单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-07 |
Unraveling the activation process and core driver genes of HSCs during cirrhosis by single-cell transcriptome
2023-08, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.1177/15353702231191109
PMID:37674431
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了非肝硬化和肝硬化肝组织样本，深入探索了肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现了更好的治疗靶基因 | 通过单细胞RNA测序和伪时间分析，揭示了HSCs向肌成纤维细胞分化的关键基因，并识别了HSCs从静止到激活状态的主要调控因子 | NA | 深入探索肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现更好的治疗靶基因 | 肝星状细胞（HSCs）及其在肝硬化中的激活过程 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13个非肝硬化肝组织样本和10个肝硬化肝组织样本 |
| 102 | 2024-08-07 |
iDESC: identifying differential expression in single-cell RNA sequencing data with multiple subjects
2023-Aug-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05432-8
PMID:37608264
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研究论文 | 本文开发了iDESC方法，用于在包含多个受试者的单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性的差异表达基因 | iDESC采用零膨胀负二项混合模型，同时考虑了受试者效应和数据中的脱落事件，提高了差异表达分析的准确性和稳健性 | NA | 开发和评估一种新的方法，用于在单细胞RNA测序数据中进行差异表达分析，特别是在考虑多个受试者效应和数据脱落事件的情况下 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项混合模型 | RNA测序数据 | 多个受试者 |
| 103 | 2024-08-05 |
mRNA vaccination boosts S-specific T cell memory and promotes expansion of CD45RAint TEMRA-like CD8+ T cells in COVID-19 recovered individuals
2023-08-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101149
PMID:37552991
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研究论文 | 这篇文章研究了mRNA疫苗如何影响COVID-19感染者的T细胞记忆及CD8+ T细胞的扩增 | 本研究揭示了感染引发的S特异性CD8 T细胞记忆在疫苗接种后影响T细胞反应的程度和克隆组成 | 未提及具体的样本限制或实验设计的局限性 | 分析COVID-19感染者接种mRNA疫苗后的T细胞反应 | 之前感染的疫苗接种者与未感染的疫苗接种者的对比研究 | 免疫学 | COVID-19 | mRNA疫苗 | NA | T细胞反应数据 | NA |
| 104 | 2024-08-04 |
Location of CD39+ T cell subpopulations within tumors predict differential outcomes in non-small cell lung cancer
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006770
PMID:37648263
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研究论文 | 该研究调查了CD39和CD73在非小细胞肺癌（NSCLC）中的预后意义 | 提供了CD39+ T细胞亚群在肿瘤组织中的分布和功能特性的深入理解 | 未提及特定的局限性 | 理解免疫抑制途径在非小细胞肺癌中的作用，以开发新的诊断和治疗方法 | 162名早期未治疗的非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 多重免疫荧光、流式细胞仪、靶向RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 细胞、组织 | 162名早期未治疗的非小细胞肺癌患者 |
| 105 | 2024-08-04 |
Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms of the Pancreas Identifies NKX6-2 as a Driver of Gastric Differentiation and Indolent Biological Potential
2023-08-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1200
PMID:37285225
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研究论文 | 本研究通过空间转录组技术揭示了胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤的转录因子NKX6-2对胃部分化和温和生物学潜力的影响 | 首次发现NKX6-2是推动IPMN温和胃部分化的转录因子 | 研究中未详细探讨NKX6-2在其他癌症类型中的作用 | 旨在探讨IPMN中的胃部分化的分子基础 | 以一组胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤为研究对象 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组技术 | 小鼠IPMN模型 | 基因表达数据 | NA |
| 106 | 2024-08-04 |
Core conserved transcriptional regulatory networks define the invasive trophoblast cell lineage
2023-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201826
PMID:37417811
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研究论文 | 该研究探讨了老鼠和人类侵袭性滋养层细胞谱系的转录调控网络 | 首次整合了单核ATAC-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了跨物种的基因调控相似性 | 该研究主要集中于老鼠模型，可能无法完全代表人类系统 | 研究侵袭性滋养层细胞的调控机制及其在妊娠中的作用 | 老鼠的侵袭性滋养层细胞及其相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq和RNA-seq | NA | 基因组数据 | 未具体说明样本数量，涉及孕期15.5天和19.5天的老鼠子宫-胎盘界面组织 |
| 107 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling reveals the trajectory of FOLR2-expressing tumor-associated macrophages to regulatory T cells in the progression of lung adenocarcinoma
2023-08-02, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06021-6
PMID:37532692
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌（LUAD）中免疫抑制微环境的形成机制，揭示了FOLR2表达的肿瘤相关巨噬细胞向调节性T细胞的转变轨迹。 | 首次通过单细胞转录组图谱揭示了从癌前到侵袭性LUAD的免疫抑制微环境形成的潜在轨迹，包括ARM-RETN/TAM-FOLR2/DCs/CD4NR4A3/CD4FOXP3的转变。 | 研究样本量较小，仅包括12个LUAD样本和3个正常肺样本，可能影响结果的普遍性。 | 探究肺腺癌中免疫抑制微环境的细胞机制。 | 肺腺癌样本和正常肺样本中的细胞成分和转录组。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 12个肺腺癌样本和3个正常肺样本 |
| 108 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing defines disease-specific differences between chronic nodular prurigo and atopic dermatitis
2023-08, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.04.019
PMID:37210042
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了慢性结节性痒疹（CNPG）与特应性皮炎（AD）以及健康对照个体皮肤病变中的分子差异 | 发现了CNPG和AD中免疫偏斜的类型2，以及CNPG特有的细胞外基质组织、胶原蛋白合成和纤维化特征 | NA | 旨在深入理解CNPG的病理机制以及CNPG与AD之间的分子关系 | 慢性结节性痒疹（CNPG）和特应性皮炎（AD）患者的皮肤病变 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | CNPG、AD患者及健康对照个体的皮肤病变样本 |
| 109 | 2024-08-07 |
A Frizzled4-LRP5 agonist promotes blood-retina barrier function by inducing a Norrin-like transcriptional response
2023-Aug-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107415
PMID:37559903
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研究论文 | 本研究通过使用四价抗体模式F4L5.13，在因NDP信号受损而表现出复杂视网膜病理的幼鼠中，发现FZD4-LRP5激动剂的活动，并探讨其在发育期和成熟期对血视网膜屏障（BRB）功能的恢复作用。 | 本研究首次使用F4L5.13抗体模式，识别并验证了FZD4-LRP5激动剂在恢复血视网膜屏障功能中的作用，揭示了其在视网膜和神经疾病治疗中的潜在价值。 | 研究主要集中在幼鼠和成熟鼠模型上，未涉及其他年龄段的动物模型，可能影响结果的普遍性。 | 探讨FZD4-LRP5激动剂在维持和恢复血视网膜屏障功能中的作用及其潜在治疗价值。 | 幼鼠和成熟鼠的视网膜病理模型。 | 生物医学 | 视网膜疾病 | scRNA-seq | NA | RNA | 幼鼠和成熟鼠 |
| 110 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of Anopheles gambiae spermatogenesis defines the onset of meiotic silencing and premeiotic overexpression of the X chromosome
2023-08-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05224-z
PMID:37582841
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对Anopheles gambiae的精子发生过程进行了详细分析，定义了减数分裂沉默的开始及X染色体在减数分裂前细胞中的过度表达 | 揭示了X染色体在减数分裂前细胞中的过度表达，并记录了减数分裂沉默在精子发生后期细胞亚群中的开始 | 仅分析了少数生殖细胞特异性调控元件，且多数显示出泄漏表达，这可能影响当前遗传控制策略的效率 | 理解Anopheles gambiae生殖细胞的发育和遗传调控，以开发针对这一疟疾蚊媒的有效遗传控制策略 | Anopheles gambiae的精子发生过程及其遗传调控 | 遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 八个不同的细胞集群及其相关生殖细胞类型 |
| 111 | 2024-08-07 |
The pseudokinase Trib1 regulates the transition of exhausted T cells to a KLR+ CD8+ effector state, and its deletion improves checkpoint blockade
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112905
PMID:37527035
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研究论文 | 本文研究了伪激酶Trib1在调节耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态转变中的作用，并发现其缺失能增强检查点阻断疗法的效果 | 首次揭示了Trib1在调节CD8 T细胞中的重要作用，并证明了其作为靶点可以增强T细胞效应状态及改善检查点抑制剂疗法 | NA | 探讨Trib1在调节耗竭T细胞向效应状态转变中的作用及其对检查点阻断疗法的影响 | 耗竭的CD8 T细胞及伪激酶Trib1 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA速度分析、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 单细胞RNA序列、T细胞受体序列 | 未具体说明样本数量 |
| 112 | 2024-08-04 |
Key patient demographics shape innate immune topography in noncritical hypoxic COVID-19 pneumonia
2023-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166110
PMID:37606044
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研究论文 | 这篇文章研究了人口特征如何影响非危重状态COVID-19肺炎患者的先天免疫特征 | 揭示了人口特征对免疫细胞反应的影响，尤其是在老年和男性患者中 | 样本量有限，仅涉及38名患者，可能未能全面代表所有风险群体 | 研究与人口风险因素相关的免疫异质性 | 住院的COVID-19肺炎患者，氧饱和度低于94%的群体 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本和单细胞基因表达数据 | 38名COVID-19肺炎患者 |
| 113 | 2024-08-04 |
Transcriptomic forecasting with neural ordinary differential equations
2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2023.100793
PMID:37602211
