单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-10-04	Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin 2023-08-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.07.026 PMID:37595566	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和CODEX成像技术，研究了肝细胞癌（HCC）中黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的功能障碍及其与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的相互作用	首次揭示了肿瘤相关巨噬细胞通过CSF1RPD-L1信号通路诱导MAIT细胞功能障碍，并提出了通过aPD-1/aPD-L1疗法靶向治疗HCC患者中MAIT细胞的可能性	NA	探讨MAIT细胞在肝细胞癌中的功能及其与肿瘤微环境的关系	肝细胞癌（HCC）患者样本中的MAIT细胞及其与肿瘤相关巨噬细胞的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、CODEX成像	机器学习	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、图像数据	配对的HCC患者样本及小鼠模型
42	2024-10-04	A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06252-9 PMID:37380767	研究论文	构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱	首次构建了成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率的全面细胞图谱，揭示了丰富的血管周围、内皮和免疫细胞群以及高度多样的腔上皮细胞状态	NA	研究成人正常乳腺组织的细胞组成和空间分布，为乳腺生物学和疾病研究提供参考	成人人类乳腺的单细胞和空间分辨率细胞图谱	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	714,331个细胞来自126名女性，117,346个细胞核来自20名女性
43	2024-09-30	Reliable Identification and Interpretation of Single-Cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning 2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202205442 PMID:37290050	研究论文	提出了一种动态集成剪枝框架（DEPF）用于识别和解释单细胞分子异质性和转录调控	开发了基于轮廓系数的指示器来确定双目标函数的优化方向，并设计了双目标果蝇优化算法来动态剪枝低质量的基本聚类	NA	解决无监督聚类模型中目标函数优化方向与最终聚类标签不一致的问题	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	自编码器	基因表达数据	28个真实scRNA-seq数据集和一个大型真实scRNA-seq数据集
44	2024-09-28	Best practices for single-cell analysis across modalities 2023-08, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-023-00586-w PMID:37002403	review	本文总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程	本文通过独立基准测试研究，总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程，并为新手和高级用户提供了指导	NA	总结单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程	单细胞转录组学、染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体谱分析和空间信息等多模态数据	生物信息学	NA	单细胞技术	NA	多模态数据	NA
45	2024-09-27	Epstein-Barr virus evades restrictive host chromatin closure by subverting B cell activation and germinal center regulatory loci 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112958 PMID:37561629	研究论文	研究EB病毒如何通过改变B细胞激活和生发中心调控位点的染色质可及性来逃避宿主的限制	首次捕捉到EB病毒感染期间单个B细胞的动态染色质景观，并整合了scATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据进行基因组范围的cis-调控预测	NA	研究EB病毒如何通过改变染色质可及性来逃避宿主的限制	EB病毒感染的B细胞及其染色质可及性	数字病理学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq	NA	基因组数据	单个B细胞
46	2024-09-27	The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia 2023-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2023.102725 PMID:37196598	综述	本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展	本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用	本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性	探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用	哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
47	2024-09-25	Single-cell sequencing of individual retinal organoids reveals determinants of cell-fate heterogeneity 2023-08-28, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100548 PMID:37671011	研究论文	本文应用sci-Plex单细胞组合索引RNA测序方法分析视网膜类器官的细胞命运异质性	开发了一种测量类器官异质性的方法，并发现早期激活Wnt信号通路可增加视网膜细胞类型	当前技术在处理条件上的限制限制了其在筛选或类器官异质性研究中的应用	探索视网膜类器官的细胞命运异质性及其调控机制	视网膜类器官及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	410个视网膜类器官
48	2024-09-25	Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer 2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.21.554116 PMID:37662291	研究论文	本研究开发并表征了两种不同的内分泌治疗耐药（ETR）HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性	本研究首次开发了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，并识别了脂质代谢和铁死亡重塑作为此类ETR乳腺癌的脆弱性	本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现	研究内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌的潜在治疗脆弱性	内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	两种长期雌激素剥夺（LTED）细胞系：BT-474（BT474）和MDA-MB-361（MM361）
49	2024-09-25	An overview of human single-cell RNA sequencing studies in neurobiological disease 2023-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2023.106201 PMID:37321420	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在神经生物学疾病研究中的应用	揭示了神经生物学疾病中的新型细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，发现了新的药物靶点和潜在的生物标志物	主要集中在皮质脑区和少数疾病类型，未来研究应扩展到非皮质脑区和更多疾病类型	综述单细胞RNA测序在神经生物学疾病研究中的应用，探讨其对疾病理解和治疗的影响	神经生物学疾病患者的脑组织和由外周细胞衍生的类器官	数字病理学	神经生物学疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
50	2024-09-25	The central role of neutrophil extracellular traps (NETs) and by-products in COVID-19 related pulmonary thrombosis 2023-08, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.949 PMID:37647446	研究论文	探讨中性粒细胞外陷阱（NETs）及其副产物在COVID-19相关肺血栓形成中的中心作用	揭示了SARS-CoV-2如何促进NETs形成，并探讨了NETs在肺血栓形成中的作用机制	尚未完全阐明SARS-CoV-2促进NETs的具体机制	研究NETs在COVID-19相关肺血栓形成中的作用及其机制，并探讨针对NETs的治疗潜力	中性粒细胞外陷阱（NETs）及其在COVID-19肺血栓形成中的作用	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
51	2024-09-23	Projecting RNA measurements onto single cell atlases to extract cell type-specific expression profiles using scProjection 2023-08-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40744-6 PMID:37626024	研究论文	本文介绍了一种名为scProjection的方法，用于将多模态RNA测量映射到深度测序的scRNA-seq图谱上，以提取细胞类型特异性的单细胞基因表达谱	scProjection方法结合了多模态和scRNA-seq测量的优势，能够精确地进行单细胞的多模态测量	NA	开发一种方法，将多模态RNA测量映射到深度测序的scRNA-seq图谱上，以提取细胞类型特异性的单细胞基因表达谱	多模态RNA测量和scRNA-seq图谱	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
52	2024-09-23	Ret deficiency decreases neural crest progenitor proliferation and restricts fate potential during enteric nervous system development 2023-08-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2211986120 PMID:37585461	研究论文	研究了RET受体酪氨酸激酶在肠神经系统发育中对神经嵴来源细胞命运的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了RET缺失对肠神经系统发育中细胞类型和状态特异性效应的影响	仅限于小鼠模型，未涉及人类数据	探讨RET在肠神经系统发育中的作用及其缺失对细胞命运和增殖的影响	肠神经系统中的神经嵴来源细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从胚胎第12.5天和第14.5天的RET缺失杂合和纯合小鼠的发育中肠道中提取的神经嵴来源细胞
53	2024-09-23	Spatial organization of the mouse retina at single cell resolution by MERFISH 2023-08-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40674-3 PMID:37582959	研究论文	本文使用MERFISH技术生成了小鼠视网膜的单细胞空间图谱	首次揭示了小鼠视网膜中8种先前未知的移位无长突细胞亚型，并建立了细胞亚型的分子分类与其空间排列之间的联系	NA	研究小鼠视网膜中神经元亚型的空间组织	小鼠视网膜中的神经元亚型及其空间组织	数字病理学	NA	多重错误纠正荧光原位杂交（MERFISH）	NA	单细胞RNA测序数据	超过390,000个细胞
