单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-05	Decoding functional cell-cell communication events by multi-view graph learning on spatial transcriptomics 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad359 PMID:37824741	研究论文	该文章开发了一种名为HoloNet的方法，通过空间转录组学数据解码功能性细胞间通信事件。	本研究的创新点在于整合了配体-受体对、细胞类型空间分布和下游基因表达到深度学习模型中，以解码功能性通信事件和其目标基因关系。	没有提供HoloNet在其他类型的癌症或疾病中的应用结果，可能限制了其普遍性。	本研究旨在解码功能性细胞间通信事件，以理解生物过程的机制。	研究对象为乳腺癌和肝癌的三组Visium数据集，专注于细胞间的配体-受体相互作用。	数字病理学	乳腺癌, 肝癌	空间转录组学	深度学习模型	转录组数据	三组Visium数据集
182	2024-08-05	Single-Cell Profiling of Cells in the Lung of a Patient with Chronic Hypersensitivity Pneumonitis Reveals Inflammatory Niche with Abundant CD39+ T Cells with Functional ATPase Phenotype: A Case Study 2023-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914442 PMID:37833889	研究论文	本研究调查了慢性超敏性肺炎中免疫细胞特征，重点关注CD39表达细胞对炎症和组织重塑的影响	揭示了CD39表达的T细胞在慢性超敏性肺炎中的双重性质，提示其在调节肺炎症中的潜在作用	本研究是单一病例研究，样本量较小，可能限制了广泛的适用性	探讨慢性超敏性肺炎中免疫细胞的特征及其对病理机制的影响	分析一名慢性超敏性肺炎患者的肺组织中的免疫细胞	数字病理学	慢性超敏性肺炎	单细胞转录组学，流式细胞术，基因表达分析	NA	组织样本	1名慢性超敏性肺炎患者的肺组织
183	2024-08-05	SGAE: single-cell gene association entropy for revealing critical states of cell transitions during embryonic development 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad366 PMID:37833841	研究论文	本研究提出了一种新颖的计算方法SGAE，用于揭示早期胚胎发育过程中细胞转变的关键状态	提出了一种基于基因关联信息的单细胞基因关联熵(SGAE)方法，用于分析单细胞RNA-seq数据，并定量评估基因调控网络的关键特性	对单细胞RNA测序数据的精确检测仍然面临稀疏性、噪音和异质性的挑战	研究单细胞转变的关键点，以追踪细胞异质性并阐明细胞分化的分子机制	分析五个关于胚胎发育的单细胞数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	五个单细胞数据集
184	2024-08-05	Development and validation of a differentiation-related signature based on single-cell RNA sequencing data of immune cells in spinal cord injury 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19853 PMID:37809933	研究论文	本文基于脊髓损伤后免疫细胞的单细胞RNA测序数据，开发并验证了一个相关的分化标志。	该研究首次利用单细胞RNA测序数据识别了脊髓损伤后的免疫亚型和分子标志。	未提及具体的样本来源及其异质性对结果的影响。	探讨脊髓损伤后免疫系统的分子亚型及其潜在的诊断标志。	脊髓损伤后的免疫细胞及其相关的分化基因。	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三次脊髓样本，时间点为3、10和21天
185	2024-08-07	Single-cell data analysis of malignant epithelial cell heterogeneity in lung adenocarcinoma for patient classification and prognosis prediction 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e20164 PMID:37809682	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了肺腺癌（LUAD）中的恶性上皮细胞异质性，并识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81。	识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81，并揭示了这些细胞在缺氧和上皮-间质转化（EMT）途径中的激活状态。	NA	研究肺腺癌患者分类和预后预测中的恶性上皮细胞异质性。	肺腺癌（LUAD）患者的恶性上皮细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
186	2024-08-07	Integrative analysis of cancer-associated fibroblast signature in gastric cancer 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19217 PMID:37809716	研究论文	本研究通过整合分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征，探索了CAFs在肿瘤微环境（TME）中的异质性，并为GC的生物标志物和精准治疗开发奠定了基础。	本研究首次识别了胃癌中的五种CAFs亚型，并发现CAF_0亚型与不良预后相关，同时构建了基于CAFs的预后评分模型（CAFs-score），该模型与免疫细胞、基质成分和免疫评分有显著相关性，具有指导治疗决策的潜力。	NA	探索癌症相关成纤维细胞在胃癌中的异质性，并为胃癌的生物标志物和精准治疗开发提供基础。	癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征及其与预后的关系。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、免疫荧光、Western blotting	LASSO回归分析、多变量Cox回归	RNA测序数据	来自GEO和TCGA的数据集，具体样本数量未详细说明
