单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 449 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-13 |
Determinants of Survival with Combined HER2 and PD-1 Blockade in Metastatic Esophagogastric Cancer
2023-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3769
PMID:37406106
|
研究论文 | 本研究探讨了在转移性食管胃癌中，联合使用HER2和PD-1阻断疗法（帕博利珠单抗、曲妥珠单抗和化疗）的生存决定因素，并评估了多种生物标志物和测序技术 | 通过整合89Zr-曲妥珠单抗PET、血浆循环肿瘤DNA动态监测和单细胞RNA测序，揭示了患者内基因组异质性对治疗反应的影响，并识别了与治疗抵抗相关的转录程序 | 研究基于相对较小的样本量（如MSK队列n=226），且为观察性研究，可能受限于回顾性数据分析和潜在的选择偏倚 | 识别转移性食管胃癌患者在接受HER2和PD-1联合阻断疗法时的预后生物标志物和抵抗机制 | 转移性食管胃癌患者，包括接受帕博利珠单抗、曲妥珠单抗和化疗联合治疗的患者以及MSK队列中的曲妥珠单抗治疗患者 | 数字病理学 | 食管胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全外显子测序、循环肿瘤DNA（ctDNA）监测、89Zr-曲妥珠单抗PET成像 | 多变量Cox回归模型 | 影像数据（PET）、基因组数据（ctDNA、scRNA-seq、全外显子测序） | MSK队列中226名曲妥珠单抗治疗患者，以及来自MSK和三星的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-11 |
A novel mutation in intron 1 of Wnt1 causes developmental loss of dopaminergic neurons in midbrain and ASD-like behaviors in rats
2023-09, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-023-02223-8
PMID:37658228
|
研究论文 | 本研究通过大规模筛选自闭症谱系障碍（ASD）风险/致病基因，发现Wnt1内含子1中的一种新型突变，该突变导致WNT1表达降低，并在人源化大鼠模型中引发ASD样行为和中脑多巴胺能神经元发育性缺失 | 首次报道中脑多巴胺能神经元的发育性缺失是ASD的发病机制，并揭示异常祖细胞模式是这种发育性多巴胺能神经元缺失的细胞基础 | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 探索ASD的潜在致病机制，特别是遗传突变对神经发育的影响 | 人源化大鼠模型，重点关注中脑多巴胺能神经元 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列数据，行为数据 | 未明确指定样本数量，但涉及大规模基因筛查和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-11-15 |
Cell-intrinsic effects of clonal hematopoiesis in heart failure
2023-09, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00322-x
PMID:39196061
|
研究论文 | 本研究通过改进的单细胞测序技术探究了克隆性造血在心力衰竭中的细胞内在效应 | 开发了改进的单细胞测序流程MutDetect-Seq，首次在心力衰竭患者中揭示了CHIP突变细胞的细胞内在基因表达改变 | 研究样本量未明确说明，且仅关注了DNMT3A突变类型 | 探究克隆性造血突变细胞在心力衰竭中的细胞内在效应机制 | 心力衰竭患者中携带DNMT3A突变的单核细胞、CD4+ T细胞和NK细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | MutDetect-Seq（改进的单细胞测序流程） |
| 4 | 2025-11-06 |
ScRNA analysis and ferroptosis-related ceRNA regulatory network investigation in microglia cells at different time points after spinal cord injury
2023-Sep-19, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-023-04195-5
PMID:37726826
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞，并研究铁死亡相关的ceRNA调控网络 | 首次在单细胞水平揭示脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的铁死亡相关ceRNA调控网络，鉴定出关键基因Stmn1和Fgfbr1 | 研究基于小鼠模型数据，尚未进行实验验证 | 探究脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的免疫炎症生物标志物和调控机制 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-05 |
Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06549-9
PMID:37730992
|
研究论文 | 本研究通过构建转基因雪貂模型揭示肺离子细胞的多样性和功能 | 首次在非啮齿类哺乳动物中建立条件性遗传雪貂模型，用于研究肺离子细胞生物学 | 研究仅限于雪貂模型，需要进一步验证在人类中的适用性 | 阐明肺离子细胞在气道生理和囊性纤维化疾病中的作用 | 转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂模型 | 发育生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组测序, 体内谱系追踪 | 条件性遗传模型 | 基因表达数据, 生理功能数据 | 多种转基因雪貂模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-05 |
Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06473-y
PMID:37704762
|
研究论文 | 开发CHOOSE系统用于自闭症高风险基因的脑类器官筛选，揭示这些基因对细胞命运决定的影响 | 开发了CRISPR-人类类器官-单细胞RNA测序(CHOOSE)系统，首次在嵌合类器官中进行高通量功能缺失筛选 | 研究仅限于36个高风险自闭症基因，且类器官模型可能无法完全模拟人脑发育的复杂性 | 研究自闭症谱系障碍相关基因在人类大脑发育过程中的作用机制 | 人类脑类器官和患者特异性诱导多能干细胞衍生的类器官 | 发育生物学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 染色质分析 | 基因调控网络 | 单细胞转录组数据, 染色质数据 | 36个高风险自闭症基因的扰动分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-05 |
Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05279-8
PMID:36198796
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术分析人脑类器官发育过程，建立了基因调控网络推断框架Pando，并利用遗传扰动揭示了转录因子GLI3在端脑命运决定中的关键作用 | 开发了整合多组学数据的Pando框架来推断全局基因调控网络，并通过单细胞水平的遗传扰动验证转录因子功能 | 基于类器官模型的研究可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性 | 解析人脑发育过程中的基因调控网络 | 人多能干细胞衍生的神经类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序, 单细胞染色质可及性检测, 遗传扰动 | 基因调控网络推断模型 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 密集时间点的类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-05 |
Deciphering the landscape of transcriptional heterogeneity across cancer
2023-09-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.07.008
PMID:37595585
|
研究论文 | 通过整合77项研究和24种癌症类型的单细胞RNA测序数据，揭示癌症转录异质性的重复模式及其功能意义 | 首次大规模整合跨癌症类型的单细胞转录组数据，系统识别转录异质性的重复模式 | NA | 解析癌症转录异质性景观并探索其功能意义 | 24种癌症类型的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 77项研究整合数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
|
研究论文 | 开发SAHMI计算方法从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实存在的微生物核酸并过滤污染物 | 首次提出专门针对单细胞和空间基因组数据中稀疏微生物信号去噪的计算方法 | NA | 解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题 | 哺乳动物组织中的微生物核酸 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序, 空间基因组测序, 转录组测序 | NA | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
A single-cell CRISPRi platform for characterizing candidate genes relevant to metabolic disorders in human adipocytes
2023-09-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00148.2023
PMID:37486064
|
研究论文 | 开发了一种结合CRISPR干扰和单细胞RNA测序的平台，用于研究人类脂肪细胞中与代谢紊乱相关的候选基因 | 首次将CROP-Seq技术应用于脂肪生成和脂肪细胞生物学研究，能够同时评估多个候选基因的转录效应 | 研究基于SGBS细胞系，可能无法完全代表体内脂肪细胞的行为 | 识别与代谢疾病相关的脂肪生成、前脂肪细胞和脂肪细胞功能的新型调节因子 | 人类前脂肪细胞SGBS细胞系 | 单细胞基因组学 | 代谢紊乱 | CRISPR干扰, 单细胞RNA测序 | CROP-Seq | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微流控单细胞捕获 |
| 11 | 2025-10-06 |
Mild/asymptomatic COVID-19 in unvaccinated pregnant mothers impairs neonatal immune responses
2023-09-12, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172658
PMID:37698937
|
研究论文 | 本研究揭示未接种疫苗孕妇的轻度/无症状COVID-19感染会改变新生儿免疫细胞组成和功能 | 首次系统分析轻度/无症状感染对新生儿免疫系统的影响，发现即使无垂直传播或新生儿症状，胎儿免疫细胞仍出现功能改变 | 研究样本仅限于未接种疫苗孕妇，未评估疫苗接种对观察效应的影响 | 探究轻度/无症状母体SARS-CoV-2感染对新生儿免疫反应的影响 | 未接种疫苗孕妇的新生儿脐带血和绒毛膜绒毛样本 | 免疫学 | COVID-19 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，TLR激动剂和病原体体外刺激 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据，功能反应数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.19.558548
PMID:37786667
|
研究论文 | 提出一种名为Bering的图深度学习模型，用于空间转录组数据的联合细胞分割和分子注释 | 利用转录共定位关系进行联合噪声感知细胞分割，通过转移图嵌入实现多模态输入，并构建预训练模型提高泛化能力 | 未明确说明模型在特定组织类型或技术平台上的性能限制 | 解决空间转录组学中细胞分割和注释的准确性问题 | 空间转录组数据中的单个细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序技术 | 图深度学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558462
PMID:37786704
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法识别了胃肠化生中高风险前体病变的26基因表达特征 | 首次通过空间转录组学定位了高风险胃肠化生前体病变中异常肠干样细胞的基因表达特征 | 样本量相对有限，特别是空间验证队列仅包含5个样本 | 识别胃肠化生高风险前体病变的分子生物标志物以改善癌症预防 | 胃肠化生患者组织样本和胃癌样本 | 空间转录组学 | 胃癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 单分子多重荧光原位杂交 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 组织学图像 | 303个GIM样本, 198个TCGA样本, 40个scRNA-seq样本, 5个空间验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection
2023-09-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03049-x
PMID:37730638
|
研究论文 | 提出DISCERN深度学习网络，通过参考数据集精确重建单细胞基因表达缺失数据 | 开发新型深度生成网络，能准确重建缺失的单细胞基因表达数据，显著改善细胞聚类和细胞亚型检测 | NA | 改进单细胞测序数据分析中的细胞聚类和细胞亚型识别 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞测序 | 深度生成网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM
2023-Sep-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05476-w
PMID:37726653
|
研究论文 | 提出了一种名为DeTREM的改进方法，用于校正单核RNA测序数据在脑组织细胞类型反卷积分析中的偏差 | 在MuSiC方法基础上引入偏差校正机制，专门针对单核RNA测序与bulk RNA测序之间的技术差异进行补偿 | 主要针对脑组织数据，在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 提高使用单核RNA测序参考数据时脑组织细胞类型反卷积的准确性 | 人类脑组织bulk RNA测序数据 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单核RNA测序, bulk RNA测序 | DeTREM（基于MuSiC的改进算法） | 基因表达数据 | 模拟和真实人类脑组织数据集 | NA | single-nuclei RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01571-5
PMID:37500885
|
研究论文 | 通过融合CTLA-4胞质尾区增强CAR-T细胞的抗肿瘤免疫活性 | 利用CTLA-4胞质尾区的内吞特性重新编程CAR功能，显著提升CAR-T细胞在体内的抗肿瘤效果 | 研究主要聚焦于白血病模型，尚未验证在其他肿瘤类型中的适用性 | 改善CAR-T细胞疗法在肿瘤治疗中的疗效和持久性 | 嵌合抗原受体T细胞（CAR-T） | 免疫工程 | 白血病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | CAR-T细胞工程模型 | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Lung tumor-infiltrating Treg have divergent transcriptional profiles and function linked to checkpoint blockade response
2023-09-15, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adg1487
PMID:37713507
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据，揭示了肺肿瘤浸润调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗中的双重作用 | 首次发现TIL-Treg细胞可分为具有相反功能的亚群，其中OX40+GITR+亚群具有强抑制性且与PD-1阻断耐药相关，而TAA特异性Treg细胞可转化为T1样表型并促进抗肿瘤免疫 | 研究样本量相对有限，动物模型与人类肿瘤环境存在差异，需要进一步验证这些亚群的功能机制 | 探究调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗应答中的作用机制 | 非小细胞肺癌患者和鼠类肿瘤模型的肿瘤浸润T细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | 转移学习 | 单细胞转录组数据 | 超过73,000个肿瘤浸润T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
A unified pipeline for FISH spatial transcriptomics
2023-Sep-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100384
PMID:37719153
|
研究论文 | 开发了一个用于FISH空间转录组学数据分析的统一标准化流程PIPEFISH | 扩展并改进了starfish库，创建了半自动化、可通用的FISH空间转录组学分析流程 | 流程为半自动化，需要一定程度的人工介入 | 解决空间转录组学数据分析工具缺乏标准化的问题 | FISH空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 荧光原位杂交(FISH) | NA | 空间转录组学图像数据 | 三个真实数据集(MERFISH、seqFISH和ISS) | NA | 空间转录组学,FISH | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice
2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0123
PMID:37432973
|
研究论文 | 本研究通过形态学和分子生物学方法探讨了α7烟碱型乙酰胆碱受体在成年小鼠卵巢中的表达及其功能 | 首次系统揭示了Chrna7基因敲除对卵巢形态、原始卵泡数量和卵巢基质细胞的显著影响 | 研究仅针对成年小鼠，未涉及其他发育阶段；样本量相对有限 | 探索nAChRa7受体在卵巢功能中的潜在作用 | Chrna7基因敲除成年小鼠和野生型小鼠的卵巢组织 | 分子生物学 | 生殖系统疾病 | qPCR, 免疫组织化学, 原位杂交, 单细胞测序, 蛋白质组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 分子数据, 形态学数据, 蛋白质组数据 | 成年Chrna7基因敲除小鼠和野生型小鼠（3月龄，动情间期） | NA | 单细胞测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04965-y
PMID:37296316
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，构建基于NK细胞标记基因的特征来预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应 | 首次结合单细胞测序和转录组数据构建基于NK细胞标记基因的肝细胞癌预后预测模型 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发肝细胞癌预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | Cox回归模型, lasso回归 | 基因表达数据 | TCGA、GEO和ICGC数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |