单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 359 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-02-07 |
Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline
2023-08, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-05935-2
PMID:37351595
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础 | 首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证 | 研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估 | 揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点 | 2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据 | 小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁） |
| 22 | 2025-01-25 |
Endothelial CCRL2 induced by disturbed flow promotes atherosclerosis via chemerin-dependent β2 integrin activation in monocytes
2023-08-07, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvad085
PMID:37279540
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研究论文 | 本文研究了内皮CCRL2在动脉粥样硬化中的作用及其通过chemerin依赖的β2整合素激活机制 | 揭示了CCRL2-chemerin-β2整合素轴在动脉粥样硬化中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探讨CCRL2及其配体chemerin在动脉粥样硬化中的作用及其机制 | 内皮细胞、单核细胞、ApoE-/-小鼠 | 生物医学 | 心血管疾病 | scRNA-seq、Di-E-GSSG测定、邻近连接测定 | 小鼠模型 | 基因表达数据、血清数据 | ApoE-/-小鼠、急性动脉粥样硬化性卒中患者和健康个体的血清样本 |
| 23 | 2025-01-24 |
Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development
2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307451120
PMID:37523539
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNAseq）数据集生成预测性细胞类型特异性split-GAL4试剂的高效管道（scMarco），用于发育过程中的细胞类型特异性标记 | 利用现有的发育单细胞RNA测序数据集选择split-GAL4的基因对，提供了一种高效且预测性的管道（scMarco），基于原生基因调控元件在发育的任何时间生成细胞类型特异性的split-GAL4系 | 需要大量时间和资源筛选增强子表达模式的组合 | 生成细胞类型特异性工具，用于发育过程中不同细胞类型的靶向操作 | 发育中的视觉系统 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 24 | 2025-01-23 |
Machine Learning Reveals Synovial Fibroblast Genes Associated with Pain Affect Sensory Nerve Growth in Rheumatoid Arthritis
2023-Aug-23, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.08.17.23294232
PMID:37662384
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研究论文 | 本文通过机器学习方法揭示了与类风湿性关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因，这些基因影响感觉神经的生长 | 使用了一种新的机器学习方法——基于图的基因表达模块识别（GbGMI），来识别与疼痛相关的基因模块，并验证了这些基因在早期未治疗的类风湿性关节炎患者中的表达 | 研究样本主要来自长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者，可能不适用于其他类型的关节炎或疾病阶段 | 研究类风湿性关节炎疼痛的分子机制，特别是滑膜成纤维细胞基因与感觉神经生长的关系 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织和感觉神经元 | 机器学习 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | GbGMI | 基因表达数据 | 长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者的滑膜活检样本 |
| 25 | 2025-01-19 |
Expansion spatial transcriptomics
2023-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01911-1
PMID:37349575
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研究论文 | 本文介绍了一种扩展空间转录组学方法，通过组织清除和扩展来提高空间分辨率，并在小鼠脑样本中展示了其效果 | 通过组织清除和扩展技术克服了传统捕获阵列空间分辨率受限的问题，实现了更高的空间分辨率 | 目前仅在小鼠脑样本中进行了验证，尚未在其他组织或物种中广泛应用 | 提高空间转录组学的空间分辨率，以更精确地解析组织中的基因表达 | 小鼠脑组织 | 空间转录组学 | NA | 扩展空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠脑样本 |
| 26 | 2025-01-16 |
Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity
2023-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169584
PMID:37606045
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫改变，这些改变可能与疾病差异有关 | 使用多组学方法（包括细胞组成、信号传导、表观遗传学和蛋白质组学）全面评估了SLE患者和健康对照者的免疫表型，揭示了种族相关的免疫差异 | 研究主要关注黑人和白人患者之间的差异，未涉及其他种族或更广泛的人群 | 揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫表型差异，以解释疾病严重性和病程的不同 | 系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 质谱流式细胞术、单细胞转录组学、蛋白质组学、多重可溶性介质水平检测 | NA | 细胞组成、信号传导、表观遗传学、蛋白质组学数据 | 黑人和白人SLE患者及健康对照者 |
| 27 | 2024-12-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs
2023-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1
PMID:37609233
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性 | 研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小 | 更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图 | 未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞 |
| 28 | 2024-12-13 |
Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo
2023-08-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873
PMID:37531416
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α | 首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者 | 鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响 | HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用 | 基因组学 | HIV感染 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者） |
| 29 | 2024-11-23 |
Mammary duct luminal epithelium controls adipocyte thermogenic programme
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06361-5
PMID:37495690
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研究论文 | 研究报告了乳腺导管上皮细胞在脂肪微环境中调节冷暴露诱导的小鼠皮下白色脂肪组织中脂肪细胞UCP1表达的作用 | 首次揭示了乳腺导管上皮细胞通过分泌因子'mammokines'调控脂肪细胞UCP1表达，并发现这些因子在性别特异性脂肪生成中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果的普遍性和在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨乳腺导管上皮细胞在脂肪细胞UCP1表达调控中的作用及其在性别特异性脂肪生成中的意义 | 小鼠皮下白色脂肪组织中的乳腺导管上皮细胞和脂肪细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠皮下白色脂肪组织样本 |
| 30 | 2024-10-30 |
A hybrid machine learning and regression method for cell type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2023-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554722
PMID:37662370
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研究论文 | 本文介绍了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积 | SDePER方法通过机器学习去除ST和scRNA-seq数据之间的系统差异（平台效应），并考虑了细胞类型的稀疏性和空间相关性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积的准确性和鲁棒性 | 空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合机器学习和回归模型 | 转录组数据 | 四个真实数据集和模拟数据 |
| 31 | 2024-10-27 |
Neural stem cell metabolism revisited: a critical role for mitochondria
2023-08, Trends in endocrinology and metabolism: TEM
DOI:10.1016/j.tem.2023.05.008
PMID:37380501
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综述 | 本文综述了线粒体代谢在鼠和人类神经干细胞（NSCs）胚胎和成年大脑中的作用 | 本文重新审视了线粒体在神经干细胞代谢中的关键作用，并探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据在成年NSCs代谢特征中的应用 | NA | 探讨线粒体代谢在神经干细胞维持和命运决定中的作用 | 鼠和人类神经干细胞（NSCs） | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 32 | 2024-10-19 |
Amphiregulin couples IL1RL1+ regulatory T cells and cancer-associated fibroblasts to impede antitumor immunity
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add7399
PMID:37611111
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研究论文 | 研究揭示了IL1RL1+调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞通过AREG/EGFR轴相互作用，阻碍抗肿瘤免疫 | 首次揭示了AREG/EGFR轴在调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞之间的相互作用，控制成纤维细胞功能状态的分叉 | NA | 探讨调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其分子机制 | 调节性T细胞、癌症相关成纤维细胞、肿瘤微环境 | 肿瘤学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 33 | 2024-10-19 |
Synergism Between IL21 and Anti-PD-1 Combination Therapy is Underpinned by the Coordinated Reprogramming of the Immune Cellular Network in the Tumor Microenvironment
2023-08, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0012
PMID:37546701
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研究论文 | 通过综合分析多个单细胞RNA测序数据集，研究了IL21与抗PD-1联合治疗在肿瘤微环境中通过协调重编程免疫细胞网络的协同机制 | 揭示了IL21在肿瘤微环境中通过增强CD4 T细胞的辅助功能，促进CD8 T细胞介导的免疫反应，并与抗PD-1阻断剂协同驱动肿瘤抗原特异性CD8 T细胞的克隆扩增和功能状态分化 | NA | 探讨IL21与抗PD-1联合治疗在肿瘤微环境中的协同机制 | 肿瘤微环境中的免疫细胞网络 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 34 | 2024-10-16 |
Transcript accumulation rates in the early Caenorhabditis elegans embryo
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi1270
PMID:37611097
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研究论文 | 本文研究了早期秀丽隐杆线虫胚胎中转录积累速率 | 首次在全基因组范围内测量了早期胚胎中单细胞分辨率的转录积累速率，并识别了与高转录速率相关的核心启动子元件 | 研究仅限于早期胚胎阶段，且未涵盖所有发育基因 | 估计早期胚胎中合子mRNA的积累速率，并理解转录动力学如何驱动发育决策 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎中的转录积累速率 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和单分子转录成像 | NA | RNA序列数据 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎的单细胞样本 |
| 35 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research
2023-08-17, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00471-x
PMID:37592342
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综述 | 本文综述了空间转录组学在呼吸系统研究中的最新进展及其应用 | 空间转录组学填补了传统RNA测序方法在空间定位和细胞相互作用方面的空白 | 当前挑战包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学和生物信息学分析等 | 探讨空间转录组学在呼吸系统生理和病理过程中的应用 | 呼吸系统的细胞异质性和空间定位 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | NA |
| 36 | 2024-10-13 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2023-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40503-7
PMID:37563115
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研究论文 | 本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系 | CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在这方面的不足 | NA | 旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法 | 单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本 |
| 37 | 2024-10-13 |
Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance
2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02756-4
PMID:37553567
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研究论文 | 研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型，揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制，并提出了新的治疗策略 | 首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用，并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力 | 研究主要基于体外模型和动物模型，临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证 | 揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制，并开发新的治疗策略 | 胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 48名胰腺癌患者，3年内的肿瘤组织样本 |
| 38 | 2024-10-13 |
Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes
2023-Aug-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-023-00756-6
PMID:37555866
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研究论文 | 本研究基于铁蛋白自噬相关基因，识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型 | 首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了基于这些基因的风险模型 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据异质性 | 深入研究肝细胞癌的发生和发展机制，识别新的治疗靶点 | 肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据 |
| 39 | 2024-10-12 |
Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse
2023-08-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04384-0
PMID:37543577
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研究论文 | 本文通过空间转录组技术研究结肠癌II期患者的组织成分，以识别复发相关的预测性生物标志物 | 开发了一种名为Genes-To-Count（GTC）的计算工具，用于自动化定量原位信号，并准确识别肿瘤和非肿瘤组织区域 | 样本量较小，仅包括10名患者（5名复发和5名未复发） | 探索结肠癌II期患者复发与未复发组织的空间基因表达差异，以发现新的预测性生物标志物 | 结肠癌II期患者的组织样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 10名结肠癌II期患者（5名复发和5名未复发） |
| 40 | 2024-10-08 |
Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06342-8
PMID:37468627
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研究论文 | 本文开发并应用了FateMap框架，结合DNA条形码和单细胞RNA测序，揭示了数以十万计的克隆在接受抗癌治疗后的命运 | 本文首次展示了单细胞来源的癌症细胞在接受治疗后产生的分子、形态和功能上不同的抗性类型，并发现这些抗性类型主要由药物添加前的细胞分子差异决定，而非外在因素 | 本文主要集中在实验室环境下的研究，尚未充分探讨这些抗性类型在临床环境中的实际应用和影响 | 揭示抗癌治疗后癌症细胞的抗性多样性及其分子机制 | 单细胞来源的癌症细胞及其在接受不同抗癌药物治疗后的抗性类型 | NA | NA | DNA条形码和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数以十万计的克隆 |