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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research
2023-08-17, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00471-x
PMID:37592342
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综述 | 本文综述了空间转录组学在呼吸系统研究中的最新进展及其应用 | 空间转录组学填补了传统RNA测序方法在空间定位和细胞相互作用方面的空白 | 当前挑战包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学和生物信息学分析等 | 探讨空间转录组学在呼吸系统生理和病理过程中的应用 | 呼吸系统的细胞异质性和空间定位 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-10-13 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2023-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40503-7
PMID:37563115
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研究论文 | 本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系 | CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在这方面的不足 | NA | 旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法 | 单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-10-13 |
Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance
2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02756-4
PMID:37553567
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研究论文 | 研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型，揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制，并提出了新的治疗策略 | 首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用，并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力 | 研究主要基于体外模型和动物模型，临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证 | 揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制，并开发新的治疗策略 | 胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 48名胰腺癌患者，3年内的肿瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-10-13 |
Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes
2023-Aug-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-023-00756-6
PMID:37555866
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研究论文 | 本研究基于铁蛋白自噬相关基因，识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型 | 首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了基于这些基因的风险模型 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据异质性 | 深入研究肝细胞癌的发生和发展机制，识别新的治疗靶点 | 肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-10-12 |
Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse
2023-08-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04384-0
PMID:37543577
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研究论文 | 本文通过空间转录组技术研究结肠癌II期患者的组织成分，以识别复发相关的预测性生物标志物 | 开发了一种名为Genes-To-Count（GTC）的计算工具，用于自动化定量原位信号，并准确识别肿瘤和非肿瘤组织区域 | 样本量较小，仅包括10名患者（5名复发和5名未复发） | 探索结肠癌II期患者复发与未复发组织的空间基因表达差异，以发现新的预测性生物标志物 | 结肠癌II期患者的组织样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 10名结肠癌II期患者（5名复发和5名未复发） | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-09-30 |
Reliable Identification and Interpretation of Single-Cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning
2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205442
PMID:37290050
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研究论文 | 提出了一种动态集成剪枝框架（DEPF）用于识别和解释单细胞分子异质性和转录调控 | 开发了基于轮廓系数的指示器来确定双目标函数的优化方向，并设计了双目标果蝇优化算法来动态剪枝低质量的基本聚类 | NA | 解决无监督聚类模型中目标函数优化方向与最终聚类标签不一致的问题 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 自编码器 | 基因表达数据 | 28个真实scRNA-seq数据集和一个大型真实scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-09-28 |
Best practices for single-cell analysis across modalities
2023-08, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00586-w
PMID:37002403
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review | 本文总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 本文通过独立基准测试研究，总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程，并为新手和高级用户提供了指导 | NA | 总结单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 单细胞转录组学、染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体谱分析和空间信息等多模态数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞技术 | NA | 多模态数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-09-27 |
Epstein-Barr virus evades restrictive host chromatin closure by subverting B cell activation and germinal center regulatory loci
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112958
PMID:37561629
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研究论文 | 研究EB病毒如何通过改变B细胞激活和生发中心调控位点的染色质可及性来逃避宿主的限制 | 首次捕捉到EB病毒感染期间单个B细胞的动态染色质景观，并整合了scATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据进行基因组范围的cis-调控预测 | NA | 研究EB病毒如何通过改变染色质可及性来逃避宿主的限制 | EB病毒感染的B细胞及其染色质可及性 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因组数据 | 单个B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-09-27 |
The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia
2023-08, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2023.102725
PMID:37196598
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综述 | 本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展 | 本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用 | 本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性 | 探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用 | 哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-09-25 |
Single-cell sequencing of individual retinal organoids reveals determinants of cell-fate heterogeneity
2023-08-28, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100548
PMID:37671011
|
研究论文 | 本文应用sci-Plex单细胞组合索引RNA测序方法分析视网膜类器官的细胞命运异质性 | 开发了一种测量类器官异质性的方法，并发现早期激活Wnt信号通路可增加视网膜细胞类型 | 当前技术在处理条件上的限制限制了其在筛选或类器官异质性研究中的应用 | 探索视网膜类器官的细胞命运异质性及其调控机制 | 视网膜类器官及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 410个视网膜类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-09-25 |
An overview of human single-cell RNA sequencing studies in neurobiological disease
2023-08, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2023.106201
PMID:37321420
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在神经生物学疾病研究中的应用 | 揭示了神经生物学疾病中的新型细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，发现了新的药物靶点和潜在的生物标志物 | 主要集中在皮质脑区和少数疾病类型，未来研究应扩展到非皮质脑区和更多疾病类型 | 综述单细胞RNA测序在神经生物学疾病研究中的应用，探讨其对疾病理解和治疗的影响 | 神经生物学疾病患者的脑组织和由外周细胞衍生的类器官 | 数字病理学 | 神经生物学疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-09-25 |
The central role of neutrophil extracellular traps (NETs) and by-products in COVID-19 related pulmonary thrombosis
2023-08, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.949
PMID:37647446
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研究论文 | 探讨中性粒细胞外陷阱（NETs）及其副产物在COVID-19相关肺血栓形成中的中心作用 | 揭示了SARS-CoV-2如何促进NETs形成，并探讨了NETs在肺血栓形成中的作用机制 | 尚未完全阐明SARS-CoV-2促进NETs的具体机制 | 研究NETs在COVID-19相关肺血栓形成中的作用及其机制，并探讨针对NETs的治疗潜力 | 中性粒细胞外陷阱（NETs）及其在COVID-19肺血栓形成中的作用 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-09-23 |
Projecting RNA measurements onto single cell atlases to extract cell type-specific expression profiles using scProjection
2023-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40744-6
PMID:37626024
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scProjection的方法，用于将多模态RNA测量映射到深度测序的scRNA-seq图谱上，以提取细胞类型特异性的单细胞基因表达谱 | scProjection方法结合了多模态和scRNA-seq测量的优势，能够精确地进行单细胞的多模态测量 | NA | 开发一种方法，将多模态RNA测量映射到深度测序的scRNA-seq图谱上，以提取细胞类型特异性的单细胞基因表达谱 | 多模态RNA测量和scRNA-seq图谱 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-09-23 |
Ret deficiency decreases neural crest progenitor proliferation and restricts fate potential during enteric nervous system development
2023-08-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2211986120
PMID:37585461
|
研究论文 | 研究了RET受体酪氨酸激酶在肠神经系统发育中对神经嵴来源细胞命运的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了RET缺失对肠神经系统发育中细胞类型和状态特异性效应的影响 | 仅限于小鼠模型，未涉及人类数据 | 探讨RET在肠神经系统发育中的作用及其缺失对细胞命运和增殖的影响 | 肠神经系统中的神经嵴来源细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从胚胎第12.5天和第14.5天的RET缺失杂合和纯合小鼠的发育中肠道中提取的神经嵴来源细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-09-23 |
Spatial organization of the mouse retina at single cell resolution by MERFISH
2023-08-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40674-3
PMID:37582959
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研究论文 | 本文使用MERFISH技术生成了小鼠视网膜的单细胞空间图谱 | 首次揭示了小鼠视网膜中8种先前未知的移位无长突细胞亚型，并建立了细胞亚型的分子分类与其空间排列之间的联系 | NA | 研究小鼠视网膜中神经元亚型的空间组织 | 小鼠视网膜中的神经元亚型及其空间组织 | 数字病理学 | NA | 多重错误纠正荧光原位杂交（MERFISH） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过390,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-09-23 |
Characterizing cancer metabolism from bulk and single-cell RNA-seq data using METAFlux
2023-08-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40457-w
PMID:37573313
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为METAFlux的计算框架，用于从批量和单细胞RNA-seq数据中推断代谢通量，以表征癌症代谢 | 提出了METAFlux框架，能够从批量和单细胞RNA-seq数据中推断代谢通量，并验证了其在不同癌症和免疫治疗背景下的能力 | 尚未明确当前方法在肿瘤微环境表征中的可靠性 | 研究癌症研究中肿瘤微环境中的代谢重编程 | 癌症代谢的表征 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 涉及多种癌症和免疫治疗背景下的细胞系、TCGA数据和单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-09-23 |
spinDrop: a droplet microfluidic platform to maximise single-cell sequencing information content
2023-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40322-w
PMID:37553326
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研究论文 | 本文介绍了一种名为spinDrop的液滴微流控平台，通过荧光激活液滴分选和皮克注射技术，提高了单细胞测序的信息含量和质量 | 本文创新性地使用荧光激活液滴分选和皮克注射技术，实现了对高质量材料和特定细胞类型的富集，并进行了多步酶促反应，显著提高了基因检测率和降低了背景噪音 | NA | 提高单细胞测序的信息含量和质量 | 单细胞测序中的液滴微流控技术 | 生物技术 | NA | 荧光激活液滴分选，皮克注射 | NA | RNA | 小鼠脑发育和器官发生过程中的RNA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-09-23 |
Cas9-mediated knockout of Ndrg2 enhances the regenerative potential of dendritic cells for wound healing
2023-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40519-z
PMID:37550295
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研究论文 | 研究使用CRISPR/Cas9技术敲除Ndrg2基因，增强树突状细胞的再生潜力，以促进伤口愈合 | 首次使用CRISPR/Cas9技术精确编辑树突状细胞，增强其治疗慢性伤口的潜力 | 研究仅在非糖尿病和糖尿病小鼠模型中进行，尚未进行临床试验 | 开发一种新的细胞疗法，通过基因编辑增强树突状细胞的再生能力，以治疗慢性伤口 | 树突状细胞和慢性伤口 | 细胞疗法 | 慢性伤口 | CRISPR/Cas9 | NA | RNA序列 | 非糖尿病和糖尿病小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-09-23 |
SpaRx: Elucidate single-cell spatial heterogeneity of drug responses for personalized treatment
2023-Aug-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.03.551911
PMID:37577665
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图的领域自适应模型SpaRx，用于揭示药物反应的空间细胞异质性，并优化个体化治疗 | SpaRx通过混合学习与动态对抗适应，将药物基因组学知识转移到单细胞空间转录组数据中，揭示了肿瘤细胞在肿瘤病变不同位置对药物的异质性敏感性或抗性 | NA | 揭示药物反应的空间细胞异质性，优化个体化治疗 | 肿瘤细胞对药物的反应及其空间异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞空间转录组学 | 图模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-09-23 |
Distinct pulmonary and systemic effects of dexamethasone in severe COVID-19
2023-Aug-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3168149/v1
PMID:37577607
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研究论文 | 研究地塞米松在严重COVID-19患者中的肺部和全身效应 | 通过批量和单细胞RNA测序以及血浆细胞因子分析，揭示了地塞米松在严重COVID-19患者中的免疫细胞效应，并识别了不同部位和细胞类型的特定差异 | 研究仅限于严重COVID-19患者，且依赖于公开数据集 | 探讨地塞米松在严重COVID-19患者中的免疫调节机制 | 严重COVID-19患者的肺部和全身免疫细胞 | NA | COVID-19 | RNA测序，细胞因子分析 | NA | RNA数据，细胞因子数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |