单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-14	Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adg1812 PMID:37656789	研究论文	本文介绍了一种新型的先天免疫细胞，称为“可变免疫受体表达髓系细胞”（VIREMs），并展示了它们在抗原特异性识别中的独特功能	发现了VIREMs这一新型先天免疫细胞，它们能够重组并表达抗体基因，这是B淋巴细胞的独有特征	研究尚未深入探讨VIREMs在其他疾病模型中的功能及其潜在的治疗应用	探索先天免疫细胞在抗原特异性识别和组织维护中的新功能	可变免疫受体表达髓系细胞（VIREMs）	免疫学	NA	单细胞转录组学、全基因组表观遗传分析、活细胞成像	NA	单细胞数据、活细胞成像数据	健康个体的血液样本
2	2025-05-15	A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544 PMID:37659083	研究论文	本文提出了一种分析来自结核分枝杆菌感染小鼠肺部的单细胞RNA测序数据的协议	提供了一套详细的步骤，用于下载处理后的scRNA-seq数据、整合不同条件下的样本、进行聚类分析，并识别淋巴样细胞亚型、差异分析和通路富集分析	NA	开发一种协议，用于深入评估健康和结核分枝杆菌感染小鼠肺部淋巴细胞群体	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞	生物信息学	结核病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部细胞
3	2025-05-15	Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545 PMID:37690024	研究论文	本文描述了一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞（mpSCs）的方案，用于其表征和应用	提出了一种使用环境致癌物2,3,7,8-四氯二苯并二噁英在皮肤角质形成细胞谱系中富集mpSCs，并通过单细胞转录组学和单细胞显微镜分析相关干细胞标记物表达来鉴定mpSCs的方法	NA	开发一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞的方案	人类皮肤干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学, 单细胞显微镜分析	NA	单细胞数据	NA
4	2025-05-15	Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539 PMID:37659082	研究论文	本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人类胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上免疫检查点的协议	开发了一种从胰腺导管腺癌肝转移患者中分离循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序以识别免疫检查点的协议	协议的具体执行细节需要参考Liu等人（2023）的完整说明	建立有效的免疫疗法以预防肿瘤转移	人类胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞
5	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491 PMID:37581982	研究论文	本文提供了一种使用单细胞RNA测序技术分析啮齿动物血液阶段疟原虫基因表达调控的协议	采用单细胞RNA测序技术，克服了传统批量RNA测序无法区分疟原虫发育阶段特异性基因调控的局限性	仅针对啮齿动物疟原虫（Plasmodium chabaudi chabaudi AS）进行研究，未涉及人类疟原虫	开发一种能够表征疟疾血液阶段发育特异性基因表达调控的方法	感染疟原虫的红细胞（iRBCs）	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	NA	RNA测序数据	感染疟原虫的小鼠红细胞
6	2025-05-14	Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447 PMID:37453069	研究论文	本文提出了一种用于空间注释单细胞测序的协议，旨在通过深度单细胞RNA测序和单细胞分辨率来剖析肿瘤内异质性	结合活细胞成像和光图案化照明技术，实现对体外肿瘤模型中感兴趣区域的细胞进行标记和单细胞RNA测序	该协议目前主要应用于体外肿瘤模型，尚未在临床组织样本中广泛验证	开发一种空间注释单细胞测序技术，用于研究肿瘤内异质性	体外肿瘤模型中的细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNAseq), 活细胞成像, 光图案化照明	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	适用于多种细胞系，未来可扩展至组织切片
7	2025-05-14	Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387 PMID:37379219	研究论文	提出一种计算工作流程，用于研究单细胞RNA测序数据中跨多个时间点和细胞类型的高度可变基因	开发了一种新的计算框架，用于分析跨多个时间点和细胞类型的单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	未提及具体的技术限制或数据局限性	研究单细胞RNA测序数据中高度可变基因的动态表达水平	登革热病毒和COVID-19数据集中的免疫细胞类型	生物信息学	登革热和COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据集中的多个免疫细胞类型
8	2025-05-14	Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383 PMID:37393609	研究论文	提出了一种从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离和剖析活肿瘤细胞的单细胞转录组学方案	开发了一种全面的方法，包括手术组织收集、培养、荧光细胞分选和群体富集的单细胞RNA测序，用于单细胞水平的脑肿瘤生物学研究	未提及具体样本量或实验验证的局限性	深入理解脑肿瘤生物学在单细胞水平上的特征	人源体外胶质母细胞瘤培养物中的活肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光细胞分选	NA	转录组数据	NA
9	2025-05-14	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	改进了单细胞标记逆转录协议，优化了逆转录和cDNA扩增的酶、裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清理步骤	未提及具体的技术局限性	研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	哺乳动物植入前发育中的单细胞或数十至数百个细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	手选单细胞或数十至数百个细胞
10	2025-05-14	Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409 PMID:37402171	research paper	本文提出了一种用于小鼠足垫免疫细胞分离的优化方案，以支持单细胞RNA测序和流式细胞术	提供了一种维持高细胞存活率的小鼠足垫白细胞分离方案，并详细描述了从组织解离到数据分析的全过程	NA	开发一种优化的细胞分离方案，以支持单细胞水平上的分子图谱构建	小鼠足垫白细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
11	2025-05-14	Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449 PMID:37459235	研究论文	本文提出了一种从人肝母细胞瘤组织中分离高活性肝细胞和免疫细胞的实验方案	开发了一种通过Percoll密度梯度离心法从人肝母细胞瘤组织中分离单细胞的标准化流程	未明确说明该方案对不同亚型肝母细胞瘤样本的适用性差异	建立人肝母细胞瘤单细胞悬液制备标准流程	人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞	单细胞测序	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq), Percoll密度梯度离心	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（人肝母细胞瘤组织）
