略	研究基于单臂、多中心、II期临床试验IMvigor210，样本量相对较小，需要进一步的大规模临床试验验证	比较FGFR3突变型与野生型转移性UC患者在接受ICB治疗后的预后和反应，并解析潜在的分子机制	转移性尿路上皮癌患者，特别是FGFR3突变型与野生型的患者	NA	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA转录组数据	39名FGFR3突变型患者和39名FGFR3野生型患者，以及6个UC肿瘤样本中的58,069个单细胞