单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-07 |
Vaccine adjuvant-elicited CD8+ T cell immunity is co-dependent on T-bet and FOXO1
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112911
PMID:37516968
|
研究论文 | 本研究探讨了疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫中T-bet和FOXO1转录因子的协同作用 | 研究发现，与感染反应不同，疫苗佐剂引发的CD8 T细胞反应需要T-bet和FOXO1转录程序的协调调控 | NA | 研究疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫中T-bet和FOXO1的作用 | CD8+ T细胞在疫苗佐剂引发的免疫反应中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 102 | 2024-08-07 |
The pseudokinase Trib1 regulates the transition of exhausted T cells to a KLR+ CD8+ effector state, and its deletion improves checkpoint blockade
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112905
PMID:37527035
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研究论文 | 本文研究了伪激酶Trib1在调节耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态转变中的作用，并发现其缺失能增强检查点阻断疗法的效果 | 首次揭示了Trib1在调节CD8 T细胞中的重要作用，并证明了其作为靶点可以增强T细胞效应状态及改善检查点抑制剂疗法 | NA | 探讨Trib1在调节耗竭T细胞向效应状态转变中的作用及其对检查点阻断疗法的影响 | 耗竭的CD8 T细胞及伪激酶Trib1 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA速度分析、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 单细胞RNA序列、T细胞受体序列 | 未具体说明样本数量 |
| 103 | 2024-08-04 |
Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity
2023-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169584
PMID:37606045
|
研究论文 | 本研究揭示了不同祖先背景下的免疫表型差异与狼疮活动性相关 | 采用多组学方法揭示了SLE患者与健康对照中祖先相关的免疫变化 | 研究的样本主要集中在黑人患者，可能限制了对其他种族的普遍性理解 | 探索祖先背景如何影响系统性红斑狼疮(SLE)的免疫表型和疾病活动性 | 研究对象包括患有系统性红斑狼疮的黑人患者和健康对照 | 数字病理学 | 狼疮 | 多组学分析，质量细胞术，单细胞转录组学和蛋白组学 | NA | 血液样本 | 涉及多个SLE患者和健康对照的血液样本 |
| 104 | 2024-08-04 |
Key patient demographics shape innate immune topography in noncritical hypoxic COVID-19 pneumonia
2023-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166110
PMID:37606044
|
研究论文 | 这篇文章研究了人口特征如何影响非危重状态COVID-19肺炎患者的先天免疫特征 | 揭示了人口特征对免疫细胞反应的影响，尤其是在老年和男性患者中 | 样本量有限，仅涉及38名患者，可能未能全面代表所有风险群体 | 研究与人口风险因素相关的免疫异质性 | 住院的COVID-19肺炎患者，氧饱和度低于94%的群体 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本和单细胞基因表达数据 | 38名COVID-19肺炎患者 |
| 105 | 2024-08-04 |
Transcriptomic forecasting with neural ordinary differential equations
2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2023.100793
PMID:37602211
|
研究论文 | 本文提出了一种基于神经常微分方程的RNA表达预测方法RNAForecaster | 创新点在于开发了一种能在嵌入无关的方式下预测单细胞基因表达状态的方法 | NA | 研究单细胞基因表达的动态过程 | 针对单细胞转录组数据的发展进行预测 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 神经常微分方程 | 单细胞转录组数据 | 在模拟数据和一项3天的实验中使用了多个单细胞样本 |
| 106 | 2024-08-07 |
scMD: cell type deconvolution using single-cell DNA methylation references
2023-Aug-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.03.551733
PMID:37577715
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研究论文 | 本文介绍了scMD框架，用于从组织级别的DNA甲基化数据中可靠地估计细胞类型比例 | scMD框架通过统计方法聚合单细胞DNA甲基化数据，识别细胞类型标记的DNA甲基化位点，并创建精确的细胞类型签名矩阵，超越了现有的排序细胞或RNA衍生的参考 | 当前的单细胞DNA甲基化序列仅代表每个单细胞全基因组的一小部分，并且检测到的区域在细胞间不同，这使得单细胞DNA甲基化数据具有超高维度和超稀疏性 | 开发一种新的细胞类型反卷积框架，以从组织级别的DNA甲基化数据中估计细胞类型比例 | 单细胞DNA甲基化数据和组织级别的DNA甲基化数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞DNA甲基化 | NA | DNA甲基化数据 | 多个数据集 |
| 107 | 2024-08-07 |
Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development
2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307451120
PMID:37523539