54	2024-09-23	Characterizing cancer metabolism from bulk and single-cell RNA-seq data using METAFlux 2023-08-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40457-w PMID:37573313	研究论文	本文介绍了一种名为METAFlux的计算框架，用于从批量和单细胞RNA-seq数据中推断代谢通量，以表征癌症代谢	提出了METAFlux框架，能够从批量和单细胞RNA-seq数据中推断代谢通量，并验证了其在不同癌症和免疫治疗背景下的能力	尚未明确当前方法在肿瘤微环境表征中的可靠性	研究癌症研究中肿瘤微环境中的代谢重编程	癌症代谢的表征	生物信息学	癌症	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涉及多种癌症和免疫治疗背景下的细胞系、TCGA数据和单细胞RNA-seq数据
55	2024-09-23	spinDrop: a droplet microfluidic platform to maximise single-cell sequencing information content 2023-08-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40322-w PMID:37553326	研究论文	本文介绍了一种名为spinDrop的液滴微流控平台，通过荧光激活液滴分选和皮克注射技术，提高了单细胞测序的信息含量和质量	本文创新性地使用荧光激活液滴分选和皮克注射技术，实现了对高质量材料和特定细胞类型的富集，并进行了多步酶促反应，显著提高了基因检测率和降低了背景噪音	NA	提高单细胞测序的信息含量和质量	单细胞测序中的液滴微流控技术	生物技术	NA	荧光激活液滴分选，皮克注射	NA	RNA	小鼠脑发育和器官发生过程中的RNA
56	2024-09-23	Cas9-mediated knockout of Ndrg2 enhances the regenerative potential of dendritic cells for wound healing 2023-08-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40519-z PMID:37550295	研究论文	研究使用CRISPR/Cas9技术敲除Ndrg2基因，增强树突状细胞的再生潜力，以促进伤口愈合	首次使用CRISPR/Cas9技术精确编辑树突状细胞，增强其治疗慢性伤口的潜力	研究仅在非糖尿病和糖尿病小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发一种新的细胞疗法，通过基因编辑增强树突状细胞的再生能力，以治疗慢性伤口	树突状细胞和慢性伤口	细胞疗法	慢性伤口	CRISPR/Cas9	NA	RNA序列	非糖尿病和糖尿病小鼠模型
57	2024-09-23	SpaRx: Elucidate single-cell spatial heterogeneity of drug responses for personalized treatment 2023-Aug-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.03.551911 PMID:37577665	研究论文	本文介绍了一种基于图的领域自适应模型SpaRx，用于揭示药物反应的空间细胞异质性，并优化个体化治疗	SpaRx通过混合学习与动态对抗适应，将药物基因组学知识转移到单细胞空间转录组数据中，揭示了肿瘤细胞在肿瘤病变不同位置对药物的异质性敏感性或抗性	NA	揭示药物反应的空间细胞异质性，优化个体化治疗	肿瘤细胞对药物的反应及其空间异质性	数字病理学	NA	单细胞空间转录组学	图模型	转录组数据	NA
58	2024-09-23	Distinct pulmonary and systemic effects of dexamethasone in severe COVID-19 2023-Aug-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3168149/v1 PMID:37577607	研究论文	研究地塞米松在严重COVID-19患者中的肺部和全身效应	通过批量和单细胞RNA测序以及血浆细胞因子分析，揭示了地塞米松在严重COVID-19患者中的免疫细胞效应，并识别了不同部位和细胞类型的特定差异	研究仅限于严重COVID-19患者，且依赖于公开数据集	探讨地塞米松在严重COVID-19患者中的免疫调节机制	严重COVID-19患者的肺部和全身免疫细胞	NA	COVID-19	RNA测序，细胞因子分析	NA	RNA数据，细胞因子数据	未明确提及具体样本数量
59	2024-09-23	Applications of multi-omics analysis in human diseases 2023-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.315 PMID:37533767	综述	本文综述了多组学技术在人类疾病研究中的应用	本文提供了对多组学技术的全面和系统介绍，特别是机器学习和深度学习在多组学数据整合中的应用	本文主要集中在多组学技术的综述，未涉及具体实验数据或结果	探讨多组学技术在精准医学中的应用及其未来发展方向	多组学技术及其在癌症、神经退行性疾病、衰老和药物靶点发现等医学研究中的应用	NA	NA	多组学技术	机器学习、深度学习	多组学数据	NA
60	2024-09-23	Resolvin D1 prevents injurious neutrophil swarming in transplanted lungs 2023-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2302938120 PMID:37487095	研究论文	研究了Resolvin D1在移植肺中防止中性粒细胞聚集的作用	首次揭示了Resolvin D1在移植肺早期免疫反应中的保护作用	研究主要在鼠模型中进行，尚未在临床中验证	探讨Resolvin D1在移植肺缺血再灌注损伤中的保护作用	移植肺中的中性粒细胞和脂质介质	NA	NA	代谢脂质组学、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类和鼠的肺移植样本