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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-05 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.21.554116
PMID:37662291
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研究论文 | 本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型,以识别潜在的治疗脆弱性 | 建立了两种不同的内分泌治疗耐药HER2+/ER+乳腺癌体外模型,首次发现脂质代谢改变和铁死亡重塑是该类型耐药乳腺癌的脆弱性 | 研究基于体外细胞模型,需要进一步体内实验验证 | 识别内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌的治疗脆弱性 | HER2+/ER+乳腺癌细胞系 | 癌症研究 | 乳腺癌 | 全基因组测序,单细胞RNA测序 | 体外细胞模型 | 基因组数据,转录组数据 | 两种乳腺癌细胞系(BT-474和MDA-MB-361)及其长期雌激素剥夺衍生株 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-05 |
Cellular Atlas of Senescent Lineages in Radiation- or Immunotherapy-Induced Lung Injury by Single-Cell RNA-Sequencing Analysis
2023-08-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2023.02.005
PMID:36792015
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了放疗或免疫疗法诱导肺损伤中衰老细胞谱系的细胞图谱 | 首次系统识别了肺损伤中30种不同细胞亚群,发现衰老样成纤维细胞是主要的共同病理机制 | 研究基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 阐明免疫疗法和放疗诱导肺损伤的细胞机制 | C57/BL6小鼠肺组织、人类和小鼠细胞系 | 单细胞转录组学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、多重免疫组织化学 | Seurat, Cellchat, Monocol, SCENIC | 单细胞转录组数据、组织染色图像 | 75,396个细胞,多个时间点(7,30,60天) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival
2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.26.554953
PMID:37693470
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元,揭示其分为三个亚类并发现Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统鉴定斑马鱼Rohon-Beard神经元的三个分子亚类,并发现Fgf信号通路对其轴突维持和细胞存活的调控机制 | 研究主要聚焦斑马鱼幼虫期神经元,未验证在成年个体或其他物种中的普适性 | 探究斑马鱼外周感觉神经元的分子分类及其发育调控机制 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
TPL2 kinase activity regulates microglial inflammatory responses and promotes neurodegeneration in tauopathy mice
2023-08-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83451
PMID:37555828
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研究论文 | 本研究探讨TPL2激酶活性在小胶质细胞炎症反应中的作用及其在神经退行性疾病中的影响 | 首次揭示TPL2激酶活性通过调节小胶质细胞活化状态促进tau蛋白病变模型中的神经退行性过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究TPL2激酶在神经炎症和神经退行性疾病中的作用机制 | 小鼠小胶质细胞、神经元及tau蛋白病变模型 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
Phylogenetic inference from single-cell RNA-seq data
2023-08-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-39995-6
PMID:37553438
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研究论文 | 开发了一种从单细胞RNA测序数据重建癌细胞系统发育关系并关联基因表达谱的方法 | 提出PhylinSic方法,首次实现从单细胞RNA测序数据同时推断系统发育关系并关联细胞表型 | NA | 重建癌症进化过程,理解肿瘤恶性特性的获得机制 | 乳腺癌肿瘤细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-10-06 |
Core conserved transcriptional regulatory networks define the invasive trophoblast cell lineage
2023-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201826
PMID:37417811
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了大鼠和人类侵袭性滋养层细胞谱系中保守的转录调控网络 | 首次在大鼠妊娠期子宫-胎盘界面生成单核ATAC-seq数据并与单细胞RNA-seq数据整合分析,发现了侵袭性滋养层细胞中保守的基因调控网络 | 对大鼠和人类调控机制异同的理解仍有限,需要进一步验证 | 研究大鼠和人类侵袭性滋养层细胞调控机制的相似性和差异性 | 大鼠妊娠期子宫-胎盘界面组织 | 单细胞组学 | NA | 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组可及性数据, 转录组数据 | 妊娠期15.5天和19.5天的大鼠子宫-胎盘界面组织 | NA | 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Distinct Inflammatory Milieu in Patients With Right Heart Failure
2023-08, Circulation. Heart failure
|
研究论文 | 本研究通过分析右心衰竭患者的循环炎症标志物,揭示了其独特的炎症特征并发现CD163和CXCL12可作为预后生物标志物 | 首次系统揭示右心衰竭患者特有的循环炎症特征,发现可溶性CD163和CXCL12作为新型预后生物标志物,并证实这些因子可能来源于肝脏库普弗细胞 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证;机制研究尚不充分,需要进一步实验验证心脏-肝脏轴的具体作用机制 | 阐明右心衰竭患者的循环炎症环境特征及其与预后的关系 | 右心衰竭患者、心功能正常对照者、非典型心衰患者 | 心血管疾病研究 | 右心衰竭 | 多重蛋白检测、单细胞RNA测序、组织成像 | NA | 血液样本、基因表达数据、组织图像 | 三组患者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 多重蛋白检测, 组织成像 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-06 |
Exploring Influenza A Virus-Induced Lung Injury and Immune Response Based on Humanized Lung-on-Chip
2023-08, Discovery medicine..
