单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-30	Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues 2023-Sep, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-023-00507-1 PMID:37946872	研究论文	开发SAHMI计算方法，从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实微生物信号并过滤污染物	提出首个专门用于从标准转录组测序中区分真实微生物核酸与污染物的计算工具SAHMI	NA	解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题	哺乳动物组织中的微生物核酸	生物信息学	NA	单细胞测序、空间基因组测序、转录组测序	NA	基因组测序数据	NA
2	2025-08-12	A single-cell CRISPRi platform for characterizing candidate genes relevant to metabolic disorders in human adipocytes 2023-09-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00148.2023 PMID:37486064	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR干扰和单细胞RNA测序的CROP-Seq平台，用于研究人类脂肪细胞的代谢紊乱相关候选基因	开发了CROP-Seq这一无假设工具，能同时研究多个候选基因在脂肪生成过程中的转录结果	研究仅基于SGBS细胞系，可能无法完全代表体内脂肪细胞的行为	鉴定与代谢疾病相关的脂肪生成和脂肪细胞功能的新调控因子	人类前脂肪细胞SGBS细胞系	基因组学	代谢疾病	CROP-Seq（CRISPR干扰与单细胞RNA测序结合技术）	KRAB-dCas9系统	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用SGBS细胞系在不同时间点进行实验
3	2025-07-23	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于空间转录组学中的联合细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行联合噪声感知细胞分割和分子注释，通过转移图嵌入和多模态输入丰富基因关系	当前方法严重依赖细胞核或细胞体染色，导致转录组深度显著损失和空间共定位关系潜在表示学习能力有限	提高空间转录组学中细胞分割和注释的准确性	2D和3D空间转录组学数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	graph deep learning	spatial transcriptomics data	NA
4	2025-07-23	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别了一个26基因表达特征，用于高风险胃黏膜肠化生（GIM）的早期检测和预防	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，识别并验证了一个26基因特征，该特征与高风险GIM和胃癌相关	样本量相对较小，尤其是空间验证队列仅包含5个样本，可能影响结果的普遍性	识别高风险胃黏膜肠化生（GIM）的分子标志物，以改进胃癌的预防和早期检测	胃黏膜肠化生（GIM）患者和胃癌患者的临床及基因组数据	数字病理学	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 单分子多重荧光原位杂交	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	总样本量546（GAPS队列303, TCGA 198, scRNA-seq 40, 空间验证队列5）
5	2025-07-23	DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection 2023-09-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03049-x PMID:37730638	研究论文	本文提出了一种名为DISCERN的深度生成网络，用于精确重建缺失的单细胞基因表达数据，以改善细胞聚类和细胞亚型及状态检测	DISCERN是一种新型的深度生成网络，能够利用参考数据集精确重建缺失的单细胞基因表达数据，显著优于现有算法，并在细胞聚类、细胞类型和活性检测方面表现出色	尽管DISCERN在批次差异处理上表现出鲁棒性，但其性能可能仍受限于参考数据集的质量和覆盖范围	开发一种工具以改善单细胞测序数据中的基因表达重建，从而提升细胞聚类和细胞类型识别的准确性	单细胞基因表达数据	生物信息学	COVID-19	单细胞测序	深度生成网络	基因表达数据	NA
6	2025-07-22	Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM 2023-Sep-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05476-w PMID:37726653	research paper	提出了一种名为DeTREM的新方法，用于改进基于单核RNA测序数据的脑组织细胞类型去卷积分析	DeTREM通过补偿细胞类型特征与批量RNA测序数据集之间的测序差异，提高了预测细胞类型比例的准确性	主要针对脑组织数据，其他组织类型的适用性未经验证	改进脑组织细胞类型定量分析的准确性	人类脑组织RNA测序数据	生物信息学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量RNA测序	DeTREM, MuSiC, SCDC, CIBERSORTx	RNA测序数据	模拟和真实人类脑组织数据集
7	2025-07-22	CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01571-5 PMID:37500885	研究论文	本研究通过融合CTLA-4细胞质尾部（CCT）到CAR-T细胞的CAR末端，显著增强了CAR-T细胞的抗肿瘤效果	利用CTLA-4细胞质尾部的内吞特性重新编程CAR功能，显著提高CAR-T细胞在体内的疗效	研究主要针对白血病模型，未在其他类型癌症中验证	提高CAR-T细胞的抗肿瘤免疫效果	CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术	CAR-T细胞模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