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研究论文 | 本文提出了一种基于神经常微分方程的RNA表达预测方法RNAForecaster | 创新点在于开发了一种能在嵌入无关的方式下预测单细胞基因表达状态的方法 | NA | 研究单细胞基因表达的动态过程 | 针对单细胞转录组数据的发展进行预测 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 神经常微分方程 | 单细胞转录组数据 | 在模拟数据和一项3天的实验中使用了多个单细胞样本 |
| 114 | 2024-08-07 |
scMD: cell type deconvolution using single-cell DNA methylation references
2023-Aug-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.03.551733
PMID:37577715
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研究论文 | 本文介绍了scMD框架，用于从组织级别的DNA甲基化数据中可靠地估计细胞类型比例 | scMD框架通过统计方法聚合单细胞DNA甲基化数据，识别细胞类型标记的DNA甲基化位点，并创建精确的细胞类型签名矩阵，超越了现有的排序细胞或RNA衍生的参考 | 当前的单细胞DNA甲基化序列仅代表每个单细胞全基因组的一小部分，并且检测到的区域在细胞间不同，这使得单细胞DNA甲基化数据具有超高维度和超稀疏性 | 开发一种新的细胞类型反卷积框架，以从组织级别的DNA甲基化数据中估计细胞类型比例 | 单细胞DNA甲基化数据和组织级别的DNA甲基化数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞DNA甲基化 | NA | DNA甲基化数据 | 多个数据集 |
| 115 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of multiple invertible promoters reveals differential inversion rates as a strong determinant of bacterial population heterogeneity
2023-08-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg5476
PMID:37540747
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研究论文 | 本文研究了细菌种群异质性的一个重要机制，即可逆启动子的差异反转率。 | 揭示了通过组合性启动子反转生成的显著种群异质性，并表明反转率的差异在种群动态中起主要作用。 | 研究中可能未涵盖所有类型的微生物，局限于特定的细菌种群及其环境。 | 研究细菌种群异质性的机制及其对细菌适应性的影响。 | 以人类肠道共生细菌为研究对象，分析启动子反转对种群异质性的影响。 | 微生物学 | NA | 单细胞高通量测序 | 随机计算模型 | 基因组数据 | NA |
| 116 | 2024-08-07 |
Molecular signatures define subtypes of auditory afferents with distinct peripheral projection patterns and physiological properties
2023-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2217033120
PMID:37487063
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研究论文 | 本文通过生成表达CreERT2的鼠标线，研究了螺旋神经节神经元（SGNs）的分子亚型与生理亚型之间的关系 | 首次展示了不同分子亚型的SGNs在生理特性和外周投射模式上的差异 | 使用现有工具严格划分所有SGNs为三个分子亚类并不明显 | 探讨螺旋神经节神经元的分子亚型与生理亚型之间的对应关系 | 螺旋神经节神经元的分子亚型和生理亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用表达CreERT2的鼠标线进行研究 |
| 117 | 2024-08-05 |
Angiocrine Signaling in Sinusoidal Health and Disease
2023-08, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/a-2128-5907
PMID:37442155
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综述 | 本文总结了血管信号在健康和疾病中的作用 | 文章总结了不同情况下LSEC亚群的作用及其空间转录组学研究 | NA | 阐明血管信号在肝脏健康和疾病中的作用 | 肝窦内皮细胞及其在肝脏中与其他细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 118 | 2024-08-05 |
Personalized Immunotherapy of Patients: Defining by Single-cell RNA-seq with Artificial Intelligence
2023-Aug, Medical research archives
DOI:10.18103/mra.v11i8.4293
PMID:37736242
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研究论文 | 这篇文章探讨了使用单细胞RNA测序和人工智能来个性化患者的免疫疗法 | 结合机器学习模型的单细胞RNA测序数据，用于评估个体患者的最佳免疫疗法和药物组合 | 研究中可能缺乏与其他疗法直接比较的长期临床数据 | 旨在提高临床免疫疗法的有效性，降低不良反应和临床应用成本 | 研究了肿瘤浸润淋巴细胞的基因组学，包括详述的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 包括多种免疫细胞治疗相关的数据和临床试验数据 |
| 119 | 2024-08-07 |
scGEM: Unveiling the Nested Tree-Structured Gene Co-Expressing Modules in Single Cell Transcriptome Data
2023-Aug-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15174277
PMID:37686554
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研究论文 | 本文介绍了scGEM模型，用于揭示单细胞转录组数据中的基因共表达模块 | scGEM是一个嵌套树结构的非参数贝叶斯模型，能够识别和量化决定细胞类型特化和分化的潜在细胞程序 | NA | 揭示单细胞转录组数据中的基因共表达模块，以理解细胞功能的隐藏机制 | 单细胞转录组数据，包括外周血单个核细胞和早期脑发育细胞 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | 非参数贝叶斯模型 | 转录组数据 | 包括外周血单个核细胞、早期脑发育细胞和三阴性乳腺癌细胞 |
| 120 | 2024-08-05 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.08.552451
PMID:37609307
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研究论文 | 这篇文章探讨了斑马鱼视网膜中因损伤和发育引起的神经发生受基因调控网络的影响 | 本研究揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的主要差异 | 本研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全推导至其他物种 | 研究视网膜损伤后和发育过程中基因调控网络的差异 | 斑马鱼及其视网膜的Müller胶质细胞及其再生过程 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 包含多个发育和再生视网膜样本的单核和单细胞数据 |