单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-23	Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054 PMID:37656622	研究论文	本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应	首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略	研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制	探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系	视网膜色素变性中的视锥细胞	NA	视网膜色素变性	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，转录组	NA
2	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
3	2024-12-12	Single-cell transcriptomics suggest distinct upstream drivers of IL-17A/F in hidradenitis versus psoriasis 2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.05.012 PMID:37271319	研究论文	研究比较了化脓性汗腺炎（HS）和银屑病中T17细胞的转录组及其与邻近免疫细胞亚群的配体-受体相互作用	首次揭示了HS和银屑病中T17细胞的不同上游驱动因素，特别是IL-1β在HS中的主导作用	研究仅限于皮肤样本，未涵盖全身免疫反应	探讨化脓性汗腺炎和银屑病中T17细胞的转录组特征及其驱动机制	化脓性汗腺炎和银屑病中的T17细胞及其与邻近免疫细胞的相互作用	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组	NA	转录组数据	12,300个来自8个化脓性汗腺炎皮肤样本的免疫细胞，19,525个来自11个银屑病皮肤样本的细胞，以及11,920个来自10个对照皮肤样本的细胞
4	2024-12-06	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	提出了针对单细胞或有限RNA输入的基因表达研究的改进方法，包括不同的逆转录酶和cDNA扩增酶、改良的裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清洁步骤	NA	研究哺乳动物植入前发育中的基因表达	单细胞RNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞或数十到数百个细胞
5	2024-12-06	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	研究从实体肿瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细研究了从胃癌组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能，发现其具有广泛的抗癌细胞毒性，且这种毒性是MHC非依赖性的	研究主要集中在体外和异种移植模型中，尚未进行临床试验	探讨从实体肿瘤中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能	从胃癌组织中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）	肿瘤学	胃癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	从胃癌组织中提取的DN-TILs，以及多种癌细胞系（如Panc-1、HGC-27、SKOV-3、A375）
6	2024-12-06	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	研究论文	研究HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导默克尔细胞癌中的I型干扰素α	首次揭示了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α，从而在默克尔细胞癌中发挥抗肿瘤作用	研究仅限于特定的默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞，可能无法完全代表所有默克尔细胞癌的情况	探讨HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RT-qPCR	NA	RNA	包括WaGa、MKL-1和UM-MCC 34细胞系以及初级成纤维细胞
7	2024-11-23	Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40966-8 PMID:37660077	研究论文	本研究探讨了多发性骨髓瘤患者在接受连续来那度胺维持治疗期间，免疫微环境在维持疾病缓解中的作用	利用单细胞RNA测序、T细胞受体β测序和CyTOF质谱流式细胞术，全面分析了23名新诊断的多发性骨髓瘤患者在接受来那度胺治疗前后的免疫景观变化	样本量较小，仅包括23名患者	旨在发现与长期治疗反应相关的免疫表型特征	新诊断的多发性骨髓瘤患者在接受来那度胺维持治疗期间的免疫微环境	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、T细胞受体β测序、CyTOF质谱流式细胞术	NA	RNA序列、T细胞受体序列、质谱流式细胞术数据	23名患者
8	2024-10-26	Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409 PMID:37402171	研究论文	本文介绍了一种优化的小鼠足垫免疫细胞分离协议，用于单细胞RNA测序和流式细胞术	提出了一个高效的小鼠足垫免疫细胞分离方法，保持高细胞活力，适用于单细胞RNA测序	NA	开发和优化用于单细胞RNA测序的小鼠足垫免疫细胞分离方法	小鼠足垫中的免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠足垫中的免疫细胞
9	2024-08-07	Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells 2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001 PMID:37454412	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10	2024-10-14	Predicting gene regulatory links from single-cell RNA-seq data using graph neural networks 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad414 PMID:37985457	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络的框架GNNLink，用于从单细胞RNA测序数据中预测基因调控关系	本文的创新点在于将基因调控网络推断问题转化为图链接预测任务，并利用图卷积网络捕捉基因间的相互依赖关系	本文未详细讨论GNNLink在处理大规模数据集时的计算效率问题	本文的研究目的是从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因调控关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图卷积网络	基因表达数据	本文使用了七个单细胞RNA测序数据集进行实验
11	2024-10-13	Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41749-x PMID:37770450	研究论文	研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用	通过空间转录组学技术，识别了与细胞类型相关的基因表达模式，并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联	NA	探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用	小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元	神经科学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠体感皮层样本
12	2024-10-13	scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41795-5 PMID:37770437	研究论文	本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法，通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果	本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合，而不是将其视为干扰因素	NA	研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果	单细胞RNA测序和ATAC测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据	七个多组学数据集
13	2024-10-11	Artificial Intelligence Models for Cell Type and Subtype Identification Based on Single-Cell RNA Sequencing Data in Vision Science 2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3284795 PMID:37294649	综述	本文综述了基于单细胞RNA测序数据在视觉科学中使用人工智能技术进行细胞类型和亚型识别的最新进展	介绍了人工智能在细胞类型识别中的应用，提供了更快、更准确和用户友好的方法	开发新的单细胞RNA测序数据分析方法仍然是未来研究需要解决的问题	帮助视觉科学家选择合适的单细胞RNA测序数据集和计算工具进行分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
14	2024-10-02	Simultaneous estimation of gene regulatory network structure and RNA kinetics from single cell gene expression 2023-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.21.558277 PMID:37790443	研究论文	开发了一种深度学习模型，通过单细胞RNA测序数据同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数	首次将深度学习模型应用于同时推断基因调控网络结构和RNA动力学参数，并展示了其在预测基因表达状态和模拟转录因子变化效果方面的优越性	NA	构建一个完整的、预测性的生物物理模型，用于基因表达调控	基因调控网络结构和RNA动力学参数	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	175,000个单细胞
15	2024-10-02	Single-Nucleus RNA-Seq: Open the Era of Great Navigation for FFPE Tissue 2023-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241813744 PMID:37762049	综述	本文综述了单核RNA测序（snRNA-seq）在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的应用及其技术进展	snRNA-seq技术减少了离子化转录偏差，适用于更丰富的样本，为深入探索FFPE组织提供了新机会	本文总结了snRNA-seq在FFPE样本中的局限性和潜在技术发展	探讨单核RNA测序技术在福尔马林固定石蜡包埋组织中的应用	单核RNA测序技术及其在FFPE组织中的应用	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
16	2024-09-30	Hormonal gatekeeping via the blood-brain barrier governs caste-specific behavior in ants 2023-09-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.08.002 PMID:37683635	研究论文	揭示血脑屏障在调节蚂蚁复杂社会行为中的新作用	发现血脑屏障中的关键激素降解酶——保幼激素酯酶（Jhe）在调节蚂蚁社会行为中的作用	研究主要集中在蚂蚁和果蝇，未涉及其他物种	探讨血脑屏障在调节蚂蚁社会行为中的作用	蚂蚁和果蝇的血脑屏障及保幼激素酯酶	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	蚂蚁和果蝇的样本
17	2024-09-28	Modeling idiopathic autism in forebrain organoids reveals an imbalance of excitatory cortical neuron subtypes during early neurogenesis 2023-09, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01399-0 PMID:37563294	研究论文	使用皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍（ASD）患者前脑发育的改变	首次通过皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变，揭示了兴奋性皮质神经元亚型在早期神经发生中的不平衡	未发现基因组变异解释观察到的转录组改变	研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变及其潜在机制	自闭症谱系障碍患者及其未受影响的父亲的前脑发育	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	13个家庭的自闭症谱系障碍男孩及其未受影响的父亲
18	2024-09-27	Single-cell assignment using multiple-adversarial domain adaptation network with large-scale references 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100577 PMID:37751689	研究论文	介绍了一种名为SELINA的单细胞RNA-seq数据注释框架，利用多对抗域适应网络和预先整理的参考图谱进行细胞类型注释	提出了SELINA框架，通过多对抗域适应网络消除批次效应，并使用合成少数类过采样技术增强稀有细胞类型的注释	NA	开发一种能够准确注释单细胞RNA-seq数据的自动化框架	单细胞RNA-seq数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	多对抗域适应网络	单细胞RNA-seq数据	170万细胞，涵盖230种不同的人类细胞类型
19	2024-09-27	Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm 2023-09-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.024 PMID:37751684	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞高效生成咽前肠内胚层的方法，并对其进行了分子表征	开发了一种高效的逐步分化方法，并引入了计算分类工具CellMatch，用于确认细胞成熟度	NA	研究与咽部发育和器官发生相关的人类综合征，并提供疾病相关位点和基因调控网络的研究方法	人类咽前肠内胚层及其衍生物	NA	NA	转录组分析、染色质分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
20	2024-09-27	Inferring single-cell transcriptomic dynamics with structured latent gene expression dynamics 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100581 PMID:37708894	研究论文	本文提出了一种名为LatentVelo的方法，利用深度学习计算单细胞RNA测序数据的基因表达动态的低维表示	LatentVelo通过变分自编码器将细胞嵌入潜在空间，并使用神经常微分方程在基于动态的潜在空间中建模分化动态，能够推断潜在的调节状态以模拟多个谱系	NA	开发一种新的方法来推断单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器，神经常微分方程	单细胞RNA测序数据	NA