187	2024-08-07	Application of single-cell multi-omics approaches in horticulture research 2023-Sep-26, Molecular horticulture IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s43897-023-00067-y PMID:37789394	review	本文总结了目前可用的单细胞多组学方法及其在植物研究中的应用，回顾了基于单细胞的研究在水果、蔬菜和观赏作物中的应用，并讨论了这些方法在未来园艺研究中的潜力	本文介绍了单细胞多组学技术在植物发育生物学研究中的应用，以及这些技术在提高表观组和代谢组研究准确性和灵敏度方面的进展	NA	总结单细胞多组学方法在园艺研究中的应用，并探讨其未来潜力	水果、蔬菜和观赏作物	NA	NA	单细胞转录组测序技术	NA	转录组、表观组和代谢组数据	NA
188	2024-08-07	Differential effects of aneuploidy on growth and differentiation in human intestinal stem cells 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.23.559117 PMID:37790420	研究论文	研究在非转化的结肠类器官中诱导异质性非整倍体，探讨非整倍体对细胞生长和分化的影响及其在恶性转化中的作用	通过单细胞RNA测序揭示了超过100种独特非整倍体核型的基因表达特征，并发现复杂非整倍体细胞通过激活p53导致G1细胞周期阻滞	未详细说明非整倍体在不同环境下的具体作用机制	探究非整倍体对人类肠道干细胞生长和分化的影响及其在癌症演变中的作用	人类肠道干细胞中的非整倍体效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过100种独特非整倍体核型的细胞
189	2024-08-05	Cracking the pattern of tumor evolution based on single-cell copy number alterations 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad341 PMID:37791583	研究论文	本研究基于单细胞拷贝数变化探讨肿瘤演化模式	提出了一种两步统计方法，能够区分肿瘤细胞群体的演化模式	在研究中未提及样本的种类及数量可能限制了结论的普遍性	探索肿瘤细胞群体中的拷贝数变化与肿瘤演化模式的关系	使用20名乳腺癌患者的单细胞DNA测序数据和132名癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	20名乳腺癌患者和132名癌症患者
190	2024-08-07	ScSmOP: a universal computational pipeline for single-cell single-molecule multiomics data analysis 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad343 PMID:37779245	研究论文	本文介绍了一种名为ScSmOP的通用计算流程，用于条形码索引的单细胞单分子多组学数据分析	ScSmOP利用C语言建立了基于间隔种子哈希表的算法，用于根据连接型和合成型条形码数据进行条形码识别，随后进行数据映射和反卷积	NA	开发一种高效、易用且稳健的计算流程，用于单细胞单分子多组学数据分析	单细胞多组学技术，包括scRNA-seq、scATAC-seq、scARC-seq等	生物信息学	NA	单细胞多组学技术	NA	多组学数据	涉及多种细胞类型和物种的单细胞和单分子数据
191	2024-08-07	Interpretable modeling of time-resolved single-cell gene-protein expression with CrossmodalNet 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad342 PMID:37798250	研究论文	本文提出了一种名为CrossmodalNet的可解释机器学习模型，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中预测细胞表面蛋白表达	CrossmodalNet模型通过自定义适应性损失函数准确预测表面蛋白丰度，并能将时间信息编码为易于解释的时间嵌入，以时间点特定的方式进行预测，揭示无噪声的因果基因-蛋白关系	NA	开发一种可解释的计算方法，用于从scRNA-seq数据中预测细胞表面蛋白表达，以扩展CITE-seq实验的能力	细胞表面蛋白表达	机器学习	NA	CITE-seq, scRNA-seq	CrossmodalNet	基因和表面蛋白表达数据	使用了三个公开的时间解析CITE-seq数据集
192	2024-08-07	Fibroblast growth factor receptor 3 mutation attenuates response to immune checkpoint blockade in metastatic urothelial carcinoma by driving immunosuppressive microenvironment 2023-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006643 PMID:37777251	研究论文	研究探讨了纤维母细胞生长因子受体3（FGFR3）突变如何通过驱动免疫抑制微环境，影响转移性尿路上皮癌（UC）患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的反应	首次通过单细胞RNA测序分析，揭示了FGFR3突变型UC与野生型UC在免疫微环境中的差异，并提出了FGFR3抑制剂与ICB联合治疗的新策略	研究基于单臂、多中心、II期临床试验IMvigor210，样本量相对较小，需要进一步的大规模临床试验验证	比较FGFR3突变型与野生型转移性UC患者在接受ICB治疗后的预后和反应，并解析潜在的分子机制	转移性尿路上皮癌患者，特别是FGFR3突变型与野生型的患者	NA	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA转录组数据	39名FGFR3突变型患者和39名FGFR3野生型患者，以及6个UC肿瘤样本中的58,069个单细胞
193	2024-08-07	[The Role of Cancer-Associated Fibroblasts in Modulating Tumor Immunity in Colorectal Cancer] 2023-Sep, Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy PMID:37800287	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在结直肠癌中调节肿瘤免疫的作用	通过单细胞RNA测序识别出一种调节免疫反应的CAFs亚群	NA	探讨CAFs在肿瘤微环境中的作用，以期为针对CAFs的疗法提供新思路	结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤免疫的影响	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠原位直肠肿瘤模型
194	2024-08-05	Integration of single-nuclei RNA-sequencing, spatial transcriptomics and histochemistry defines the complex microenvironment of NF1-associated plexiform neurofibromas 2023-09-28, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01639-1 PMID:37770931	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和免疫组化定义了NF1相关的多发性神经纤维瘤的复杂微环境	首次描述了在多发性神经纤维瘤中存在的NRXN1/NLGN1受体-配体交互作用，可能表明细胞间的直接交流通路	由于多发性神经纤维瘤的细胞凝聚性，单细胞RNA测序很难进行，可能导致关键细胞亚群的检测丧失	探讨多发性神经纤维瘤肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在的新通讯通路	研究了8个冷冻多发性神经纤维瘤样本和4个多发性神经纤维瘤样本的空间转录组学数据	数字病理学	神经纤维瘤	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学（ST），免疫组化	NA	RNA测序数据，转录组数据	8个冷冻多发性神经纤维瘤样本和4个多发性神经纤维瘤样本
195	2024-08-07	Identifying immune checkpoint-related lncRNA biomarkers for immunotherapy response and prognosis in cancers 2023-09-28, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02550-z PMID:37770497	研究论文	本文开发了一个多步骤流程，用于识别跨癌症的免疫检查点相关长非编码RNA生物标志物，以预测免疫治疗反应和预后	首次构建了免疫检查点与长非编码RNA的合作调控网络，并验证了这些生物标志物在预测免疫检查点抑制剂反应中的有效性	NA	旨在增强对长非编码RNA功能的理解，并加速发现基于长非编码RNA的免疫检查点抑制剂治疗生物标志物	免疫检查点相关长非编码RNA生物标志物	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	RNA	涉及多个独立数据集，包括大量和单细胞RNA测序数据
196	2024-08-05	Single-cell transcriptomics delineates the immune cell landscape in equine lower airways and reveals upregulation of FKBP5 in horses with asthma 2023-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-43368-4 PMID:37758813	研究论文	该文章研究了马的下呼吸道中的免疫细胞概况，并揭示了哮喘马中FKBP5的上调	首次通过单细胞转录组测序描绘了马的免疫细胞景观，并发现FKBP5在哮喘病例中的显著上调	仅研究了轻度至中度哮喘马的免疫细胞，是否适用于重度哮喘尚未确定	探讨马的免疫细胞在哮喘中的变化	健康马和轻度至中度马哮喘病例的免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
197	2024-08-07	Loss of Notch signaling in skeletal stem cells enhances bone formation with aging 2023-09-27, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-023-00283-8 PMID:37752132	研究论文	研究探讨了骨骼干细胞中Notch信号通路的缺失如何增强老年时期的骨形成	发现Notch信号通路的调节可以改善骨骼老化现象，增加骨质量，并识别出Ebf3转录因子作为潜在的治疗目标	NA	探究Notch信号通路在骨骼干细胞中的作用及其对老年骨骼健康的影响	骨骼干细胞和前体细胞（SSPCs）及其在老化过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	中年条件性敲除小鼠
198	2024-08-05	Tracing immune cells around biomaterials with spatial anchors during large-scale wound regeneration 2023-09-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41608-9 PMID:37752124	研究论文	本研究介绍了一种使用生物可降解的对齐细胞外基质支架进行大面积伤口再生的方法	揭示了调节性T细胞在抑制过度2型炎症方面的潜在作用	未具体提及实验中样本的多样性和应用的局限性	探讨免疫系统在伤口再生过程中的协调作用	探索免疫细胞在生物材料周围的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	NA	使用了缺乏成熟T淋巴细胞的免疫缺陷小鼠
199	2024-08-05	Benchmarking data-driven filtering for denoising of TCRpMHC single-cell data 2023-09-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-43048-3 PMID:37752190	研究论文	本研究评估了两种用于去噪单细胞TCR-pMHC特异性数据的方法	评估了ICON和ITRAP去噪方法的性能，并发现ITRAP在数据一致性和性能上优于ICON	研究主要依赖公共可用的免疫分析数据，未涉及其他类型的数据	提高TCR-pMHC特异性高通量研究的数据质量	针对单细胞TCR-pMHC特异性数据进行去噪处理	计算机视觉	NA	去噪技术	机器学习方法	免疫分析数据	使用了10x Genomics提供的公共数据集
200	2024-08-07	Role of microRNAs and their downstream target transcription factors in zebrafish thrombopoiesis 2023-09-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-42868-7 PMID:37752184	研究论文	本研究探讨了斑马鱼血栓形成过程中microRNAs及其下游靶点转录因子的作用	首次在斑马鱼模型中系统研究了microRNAs及其靶点在血栓形成中的作用，并揭示了microRNAs通过调控转录因子网络影响血栓形成的机制	研究主要集中在少数特定的microRNAs和转录因子上，可能未能全面覆盖所有相关的调控因子	探究microRNAs及其下游靶点转录因子在斑马鱼血栓形成中的作用	斑马鱼的血栓细胞（thrombocytes）及其相关的microRNAs和转录因子	分子生物学	血栓形成	单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing）	NA	基因表达数据	15种microRNAs在血栓细胞中的表达，以及14种转录因子的表达水平