IF:2.0Q3
DOI:10.24976/Discov.Med.202335177.55
PMID:37553308
|
研究论文 | 本研究通过构建人源化肺芯片模型模拟甲型流感病毒感染过程,分析外周血单核细胞的转录组特征 | 结合肺芯片模型与单细胞RNA测序技术,首次在体外真实模拟肺泡结构功能并系统研究流感病毒感染后的免疫反应机制 | 体外芯片模型可能无法完全模拟体内复杂生理环境,样本规模有限 | 系统分析甲型流感病毒感染后外周血单核细胞的转录组特征及免疫反应机制 | 肺泡上皮细胞、血管内皮细胞、肺泡巨噬细胞和外周血单核细胞(PBMCs) | 单细胞生物学 | 流感 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | 肺芯片模型 | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
Vaccine adjuvant-elicited CD8+ T cell immunity is co-dependent on T-bet and FOXO1
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112911
PMID:37516968
|
研究论文 | 本研究揭示疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫需要T-bet和FOXO1转录因子的协同调控 | 发现疫苗佐剂诱导的T细胞应答需要T-bet和FOXO1的协同作用,与感染引发的应答机制不同 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 探究疫苗佐剂引发CD8+ T细胞免疫的转录调控机制 | 小鼠CD8+ T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-06 |
Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet
2023-08-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-39890-0
PMID:37558676
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研究论文 | 本研究通过分析高脂饮食小鼠和阿尔茨海默症患者的基因表达数据,揭示了肥胖、糖尿病与阿尔茨海默症之间的新联系 | 首次发现C4b基因在高脂饮食和阿尔茨海默症中共同上调,并证明其在星形胶质细胞中特异性表达,可能作为肥胖或糖尿病患者早期阿尔茨海默症的潜在标志物 | 研究主要基于小鼠模型和已有数据库,需要进一步人类样本验证 | 探索高脂饮食与阿尔茨海默症发病机制之间的分子联系 | 高脂饮食小鼠和阿尔茨海默症患者的脑组织样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默症 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells
2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.06.552169
PMID:37609218
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序构建了果蝇视觉系统胶质细胞发育图谱,并鉴定了亚细胞mRNA定位模式 | 首次在发育中的果蝇视觉系统中全面注释胶质细胞类型,并开发计算方法识别细胞体和细胞突触中特异性定位的mRNA | 研究仅限于果蝇视觉系统胶质细胞,未涉及其他神经系统区域 | 理解胶质细胞的发育轨迹和功能多样性 | 果蝇视觉系统胶质细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞mRNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞转录组数据 | 发育过程中从幼虫到成虫阶段的果蝇视觉系统胶质细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations
2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2023.100817
PMID:37602218
|
研究论文 | 提出基于变分自编码器的scVIDR模型,用于预测单细胞基因表达在化学扰动下的剂量依赖性响应 | 首次将变分自编码器应用于多剂量化学扰动的单细胞基因表达预测,优于现有单剂量预测模型 | 模型验证仍需更多实验数据支持,预测精度可能受细胞类型和化学物质种类限制 | 开发能够预测化学扰动剂量依赖性单细胞基因表达响应的计算方法 | 小鼠肝细胞、人血细胞和癌细胞系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE(变分自编码器) | 基因表达数据 | 多种细胞类型(小鼠肝细胞、人血细胞、癌细胞系) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
Tff2 defines transit-amplifying pancreatic acinar progenitors that lack regenerative potential and are protective against Kras-driven carcinogenesis
2023-08-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.07.002
PMID:37541213
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序鉴定了一类表达Tff2的胰腺腺泡转运扩增祖细胞群体 | 首次发现Tff2标记的胰腺转运扩增祖细胞群体具有抵抗Kras驱动癌变的保护功能 | 未明确Tff2发挥保护作用的具体分子机制 | 研究胰腺腺泡中Tff2表达细胞群体的生物学特性及其在肿瘤发生中的作用 | 小鼠胰腺Tff2表达细胞群体 | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | 谱系追踪, scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes
2023-08-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40363-1
PMID:37532691
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研究论文 | 通过整合分析人类颅面发育过程中的转录组动态,识别候选疾病基因 | 结合bulk和单细胞RNA-seq数据,首次系统识别出539个可能参与颅面疾病的候选基因 | 大多数候选基因尚未在颅面疾病中得到功能验证,需要进一步研究 | 识别与颅面发育障碍相关的候选疾病基因 | 人类颅面组织(受孕后4-8周) | 生物信息学 | 颅面畸形 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据, 表观基因组数据 | 人类颅面组织(受孕后4-8周),与数十种其他人组织比较 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-10-06 |
Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad449
PMID:37498558
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研究论文 | 提出SCISSORS框架用于单细胞RNA测序数据中稀有细胞类型的识别 | 通过多步骤半监督重聚类过程结合轮廓评分来识别异质性聚类中的稀有细胞 | NA | 开发识别单细胞RNA测序数据中稀有细胞类型的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive role of SPP1-CD44 in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma assessed by single-cell RNA sequencing
2023-Aug, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-022-04498-w
PMID:36469154
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序评估SPP1-CD44在肝内胆管癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用 | 首次在单细胞水平揭示SPP1-CD44相互作用通过抑制T细胞增殖在肝内胆管癌中发挥免疫抑制功能 | 样本量较小(仅9例患者),缺乏功能实验验证 | 探究SPP1在肝内胆管癌中的生物学功能及其免疫抑制作用 | 肝内胆管癌患者的肿瘤组织和癌旁组织细胞 | 单细胞转录组学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | 差异基因表达分析、生存分析、相关性分析、CellChat、CytoSig | 单细胞转录组数据 | 9例患者的62,770个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
T cell-Mediated Development of Stromal Fibroblasts with an Immune-Enhancing Chemokine Profile
2023-08-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0593
PMID:37216570
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研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞通过T细胞介导的细胞因子信号从免疫抑制表型向免疫激活表型转化的分子机制 | 首次发现CAFs具有表型可塑性,能够通过T细胞来源的IFNγ和TNFα协调调控趋化因子表达,实现从CXCL12+/CXCL9-免疫抑制表型向CXCL12-/CXCL9+免疫激活表型的转化 | 研究主要基于小鼠胰腺腺癌模型,在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证 | 探究癌症相关成纤维细胞是否能够适应不同免疫微环境并形成免疫促进性趋化因子谱 | 小鼠胰腺腺癌中的癌症相关成纤维细胞和CD8+ T细胞 | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Machine Learning Reveals Synovial Fibroblast Genes Associated with Pain Affect Sensory Nerve Growth in Rheumatoid Arthritis
2023-Aug-23, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.08.17.23294232
PMID:37662384
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研究论文 | 通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因,并验证Netrin-4对疼痛敏感神经生长的促进作用 | 开发了基于图的基因表达模块识别方法,首次发现滑膜成纤维细胞在无炎症状态下通过Netrin-4促进疼痛敏感神经生长 | 研究样本主要来自长期RA患者和早期未治疗患者,需在更广泛人群中验证 | 探索类风湿关节炎疼痛机制与滑膜基因表达的关系 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织样本和疼痛敏感CGRP+背根神经节感觉神经元 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,受体-配体相互作用分析 | GbGMI(基于图的基因表达模块识别) | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 两个独立队列:长期RA患者关节置换样本和早期未治疗RA患者滑膜活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Key patient demographics shape innate immune topography in noncritical hypoxic COVID-19 pneumonia
2023-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166110
PMID:37606044
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析非危重症低氧性COVID-19肺炎患者先天免疫细胞的地形特征与人口统计学风险因素的关系 | 首次在临床同质性COVID-19肺炎患者中揭示年龄和性别等人口因素如何特异性影响中性粒细胞和单核/树突状细胞 compartments 的免疫应答 | 样本量较小(38例患者),仅关注非危重症患者,可能无法完全代表所有COVID-19严重程度谱系 | 探讨COVID-19患者人口统计学风险因素与先天免疫异质性的关联 | 38名住院的非危重症低氧性COVID-19肺炎患者 | 单细胞基因组学 | COVID-19肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 38例COVID-19肺炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin
2023-08-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.07.026
PMID:37595566
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术揭示了肝细胞癌中MAIT细胞功能失调的机制 | 首次发现肿瘤相关巨噬细胞通过CSF1R/PD-L1相互作用在肝癌侵袭边缘导致MAIT细胞功能失调 | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 探究肝细胞癌中MAIT细胞功能失调的机制 | 肝细胞癌患者样本和小鼠模型 | 单细胞生物学 | 肝癌 | scRNA-seq, 流式细胞术, CODEX成像 | 机器学习 | 单细胞转录组数据, 空间成像数据 | 配对患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |