单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-05 |
Single-Cell Multiomics
2023-08-10, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
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review | 本综述讨论了单细胞多组学技术和计算集成方法，旨在结合不同生物数据以获得更深入的生物学见解 | 提出了新颖的单细胞技术以测量基因组、表观基因组、蛋白组和空间数据，并探索计算集成方法 | NA | 旨在通过集成不同模态的数据来加深对细胞生物学的理解 | 探讨不同单细胞技术和计算集成方法 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组、表观基因组、蛋白组、空间数据 | NA |
| 82 | 2024-08-05 |
STREAK: A supervised cell surface receptor abundance estimation strategy for single cell RNA-sequencing data using feature selection and thresholded gene set scoring
2023-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011413
PMID:37603589
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的监督细胞表面受体丰度估计方法STREAK，用于单细胞转录组数据。 | 提出了一种利用联合scRNA-seq/CITE-seq训练数据的监督受体丰度估计方法，并结合了一种阈值基因集评分机制。 | NA | 开发一种更准确的细胞表面受体丰度估计方法。 | 针对六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集进行的受体丰度估计评估。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集，代表四种人类和小鼠组织类型 |
| 83 | 2024-08-04 |
Cardiac splicing as a diagnostic and therapeutic target
2023-08, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-022-00828-0
PMID:36653465
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综述 | 本文讨论了心脏替代剪接在心肌健康和疾病中的重要性及其作为诊断和治疗靶点的潜力 | 强调了心脏剪接调节因子作为治疗靶点的识别以及在临床试验中评估剪接调节剂的转化管道的开发 | 可能缺乏对所有类型心脏病患者的广泛适应性和细节深入的分析 | 识别心脏剪接在心肌疾病中的作用，以改善诊断和治疗 | 心脏病患者及其心肌替代剪接机制的研究 | 数字病理学 | 心肌病 | 多组学技术和长读取及单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-04 |
Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations
2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2023.100817
PMID:37602218
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研究论文 | 本文介绍了一种新的模型scVIDR，用于预测细胞对化学干扰的单剂量和多剂量反应 | 提出了一种基于变分自编码器的新模型，能够更好地预测剂量依赖性的基因表达变化 | 未提及具体样本的限制或本研究的潜在局限性 | 旨在改进对单细胞基因表达在化学干扰下的预测 | 研究小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系的细胞反应 | 数字病理学 | 癌症 | 变分自编码器 | VAE | 基因表达数据 | 包括小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系的样本 |
| 85 | 2024-08-05 |
Systemic Alterations in Type-2 Conventional Dendritic Cells Lead to Impaired Tumor Immunity in Pancreatic Cancer
2023-08-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0946
PMID:37229629
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研究论文 | 本研究分析了胰腺癌患者的外周血和骨髓中常规树突状细胞（cDC2）的变化 | 揭示了胰腺癌对系统性cDC2发育和功能的影响 | 未充分研究PDAC对系统性cDC1的影响 | 探讨胰腺癌对树突状细胞功能的影响及其对肿瘤免疫的影响 | 胰腺癌患者的外周血和骨髓样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液和骨髓样本 | 106个样本 |
| 86 | 2024-08-05 |
Dedifferentiation and Proliferation of Artery Endothelial Cells Drive Coronary Collateral Development in Mice
2023-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319319
PMID:37345524
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠冠状动脉的再生潜力与其去分化能力的关系 | 首次阐明了成年心脏内皮细胞在冠状动脉侧支发展中的去分化和增殖能力受限的原因 | 研究仅在小鼠模型中进行，结果可能不适用于人类 | 研究冠状动脉的再生潜力是否由其去分化能力决定 | 小鼠的新生和成年冠状动脉内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的新生和成年内皮细胞 |
| 87 | 2024-08-04 |
ProtoCell4P: an explainable prototype-based neural network for patient classification using single-cell RNA-seq
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad493
PMID:37540223
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研究论文 | 本文提出了一种名为ProtoCell4P的原型基础神经网络，用于基于单细胞RNA测序进行患者分类并提供可解释性 | 该模型通过利用细胞知识和细胞的代表（称为原型）来缓解样本稀缺和细胞数量多样性的问题，具备良好的可解释性 | 样本数量通常较小，单细胞表达轮廓较嘈杂，并且高维性可能限制了一些分析 | 旨在设计深度学习模型对患者表型进行精准分类 | 研究对象为通过单细胞RNA测序数据获得的患者样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 原型基础神经网络 | 单细胞表达数据 | 样本数量通常较小，具体数字未给出 |
| 88 | 2024-08-04 |
CCR7+ CD4 T Cell Immunosurveillance Disrupted in Chronic SIV-Induced Neuroinflammation in Rhesus Brain
2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.28.555037
PMID:37693567
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研究论文 | 这篇文章探讨了CCR7+ CD4 T细胞在恒河猴脑中慢性SIV诱导的神经炎症中的免疫监视功能的破坏 | 首次揭示了CCR7+ CD4 T细胞在中枢神经系统中的特定亚群及其功能特点 | 样本主要来自恒河猴，可能限制了结果对人类的直接适用性 | 研究CCR7+ CD4 T细胞在慢性SIV诱导的神经炎症中的角色 | 恒河猴的CCR7+ CD4 T细胞及其在神经炎症中的功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析、ATAC-seq、空间转录组学、流式细胞术 | NA | NA | 慢性SIV感染的恒河猴 |
| 89 | 2024-08-05 |
ScRNA-seq defines dynamic T-cell subsets in longitudinal colon and peripheral blood samples in immune checkpoint inhibitor-induced colitis
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007358
PMID:37586769
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研究论文 | 这篇文章研究了在免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎中动态变化的T细胞亚群 | 文章通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序识别了在结肠炎不同阶段的T细胞群体特征 | 这个研究是基于单一患者的样本，结果可能无法广泛应用于所有患者 | 旨在深入理解免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎过程中的免疫环境变化 | 研究对象为接受了pembrolizumab治疗并发生结肠炎的Merkel细胞癌患者 | 数字病理学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序和T细胞受体测序 | NA | 血液和结肠组织样本 | 一个患者的样本 |
| 90 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival
2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.26.554953
PMID:37693470
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元，揭示了其分子特征及Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细定义了斑马鱼Rohon-Beard神经元的亚型，并发现Fgf信号通路在其轴突维持和细胞存活中的关键作用 | 研究主要集中在斑马鱼模型，未来研究需进一步验证在哺乳动物中的适用性 | 探究Rohon-Beard神经元的分子特征及其在轴突维持和细胞存活中的调控机制 | 斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元样本 |
| 91 | 2024-08-05 |
Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells
2023-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532991
PMID:36993628
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研究论文 | 本研究开发了一种基于 LOOPseq 技术的合成长读单细胞测序技术，分析了人类肝癌细胞中的超突变亚型表达 | 提出了 LOOPseq 单细胞测序技术，识别出特异性强的肝细胞癌突变 mRNA 亚型及新融合转录本 | 没有提到具体的限制 | 旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白质表达的复杂性与多样性 | 分析了来自个体的 447 份肝细胞癌与良性肝组织的转录组 | 数字病理学 | 肝癌 | 长读单细胞测序 | NA | 转录组 | 447 份转录组样本 |
| 92 | 2024-08-05 |
Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells
2023-Aug-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3193738/v1
PMID:37645816
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研究论文 | 本文探讨了细胞间通信如何影响视网膜神经节细胞的存活 | 首次揭示了μ阿片受体(Oprm1)作为视网膜神经节细胞的神经保护因子的作用 | 未提及具体的临床应用或人类数据 | 研究细胞间信号在视网膜神经节细胞存活中的贡献 | 视网膜神经节细胞及其与其他视网膜细胞的相互作用 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 93 | 2024-08-07 |
Early clonal extinction in glioblastoma progression revealed by genetic barcoding
2023-08-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.07.001
PMID:37541243
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研究论文 | 本文通过在鼠脑中转移PDGFB和遗传条形码来启动胶质瘤发生，并直接追踪胶质母细胞瘤从最早可能阶段的演化，揭示了胶质母细胞瘤早期克隆消亡的现象。 | 本文首次观察到胶质母细胞瘤早期阶段的高频率克隆消亡事件和克隆大小的渐进性分歧，并通过计算模型和转录组分析揭示了这些动态变化的原因。 | NA | 研究胶质母细胞瘤在其早期阶段的进展和演化机制。 | 胶质母细胞瘤的早期克隆消亡和演化。 | NA | 脑肿瘤 | 遗传条形码 | 计算模型 | 转录组 | 鼠脑中的胶质瘤样本 |
| 94 | 2024-08-05 |
Immune dysfunction revealed by digital spatial profiling of immuno-oncology markers in progressive stages of renal cell carcinoma and in brain metastases
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007240
PMID:37586773
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研究论文 | 本研究揭示了肾细胞癌进展阶段和脑转移中的免疫功能障碍 | 利用数字空间分析技术，首次对肾细胞癌不同进展阶段及脑转移进行详尽的免疫肿瘤标志物分析 | 样本量虽然相对较大，但仍可能存在选择偏差，并且结果需要进一步验证 | 探索肾细胞癌及其脑转移的肿瘤微环境对免疫反应的影响 | 76个原发肿瘤、27个相邻的正常肾样本和86个转移样本，包括24个脑转移样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 数字空间分析 | NA | 组织样本 | 76个原发肿瘤，27个正常肾样本，86个转移样本，包括24个脑转移样本 |
| 95 | 2024-08-07 |
Assessment of Treatment-Relevant Immune Biomarkers in Psoriasis and Atopic Dermatitis: Toward Personalized Medicine in Dermatology
2023-08, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.04.005
PMID:37341663
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综述 | 本文综述了用于测量炎症性皮肤病中与治疗相关的免疫生物标志物的转化免疫学方法 | 介绍了胶带剥离分析、微针基生物标志物贴片、表皮刮除术的分子分析、RNA原位杂交组织染色和单细胞RNA测序等新技术 | 目前没有批准或广泛使用的皮肤科个性化治疗方法 | 探讨个性化医学在炎症性皮肤病中的应用前景 | 牛皮癣和特应性皮炎中的治疗相关免疫生物标志物 | NA | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 96 | 2024-08-07 |
Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+ T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence
2023-08-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06068-5
PMID:37620327
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量测序技术，分析了黑色素瘤中与细胞焦亡相关的基因表达，特别是在CD8 T细胞和NK细胞中的表达情况 | 首次综合分析了黑色素瘤中单细胞转录组景观中的细胞焦亡现象，并通过实验验证了免疫细胞簇和免疫基因模块 | 研究主要集中在CD8 T细胞和NK细胞，未涵盖所有类型的免疫细胞 | 探讨细胞焦亡在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响 | 黑色素瘤组织中的CD8 T细胞和NK细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 97 | 2024-08-07 |
Unraveling the activation process and core driver genes of HSCs during cirrhosis by single-cell transcriptome
2023-08, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.1177/15353702231191109
PMID:37674431
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了非肝硬化和肝硬化肝组织样本，深入探索了肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现了更好的治疗靶基因 | 通过单细胞RNA测序和伪时间分析，揭示了HSCs向肌成纤维细胞分化的关键基因，并识别了HSCs从静止到激活状态的主要调控因子 | NA | 深入探索肝星状细胞（HSCs）的激活过程并发现更好的治疗靶基因 | 肝星状细胞（HSCs）及其在肝硬化中的激活过程 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13个非肝硬化肝组织样本和10个肝硬化肝组织样本 |
| 98 | 2024-08-07 |
iDESC: identifying differential expression in single-cell RNA sequencing data with multiple subjects
2023-Aug-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05432-8
PMID:37608264
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研究论文 | 本文开发了iDESC方法，用于在包含多个受试者的单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性的差异表达基因 | iDESC采用零膨胀负二项混合模型，同时考虑了受试者效应和数据中的脱落事件，提高了差异表达分析的准确性和稳健性 | NA | 开发和评估一种新的方法，用于在单细胞RNA测序数据中进行差异表达分析，特别是在考虑多个受试者效应和数据脱落事件的情况下 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项混合模型 | RNA测序数据 | 多个受试者 |
| 99 | 2024-08-05 |
mRNA vaccination boosts S-specific T cell memory and promotes expansion of CD45RAint TEMRA-like CD8+ T cells in COVID-19 recovered individuals
2023-08-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101149
PMID:37552991
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研究论文 | 这篇文章研究了mRNA疫苗如何影响COVID-19感染者的T细胞记忆及CD8+ T细胞的扩增 | 本研究揭示了感染引发的S特异性CD8 T细胞记忆在疫苗接种后影响T细胞反应的程度和克隆组成 | 未提及具体的样本限制或实验设计的局限性 | 分析COVID-19感染者接种mRNA疫苗后的T细胞反应 | 之前感染的疫苗接种者与未感染的疫苗接种者的对比研究 | 免疫学 | COVID-19 | mRNA疫苗 | NA | T细胞反应数据 | NA |
| 100 | 2024-08-04 |
Location of CD39+ T cell subpopulations within tumors predict differential outcomes in non-small cell lung cancer
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006770
PMID:37648263
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研究论文 | 该研究调查了CD39和CD73在非小细胞肺癌（NSCLC）中的预后意义 | 提供了CD39+ T细胞亚群在肿瘤组织中的分布和功能特性的深入理解 | 未提及特定的局限性 | 理解免疫抑制途径在非小细胞肺癌中的作用，以开发新的诊断和治疗方法 | 162名早期未治疗的非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 多重免疫荧光、流式细胞仪、靶向RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 细胞、组织 | 162名早期未治疗的非小细胞肺癌患者 |