单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-05 |
Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies
2023-08, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-023-00785-7
PMID:37079217
|
研究论文 | 本文开发了一种体内衍生的衰老标志，以识别细胞衰老的异质性及其对血管化和基质生产的贡献 | 提出了一种新的衰老签名和计算方法，可以广泛用于识别细胞衰老转录组特征和分泌因子 | 在衰老细胞的表型定义方面仍然不够完善 | 研究细胞衰老在伤口愈合、组织纤维化和肿瘤抑制中的作用 | 针对小鼠模型中的周细胞和类软骨成纤维细胞的衰老表型进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含来自不同病理的新的和公开可用的鼠类和人类单细胞RNA测序数据集 |
| 62 | 2024-08-05 |
Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis
2023-08-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000
PMID:37097719
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研究论文 | 这篇文章研究了人类肿瘤发生风险相关的营养环境对小鼠肠道干细胞塑性和谱系重塑的影响 | 揭示了新型西方饮食如何通过重编程肠道干细胞和谱系来影响肿瘤发生机制 | 尚未提供人类临床数据以验证小鼠模型的结果 | 探索营养环境对肠道干细胞塑性和谱系重塑的影响及其与肿瘤发生的关系 | 小鼠肠道干细胞及其谱系 | 数字病理学 | 肠道癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞可及转座酶检测, 功能基因组学, 成像 | NA | NA | 小鼠模型 |
| 63 | 2024-08-05 |
A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution
2023-Aug-28, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02514-2
PMID:37635251
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研究论文 | 本研究比较了人类气道上皮的体外气液界面培养模型，评估细胞异质性和单细胞分辨率的基因表达 | 首次全面表征BCi-NS1.1衍生的HAE培养和原代衍生的HAE培养在基因表达和先天免疫功能上的异同 | 研究中只包含3个独立的BCi-NS1.1衍生和3个不同供体的原代HAE培养的样本，样本数量有限 | 旨在评估BCi-NS1.1衍生的HAE培养与原代来源的HAE培养在形态和功能上的相似性 | 比较BCi-NS1.1衍生和原代衍生的HAE培养的细胞组成和基因表达 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞样本 | 6（3个BCi-NS1.1衍生和3个原代衍生的HAE培养） |
| 64 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in pulmonary post-acute sequelae of SARS-CoV-2
2023-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.31.551349
PMID:37577518
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研究论文 | 本文揭示了SARS-CoV-2后肺病症状患者中骨髓来源细胞的特征。 | 通过单细胞RNA测序，首次详细描绘了与COVID-19后急性并发症相关的免疫细胞特征和代谢变化。 | 样本大小和控制组的选择可能限制了结果的普遍适用性。 | 研究COVID-19后急性并发症患者中免疫反应的特点。 | 与SARS-CoV-2病毒感染后的慢性肺部症状相关的外周血单核细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了34,139个外周血单核细胞样本 |
| 65 | 2024-08-05 |
Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad449
PMID:37498558
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研究论文 | 本研究提出了SCISSORS框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的亚簇。 | SCISSORS通过轮廓评分评估簇的异质性，并通过多步骤半监督重聚类过程揭示异质簇中的稀有细胞，提供了一种高特异性标记基因的识别方法。 | 本研究可能受到现有聚类方法的局限，尤其是在分析和参数选择上可能影响结果的稳定性。 | 研究的目的是通过改进的聚类方法来提升稀有细胞类型的识别能力。 | 研究对象为使用单细胞RNA测序技术获得的生物异质样本中的细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督聚类 | 基因表达数据 | 数千到数百万个细胞 |
| 66 | 2024-08-04 |
Smooth muscle α-actin missense variant promotes atherosclerosis through modulation of intracellular cholesterol in smooth muscle cells
2023-08-01, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehad373
PMID:37377039
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研究论文 | 该研究探讨了平滑肌α-肌动蛋白突变如何通过调节平滑肌细胞内胆固醇促进动脉粥样硬化 | 建立了一种新的机制，表明平滑肌特异性收缩蛋白中的致病性突变与动脉粥样硬化的易感性有关 | 研究未考虑其他可能影响动脉粥样硬化的环境因素 | 研究平滑肌α-肌动蛋白变异如何导致动脉粥样硬化 | 使用携带ACTA2变异的小鼠模型和体外提取的平滑肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 基因组学，单细胞转录组分析 | NA | 生物样本 | Apoe-/-小鼠及其携带和不携带变异的平滑肌细胞 |
| 67 | 2024-08-04 |
PFKFB3-Mediated Glycolysis Boosts Fibroblast Activation and Subsequent Kidney Fibrosis
2023-08-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12162081
PMID:37626891
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研究论文 | 该研究探讨了PFKFB3在肾纤维化中的作用，揭示其对成纤维细胞激活的影响 | 首次探索了PFKFB3在肾纤维化中的角色，强调其在成纤维细胞激活和肾纤维化进程中的重要性 | 本研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证 | 研究PFKFB3在肾纤维化中的作用及其机制 | 主要研究对象为肾成纤维细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 生物样本数据 | 小鼠模型研究中采取了多个样本，包括野生型和缺失PFKFB3的小鼠 |
| 68 | 2024-08-05 |
A stem cell epigenome is associated with primary nonresponse to CD19 CAR T cells in pediatric acute lymphoblastic leukemia
2023-08-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022008977
PMID:36607839
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研究论文 | 这篇文章探讨了干细胞表观基因组与儿童急性淋巴细胞白血病中CD19 CAR T细胞治疗的初级非应答之间的关联 | 本研究首次揭示了干细胞表观基因组与CD19-CAR治疗初级非应答的关联，为理解白血病抵抗机制提供了新见解 | 研究样本规模有限，仅为14名患者，可能影响结果的广泛适用性 | 旨在探讨儿童急性淋巴细胞白血病中，与CD19-CAR疗法相关的初级非应答的机制 | 研究对象为14名参与PLAT-02试验的儿童急性淋巴细胞白血病患者，包括7例初级非应答和7例初级敏感 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 长读长PacBio测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 14名患者（7名初级非应答和7名初级敏感） |
| 69 | 2024-08-05 |
Systematic characterization of therapeutic vulnerabilities in Multiple Myeloma with Amp1q reveals increased sensitivity to the combination of MCL1 and PI3K inhibitors
2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.01.551480
PMID:37577538
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研究论文 | 本研究系统性地表征了具有Amp1q的多发性骨髓瘤的治疗脆弱性 | 揭示了MCL1和PI3K抑制剂组合对具有Amp1q的多发性骨髓瘤的增加敏感性 | 未提及具体限制 | 开发针对具有Amp1q的多发性骨髓瘤患者的靶向治疗 | 带有和不带有Amp1q的多发性骨髓瘤亚克隆 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用相同患者肿瘤中的不同亚克隆进行比较，具体样本数量未提及 |
| 70 | 2024-08-04 |
Targeting intratumor heterogeneity suppresses colorectal cancer chemoresistance and metastasis
2023-08-03, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202256416
PMID:37338390
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研究论文 | 本文研究了肠道肿瘤异质性的建立及其对结直肠癌化疗抗性和转移的影响 | 创新点在于揭示了结直肠癌干细胞样细胞的不对称分裂在早期肿瘤异质性建立中的关键作用 | 本研究仅集中于结直肠癌，可能无法广泛适用于其他类型癌症 | 研究肠内肿瘤异质性的建立及其对结直肠癌治疗的影响 | 研究对象为结直肠癌干细胞样细胞及其衍生的细胞亚型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 七个细胞亚型的异种移植模型 |
| 71 | 2024-08-05 |
Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06423-8
PMID:37558881
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研究论文 | 本文研究了线粒体集成应激反应如何控制肺上皮细胞的命运 | 发现线粒体复合物I依赖性NAD再生在后出生肺泡发育中对细胞命运的指引具有重要作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全外推到人类 | 探讨线粒体代谢在肺上皮细胞命运中的调控作用 | 研究小鼠肺上皮细胞，尤其是AT1和AT2细胞的命运 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及小鼠模型的多个样本 |
| 72 | 2024-08-05 |
Single-Cell Multiomics
2023-08-10, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
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review | 本综述讨论了单细胞多组学技术和计算集成方法，旨在结合不同生物数据以获得更深入的生物学见解 | 提出了新颖的单细胞技术以测量基因组、表观基因组、蛋白组和空间数据，并探索计算集成方法 | NA | 旨在通过集成不同模态的数据来加深对细胞生物学的理解 | 探讨不同单细胞技术和计算集成方法 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组、表观基因组、蛋白组、空间数据 | NA |
| 73 | 2024-08-05 |
Endothelial CCRL2 induced by disturbed flow promotes atherosclerosis via chemerin-dependent β2 integrin activation in monocytes
2023-08-07, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvad085
PMID:37279540
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研究论文 | 本研究探讨了由扰动流引起的内皮CCRL2在动脉粥样硬化中的作用及其机制 | 发现CCRL2与其配体chemerin通过β2整合素激活的新机制促进动脉粥样硬化斑块形成 | 缺乏在临床条件下对CCRL2作用机制的进一步验证 | 研究CCRL2在动脉粥样硬化中的作用 | 主要研究了内皮细胞中的CCRL2及其配体chemerin与单核细胞的相互作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | ApoE-/-小鼠 | 基因表达数据 | 包含ApoE-/-小鼠的scRNA-seq数据集 |
| 74 | 2024-08-05 |
STREAK: A supervised cell surface receptor abundance estimation strategy for single cell RNA-sequencing data using feature selection and thresholded gene set scoring
2023-08, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011413
PMID:37603589
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的监督细胞表面受体丰度估计方法STREAK，用于单细胞转录组数据。 | 提出了一种利用联合scRNA-seq/CITE-seq训练数据的监督受体丰度估计方法，并结合了一种阈值基因集评分机制。 | NA | 开发一种更准确的细胞表面受体丰度估计方法。 | 针对六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集进行的受体丰度估计评估。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个联合scRNA-seq/CITE-seq数据集，代表四种人类和小鼠组织类型 |
| 75 | 2024-08-04 |
Cardiac splicing as a diagnostic and therapeutic target
2023-08, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-022-00828-0
PMID:36653465
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综述 | 本文讨论了心脏替代剪接在心肌健康和疾病中的重要性及其作为诊断和治疗靶点的潜力 | 强调了心脏剪接调节因子作为治疗靶点的识别以及在临床试验中评估剪接调节剂的转化管道的开发 | 可能缺乏对所有类型心脏病患者的广泛适应性和细节深入的分析 | 识别心脏剪接在心肌疾病中的作用，以改善诊断和治疗 | 心脏病患者及其心肌替代剪接机制的研究 | 数字病理学 | 心肌病 | 多组学技术和长读取及单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-04 |
Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations
2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2023.100817
PMID:37602218
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研究论文 | 本文介绍了一种新的模型scVIDR，用于预测细胞对化学干扰的单剂量和多剂量反应 | 提出了一种基于变分自编码器的新模型，能够更好地预测剂量依赖性的基因表达变化 | 未提及具体样本的限制或本研究的潜在局限性 | 旨在改进对单细胞基因表达在化学干扰下的预测 | 研究小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系的细胞反应 | 数字病理学 | 癌症 | 变分自编码器 | VAE | 基因表达数据 | 包括小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系的样本 |
| 77 | 2024-08-05 |
Systemic Alterations in Type-2 Conventional Dendritic Cells Lead to Impaired Tumor Immunity in Pancreatic Cancer
2023-08-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0946
PMID:37229629
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研究论文 | 本研究分析了胰腺癌患者的外周血和骨髓中常规树突状细胞（cDC2）的变化 | 揭示了胰腺癌对系统性cDC2发育和功能的影响 | 未充分研究PDAC对系统性cDC1的影响 | 探讨胰腺癌对树突状细胞功能的影响及其对肿瘤免疫的影响 | 胰腺癌患者的外周血和骨髓样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液和骨髓样本 | 106个样本 |
| 78 | 2024-08-05 |
Dedifferentiation and Proliferation of Artery Endothelial Cells Drive Coronary Collateral Development in Mice
2023-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319319
PMID:37345524
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠冠状动脉的再生潜力与其去分化能力的关系 | 首次阐明了成年心脏内皮细胞在冠状动脉侧支发展中的去分化和增殖能力受限的原因 | 研究仅在小鼠模型中进行，结果可能不适用于人类 | 研究冠状动脉的再生潜力是否由其去分化能力决定 | 小鼠的新生和成年冠状动脉内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的新生和成年内皮细胞 |
| 79 | 2024-08-04 |
Expansion spatial transcriptomics
2023-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01911-1
PMID:37349575
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研究论文 | 本文提出了一种扩展空间转录组学方法，以提高基因表达的空间分辨率 | 引入了通过清洗和扩展组织的方式来克服传统方法的空间分辨率限制 | 尚未提及该方法在其他组织或生物样本中的应用 | 提高空间转录组学的分辨率 | 使用小鼠脑样本进行实验 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 生物样本 | 小鼠脑样本 |
| 80 | 2024-08-04 |
ProtoCell4P: an explainable prototype-based neural network for patient classification using single-cell RNA-seq
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad493
PMID:37540223
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研究论文 | 本文提出了一种名为ProtoCell4P的原型基础神经网络，用于基于单细胞RNA测序进行患者分类并提供可解释性 | 该模型通过利用细胞知识和细胞的代表（称为原型）来缓解样本稀缺和细胞数量多样性的问题，具备良好的可解释性 | 样本数量通常较小，单细胞表达轮廓较嘈杂，并且高维性可能限制了一些分析 | 旨在设计深度学习模型对患者表型进行精准分类 | 研究对象为通过单细胞RNA测序数据获得的患者样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 原型基础神经网络 | 单细胞表达数据 | 样本数量通常较小，具体数字未给出 |