单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-29	Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107703 PMID:37701814	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠膀胱癌中性别特异性转录特征及其预后相关性	首次在小鼠膀胱癌模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了性别特异性转录特征及其与人类膀胱癌数据的关联	研究仅基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探究膀胱癌中性别差异的生物学基础及其临床意义	小鼠BBN诱导的膀胱癌模型及人类BLCA数据集	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠BBN诱导的肿瘤样本及多个人类BLCA数据集
2	2025-03-29	Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease 2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.12.23295440 PMID:37745408	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，比较了原发性年龄相关tau病变（PART）和阿尔茨海默病（AD）中CA1锥体神经元的转录变化	发现了与神经元内tau病理相关的两种新型基因表达特征，并揭示了PART和AD在tau病理相关的转录变化上的相似性	样本量较小（PART和AD各6例，对照4例），且仅研究了海马CA1区的神经元	探究PART和AD中tau病理相关的分子变化及其相似性	CA1锥体神经元（有/无tau病理）	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病/原发性年龄相关tau病变	GeoMx空间转录组学	NA	mRNA表达数据	6例PART患者、6例AD患者和4例对照
3	2025-03-29	Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function 2023-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06549-9 PMID:37730992	研究论文	研究通过转基因雪貂模型探索肺离子细胞的多样性和功能	首次使用条件性遗传雪貂模型研究肺离子细胞生物学和功能，揭示了离子细胞在囊性纤维化中的关键作用	研究仅限于雪貂模型，尚未在人类中验证	阐明肺离子细胞在气道中的生物学功能和囊性纤维化中的作用	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂	生物医学研究	囊性纤维化	条件性遗传模型、单细胞转录组学、体内谱系追踪	FOXI1-Cre::ROSA-TG, FOXI1-KO, FOXI1-Cre::CFTR	基因表达数据、生理功能数据	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂
4	2024-08-07	Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells 2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001 PMID:37454412	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5	2025-03-01	Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40966-8 PMID:37660077	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体β测序以及CyTOF质谱流式细胞术，全面分析了多发性骨髓瘤患者的免疫系统，旨在发现长期治疗反应的关联因素	首次在多发性骨髓瘤患者中，通过单细胞RNA测序和CyTOF质谱流式细胞术，纵向分析了免疫微环境的变化，并发现了与持续微小残留病（MRD）阴性状态相关的免疫表型特征	样本量较小（23名患者），且仅观察了一年的治疗反应，长期效果尚不明确	探讨多发性骨髓瘤患者在接受持续来那度胺维持治疗期间，免疫微环境对长期治疗反应的影响	新诊断的多发性骨髓瘤患者	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体β测序, CyTOF质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据, 质谱流式细胞数据	23名患者
6	2025-02-26	Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy 2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002 PMID:37746243	研究论文	本文研究了在杜氏肌营养不良症小鼠模型中，腺相关病毒（AAV）介导的先天性和适应性免疫反应	通过双剂量AAV9给药的小鼠模型，更好地模拟了人类对AAV的免疫反应，揭示了抗AAV IgG和补体激活在免疫反应中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	理解AAV诱导的免疫反应机制，以改进临床前模型	杜氏肌营养不良症小鼠模型	免疫学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
7	2025-02-26	Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors 2023-09-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169314 PMID:37655659	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了免疫检查点阻断（ICB）对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的不同影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地比较了ICB对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的影响，并揭示了ICB对T细胞浸润和特定巨噬细胞群体的影响	样本量相对较小，且主要依赖于已发表的数据集，可能限制了结果的普遍性	探讨免疫检查点阻断（ICB）对转移性脑肿瘤微环境的影响，以寻找提高ICB疗效的潜在策略	19个ICB未治疗和9个ICB治疗的转移性脑肿瘤样本，以及已发表的复发性胶质母细胞瘤（rGBM）数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多重免疫荧光，空间转录组学	NA	RNA测序数据，图像数据	28个脑转移瘤样本（19个ICB未治疗，9个ICB治疗）
8	2025-02-19	Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558301 PMID:37786685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者外周血中常见和特定的免疫异常	使用前沿的单细胞分析技术，首次全面描述了IPF和FHP患者外周血中的免疫异常，并发现了疾病特异性的淋巴细胞异常	样本量相对较小，且仅针对外周血和支气管肺泡灌洗液样本进行分析，未涉及其他组织或更大规模的人群验证	识别IPF和FHP患者外周血中常见和特定的免疫异常，为诊断和治疗提供新策略	特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者及健康对照组的外周血和支气管肺泡灌洗液样本	单细胞测序	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics 5'基因表达和V(D)J分析）	Seurat R管道、DoRothEA-VIPER算法、Monocle3、Velocyto、scVelo、CellRank、Connectome R包、CellRanger和Immcantation框架	单细胞RNA测序数据	83个样本中的327,990个细胞
9	2025-02-13	Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121 PMID:37715952	研究论文	本文研究了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新，并在损伤后通过毛囊来源的干细胞再生，且再生过程依赖于FGFR2信号传导	未提及具体的研究局限性	探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	皮脂腺及其干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
10	2025-02-06	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics 2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.21.23295864 PMID:37790472	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证	研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统
11	2025-01-23	Epigenetic Induction of Smooth Muscle Cell Phenotypic Alterations in Aortic Aneurysms and Dissections 2023-09-19, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.063332 PMID:37555319	研究论文	本研究探讨了主动脉瘤和夹层（AAD）中平滑肌细胞（SMC）表型转换的转录组和表观遗传动态	揭示了SMC从收缩表型向增殖、细胞外基质产生和炎症表型转变的表观遗传机制，并识别了IRF3在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转换的机制	小鼠和人类主动脉瘤和夹层组织中的平滑肌细胞	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	小鼠模型和人类主动脉瘤和夹层组织样本
12	2025-01-03	Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders 2023-09, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-023-00668-9 PMID:37552451	综述	本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展	利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性，为诊断和治疗提供新视角	目前主要关注转录组变化，未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路	探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力	帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
13	2024-12-23	Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054 PMID:37656622	研究论文	本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应	首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略	研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制	探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系	视网膜色素变性中的视锥细胞	NA	视网膜色素变性	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，转录组	NA
14	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
15	2024-12-12	Single-cell transcriptomics suggest distinct upstream drivers of IL-17A/F in hidradenitis versus psoriasis 2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.05.012 PMID:37271319	研究论文	研究比较了化脓性汗腺炎（HS）和银屑病中T17细胞的转录组及其与邻近免疫细胞亚群的配体-受体相互作用	首次揭示了HS和银屑病中T17细胞的不同上游驱动因素，特别是IL-1β在HS中的主导作用	研究仅限于皮肤样本，未涵盖全身免疫反应	探讨化脓性汗腺炎和银屑病中T17细胞的转录组特征及其驱动机制	化脓性汗腺炎和银屑病中的T17细胞及其与邻近免疫细胞的相互作用	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组	NA	转录组数据	12,300个来自8个化脓性汗腺炎皮肤样本的免疫细胞，19,525个来自11个银屑病皮肤样本的细胞，以及11,920个来自10个对照皮肤样本的细胞
16	2024-12-06	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	提出了针对单细胞或有限RNA输入的基因表达研究的改进方法，包括不同的逆转录酶和cDNA扩增酶、改良的裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清洁步骤	NA	研究哺乳动物植入前发育中的基因表达	单细胞RNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞或数十到数百个细胞
17	2024-12-06	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	研究从实体肿瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细研究了从胃癌组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能，发现其具有广泛的抗癌细胞毒性，且这种毒性是MHC非依赖性的	研究主要集中在体外和异种移植模型中，尚未进行临床试验	探讨从实体肿瘤中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性和功能	从胃癌组织中提取的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）	肿瘤学	胃癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	从胃癌组织中提取的DN-TILs，以及多种癌细胞系（如Panc-1、HGC-27、SKOV-3、A375）
18	2024-12-06	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	研究论文	研究HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导默克尔细胞癌中的I型干扰素α	首次揭示了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1表达诱导I型干扰素α，从而在默克尔细胞癌中发挥抗肿瘤作用	研究仅限于特定的默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞，可能无法完全代表所有默克尔细胞癌的情况	探讨HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系和初级成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RT-qPCR	NA	RNA	包括WaGa、MKL-1和UM-MCC 34细胞系以及初级成纤维细胞
19	2024-10-26	Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry 2023-Sep-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409 PMID:37402171	研究论文	本文介绍了一种优化的小鼠足垫免疫细胞分离协议，用于单细胞RNA测序和流式细胞术	提出了一个高效的小鼠足垫免疫细胞分离方法，保持高细胞活力，适用于单细胞RNA测序	NA	开发和优化用于单细胞RNA测序的小鼠足垫免疫细胞分离方法	小鼠足垫中的免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠足垫中的免疫细胞
20	2024-10-14	Predicting gene regulatory links from single-cell RNA-seq data using graph neural networks 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad414 PMID:37985457	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络的框架GNNLink，用于从单细胞RNA测序数据中预测基因调控关系	本文的创新点在于将基因调控网络推断问题转化为图链接预测任务，并利用图卷积网络捕捉基因间的相互依赖关系	本文未详细讨论GNNLink在处理大规模数据集时的计算效率问题	本文的研究目的是从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因调控关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图卷积网络	基因表达数据	本文使用了七个单细胞RNA测序数据集进行实验