12	2025-05-14	Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464 PMID:37480562	research paper	介绍了一种从正常和肿瘤人类胰腺中分离单细胞的协议	提供了一种适用于单细胞组学分析的高质量样本制备协议	需要参考Peng et al. (2019)和Li et al. (2021)以获取完整执行细节	开发适用于单细胞组学分析的样本制备方法	人类正常和肿瘤胰腺细胞	单细胞组学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq, 10× Genomics平台	NA	单细胞组学数据	100-10,000个细胞，存活率至少80%-90%
13	2025-04-25	The Histone Methyltransferase SETDB2 Modulates Tissue Inhibitors of Metalloproteinase-Matrix Metalloproteinase Activity During Abdominal Aortic Aneurysm Development 2023-09-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005963 PMID:37325923	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETDB2在腹主动脉瘤(AAA)发展过程中对金属蛋白酶组织抑制剂-基质金属蛋白酶活性的调控作用	首次揭示了SETDB2通过调控TIMP1-3基因启动子上的组蛋白H3K9三甲基化标记来影响AAA发展的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明巨噬细胞特异性表观遗传酶在AAA发展中的作用机制	人类主动脉组织样本和髓系特异性SETDB2缺陷小鼠模型	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	髓系特异性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
14	2024-08-07	Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells 2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001 PMID:37454412	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15	2025-04-10	Hematopoietic stem and progenitor cells confer cross-protective trained immunity in mouse models 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107596 PMID:37664586	research paper	该研究探讨了造血干细胞和祖细胞（HSPCs）在小鼠模型中通过训练免疫机制赋予交叉保护性免疫的能力	揭示了HSPCs在感染后通过异质性激活干扰素γ反应基因和稀有细胞群扩增，赋予骨髓来源巨噬细胞增强功能并实现对抗原性不同病原体的交叉保护	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HSPCs在训练免疫中的特异性作用和细胞类型	小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其衍生的巨噬细胞	免疫学	感染性疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多种病原体挑战实验
16	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomics of Mtb/HIV Co-Infection 2023-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182295 PMID:37759517	综述	本文总结了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在定义结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的免疫图谱方面取得的进展	使用scRNA-seq技术揭示TB和HIV共感染中的宿主-病原体相互作用、HIV发病机制的异质性以及用于模拟疾病的动物模型	未提及具体的实验样本量或数据集的详细描述	探索TB和HIV共感染的免疫图谱，寻找潜在的生物标志物和转录特征	结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）共感染	数字病理学	结核病/HIV共感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
17	2025-03-29	Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107703 PMID:37701814	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠膀胱癌中性别特异性转录特征及其预后相关性	首次在小鼠膀胱癌模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了性别特异性转录特征及其与人类膀胱癌数据的关联	研究仅基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探究膀胱癌中性别差异的生物学基础及其临床意义	小鼠BBN诱导的膀胱癌模型及人类BLCA数据集	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠BBN诱导的肿瘤样本及多个人类BLCA数据集
18	2025-03-29	Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease 2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.12.23295440 PMID:37745408	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，比较了原发性年龄相关tau病变（PART）和阿尔茨海默病（AD）中CA1锥体神经元的转录变化	发现了与神经元内tau病理相关的两种新型基因表达特征，并揭示了PART和AD在tau病理相关的转录变化上的相似性	样本量较小（PART和AD各6例，对照4例），且仅研究了海马CA1区的神经元	探究PART和AD中tau病理相关的分子变化及其相似性	CA1锥体神经元（有/无tau病理）	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病/原发性年龄相关tau病变	GeoMx空间转录组学	NA	mRNA表达数据	6例PART患者、6例AD患者和4例对照
19	2025-03-29	Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function 2023-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06549-9 PMID:37730992	研究论文	研究通过转基因雪貂模型探索肺离子细胞的多样性和功能	首次使用条件性遗传雪貂模型研究肺离子细胞生物学和功能，揭示了离子细胞在囊性纤维化中的关键作用	研究仅限于雪貂模型，尚未在人类中验证	阐明肺离子细胞在气道中的生物学功能和囊性纤维化中的作用	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂	生物医学研究	囊性纤维化	条件性遗传模型、单细胞转录组学、体内谱系追踪	FOXI1-Cre::ROSA-TG, FOXI1-KO, FOXI1-Cre::CFTR	基因表达数据、生理功能数据	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂
20	2025-03-01	Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40966-8 PMID:37660077	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体β测序以及CyTOF质谱流式细胞术，全面分析了多发性骨髓瘤患者的免疫系统，旨在发现长期治疗反应的关联因素	首次在多发性骨髓瘤患者中，通过单细胞RNA测序和CyTOF质谱流式细胞术，纵向分析了免疫微环境的变化，并发现了与持续微小残留病（MRD）阴性状态相关的免疫表型特征	样本量较小（23名患者），且仅观察了一年的治疗反应，长期效果尚不明确	探讨多发性骨髓瘤患者在接受持续来那度胺维持治疗期间，免疫微环境对长期治疗反应的影响	新诊断的多发性骨髓瘤患者	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体β测序, CyTOF质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据, 质谱流式细胞数据	23名患者