单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-09-25 |
Single-cell sequencing of individual retinal organoids reveals determinants of cell-fate heterogeneity
2023-08-28, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100548
PMID:37671011
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研究论文 | 本文应用sci-Plex单细胞组合索引RNA测序方法分析视网膜类器官的细胞命运异质性 | 开发了一种测量类器官异质性的方法，并发现早期激活Wnt信号通路可增加视网膜细胞类型 | 当前技术在处理条件上的限制限制了其在筛选或类器官异质性研究中的应用 | 探索视网膜类器官的细胞命运异质性及其调控机制 | 视网膜类器官及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 410个视网膜类器官 |
| 22 | 2024-09-25 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.21.554116
PMID:37662291
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研究论文 | 本研究开发并表征了两种不同的内分泌治疗耐药（ETR）HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性 | 本研究首次开发了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，并识别了脂质代谢和铁死亡重塑作为此类ETR乳腺癌的脆弱性 | 本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现 | 研究内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌的潜在治疗脆弱性 | 内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 两种长期雌激素剥夺（LTED）细胞系：BT-474（BT474）和MDA-MB-361（MM361） |
| 23 | 2024-09-25 |
An overview of human single-cell RNA sequencing studies in neurobiological disease
2023-08, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2023.106201
PMID:37321420
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在神经生物学疾病研究中的应用 | 揭示了神经生物学疾病中的新型细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，发现了新的药物靶点和潜在的生物标志物 | 主要集中在皮质脑区和少数疾病类型，未来研究应扩展到非皮质脑区和更多疾病类型 | 综述单细胞RNA测序在神经生物学疾病研究中的应用，探讨其对疾病理解和治疗的影响 | 神经生物学疾病患者的脑组织和由外周细胞衍生的类器官 | 数字病理学 | 神经生物学疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 24 | 2024-09-25 |
The central role of neutrophil extracellular traps (NETs) and by-products in COVID-19 related pulmonary thrombosis
2023-08, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.949
PMID:37647446
|
研究论文 | 探讨中性粒细胞外陷阱（NETs）及其副产物在COVID-19相关肺血栓形成中的中心作用 | 揭示了SARS-CoV-2如何促进NETs形成，并探讨了NETs在肺血栓形成中的作用机制 | 尚未完全阐明SARS-CoV-2促进NETs的具体机制 | 研究NETs在COVID-19相关肺血栓形成中的作用及其机制，并探讨针对NETs的治疗潜力 | 中性粒细胞外陷阱（NETs）及其在COVID-19肺血栓形成中的作用 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 25 | 2024-09-23 |
Projecting RNA measurements onto single cell atlases to extract cell type-specific expression profiles using scProjection
2023-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40744-6
PMID:37626024
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scProjection的方法，用于将多模态RNA测量映射到深度测序的scRNA-seq图谱上，以提取细胞类型特异性的单细胞基因表达谱 | scProjection方法结合了多模态和scRNA-seq测量的优势，能够精确地进行单细胞的多模态测量 | NA | 开发一种方法，将多模态RNA测量映射到深度测序的scRNA-seq图谱上，以提取细胞类型特异性的单细胞基因表达谱 | 多模态RNA测量和scRNA-seq图谱 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 26 | 2024-09-23 |
Ret deficiency decreases neural crest progenitor proliferation and restricts fate potential during enteric nervous system development
2023-08-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2211986120
PMID:37585461
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研究论文 | 研究了RET受体酪氨酸激酶在肠神经系统发育中对神经嵴来源细胞命运的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了RET缺失对肠神经系统发育中细胞类型和状态特异性效应的影响 | 仅限于小鼠模型，未涉及人类数据 | 探讨RET在肠神经系统发育中的作用及其缺失对细胞命运和增殖的影响 | 肠神经系统中的神经嵴来源细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从胚胎第12.5天和第14.5天的RET缺失杂合和纯合小鼠的发育中肠道中提取的神经嵴来源细胞 |
| 27 | 2024-09-23 |
Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping
2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.534630
PMID:37090640
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研究论文 | 本文开发了一种名为STalign的方法，用于通过微分同胚度量映射对空间转录组学数据进行对齐 | STalign方法能够处理部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应性 | NA | 解决空间转录组学数据在不同切片、样本和技术之间的比较难题 | 空间转录组学数据的对齐 | 生物信息学 | NA | 微分同胚度量映射 | NA | 空间转录组学数据 | NA |
| 28 | 2024-09-23 |
Spatial organization of the mouse retina at single cell resolution by MERFISH
2023-08-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40674-3
PMID:37582959
|
研究论文 | 本文使用MERFISH技术生成了小鼠视网膜的单细胞空间图谱 | 首次揭示了小鼠视网膜中8种先前未知的移位无长突细胞亚型，并建立了细胞亚型的分子分类与其空间排列之间的联系 | NA | 研究小鼠视网膜中神经元亚型的空间组织 | 小鼠视网膜中的神经元亚型及其空间组织 | 数字病理学 | NA | 多重错误纠正荧光原位杂交（MERFISH） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过390,000个细胞 |
| 29 | 2024-09-23 |
Characterizing cancer metabolism from bulk and single-cell RNA-seq data using METAFlux
2023-08-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40457-w
PMID:37573313
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为METAFlux的计算框架，用于从批量和单细胞RNA-seq数据中推断代谢通量，以表征癌症代谢 | 提出了METAFlux框架，能够从批量和单细胞RNA-seq数据中推断代谢通量，并验证了其在不同癌症和免疫治疗背景下的能力 | 尚未明确当前方法在肿瘤微环境表征中的可靠性 | 研究癌症研究中肿瘤微环境中的代谢重编程 | 癌症代谢的表征 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 涉及多种癌症和免疫治疗背景下的细胞系、TCGA数据和单细胞RNA-seq数据 |
| 30 | 2024-09-23 |
spinDrop: a droplet microfluidic platform to maximise single-cell sequencing information content
2023-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40322-w
PMID:37553326
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为spinDrop的液滴微流控平台，通过荧光激活液滴分选和皮克注射技术，提高了单细胞测序的信息含量和质量 | 本文创新性地使用荧光激活液滴分选和皮克注射技术，实现了对高质量材料和特定细胞类型的富集，并进行了多步酶促反应，显著提高了基因检测率和降低了背景噪音 | NA | 提高单细胞测序的信息含量和质量 | 单细胞测序中的液滴微流控技术 | 生物技术 | NA | 荧光激活液滴分选，皮克注射 | NA | RNA | 小鼠脑发育和器官发生过程中的RNA |
| 31 | 2024-09-23 |
Cas9-mediated knockout of Ndrg2 enhances the regenerative potential of dendritic cells for wound healing
2023-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40519-z
PMID:37550295
|
研究论文 | 研究使用CRISPR/Cas9技术敲除Ndrg2基因，增强树突状细胞的再生潜力，以促进伤口愈合 | 首次使用CRISPR/Cas9技术精确编辑树突状细胞，增强其治疗慢性伤口的潜力 | 研究仅在非糖尿病和糖尿病小鼠模型中进行，尚未进行临床试验 | 开发一种新的细胞疗法，通过基因编辑增强树突状细胞的再生能力，以治疗慢性伤口 | 树突状细胞和慢性伤口 | 细胞疗法 | 慢性伤口 | CRISPR/Cas9 | NA | RNA序列 | 非糖尿病和糖尿病小鼠模型 |
| 32 | 2024-09-23 |
SpaRx: Elucidate single-cell spatial heterogeneity of drug responses for personalized treatment
2023-Aug-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.03.551911
PMID:37577665
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图的领域自适应模型SpaRx，用于揭示药物反应的空间细胞异质性，并优化个体化治疗 | SpaRx通过混合学习与动态对抗适应，将药物基因组学知识转移到单细胞空间转录组数据中，揭示了肿瘤细胞在肿瘤病变不同位置对药物的异质性敏感性或抗性 | NA | 揭示药物反应的空间细胞异质性，优化个体化治疗 | 肿瘤细胞对药物的反应及其空间异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞空间转录组学 | 图模型 | 转录组数据 | NA |
| 33 | 2024-09-23 |
Distinct pulmonary and systemic effects of dexamethasone in severe COVID-19
2023-Aug-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3168149/v1
PMID:37577607
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研究论文 | 研究地塞米松在严重COVID-19患者中的肺部和全身效应 | 通过批量和单细胞RNA测序以及血浆细胞因子分析，揭示了地塞米松在严重COVID-19患者中的免疫细胞效应，并识别了不同部位和细胞类型的特定差异 | 研究仅限于严重COVID-19患者，且依赖于公开数据集 | 探讨地塞米松在严重COVID-19患者中的免疫调节机制 | 严重COVID-19患者的肺部和全身免疫细胞 | NA | COVID-19 | RNA测序，细胞因子分析 | NA | RNA数据，细胞因子数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 34 | 2024-09-23 |
Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes
2023-08-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40363-1
PMID:37532691
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研究论文 | 本文通过整合分析转录组动态变化，识别出与人类颅面发育相关的候选疾病基因 | 本文首次结合bulk和单细胞RNA测序技术，分析了人类颅面组织在4-8周胚胎期的基因表达模式，并识别出539个可能与颅面畸形相关的基因 | 本文主要基于转录组和表观基因组数据进行分析，未涉及功能验证实验 | 研究人类颅面发育过程中的基因表达模式，识别与颅面畸形相关的候选基因 | 人类颅面组织在4-8周胚胎期的基因表达 | 基因组学 | 颅面畸形 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4-8周胚胎期的人类颅面组织样本 |
| 35 | 2024-09-23 |
Applications of multi-omics analysis in human diseases
2023-Aug, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.315
PMID:37533767
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综述 | 本文综述了多组学技术在人类疾病研究中的应用 | 本文提供了对多组学技术的全面和系统介绍，特别是机器学习和深度学习在多组学数据整合中的应用 | 本文主要集中在多组学技术的综述，未涉及具体实验数据或结果 | 探讨多组学技术在精准医学中的应用及其未来发展方向 | 多组学技术及其在癌症、神经退行性疾病、衰老和药物靶点发现等医学研究中的应用 | NA | NA | 多组学技术 | 机器学习、深度学习 | 多组学数据 | NA |
| 36 | 2024-09-23 |
Resolvin D1 prevents injurious neutrophil swarming in transplanted lungs
2023-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302938120
PMID:37487095
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研究论文 | 研究了Resolvin D1在移植肺中防止中性粒细胞聚集的作用 | 首次揭示了Resolvin D1在移植肺早期免疫反应中的保护作用 | 研究主要在鼠模型中进行，尚未在临床中验证 | 探讨Resolvin D1在移植肺缺血再灌注损伤中的保护作用 | 移植肺中的中性粒细胞和脂质介质 | NA | NA | 代谢脂质组学、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及人类和鼠的肺移植样本 |
| 37 | 2024-09-19 |
OX40L-expressing recombinant modified vaccinia virus Ankara induces potent antitumor immunity via reprogramming Tregs
2023-08-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221166
PMID:37145142
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研究论文 | 本文报道了一种通过理性工程改造的重组MVA病毒，该病毒表达OX40L并能有效诱导抗肿瘤免疫，通过重新编程肿瘤微环境中的调节性T细胞（Tregs） | 通过删除vaccinia E5R基因并表达Flt3L和OX40L，成功设计了一种能够重新编程肿瘤微环境中Tregs的重组MVA病毒 | NA | 开发一种新的癌症免疫治疗方法，通过重新编程肿瘤微环境中的Tregs来增强抗肿瘤免疫 | 肿瘤微环境中的调节性T细胞（Tregs） | 癌症免疫治疗 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 38 | 2024-09-19 |
Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06367-z
PMID:37532934
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研究论文 | 研究探讨了Netrin-1在子宫内膜癌中的上调及其通过抗Netrin-1抗体NP137抑制肿瘤生长和上皮-间质转化（EMT）的机制 | 首次在临床试验中验证了Netrin-1阻断剂NP137在子宫内膜癌中的疗效，并展示了其通过抑制EMT来增强标准治疗效果的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和一期临床试验，样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证 | 探讨Netrin-1在子宫内膜癌中的作用及其阻断剂NP137的临床应用潜力 | 子宫内膜癌患者及其肿瘤组织 | NA | 子宫内膜癌 | RNA测序（RNA-seq），空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14名晚期子宫内膜癌患者 |
| 39 | 2024-09-19 |
Evaluation of genetic demultiplexing of single-cell sequencing data from model species
2023-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301979
PMID:37197983
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研究论文 | 评估基因型基础的单细胞测序数据去复用技术在不同模型物种中的应用 | 提出了一种基因型基础的去复用技术，适用于非同基因的模型物种，减少了成本并增加了实验的可重复性和多样性 | 该方法的局限性在于需要单细胞测序数据和从头转录组资源 | 研究基因型基础的去复用技术在不同模型物种中的适用性 | 从斑马鱼到非人灵长类等多种非同基因的模型物种 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因型数据 | 多个个体混合的单细胞测序数据 |
| 40 | 2024-09-19 |
Origin and segregation of the human germline
2023-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201706
PMID:37217306
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研究论文 | 研究人类原始生殖细胞（PGCs）在体外模型中的动态变化，并结合体内数据进行深入分析 | 揭示了人类原始生殖细胞命运决定的关键分子特征，并展示了TFAP2A在PGC命运中的重要作用 | 主要依赖于体外模型和非人类灵长类动物的数据，缺乏直接的人类胚胎研究 | 探讨人类生殖细胞与体细胞分离的机制 | 人类原始生殖细胞（PGCs）和胚胎后端的转录相似的TFAP2A阳性前体细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括人类和非人类灵长类动物的体内数据，以及体外模型的数据 |