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研究论文 | 本文利用现有的发育中单细胞RNA测序（scRNAseq）数据集，选择基因对用于split-GAL4，并提供了一个高效的预测流程（scMarco），以生成基于天然基因调控元件的细胞类型特异性split-GAL4线 | 本文提出了一种基于scRNAseq数据的高效预测流程（scMarco），用于生成细胞类型特异性split-GAL4线，这些线可以基于天然基因调控元件，并在发育过程中任何时间点生成 | NA | 开发细胞类型特异性工具，用于在发育过程中对不同细胞类型进行靶向操作 | 利用scRNAseq数据生成细胞类型特异性split-GAL4线 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | split-GAL4系统 | 基因表达数据 | NA |
| 108 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of multiple invertible promoters reveals differential inversion rates as a strong determinant of bacterial population heterogeneity
2023-08-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg5476
PMID:37540747
|
研究论文 | 本文研究了细菌种群异质性的一个重要机制，即可逆启动子的差异反转率。 | 揭示了通过组合性启动子反转生成的显著种群异质性，并表明反转率的差异在种群动态中起主要作用。 | 研究中可能未涵盖所有类型的微生物，局限于特定的细菌种群及其环境。 | 研究细菌种群异质性的机制及其对细菌适应性的影响。 | 以人类肠道共生细菌为研究对象，分析启动子反转对种群异质性的影响。 | 微生物学 | NA | 单细胞高通量测序 | 随机计算模型 | 基因组数据 | NA |
| 109 | 2024-08-07 |
Molecular signatures define subtypes of auditory afferents with distinct peripheral projection patterns and physiological properties
2023-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2217033120
PMID:37487063
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研究论文 | 本文通过生成表达CreERT2的鼠标线，研究了螺旋神经节神经元（SGNs）的分子亚型与生理亚型之间的关系 | 首次展示了不同分子亚型的SGNs在生理特性和外周投射模式上的差异 | 使用现有工具严格划分所有SGNs为三个分子亚类并不明显 | 探讨螺旋神经节神经元的分子亚型与生理亚型之间的对应关系 | 螺旋神经节神经元的分子亚型和生理亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用表达CreERT2的鼠标线进行研究 |
| 110 | 2024-08-05 |
Angiocrine Signaling in Sinusoidal Health and Disease
2023-08, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/a-2128-5907
PMID:37442155
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综述 | 本文总结了血管信号在健康和疾病中的作用 | 文章总结了不同情况下LSEC亚群的作用及其空间转录组学研究 | NA | 阐明血管信号在肝脏健康和疾病中的作用 | 肝窦内皮细胞及其在肝脏中与其他细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 111 | 2024-08-05 |
Personalized Immunotherapy of Patients: Defining by Single-cell RNA-seq with Artificial Intelligence
2023-Aug, Medical research archives
DOI:10.18103/mra.v11i8.4293
PMID:37736242
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研究论文 | 这篇文章探讨了使用单细胞RNA测序和人工智能来个性化患者的免疫疗法 | 结合机器学习模型的单细胞RNA测序数据，用于评估个体患者的最佳免疫疗法和药物组合 | 研究中可能缺乏与其他疗法直接比较的长期临床数据 | 旨在提高临床免疫疗法的有效性，降低不良反应和临床应用成本 | 研究了肿瘤浸润淋巴细胞的基因组学，包括详述的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 包括多种免疫细胞治疗相关的数据和临床试验数据 |
| 112 | 2024-08-07 |
scGEM: Unveiling the Nested Tree-Structured Gene Co-Expressing Modules in Single Cell Transcriptome Data
2023-Aug-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15174277
PMID:37686554
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研究论文 | 本文介绍了scGEM模型，用于揭示单细胞转录组数据中的基因共表达模块 | scGEM是一个嵌套树结构的非参数贝叶斯模型，能够识别和量化决定细胞类型特化和分化的潜在细胞程序 | NA | 揭示单细胞转录组数据中的基因共表达模块，以理解细胞功能的隐藏机制 | 单细胞转录组数据，包括外周血单个核细胞和早期脑发育细胞 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | 非参数贝叶斯模型 | 转录组数据 | 包括外周血单个核细胞、早期脑发育细胞和三阴性乳腺癌细胞 |
| 113 | 2024-08-05 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.08.552451
PMID:37609307
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研究论文 | 这篇文章探讨了斑马鱼视网膜中因损伤和发育引起的神经发生受基因调控网络的影响 | 本研究揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的主要差异 | 本研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全推导至其他物种 | 研究视网膜损伤后和发育过程中基因调控网络的差异 | 斑马鱼及其视网膜的Müller胶质细胞及其再生过程 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 包含多个发育和再生视网膜样本的单核和单细胞数据 |
| 114 | 2024-08-05 |
The multi-omic landscape of sex chromosome abnormalities: current status and future directions
2023-Aug-01, Endocrine connections
IF:2.6Q3
DOI:10.1530/EC-23-0011
PMID:37399516
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综述 | 本文总结了性染色体异常的基因组学当前见解 | 探讨了单细胞组学、空间转录组学等新研究方向对解密性染色体异常基因组学的贡献 | 没有提及该研究的具体限制 | 旨在理清性染色体异常的基因组学 | 性染色体异常，包括特纳综合征、克兰费尔特综合征等 | 数字病理学 | 性染色体异常 | 单细胞组学、空间转录组学 | 动物模型 | 基因组数据 | NA |
| 115 | 2024-08-07 |
CD4 T cell Responses in the CNS during SIV infection
2023-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554055
PMID:37662237
|
研究论文 | 研究了SIV感染期间CD4 T细胞在中枢神经系统（CNS）中的反应和分布 | 首次详细描述了CD4 T细胞在SIV感染期间在CNS中的分布和反应，以及抗逆转录病毒治疗（ART）后的持久性影响 | 研究仅限于SIVmac251感染的猕猴模型，可能不完全适用于人类HIV感染 | 探讨CD4 T细胞在SIV感染期间在CNS中的作用及其对抗逆转录病毒治疗的反应 | SIVmac251感染的猕猴的CD4 T细胞在CNS中的分布和反应 | NA | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10只SIVmac251感染的猕猴 |
| 116 | 2024-08-07 |
Transcriptional Profiles of Non-neuronal and Immune Cells in Mouse Trigeminal Ganglia
2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.18.553897
PMID:37645736
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综述 | 本综述研究旨在通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组织化学技术，对小鼠三叉神经节中的非神经元细胞类型进行鉴定、分析和总结 | 本研究将先前报道的三叉神经节中的单一免疫细胞群细分为三种巨噬细胞和四种中性粒细胞，并使用特定的基因标记进行分类 | NA | 鉴定和分析小鼠三叉神经节中的非神经元细胞类型 | 小鼠三叉神经节中的非神经元细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术（FC）、免疫组织化学（IHC） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 117 | 2024-08-05 |
Integration of Single-Cell RNA Sequencing and Bulk RNA Sequencing Reveals That TAM2-Driven Genes Affect Immunotherapeutic Response and Prognosis in Pancreatic Cancer
2023-Aug-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241612787
PMID:37628967
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研究论文 | 本文研究了肿瘤相关巨噬细胞M2（TAM2）驱动基因在胰腺癌免疫治疗反应和预后中的影响 | 提出了基于TAM2驱动基因的免疫表型和预后模型，为胰腺癌的临床管理奠定了基础 | 对TAM2相关基因在胰腺癌中的免疫治疗反应和预后意义仍缺乏深入了解 | 研究TAM2驱动基因在胰腺癌中的作用及其对免疫治疗的影响 | 研究对象为胰腺癌患者及其肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | Lasso-COX回归模型 | 转录组数据 | 178个样本 |
| 118 | 2024-08-05 |
Machine learning modeling and prognostic value analysis of invasion-related genes in cutaneous melanoma
2023-08, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107089
PMID:37267825
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研究论文 | 本研究确定了与侵袭相关的风险特征和预后模型，以便于皮肤黑色素瘤的个性化治疗和预后预测 | 提出了一个基于20个预后基因的风险评分模型，识别了与黑色素瘤相关的潜在生物标记 | 研究可能受到样本量和基因验证方法限制 | 为皮肤黑色素瘤开发个性化治疗和预后预测模型 | 皮肤黑色素瘤中的侵袭相关基因 | 机器学习 | 皮肤黑色素瘤 | 基因表达分析、单细胞测序 | Extra Trees Classifier | 基因表达数据 | 124个差异表达的侵袭相关基因 |
| 119 | 2024-08-07 |
Analysis of cuproptosis-related lncRNA signature for predicting prognosis and tumor immune microenvironment in pancreatic cancer
2023-08, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01843-3
PMID:37079192
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研究论文 | 本研究旨在建立一种与铜死亡相关的长链非编码RNA（lncRNA）特征，用于预测胰腺癌患者的预后并辅助临床决策 | 首次建立了基于铜死亡相关lncRNA的预后特征，并验证了CASC8在胰腺癌进展和免疫微环境中的作用 | NA | 建立和验证一种新的生物标志物，用于预测胰腺癌患者的预后和免疫反应 | 胰腺癌患者及其肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 实时聚合酶链反应（Real-Time PCR），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 30名胰腺癌患者样本，TCGA-PAAD数据库和ICGC队列数据 |
| 120 | 2024-08-07 |
The ALOX5 inhibitor Zileuton regulates tumor-associated macrophage M2 polarization by JAK/STAT and inhibits pancreatic cancer invasion and metastasis
2023-Aug, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110505
PMID:37348233
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研究论文 | 研究Zileuton通过抑制ALOX5调控肿瘤相关巨噬细胞M2极化，从而抑制胰腺癌的侵袭和转移 | 首次揭示了Zileuton通过抑制ALOX5调控肿瘤相关巨噬细胞M2极化，进而抑制胰腺癌侵袭和转移的机制 | NA | 探讨Zileuton对肿瘤相关巨噬细胞M2极化和胰腺癌侵袭及转移的影响 | 胰腺癌细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 包括人类胰腺癌细胞和巨噬细胞，以及裸鼠模型 |