8	2025-07-20	Lung tumor-infiltrating Treg have divergent transcriptional profiles and function linked to checkpoint blockade response 2023-09-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg1487 PMID:37713507	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了调节性T细胞在非小细胞肺癌中对免疫检查点阻断治疗反应的调控作用	发现了调节性T细胞在肿瘤微环境中存在多种转录亚群，其中OX40GITR亚群与PD-1阻断治疗抵抗相关，并首次报道了TAA特异性T细胞在肿瘤内会发展为T1样表型	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本的临床验证仍需进一步研究	阐明调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗反应中的作用机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润T细胞和小鼠肿瘤模型中的TAA特异性T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、T细胞受体测序(TCRseq)	NA	单细胞转录组数据	超过73,000个肿瘤浸润T细胞样本(来自抗PD-1治疗和未治疗的NSCLC患者)
9	2025-07-20	A unified pipeline for FISH spatial transcriptomics 2023-Sep-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100384 PMID:37719153	研究论文	本文介绍了一个名为PIPEFISH的半自动化和通用化流程，用于处理基于荧光原位杂交(FISH)的空间转录组学数据	扩展并改进了starfish库，创建了一个标准化且通用的分析流程PIPEFISH，解决了当前空间转录组学数据分析工具缺乏标准化的问题	流程是半自动化的，可能需要一定的人工干预	开发一个标准化的分析流程来处理FISH空间转录组学数据	FISH空间转录组学数据	数字病理学	NA	MERFISH, seqFISH, 靶向测序(ISS)	NA	图像	三个真实数据集
10	2025-07-20	An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice 2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0123 PMID:37432973	research paper	本研究探讨了α7烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRa7）在小鼠卵巢中的表达及其对卵巢功能的调控作用	首次揭示了nAChRa7在卵巢中的表达及其对原始卵泡数量和卵巢基质细胞的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究nAChRa7在卵巢功能中的潜在作用	成年Chrna7基因敲除（KO）小鼠和野生型（WT）小鼠的卵巢	分子生物学	NA	qPCR、原位杂交、单细胞测序、免疫组化、蛋白质组学分析	NA	分子数据、形态学数据	成年Chrna7敲除小鼠和野生型小鼠（3个月大，动情间期）
11	2025-07-20	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04965-y PMID:37296316	research paper	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，基于NK细胞标记基因构建了一个预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的模型	首次结合单细胞测序和转录组数据分析NK细胞标记基因，构建了一个新的预后模型，并验证了其在预测免疫治疗反应中的有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏差，且未进行前瞻性临床验证	开发一个基于NK细胞标记基因的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	single-cell RNA-sequencing, bulk RNA-sequencing	COX regression model	RNA-seq data	TCGA、GEO和ICGC数据库中的肝细胞癌患者数据
12	2025-07-20	A pairwise immune gene model for predicting overall survival and stratifying subtypes of colon adenocarcinoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04957-y PMID:37316691	研究论文	本研究利用免疫相关基因对构建了一个预测结肠腺癌（COAD）患者总体生存和分层的模型	开发了一个基于三对免疫基因对的预后相关模型，并验证了其在风险分层和预测免疫治疗效果方面的有效性	模型仅基于有限的数据库（TCGA和GEO）数据，可能需要更多外部数据验证	评估COAD预后并开发新的风险分层方法，以更好地预测患者的免疫治疗效果	结肠腺癌（COAD）患者	生物信息学	结肠癌	单细胞RNA测序，生物信息学分析，lasso cox回归分析	基因对模型	基因表达谱，生存随访信息	来自TCGA和GEO（GSE14333和GSE39582）数据库的COAD患者数据
13	2025-07-20	AHR, a novel inhibitory immune checkpoint receptor, is a potential therapeutic target for chemoresistant glioblastoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04894-w PMID:37233762	研究论文	本研究旨在阐明MGMT启动子低甲基化胶质母细胞瘤患者对替莫唑胺耐药的机制，并探索潜在的治疗靶点和药物	发现AHR作为一种新型抑制性免疫检查点受体，可作为替莫唑胺耐药胶质母细胞瘤的治疗靶点，并验证了靶向AHR的草药成分七叶树种的显著治疗效果	研究为回顾性研究，需要进一步的前瞻性临床试验验证AHR靶向治疗的有效性	探索替莫唑胺耐药胶质母细胞瘤的治疗靶点和药物	MGMT启动子低甲基化胶质母细胞瘤患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	转录组测序、多组学数据分析、单细胞测序、多重免疫荧光染色	T细胞与肿瘤细胞共培养模型	测序数据、临床样本数据	457名胶质母细胞瘤患者的转录组测序数据
14	2025-07-20	Single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq reveal reliable diagnostic and prognostic biomarkers for CRC 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04882-0 PMID:37247080	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，筛选结直肠癌(CRC)的诊断和预后生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，筛选出CRC的诊断和预后生物标志物，并构建风险评分模型	未提及样本来源的具体限制或潜在的偏倚问题	探索结直肠癌发展过程中上皮细胞特异性基因的作用，并筛选可靠的诊断和预后生物标志物	结直肠癌(CRC)患者样本	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), LASSO-Cox回归	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据, 甲基化数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个数据集(CRC scRNA-seq数据集、CRC meta数据集和外部验证数据集)
15	2025-07-20	A Bayesian multivariate mixture model for high throughput spatial transcriptomics 2023-09, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1111/biom.13727 PMID:35895854	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯多元混合模型的方法SPRUCE，用于高通量空间转录组学数据分析，以识别组织样本中的细胞亚群	SPRUCE模型结合了多元偏态正态分布和空间随机效应，能够在不依赖近似推理技术的情况下推断空间相关的混合成分成员概率	未明确提及具体局限性，但可能包括模型对数据质量和规模的敏感性	开发一种能够识别高通量空间转录组学数据中细胞亚群的统计模型	人类大脑和乳腺癌的高通量空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	高通量空间转录组学(HST)	贝叶斯空间多元有限混合模型(SPRUCE)	基因表达数据	公开可用的人类大脑HST数据和人类乳腺癌HST数据
16	2025-07-20	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on T-cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04881-1 PMID:37244876	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，基于T细胞标记基因构建了一个预测膀胱癌预后和免疫治疗反应的签名	首次在膀胱癌中基于T细胞标记基因构建预后签名，并验证其预测免疫治疗反应的能力	研究依赖于公开数据库数据，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发膀胱癌预后预测模型并评估其预测免疫治疗反应的能力	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后签名模型	基因表达数据	TCGA数据库和GEO数据库中的膀胱癌患者样本
17	2025-07-20	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	本研究探讨了从实体瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性及其对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细描述了DN-TILs的表型、功能及其MHC非依赖性的抗肿瘤活性	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验	研究DN-TILs的特性和功能，探索其作为实体瘤治疗新方法的潜力	从胃癌组织中分离的DN-TILs	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、异种移植模型	NA	细胞表型数据、基因表达数据	从胃癌组织分离的DN-TILs，单细胞RNA测序分析了7028个细胞
18	2025-07-20	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	research paper	该研究探讨了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1诱导I型干扰素α在默克尔细胞癌中的抗肿瘤作用	揭示了domatinostat通过抑制HES1表达诱导IFNα的新机制，为默克尔细胞癌的治疗提供了新的理论依据	研究仅针对有限的细胞系进行，未涉及体内实验或临床试验	探究HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系（WaGa, MKL-1, UM-MCC 34）和原代成纤维细胞	肿瘤学	默克尔细胞癌	RT-qPCR, 流式细胞术, RNA干扰	NA	mRNA表达数据, 蛋白质水平数据	三种默克尔细胞癌细胞系和原代成纤维细胞
19	2025-06-14	Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adg1812 PMID:37656789	研究论文	本文介绍了一种新型的先天免疫细胞，称为“可变免疫受体表达髓系细胞”（VIREMs），并展示了它们在抗原特异性识别中的独特功能	发现了VIREMs这一新型先天免疫细胞，它们能够重组并表达抗体基因，这是B淋巴细胞的独有特征	研究尚未深入探讨VIREMs在其他疾病模型中的功能及其潜在的治疗应用	探索先天免疫细胞在抗原特异性识别和组织维护中的新功能	可变免疫受体表达髓系细胞（VIREMs）	免疫学	NA	单细胞转录组学、全基因组表观遗传分析、活细胞成像	NA	单细胞数据、活细胞成像数据	健康个体的血液样本
20	2025-05-15	A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544 PMID:37659083	研究论文	本文提出了一种分析来自结核分枝杆菌感染小鼠肺部的单细胞RNA测序数据的协议	提供了一套详细的步骤，用于下载处理后的scRNA-seq数据、整合不同条件下的样本、进行聚类分析，并识别淋巴样细胞亚型、差异分析和通路富集分析	NA	开发一种协议，用于深入评估健康和结核分枝杆菌感染小鼠肺部淋巴细胞群体	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞	生物信息学	结核病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部细胞